Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399676.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2922.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25704
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 4766 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2340 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1586--2928 Score: 1440
Period size: 343 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
1576 NNNNNNNNNN
* * * *
1586 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTTACGTTATT
1 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTT
* * * ** *
1651 AGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAGGGTATTCATTGGCA
65 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * * * *
1715 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTGCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTCAACGATTTTA
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
1779 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTATTCATGAAAACAAACTATAATTGAA
194 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
1844 TGTCTACCT---TAAA---AAG-CAA-G--TT-ATTGAGAAAAAAAAATCTATCTATAGTCACCT
259 TGTCTACCTAAAGAAAGTGAAGAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT
*
1898 ATTCCTACAAAAGCCTTA
323 ATT-CTTCAAAAGCCTTA
* *
1916 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * **
1981 GCTAAAACAGACTATAACTGAATGTCGACCTTAAAAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
66 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * *
2046 GAAGAGTCCATTTATCGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
131 GAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2111 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTACATTCTTCATTAAGACAGATTATAATTGAAT
196 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
2176 GCCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACC
260 GTCTACCTAAAGAAA-GTGAAG-AAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
*
2240 TATTCTTGCAAAAACCTTA
322 TATTCTT-CAAAAGCCTTA
* * * *
2259 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCCATTCTTC
1 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTT
* * * * *
2324 A-TTAAACCATACTATAATTGAATGTTTACCT-AGGAAAACGTGCAG-AAAAAGCCATTCATTGG
65 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGG
* * *
2386 CAAGAAAAGTCTATTTATA-ACTGCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-GCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** *
2450 TATAGA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCGTCATTAAAACAGACTATAAAT
192 TATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTATTCATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
2514 GAATGTCTACTTTAGAA-AAAGTGCAA-ACAAAGCCATTTATTGAGAAGAAAAATCTATTTATAG
256 GAATGTCTAC-CTA-AAGAAAGTG-AAGA-AAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAG
*
2577 TCACCAATTCTATCAAAAGCCTTA
317 TCACCTATTCT-TCAAAAGCCTTA
* * * * *
2601 TTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
2666 -GTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCACAAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCA
65 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * *
2730 AGAAAAGTCTA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTGTAT
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * * ** * *
2794 AATCTCATAATTGATTTTGGGTTCCATATTTTTTGCATTATTGGTTAAAA-ATATTATAATTGAA
195 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * *
2858 TGTCTTCATTAAGAAACGTAAAGAAAAGGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
259 TGTCTACCTAAAGAAA-GTGAAGAAAAGG-CATTCATTGAG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCAC
*
2922 CCATTCT
321 CTATTCT
2929 CGCTTTCAAT
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 124, Indels: 69
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 48 0.06
330 142 0.17
331 41 0.05
334 3 0.00
338 3 0.00
339 2 0.00
340 14 0.02
341 123 0.14
342 218 0.26
343 245 0.29
344 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
TCTACCTAAAGAAAGTGAAGAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATT
CTTCAAAAGCCTTA
Found at i:2393 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1887--2928 Score: 1057
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
1877 AAAATCTATC
* *
1887 TATAGTCACCTATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
1952 ATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATT-TTTAGCTAAAACAGACTATAACTGAATGTCGACCTTAAA
65 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAAA
** *
2016 AAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAGAGTCCATT
128 AAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
2058 TATCGTC-GCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TATAGTCACCT-ATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
2122 GATTTTAGGTTCAATTGTTTTTACATTCTTCATTAAGACAGATTATAATTGAATGCCTACCTAAA
64 GATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAA
* * *
2187 GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCGTT
128 -AAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
2230 TATAGTCACCTATTCTTGCAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTG
1 TATAGTCACCTATTCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
2295 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTCCATTCTTCATTAAACCATACTATAATTGAATGTTTACCTAGGAA
65 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTA-AAA
* *
2360 AACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
129 AACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** *
2401 TATA-ACTGCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCATAAT
1 TATAGTCACCT-ATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA-ATCTCATAAT
* * * *
2464 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCGTCATTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACTTTAG
63 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTA-
* * * *
2529 AAAAA-GTGCAA-ACAAAGCCATTTATTGAG-AAGAAAAATCTATT
126 AAAAACGTG-AAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
2572 TATAGTCACCAATTCTATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTGATAATTG
1 TATAGTCACCTATTCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * ** *
2637 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATT-TTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACC-ACAA
65 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTA-AA
*
2700 GAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-T
128 -AAACGTGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
2742 TATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTGTATAATCTCATAAT
1 TATAGTCACCT-ATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT
** ** * * ** * * * *
2805 TGATTTTGGGTTCCATATTTTTTGCATTATTGGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTTCATTA
63 TGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTA
* * * *
2869 AGAAACGTAAAGAAAAGGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACT
126 AAAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
2913 TATAGTCACCCATTCT
1 TATAGTCACCTATTCT
2929 CGCTTTCAAT
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 103, Indels: 69
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 137 0.19
171 419 0.57
172 162 0.22
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TATAGTCACCTATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAAAA
CGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
Found at i:4329 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3786--4329 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
3776 NNNNNNNNNN
* * *
3786 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAGGTTCAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATGTTTTTA
* * * * * * * *
3851 CATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTATG--ACATTTAGAGAAAAAGACA
65 CATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACGTCAAGAAACATATA-A-AAAAAGCCA
* * * * *
3913 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATGGT-TACTCATTCCTTCAA
127 TTCATTGAG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCCATTTCTTCAA
* ********* *
3957 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTCTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAA-GTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGTTGAATGTTTT-
* * * ** * * *
4020 TACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGT-ATTA-GTCGTGGGAAACATGTAGAAAAAGCA
63 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACGTC--AAGAAACATATAAAAAAAGCC
* * * * *
4083 ATTGATTGAGAAGAAAAA-TCTGTTTATAGTCACCTATTTCTTCAN
126 ATTCATTGAGAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
********* * * *
4128 NNNNNNNNNTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATGTTTTTA
*
4193 CATTTTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATGACTACGTCAAGAAACATATAAAAAAAGCCATTC
65 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACGTCAAGAAACATATAAAAAAAGCCATTC
*
4258 ATTGAGAAAAAAAGTCTTTTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
130 ATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
*
4299 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
4330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 86, Indels: 34
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.06
171 225 0.83
172 19 0.07
173 9 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATGTTTTTAC
ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACGTCAAGAAACATATAAAAAAAGCCATTCA
TTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
Found at i:6518 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 6080--7267 Score: 534
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 166
6070 NNNNNNNTGA
* * * *
6080 AAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTACAAAAGCCTTAT
1 AAAAAAAGCCATTC-TTGAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTTA-CCATTCTTACAAAAGCCTTAT
* * * *
6144 TACTCGCTTTCAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATT-ACATTTTTC
63 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTCACATTTTTC
* * *
6208 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATG
126 CTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTG
* * * * *
6250 TAGAAAAATCCATTTCTTGAGAAAAAAAATCCATCTATAGTTACTTATTCCTACAAAAGCCTTAT
1 -AAAAAAAGCCA-TTCTTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTTAC-CATTCTTACAAAAGCCTTAT
* * ********* *
6315 TATTCGCTTTAAATGATNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTCTTCC
63 TACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTCC
* *
6380 TTAAAATAGACTCTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG
127 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTG
* * * * * * * *
6421 CAAAAAAGCCATTCGTTAACAATAAAAGTTCATTTATAGTTGCCAATTCCTTTC-AAAGCCTTAT
1 AAAAAAAGCCATTC-TTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTTACC-ATT-CTTACAAAAGCCTTAT
* *
6485 TACTCGATTTAAATGGTTTTATAGACTCATAATTGATTTGAAGTTAAA-TTTTTCTACATTTTTC
63 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTC-ACATTTTTC
* * * *
6549 AC-TAAAATAGACTATAAATGAATGTCTGCTATAGAAAAAGTG
126 -CTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTCCT-TAGGAAACGTG
* ** * * *
6591 TAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATTTATTTATAGTCATCCATTCTTTCCAAAGCCTTAT
1 -AAAAAAAGCCATTC-TTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTTA-CCATTCTTACAAAAGCCTTAT
********* * * * **
6656 TACTCGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
63 TACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTCC
* * * * *
6721 TTAAAACATACTATAATTGAGTGTCTACCACTA-GAAACGTA
127 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CC-TTAGGAAACGTG
* * *********
6762 AAGGAAAAAG-TATTCATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCNNNNNNNNNNAAAGCCT
1 AA--AAAAAGCCATTC-TTGAGAAA-AAAAATCCATTTATAGT-TACC-ATTCTTACAAAAGCCT
* * * * * *
6824 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGACCTCAGAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTT
60 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTT
* * * * *
6888 TCGGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTTTA-AAAACGTG
124 TC-CTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CC-TTAGGAAACGTG
** * * ********** * * *
6933 AAGAAAAAAACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCTCCCATTCCTCCAAAAGCCTTA
1 AA-AAAAAGCCATTC-TTGAG-AAAAAAAATC-CATTTATAGTTACCATTCTTACAAAAGCCTTA
* * * *
6997 TTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTT-ACATTAT
62 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTCACATTTT
** * * * * *
7061 TGGTTAAAAAATATTAAAATTGAATGTCTACCTTA-AAAATCGTG
124 TCCTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAA-CGTG
* * * * **********
7105 AAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTNNNNNNNNNNCCTTA
1 AA-AAAAAGCCATTC-TTGAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTTAC-CATTCTTACAAAAGCCTTA
* *** *
7169 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTCTTTTTTTTTTACATTTTT
62 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTCACATTTTT
** * * *
7234 TGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
125 CCTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTA
7268 TGACATATAG
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 203, Indels: 75
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 142 0.18
171 437 0.56
172 176 0.23
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
AAAAAAAGCCATTCTTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTTACCATTCTTACAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTCCTTAA
AATAGACTATAATTGAATGTCTCCTTAGGAAACGTG
Found at i:6669 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6080--6676 Score: 537
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
6070 NNNNNNNTGA
* * *
6080 AAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTACAAAAGCCTTAT
1 AAAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCTTACAAAAGCCTTAT
* * * *
6144 TACTCGCTTTCAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTACATTTTTCA
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTCA
* * *
6209 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-TGT
128 CTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTG-CTTA-GAAAAAGTGT
* * * * * * *
6251 AGAAAAATCCATTTC-TTGAGAAAAAAAATCCATCTATAGTTA-CTTATTCCTACAAAAGCCTTA
1 AAAAAAAGCCA-TTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCATC-CATTCTTACAAAAGCCTTA
* * ********* *
6314 TTATTCGCTTTAAATGATNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTCTTC
64 TTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTC
* * * * *
6379 -CTTAAAATAGACTCTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG-
127 AC-TAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-GCTTAGAAAAAGTGT
* * * * * * * *
6421 CAAAAAAGCCATTCGTTAACAATAAAAGTTCATTTATAGT--TGCCAATTCCTTTC-AAAGCCTT
1 AAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCAT-CC-ATT-CTTACAAAAGCCTT
* *
6483 ATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAGACTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTCTACATTTTT
63 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTT
*
6548 CACTAAAATAGACTATAAATGAATGTCTGCTATAGAAAAAGTGT
126 CACTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCT-TAGAAAAAGTGT
** * *
6592 AAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATTTATTTATAGTCATCCATTCTTTCCAAAGCCTTATT
1 AAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCTTACAAAAGCCTTATT
6657 ACTCGCTTTAAATGGTTTTA
66 ACTCGCTTTAAATGGTTTTA
6677 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 73, Indels: 42
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 131 0.39
171 189 0.57
172 6 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCTTACAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCACTA
AAATAGACTATAATTGAATGTCTGCTTAGAAAAAGTGT
Found at i:6994 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 6817--7136 Score: 387
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
6807 NNNNNNNNNN
* * * *
6817 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGACCTCAGAAATGATTTTAGGTTGAAT-TTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAACCTCAGAAATGATTTTAGGTTCAATATTTTT
*
6881 TACATT-TTCGGTTAAAACAA-ACTATAATTGAATATCTACCTTTAAAAA-CGTGAAGAAAAAAA
66 TACATTATT-GGTTAAAA-AATACTAAAATTGAATATCTACC-TTAAAAATCGTGAAGAAAAAAA
6943 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCTCCCATTCCTCCA
128 CATTCATTGGCAAGAAAAGTC----------CTCCCATTCCTCCA
* * *
6988 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAACCTCAGAAATGATTTTAGGTTCAATATTTTT
* * *
7053 TACATTATTGGTTAAAAAATATTAAAATTGAATGTCTACCTTAAAAATCGTGAAGAAAAAGACAT
66 TACATTATTGGTTAAAAAATACTAAAATTGAATATCTACCTTAAAAATCGTGAAGAAAAAAACAT
*
7118 TCATTGGTAAGAAAAGTCC
131 TCATTGGCAAGAAAAGTCC
7137 ATTTATAGTC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 12, Indels: 17
0.82 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.01
171 61 0.46
172 69 0.52
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAACCTCAGAAATGATTTTAGGTTCAATATTTTT
TACATTATTGGTTAAAAAATACTAAAATTGAATATCTACCTTAAAAATCGTGAAGAAAAAAACAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCTCCCATTCCTCCA
Found at i:7170 original size:172 final size:163
Alignment explanation
Indices: 6992--7330 Score: 396
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
6982 CCTCCAAAAG
* *
6992 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTCAATATTTTTTACA
*
7057 TTATTGGTTAAAAAATATTAAAATTGAATGTCTACCTTA-AAAATCGT-GA-AGAAAAAGACATT
66 TTATTGGTTAAAAAATATTAAAATTGAATGTCTACCTTATAAAAT-ATAGAGA-AAAAAGACATT
*
7119 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * **
7154 NNNNNNNNNNCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTCTTT
1 ----------CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTCAAT
* * * * * * *
7219 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTATGACATATAGAGAAAA
56 ATTTTTTACATTATTGGTTAAAAAATATTAAAATTGAATGTCTACCTTATAAAATATAGAGAAAA
* *
7284 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATT
121 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
7327 CCTT
1 CCTT
7331 CAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 17, Indels: 15
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.03
172 94 0.64
173 48 0.33
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (163 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTCAATATTTTTTACA
TTATTGGTTAAAAAATATTAAAATTGAATGTCTACCTTATAAAATATAGAGAAAAAAGACATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
Found at i:9548 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 9262--10031 Score: 647
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 173
9252 NNNNNNTCTT
* * * * * * *
9262 AATGAATGACTTTTTCTACATGTTTC-CAATGGCAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAA
* * * *
9325 GAATGT-AAACAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAATAAT
65 AAATGTAAAAC-AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAAT
* * *
9389 CAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCC
129 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
9434 AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTGTCAT-GAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACT-AA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAA
* * ********
9497 AAATATAAAACAAATTGAAAC-TAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNN
65 AAATGTAAAACAAATTG-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAAT
** *
9561 NNGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCC
129 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** *
9606 AAT-AATTGATTTTTTCTTCACGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACTGA
1 AATGAA-TGCCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGA
* * * * ** * * *
9668 AAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAACATCAATTATGAGATCATGAAACTTTTTAAAGCGAGTACT
64 AAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAAT
********** *
9732 AAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-C
129 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
9776 AGATAAATGCCTTTTTGTTCATGTCTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTGAC-GAC
1 A-ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAA
* * *
9840 AAATGTAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATG
65 AAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATA
** * *
9905 AGAATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCAC
130 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C
* * * *
9949 AATGAATGGCTTTTT-TTGTACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TGA
1 AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGA
*
10011 AAAATGTAAAA-AAATTCAACT
64 AAAATGTAAAACAAATTGAACT
10032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 115, Indels: 41
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 136 0.29
172 308 0.67
173 12 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAA
AATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
Found at i:10604 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10315--11809 Score: 1402
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
10305 NNNNTTTGCT
* * * * ** * **
10315 GGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTAGGTTTTTTGAGG
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGG
* * * * * * * *
10380 TAAAAATTTAATTATAATCTATTTTAACGAATAATGTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAAATATG
66 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
*
10445 AGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
131 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
10486 GGAATGAGAGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGG
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGG
* * * * *
10551 TAGACATTTAGTTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCATTTATG
66 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * *
10616 AGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
131 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *
10657 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGGC-TTTTTC--TACATGTTC-CT
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACAT-TTCTC-
* * * * * * * * ** *
10717 GAGGCAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAATGAAGAATGCAAAAGAATTCAATTTAAAATCAGT
62 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * *
10782 TATGAGATTTTAAAACAATTTAAAGTGTGTAAGAAGGCTTTTGCAA
127 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AA
* * * * *
10828 -GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATG-TTCTTTC-TT-CATGTTTTCTAA
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACAT-TTCTC-AA
* * * * * * *
10889 GGTAGACATTCAATTATAATAT-TTTTAACCAATAATGTAAAAAATGTTAAACCCAAAATCAATT
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATT
*
10953 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
128 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
10997 GGAATGGGAGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTT-CATGTTTTCTGA
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACAT-TTCTC-AA
* * * * * *
11060 GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAATATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* *
11125 TGAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
11168 GGAATGGGTGACCATAAATAGATTTTTCTT-CTCAATGAATGACCTTTTTT-TGTACATTT-TCT
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATG--CTTTTTTCTTTACATTTCTC-
* * * * * *
11230 ACA-GCAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAGAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
62 A-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * *
11293 TTATGAG-TATAGAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
126 TTATGAGAT-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** * * * *
11339 GAAATTGGCA-ACTATAAATGGACTTTCCTTTTCAATGAATGGC--TTTCCTATACGTTTCCCAA
1 GGAA-TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACATTTCTCAA
* * * * ** *
11401 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGTAAAAATATTCAAGTTACAATCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
*
11466 TGAGATTATAAAATCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTTAA
129 TGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAA
* * * * *
11510 -GAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
1 GGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAG
* * * * *
11573 GTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAATAATGTAAAAAAATTGC-GCCTAAAATCAATTA
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATT-CAACCTAAAATCAATTA
* **********
11637 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTTGAA
129 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
11680 GGAATGGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGG
* * * *
11745 TAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCATTTATG
66 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
11810 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1099, Mismatches: 185, Indels: 80
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 80 0.07
170 332 0.30
171 607 0.55
172 60 0.05
173 6 0.01
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGG
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Found at i:11071 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 10315--11809 Score: 1449
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
10305 NNNNTTTGCT
* * * * * *
10315 GGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTT-AGGTTTTTTGAG
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTTCATGTTTTCTGAG
* * * * * * * * *
10379 GTAAAAATTTAATTATAATCTATTTTAACGAATAATGTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAAATAT
65 GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
10444 GAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGTC
129 GAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
10509 TTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACA---TTTCTCAAGGTAGACATTTAGTTATAGTAT
193 TTTTCTTCCCAATGAATG-TTCTTTC-TTACACGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATAT
* * *
10571 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCATTTATGAGATCATAAAACCATTTAAA
255 GTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
10636 GCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
320 GCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * *
10657 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGGCTTTTTC-TACATG-TTCCTGA
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTTCATGTTTTCTGA
* * ** * * *
10719 GGCAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAATGAAGAATGCAAAAGAATTCAATTTAAAATCAGTTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
10784 TGAGATTTTAAAACAATTTAAAGTGTGTAAGAAGGCTTTTGCAA-GAATGAGTGACTATAAATGG
128 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAATGG
*
10848 ACTTTTCTTCCCAATGAATGTTCTTTCTT-CATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATAT-
191 ACTTTTCTTCCCAATGAATGTTCTTTCTTACACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATG
* * * *
10911 TTTTAACCAATAATGTAAAAAATGTTAAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
256 TTTTAACCAATAATGTAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
10976 GCGAGTAATAAGACTTTTGAA
320 GCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
* *
10997 GGAATGGGAGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTCATGTTTTCTGAGG
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTCATGTTTTCTGAGG
* * *
11062 TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AA-ATATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTA
66 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAGA-ATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
11125 TGAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGA
128 TGAGATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * ** * * * *
11190 TTTTTCTTCTCAATGAATGACCTTTTTTTGTACATTTTCTACA-GCAGACTTTCAATTATAGTAT
192 CTTTTCTTCCCAATGAATGTTC-TTTCTTACACGTTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATAT
** * * * *
11254 GTTTTAATGAAGAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TATAGAAAACTATTTAA
255 GTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAA
11317 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
319 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * ** * * * * **
11339 GAAATTGGCA-ACTATAAATGGACTTTCCTTTTCAATGAATGGC-TTTCCTAT-ACGTTTCCCAA
1 GGAA-TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTTCATGTTTTCTGA
* *
11401 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGTAAAAATATTCAAGTTACAATCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
11466 TGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTTAA-GAATG-GATGACTATAAATG
128 TGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATG
* *
11529 GACTTTTCTTACCAATGAATACCTT-TTTCTT-CACG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAA
190 GACTTTTCTTCCCAATGAAT--GTTCTTTCTTACACGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAA
* * ** *
11591 TCTTTTTTAATGAATAATGTAAAAAAATTGC-GCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
252 TATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATT-CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*********** *
11655 TAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTTGAA
316 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * *
11680 GGAATGGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTT-TCTTCAT-ATTTCTTAA
1 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCT-TTCATGTTTTC-TGA
* ** * * *
11743 GGTAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCATTTA
64 GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
11808 TG
128 TG
11810 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 165, Indels: 84
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 36 0.04
340 173 0.18
341 473 0.50
342 204 0.22
343 44 0.05
344 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTCATGTTTTCTGAGG
TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTCCCAATGAATGTTCTTTCTTACACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
ACCAATAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
AATAAGGCTTTTAAA
Found at i:11789 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 10389--11809 Score: 1607
Period size: 512 Copynumber: 2.8 Consensus size: 508
10379 GTAAAAATTT
* *
10389 AATTATAATCTATTTTAACGAATAATGTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACGAATAATGTAAAAATATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
10454 AACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCC
66 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * * *
10519 AATGAATGTTTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTTAGTTATAGTATGTTTTAACCAAA-
130 AATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAT
* * *
10583 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCATTTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
193 AATGTAAAAAAATTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
10648 GCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGGC-TTTTTCTACATG
257 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTTCTTCAT-
* * * * * *
10712 TTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAATGAAGAATGCAAAAGAATTCAATTTAAAA
321 TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** *** * **
10777 TCAGTTATGAGATTTTAAAACAATTTAAAGTGTGTAAGAAGGCTTTTGCAAGAATGAGTGACTAT
386 TCAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGAATGAGCAACTAT
* * * * *
10842 AAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGTTCTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTC
451 AAATGGACTTTCCTTCCCAATGAATGTGCTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * *
10900 AATTATAATAT-TTTTAACCAATAATGTAAAAAATGTTAAACCCAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTATTTTAACGAATAATGT-AAAAATATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
10964 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGTACTTTTCTTGC
65 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
11029 CAATGAATGCTTTTTCTTTCATGTTT-TCTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
129 CAATGAATCCTTTTTC-TTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAA
* * * *
11093 AT-ATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATA
191 ATAATGTAAAA-AAATTCACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
11157 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATGACCTTTTTT-TGT
255 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGA-CTTTTTTCT-T
*
11221 ACATTTTCTACA-GCAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAGAATGT-AAAAAATTCAACT
318 -CATTTTCTA-AGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
11284 TAAAATCAATTATGAG-TATAGAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATTG-
381 TAAAATCAATTATGAGAT-TAGAAAACAATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAAAG-AA-TGA
**
11346 GCAACTATAAATGGACTTTCCTTTTCAATGAATG-GCTTTCCTAT-ACGTTTCCCAAGGTAGACA
443 GCAACTATAAATGGACTTTCCTTCCCAATGAATGTGCTTT-CT-TCACGTTTCCCAAGGTAGACA
11409 TTC
506 TTC
* * * * ** *
11412 AATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGTAAAAATATTCAAGTTACAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTATTTTAACGAATAATGTAAAAATATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
11477 AATCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTTAA-GAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA
66 AA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
11540 CCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAA
128 CCAATGAAT-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* ********
11605 TAATGTAAAAAAATTGCGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGNNNNNNNN
192 TAATGTAAAAAAATT-CACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * *
11670 NNCTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-ACTTTTTTCTTCA
256 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTTCTTCA
* * * * ** * *
11733 TATTTCTTAAGGTAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
320 T-TTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
11798 AAATCATTTATG
383 AAATCAATTATG
11810 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 767, Mismatches: 113, Indels: 59
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 35 0.05
511 295 0.38
512 353 0.46
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514 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
AATTATAATCTATTTTAACGAATAATGTAAAAATATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAATAAT
GTAAAAAAATTCACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTTCTTCATTTTCT
AAGGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGAATGAGCAACTATAAATG
GACTTTCCTTCCCAATGAATGTGCTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTC
Found at i:12607 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12430--12783 Score: 380
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
12420 NNNNNNNNNN
* * * *
12430 TAAAATCAATTATGAGATTATAAATCTATTTACAGCGAATAATCAA-GCTTTTAAAGGAATGAGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAATAAT-AAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
**
12494 GACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-CGC-TTTTTC-TCTATGTGTT-ATGGGGTAGACA
65 GACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATCGCTTTTTTCTTC-ATGT-TTCATGAAGTAGACA
12555 TTTAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAACAATTGAAAC-
127 TTTAATTATAATATGTTTT-ACTAAAAAATGTAAAAA-AATT-AAACT
* * ********** *
12601 TAAAATCAGTTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * *
12666 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAATTGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTTA
66 ACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAATCGCTTTTTTCTTCATGTTTCATGAAGTAGACATTTA
* *
12731 ATTATAGTATGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
131 ATTATAATATGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTAAACT
12772 TAAAATCAATTA
1 TAAAATCAATTA
12784 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 25, Indels: 14
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.05
171 92 0.61
172 50 0.33
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
ACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAATCGCTTTTTTCTTCATGTTTCATGAAGTAGACATTTA
ATTATAATATGTTTTACTAAAAAATGTAAAAAAATTAAACT
Found at i:13450 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 12884--13963 Score: 1208
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 173
12874 NNNNNNNNNN
* * *
12884 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTCCATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCGATTTT
* * * * *
12949 TTTTACATTATTGGTTAAAAC-TATAATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAGG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAAAGAAAAAG
* * * *
13012 ACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATT-CT
131 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
13054 TGCACAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTTAAGTT-GAA
1 T-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTCGAT
* * ** * * * *
13117 TTGTTTTACATTCTTCATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATATAGAAA
63 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAAAGAAA
* * *
13181 AAGCCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCT
128 AAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
13227 TCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAA-CGATTTTATGACCTCACAAATGATTTTAGGTT-GATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCGATTT
* * * * * *
13289 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAATACAAAAAAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-ACATAAAGAAAA
* ** *
13354 AG-CTTTCATTGGCAAGAAAA-TACCATTTATAGTGTCTCATTCCT
129 AGACATTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
13398 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTT-GAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCGATTTT
** * * * * *
13462 TTTTACATTTTTATTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAACGTGAAGAAAAA-
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAAAGAAAAAG
* * * * *
13525 AGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCCT
131 A-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
13569 TCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTCAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCGATTTT
* * * * * *
13634 TTTTACATTATTGGCTAAAAAATATTATAACTG-ATGTCTACCTTAA-AAATCATAAAGAAAAGG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAAAGAAAAAG
13697 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
131 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
13740 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTCAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCGATTTT
* * * * *
13805 TTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTATG-ACATATAGAGAAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAAAGAAAAAG
* * * *
13869 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATTTCT
131 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
*
13912 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTCTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGATTT
13964 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 764, Mismatches: 123, Indels: 44
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 63 0.08
171 381 0.50
172 316 0.41
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCGATTTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAAAGAAAAAG
ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
Found at i:13878 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 12884--13963 Score: 1349
Period size: 514 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
12874 NNNNNNNNNN
* *
12884 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTCCATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATT
* * * *
12949 TTTTACATTATTGGTTAAAACTATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGGAC
66 TTTTACATTATTAGTTAAAACAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAC
* ** * *
13014 ATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCTTGCACAAGCCTTATTACTCGTTTTA
131 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * **
13079 AATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAGCAGA
196 AATGATTCTAAAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTATTCACTAAAAAAGA
* * * *
13144 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCAT
261 TTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCAT
* *
13209 TTATGGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATGACCTCACAAATG
326 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCACAAATG
* * *
13274 ATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGA
391 ATTGTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGA
* **
13339 AATACAAAAAAAAAAAGCTTTCATTGGCAAGAAAA-TACCATTTATAGTGTCTCATTCCT
456 AATA-AAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACTCATTCCT
* *
13398 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATT
* *
13462 TTTTACATTTTTATTTAAAACAA-ACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAACGTGAAGAAAAA
66 TTTTACATTATTAGTTAAAACAATA--ATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAA
** * * *
13525 -AGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCCTT-CAAAAGCGTTATTACTCG
128 GA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATT-CTTGCAAAAGCCTTATTACTCG
* ** * **
13588 CTTTAAAT-AGTTCTATAATCTCATAATTGA-TTTTGGGTTCAATATTTTTTACATTATTGGCTA
191 CTTTAAATGA-TTCTAAAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTCAAT-TGTTTTACATTATTCACTA
* * *
13651 AAAAATATTATAACTG-ATGTCTACCTTA-AAAATCATAAAGAAAAGGACATTCATTG-GCAAGA
254 AAAAAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAA-CATAAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAA
* * *
13713 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
317 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAAC
* * * * * *
13778 CTCATAATTGATTGTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
381 CTCACAAATGATTGTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGT
* * * * * * *
13843 CTACCTTATGACAT-ATAGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCA
445 CTACCTCAAGAAATAAAAAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
*
13907 TTTCT
509 TTCCT
*
13912 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTCTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGATTT
13964 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 66, Indels: 28
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 5 0.01
513 113 0.23
514 314 0.65
515 54 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATT
TTTTACATTATTAGTTAAAACAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAC
ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGATTCTAAAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTATTCACTAAAAAAGA
TTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCACAAATG
ATTGTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGA
AATAAAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
Found at i:15173 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 14451--16545 Score: 948
Period size: 343 Copynumber: 6.1 Consensus size: 337
14441 CATTGATACA
* * *
14451 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATA-CCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * *
14515 AACTCGTAATTAATTTTTAATTGAATTTTTTTTATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGT
64 ATCTCATAATTAA-TTTTAATTGAATGTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * **
14580 TTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCATT
128 TTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAGCTAACCATCGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCAAG
* * * * * * *
14645 CCTTCAAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
193 CCTTCAAAACCCTTACTACTTACTTTAAATGCTTTTATAAGCTAATAATTGACTTCAAGTTAAAT
* * * ** *** *
14710 TTTTTTATATTTTTTTTAGAACAGAATATAATCGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG
258 TTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGAATATAATCGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * *
14775 GTTTTCATTGGTAAG
323 ATATTCATTGGCAAG
* * * *
14790 AAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
14855 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAATGTTTTATATTTTTGGTTTAAAA-AGGTTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTAATTTTAA-TTG-AATGTTTTATATTTTTGG-CTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
14919 TTTGCCTTAAGGAATGTGAAGCAAAAGCTAACCATCGGCATGAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CT
127 TTTACCTTAAGAAACGTGAA-AAAAAGCTAACCATCGGCAAG-AAAAGTCCAATTATAGTCATC-
* ** * *
14983 CAAGCCTTCGAAAGTCTTACTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATGAGCTAATAATTGACTTCAAGT
189 CAAGCCTTCAAAACCCTTACTACTTACTTTAAAT-GCTTTTATAAGCTAATAATTGACTTCAAGT
** * *
15047 TAAATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAAAGTCTAACTCAAGAAACGTGAAG
253 TAAATTTTTTTATATTT-TTGTTAAAACAGAATATAATCGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGAAG
15112 AAAAAAATATTCATTGGCAAG
317 AAAAAAATATTCATTGGCAAG
*
15133 AAAAGTTCATTTATAGTCACGCATACCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
* * * * * * * * * *
15197 ATATCATAATTAATTTTATGTTCTATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTAAAT
64 ATCTCATAATTAATTTTA-ATT-GA-ATGTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAAT
*** * ** ** **** * * *
15262 GTTTACCTCGTGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTTATAAAAAAAAGTCC-TTCTATAGTCAC
126 GTTTACCTTAAGAAACGTGAA-AAAAAGCTAACCA-TCGGCAAGAAAAGTCCAAT-TATAGTCAT
** * * ** ** * * * *
15326 CCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
188 CCAAGCCTTCAAAACCCTTACTACTTACTTTAAAT-GCTTTTATAAGCTAATAATTGACTTCAAG
* * * * * * * * ** *** * *
15390 -TGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-AACTACAATTGAATGCCTGTCTTGGGACACATGT
252 TTAAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGAA-TATAATCGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGA
* * ***
15453 AGAAAAATATATTTATTTATAAG
315 AGAAAAAAATATTCATTGGCAAG
* * * * *
15476 AAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-CATCGCTTTTAATGATTTTATA
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTC-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * *** *
15540 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCACTAT-TTTTAGATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTAATTTTAA-TTGA--ATGTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *** * * *
15604 GTTTGCCTTAGGAAACAT-AAAGAGAACGGTATTTATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
126 GTTTACCTTAAGAAACGTGAAA-A-AAAGCTAACCA-TCGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAT
** * ** * * * * * * *
15667 CCATTCCTTCAAAAGCCTTTGTCCTCT-CTTTAAAAGGC-ATTATAATCTCATAATTGATTTTAA
188 CCAAGCCTTCAAAACCCTTACTACT-TACTTT-AAATGCTTTTATAAGCTAATAATTGACTTCAA
* * * * * * * * **
15730 TTTAAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAAACATG
251 GTTAAATTTTTTTATATT-TTTGTTAAAACAGAATATAATCGAAAGTCTAACTCAAG-AAACATG
* *
15794 TAG-AAAAAGTCATTCATTGAG-AAG
314 AAGAAAAAAAT-ATTCATTG-GCAAG
* * * * * * *
15818 AAAAATCCATTTATAATCACCCAT-TCTGTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGA-TTTAT
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCT-TC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAT
* * * * * * * *
15881 AATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTACAATTTTT-TCTTAAAACAAACTATAATTGA
63 AATCTCATAATTAATTTTA-ATTGAAT-GTTTTA-TATTTTTGGC-TAAAACAGATTATAATTGA
* ** ** * * *
15945 ATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-
124 ATGTTTACCTTAAGAAACGTG-A-AAAAAAGCTAACCATCGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
** * * * * ** * * * * **
16008 TCTCATTCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTG
187 TC-CAAGCCTTCAAAACCCTTACTACTTACTTTAAA-TGCTTTTATAAGCTAATAATTGACTTCA
* * * * * * * * * ** *
16072 GGTTCAATATTTTTTAAATTATTGGTTAAAATA-AATTATAATTGAATGTTTACCTCGTGAAACG
250 AGTTAAAT-TTTTTTATATT-TTTGTTAAAACAGAA-TATAATCGAAAGTCTAACTCAAGAAACA
* **
16136 TGAA-AAAAAAAGGCATTCATTGATAAG
312 TGAAGAAAAAAA--TATTCATTGGCAAG
* * ** *
16163 CAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA-ATTTTTGCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT
1 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATA-CCTT-C-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * * * *
16226 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACATTCTTCGTTAAAACAGACTATAACTGAAT
63 AATCTCATAATTAATTTTAA-TTGAATG-TTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * ** * ** * * * *
16290 CTCTACCTCAGGAAACATGTAGGAAAAGCCATTCATTGAG-AACAAAAGTCGATTTATAGTCA-C
126 GTTTACCTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGCTAACCATCG-GCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATC
* * * *** * * * * *
16353 CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAG-TTTTATAATCTGAT-ATATGATTTTAG
189 CAA-GCCTTCAAAACCCTTACTACTTACTTTAAAT-GCTTTTATAAGCTAATAAT-TGACTTCAA
* * * * * * * *
16416 GTTGAATTGTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAAAT-GAATGTCTACCTCAAGAAACGTA
251 GTTAAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGAATAT-AATCGAAAGTCTAACTCAAGAAACATG
** * * *
16480 AAGAAAAAAGCATTTATTGGTAGG
314 AAGAAAAAAATATTCATTGGCAAG
* *
16504 AAAAGTAT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATACCTTC-AAAGCCTTATT
16546 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1394, Mismatches: 282, Indels: 158
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.00
339 68 0.05
340 51 0.04
341 141 0.10
342 339 0.24
343 516 0.37
344 183 0.13
345 88 0.06
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
CTCATAATTAATTTTAATTGAATGTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA
CCTTAAGAAACGTGAAAAAAAGCTAACCATCGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCAAGCCT
TCAAAACCCTTACTACTTACTTTAAATGCTTTTATAAGCTAATAATTGACTTCAAGTTAAATTTT
TTTATATTTTTGTTAAAACAGAATATAATCGAAAGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATA
TTCATTGGCAAG
Found at i:15193 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14359--16867 Score: 1934
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 171
14349 NNNNNNNNNN
* * * * *** **
14359 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGTA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * * ** *
14423 CGTAAAG-CAAAAGCCATCCATTGATACA-AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
66 CATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
14486 CCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCGTAATTAATT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * *
14530 TTTAA-TTGAATTTTTTT-TATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * *
14593 CGTGAA-AAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAACC
66 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGC
**
14656 CTTATTACTTACTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ***
14698 TTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAGAACAGAATATAATCGAATGTCTGCCTTGGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * *
14762 CATGAAGAAAAAGGTTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
14827 TTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTAAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * *
14868 TTTAAGTTGAAATGTTTTATATTTTTGGTTTAAAA-AGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGGA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
** * ** * * * ** *
14932 ATGTGAAG-CAAAAGCTAACCATCGGCATGAAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
65 ACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGTAAG-AAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
14995 AGTCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGAGCTAATAATTGAC
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
15040 TTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTGTT-GTTAAAACAGGCTATAATTGAAAGTCTAACTCAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * *
15104 ACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACGCATACCTTCAAATGC
65 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* *
15169 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * **
15211 TTTATGTTCTATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTAAATGTTTACCTCGTGAA
1 TTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* ** * * * *
15276 ACATGAAGAAAAAAATATTCATTTATAAAAAAAAG-TCCTTCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
65 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGT-AAGAAAAGTTCATT-TATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
*
15340 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * ** *** *
15384 TTTAAG-TGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTACAATTGAATGCCTGTCTTGGGACA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * ** * * *
15448 CATGTAGAAAAATA-TATTTATTTATAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGC
66 CATGAAGAAAAA-AGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
*
15512 CTTATT-CATCGCTTTTAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** * * * *
15554 TTTAAGTTCACTATTTTTAGATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * ** * * *
15619 CATAAAGAGAACGGTATTTATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
66 CATGAAGAAAAAAGTATTCATT-GGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * **
15683 CTT-TGTCCTCTCTTTAAA-AGGCATTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTAT-TACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
15725 TTTAATTTAAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AA
* * * * *
15789 ACATGTAG-AAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATT-CTGTCAAA
65 ACATGAAGAAAAAAGT-ATTCATTG-GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAA
* * * * *
15851 AACCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAAATGAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * *
15896 TTTAGGTTGAATATTTTTACAATTTTTTCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * *
15961 ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAG
65 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* *
16025 CATTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * * * * **
16068 TTTGGGTTCAATATTTTTTAAATTATTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGTGAA
1 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * * * *
16133 ACGTGAAAAAAAAAGGCATTCATTGATAAGCAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATT-TTTGCGAA
65 ACATGAAGAAAAAA-GTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATTCCTT-CAAA
*
16196 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAAATGAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
16241 TTTAAGTTGAA-GTTTTTACATTCTTCGTTAAAACAGACTATAACTGAATCTCTACCTCAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * *
16305 CATGTAG-GAAAAGCCATTCATTGAG-AACAAAAG-TCGATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAA
66 CATGAAGAAAAAAG-TATTCATTG-GTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAA
* *
16366 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTGAT-ATATGAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGAT
* * * *
16411 TTTAGGTTGAATTGTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * *
16476 CGTAAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAGGAAAAGTAT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
66 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
********** *
16540 CTTATTGNNNNNNNNNNATTA-TTTTATAATCTCATAATTGA-
130 CTTATT-ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** * * * * * *
16581 TTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTCTTCATTAAAACATACTATAATTAAATGTTTGCCTTAGGAA
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * ** * * * *
16646 ACATGTAG-AAAAAGCCATTTATT-AAAAAAAAAATTCATTTATAATCACAT-AATCCTTCAAAA
65 ACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAA
* * * *
16708 GCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
16752 TTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTTAAAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * *
16817 TATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
66 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
16868 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1873, Mismatches: 390, Indels: 150
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 140 0.07
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172 386 0.21
173 177 0.09
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:15651 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 14557--16862 Score: 1831
Period size: 514 Copynumber: 4.5 Consensus size: 507
14547 TATTTTTGGC
* * * * * * * * * *
14557 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAA-AAAAAGGTATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGAAAGA
* * **
14621 AAAGTCCAATTATAGTCATCCAT-TCCTTCAAAACCCTTATTACTTACTTTAAAT-GCTTTTATA
66 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * * * * * *
14684 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAGAACAGAATATAATCGAATG
129 ATCTCATAAATAATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * * * ** * * *
14748 TCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCA
194 TTTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAA-ATATTCATTGAAAAAAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCA
* * * * *
14813 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTG
257 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
* * * *** * * ** * *
14877 AAATGTTTTATATTTTTGGTTTAAAA-AGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGGAATGTGAAG-
321 -AATTTTTTACATTTTT--CTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGA
* *** * * * * ** * * *
14940 CAAAAGCTAACCATCGGCATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTACTA
383 AAAAAGC-ATTTATTGGTAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * * * * **
15005 CTTGCTTTAAAT-AGTTTTATGAGCTAATAATTGACTTCAAGTTAAATTTTTTTATATT-TGTTG
446 -TCGCTTT-AATCA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTAAATTAT-TAA
15068 T
507 T
** * * ** * * * * *** * * *
15069 TAAAACAGGCTATAATTGAAAGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGAAAGA
* *
15134 AAAGTTCATTTATAGTCACGCATA-CCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * *
15198 TATCATAATTAATTTTATGTTCTATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTAAATG
130 TCTCATAAATAATTTTATGTT-GAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
15263 TTTACCTC-GTGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTTATAAAAAAAAGTCCTTCTATAGTCACC
194 TTTACCTCAG-GAAACATGTAG-AAAAAATATTCATTGA-AAAAAAAAGTCCTT-TATAGTCACC
* *
15327 CATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
255 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* * ** * * * * *
15391 GAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTACAATTGAATGCCTGTCTTGGGACACATGTAGA
320 GAA-TTTTTTACATTTTTC-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGA
* ** * *
15456 AAAATA-TATTTATTTATAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCA
383 AAAA-AGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-A
* * * * *
15520 TCGCTTTTAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCACTATTTTTAGATTTTTAAT
446 TCGC-TTTAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTAAATTATTAAT
* * * * *
15583 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAGAACGGTATTTATTAGGAAGA
1 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGAAAGA
* * **
15648 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTT-TGTCCTCTCTTTAAA-AGGCATTAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATATCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATA-GTTTTAT
* * * * * *
15710 AATCTCATAATTGATTTTAAT-TTAAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGACTATAATTGAA
128 AATCTCATAAATAATTTT-ATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
15774 TGTTTGCCTCAGAAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAA-TCCATTTATAATCAC
192 TGTTTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAAT-ATTCATTGA-AAAAAAAAGTCC-TTTATAGTCAC
* * * * * *
15838 CCATTCTGTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGT
254 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
15903 TGAATATTTTTACAATTTTTTCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA
319 TGAAT-TTTTTAC-A-TTTTTCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA
* * * *
15968 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCATTATTA
381 GAAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * **
16033 CTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTCAATATTTTTTAAATTATTGGT
446 -TCGCTTTAATCA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATA-TTTTTAAATTATTAAT
* * * * * * *
16098 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACC-TCGTGAAACGTGAAAAAAAAAGGCATTCATT-GATA
1 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACAT-AAAGAAAAAGGCATTTATTAGA-A
* ** *
16161 AGCAAAGTCCATTTATAGTCACCA-ATTTTTGCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATATCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTT
* * * * *
16224 ATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACATTCTTCGTTAAAACAGACTATAACTGA
126 ATAATCTCATAAATAATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * *** * * *
16288 ATCTCTACCTCAGGAAACATGTAGGAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCGATTTATAGTCAC
191 ATGTTTACCTCAGGAAACATGTA-GAAAAAATATTCATTGAAAAAAAAAGTC-CTTTATAGTCAC
* * * *
16353 CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTGAT-ATATGATTTTAGG
254 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAGG
** * * * * *
16417 TTGAATTGTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAA
318 TTGAATT-TTTTACATTTTT-CTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA
* *
16482 GAAAAAAGCATTTATTGGTAGGAAAAGTATATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTG
381 GAAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-
********* * * * * *
16547 NNNNNNNNNNATTATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTCTTCAT
445 -ATCGCTTTAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAA-TATTTTTAAATTATTAAT
* * ** * *
16611 TAAAACATACTATAATTAAATGTTTGCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTA-AAAAA
1 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGAAAGA
* * * * *
16675 AAAATTCATTTATAATCA-CATAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCAT-ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
16739 TCTCATAAATAATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGT
130 TCTCATAAATAATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * ** * * ** *
16804 CTACCTTAAAAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
195 TTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAA-TATTCATTGAAAAAAAAAGTCC-TTTATAGTC
16863 TCTCANNNNN
Statistics
Matches: 1450, Mismatches: 282, Indels: 124
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 75 0.05
512 207 0.14
513 236 0.16
514 472 0.33
515 286 0.20
516 167 0.12
517 3 0.00
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGAAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCATATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAAATAATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
TACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAATATTCATTGAAAAAAAAAGTCCTTTATAGTCACCCATTCT
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
TTTACATTTTTCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
TTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCGCTTTAAT
CATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTAAATTATTAAT
Found at i:16413 original size:857 final size:848
Alignment explanation
Indices: 14441--16867 Score: 2442
Period size: 857 Copynumber: 2.8 Consensus size: 848
14431 AAAAGCCATC
* * *** * *
14441 CATTGAT-ACAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAA
1 CATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * * * * ** * * *
14505 TGGTTTTATAAACTCGTAATTAATTTTTAA-TTGAATTTTTTTTATTTTTGGCTAAAACAGATTA
65 TTATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTA
* * * * * * *
14569 TAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGGTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCAATT
129 TAATTGAATCTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGATATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTT
* *** *
14632 ATAGTCATCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGA
193 ATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
14697 TTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAGAACAGAATATAATCGAATGTCTGCCTTGGGAAA
257 TTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* *
14762 CATGAAGAAAAAGGT-TTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGC
321 CATAAAGAAAAAGGTATTT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
14826 CTTAT-TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAA-TGTTTTATA
385 CTT-TGTACTCACTTTAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTCAAATTTTTTTACA
* * ** ** * **
14889 TTTTTGGTTTAAAAAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGGA-ATGTGAAGCAAAAGCTAACC
447 TTATTAG-TTAAAAAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGT--AGAAAAAGC-ATTC
* * * * * * * * * *
14952 ATCG-GCATGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTACTACTTGCTTTAAA
508 ATTGAG-AAGAAAAA-TCCATTTATAATCACACAATCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAA
* * * * * * * * * * * * *
15016 TAGTTTTATGAGCTAATAATTGACTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAACAGGCTA
570 TGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * *
15081 TAATTGAAAGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTT
635 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTT
* * * * *
15145 ATAGTCACGCATACCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAA
699 ATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATATCATAATTAA
* * * * * * *
15210 TTTTATGTTCTATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTAAATGTTTACCTCGTGA
764 TTTTAGGTTCAATATTTTTTAAATTATTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTACCTCGTGA
*
15275 AACATGAAGAAAAAAATATT
829 AACATGAAGAAAAAAACATT
* * * *
15295 CATTTATAAAAAAAAGTCC-TTCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAA
1 CATTGATAAAAAAAAGTCCATT-TATAGTCACCAATT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
15359 A-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAAC
64 ATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGAC
* ** * * * * * *
15422 TACAATTGAATGC-CTGTCTTGGGACACATGTAGAAAAATATATTTATTTATAAGAAAAGTCCAT
127 TATAATTGAAT-CTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
* *
15486 TTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-CATCGCTTTT-AATGATTTTATAATCTCATAA
191 TTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCG-TTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * *
15549 TTGATTTTAAGTTCACTATTTTTAGATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTA
253 TTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * *
15614 GGAAACATAAAGAGAACGGTATTTATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
316 GGAAACATAAAGAAAAAGGTATTTATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * ** *
15678 AAAGCCTTTGTCCTCTCTTTAAAAGGCATTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTT
380 AAAGCCTTTGTACTCACTTTAAAA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTCAAATTTTTTT
*
15743 ACATTATTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATGTAGAAAAAGTCATT
444 ACATTATTAGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGTAGAAAAAG-CATT
* * *
15808 CATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAATCAC-CCATTCTGTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
507 CATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAATCACACAATCCT-TCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAA
* * *
15872 TGGATTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTACAATTTTTTCTTAAAACAAACT
570 TGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAACAGACT
* *
15937 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
634 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * *
16002 ATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGA
699 ATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATATCATAATTAA
* * * * *
16067 TTTTGGGTTCAATATTTTTTAAATTATTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGTGA
764 TTTTAGGTTCAATATTTTTTAAATTATTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTACCTCGTGA
*
16132 AACGTGAA-AAAAAAAGGCATT
829 AACATGAAGAAAAAAA--CATT
**
16153 CATTGAT-AAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTTTGCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
16217 TTATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTCTTCGTTAAAACAGACTAT
65 TTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTAT
* * * ** * *
16282 AACTGAATCTCTACCTCAGGAAACATGTAGGAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCGATTTAT
130 AATTGAATCTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
*
16347 AGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTGAT-ATATGA
195 AGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAT-TGA
* * * * * *
16410 TTTTAGGTTGAATTGTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAA
257 TTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* * * * ** *
16475 ACGTAAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAGGAAAAGTATATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
320 ACATAAAGAAAAAGGTATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
********** ** * *
16540 CTTATTGNNNNNNNNNNATTA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTTCAATTTTTTTTACA
385 C-T-TTGTACTCACTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTCAAATTTTTTTACA
* * * * *
16603 TTCTTCA-TTAAAACATACTATAATTAAATGTTTGCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTA
447 TTATT-AGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGTAGAAAAAG-CATTCA
* * * *
16667 TT-AAAAAAAAAATTCATTTATAATCACATAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
509 TTGAGAAGAAAAATCCATTTATAATCACACAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGG
* * *
16731 TTTTATAATCTCATAAATAATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
573 TTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
* * * ** * *
16796 CTGAATGTCTACCTTAAAAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
638 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
16861 TCTCTCA
703 TCTCTCA
16868 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1290, Mismatches: 235, Indels: 95
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
854 20 0.02
855 191 0.15
856 286 0.22
857 752 0.58
858 32 0.02
859 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (848 bp):
CATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATA
ATTGAATCTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AGGTTGAATTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATAA
AGAAAAAGGTATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTTGT
ACTCACTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTCAAATTTTTTTACATTATTAGTT
AAAAAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAA
ATCCATTTATAATCACACAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATACCTT
CAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTCAATATTT
TTTAAATTATTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTACCTCGTGAAACATGAAGAAAAAAAC
ATT
Found at i:17252 original size:171 final size:164
Alignment explanation
Indices: 16967--17558 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 164
16957 NNNNNNNNNA
* * ** **
16967 TTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
1 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
17032 TCAAAAAAGTCCGTTTATAGTCATCCATTCCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTT
66 -AAAAAAAGTCCATTTATAGT--TCCATTTCT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG-TTTT
* * *
17097 ATAATCTCATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATT
126 ATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
* * *
17137 CTTCATTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG
1 -TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
*
17202 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
65 GAAA-AAAAGTCCATTTATAGTT-CC-ATTTCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTT
* * * **
17267 TCTAGACTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATANNN
125 TATA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TT
******* * * * * *
17309 NNNNNNNAAACATACTAGAATTGAATGTCT--GTTGTAGAAAACGTGCAGAAAAAAGCCATTCAT
1 TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGT-G-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA-
* * * * *
17372 TTAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGG
62 TTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGT-TCC-ATT-TCTTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAA-AG
* *
17436 TTGTATAACTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATT
122 TTTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATT
* * *
17480 TT-AGTTACAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGGAAAAA-ACATTCATT
1 TTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATT
*
17543 GGTAAGAAAAGTCCAT
64 GG-AAAAAAAGTCCAT
17559 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 66, Indels: 41
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 23 0.07
171 224 0.67
172 68 0.20
173 12 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (164 bp):
TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
AAAAAAAGTCCATTTATAGTTCCATTTCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAAC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
Found at i:17534 original size:172 final size:166
Alignment explanation
Indices: 16974--17803 Score: 508
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 166
16964 NNATTCATTA
* * ** ** *
16974 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTCAAAAA
1 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAAAAA
* * * * *
17039 AGTCCGTTTATAGTCATCCATTCCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCT
65 AGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CT
* * *
17104 CATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAC-ATTCTTCATT
128 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATT-TT-ATT
* * * *
17144 AAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAA
1 -AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAA-AA
** * * * *
17209 AAGTCCATTTATAGTTGCCAATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAGA
64 AAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCT-TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-A
* * ********
17273 CTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATANNNNNNNNNN
126 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA--ATTTTATT
* * * * * * *
17316 AAACATACTAGAATTGAATGTCT--GTTGTAGAAAACGTGCAGAAAAAAGCCATTCATTTAGAAA
1 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG--GGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA-TTGGAAA
* *
17379 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTGTATA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATA
*
17443 ACTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTAGTT
125 ACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTA-TT
* *
17486 ACAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGGAAAAA-ACATTCATTGGTAAGA
1 A-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGG-AAAA
*********** * * * * *
17550 AAAGTCCATNNNNNNNNNNTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTCTATAAT
63 AAAGTCCAT-TTATAGTCACCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-
* * *
17615 CTCATAATTGATTTT-AGATTCAATATTTTTTA-TATTATTGGTT
126 CTCATAATTGATTTTAAG-TTAAAT-TTTTTTACAATT-TT-ATT
********** * ** * * *
17658 AANNNNNNNNNNATTGAATATCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGAACATTCATTGGCAAGAA
1 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGG-AAAAA
* * ** * *
17722 AAGTTCTTTTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATC
64 AAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-C
*
17787 TTATAATTGATTTTAAG
127 TCATAATTGATTTTAAG
17804 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 129, Indels: 59
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.02
170 61 0.12
171 339 0.68
172 80 0.16
173 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAAAAA
GTCCATTTATAGTCACCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACTCAT
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTATT
Found at i:18852 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18521--21279 Score: 2781
Period size: 172 Copynumber: 16.1 Consensus size: 170
18511 NNNNNNNNNN
*
18521 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
18586 CTACCTCAAGAAACATGCAA-AAAAAGCCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
65 CTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ** * ** **
18649 ATTCCTTTAAAATTCTCATTACTTACTTTAAATAATTTTATAA
128 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * *
18692 TCGCATAATTGATTTTAGGTTCAATACCTTTTACATTTGTCATCAAAACAGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTT-TCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * ** *
18757 TCTATCTTGAGAGACATGAATAAAAAGGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
18822 TTTCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATGA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
18864 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
18929 CTA-CTTCGAGAAATGA-GAAGAAAAAAAGCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 CTACCTT-AAGAAA-CATGAAG-AAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
18991 CCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
126 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
19036 TCTCATAACTGATTTT-AGTTTCAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * * *
19100 GTCTACCTCAGGACACGT-AGAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATGGTCACT
63 GTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
19164 TATTCCTTCAAAAGCCTGATTATTCACTGTAAATGGTTTTATAA
127 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
19208 ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * * *
19273 T-TTGC-TACAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTGATTAAG-AACAAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 TCTACCTTA-A-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
19335 CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAT
126 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
19380 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * **
19445 CTACCTTAAGAAACGTAAATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTTAT
65 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*
19510 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * *
19551 TCTCATAATTGATTTTGGGTTCAATTTTTTTTACATTATTCATTAAAACAGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * ** * * *
19616 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATACACTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
19681 TTTCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* **
19723 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
19787 CTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAACTCAATTTAGAGTCTCCAA
65 CTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
19851 ATCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** **
19893 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGCTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
** *
19958 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTC-CCTCA
65 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CA
* * * * * *
20022 TTCCTTCACAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATAGCTTTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
20064 TCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATGCTTTTTACATTATTGATTCACACATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** *
20129 TCTACCTT-AGCAAAGGTGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
64 TCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
20193 ATT-CTTACAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAA
128 ATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
20236 TCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTC-TGTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTCAT-TAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
20300 TCTGCCTTAGGAAACATGTACAAAAAGTCATTTATTGAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTCACCC
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
20364 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
128 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
20407 TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACCGACTATAACTGAACGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *** * * *
20472 CTACCTTAAGAGATATGAAGAAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCA
65 CTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
20537 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
20579 TCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTATTCATTAAAAAATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * * *
20644 TTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCA
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
20709 TTCCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
20751 TCTTATAATTGATTTTAAGCTAAATTATTTTTACATTCTTCATTAAAATAGACTATAGTTGAATA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * ** ** *
20816 TCTACTTTAAGAAACGTGTAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCCAA
64 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * * *
20881 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACCTTAAATGATTTTATAG
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
20923 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
20988 CTATCTT-AGAAAACGTGCAA-AAAATGCCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACC
65 CTACCTTAAG-AAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* **********
21050 CATTCCTTCAAAAGCTTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAA
127 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** *
21094 TCTCATAATTGATTTT-AGGTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * ** * ******
21158 CTACC-TAAGGAATCGTGAAGAAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTNNNNNN
65 CTACCTTAA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
**** * * * *
21222 NNNNTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATTGTTCTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
21264 TCTCATAATTGATTTT
1 TCTCATAATTGATTTT
21280 GGATTCAATA
Statistics
Matches: 2134, Mismatches: 398, Indels: 113
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 280 0.13
171 675 0.32
172 1069 0.50
173 101 0.05
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:19561 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18521--25704 Score: 4074
Period size: 343 Copynumber: 21.0 Consensus size: 341
18511 NNNNNNNNNN
* *
18521 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
18586 CTACCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
66 -TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* ** * ** ** * * *
18651 TCCTTTAAAATTCTCATTACTTACTTTAAATAATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAGGTTCAA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * * * * *
18716 TACCTTTTACATTTGTCA-TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAGACATGAATAA
195 T-TTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAA
* ** * * *
18780 AAAGGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTAGTACTC
258 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
18845 GCTTTAAAAGGTTTTATGA
323 GCTTTAAATGGTTTTATAA
*
18864 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
18929 CTACTTC-GAGAAATGA-GAAGAAAAAAAGCAATT-ATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 -TTCCTCAG-GAAA-CATGTAG--AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
18990 CCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT-AG
125 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
19054 TTTCAATTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGACACGT
190 -TTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * * * ** *
19118 -AGAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATGGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTG
252 GA-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
19182 ATTATTCACTGTAAATGGTTTTATAA
316 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
19208 ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
19273 TTTGCTACAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTGATTAAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
65 TTTCCT-CAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
19338 TTTCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
19403 ATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAATAAA
194 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
* * ** *
19468 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
259 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
19533 CTTTAAATGGTTTTATAA
324 CTTTAAATGGTTTTATAA
** * * *
19551 TCTCATAATTGATTTTGGGTTCAATTTTTTTTACATTATTCATTAAAACAGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * ** * * * * * *
19616 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATACACTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA
65 T-TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
19681 TTTCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
19746 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAA
194 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * * *
19810 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTCAATTTAGAGTCTCCAAATCTTTCAAAAGCCTTATTATTCG
259 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
19875 TTTTAAATAGTTTTATAA
324 CTTTAAATGGTTTTATAA
* ** **
19893 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGCTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * *
19958 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTC-CCTCA
66 -TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CA
* * * * * * * *
20022 TTCCTTCACAAGCTTTGTTACTTGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
20087 ATGCTTTTTACATTATT-GATTCACACATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGCAAAGGTGAAG
194 AT-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAG
* * *
20150 AAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTACAAAAGCCTTATTG
256 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTA
*
20214 CTCGCTTTAAATGATTTTATAA
320 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
20236 TCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTC-TGTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT-TAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * *
20300 TCTGCCTTAGGAAACATGTACAAAAAGTCATTTATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCA
65 T-TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
20365 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * **
20430 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACCGACTATAACTGAACGTCTACCTTAAGAGATATGAAGAAA
194 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AA
** * * *
20495 AAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
258 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
20560 CCTTTAAATGGTTTTGTAA
323 GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
20579 TCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTATTCATTAAAAAATATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * * *
20644 TTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCC
65 TTT-CCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
20708 ATTCCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTA
128 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
20773 AATTATTTTTACATTCTTCA-TTAAAATAGACTATAGTTGAATATCTACTTTAAGAAACGTGTAG
193 AATT-TTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
* ** *
20837 AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
256 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * *
20902 TTACCTTAAATGATTTTATAG
321 TCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
20923 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
20988 CTAT-CTTAGAAAACGTGCA-AAAAATGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
66 -T-TCCTCAGGAAACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ********** * *
21051 ATTCCTTCAAAAGCTTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTA
128 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
21115 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGGAATCGTGAAGA
193 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACGTGAAGA
** * **********
21179 AAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACT
257 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
21244 CACTTTAGATTGTTCTATAA
322 CGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * * *
21264 TCTCATAATTGATTTT-GGATTCAATATTTTTTACATTATTGGTTAAAAAATATTATAATTGATT
1 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
****************************************************
21328 GTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 GT-----------TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTT
**********************************************
21393 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGA
118 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * **
21458 TTTTAGGTTTAATTTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGA
183 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* ** * * * * * *
21522 CATAT-AGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAA
247 AACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
21586 G----------C-C-----------TTATAA
311 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
21595 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCACTAAAAAAGACTATAATTAAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
21660 CTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAAAAAAATCCTTTTATAGTCTCTCA
66 -TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * **********
21724 TTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
21789 ATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AGGCTATAACTAAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-CA
194 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
* * * **
21852 AAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
259 AAAG-CATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** *
21916 TACTTTAAATGATTTTATAA
322 CGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * * ******
21936 ACTCGTAATTAATTTTTAGTTGAATATTTTTT--ATTTTTGGTTAAAACATATTATAANNNNNNN
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA-TTGAAT
**** * * * ** * * * * *
21999 NNNACTTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCTTTG-GTAAAAAAAGTCTAGTTATAGTCATC
64 GTTTCCTCAG-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ********** * * *
22062 CATTCCTTCAAATGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGATGTT
127 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * *
22127 CCATCTTTTTTACATTTTAAGTTAAAACAAACTATAATTAAATATCTA-CTTCATGTAACGTGAA
192 GAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAA
* * * * * * **
22191 G-AAAAAGATATTCATTGACAAGAAAATTTCATCTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATT
255 GAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
22255 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
319 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
22278 TCTCATAATTGAGTTTAAG-TGGAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGC
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-
*** * * * * * * *
22342 TTGT-CTC-GAGAATTGTGTAGAAAAATG-CATTTATTTATAAGAAAAGTCAATTTATAATCTCT
65 TT-TCCTCAG-GAAACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** *
22404 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTCTCAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
127 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
22469 GAATTTTTTTTATATTATTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAA
192 GAA-TTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA
* * * *
22533 G-AAAACGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGT
255 GAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** *** *
22597 CCTCACATTAAAAAGCACTGTAA
319 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
22620 TCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTT-ATTAAAATAGACTATAATTAAATA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * * *
22684 TTTGTTTCAAGAAACATATAGGAAAAGTCATTCATT-ATGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
65 TTT-CCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
22748 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAGGTTA
128 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * *
22813 AATTGTTTTACTTTTTTGGTTAAAAAAAATTATAACT-ATATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGG
193 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGA
* * * *
22877 AAAAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
257 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
22942 CTCTTTGAATGGTTTTATAA
322 CGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * * *
22962 TCTCATAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTAAATTATTAACTAAAACATATTAAAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * * * **
23027 TCTGCCTC-GAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTAGTTATAGTCATT
65 T-TTCCTCAG-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
23090 TATT-CTTGCAAAAGCCTTCTCATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
127 CATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
23154 TAAATTGTTTTACATTGTTCA-TTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAAGTGTA
191 TGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA
* * * * * *
23218 G-AAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAATTCATTTAAAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTAT
255 GAAAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
23281 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
318 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
23305 TCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* *
23370 GTGT-CT-TGGAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAACG-AAAGTCTATTTATAGTCACC
66 -T-TCCTCAGG-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
23432 CATT-CTTGCAAAA-CCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAG
127 CATTCCTT-CAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
23495 TTGAA-TTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGTA
190 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA
* * * * ** * *
23559 G-AAAAAGTCATTCATTAAG-AACAAAAGTCCATTTATAGTGACCAATTCCTGGAAAAACCTTAC
255 GAAAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
23622 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
318 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * **
23646 TCTCAT-ATATGATTTTAGGTTGAATTATTTTAC-TTTCTTGGTTAGAACAGAATATAACCGAAT
1 TCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * **
23709 GTCTACCTCAAG-AA-ATGTTAAAAAATAAG-TATTCATTG-GCAGGAAAAGTATATTTATAGTC
64 GT-TTCCTCAGGAAACATG-T-AGAAA-AAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **
23770 TCCCATTCCTTAAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
124 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
23834 GCATCAAATTTTTTACATTATTCA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
189 G-TTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * * *
23898 GAA-AAAAAATGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATT--TTGGCTAAAGCC
252 GAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT--CAAAAGCC
**
23960 TTATTACTC-CTTTTAAATAATTTTATAA
314 TTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAA
* *
23988 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
24053 CTACCTCAGGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCGTTGAGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
66 -TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * *
24118 TCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATTATTGATTTT-AGACTCA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA
* * * * * *
24182 ATCTTTTTTTACATTATTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAA-AAATGTGAAG
194 A--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TTAAGAAACGTGAAG
* ** * *** * * * * *
24246 AACAGGGCATTTATTTTTAAGAAAAGTTCATATGTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAGTAC
256 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
24311 TCTCTTTAAAAGGCTTTCTGA
321 TCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *** *
24332 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
24397 CTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAATGCAACT-ATT-AGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCA--C-
66 -TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
****************************************************************
24456 -NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
************************************ * *
24520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
194 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * **
24585 AAAGCATTTATTGGTAAGAAAACTCAATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
259 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
24650 TTTTAAATAGTTTTATAA
324 CTTTAAATGGTTTTATAA
******************** *
24668 TCTCATAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAAATGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * ** * * *
24732 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAGTGTCTATTTATAGTCTCT
65 T-TTCCTCAGGAAACATGTAGAA-AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * ********** *
24795 CATTTCTTCACAAGCCTTGTTACTCTCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
127 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
24860 CAATGTTTTTTACATTATTGGTTCAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTACGAAACATGAAG
192 GAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
** * * *
24925 -AAAGGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATT-CTTGCAAAAACCTTATTA
256 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTA
* *
24988 CTTGCTTTAAATGGTTTTACAA
320 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
25010 TCTCATAATCGATTGTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
25075 CTGCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTTATTAAGAA-AAAAATCCATTTATAGTCACCCAT
66 -TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
********** * *
25139 TCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
25204 TATTTTTACATTTTTAGTTAAAACCGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAGACATGAGGAAAA
195 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * **********
25269 AAACATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGC
260 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
25334 TCTAAATGGTTTTATAA
325 TTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
25351 TCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTACATTATTCATTAAAACA-ATTTATAATTGAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-CTATAATTGAAT
* * ** *
25415 GTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACC
64 GTTT-CCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * **********
25479 CATTTCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTT
127 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** * *
25544 AAATTTTTTTACATTCTTCA-TTCAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGTAG
192 GAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
* * *** *
25608 -AAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
256 AAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
25672 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAG
320 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
25694 TCTCATAATTG
1 TCTCATAATTG
Statistics
Matches: 5125, Mismatches: 1523, Indels: 386
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
318 4 0.00
319 72 0.01
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330 32 0.01
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339 3 0.00
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352 34 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
TTCCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAA
Found at i:21714 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 21440--21741 Score: 385
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
21430 NNNNNNNNNT
* * * * * * *
21440 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTTTAGTTAAAACATATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTAGCTAAAAAAGACTATAATT
* *** * * * *
21505 GAATGTCTACCTTGTGACATATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATGGTC
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21570 ACTCATTCCTTCAAAAGCC
131 ACTCATTCCTTCAAAAGCC
21589 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTCA-CTAAAAAAGACTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-TTTT-AGCTAAAAAAGACTATAA
* *
21652 TTAAATGTCTACCTCAAGAAACGT-GTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATCCTTTTATA
64 TTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAG-AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATA
* *
21716 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCT
128 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
21738 TTAT
1 TTAT
21742 TACTTGCTTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 10 0.08
149 120 0.92
150 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (149 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTAGCTAAAAAAGACTATAATT
AAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTC
ACTCATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:22740 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21589--24396 Score: 1671
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 170
21579 TTCAAAAGCC
* * *
21589 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTCACTAAAAAAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * * * *
21653 TAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAAAAAAATCCT-TTTATA
64 TGAATGTTTGCTTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGT-CTATTTATA
* * * * *
21716 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
127 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
********** * * * *
21760 TTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AGGCTATAACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
21824 AAATGTTTACCTTAG-GAAACATGA-AGCAAAAGCCATCCATT-GGCACGAAAAGGTC-ATTTAT
65 GAATGTTT-GCTTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAA-GTCTATTTAT
* ** ** *
21885 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATT
126 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
21930 TTATAAACTCGTAATTAATTTTTAGTTGAATATT-TTTT--ATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAA
*********** * ** ** * *
21992 NNNNNNNNNNACTTCGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGTATTC-TTTGGTAAAAAAAGTCTAGTTAT
63 TTGAATGTTTGCTTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * **********
22055 AGTCATCCATTCCTTCAAATGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTT
126 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * ** * * *
22100 TTATAATGTCATAATTGATTTGATGTTCCATCTTTTTTACATTTTAAGTTAAAACAAACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TGTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * ** * * * *
22165 TAAATATCTACTTC-ATGTAACGTGA-AGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAA-TTTCATCTAT
64 TGAATGTTTGCTTCGA-GAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* **
22227 AGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
126 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** * * *
22272 TTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTGGAGTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATT
* *** * * * * * *
22336 GAATGCTTG-TCTCGAGAATTGTGTAGAAAAATG-CATTTATTTATAAGAAAAGTCAATTTATAA
65 GAATGTTTGCT-TCGAGAAACATATAGAAAAA-GCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * * **
22399 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTCTCAATAATT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
22442 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTATTTATTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
22507 TGAATGTTTGCCTT-GAGAAACATAAAGAAAACGACATTTATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TGAATGTTTG-CTTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * ** **
22570 CTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTCCTCACATTAAAAAGCA
127 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
22614 CTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTTATTAAAATAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
22679 AAATATTTGTTTCAAGAAACATATAGGAAAAGTCATTCATTATGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
65 GAATGTTTGCTTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
22744 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
130 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * * * *
22785 TTATAATCTTATAAATAATTTTAGGTTAAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAAAAAAAATTATAACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * *
22850 -ATATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGGAAAAAG-CATTCATT-CGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 GA-ATGTTTGCTTCGAGAAACAT-ATA-GAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
22911 AGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTGAATGGTT
126 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * * * *
22956 TTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTAAATTATTAACTAAAACATATTAAAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAAT
* * ** * * *
23021 TGAATGTCTGCCTCGAGAAATGTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCTAGTTATA
64 TGAATGTTTGCTTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATA
*** * * *
23084 GTCATTTATT-CTTGCAAAAGCCTTCTCATTCGCTTTAAATGGTT
127 GTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
23128 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTGTTCATTAAAACAGACTGTAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
23193 GAATGTTTTCCTT-GAGAAA-AGTGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAAT-TCATTTAAA
65 GAATG-TTTGCTTCGAGAAACA-TATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCT-ATTTATA
* *
23255 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
127 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
23299 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
23364 GAATGTGTGTCTTGGA-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAACG-AAAGTCTATTTATAG
65 GAATGTTTG-CTTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAA-GAAAAGTCTATTTATAG
23427 TCACCCATT-CTTGCAAAA-CCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
128 TCACCCATTCCTT-CAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
23470 ATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
23534 GAATGTTTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTAAGAACAAAAGTCCATTTATAGTG
65 GAATGTTTGCTTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* ** * *
23599 ACCAATTCCTGGAAAAACCTTACTACTCGCTTTAAATGGTT
130 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
23640 TTATAATCTCAT-ATATGATTTTAGGTTGAATTATTTTAC-TTTCTTGGTTAGAACAGAATATAA
1 TTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTT-TT-ATTAAAACAGACTATAA
** * * * * ** * * * * *
23703 CCGAATGTCTACCTCAAGAAATGT-TAAAAAATAAG-TATTCATT-GGCAGGAAAAGTATATTTA
63 TTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATAT-AGAAA-AAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTA
* * * **
23765 TAGTCTCCCATTCCTTAAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATTATT
125 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
23811 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCATCAAATT-TTTTACATTATTCATTAAAACAAATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG--TTAAATTGTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAA
** * * * *
23874 TTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGA-AAAAAAATG-CATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTT
63 TTGAATGT-TTGCTTCGAGAAACAT-ATAGAAAAA-GCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTT
* * **
23935 ATAGTTACCCATT--TTGGCTAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAATT
124 ATAGTCACCCATTCCTT--CAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTT
* * * *
23982 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAAACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * * * *
24047 GAATGTCTACCTC-AGGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCGTTGAGGAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 GAATGTTTGCTTCGA-GAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
24111 CACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * ** * *
24153 TTTTAATCTCATTATTGATTTTAGACTCAATCTTTTTTTACATTATTGGTCAAAACAGATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAA-ATTGTTTTACATT-TTTATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * *** *
24218 TTGAATG--T-CTACCATGAAAAATGT-GAAGAACAGGGCATTTATTTTTAAGAAAAGT-TCATA
63 TTGAATGTTTGCTTCGA-GAAACATATAGAA-AA-A-GCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCT-ATT
* * * * * *
24278 TGTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAAAGGCT
123 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
24326 TTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT-TGGTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAT--TAAAACAGACTATAAT
24390 TGAATGT
64 TGAATGT
24397 CTACCTCAAG
Statistics
Matches: 2067, Mismatches: 466, Indels: 207
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 31 0.01
170 495 0.24
171 1010 0.49
172 407 0.20
173 119 0.06
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
AATGTTTGCTTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
Found at i:23051 original size:514 final size:505
Alignment explanation
Indices: 21589--24453 Score: 1908
Period size: 514 Copynumber: 5.6 Consensus size: 505
21579 TTCAAAAGCC
* * * * *
21589 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTCACTAAAAAAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTG-TTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAAT
* *** * * * * *
21653 TAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAAAAAAATCCT-TTTATA
65 TGAATGT-TTTTTCAAGAAA-AT-TAGAAAAAGTCATTCATTAAG-AAGAAAAGT--TATTTATA
* * * * * *******
21716 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNN
124 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
*** * * *** * * * *
21781 NNNGTTGAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAAA-AGGCTATAACTAAATGTTTACCTTAGGAAAC
189 TAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAAC
* * * * * **
21844 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAAGC
252 ATGAAGAAAAAG-CATTCATT-GCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCTC-CCATTCTTGCAAAAGC
** * * * * *
21907 CTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAAACTCGTAATTAATTTTTAGTTGAATATTTTTTAT-T
313 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATAT
** * * *********** * * ** *
21971 T-TTGGTTAAAACATATTATAANNNNNNNNNNACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCTTT
377 TATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
* * * * * **********
22035 GGTAAAAAAAGTCTAGTTATAGTCATCCATTCCTTCAAATGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTT
442 GG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTCCTCGCTTTAAATGGTT
* * * * ** * * *
22100 TTATAATGTCATAATTGATTTGATGTTCCATCTTTTTTACATT-TTAAGTTAAAACAAACTATAA
1 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAT-TGTTTTACATTCTTCA-TTAAAACAGACTATAA
* * ** * ** * * * * *
22164 TTAAATATCTACTTCATGTAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGACAAGAAAATTTCATCTATA
64 TTGAATGT-TTTTTCAAG-AAAAT-TAGAAAAAG-TCATTCATTAAGAAGAAAAGTT-ATTTATA
* ** * * *
22228 GTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTT
124 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* ** * * ** * ** * **
22293 TAAGTGGAGTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATG-CTTGTCTCGAGAATT
189 TAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC-TACCT-AAGAAAC
* * * ** * * *
22356 GTGTAGAAAAATGCATTTATTTATAAGAAAAGTCAATTTATAATCTCTCATTCCTT-CAAAAGCC
252 ATGAAGAAAAA-GCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT-CTTGCAAAAGCC
* * * *
22420 TTATTAGTCGCTCTCAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATT
314 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATT
* * * * * *
22485 ATTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAACGACATTTATTG
378 ATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
* * * * ** **
22550 GCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTCCTCACATTAAAAAGCA
443 G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTCCTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
22614 CTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTTATTAAAATAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
22679 AAATATTTGTTTCAAGAAACATATAGGAAAAGTCATTCATTATGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 GAATGTTT-TTTCAAGAAA-AT-TAGAAAAAGTCATTCATTAAGAAGAAAAGT-TATTTATAGTC
* * *
22744 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAG
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAG
* ** * *
22809 GTTAAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAAAAAAAATTATAACT-ATATGTCTACCTCAAGAAACATG
192 GTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGA-ATGTCTACCT-AAGAAACATG
* *
22873 AAGGAAAAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
255 AA-GAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTGCAAAAGCCTTAT
* * ** * * * * *
22938 TACTCTCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTAAATTATTA
318 TACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTATTC
* * * * ** *
23003 ACTAAAACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
382 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG-AA
* * *** *
23068 GAAAAGTCTAGTTATAGTCATTTATT-CTTGCAAAAGCCTT-CTCATTCGCTTTAAATGGTT
446 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTACTC-CTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
23128 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTGTTCATTAAAACAGACTGTAATT
1 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
23193 GAATGTTTTCCTT-GAGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAATTCATTTAAAGT
66 GAATGTTTT--TTCAAGAAAA-T-TAGAAAAAGTCATTCATTAAGAAGAAAAGTT-ATTTATAGT
* *
23257 CACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
126 CACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * * * ** **
23322 AGCTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTGTCTTGGAAAACATG
191 GGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATG
* * * *
23387 TAGAAAAAGCCATTCATTGAGAACG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTGCAAAA-CCATT
255 AAGAAAAAG-CATTCATTG-CAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTGCAAAAGCC-TT
** * *
23450 ATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATT
* * * * * *
23514 CGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTAAGA
381 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-GGA
* * * ** * *
23579 ACAAAAGTCCATTTATAGTGACCAATTCCTGGAAAAACCTTACTACTCGCTTTAAATGGTT
445 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTCCTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * ** * * **
23640 TTATAATCTCATATATGATTTTAGGTTGAATTATTTTACTTTCTTGGTTAGAACAGAATATAACC
1 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATT
*** * * * *
23705 GAATGTCTACCTCAAGAAATGTTAAAAAATAAGT-ATTCATT-GGCAGGAAAAGTATATTTATAG
66 GAATGT-TTTTTCAAGAAA-ATT-AGAAA-AAGTCATTCATTAAG-AAGAAAAGT-TATTTATAG
* * ** *
23768 TCTCCCATTCCTTAAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
125 TCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * *
23833 AGCATCAAATT-TTTTACATTATTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG
190 AG-GTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACA
* * *
23897 TGAAAAAAAATGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATT-TTGGCTAAAGCC
253 TGAAGAAAAA-GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCTT-GCAAAAGCC
**
23960 TTATTACTC-CTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTT
314 TTATTACTCGC-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * *
24024 TTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCGT
378 ATTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACATG-AAGAAAAAGACATTCAT
* * * * *
24087 TGAGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
441 TG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTCCTCGCTTTAAATGGT
24152 T
505 T
* * * * * * * * ** * *
24153 TTTTAATCTCATTATTGATTTTAGACTCAATCTTTTTTTACATTATTGGTCAAAACAGATTATAA
1 TTATAATCTCATAAATGATTTTA-AGTTAA-ATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAA
* ** * * * *** * *
24218 TTGAATG-TCTACCATGAAAAATGT-GAAGAACAGGGCATTTATTTTTAAGAAAAGTTCATATGT
64 TTGAATGTTTTTTCAAG-AAAAT-TAGAA-AA-A-GTCATTCATTAAGAAGAAAAGTT-ATTTAT
* * * * * * * * *
24281 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAAAGGCTTTCTGATCTCATAATTGATT
123 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * * * *** *
24346 TTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
188 TTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAAC
* * * *
24411 GTGAAG-AAATGCA-ACTATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTC
252 ATGAAGAAAAAGCATTC-ATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
24454 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 428, Indels: 155
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATT
GAATGTTTTTTCAAGAAAATTAGAAAAAGTCATTCATTAAGAAGAAAAGTTATTTATAGTCACCC
ATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTA
AATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAA
AAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTCATTAAAACA
GACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTCCTCGCTTTAAATGGTT
Found at i:25014 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24709--25704 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
24699 ACATTTTTAG
* *
24709 TTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAAG-CATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA-AAAGTCATTCATTGGCAA
** * * * * **********
24773 GAAGTGTCTATTTATAGTC-TCTCATTTCTTCACAAGCCTTGTTACTCTCTTTNNNNNNNNNNAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
**
24837 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTTACATTATTGG
128 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT-TTTTTTACATTATTCA
* * * * * * *
24881 TTCAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTACGAAACATGAAG-AAAGGGCATACATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* * *
24945 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTGCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
25010 TCTCATAATCGATTGTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCA
130 TCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTCA
* * * * * * *
25051 ATAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTTATTAAG-AA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GGCAA
* * **********
25115 -AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
25179 ATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATT-TTTA
129 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTCA
* * * * **
25220 GTTAAAACCGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAGACATGAGGAAAAAAACATTCATTGGCAA
1 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
* ********** *
25285 GAAAAATCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
*
25349 AATCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTACATTATTCA
128 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTT-TTTTACATTATTCA
* * * * *
25393 TTAAAACA-ATTTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAA
1 TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
* * * * **
25457 GAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTTCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTANN
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
******** * * *
25522 NNNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTCA
129 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTCA
* * ** * *
25564 TTCAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* ** * * *
25629 AAAAGTCTATTTATAGTTGTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAG
66 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
25694 TCTCATAATTG
130 TCTCATAATTG
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 174, Indels: 35
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 186 0.29
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTCA
Found at i:25222 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 24698--25673 Score: 1055
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 504
24688 NNNNNNNNNN
* *
24698 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAAGCAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACAT
*** * * * * * ***
24763 TCATTGGCAAGAAGTGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCACAAGCCTTGTTACTCTCTTTNNN
66 TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA
******* ** *
24828 NNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATGTT-TTTTACATTATTGGTTCAAAC-ATA
131 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT-TTGTTTTACATTATTCATTAAAACAAT-
* * *
24891 TTATAATTGAATGTCTACCTTACGAAACATGAAG-AAAGGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCAT
194 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
24955 TTATAGTCATCCA-TTCTTGCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAT
259 TTATAGTCACCCATTTC-TGCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAT
* * *
25019 CGATTGTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
323 CGATTGTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAG
*
25084 GAAACATGTAGAAAAAGTCATTTATTAAG-AA-AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
388 GAAACATGTAGAAAAAGTCATTTATT-AGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAA
25147 AAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTT
452 AAGCCTTATTAC----------TGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTT
* * * * * *
25210 TACATTTTTAGTTAAAACCGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAGACATGAGGAAAAAAACAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACAT
**********
25275 TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTCTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA
*
25340 TGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTACATTATTCATTAAAACAATTT
131 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTACATTATTCATTAAAACAATTT
* ** * *
25405 ATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
196 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ********** *
25470 CTAGTCACCCATTTCTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGA
261 ATAGTCACCCATTTCTGCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATCGA
* * * * * * *
25535 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTCATTCAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAA
326 TTGTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
* * * ***
25600 ACATGTAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCAATTCCTTCAAAAGC
391 ACATGTAGAAAAAGTCATTTATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGC
25665 CTTATTACT
456 CTTATTACT
25674 TGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 81, Indels: 20
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
511 2 0.01
512 179 0.47
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (504 bp):
TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACAT
TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTACATTATTCATTAAAACAATTT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTTCTGCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATCGA
TTGTAAGTTAAATTGTTTTACATTCTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
ACATGTAGAAAAAGTCATTTATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATATTTT
Done.