Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399668.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2915.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3131
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.08, T:0.29
Warning! 782 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1058 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 320--1198 Score: 672
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
310 NNNNNNNNNN
* * *
320 CATTCATTGGCAAGAAAA-TTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
384 CAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTATGGTCAAAATAG
65 TAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TAGTTAAAACAG
* ** * * * *
449 ACT-ATAATTGAATGCGTGCCTTAAAAAACGTAT-A-AACAAAAC
129 A-TAATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAAC--ATGAGAA-AAAAG
* * * * *
491 CAATCATTGA-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCTAAAA-CGTTATTACT-AGC
1 CATTCATTGACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCA-C
* * * * * * *********
553 TTTAAATTATTTTTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATNNNNNNNNNNTTTTAGTTAAAAC
63 TTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTAGTTAAAAC
* * * *
618 AGACAATAATTAAATATTTACCTTGAAAAACATGA-AAAAAGG
127 AGATAATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGAAAAAAG
* *
660 CATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAATCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
725 AAATTGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGA
66 AAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TAGTTAAAACAGA
* * ** * **
789 CT-GTAACTAAATGCCTACCATGAGAAATGTGCA-AAAAAAG
130 -TAATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AGAAAAAAG
* * * * * ******
829 CTATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNN
1 C-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
**** * *
894 NNNNTTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAACAG
65 TAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTAGTTAAAACAG
*
959 ATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGAAAAAAG
129 ATAATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGAAAAAAG
* * **
1000 ACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATTCTTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTT
1 -CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
1065 TAAATTATTTTATAATCCCAAAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTGAAATTTT-GATTAAAATA
65 TAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTAG-TTAAAACA
* * * *
1129 GACT-ATAATTGAAT-TGCTGCTTTGAGAAACATGTA-AAAAAAG
128 GA-TAATAATTAAATGT-TTACCTTGAGAAACATG-AGAAAAAAG
* *
1171 CTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
1 C-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
1199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 130, Indels: 50
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 34 0.06
169 99 0.18
170 112 0.20
171 291 0.53
172 17 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGAT
AATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGAAAAAAG
Done.