Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399631.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2880.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5026
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.08, T:0.23
Warning! 1935 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:803 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 303--1433 Score: 1039
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
293 GGACCAACAA
** * * * * * *
303 ATATCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGCAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTA
1 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATATA
* * * * * *
368 CAAAAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAAACATTTGAGGC-ACGTAATAAGTCTT
65 AAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT
* * * * *
431 TTGAAGACATTGGTGGCCATAAATGGACTTTTCTTACCAA-AG
128 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATAG
*** * * * * * * * * *
473 A-ATGGCTCTCTTTAGCTTTTCTAG-GGAAAACATTCAACTATTATTTATTTTAATTAAAAATAT
1 ATATCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATAT
* * * * * * * *
536 AAAAAAATTCAGCTTGAAATTAATTATTAGATTAT-AAACCATTTAAAACTAGTAATAAGACTTT
64 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** ** * *
600 CAAAGGCATGATTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAATTAA
129 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA-TAG
* * * *
642 ATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAATATATA
1 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAA-ATATA
* *
707 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
65 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
772 GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
130 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATAG
* * * * *
813 ATATCTTTTCCTTCATGTTTCTCCAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCATCAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAATATA
* *
878 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
942 TGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATTG
129 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATAG
* *
984 ATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
1 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATAT
* * * * * *
1048 AAAAAAATTCAAGTTAAAAAT-TATTAAGAGATTATAAAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTT
64 AAAAAAATTAAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1112 TCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGA-TGTTTGTTGTTAATGG
128 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTG-CAATAG
* * * * * * *
1155 ATATCTTTTTTTTCATGTGTT-TCGAGATAGATAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-ATA
1 ATATCTTTTTCTTCACGT-TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATATA
* * * * *
1218 TAAAAATTTCAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTT
65 -AAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1283 TTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTGTTACTAATGG
128 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATAG
* * * * * *
1326 ATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTACGA--CAAATATTCAATTCTTATATGTTTTAATAAAAATGT
1 ATATCTTTTTCTTCACG-TTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATAT
* * *
1389 AAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
64 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1434 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 784, Mismatches: 148, Indels: 58
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 48 0.06
169 83 0.11
170 122 0.16
171 504 0.64
172 21 0.03
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATATAA
AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATAG
Found at i:1240 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 303--1433 Score: 1274
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 508
293 GGACCAACAA
* * * * * *
303 ATATCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGCAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTA
1 ATATCTTTTTCTTCAT-GTTTTCCAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTATC-AAAAATGTA
* * * * * * * * *
368 CAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAAACATTTGAGGCACGTAATAAGTCTTTT
64 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGACACGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
433 GAAGACATTGGTGGCCATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGGCTCTCTTTAGCTTTTCTAGG
129 GAAGACATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTACCAAAGAATCGCTCTCTTCAGCTTTCCTAAG
* ** * *
498 GAAAACATTCAACTATTATTTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTGAAATTAATTAT
194 GAAAACATTCAACTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATTAA
* * * *
563 TAGATTATAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGATTGACTATAAATGGGCT
259 GAGATTATAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGAT
* * *
628 TTTCTTGCAATTAAATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
324 TTTCTTGCAATTAAATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAAACAGTCAATTATAATATGTTT
* * **
693 CAATAAAATATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGTG
389 CAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCA
* * *
757 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
453 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * *
813 ATATCTTTTCCTTCATGTTTCTCCAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTCATCAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTT-ATCAAAAATGTA
*
878 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATACGA-GTAATAAGGCTTT
64 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGAC-ACGTAATAAGGCTTT
* ** * * ** *
942 TGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCA-CGTTTCC
128 TGAAGACATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTACCAA-AGA-ATCGCTCTCTTCAGC-TTTCC
* * * *
1006 TAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAG-TTAAAAATT
190 TAAGGAAAACATTCAACTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC-AGCTT-AAAATT
* ** * * * *
1070 -ATTAAGAGATTATAAAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAA
253 AATTAAGAGATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
* * ** * ** * *
1134 AT-GGATGTTTGTTGTTAA-TGGATATCTTTTTTTTCATGTGTT-TCGAGATAGATAGTCAATTA
317 ATGGGAT-TTTCTTG-CAATTAAATATCTTTTTCTTCACAT-TTCTCGAGATAAACAGTCAATTA
* *
1196 TAATATGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAATTTCAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAAC
379 TAATATGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAAC
* *
1260 ATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTGTTACTAATG
443 ATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
1325 G
508 G
* * * * * *
1326 ATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTACGACAAATATTCAATTCTTATATGTTTTAAT-AAAAATGTA
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTTCCA-GACAGACATTCAATTATTATCTGTTTT-ATCAAAAATGTA
*
1390 AAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
64 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1434 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 88, Indels: 28
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.01
510 133 0.26
511 6 0.01
512 133 0.26
513 234 0.45
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (508 bp):
ATATCTTTTTCTTCATGTTTTCCAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTATCAAAAATGTAAA
AAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGACACGTAATAAGGCTTTTGA
AGACATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTACCAAAGAATCGCTCTCTTCAGCTTTCCTAAGGA
AAACATTCAACTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATTAAGA
GATTATAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGATTT
TCTTGCAATTAAATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAAACAGTCAATTATAATATGTTTCA
ATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGT
AATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
Found at i:2793 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2355--3099 Score: 572
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
2345 NNNNNNCAAG
* *
2355 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAAATATTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATT-AAATAGTTTTATA
* * ** * * *
2419 ATCTCATAATT-TATTTTAAATTGTATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAAT
65 ATCTCTTAATTAT-TTTTAACTTG-AAATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* *** * ** * *
2483 GTCTACCTCATGAAATGCAAAGAAAAAAGATATCCATTGGCAAG
128 GTCTATCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGATATCCATTAGCAAA
* ** * ** * * *
2527 GAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGTCTTTGAAAGCCTTA-TACTCGCTTTACATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAA
* *********** * * *
2591 TCTCATAANNNNNNNNNNGTTG-AATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATAAGAATTGAATGT
66 TCTCTTAATTATTTTTAACTTGAAATTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* ** * *
2655 CTGTCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAA
130 CTATCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAA
*********** * *
2696 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTAAATATTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAA
* * **
2761 TCT-TGTAATTGA-TTTTAACTTAGAAATTTTTATATTTTTTATTACAAA-AGATTATAATTGGC
66 TCTCT-TAATT-ATTTTTAACTT-GAAATTTTTATATTTTTTGTTA-AAACAGATAATAATTGAA
* * * *
2823 TGTCTACCTTGGGACACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTAACAACA
127 TGTCTATCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA-A
* * * *
2868 AACA-TCCATTTATACTCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAA
* *
2932 TCTCTTAATTATTTTTAACTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT-
66 TCTCTTAATTATTTTTAACTTGAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* * * * * *
2996 TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGATATCAAGTGGCAAT
131 TAT-CTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGATATCCATTAGCAAA
** *
3038 AAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTA
3100 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 122, Indels: 33
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 58 0.13
170 116 0.27
171 207 0.48
172 54 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAA
TCTCTTAATTATTTTTAACTTGAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
TATCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAA
Done.