Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397495.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1127.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 553 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:834 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2--2135 Score: 1252
Period size: 170 Copynumber: 12.6 Consensus size: 169
1 T
* * * **
2 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGCA
1 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
* ** * *
67 AATAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCTGTTTATGGTCTCCCATGCCTTCGAAAGCCTGT
66 AAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCT-T
* **********
131 -TTACTTGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGA-TTC
128 ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * * *
171 AAAGCTT-ATTGTTTTTATATTTTTTATTGAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAAT
1 -AAG-TTGATT-TTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
* * * * *
235 GTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAATCCATTTATTGTCATCCATGCCTTCGAAAGCCT
63 GTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCT
* *********
300 TAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTT-
127 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCT-CATAATTGATTTC
* * * ** *
343 AAGTTGATGTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGGCTACCTC-AGGACGTGC
1 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAATGT
* * ********** *
407 GAATAAAAAGATATCCGTT-GACAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTG
65 GAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCT-
* * *
471 T-GTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTGA-TTC
127 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * * * *
511 AAAGCTT-AGTTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-GGGAAAAT
1 -AAG-TTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAAT
* * * * *
574 GTCAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTGAAAGCCT
63 GTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCT
********** * *
639 TATNNNNNNNNNNAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTC
127 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * *
682 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAATGTG
1 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
* * * * *
747 AAGAAAAAGATATCGATTAGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAGAGCTTTAT
66 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA-AGCCTTAT
** * * *
812 TACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTAATAATTGATTTTC
130 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTC
* * * * * * *
853 -AGTTGCATGTTTTTACAATTTTTAGTAGAAA-AGATTATAATTGATTGTCTACCACGGGACACA
1 AAGTTG-ATTTTTTTATACTTTTTATTA-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-A-A
* ********
916 TGT--AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTNNNNNNNNN
62 TGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAGCC
*** * *
979 NNNTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
126 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* *
1023 AAGTTGA-TTTTTTATACTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
1 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
* ** * ** * * *
1087 AATAAAAAGATATCCGCT-GACAAGAAAAATCTGTTTATGGTCGCCCTTGCCTTCGAAAGCC-TA
66 AAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTA
***********
1150 TTTACTTNNNNNNNNNNTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTC
129 -TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
*
1191 AAAGCTT-ATTGTTTTTATA-TCTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
1 -AAG-TTGATT-TTTTTATACT-TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * * * * * * *
1253 TGTGAAGCAAAATATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCATCCATTCCTTTGAAATCC
62 TGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCC
*
1318 TTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-
126 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTC
* * * *
1362 AAGTTGATGTTTTTATACTCTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAAAAATGTG
1 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
* * * *
1427 AA-TAAAAGTATATCCGTT-GACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTT
66 AAGAAAAAG-ATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTT
* * * *
1490 CTTACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTCATAATAGATTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * * * * * * *
1532 AAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAACAAATTATAATTTAATGT-TCACCTCTAGAAATA
1 AAGTTG-ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAATG
* * * * * *
1596 TGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTT
** *********** *
1661 ATTACTTACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * * * * * * *
1703 AAGTTTATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTA
1 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
* * ********** * *
1767 AAGAAAAAGATATCCATTGGTANNNNNNNNNNATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGTCTTAT
66 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA-AAGCCTTAT
* * * *
1832 TACTCACTTTAAATGA-TCTT-TAATCTCATAAATGATTTT
130 TACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
********** * * *
1871 AAGTTGAGTTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACCGCTGAAAACAT
1 AAGTTGA-TTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAA-AT
* ** * *
1936 -T-ATA-AAAAAGATATTCATT-GACAAGAAATA-TTGATTTATAGTCATCGATGCCTTCAAAAG
63 GTGA-AGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAG
* * * * *
1996 CCTTATTATTCACTTTAAA-AGTTTGTATTATCTCATAATTAAATTT-
124 CCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCATAATT-GATTTC
* * * * * * * *
2042 AAGTTGAATTATTT-TACATTTTCATTCAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCGAGGACA-
1 AAGTTGATTTTTTTATAC-TTTTTATT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAAT
* * * *
2105 -TGAAAAAAAAGATATCTATTAGGAAAAAAAG
63 GTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAG
2136 CCTTATTAGT
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 403, Indels: 158
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 31 0.02
169 356 0.24
170 619 0.42
171 446 0.30
172 18 0.01
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
Found at i:969 original size:510 final size:496
Alignment explanation
Indices: 10--4619 Score: 1718
Period size: 510 Copynumber: 9.1 Consensus size: 496
1 TAAGTTGAT
* * * * * * *
10 TTTTTTATACTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGCAAATAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTAGA-AAATG-TAAGAAAAA
* * * * * *
75 GATATCCATTGACAAGAAAAGTCTGTTTATGGTCTCCCATGCCTTCGAAAGCCTGT-TTACTT-G
64 GATATCCATTG-CAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCT-TATTACTTAA
* ****
138 CTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTGTTTTTATATTTTTTATTGAAA
126 AT------GTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTGTTTTTATA-TTTTTATT-AAA
* *
203 TAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAAT
183 TAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAGT
* * ***
268 CCATTTATTGTCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTNNN
248 TCATTTATTGTCATCCATGCTTTC-AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAAT
******* * *
333 NNNNNNNTTTAAGTTGATGTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGGCTACCTC
312 AATTGACTTTAAGTTGATGTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTC
**** * * **********
398 AGGACGTGCGAATAAAAAGATATCCGTTGACAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATGCCTTCG
377 -GGACAAATGTAGAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * **
463 AAAGGCTGTGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTGATTCAAAGCTTAG
441 AAAGCCT-T-TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAG
* * *
520 TTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTGGGAAAATGTCAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCT-AGAAAATGT-AAGAAAAA
* * ***
585 GATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATNNNNNNNN
64 GATATCCATT-GCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT-----TAC
**
650 NNAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTC-AAG-TTGATT-TTTTTATACTTTTTATTAAAA
122 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTCAAAGCTT-ATTGTTTTTATA-TTTTTATT-AAA
* * * *
712 CAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCGATTAGCAAAAAAAGT
183 TAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAGT
* * * * ** * *
777 TCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAGAGCTTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTAAT
248 TCATTTATTGTCATCCATGCTTTCAA-AGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAAT
* * * * * * *
842 AATTGATTTTCAGTTGCATGTTTTTACAATTTTTAGTAGAAA-AGATTATAATTGATTGTCTACC
312 AATTGACTTTAAGTTG-ATGTTTTTATACTTTTTATTA-AAATAGATTATAATTGAATGCCTACC
* * * *
906 ACGGGACACATGTAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTN
375 TC-GGACAAATGTAGAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-
********** *
971 NNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT-G
438 -TCGAAAGCCTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAG
* * * * *
1029 ATTTTTTATACTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAATAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTAGA-AAATGT-AAGAAAA
** * * * * * *
1094 AGATATCCGCTGACAAGAAAAATCTGTTTATGGTCGCCCTTGCCTTCGAAAGCC-TATTTACTTN
63 AGATATCCATTG-CAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA-TTACTT-
*****
1158 NNNNNNNNNTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTGTTTTTATATCTTTTATTAAAT
124 ----AAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTGTTTTTATAT-TTTTATTAAAT
* * * * * *
1223 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAATATATCCATTAGTAAGAAAAG-T
184 AGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAGTT
* * * *
1287 CTATTTATTGTCATCCATTCCTTTGAAATCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
249 C-ATTTATTGTCATCCA-TGCTTTCAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAAT
*
1352 AATTGACTTTAAGTTGATGTTTTTATACTCTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTC
312 AATTGACTTTAAGTTGATGTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTC
* *
1417 -GAAAAATGT-GAATAAAAGTATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTT
377 GGACAAATGTAG-A-AAAAG-ATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
1480 CGGAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAAT
439 CGAAAGCC-T-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-TAG
* * * *
1541 TTTTTTATATTTTTTATTCAAACAAATTATAATTTAATGTTCACCTCTAGAAATATG-AAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTA-C-CTAGAAA-ATGTAAGAAAA
* * * *
1605 AGATATCTATTGGTAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTAC
63 AGATATCCATT-GCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCC---TTA-TTAC
********** ** * * *
1670 TTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTTATT-TTTTTACATTTTTATTAAAACA
122 -TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTGTTTTTATATTTTTATT-AAATA
* * * * * * * **********
1734 GATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTANNNNNNNNNN
185 GATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAGTTC
* * * * * * * * *
1799 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGA-TCTT-TAATCTCATA
250 ATTTATTGTCATCCATGCTTTCA-AAGCCTTAATACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTAATA
* * * ******** * * *
1862 AATGATTTTAAGTTGA-GTTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACCG
313 ATTGACTTTAAGTTGATGTTTTTATA--CTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCT
* * * * * ** * *
1926 CTGAAAACAT-TATAAAAAAGATATTCATTGACAAGAAATA-TTGATTTATAGTCATCGATGCCT
376 CGGACAA-ATGTA-GAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * * * *
1989 TCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA-AGTTTGTATTATCTCATAATTAAATTTAAG-TTGAA
438 TCGAAAGCC-T-TTACTCGCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AG
* * * * * * * * *
2050 TTATTTTACA-TTTTCATTCAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCGAGGACATG-AAAAAA
1 TT-TTTTATATTTTTTATT-AAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCT--AGAAAATGTAAGAAA
* * * *
2113 AAGATATCTATT--AGGAAAA---A---A-AG----CCTTA--TT----AG--TTGTT--TTAAA
62 AAGATATCCATTGCAAGAAAATTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTAAA
* * * ** * * *
2155 TATTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG-TT
127 TGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTT-ATTGTTTTTATA-TTTTTATT-AAATAGATT
* * * * * * * * *****
2218 AATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTNNNNN
189 -ATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAGTTCATT
***** * * * * * *
2283 NNNNNTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG
253 TATTGTCATCCATGCTTTC-AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTG
* * * * * ** * *
2348 A-TTTGAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACATATAATAATTGAATATCTGCCTTAG
317 ACTTT-AAGTT-GATGTTTTTATACTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACC-TCG
* * * ** * * *
2411 G--AAACGTAAAGAAAAAGATATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTGTTTATACTCACCCGTACCTTC
378 GACAAATGT--AGAAAAAGATATCCGTTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ********** *
2473 -AAAACTCTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAG-TTGAAT
440 GAAAGC-CT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT--AG
* * * * *
2532 TTTTTTACACTTTTTATTGAAATAGATTATAATTGAATTTTTACCTTAAGAAATATG-AAG-AAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACC-T-AGAAA-ATGTAAGAAAA
* * * *
2595 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-ATAAGCCTTATTACTCG
63 AGATATCCATTG-CAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA-AAGCCTTATTA--C-
* * ** *
2659 ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAG-TT-TTTTTTTTATATTTTTTATTTAAA
122 --TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTGTTTTTATA-TTTTTA-TTAAA
* * ** * * *
2722 TAAATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
183 TAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAAAAAGT
* * * * * *
2787 TCATTTATAGTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
248 TCATTTATTGTCATCCATGCTTTC-AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTAAT
********** * * * * * * *
2852 ANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTGAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCC
312 AATTGACTTTAAGTTG-ATGTTTTTATACTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACC
* * * ** * ** *
2916 TC-AAGAAATGTGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAACCAGCCATGCCT
375 TCGGACAAATGT--AGAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *********** * *
2979 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTTATAATTGATTTTAAG-TTAAAT
438 TCGAAAGCC-T-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT--AG
* * * *
3041 TTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTT-CCTCAGGAAACATG-AAGAA
1 TTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGT-TTACCT-A-GAAA-ATGTAAGAA
* ** * * * * *
3104 GAAGCCATTCATT-CATAGGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTAGT
61 AAAGATATCCATTGCA-A-GAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA-T--T
* ** * *
3168 AGTTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAG-TTAAATGTTTTTATATTTTTTCT
120 A--CTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTCAAAGCTT-ATTGTTTTTATA-TTTTTAT
* * * ** * * * *
3230 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTA--TCAAGAAACATGCAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
179 T-AAATAGATTATAATTAAATGTC--TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAA
* * * * *
3293 AAAAAGTTTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
241 AAAAAGTTCATTTATTGTCATCC-ATGCTTTC-AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTAT
* * * * * * * * * *
3357 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATA
304 AATCTAATAATTGACTTTAAGTTGATGTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * *
3422 TCTACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
369 CCTACCTCG-GACAA-ATGTAGAAAAAGATATCCGTTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
3485 CATGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
431 CATGCCTTCGA-AAGCC-T-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC
*
3548 TTGAC
493 TT-AG
* * * **
3553 TTTGTCTATATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACC-ACCGAAAACATG-AACG-
1 TTT-TTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTA--G-AAA-ATGTAA-GA
* * * *
3615 AAAAGGTATCCATTGGTAAGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTAC
60 AAAAGATATCCATT-GCAAG-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA-
* * * * * * *
3680 TCGATTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAA--TTAATTTTTTTTACATTTTTCTT
121 -C---TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTCAAAGCTT-ATTGTTTTTATATTTTT-AT
* * * ********** ** * *
3743 TCAAACAGATAATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGA
179 T-AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGCAAAA
* * * * * ** *
3808 AAAGTTCATTTATAGTCA-CACATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGCTTTTACAA
243 AAAGTTCATTTATTGTCATC-CATG-CTTTCAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAA
* * * * * * * * *
3872 TCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAAATAATAACTGAATG
306 TCTAATAATTGACTTTAAGTTG-ATGTTTTTATACTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * * * *** * * ** *
3936 TTTGCCTC-GAGAAACGTTAAGAAAAAGAAATTTATTCAGAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACCC
369 CCTACCTCGGACAAATG-T-AGAAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** * *
4000 ATACCTTCGAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAA-CTG
432 ATGCCTTCGAAAGCC-T-TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-
*
4064 TAATT
494 T-A-G
* * * * * *
4069 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AATTGTCTACCACAAGAAACAT-AAAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAA-TGTTTA-C-CTAGAAA-ATGTAAGAAA
* * * * * *
4132 AAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCTCTCATACCTTCGAAAGGCTTATTACTTG
62 AAGATATCCATT-GCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA----
* ********** ** * * *
4196 CTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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244 AAGTTC-ATTTATTGTCATCCATG-CTTTCAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
* * * ** * * * ** *
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** * * * * **
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* * * * * *
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*
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*
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* * * *
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*** *
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* * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * *
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*** * * * *
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******* * *** ** *
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511 TT-AGTTTTTTATA---TCTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAAATGTC
* * * * * * **
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* * * * * * *
1999 TATTATTCACTTTAAA-AGTTTGTATTATCTCATAATTAAATT
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* * * * * * *
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1 TAAGTTGATTTTTTTATAC-TTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAA
* * **
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* * * * * *
2148 -------T---TTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTT
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* * * * * *
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253 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * * * * **
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* * * * * ** *
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66 GAA-TAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-
* * ********** * *
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* * * * * * * * *
2886 GTTGAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAA
194 ATT-AAA-AAATTATAATTAAATGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* ** * * ******
2951 G-AAAGTCCATTTATAACCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNN
257 GAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTTTA
*** * * * * *
3015 NNNT-T-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGA
320 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTATA-CTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * ** * * ** * ** * * * * ** *
3078 ATGTCTTCCTCAGGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTCATAGGAAAAGTCCATTTCTAGTCAC
382 ATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGCTGACAAGAAAAATCTGTTTATAGTCAC
* * * * * * * * **
3143 TCATACCTTCAAAAGCCTTAT-TAGTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAA
447 CCATGCCTTCGAAAGCC-TATGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTGA-TTCAAA
* * * * * *
3206 G-TTAAATGTTTTTATATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTATC-AAGAAACAT
509 GCTT-AGT-TTTTTATATCTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTC--TACCTAAGAAA-AT
* * * * * * * **
3269 G-C-AGAAAAAGATATCCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCT
569 GTCAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTGAAAGCCT
* * * *
3332 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
634 TATAACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* * * * * * **
3374 TAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACAT
1 TAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGT
* * *
3439 GAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AGAAGCCT
66 GAA-TAAAAGATATCCGTTGA-CAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCT
* * * * *
3502 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTGTCTATATTTT
128 T-TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTT
* * * * * * *
3567 CTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCAC-CGAAAACATGAACG-AAAAGGTATCCATTG
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* * * * * *
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253 GCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
* * * * * * * *
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3760 GAATGTCTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAAAGATATCC-ATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAG
380 GAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGCTGA-CAAGAAAAATCT-GTTTATAG
* * ** ** * ** * * *
3823 TCACACATGTCTTTAAAAGCCTTAT-TACTCACCTTAAATGCTTTTACAATCTCATAATTGATTT
443 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TATGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTGATTC
** * * * * * * * * * *
3887 TCAG-TTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAAATAATAACTGAATGTTTGCCT-CGAGAA
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* * * ** * ** * *
3949 ACGTTAAGAAAAAGAAATTTATTCAG-AAGAAAAGTTTATTTACAGTCACCCATACCTTCGAAGG
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* ** * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * ** *
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* * * * ** * * * * ***
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** * * * **** * *
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* * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * ********* ** * *
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* * * * *
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* * * * * **********
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* * ** * *
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** * * ** *
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* * * * * * *
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*** * * ** * *
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** *** ** * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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191 TTTATTAAAA-A-ATTATAATTAAATGTCTACCT-------C-T--AG---A-A-AT--A-T-G-
**
5735 AAAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAA
234 --AA---G-A-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * ** *
5800 GCCTCATTGCTCACTTT-AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGCTAAATTTTTTTATG
292 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-TTTTTTATA
* * * * * *
5864 TTTTTTATTAAAGTAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCC-A
355 CTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGC
* * ** * *
5928 TTAGCAAGAAAAGTC-CATTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATA
420 TGA-CAAGAAAAATCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TATGTACTTGCTTTAAATA
** * * *
5991 TTTTTATAAT-CTAATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAT
483 TTTTTATAATAC--ATAATTGATTCAAAGCTT-AGTTTTTTATATCTTTTATAAAAATAGATTAT
* * * * * * * *
6054 AATTGAATGTTTACCTCAAG-AAATGT-GATAAAAATATATCCATTGGTACGAAAAGTCCATTTA
545 AATTGAATGTCTACCT-AAGAAAATGTCAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTA
* * * * * **
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609 TTGTCACCCATACCTTTGAAAGC-CTTATAACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA
***
6181 NNN
673 CTT
***** * * * * * * * * *
6184 NNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTTTATCTTGGGAAAC
1 TAAGTTG-ATTTTTTTATA-CTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
* * * ** * ** * ****
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64 GTGAA-TAAAAGATATCCGTTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGA--AAGC
**** * * * * *
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126 CTTTTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * **
6377 TTTTATTGAAACAAGTTATAATTGAATGTCCATCTCGAGAAACATGAAGAACTAGATATCCATTG
190 TTTTATT-AAA-AAATTATAATTAAATGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * *
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253 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
* ******** * * * *
6507 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTNNNNNNNNNNTCATAAAAACAGATTATAGTTG
318 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTT--TATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** * * **
6572 AATGTCTACCTTAGAAAACAT-T-AAGAAAAACATATCC-ATGGGTAAGAACAGTCCATTTATAG
381 AATGTCTACCTTA-AGAA-ATGTGAATAAAAAGATATCCGCT-GACAAGAAAAATCTGTTTATAG
* **
6634 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT-TACTTGCTTGAAATGCTTTTATAAT-C-TGGCAATTGAT
443 TCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TATGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATACAT---AATTGAT
** * * ** * * * *
6696 TTGAAG-TTAAATTTTTTTACAT-TTTTAATTGAAACAGGTTATGATTGAATGTCTACCTCGAGA
504 TCAAAGCTT--AGTTTTTTATATCTTTT-ATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGA
* * * *
6759 AACATG--AA-AAATAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATGCCTTTGA
565 AA-ATGTCAAGAAA-AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTGA
* ********** *
6821 AAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
628 AAGCCTTATAACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* * * * ** * *
6869 TAATTTAATTTTTTTTGTA-TTTTTCGA-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGACAAA
1 TAAGTTGA-TTTTTTTATACTTTTT--ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
** * * * * * * * * *
6932 CATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCCAAAGC
63 TGTGAA-TAAAAGATATCCGTTGACA-AGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
*********** * * *
6996 CTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
126 CTT-TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATT
** * * * * * * * *
7061 TTCCATTAAACTAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAACATATCTATGG
190 TTTTATTAAA--AAATTATAATTAAATGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * **
7126 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC---TT--TCAATTTAAATGGTTT
253 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTT
*
7186 TTAATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TA-TATTTTATT-AAACAGATTATAAT
317 TT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATACT-TTTTATTAAAATAGATTATAAT
* ** * * * *** * ** ** *
7247 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAATAATATATCTATTGGCAAGAAAGGTCCATTTACAGT
379 TGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGCTGACAAGAAAAATCTGTTTATAGT
* * * * * * *
7312 CACTCATGCCTTCGGAAGCCT-TTTCACCTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGAATTT
444 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTATGT-ACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTG-ATTC
* * * * * * * **
7376 AAA--TTGAGTTTTTATACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAAC
506 AAAGCTT-AGTTTTT-TATATCTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAA-
* * * * ** * ** * *
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567 ATGTCAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTGAAAGC
* * * * *
7502 CTTATTACTCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATAGTTGACTT
632 CTTATAACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* * * * * ********** ** **
7546 TAACTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTNNNNNNNNNNGTCTACCTTAAGAAACA
1 TAAGTTG-ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * ** * * * * *
7611 TGAAGAAAAGGTAGCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
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* * * * *
7676 TTACTCGCTTTCAA-CGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTATG-TTAATTTTTTTATATTTTT
129 TTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT
** * * * * * * ** * *
7739 GGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTATACCTCAAAAAACATGAAG-AAAAGGCATCTATTAGCA
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* * * ***********
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256 AGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
* * * * * * * * *
7868 AATCTCATAGTTAATTTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTGTAATAGAAT
321 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * ** * * ** **
7933 ATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
384 GTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGCTGACAAGAAAAA-TCTGTTTATAGTCACC
* * * * * ** ********* **
7998 CATACTTTCAAAAGTCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAG-
448 CATGCCTTCGAAAG-CCTATGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTGATTCAAAGC
* * * * * *
8061 TTAAATTTTTTTTGTAT-TTTTGGTTAAAATA-CTTAATAATTGAATATCTACCT-AGAAAAATG
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* * * * * * * *
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570 TCAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
* * * *
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635 ATAAC-TCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGA-CTT
* * * * * * *
8229 TAACTTGAATGTTTT-TACATTTTCTCTTCAAACAGATTGTAATTGAATATCTACCTCGAGAAAT
1 TAAGTTGATTTTTTTATAC-TTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
* * * * ** * * * *
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64 GTG-AATAAAAGATATCCGTTGACAAG-AAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
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** * * * * *
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191 TTTATTAAAA-A-ATTATAATTAAATGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * *
8487 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCTAT-CCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGTTTT
254 CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
* * * ** * *
8551 TATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTCGGTTAAAACAGATAATAATT
318 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTATACTTTT-TATTAAAATAGATTATAATT
* * * * ** ** * * * *
8615 GAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGGAAAGTCTATTTATGGTC
380 GAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGCTGACAAGAAAAATCTGTTTATAGTC
* ** * * * * * *
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445 ACCCATGCCTTCGAAAGCC-TATGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAT-ACATAATTGA-TTCA
* * * * * *
8744 AATTGATCA-TTTTTGTAT-TC-TTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAAT
507 AA--GCTTAGTTTTT-TATATCTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAA-
* * ** *** *
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*
8868 TCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA--T
632 -CTTATAACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* ** * * * * * * **
8911 T---TTG--TGTTGAAT-TTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTACATTGAGAAACAT
1 TAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGT
* * ********** * * *
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* * * * * * * *
9034 ATTTCTCCCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGACTCT-AGGTTAAGTTTTTTAAATATT
129 -TTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATAT-TT
* ** **
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* * * *
9161 GTAAG-AAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTG
253 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
* ********** * * *
9225 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTAGTTAAAACAGATAATAATTA
318 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATACTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** * * * ** * * ** *
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381 AATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGCTGACAAGAAAAATCTGTTTATAGTCA
* * * ********** * **
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446 CCCATGCCTTCGAAAGCC-TATGTACTTGCTTTAAATATTTTTATAA-TACATAATTGATTCAAA
* * * * ** * * * **
9418 G-TTGAATTTTTTTACATGTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATATCTA-CGATGAAACACAT
509 GCTT--AGTTTTTTATATCTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAA-ATGT
* * * * * *
9481 GAGGAAAAAAATATCCATTATCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCAACCATACCTTTGAAAGCCTT
571 CAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTATTGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
* * ** * * *
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635 ATAACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* * * ** *
9586 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACCATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATG
1 TAAGTT-GATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATG
* * * * * * * * *****
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**** * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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253 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
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ATTTTTATAATCTCATAATTGACTT
Found at i:1728 original size:340 final size:339
Alignment explanation
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* * * * *
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* ********** * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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**********
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * ********* *
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255 GTAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAAT-ACTCACTTTAAATATTT
*
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* * * * *
681 CAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAATGT
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* * * * * *
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65 GAATAAAAAGATATCCGCTGA-CAAGAAAAA-TCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCC
* ** * * * * * *** * * *
807 TTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTAATAATTGATTTTCAGTTGCA-TGTTTTTACAA
127 TAT-TTACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTCATAATAGATTCAAAGCT-AATTGTTTTTA-TA
* * * ** * * *
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189 TCTTTTATTA-AACAA-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * * ************* * *
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317 TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
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* * * *
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*********** * * *
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131 TACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTCATAATAGATTCAAAGCTAATTGTTTTTATATCTTTTA
* * * * *
1217 TTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAATATATCCATTAGTAAGA
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* * * * * * * * *
1282 AAAGTCTATTTATTGTCATCCATTCCTTTGAAATCCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
261 AAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATATTTTTATAAT
*
1347 CTCATAATTGACTT
326 CTCATAATTGATTT
* *
1361 TAAGTTGATGTTTTTATACTCTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAAAAATGT
1 TAAGTTGAT-TTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGT
* * *
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** *
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* * * *
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* * *****
1617 GTAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGNNNN
255 GTAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATATTTT
******
1682 NNNNNNCTCATAATTGATTT
320 TATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
1702 TAAGTTTATTTTTT-TACATTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTC-AAGAAACG
1 TAAGTTGATTTTTTATAC-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAATG
* *
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TACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTCATAATAGATTCAAAGCTAATTGTTTTTATATCTTTTA
TTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGA
AAACTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATATTTTTATAAT
CTCATAATTGATTT
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * ** *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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** * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * ********** *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** ** * ** * *
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* ** *
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130 TCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTC
* * * * * *
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1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
** * * * * *
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* ** * * * * ***** ****
4651 TCTACCGATAAAAAAAGTTCAGTTATA-TTTTTTATAAAATC
130 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * ** ** * **** ** * **
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1 A-A--A-AGCCT-TAT-TACTCACTTTAA-ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTA
* * **** ** * * * * * ** **
4752 AAGTCTATTTATAGTCACCCATAGCTTCGAA-AGCCTTATTACTCACT-T-TAAAT--AGTTTNN
58 AA-TTTTTTTATA-T--TTTTTA--TTAAAACAG-ATTATAATTGAATATCTACCTCAAG---AA
********* ** * ** ****** * * * ** *
4812 NNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTG--AATTTTTTTACACTTT-TATTAAAACA-G-ATT-
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* ** ** * * * ** * ** * ********
4867 ATAATTGAATT-TTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCAAAAANNNNNNNNNNA
1 A-AA-AGCCTTATTA-CTC-----AC-TTTA-AATAGTTTTATAATCTC-ATAA--TTGATTTTA
* * *** * ** * *** * * ** *
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53 -AGTTA--AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT---ATAATTGAAT-ATCTACCTCAA-
** * ***** * * ** * * * ** * *
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** *****
5057 GAAACAT-AAAGA
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* ************* * * * * **
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1 AAAAGCCT-T--ATT-ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-ATT-TTAAG--TTA
** * * * * * * *
5128 -ATTGGTCACTT-TAAATGTTT-TTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTAT
58 AATT--T-TTTTAT-ATTTTTTATTAAAACA-GATTATA-------A-TTGAATA----T-CTA-
** *** * * * * * *** *
5190 TTTGGTTGAAACA-GAA-AATAATTGA-ATCTCTACCT--CAACAAACGTCAAGAAAAAGAT-A-
104 CCT-CAAGAAACATGAAGAA-AA-AGATATC-C-A-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCAC
* **
5248 TCAT-AATTC
162 CCATGCCTTC
* * * * * * * *
5257 AAAAGCCTTATTGCTC-TTTTTAATGGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * *
5321 TATATTTTTGATTTAAACAAATTATAATTTAATGTCTACACT-AGGAAACATAAAGAGAAAA-AT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAC-CTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGAT
* *
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* * * ** * * * * *
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1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
** * * * *
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*** * * *
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* *********** * * *
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* * * *** * * ****
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* * * * *
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* ** **
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*
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* * * * *
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* * * ** * *
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** * * *
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* * * * ***
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** * * *
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** * *
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* * *
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********* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *********** * *
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* * * * ** ** * *
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* * * *
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* ********** * *
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* ** * * ** *
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* * * *
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130 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
7161 AAAAGCC---TT--TCAATTTAAATGGTTTTTAATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* ** * *
7220 TTTATA--TTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAATAATAT
64 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT
* * * * *
7282 ATCTATTGGCAAGAAAGGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTC
129 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
** * * * * *
7325 GGAAGCCTT-TTCAC-CTGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAGTTT
1 AAAAGCCTTATT-ACTC-ACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * **
7387 TTATACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA
63 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * * * * * *
7452 TATCTATTGGCAATAAAAGTCCATTTAGAGTCAGCCACGCCTTT
128 TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * * * * *
7496 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATAGTTGACTTTAACTTGAAGTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * *********** * * *
7561 TACATTTTTTATTAAAATAGATTNNNNNNNNNNGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGTAG
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * * *
7625 CCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCTATGCCTTC
131 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * *
7666 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAA-CGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTT-AATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
** * * * * * **
7729 TTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTATACCTCAAAAAACATGAAG-AAAAGGCA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * *
7793 TCTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTC
130 TCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *********** * * * * *
7835 GAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAGTTAATTTTAACTTGAATGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * *
7900 TACATTTTTTCTTAAAACAGATTGTAATAGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTAT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* *
7965 CCATTGACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTC
131 CCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * **********
8007 AAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTT
* ** * * *
8072 TTGTATTTTTGGTTAAAATA-CTTAATAATTGAATATCTACCT--AGAAAAATGTGAAGAAAAAG
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATT-ATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACA--TGAAGAAAAAG
* * * **
8134 ACATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTC
127 ATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
8179 GAAAGCCTTATT-CTTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAGTT-ATTTTTAACTTGAATGT
1 AAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * * * *
8241 TTTTACATTTTCTCTTCAAACAGATTGTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAAGG
63 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * *
8306 TATCCATTGACAAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTC
128 TATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *
8351 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* ** * * * ** * *
8416 TACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCT-TGGGAATATGAAGAAAAAGATAT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * *
8480 CCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCTAT-CCTTTC
131 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTC
* * * *
8521 AAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
*** * * * * * *
8585 TTATATTTTCGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
** * * * * *
8650 TCCATTGGTAAGGAAAGTCTATTTATGGTCACCCATACCTTT
130 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ** * * * *
8692 AAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATTTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-GATCATTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* * * * * *
8756 TTGTATTCTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* ** ** *
8821 TTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTGGTAAACACCCATGCCTTT
130 TCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
8863 GAAA-CTCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT--G------TGT
1 AAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
** * * * * * **
8918 TGAAT-TTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
64 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT
********** * *
8982 ATCCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTC
129 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * * *
9025 GATAA-CCTTATTTCTCCCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGACTCTAGGTT-AAGTTT
1 -AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * * * * *
9087 TTTAAATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGCATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGA
64 TTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA
** *
9152 TATCCATTGGTAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATACCTTC
128 TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * **
9195 GAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT-GTTTGTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTNN
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
******** * * * * * * * *
9258 NNNNNNNNTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTGCC-CTGAGAAACATAAAGAAAATGA
65 TTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * *
9322 TATCCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTC
128 TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*********** * *
9365 AAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * * *
9430 TACATGTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATATCTACGATGAA-ACACATGAGGAAAAAAATA
66 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * *
9494 TCCATT-ATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCATACCTTT
130 TCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ** * *
9536 GAAAGCCTTGTTACTTTCTTTAAAT-GATTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* ** * ** *
9600 TTATATTTTTTATTAAAACATACCATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAGGT
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGAT
* * * *
9664 ATCCACTTG-TAAGAAAAAATTCATTTATAGTCACACATGCCTTC
129 ATCCA-TTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*********** ** * * * *
9708 GNNNNNNNNNNTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTGT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT
* * * * * * * * * *
9772 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAGCATGAAGAAAAAGATA
65 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
** *
9837 TCCATTGGTAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
130 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* ** *
9878 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
9942 TGTATTTTTCACTAAAACA-ATTTATAATT-ATTGTCTTA-CTCCAGAAACATGAAGAAAAAGAT
66 TATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATATC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT
* * * * ** * *
10004 ATTCATTGAGAAGAAAACTCTATTCGTAGACACCTATGCCTTC
129 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * ** *
10047 AAAACCCTTATTACTCACTTTCAGTAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGTGTTGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * * * * ** * *
10112 TATATTTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATTTCTATCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAGA
65 T-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGA
10177 TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
128 TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
10205 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5889, Mismatches: 1662, Indels: 701
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
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166 6 0.00
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204 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
Found at i:3879 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2131--4619 Score: 1665
Period size: 343 Copynumber: 7.3 Consensus size: 340
2121 TATTAGGAAA
* ** * * * *
2131 AAAAGCCTTATTAGTTGTTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * ** * * *
2196 TACATTTTTTGTTAAAATAG-TTAATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGAT
65 TATA-TTTTTATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGCCT-AC-CACGAAAACATGAAGAAAAAGAT
* ********** * *
2259 ATCCATTGGCAAG-AAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTC
126 ATCCATTGGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TT
* * * * *
2322 TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACA
190 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACA
* * * * * *
2386 TATAATAATTGAATATCTGCCTT-AGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTC
254 GATAATAATTAAATATCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTC
** * * * *
2450 TGTTTATACTCACCCGTACCTTC
318 CATTTATAGTCACACATGCCTTC
* * **********
2473 AAAA--CTCTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCT-TATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * *** * *
2536 TTACACTTTTTATTGAAATAGATTATAATTGAATTTTTACCTTAAG-AAATATGAAG-AAAAGAT
64 TTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACC--ACGAAAACATGAAGAAAAAGAT
* ** *
2599 ATCCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-ATAAGCCTTATTACTCGATT
126 ATCCATTGGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGATT
* * * * * * *
2662 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTT--TTTTTTTTATATTTTTTATTTAAATAA
190 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * * * *
2725 ATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCA
255 ATAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
**
2790 TTTATAGTCATTCATGCCTTC
320 TTTATAGTCACACATGCCTTC
* ** * **********
2811 AAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * * * ** *
2876 TATATTTTTGGTTGAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGATAT
65 TATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCACGA-AAACATGAAGAAAAAGATAT
* * ** ** * * *
2941 CAATTGGCAAG--AAAGTCCATTTATAACCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
128 CCATTGGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAA
********** * * * *
3004 ATAGNNNNNNNNNNTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGAC
193 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGA-
* * * * * * ** *
3069 T-GTAATTGAATGTCTTCC-TCAGGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATT--CATAGGAAAAGTC
256 TAATAATTAAATATCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCA-A-GAAAAGTC
* * *
3130 CATTTCTAGTCACTCATACCTTC
318 CATTTATAGTCACACATGCCTTC
* *
3153 AAAAGCCTTATTAGT-AGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAATGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TT
* * * * *
3216 TTTATATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTATCAAG-AAACATGCAGAAAAAGA
63 TTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-C-CTACCACGAAAACATGAAGAAAAAGA
* * *
3280 TATCCATTGGTAA-AAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
125 TATCCATTGGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATT
* * * *
3344 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAT
190 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
*
3408 ATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
255 ATAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
*
3473 TTTATAGTCACCCATGCCTTC
320 TTTATAGTCACACATGCCTTC
* * * *
3494 AGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTGTC
1 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* *
3559 TATATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCACCGAAAACATGAACG-AAAAGGTA
65 TATATTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCA-CGAAAACATGAA-GAAAAAGATA
* *
3623 TCCATTGGTAAGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGATTTA
127 TCCATTGGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTA
* * * *
3688 AGTGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTCT-TTCAAACAGA
192 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGA
* * ********** *
3752 TAATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCAT
256 TAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* *
3817 TTATAGTCACACATGTCTTT
321 TTATAGTCACACATGCCTTC
** * *
3837 AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAT-GCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * ** * * * * *
3901 TTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAACTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTTAAGAAAAAGAAA
64 TTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCACGA-AAACATGAAGAAAAAGATA
** * * * * *
3966 TTTATTCAG-AAG-AAAAGTTTATTTACAGTCACCCATACCTTCGAAGGCCTTATTACT-TACTT
127 TCCATT-GGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TT
* * *
4028 TAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTGTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATA
190 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT-TAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * *** * * * * *
4093 GATTATAATTAATTGTCTACCACAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCC
254 GATAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * *
4158 A-TTATAGTCTCTCATACCTTC
319 ATTTATAGTCACACATGCCTTC
* * *** * **********
4179 GAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT
* * * * * * * * *
4244 TTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAGCTTA-GGAAACGTAAAGAAAAAGAT
64 TTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTA-C-CACGAAAACATGAAGAAAAAGAT
* * ** * * *
4308 ATCCATTAGTAAGAAAAA-TCTATTTATTA-TCACCCATGCCTTTAAAAACCTTATTAGTCGCTT
126 ATCCATTGGTAAGAAAAAGTTTATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATT
* * * * * **
4371 TAAATATTTTTATATTTTCATAATTGATTTTAAGCA-GAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
190 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA--ATTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * ** ** * *
4434 AGAAAATAATTGAATGTCTGGCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTC
253 AGATAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTC
* ** *
4499 CATTCATAAG-CAGTCATACCTTC
318 CATTTAT-AGTCACACATGCCTTC
* ** * * * * *
4522 GAAAGCCTTATTACTCGCTATGAATAGTTTTACAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
4587 -TACGTTTTTTATTTAAAA-AGATTATAATTGAAT
66 ATA---TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAT
4620 ATTTGCCTCG
Statistics
Matches: 1700, Mismatches: 377, Indels: 140
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 92 0.05
339 156 0.09
340 122 0.07
341 286 0.17
342 501 0.29
343 522 0.31
344 21 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
ATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCACGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
TTGGTAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATA
ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACACATGCCTTC
Found at i:5386 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 5116--5386 Score: 309
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
5106 CACTCATGCC
* ** *
5116 TTCAAAAGCCTTATTGGTCACTTTAAATGTTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATAT
* * *
5181 TTTTACTATTTTGGTTGAAACAGAAAATAATTGAATCTCTACCTCAACAAACGTCAAGAAAAAGA
66 TTTTACTATTTTGATTGAAACAGAAAATAATTGAATCTCTACCTCAACAAACATAAAGAAAAAGA
5246 TATCATAA
131 TATCATAA
* * * * *
5254 TTCAAAAGCCTTATTGCTC-TTTTTAATGGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATAT
* * * * **
5318 TTTTA-TATTTTTGATTTAAACA-AATTATAATTTAATGTCTACACT-AGGAAACATAAAGAGAA
66 TTTTACTA-TTTTGATTGAAACAGAA-AATAATTGAATCTCTAC-CTCAACAAACATAAAGA-AA
5380 AA-ATATC
127 AAGATATC
5387 CATTAGTAAG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 18, Indels: 9
0.80 0.13 0.07
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136 4 0.04
137 83 0.75
138 24 0.22
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (138 bp):
TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATAT
TTTTACTATTTTGATTGAAACAGAAAATAATTGAATCTCTACCTCAACAAACATAAAGAAAAAGA
TATCATAA
Found at i:5748 original size:28 final size:28
Alignment explanation
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Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
5698 TTACCTCAAG
5708 AAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCA
1 AAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCA
5736 AAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCA
1 AAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCA
5764 A
1 A
5765 GAAAAATCCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 29 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.14, G:0.21, T:0.18
Consensus pattern (28 bp):
AAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGGCA
Found at i:10777 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10395--11881 Score: 1053
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
10385 NNNNNNNNNN
* * *
10395 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTGAAATGTTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
10460 ATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATCTCTTT-TATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * *
10524 ATGTCTACCTGGGGAAAAGTGAAGAAAAAAA-ATCCATTGG
130 ATGTCTACCTGGGGAACA-TGTAGAAAAAAATATCCATTGA
* * * ** **
10564 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
10629 ATTATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* *
10694 ATGTCTACCAT-GGGACACATGTGGAAAAAGATATCCATTGA
130 ATGTCTACC-TGGGGA-ACATGTAGAAAAAAATATCCATTGA
* * *
10735 TAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
10800 ATAATCTCATAATTAATTATAAGCTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * *
10864 AATGTCTGCCT-CAGAAAATGTAAAAAAAAAAAATCCATTGG
129 AATGTCTACCTGGGGAACATGT-AGAAAAAAATATCCATTGA
* * * * * *
10905 TAAGAGAAGTCGATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
10970 ACAAACTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * *
11035 ATGTCTTCCTTGGGGATCGTGGAGAAAAAAATATCTATT-A
130 ATGTCTACC-TGGGGAACATGTAGAAAAAAATATCCATTGA
* * * * ** * * * *
11075 GGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATGCCATCGAATTCCATGTTACACACTTTAAATGGTTT
1 -TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
11140 TATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * * * *
11205 GATGTCTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATTGA
129 AATGTCTA-CCTGGGGAACATGTAGAAAAAAATATCCATTGA
* * * * * * ******
11247 TAAGAAAATTTCGTTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCC-TATTTACTTGCTTTAAANNNNNN
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTT
**** * * * *
11311 NNNNATCTCATAATTGATTCTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * *
11376 AATGTCTACCTCGGTAA-ATGTAAAGAAAAAAATATCCATTGG
129 AATGTCTACCTGGGGAACATGT--AGAAAAAAATATCCATTGA
********** * *
11418 TAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTACAT-GTATT
1 TAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TT
********** * *
11482 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-NNNNNNNNNNTATATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * *
11546 AATGTCTACATCAGGAA-ATGCGAAGAAAAAGATATCTATT-A
129 AATGTCTACCTGGGGAACAT--GTAGAAAAAAATATCCATTGA
* * * * * * ** *
11587 GCAAG-AAATTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCTAAAG-CTTGTTTACTTTCTTTAAATGTTT
1 -TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** * * ***********
11650 TTATAATCTCATAATGGATTCAAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACNNNNNNNNNNT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
*** * *
11715 GAATGTCTACCT-CAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGA
128 GAATGTCTACCTGGGGAACATGT--AGAAAAAAATATCCATTGA
* * ********* *
11758 CAAGAAAAGTTCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * *
11822 ACAATCTTTTAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
Statistics
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0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 151 0.15
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171 480 0.48
172 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTGGGGAACATGTAGAAAAAAATATCCATTGA
Found at i:11020 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10395--11435 Score: 1046
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 341
10385 NNNNNNNNNN
* *
10395 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTGAAATGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTACCTTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTT
* * * * *
10459 TATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATCTCTTT-TATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
** * * *
10523 AATGTCTACCTGGGGAAAAGTGAAGAAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
130 AATGTCTACCTGCAGAAAAGTAAAAAAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCAC
** * ** * * *
10588 CCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATTATCTCATATTTGATTTTAAGT
195 CCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATAATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAACT
* *
10653 TGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GGGACACATGTG
260 TGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGGA-ACATG-G
*
10717 -GAAAAAGATATCCATT-G
323 AGAAAAAAATATCCATTAG
* *
10734 ATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTT
1 -TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTT
* *
10799 TATAATCTCATAATTAATTATAAGCTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * *
10863 GAATGTCTGCCT-CAGAAAATGTAAAAAAAAAAAATCCATTGGTAAGAGAAGTCGATTTATAGTC
129 GAATGTCTACCTGCAGAAAA-GTAAAAAAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTC
* ** *
10927 GCCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAA
193 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATAATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
10992 CTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGGATCGTGG
258 CTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGGAACATGG
*
11057 AGAAAAAAATATCTATTAG
323 AGAAAAAAATATCCATTAG
* * * * ** * * * *
11076 GAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACC-TATGCCATCGAATTCCATGTTACACACTTTAAATGGTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-TACCTTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTT
* * * *
11140 TATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * * ** *
11205 GATGTCTATATTG-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATTGATAAGAAAATTTCG-TTTATAGT
130 AATGTCTA-CCTGCAGAAAAGT-AAAAAAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAA-GTCGATTTATAGT
* * * * * ** ********** * *
11268 TACCTATGCCTTCGAAAGCC-TATTTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTCT
192 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTA-CTACTAACTTTAAATAATTTTACAAACTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
11332 AAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TCGGTAA-AT
256 AACTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGGAACAT
* *
11395 GTAAAGAAAAAAATATCCATTGG
321 G--GAGAAAAAAATATCCATTAG
11418 TAAGAAAAGTCCATTTAT
1 TAAGAAAAGTCCATTTAT
11436 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 100, Indels: 30
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 95 0.16
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342 166 0.28
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTGCAGAAAAGTAAAAAAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACC
CATACCTTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATAATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAACTT
GAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGGAACATGGAGA
AAAAAATATCCATTAG
Found at i:11549 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 10395--11703 Score: 1287
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 508
10385 NNNNNNNNNN
* *
10395 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCT-TGAAAT-GTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATACCTTC-AAAAGCCTTACTACTCGCTCT-AAATAG-T
* * * * *
10457 TTTATAATCTCTTAATTGATTTTAA-GTTGAATCTCTTT-TATTTTTTATTAAAATAAATTATAA
63 TTTACAAACTCATAATTGATTTTAACG-TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAA
* *
10520 TTGAATGTCTACC-TGGGGAAAAGTGAAGAAAAAAA-ATCCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTAT
127 TTGAATGTCTACCTTGGGG--ATGTGAAGAAAAAAATATCTATTAGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * *
10582 AGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAATTTTATTATCTCATATTTGATT
189 AGTCA-CCATGCCTTC-GAAACCTTGTTAC-AACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
10647 TTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGACAC
251 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAAC
** *
10712 ATGTGGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAGCCT
316 ATGAAGAAAAAGACATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAGCCT
10777 TGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGCTTAATTTTTTTATATTTT
381 TGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGCTTAATTTTTTTATATTTT
*
10842 TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAATGTAAAAAAAAAAAATCCATTGG
446 TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTAAAAAAAAAAAATCCATTGG
* * *
10905 TAAGAGAAGTCGATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTCTAAATAGTTTT
* * *
10970 ACAAACTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGA
66 ACAAACTCATAATTGATTTTAACGTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGA
* * *
11035 ATGTCTTCCTTGGGGATCGTGGAGAAAAAAATATCTATTAGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCAC
131 ATGTCTACCTTGGGGAT-GTGAAGAAAAAAATATCTATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
11100 CTATGCCATCGAATTCCATGTTACACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGT
195 C-ATGCCTTCGAA-ACCTTGTTACA-ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
11165 TAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTTGGATGTCTA-TATTGAGAAACGTGAA
257 TAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCA-TGAGAAACATGAA
* * * * *
11229 GAAAAAGACATCCATTGATAAGAAAATTTCGTTTATAGTTACC-TATGCCTTCGAAAGCCTAT-T
321 GAAAAAGACATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAT-TACCTTCGAAAGCCT-TGT
* ********** * * * *
11292 TACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTCTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTA
384 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGCTTAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
11357 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGTAAATGTAAAGAAAAAAATATCCATTGG
449 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTAAA-AAAAAAAAATCCATTGG
*********** * * *
11418 TAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTACAT-GTATT
1 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTCTAAATAGT-TT
* * ********** * * *
11482 TATAATCTCATAATTGATTTTAA-GNNNNNNNNNNTATATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTG
65 TACAAACTCATAATTGATTTTAACGTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTG
* * ** * * * *
11546 AATGTCTACATCAGGAAATGCGAAGAAAAAGATATCTATTAGCAAG-AAATTCTATTTATAGTCA
130 AATGTCTACCT-TGGGGATGTGAAGAAAAAAATATCTATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * ** * * **
11610 CACATGCCTTCTAAAGCTTGTTTACTTTCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTCAAAG
194 C-CATGCCTTCGAAACCTTG-TTAC-AACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
11675 TTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
256 TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
11704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 125, Indels: 41
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 84 0.13
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512 332 0.51
513 88 0.13
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTCTAAATAGTTTT
ACAAACTCATAATTGATTTTAACGTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGGGGATGTGAAGAAAAAAATATCTATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
ATGCCTTCGAAACCTTGTTACAACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAA
AGACATCCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCATTACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC
TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGCTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTAAAAAAAAAAAATCCATTGG
Done.