Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397496.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4141.0, whole genome shotgun sequence
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* * * ***
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
1982 -TAATTTTTAGTTAAAACGGACTATAATTAAATGTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAA-CCT
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** * * *
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* * * ** * *
2089 AAGCCGTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTG-ATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-
* * * * * ** * **
2153 ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTCCATCTCAAGAAACATGCAG-AAAAGATATT
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* * * * *
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* * * *
3116 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGAGTTTAAGATGAATTTTTTTA
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
3966 AA--TTTAAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTCT-AATTTTT
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* * * * * * ** * **
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1 AAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
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* *
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** * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
7262 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTAAATGTCTACTTTGGAAAACTTGAAGAGAAAGCCATT
65 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * ** * * *
7327 CAATAGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTTACGCATGCCCTCAA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * *
7369 AAG-CTTAATTACTCGGTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTCT
1 AAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
7433 ACT-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGATACATGAAGAGAAAGCTAT
65 A-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* *
7497 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCATTCAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
** * * * ***
7540 AATTC-TAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTNNNN
1 AAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT
****** * * * * * * * * * **
7604 NNNNNNTTTTGTGAAAACAAATTATAAGTGATTGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGTAAAAGGTAT
64 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * **
7669 TCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTGA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* ********** * *
7712 AAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
7777 CATTTTCTGTTAAAATAGATTATGATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTACTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
** **
7842 ATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * * *
7883 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGACTTCAAGTTAAATTTTTTT-
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
7947 TCTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * *
8012 ATTGGCAAGTAAAGTCTATTTATAGCTACCCATACATTCAA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC-ACCCATGCCTTCAA
* * * * * * * *
8053 AA-CCATAATTACTCACTGTAAATGATTTTATTACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTGT
1 AAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
8116 ATATTTTTTGTTAAAACGGACTAAAATTGAATGTCTAGCTTGAAAAACAT-AAGAAAAAGCCATT
65 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * * * **
8180 GC-TTAACAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCATCCAAGCCTTTGA
129 -CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * * * * *
8222 AAGCTTTATTTCTCACTTTGAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
8287 AATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAAAACATGAAAAAAAAGACGTTA
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * **
8352 ATTGGTAAGAAAAGTTCATTTTATAGTCACCCATACCTTTGA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * * *
8394 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTT-CATTTTTGTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
8458 CACTTTTTGTTAACACTGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* *
8523 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCAACCCAAGCCTTCAA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC-ACCCATGCCTTCAA
* ** * * *
8564 AAGCTTTATTACGAGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** * *
8629 TATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCGCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TAT
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCAT-T
* *
8693 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCC-TTCAA
* * * * **
8736 AA-CCTTATTGCTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAGTTGAATACTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
8800 CATTTTCTT-TTAAAACAAAATGTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
66 TATTTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * **
8864 CATTAGTAAAAAAAGTCCATCTATAATCACTCATGCCTTTGA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGCACCCATGCCTTCAA
* * * *
8906 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTT-
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * ** *
8970 TCTTTTTTTGTTCAAACAAATGATAATTGAATGTTTACCTTGCGAAACCCGAAG-AAAAGCCTTT
66 T-ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATT
*
9034 CATTGGCAAGTAAAA-TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAA
129 CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* ** * * *
9076 AAGCCTAATTACTTACTTTAAATGG-TTT-T-A--T--T-A-T--TTTTAGGTTGAATGTTTATA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
9130 CATTTTTAGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTCTACCATGAAAAACGTTAAAAAAAGAGCCATT
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAACATGAAGAAAA-AGCCATT
* * * * * * * *
9195 GATTGACAACAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGA
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * *
9237 AAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** * * ****
9302 AATTTTTGGTGAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAATATGAAGAAAAATATGTTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
** * * **
9367 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTTGA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * *
9408 AAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * * ** * ** *
9473 CATTTTTAATGAAAAAAAATTATAATTGATTGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTT
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * **
9538 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCTATACCTTTGA
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* * *
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1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT
* * * * * *
9644 ATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTATCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
65 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * **
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* * *
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1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
9816 T-TTTTTTGTTAAAACAGATTGTATTTGAATGTCGACC-TGAGAAACTTGAAG-AAAAGCCATTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * *
9878 ATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTTAA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * * * * * * *
9919 AAGCGTAATTACTCGCTGTAAATTGTTTTATTATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TCTTGTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** * *
9983 TATTTTTTGTTAAAACAAATTAAAATTAAATGTCTGGCTTAGAAAATATGAAAAAAAAAGCCATT
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACATG-AAGAAAAAGCCATT
* * **
10048 GATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGCACCC-TAGCCTTCGG
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCACCCAT-GCCTTCAA
** ** * * * * *
10089 AAGCCTTATTTTTTTC-CTTCGAATCGTTTTATGACCTCATATTTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
1 AAGCCTTA--TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
10153 AAAATTTTTGGTGAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACGTGAAGACAAAGGCAT
64 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * *
10218 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * * *
10261 AAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTAATTTTAAGTT-CATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
10325 CACTTTTTGTAAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
10390 ATTAGAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CACCCATGCCTTCAA
* * * * * * *
10431 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTACGTTAAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** ** * * * *** *
10496 TATTTTTAATTAAATTAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGATAAACATGAAGAAAAAAATATTA
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
10561 ATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTCAA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGCACCCATGCC-TTCAA
* * *
10603 AA-CCTTGTTACGCACTTTAAATGGTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
10629 AAAACAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
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TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCACCCATGCCTTCAA
Found at i:10917 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10626--11980 Score: 1479
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
10616 ACTTTAAATG
* * * * *
10626 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACTTG-AGCCAAAAGCCATTCAGTGGTA
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* * * * * * * * * *
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*
10755 AGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTATACATTTTTT
130 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTT
* *** * * *
10797 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAA
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* * * * **
10862 AAAAAGTCTATTTATAATTATCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA
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*
10927 ATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTT
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* * * * * **
10967 GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCCTTGACA
1 G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
* * * * *
11032 AGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCCTTAATTGGTTTT
65 AGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
11095 ATAATCTCATAATTGGTTATAGGTTGAATTTTTT-TATATTTTT
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACAT-TTTTT
* * * * * *
11138 -TTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGTGA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * * * *
11202 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACACACTTTAAATAGTTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
11267 ATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTT
131 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTT
* * * * * * * *
11308 ATTAAAACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGATGAAAAAGTCATTCATTAGTGA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * *
11373 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATCGTTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
11438 ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTT
131 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTT
* * **
11478 GTTACAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC-TAGAGGAAAAAGCCA-TCTAACGGT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGT-GAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGT
* * ** ** *
11541 AAGAAAAGT-TCATTTATAG-CAACGCATCCCTTCGGAAGCTTAATTGTTCGATTTAAATGGTTT
64 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
11604 TATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTGTACATTTTTT
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTT
* * ** * * * *
11649 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACATTAAGAAATGTAAAGTAAAAGCTATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* * * * *
11714 GAAAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
11779 ATATGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTT
131 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTT
* * * * *
11820 GTTAACACAGATTATAATTGAATTTCTACCTTGGGAAACCTGAGGAAAAAGCCATTCAATGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
* ** * * * *
11885 GAAAAGTTTATTTATAGTTGCGCATGCCTTCAGAAGCTTAATTATTCGGTTTAAATGGTTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
11950 ATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
131 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
11981 TATATTT
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 169, Indels: 45
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 131 0.13
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171 676 0.68
172 17 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTT
Found at i:11838 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 10672--11987 Score: 1583
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 511
10662 AACTTGAGCC
* * * * ** * * * * *
10672 AAAAGCCATTCAGTGGTAGGAACAGTATATTTATAGTTACGCATGCCTTCAAAATCTTAATCATT
1 AAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * *
10737 CGATTTAAATGGTTTTGTAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTATACATTTTTTGTTA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT-TACATTTTTTGTTA
* *** * * * * *
10801 AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* * **
10866 AGTCTATTTATAATTATCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCT
195 AGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCT
* *
10931 CATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
260 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
10995 ACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCCTTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAAGC
324 ACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCCTTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAACC
* * * *
11060 TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTATAGGTTGAATT
389 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTATAGGTTGAATT
* * * * * *
11125 TTTTTATATTTTTTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGA
454 TTTGTACATTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAATGTAAAGA
* * * *
11183 AAAAG-TCATTCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTAC
1 AAAAGCT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTAC
* * * * * *
11247 ACACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTA
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * * *
11312 AAACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGATGAAAAAGTCATTCATTAGTGAGAAA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* * * *
11377 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCT
195 AGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCT
* *
11442 CATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTG-TTACAACAGATTATAATTGAATGTCTA
260 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
11506 CCTTGGGAAAC-TAGAGGAAAAAGCCA-T-C-TAACGGTAAGAAAAGTTCATTTATAG-CAACGC
325 CCTTAGAAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCCTTAAC---AAGAAAAGTACATTTATAGTC-ACCC
* * ** *
11566 ATCCCTTCGGAAG-CTTAATTGTTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT-TAGGT
385 AACCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-CTTATAGGT
*
11629 TGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACATTAAGAAATGTAAAG
448 TGAATTTTTGTACA-TTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAATGTAAAG
*
11694 T
511 A
* *
11695 AAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACT
1 AAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * * *
11760 CGCTTTAAATGGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTTGTTAA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * *
11825 CACAGATTATAATTGAATTTCTACCTTGGGAAACCTGAGGAAAAAGCCATTCAATGGTAAGAAAA
131 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* * * * * * *
11890 GTTTATTTATAGTTGCGCATGCCTTCAGAAGCTTAATTATTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
196 GTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTC
*
11955 ATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
261 ATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTT
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 114, Indels: 26
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
507 3 0.00
508 1 0.00
509 6 0.01
510 125 0.18
511 245 0.36
512 284 0.42
513 13 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
AAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
GTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCCTTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAACCCT
TCGAAAGCCTTATTACTCGACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTATAGGTTGAATTTT
TGTACATTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAATGTAAAGA
Done.