Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399681.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2927.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12420
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 2865 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:704 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 17--1704 Score: 1413
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 341
7 TTCGAAATCC
* * * ** *
17 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTGTGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * *** * * **
82 TTAGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGCCCGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATNN
66 TTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAAGAAAAA-GCTATTCATAG
******** * * * * *
145 NNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTT
130 GCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * * * * **********
210 TATAATTTTGTAATTGATATTAAATTGAGTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATNNNNNNNNN
195 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * * * * *
274 NATTGTCT-CCTTAGGAAACATAAAG-AACAAGCTGTTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGC
259 GAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
337 CACCCATTCCTTCAAAATCC
322 CACCCATTCCTTCAAAAGCT
* * * *
357 TTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTGTAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * *
422 TTGGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATAGG
66 TTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATAGG
* * * *
487 CAAGAAAAGT-TGATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTT
131 CAAAAAAAGTCT-ACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
551 TATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
616 AATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
260 AATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
681 -CCATACCTTTAAAAGCT
324 CCCATTCCTTCAAAAGCT
* * * * *
698 TTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TT
* * * * *
763 TTT-GTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAA-TTCATTTATT
65 TTTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGCT-ATTCA-T
* * * * *
826 A-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTTGCTTTAAATGGT
128 AGGCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
890 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATTATAAT
193 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * **
955 TGGATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAAT-ATTCATTGACTAGAAAACCCCATTTATAG
258 TGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAG-AAAAAATCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
1019 TCACCCATGT-CTACGAAAG-T
321 TCACCCAT-TCCTTCAAAAGCT
* * * * *
1039 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATGTAATCTA-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA
1 -TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-ACATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA
** * * * * *
1103 TTTTTTATTAAAACAAGCTATAATTAAATTTCT--GTTATGAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTC
63 TTTTTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTA--AAAAACATAAAGAAAAAGCTATTC
* * * * *
1166 ATTGAGAAAAAAAAGTCTACTTCTAGTCACCCATT-CTGTCAAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAA
126 ATAG-GCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
1230 TAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATACTA
189 TGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * * ** * * * * *
1294 TAATAGAATGTCAATCTCTGAAAATATGAAGAAAAACGCATTTATTGACGAGACAACTCCATTTG
254 TAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTA
*
1359 TAGTCACCCATTCCTTCTAAAATC-
318 TAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCT
* * ** * * *
1383 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATCATCTTATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* ** * * * * * * **
1448 TGGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTT-AGAAATATGAAGAAAAAGCTGTTCATTTG
66 TTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATAGG
* * ** * * * *
1512 TAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTTATTTCTTAAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTT
131 CAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
1577 GTAATCTCATAATTGAATTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTTTAATTGA
196 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * * * *
1642 ATGT-TTGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
261 ATGTCTACCTT--GGAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1705 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 211, Indels: 73
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 151 0.14
341 522 0.47
342 155 0.14
343 184 0.17
344 87 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATAGG
CAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCT
Found at i:774 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15--1704 Score: 1358
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
5 CTTTCGAAAT
* * * **
15 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTGTGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* *** * * * *
80 TTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGCCCGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATN
66 TTTTAGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
********* * *
144 NNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAA
130 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ** * * * * *
185 CCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTGTAATTGATATTAAATTGAGTTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
********** * * * * * *
250 TTTTTA-TTAAAACATNNNNNNNNNNATTGTCT-CCTTAGGAAACATAAAG-AACAAGCTGTTTA
65 TTTTTAGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCA
* * * * *
312 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGCCACCCATTCCTTCAAAAT
128 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * *
355 CCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTGTAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * *
420 TTTTGGCTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAG-AAAAAGCTATTTAT
66 TTTTAGTTAAAACAA-CTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCAT
* * ** *
484 AGGCAAGAAAAGTTGATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAG
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
526 CCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAACTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * *
591 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
66 TTTTAGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * *
656 GACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAG
130 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
696 CTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * * * * ** *
761 TTTTT-GTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAATTCATTTAT
65 TTTTTAGTTAAAACAA-CTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* *
825 T-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
129 TGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
867 CCTTATGACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * **
932 TTTTGGTTAAAACGGATTATAATTGGATGTCTACATT-GAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCAT
66 TTTTAGTTAAAAC-AACTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* ** * *
996 TGACTAGAAAACCCCATTTATAGTCACCCATGT-CTACGAAAG
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAG
* * * * * *
1038 TCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
* * * * *
1103 TTTTTTA-TTAAAACAAGCTATAATTAAATTTCT--GTTATGAAAAACGTAAAG-AAAAAGCCAT
65 -TTTTTAGTTAAAACAA-CTATAATTGAATGTCTACCTTA-G-AAAACATGAAGAAAAAAG-CAT
* * * * *
1164 TCATTGAGAAAAAAAAGTCTACTTCTAGTCACCCATT-CTGTCAAAAG
125 TCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAG
* * * * *
1211 CCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAGTT-AAATTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
1275 TTTTTGTTAAAATATACTATAATAGAATGTCAATCTCT-GAAAATATGAAGAAAAACGCATTTAT
66 TTTTAGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * *
1339 TGACGAGACAACTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCTAAAA-
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAG
* * * * * *
1381 TCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATCATCTTATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * * * *
1446 TTTGGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTAG-AAATATGAAG-AAAAAGCTGTTCAT
66 TTTTAGTTAAAAC-AACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCA-
* * * ** * * *
1509 TTG-TAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTTATTTCTTAAAAAC
128 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
1551 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGCTAAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** *
1616 TTTTAGTTAAAATATATTTTAATTGAATGT-TTGCTTCA-AGAAACATGAAG-AAAAAGAAATTC
66 TTTTAGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGA-AAACATGAAGAAAAAAG-CATTC
*
1678 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
127 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1705 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 277, Indels: 91
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.02
170 500 0.42
171 526 0.44
172 69 0.06
173 74 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:5628 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5258--6920 Score: 1312
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
5248 TTCATTTATT
* * * * * * * *
5258 AGAAAAGTCCATTTATCGCCAC-CTATGCCTTAAAAAACCCTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTG
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTG
* * ** * * *
5322 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTGATATTTTTTATTAAAA-TAGATATAATTAAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAA
* * * * * * *
5386 TGTTTATCTCAAAAAAC-AAGAAGAAAATGGCATTCATTAG-TA
130 TGTCTACCTTAAAAAACGTA-AAGAAAAAGCCATTCA-TAGACA
** * * * * *
5428 AGAAATCTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
* * * * *
5493 CATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTCATATTTTTGGCTAAAACAAGTTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT
* * *
5558 GTCTGCCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATAGGCA
131 GTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGACA
* * * *
5599 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
** * *
5664 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TCGAGTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATTGAA
** * * ** * * *
5726 TGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTAATTGACT
130 TGTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGACA
* * * * * *** * *
5768 AGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACCCGTTTTAAGCGGTGTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
* * * * * * *
5833 AATCTCGTAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATTGAA
* * * * *
5897 TGTCTACCACT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTA-ACT
130 TGTCTACC-TTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA-TAGACA
* * * * * *
5939 AGAAAAGTCCATTTAAAGACACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
* * *
6004 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-TAGATATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT
* * * * * * *
6068 ATCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
131 GTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGACA
** * *
6109 AGAATTGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
* * *
6174 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATA-TTAGAATTGAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATTGAA
* * *** * * * *
6238 TATTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCGTTGATTGACA
130 TGTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGACA
* ** * * * * * * *
6280 AAAAAAGTTAATTTATGGCCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTAATCGCATTAAGTAGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
* * * * * *
6345 AATCTCAT-A--G---GTAAG--AAATGTTTTTACATTTTTGGCTAAAACTAGCTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT
* * ** * * **
6402 ATTTGTCTTAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTA
131 GTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGACA
* ************** * *
6443 AGAAAAGTTCATTTATAGNNNNNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
* * * * * * *
6508 AATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAGTTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT
* * ** *
6573 GTCTACCTAAAAAAACGTAAA-AGAAAAGTCACCCATTGACTA
131 GTCTACCTTAAAAAACGTAAAGA-AAAAGCCATTCATAGAC-A
* * * * * *
6615 A-AAAAGTCCATTTATAGTCGC-CTATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTG
* * * * * * * * *
6678 CAATCTCGTAATTGATTTTATGTT-AATTTCTTTTACATTTTTAGTTTAAACATGCTATAATTAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGA
* * * * *
6742 ATTTTTTCCTTAAAAATCGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAGA
129 ATGTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA-TAGACA
* * * * * *
6786 A-AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
*
6850 AATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATTGAA
6912 TGTCTACCT
130 TGTCTACCT
6921 CAAGAAATGT
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 279, Indels: 65
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 110 0.09
164 1 0.00
165 4 0.00
166 1 0.00
168 4 0.00
169 168 0.14
170 257 0.22
171 625 0.53
172 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT
GTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGACA
Found at i:6223 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5236--6920 Score: 1522
Period size: 341 Copynumber: 5.0 Consensus size: 339
5226 NNNNNNNNNG
* * * * * * *
5236 AAGAAAAAGTCATTCATTTATTAGAAAAGTCCATTTATCGCCACCTATGCCTTAAAAAACCCTAT
1 AAGAAAAAGTCATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * **
5301 TACTTGGTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTGATATTTTTTA
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * ** * * *
5366 TTAAAATAGATATAATTAAATGTTTATCTCAAAAAACAAGAAGAAAATGGCATTCATT-AGTAAG
131 TTAAAATAGATATAATTGAATATTTATCT-TAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAG
** * * * * * *
5430 AAATCTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTCA
194 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
5495 TCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTCATATTTTTGGCTAAAACAAGTTATAATTGAATGT
259 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA-TTATAATTGAATGT
*
5560 CTGCCTTAAAAAACGTA
323 CTACCTTAAAAAACGTA
* * * * * *
5577 AAGAAAAAGTCATTCA-TAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGTCATTCATTA-ACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * ** *
5641 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCGAGTTTTTT-TATTTTTG
65 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
* * * ** * *
5704 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTAATTGACTA
130 GTTAAAATAGA-TATAATTGAATATTTATCTTAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * ** *
5769 GAAAAGTCGATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACCCGTTTTAAGCGGTGTTATA
193 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
5834 ATCTCGTAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
258 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATG
* * *
5899 TCTACCACT-AGAAACGTG
322 TCTACC-TTAAAAAACGTA
* * * *
5917 AAGAAAAAG-CTATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTAAAGACACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGTC-ATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
5981 TTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
* * *
6046 GTTAAAATAGATATAATTGAATATCTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG
130 GTTAAAATAGATATAATTGAATATTTATCTT-AAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
** * *
6111 AATTGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
194 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
6176 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTAT
259 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGT
* *** *
6241 TTACCTTGGGAAACATA
323 CTACCTTAAAAAACGTA
* * * * * * ** * * *
6258 AAGAAAAAGCCGTTGATTGACAAAAAAAGTTAATTTATGGCCACCCATTCCTTCAAAAGCATTAT
1 AAGAAAAAGTCATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
6323 TAATCGCATTAAGTAGTTTTGTAATCTCAT-A--G---GTAAG--AAATGTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * **
6380 CTAAAACTAGCTATAATTGAATATTTGTCTTAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAG
131 TTAAAA-TAGATATAATTGAATATTTATCTT-AAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* **************
6445 AAAAGTTCATTTATAGNNNNNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
194 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
6510 TCTCGTAATTGATTTTAAGATGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAGTTATAATTGAATGT
259 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA-TTATAATTGAATGT
*
6575 CTACCTAAAAAAACGTA
323 CTACCTTAAAAAACGTA
** * * * * * * *
6592 AA-AGAAAAGTCACCCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGCTTTCGAAAGCCTTA
1 AAGA-AAAAGTCATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * *
6656 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCGTAATTGATTTTATGTT-AATTTCTTTTACATTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTT
* * * * *
6720 AGTTTAAACAT-GCTATAATTAAAT-TTTTTCCTTAAAAATCGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAG
129 -GGTTAAA-ATAGATATAATTGAATATTTAT-CTTAAAAA-CGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G
* * * * * *
6783 AGAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTT
189 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
6847 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
254 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTG
6910 AATGTCTACCT
318 AATGTCTACCT
6921 CAAGAAATGT
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 241, Indels: 63
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 24 0.02
334 229 0.21
335 5 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 20 0.02
340 291 0.27
341 361 0.34
342 130 0.12
343 9 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAAGTCATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
TTAAAATAGATATAATTGAATATTTATCTTAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAATTATAATTGAATGTCTA
CCTTAAAAAACGTA
Found at i:7626 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7319--8317 Score: 735
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
7309 TGTATAGTCG
* * * * * * *
7319 TTCATTGGCTAGAAAAG-CCTATGTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGACTTATTATTCGTTTTA
1 TTCATTGACTAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTA
* * * * * *
7383 AATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * *
7448 AATAATTGAATGTGTGTCTCATAAAACATG-GAGGAAAAACTA
130 TATAATTGAATGTGT-ACTCATAAAACATGAGAAGAAAAACTA
*
7490 TTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAA
1 TTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAA
** * * * * * * *
7555 ATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTCACTTTTTTTGTTAAAGCAGATT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* *
7620 ATAATTGAATGTGTAC-CTTAAGAA-ATGTGAAGAAAAAGCTA
131 ATAATTGAATGTGTACTCATAA-AACATGAGAAGAAAAA-CTA
* ** * *
7661 TTCATTTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-TTTTTGAAAAGCCTTATTAGTTGCTTT
1 TTCA-TTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTATTTGCTTT
* * *
7724 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAGA
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
7789 TTATTATTGAATATTTACCTCA-AGAAACATGAAAAAAAAAATTCA
129 TTATAATTGAATGTGTA-CTCATA-AAACATGAGAAGAAAAACT-A
* * *
7834 TTCATTGACTAGAAAAGGTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
1 TTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTTGCTTTA
* * * * *
7898 AATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAAATTGTTT-ATTAAAACA-A
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
7961 GCTATAATTGAATTTCTGC-CACGAAAA-ATGTAAAAAAAAAACCT-
129 -TTATAATTGAATGTGTACTCA-TAAAACATG-AGAAGAAAAA-CTA
* * * * * * * ** * *
8005 TTCATTGGCAAAAAAAG-TCTACTTATAGTAACCAATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTA
1 TTCATTGACTAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTA
* * * * * *
8069 AATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTCTGAGTT-AATTTTTTTTGCATATTTAGTTAAAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
** ** * * *
8133 CAATAATAAAATAT-TAGTCTC-TGAAA-ATGTGAAGAAAAAGGC-A
129 TTATAATTGAATGTGTA--CTCATAAAACATGAGAAGAAAAA--CTA
* * * * * * * *** * ***
8176 TTTATTGA-TGAGAAAA-CTCTATTTGTAGTAACGCATTCCTTCCAAATTGTTATTACTCATTTT
1 TTCATTGACT-AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTT
* * * * * *
8239 AAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTCTCTACATTTTTTGTTAAAATAGA
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
8304 TTATAATTGAATGT
129 TTATAATTGAATGT
8318 TTGCCTAGGG
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 135, Indels: 66
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 30 0.05
171 460 0.70
172 31 0.05
173 125 0.19
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTGTACTCATAAAACATGAGAAGAAAAACTA
Found at i:7969 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7362--8139 Score: 904
Period size: 344 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
7352 TATGCCTTCG
* * * * *
7362 AAAGACTTATTATTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAAGACTTATTATT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* * * ** * **
7427 ACATTTTTGGTTAAAACAGGTAATAATTGAATGTGTGTCTCATAAAACATGGAGGAAAAACTATT
64 ACATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATATGTACCTCATAAAACATGAAAAAAAAACTATT
* * * *
7492 CATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT
129 CATTGACTAGAAAAGGTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATCTGCTTTAAAT
* * ** * * * *
7557 GGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTCACTTTTTTTGTTAAAGCAGATTAT
194 GGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGACTAT
* ** * * * * * *
7622 AATTGAATGTGTACC-TTAAGAAATGT-GAAGAAAAAGCTATTCATTTGCAAGAAAAGT-TCATT
259 AATTGAATGTCTACCACGAA-AAATGTAAAAAAAAAACCT-TTCATTGGCAAAAAAAGTCT-ACT
* * *
7684 TATAGTCACCCATT-TTTTGA
321 TATAGTAACCAATTCCTTT-A
*
7704 AAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGACTTATTA-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* * * * *
7769 ACATATTTGGTTAAAATAGATTATTATTGAATATTTACCTCA-AGAAACATGAAAAAAAAAATTC
64 ACATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATATGTACCTCATA-AAACATG-AAAAAAAAACT-
7833 ATTCATTGACTAGAAAAGGTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTT
126 ATTCATTGACTAGAAAAGGTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA-TCTGCTTT
* *
7897 AAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACA-A
190 AAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGA
* *
7961 GCTATAATTGAATTTCTGCCACGAAAAATGTAAAAAAAAAACCTTTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
255 -CTATAATTGAATGTCTACCACGAAAAATGTAAAAAAAAAACCTTTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
8026 CTTATAGTAACCAATTCCTTTA
319 CTTATAGTAACCAATTCCTTTA
* *
8048 AAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTCTGAGTTAATTTTTTTT
1 AAAGACTTATTA-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAA-TTTTTTT
* * *
8113 GCATATTTAGTTAAAACAGACAATAAT
64 ACATATTTGGTTAAAACAGATAATAAT
8140 AAAATATTAG
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 58, Indels: 20
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 95 0.26
343 12 0.03
344 242 0.66
345 17 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
AAAGACTTATTATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAATTTTTTTAC
ATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATATGTACCTCATAAAACATGAAAAAAAAACTATTCA
TTGACTAGAAAAGGTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATCTGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGACTATAA
TTGAATGTCTACCACGAAAAATGTAAAAAAAAAACCTTTCATTGGCAAAAAAAGTCTACTTATAG
TAACCAATTCCTTTA
Found at i:9835 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 9288--9840 Score: 655
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 167
9278 GGTGTTATAG
* * * *
9288 GGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAATTGG-TTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAAAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCA-ATTTC-TTAGGCAGAC
* * * * *
9352 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTT
63 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATT
9417 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-TAGGGCTTTTGAAGGT-AT
128 ATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATTA-GGCTTTTGAA-GTCAT
** ** * *
9458 GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCAAGTTT-TGTCAGACAGA
1 GG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAA-TTTCT-T-AGGCAGA
*
9522 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATTAGAT
62 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
9587 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT
127 TATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGTCA-T
*
9630 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCTAGGCAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTCT-TAGGCAGACA
* * * * *
9695 ATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTA
* *
9760 TAAAATAATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTGAACTCAT
129 TAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGTCAT
* * *
9800 AGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
1 -GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
9841 AAAATCAATT
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 44, Indels: 23
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 6 0.02
171 313 0.96
172 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATTTCTTAGGCAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATA
AAATATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGTCAT
Found at i:10053 original size:271 final size:271
Alignment explanation
Indices: 9570--10106 Score: 614
Period size: 271 Copynumber: 2.0 Consensus size: 271
9560 AATTCAACTA
* * * * * *
9570 AAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGA
1 AAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * *
9635 CTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCTAGGCAGACAATCAA
66 CTACAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTCCATATTTCTCAAGGCAAACAATCAA
* *
9700 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
131 TTACAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * ** * * *
9765 TAATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTGAACTCATAGGT-AACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCA
196 CAATTAAAAGCGAGTAATAAGACCATCGAACGCATAGGTGAA-TATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
9829 ATGAATGACTTT
260 ATGAATGACTTT
* * *
9841 AAAATCAATTATCAGGTTACAAAATCATTTAAAGTAAGTGATAACGCTTTT-AAGGGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAACGCTTTTGAA-GGAATGGGTG
* * * * * *
9905 ATTGCAATTGAACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTCCATGTTT-TCCAAGGTAAACATTC
65 ACTACAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTCCATATTTCT-CAAGGCAAACAATC
* * * * * * * *
9969 AATTACATTCTCTTTTAACTAAATATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAGTTATGATG-TTATA
129 AATTACAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA-GATTATA
* * * * *
10033 AAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCCATCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGC
193 AAACAATTAAAAGCGAGTAATAAGACCATCGAACGCATAGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGC
10098 CAATGAATG
258 CAATGAATG
10107 GGTTTTTCTT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 44, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
270 3 0.01
271 212 0.97
272 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (271 bp):
AAAATCAATTATCAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
CTACAAATGAACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTCCATATTTCTCAAGGCAAACAATCAA
TTACAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CAATTAAAAGCGAGTAATAAGACCATCGAACGCATAGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
TGAATGACTTT
Found at i:10205 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9917--10226 Score: 387
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
9907 TGCAATTGAA
* ** * *
9917 CTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTCCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTACATTCTCT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTCCAAATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTCT
* * * * *
9982 TTTAACTAAATATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATCAGTTATGATGTTATAAAACCATTAAAAGT
66 TTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTAAGATGTTATAAAACCATTAAAAGC
10047 GAGTAATAAGGCCATCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGG
131 GAGTAATAAGGCCATCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGG
** * *
10088 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAAATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTCCAAATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTCT
* * *
10153 TTTAAAC-AAAAATAT-AAAACAATAT-AA-TCTAAAATTAATTAAGA-GATTATAAAATCATTT
66 TTT-AACTAAAAATATAAAAAC-AT-TCAAGT-TAAAATCAATTAAGATG-TTATAAAACCATTA
10213 AAAGCGAGTAATAA
126 AAAGCGAGTAATAA
10227 AGTTTTCAAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 17, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.06
171 106 0.91
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTCCAAATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTCT
TTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTAAGATGTTATAAAACCATTAAAAGC
GAGTAATAAGGCCATCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGG
Done.