Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397493.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4220.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12556
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Warning! 211 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:293 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--845 Score: 877
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
1 TAA
* * * * *
4 GTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTGCATATTTCTCAAGGTGGATAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGATAT
* * * *
68 TCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATAAGATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAAGATTAT
* * * * *
133 AAAAATAATTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATAA
130 AAAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-G
* * * * *
174 GTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATATATTTTT-TGCACGTTTCTCAAGGTGGATAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGATAT
* * * *
238 TCAGTTATAATCTATTTTAATCAAAAATGAAAGAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAGAAGATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATAAGATTAT
* * *
303 AAAAACAATTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATG
130 AAAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * ** * ** * * * * *
343 GCTGAGTATAAGTGGACTTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGATA
* *
408 TTCAATTATAATCTGATTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATAAGATTA
* * * *
473 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCACTG
129 TAAAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TG
* * * ** ** * *
515 GTGACTATAAATAGG-CTTTTCATGCCAATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCTTGAGATAGACA
1 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGATA
* * * *
579 TTCAATTATAATCTGTTTTGATAAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAAGATT
* * *
643 ATAGAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATG
128 ATAAAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * ** ** *
685 GTTGAGTATAAATAGACTTTTCTCACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTAGAT
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTGCATGTTTCTCA-AGGTAGAT
* *
749 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-CAAAAGAAAATTCAACTTAATATCAATTATAAGAT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAA-AAAATTCAACTTAA-ATCAATTATAAGAT
* * *
813 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT
127 TATAAAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
846 TTTTATATTT
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 101, Indels: 27
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 180 0.32
171 365 0.66
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGATAT
TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATAAGATTATA
AAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
Found at i:705 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 72--846 Score: 1022
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
62 GGATACTCAG
** * *
72 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATAAGATTATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAA
** * * * * * **
137 ATAATTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTTAA
65 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAA
* * * * * * *
202 TGAATATATTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTGGATATTCAGTTATAATCTATTTTAATCAAAAATG
130 TGAATATATTTTTTCCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATG
* * *
267 AAAGAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAGAAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAGTAAGGCTT
195 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* *
332 TTGAAGGCATGGCTGAGTATAAGTGGACTTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
260 TTGAAGGCATGGCTGAGTATAAATAGACTTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
*
397 CGAGGCAAACATTCAA
325 AGAGGCAAACATTCAA
*
413 TTATAATCTGATTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATAAGATTATAAAA
* *
478 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCACT-GGTGACTATAAATAGG-CTTTTCATGCC
65 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCA-TAAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCATGCC
* ** * *
541 AATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATAAAAA
128 AATGAATATATTTTT-TCCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* *
606 AT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAGAAACAATTAAAGCAAGTAATAA
192 ATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAA
* *
669 GGCTTTCT-AAGGCATGGTTGAGTATAAATAGACTTTTCTCACTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
255 GGCTTT-TGAAGGCATGGCTGAGTATAAATAGACTTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCAT
* * *
733 GTTTCTAGAGGTAGATATTCAA
319 GTTTCTAGAGGCAAACATTCAA
*
755 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-CAAAAGAAAATTCAACTTAATATCAATTATAAGATTATAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAA-AAAATTCAACTTAA-ATCAATTATAAGATTATAAA
* *
819 ACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTT
64 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
847 TTTATATTTT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 45, Indels: 17
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 122 0.32
342 252 0.66
343 3 0.01
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Consensus pattern (340 bp):
TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT
GAATATATTTTTTCCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGA
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGCATGGCTGAGTATAAATAGACTTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTA
GAGGCAAACATTCAA
Found at i:1384 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 843--2757 Score: 1605
Period size: 170 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
833 GTAAAAAGGC
* *
843 TTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAA
1 TTTTTTT-TA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAA
* * * * *** * *
907 AAAG-TCATTCATTGACAAGAAAGGTCCTTTTATAGTCACTTATGTGTTCGAAAGCCTTATTACC
63 AAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
971 CGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAACTTTAAGTTGAAT
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AAA
** * * * * **
1016 TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
*** ** * **
1081 GCCGTTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACGC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA--CNN
66 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
****************** * * *
1143 NNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * * * *
1184 TTTTTTTTACATGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACATTGAGAAACATAAAGAAA
1 TTTTTTTT--ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
1249 AAGATATTCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAGAG-CTATATTACTC
64 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCT-TATTACTC
* * * * *
1313 GCTTAAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGACTTTAGGATGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * ** * * * *
1356 TTTTTTTTCTTCTTGGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGATAAACGTGAACAAAAA
1 TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
** *** * * * * ** **
1421 GCCATTCATTGATGAGAAAAGTCAATTTATACTCACCCATACATTCGGAAGCCTTATTACTTACT
66 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** * *
1486 TTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-CTAAA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTAAA
* * * * * *
1526 TGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * *
1591 TATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGACCTATATCTTTAAAAGCCTTACTACCCAC
66 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
1655 TTTAAATAGG-TTTATAATGTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAA
130 TTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTAAA
** * ** *
1696 TTTTCTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACGTGAAG-AAA
1 TTTT-TTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * *
1760 TGTTATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
1825 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * * *
1866 CTTTTTTTATTTTTGATTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
** ** * * * * * *
1931 GCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
66 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
1996 TTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * * *
2036 TTTTTTTTATTATTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TCACTTTAAGAAACGTGTAGAAG
1 TTTTTTTTATT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
2099 AAGATATTCATTGACAACG-AAAGTCCATTTATAATCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACGC
64 AAGATATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
2163 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * *
2206 TTTTTTTCTTATTTTTAATTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTACCTT--G-AA---G-AG--A
1 -TTTTTT-TTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
**** * * * ** * * *
2262 AAG-TCATTCATTAATGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGGCTTCTTACTT
64 AAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** * *
2326 ACTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTT-AA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * * * * *
2368 TTCTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAAGTAAATATCTACCTT-AGGAAACATGAAGAA
1 TT-TTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAA
** * * * * *
2432 AAATTTATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
63 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
2497 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AAA
** *
2541 TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
** * * * * * *
2606 GCCATTCATTAGCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCT
66 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * * *
2671 TTAGTTGTTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAAA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
*
2711 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 TTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
2758 CAAGAAACAT
Statistics
Matches: 1380, Mismatches: 317, Indels: 92
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 41 0.03
163 84 0.06
164 1 0.00
165 4 0.00
166 1 0.00
168 10 0.01
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173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
Found at i:2815 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2772--2838 Score: 134
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
2762 AAACATACAG
2772 AAATCGTATAATTTATATGAAGTTGAATTTTTTA
1 AAATCGTATAATTTATATGAAGTTGAATTTTTTA
2806 AAATCGTATAATTTATATGAAGTTGAATTTTTT
1 AAATCGTATAATTTATATGAAGTTGAATTTTTT
2839 TATATTTTTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 33 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (34 bp):
AAATCGTATAATTTATATGAAGTTGAATTTTTTA
Found at i:3169 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2825--11883 Score: 7601
Period size: 171 Copynumber: 53.2 Consensus size: 170
2815 AATTTATATG
* * *
2825 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* *
2890 AAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGAATGA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGG--TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* *
2953 TTATTACTCGCTTTAAATGGGTTCATAATCTCATAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * * * * *
2997 AAGTT-ATTCTTTTTTTCATTTTTGGTCAACATAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAACG
1 AAGTTGATT-TTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * * **
3061 TGAAGAAAAAGTCATTCCTTGTTGAGGAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
3126 ATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATTTCATAGTTGATTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * **
3168 AAGTTAAATTTTTTACT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTATATTGAGAAACAT
1 AAGTT-GATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * *** * * * * * **
3232 GTAGAAAAAGAT-ATTCTTTGACAAAAAAACTCCATTTATTGTTATCTATGCCTTCGTAAGCCTT
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* ** * **
3296 GTTACTCGCTTTAAATAATTTTTTAATCTTGTAATT-ATTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
3337 AAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTATACCTTAGAAAAACA
1 -AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACA
* * ** * * * * **
3402 TGAAGAAAAAGTTATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTTACCCATATCTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
** * * *
3467 ATTACTTACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAACTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
3509 ATA-TT-AATTTTTTTTATTTTTGATCAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAAGAT
1 A-AGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * ** *
3572 GAA-AAACAAATCATTCATTTGTGAGAAAAGTCCATTTATACTC-GTTCATGCCTTCGAAAGCCT
65 GAAGAAA-AAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * ** * *
3635 TATTGCTTGTTTTAATTATTTTTATATTCCCATAATTGATTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
3678 AAATTGA-TATTTTTTATATTTTTATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTGGAAAAAC-G
1 AAGTTGATTTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * *
3741 GACAGAAAAA-TATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGATAGCCT
65 GA-AGAAAAAGT-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
3805 TATTACTCGCTTTAAATAGTCTTATAATCTCATAATTGATTTG
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** ** * * * **
3848 AAGTTGAATTTTTTTAAATTTATTTA-TAAAACCTATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAAATG
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* ** * * *
3912 TGAAGAAAAA-TATATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
3976 TATTACTAGCTTTAAATGG-TTTA-AATCT--TCAATTAAGTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTT
* * * ** * * * * ** **
4016 GACTTTACGTTTTTTT-TTTTTTATCAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACATCAAGAATTGTT
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA---AC
* * * * * * ** *
4080 TTGAAAAAAAAAAG-CTATTTATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCCATTTCTTCAACAG
63 ATG--AAGAAAAAGTC-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
* * *
4144 CCTTATTACAT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTT
125 CCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
4190 AAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTCTTAAAACATATTATAATTAAAAGCCTACCTCT-ATAAACA
1 AAGTTGATTTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACA
* * ** * * * * *
4253 TGTAGAAAAAGAT-ATTCTTTGACGAGAAAATTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTT
64 TGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
*
4317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * *
4360 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACGT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * *** * * * *
4425 GAAGAAAAAATTATTGCCTT-ACAAGAAAAGTCCGTGTATAGTCACCTATGCCATCAAAAGTCTT
65 GAAGAAAAAGTCATT-CATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
4489 ATTACTCTCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGACTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * **
4531 ATGTTAATTTTTTTTTCATTTTTGATGAACACAAATTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAATGT
1 AAGTTGATTTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * * ** * * *
4596 GAAGAAAAAGCCATTCATTAATGACAAAAGTTCATTTATACTTGCCCATGCCTTCAAAAACGTTA
65 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
4661 TTACTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
4702 AAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTACACTAG-GAAAC
1 -AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAAC
* * * * * *
4765 GTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCC
63 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCC
* ** * * * *
4829 TTATTACTCACTTTAAATGGGCTAATAATCTCATACTTAACTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * * *
4873 AAG-TGA-AATTTGTTATCGTTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAAC
1 AAGTTGATTTTTTTTTAT--TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * *
4936 GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCTGAGAAATA-TCCATGTACACTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
63 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
5000 TTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTTAGAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
5044 AAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCTGA-AAACG
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACA
* ** * * * *
5108 TGTAGAGAAATA-T-ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAGAAGTC
64 TG-A-AGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
5171 TTATTACAC-ATATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
127 TTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
5215 GAGATAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAAAAACAT
1 AAGTTGATTTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * * * * * *
5280 GAAGAAGAAGTTATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTAAAATTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
*
5345 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** ** * ** *
5386 AAGTTGAATTTTTTTTTAATTTTTGGTTAAATTAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACG
1 AAGTTG-ATTTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * * * * *
5451 TGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAATGTCCATGTACACTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * ** * *
5516 ATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCGTACTTGATTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * *
5558 ATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAGTAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * *
5623 GCAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
5687 ATTAGTCGCTTTAAATGGTTTCATAACCTCATAATTG-TCTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTT
* * * * * *
5729 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTGAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAGACATG
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * ** *
5794 AAGAAAATGAT-ATCCGTTCCT-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCCTT-AAAAGCTT
66 AAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG-CCTTCAAAAGCCT
* * *
5856 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
5899 AAGTTAATTTTTATTTCATTTTTGATCAAAGCAAACTATAATTGAATGTCTACCTCTG-GAAACA
1 AAGTTGATTTTT-TTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACA
* * ** *
5963 TGTAGAAAAA-TATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCCTT-AAAAGCT
64 TGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG-CCTTCAAAAGCC
* * *
6026 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTG
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
6070 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAACCT
1 AAGTT-GATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * ** *
6135 GAAGAAAAAGTTATTCATTGG-CAGAAAAAGTCCATATATAGTCATTTATGTCTTCAAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
6199 ATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * * * *
6241 AAGTTTA-ATTTTTTTATTTTTGATTAAATTAGGTTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACAAG
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* ** * * * *
6305 AAAAAAAAAGTCATTCATTCATGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTG
66 -AAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
6370 GTACTTGTTTTAATTGTTTTTATAATCTCATCATTGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * *
6411 ATGTTGATTTTTTTTCA-----T-TT----C---TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAGACATA
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * *
6463 AAGAAAAAGGT-ATTCATCGGTAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
66 AAGAAAAA-GTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
*
6527 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * * * * *
6568 AAATTGA-ATTTTTTTATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTAGCTTAAGAAACATG
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * ** * * *
6632 AAGAACAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA-CTGATGCTTTCAAAAGCCTTT
66 AAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * **
6696 TTGCTCACTTTAAATGGTTCGATAATCTCATAATTGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * *
6737 AAGTTAACTTTTTTTACATTTTCTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAATAT
1 AAGTTGA-TTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * *
6802 GAAGAAAAAGGT-AGTCACTGG-CAGAGAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAA-CA
65 GAAGAAAAA-GTCATTCATTGGTGAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCC
*
6864 TTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
6908 AAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACA
1 AAGTTGATTTTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * ** ** * *
6972 TGAAGAAAAAG-CTATTCATAT-ATAAGAAAAGTTGATTTATACCCACCTATACCTTCGAAAGCC
64 TGAAGAAAAAGTC-ATTCAT-TGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * **
7035 ATATTTCTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * *
7079 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAGAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACA
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* ** * *
7143 TGAAGAAAAAAAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAACCT
64 TGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* *
7207 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * * **
7250 AAGTTAAATTTTTTTTA-TTTTCAGCCAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACC-TGAAGAAATG
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACA
* * ** * * * * **
7313 TCAGGAATTA-TCCATTCATTGCTGAGAAAATTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * *
7377 TATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
7420 AAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCCT-AGGAAACG
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACA
* * * * *
7484 TGAA-AAAAAATATATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCTATGCCTTCAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
7548 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * **
7591 AAGTTGAATTTTCTTTTCA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGTCTCT-AGAAA
1 AAGTTG-ATTTT-TTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAA
* *** * * **
7654 CAAGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATACCTTCGGAAGC
62 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGC
* * * * * *
7718 CTTATTGCTCACTCTAAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * * * * ** *
7763 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATTTAAACAGATTATGATTGAATCTTTAGTTTGAGAAACGT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * *
7828 TAAGAAAAAGGT-AGTCATTGGCCGAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCGT
65 GAAGAAAAA-GTCATTCATTGG-TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* *
7891 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*
7934 AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
1 AAGTTG-ATTTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * *
7999 TGAAGAAAAA-TCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* *
8063 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
8106 AAGCTGCA--TTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATTTCTACCTCGAGAAAAA
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * ** * * * * *
8168 TAAAGAAAAAGCCATTTATTAATGAGAAAAATCCATTTGTACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * ** *
8233 ATTACTAGCTTTAATTTTTTTTATAATCTCATATTTGATTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
8275 ATGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT-TTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAACGT
1 AAGTTGATTTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * *
8338 GAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTACAGTTACTTATGCTTTCAATAGCCT
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGG-TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
8401 TGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTTATGGACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
8444 AAGTTGA-TTTTTTCTATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTCGACCTAGAGAAACATG
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * *
8508 AAG-AGAAGTCTATTCATTGGTGAGAAAAGTACATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
66 AAGAAAAAGTC-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
8572 TTGCTTGCTTTAATTGTTTTTAAAATCTCATACTTGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
8613 ATGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTCTTAAAACAGATTATAAATGAATATCTACC-TAAGGATACA
1 AAGTTGATTTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACA
** * * *
8676 TGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACTTTTAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
*
8740 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* **
8783 AAGTTGA--TTTTTTTATTTTTGT-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACAT
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * * *
8845 GAAGAAAAAGCCATTCATTTATGAGAAAAGTCAATTTATACTCAGCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
*
8910 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
8951 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACTTTG-GAAA-AT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-
* * * * *
9014 GTGAAGGAAAAGAT-ATTCATTGGCATGA-AAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTTAAAAG
64 -TGAAGAAAAAG-TCATTCATTGG--TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
* * * *
9077 CCTTATTACTCGCATTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTT-ACTTG
125 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTT
** * * *
9123 AA---G-TTTTTTTTTATTTTTGGTGAAATCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * *
9184 CAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
66 AAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
9249 TGCTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAGTTGATTTT
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
9289 ATGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTCTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGATACA
1 AAGTTGATTTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * *
9352 TAAAGAAAAAGAT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACGTTCAAAAGCAT
64 TGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
9416 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
9459 AAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGGAACAT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * **
9524 GTAG-AAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAG-C-CTTTAATGCCTTCAAAAGAT
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CT-ATGCCTTCAAAAGCC
* * *
9585 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTG
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
9629 AAGTTGAACTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCGGGAAACG
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACA
* * * * * *
9692 TGAAGTAAAAGAT-ATTTATTGGCATGA-AAAATTTCATTTATGGTCACCTATGCCTTTAAAAGC
64 TGAAGAAAAAG-TCATTCATTGG--TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * * * * *
9755 CTTATTACTCG-TATTAAATGGCTTTATAATCCCATAACTAACTTA
126 CTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
9800 AAGTT-ATTTTTTTTTCA-TTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAACTCAAGTAACA
1 AAGTTGATTTTTTTTT-ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * *
9863 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGATAAGTTCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * ** *
9928 ATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * *
9970 AAGTTGGATTTTTTAACT-TTTTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAAC
1 AAGTT-GATTTTTT-TTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAAC
* * ** *
10033 ATG-AGAAAAAAAT-ATACA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGCC
63 ATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* *
10095 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * *
10139 AAGTTGAATTTTCTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACG
1 AAGTTG-ATTTT-TTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * * *
10204 TGAAGAACAAGCCATTCATTAGTAAGAGAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
10268 TATTGCTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * * * *
10311 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACTTTGAGAAACGT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * ** * ** * *
10376 GAAGAAATAGGT-AGTCATTGGCAAAAAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGT
65 GAAGAAA-AAGTCATTCATTGG-TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
10440 TTTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
10483 AAGTTGA-ATTTGTTTACCTTTTTCATTAAAAAAGATAATAATTCAATGTCTACCTAGAGAAACA
1 AAGTTGATTTTTTTTTA--TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* ** * *
10547 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
10612 ATTACACGCTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
10654 AAGCTGCATATTTTTTTT-TATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCT-AGAA
1 AAGTTG-AT-TTTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAA
* * * * * ** * **
10717 AAATGAAGAAAAAGCCATTTATTGATGAGAAAAGTCCATTTGTTCTCACCCATGCCTTTGAAAGC
61 ACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * * * *
10782 CTTATTACTAGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTCT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * *
10827 ATGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAA-AAATTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAACGT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * *
10890 GAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCT-AGAAAAGTTCATTTACAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCT
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGG-TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
10953 TGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCTTTATTCACTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
10996 AAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAAATTATAACTAAATGT-TGACCTCGAGAAACA
1 AAGTTGATTTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACA
** * ** * *
11060 TGAAGAAAATTTCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
11125 ATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
11167 ATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCGACCTTAAGAAACAT
1 AAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
** * *
11232 GAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCTATGCCTTCGAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
*
11296 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
11338 AAGTTGA-ATTTTTCTATTTTGTT-TT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACAT
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * *** * *
11400 GAAGAAAAAGCCATTTATTCAAGAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCC-ATGCCTTCGAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* *
11464 ATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
11506 AATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAAC---
1 AAGTTGATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* ** *
11568 AAGAAAATGAT-ATTCATTGGCATGA-AAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAATCCT
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* * * *
11631 TATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAATTGACTTG
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** ** * * *
11674 AAGTT-ATTTTTTTTTCATTACTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAAGAT
1 AAGTTGATTTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * * *
11738 GAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTA
65 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
** * * *
11803 TTTTTTGCTTT-AATAGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTT
130 TTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
11844 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAGTAAAACAGATTATA
1 AAGTT-GATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATA
11884 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Found at i:3465 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 26.6 Consensus size: 340
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* * *
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* *
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* * * *
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*** * * * * ** * *
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* *
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* * **
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* * * * * * * * ** *
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** * **
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130 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA
* * * *
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* * * * ** ** * *
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* *
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* * * *
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* ** * ** *
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* * * * ** * * *
3633 CTTATTGCTTGTTTTAATTATTTTTATATTCCCATAATTGATTTTAAATTGATATTTTTTATA-T
125 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATT
* * * *
3697 TTTTATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACC-TGGAAAAAC-GGACAGAAAAA-TATATTCA
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* * * *
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252 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGG
* *
3824 TCTTATAATCTCATAATTGATTTG
317 TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
3848 AAGTTGAATTTTTTTAAATTTATTTA-TAAAACCTATTATAATTGAATA-TTTACCTTGGGAAAT
1 AAGTT-AATTTTTTT--ATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-AGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * *
3911 GTGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCT
62 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
3976 TATTACTAGCTTTAAATGG-TTTA-AATCT--TCAATTAAGTTTGACTTTACGTTTTTT-T-TTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTT
* * * * * *** * *
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* ** * * * ** *
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* *
4163 TGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTT
314 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
4190 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCTTAAAACATATTATAATTAAAAGCCTACCTCT-ATAAACAT
1 AAGTT-AATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCT-TGAGAAACAT
* * * * * * * * *
4254 GTAGAAAAAGATATTCTTTGACGAGAAAATTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTA
64 GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
*
4319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTT
* * * * * * * *
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193 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATT-CATTGGC
* * * * * * *
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257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTA
*
4512 TAATCTCATAATTGACTTT
322 TAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
4531 ATGTTAATTTTTTT-TTCATTTTTGATGAACACAAATTATAATTGAATA-TTTACCTCGAGAAAT
1 AAGTTAATTTTTTTATT--TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAA-AGTCTACCTTGAGAAAC
* ** **** * * * ** * * *
4594 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATGACAAAAGTTCATTTATACTTGCCCATGCCTTCAAAAACGT
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* * * * *
4659 TATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTATAATT
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAGTTAATTTTTTTAT-TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAA-GTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
4937 TGAAGAAAAAG-TCATTCATT-GCTGAGAAATA-TCCATGTACACTCACCTATGCCTTCAAAAGC
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* * * * * *
4999 CTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATT
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* * * *
5064 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCT-GA-AAACGTGTAGAGAAA-TATATTCA
189 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGT-TATTCA
* * * * * * * *
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252 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAATTG
*
5190 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
316 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
5215 GAGATAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAAAAACAT
1 AAGTTAA-TTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * * * * * *
5280 GAAGAAGAAGTTATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTAAAATTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTA
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* *
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129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT-ATTTTT
** ** * * * ** * *
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192 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGC
* * * * * * * * * **
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* *
5539 TAATCTCGTACTTGATTTT
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* * ** * * *
5558 ATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAGTAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT
1 AAGTT-AATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * *
5623 GCAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTA
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTT
* *
5879 GTAATCTCATAATTGACTTT
321 ATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
5899 AAGTTAATTTTTATT-TCATTTTTGATCAAAGCAAACTATAATTGAATGTCTACCTCTG-GAAAC
1 AAGTTAATTTTT-TTAT--TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCT-TGAGAAAC
* * *
5962 ATGTAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCCTT-AAAAGCT
62 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG-CCTTCAAAAGCC
* * * *
6026 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTT
126 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
* * * *
6091 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATT-GAAAAACCTGAAGAAAAAGTTATTCATTG
190 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG
* ** * * * *
6155 GC-AGAAAAAGTCCATATATAGTCATTTATGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGATT
255 GCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTT
*
6219 TTATAATCTCATAATTGACTTT
319 TTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
6241 AAGTTTAATTTTTTTA-TTTTTGATTAAATTAGGTTATAATT-AAATGTCTACCTCGAGAAACAA
1 AAG-TTAATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAA-GTCTACCTTGAGAAACAT
* * * *
6304 GAA-AAAAAAAGTCATTCATT--CATGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGC
64 GAAGAAAAAGA-T-ATTCATTGGCA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
** * * * * * *
6366 CTTGGTACTTGTTTTAATTGTTTTTATAATCTCATCATTGATTTTATGTTG-A----TT-T-TTT
125 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
* * * * * * *
6424 TTCATT---TC---TTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAGACATAAAGAAAAAGGTATTCATCG
190 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG
* * * *
6482 GTAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
255 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTT
*
6547 TATAATCTCATAATTGAATTT
320 TATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * * * *
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1 AAGTT-AATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAA-GTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * *
6631 GAAGAACAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA-CTGATGCTTTCAAAAGCCTT
64 GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * ** *
6695 TTTGCTCACTTTAAATGGTTCGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTACATTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTT
* * * * * * * *
6759 CTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTAGTCACTGG
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* * * * * *
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* * * **
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1 AAGTT-AATTTTTTTATTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** ** ** * * *
6973 GAAGAAAAAGCTATTCATAT-ATAAGAAAAGTTGATTTATACCCACCTATACCTTCGAAAGCCAT
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* ** *
7037 ATTTCTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
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* * * **
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* * *
7165 CAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
256 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTT
* *
7230 ATCATCTCATAATTGACTTT
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* * ** * * * **
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* * ** *** * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * **
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
7781 TTTTCTATTTAAACAGATTATGATTGAATCTTTA-GTTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGGTAGTCA
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* * * *
7845 TTGGC-CGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATG
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* *
7909 GTTTTATAATCTCATAAATAATTTT
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* *
7934 AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
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** * *
7999 TGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
63 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
8064 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGACTTTAAGCTGCATTTTTT-TA-TTTTT
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* * * * * ** * ***
8127 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATTTCTACC-TCGAGAAAAATAAAGAAAAAGCCATTTATTAAT
193 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGC
* * * * * * * **
8191 GAGAAAAATCCATTTGTACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAATTTTTTTTA
257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTA
*
8256 TAATCTCATATTTGATTTT
322 TAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
8275 ATGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTAAAACAGATTATAACT-AAATGTCTACCTTAAGAAACGT
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* * * * * * *
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* * * * * *
8403 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTTATGGACTTTAAGTTG-ATTTTTTCTATTTTTGA
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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*
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128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-
* ** ** ***
8804 T-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTAT
192 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGC
* * * * * *
8867 GAGAAAAGTCAATTTATACTCAGCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTA
*
8932 TAATCTCATAATTGATTTG
322 TAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
8951 AATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACTTTG-GAAA-AT
1 AAGTT-AATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACA-
* * * * * *
9014 GTGAAGGAAAAGATATTCATTGGCATGAAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCC
63 -TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
9079 TTATTACTCGCATTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTT-ACTTGAAGTT---TTTTTT-TATTT
126 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
** * * * * **
9139 TTGGTGAAATCAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTG
190 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG
** * * * * * * *
9203 GTGAGAAAAGTTCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAATTGTTTT
255 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTT
*
9268 TATAATCTCATAGTTGATTTT
320 TATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * ** *
9289 ATGTTGAATTTTTTTATATTTTTCTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGATACAT
1 AAGTT-AATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * *
9353 AAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACGTTCAAAAGCATTA
64 GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
9418 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTT
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTT
* * * * * *
9483 GTTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGGAACATGTAG-AAAAGATATTCATTGGCA
193 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCA
* * ** * *
9546 AGAAAAGTCCATCTATAG-C-CTTTAATGCCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
258 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTT
* *
9609 ATAATTTCATAATTGATTTG
321 ATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
9629 AAGTTGAACTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCGGGAAACG
1 AAGTT-AATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTT-GAGAAACA
* * * * * * *
9692 TGAAGTAAAAGATATTTATTGGCATGAAAAATTTCATTTATGGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCT
63 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * * *
9757 TATTACTCG-TATTAAATGGCTTTATAATCCCATAACTAACTTAAAGTT-ATTTTTTTTTCA-TT
127 TATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTT
* * * * * *
9819 TTTAGTCAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAACTCA-AGTAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
190 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATT
** * * * * * * * **
9883 GGTGAGATAAGTTCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTT
254 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTT
*
9948 TTATAATCTCATAATTGATTTC
319 TTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
9970 AAGTTGGATTTTTTAACTTTTTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAACA
1 AAGTT-AATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAG-AAACA
* * *
10034 TG-AGAAAAAAATATACA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
63 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
10097 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTCTTTTCATTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTAT-ATTTT
** * * * * * ** *
10162 TGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTA-AGAAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTAG
191 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGG
* * * * * * *
10226 TAAGAGAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTT
256 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTT
*
10290 GATAATCTCATAATTGATTTT
320 TATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
10311 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACTTTGAGAAACGT
1 AAGTT-AATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * ** * *
10376 GAAGAAATAGGTAGTCATTGGCAAAAAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTT
64 GAAGAAAAAGATATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * **
10441 TTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACCTTTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTT
* * * * **
10506 CATTAAAAAAGATAATAATTCAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
192 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGC
* * * * * *
10570 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTAAAATAGTTTTA
257 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTA
*
10635 TAATCTCATAATTGACTTT
322 TAATCTCATAATTGATTTT
* * *
10654 AAGCTGCATATTTTTTT-TTATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATT-AAATGTCCACCTCT-AGA
1 AAG-T-TA-ATTTTTTTATT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAA-GTCTACCT-TGAGA
* ** * *** * ** * **
10716 AAAATGAAGAAAAAGCCATTTATTGATGAGAAAAGTCCATTTGTTCTCACCCATGCCTTTGAAAG
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* * * * * * *
10781 CCTTATTACTAGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTCTATGTTGAATTTTTTTACAT
124 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAT
* * * * *
10846 TTTTT-TTAAAA-AAATTATAACTAAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
188 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCAT
* * * * * * *
10908 TGGCTAGAAAAGTTCATTTACAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGT
253 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGT
* * * *
10973 TTTATAATCTCTTTATTCACTTT
318 TTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
10996 AAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAAATTATAACT-AAATGT-TGACCTCGAGAAAC
1 AAGTTAATTTTTTTAT--TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAA-GTCT-ACCTTGAGAAAC
** * * *
11059 ATGAAG-AAAATTTCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
62 ATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
11123 TTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTT
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* * *
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* * *
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*
11317 TATAATCTCATAATTGACTTT
320 TATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * ** *
11338 AAGTTGAATTTTTCTATTTTGTT-TT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATG
1 AAGTT-AATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATG
** * * *
11401 AAGAAAAAGCCATTTATT--CAAGAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCC-ATGCCTTCGAAAGCCT
65 AAGAAAAAGATATTCATTGGC-A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
11463 TATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTATATTTTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT
* * * *
11528 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGC-TCGAGAAAC---AAGAAAATGATATTCATTGGC
192 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGC
* ** * *
11589 ATGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATT-GCTT
257 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATTGGTTT
* *
11653 TATAATCTCATAATTGACTTG
320 TATAATCTCATAATTGATTTT
** * * *
11674 AAGTT-A-TTTTTT-TTTCATTACTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAAG
1 AAGTTAATTTTTTTATTTTTTTA-T--T-AAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * * * * *
11736 ATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCTT
62 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
** * * * *
11801 TATTTTTTGCTTT-AATAGTTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
127 TATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
*
11865 TTTAGTAAAACAGATTATA
190 TTTATTAAAACAGATTATA
11884 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7112, Mismatches: 1341, Indels: 530
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 78 0.01
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Consensus pattern (340 bp):
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AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTT
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Alignment explanation
Indices: 12220--12527 Score: 424
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
12210 NNNNNNNNNN
12220 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGACTTTAAATTG-ATTTTTTT-TA-TTTTTA
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* * * * * * *
12282 CTTAGAACATATTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGA
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* * * * * *
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* * * * *
12454 TCAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAATATAAAAAAAAAGATATTCATTGGTAAG
66 TCAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCATTAGTAAG
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131 AAAAGTCCA
12528 GTTATAGTCA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 18, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 40 0.34
170 8 0.07
171 64 0.54
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGACTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTA
TCAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAAAAAAAGACATTCATTAGTAAG
AAAAGTCCATTTACACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
Done.