Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399674.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2920.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 804
Length: 1341
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 367 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--855 Score: 1014
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 171
* * * * * * * *
1 AAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAACCTCAGAATTGATTTTAATTTAAATTTTTATA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * *
66 TATTTTTTTATTAAATCGGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
66 TA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* * * * * *
131 TACTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
130 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * *
173 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATCATTTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAATTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTT-TAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
238 ATATTTTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGAAGAAGATATC
65 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
*
303 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGA
130 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * * * *
345 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTTTTATCTCATAACTAGTTTTAAATTGAA-CTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
408 ATATTTGTTATTAAAATAGATTCTAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACGTGAAAAAAAAAGATA
65 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG-AAACATG-AAGAAAAAGATA
* * * * * *
472 TCCACTGGCAAGAAAAATTCATTTATATTCACCTATGCCTTCGA
128 TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* *
516 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCGTAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * *
581 TAATTTGTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
66 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
*
646 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
131 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * * *
687 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * *
752 TATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAGATATCC
66 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * *
817 ATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTC
131 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 95, Indels: 15
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 44 0.08
171 315 0.54
172 186 0.32
173 34 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
Done.