Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399688.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2933.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1784 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1069 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 81--1079 Score: 847
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 172
71 GAAAAAAGTT
* * *
81 ATTCATT-GACAACAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATA-CTTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACT
1 ATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACT
* * ** * *
143 TTAAATGGTTTTCTAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTGCA-TTGTAGGTTAAAAT
63 TTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAAT
* * * *
207 ATACTATAATTG-A-GTCTACCTT-TAGAAACATGAAGAAAAA-ACC
127 ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGA-C
* * * * **
250 ATTCATT-AACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 ATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
314 AAGTTAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATA
65 AA-ATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATA
* * * * *
378 TATTATAATTAAATGTTTGACTT-GAGAAACGTGAAGCAAAAGTC
128 TATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
* * * * * ** * *
422 ATCCATTGGCATA-AAAAGTTCACTTATAATCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ********** * *
486 AAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT
65 AAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * **
551 ATTATAATTAAATGTCTACCTTGGAAAATACA--AAG-AAAACCC
129 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAGAA-ACATGAAGAAAAAGAC
* * * *
593 GTTCATTAGCAAG-AAAGATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTT
1 ATTCATTGGAAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * * *
657 AAATAGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACT-G
65 AAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAT
* *
721 ATTATAA-TGAAATGTTTAG-CTTGG-GAAACATAAAGAAAAAGCC
129 ATTATAATTG-AATGTTT-GCCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
** ** *
764 ATTCATTGCTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
828 AAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTATT-GTTAAAACAA
65 AAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAATAT
* *
892 ATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGGAG-AACATGAAGAAAAAGAA
129 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
* * * ** * *
935 ATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATACTCACTCATTCCCTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
1000 AATAGTTTTGTAAACTCGTAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATAT
66 AATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATAT
1065 TATAATTGAATGTTT
131 TATAATTGAATGTTT
1080 ATCTNNNNNN
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 135, Indels: 60
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 59 0.09
170 107 0.16
171 356 0.54
172 130 0.20
173 5 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATAT
TATAATTGAATGTTTGCCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
Found at i:1595 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1273--1969 Score: 713
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
1263 NNNNNNNNCG
* * * *
1273 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** * *
1338 ATATTTTTTTATTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATCAAGAAAAACCCAT
66 -TA-ATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATG-TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* *
1403 TCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-
128 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
* * * *
1443 GAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * * * *
1507 TTGGATTTTGATTAAAACATATTATATTTGACTTTCTGCTTTAAGAGACATGAAGAAAAAGCCAT
65 TT-AATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** *
1572 TCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTCGTACCTTCA
128 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
* * *
1614 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * *
1678 TACTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATA
66 TA-ATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * ** *
1743 AATTGACATGAAAAGTCCATTTGTAGTCATTCAAACCTTCAA
129 CATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-A
*
1785 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
1849 AATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTGCCTCAAGAAACGTGGAGAAACAA-TCAT
66 TA-ATTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCCAT
* * *
1913 TCCTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
128 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
1955 AAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCTTATTACTC
1970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 86, Indels: 22
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 55 0.13
170 186 0.43
171 160 0.37
172 28 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
TAATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
Found at i:1928 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1273--1969 Score: 839
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
1263 NNNNNNNNCG
1273 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
* * *
1338 ATATTTTTTTATTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATCAAGAAAAACCCAT
66 ATACTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATCAAGAAAAACCCAT
** * ** * *
1403 TCATTGGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATA
131 AAATTGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATA
* ** *
1468 GTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTTGGATTTTGATTAAAACATATTATA
196 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTAAT-GATTTTGATTAAAACAAATTATA
* * * * * * * *
1533 TTTGACTTTCTGCTTTAAGAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATT
260 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATA
** *
1598 GTCATTCGTACCTTCA
325 GTCACCCATACCTTCA
* ** * *
1614 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
* * * * *
1678 -TACTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTCCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 ATACTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATCAAGAAAAACCCAT
* * * ** *
1742 AAATTGACATGAAAAGTCCATTTGTAGTCATTCAAACCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
131 AAATTGACAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTC--AAAGCCTTATTACGCACTTTAA
*
1807 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTCTTTAAT-ATTTTTAGTTAAAACAAA
193 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATT-TTTAATGATTTTGA-TTAAAACAAA
* * * * **
1870 TTATAATTGAATGT-TGCCTCAAGAAACGTGGAGAAACAA-TCATTCCTTGGCAAGAAAAGCCCA
255 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCA
*
1933 TTTATAGTCACCCATTCCTTCA
319 TTTATAGTCACCCATACCTTCA
1955 AAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCTTATTACTC
1970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 49, Indels: 14
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 63 0.21
340 32 0.11
341 125 0.42
342 76 0.25
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
ATACTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATCAAGAAAAACCCAT
AAATTGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTAATGATTTTGATTAAAACAAATTATAA
TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAG
TCACCCATACCTTCA
Found at i:2595 original size:234 final size:234
Alignment explanation
Indices: 2176--2633 Score: 643
Period size: 234 Copynumber: 2.0 Consensus size: 234
2166 TTTGACTTGA
* *
2176 GAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTAATATGAAAACTCTATTTATAGTCACTCTAACCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAACCATATATTAATATGAAAACTCTATTTATAGTCACTCTAACCTTTCAA
* *
2241 AGGCTTATTACTCACCTTATATGATTTTATAATCTCATGATTGATTTAAGATTGAATGTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTGATTTAAGATTGAATGTTTTTAC
* * * *
2306 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGCATGTCTGCCTCAGAAAACATCAAGAAAAAGCCATTCA
131 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATCAAGAAAAACCCATTCA
**
2371 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTCAG
196 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTCAG
* * * *
2410 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATATATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTCA
1 GAAACATGAAGAAAAAACCATATATTAATATGAAAACTCTATTTATAGTCACTCTAA-CCTTTCA
* * * * * *
2474 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTAT-ACTTGATTTTAGGTTGAATGTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATGA-TTGATTTAAGATTGAATGTTTTT
* * * * *
2538 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTTAATGT-TGACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAACCCAT
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCAGAAAACATCAAGAAAAACCCAT
2602 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
193 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
2634 ATGCCTTCGA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 25, Indels: 6
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
233 5 0.03
234 191 0.97
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (234 bp):
GAAACATGAAGAAAAAACCATATATTAATATGAAAACTCTATTTATAGTCACTCTAACCTTTCAA
AGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTGATTTAAGATTGAATGTTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATCAAGAAAAACCCATTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTCAG
Found at i:2866 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2410--3532 Score: 1099
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
2400 CATATTTCAG
* * * * *
2410 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATAT-ATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCA
* * * * * *
2473 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATACTTGATTTTAGGTTGAATGTTTT
64 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
2537 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTTAATGT-TGACC-TCA
128 TACTTTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTGA
* * *
2580 GAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
* * * *
2644 AAGCCTTATTACGCAG-TTTAAATAGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
2708 ACTTTTTTGGACAAACCAGATTATAATAT-ACTGTCTGCCTTGA
129 ACTTTTTTAGATAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTGCCTTGA
* * **
2751 GAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGATTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* *
2816 AACCTTATTGCTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-
66 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
2880 TATTTTTAGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTTTACCTT-A
131 T-TTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * * * *
2921 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAAG-CCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCA
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * *
2985 AAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGCATTGTTT
64 AAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
3049 TACATTTTTT-GTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTGCCTTGG
128 TAC-TTTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * *
3093 GAAACTTCAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-A
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
* *
3156 AAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
*** * * * * * *
3220 TGGATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTGACTGTCTGCTTTAA
128 TACTTTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * * * ***
3264 GAAACGTTAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCNNN
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
*********** * * * *
3329 NNNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC
66 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * * *
3394 TTTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCCTTGG
131 TTTTTTAGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * * * * * **
3436 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCTATATATAGTCACTCAAACCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
*
3501 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
66 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAA
3533 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 144, Indels: 54
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.00
170 199 0.25
171 427 0.55
172 150 0.19
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
TTTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
Found at i:3165 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2409--3532 Score: 1226
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
2399 CCATATTTCA
*
2409 GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATAT-ATTG-ATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGCA-A-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TT
* * * * * *
2472 C-AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATACTTGATTTTAGGTTGAATGTT
62 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * *
2535 TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTTAATGTTGACCTCAGAAAACGTGAAGAAAAACCC
126 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCC
* * * *
2600 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCAGTTTA
191 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
2664 AATAGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACTTTTTTG-GACAAACCAGA
256 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGTTA-AAA-CAGA
*
2728 TTATAATAT-ACTGTCTGCCTTG
318 TTATAAT-TGAATGTCTGCCTTG
* * * **
2750 AGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGATTTCAA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* *
2815 AAACCTTATTGCTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
2880 TATTTTTAGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTC
* * *
2945 ATTGGCAAGAAAAAG-CCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
195 ATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
3009 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGCATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTCT
259 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTAT
3074 AATTGAATGTCTGCCTTG
322 AATTGAATGTCTGCCTTG
* * * * *
3092 GGAAACTTCAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-A
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* *
3156 AAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
** * * * * * * * * *
3220 TGGATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTGACTGTCTGCTTTAAGAAACGTTAAGAAAAAGTCAT
128 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
* ************** *
3285 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNTCGCTTTAAA
193 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
3350 TGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACTTTTTTTTATTAAAACATATT
258 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAC--TTTTTTGTTAAAACAGATT
*
3415 ATAATTGAATGTCTCCCTTG
320 ATAATTGAATGTCTGCCTTG
* * * *
3435 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-ATATGAAAAGTCTATATATAGTCACTCAAACCTTCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-A-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
*
3499 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
64 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAA
3533 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 101, Indels: 39
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 245 0.37
342 283 0.43
343 96 0.15
344 32 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTGCCTTG
Found at i:5712 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5017--5933 Score: 595
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
5007 CATTCCTTCA
* * * * *
5017 AAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTTAATATTCTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTT
* * * * ** * * *
5082 ATA-TTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTCTACCTCAGAAAATGTAAA-AAATAAGTC
64 TTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCT-CATTTGGAAATATAAAGAAA-AAGCC
* * ** * * *
5144 ATTCATTGACAAG-AAAGTTTATTTATTGTCAC-CTATGCCTTCG
126 AGTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTG
* * ********** *
5187 AAAACCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
5252 A-TATTTTTGGTTAAAAGATATTCTAATTGATTGTCTGC-CTTGGAAA-ACGT-AA-CAAAAGCC
66 ACT-TTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CATTTGGAAATA--TAAAGAAAAAGCC
* * ** * * **
5312 ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCGTTCATAGTCAC-CTATGCCTTCA
126 AGTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTG
** * *
5356 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAGGTTGAAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* * * * * * **** * *
5421 TACATTTTTATTGCAAAA-A-ATTGTAAATGAATGTTTACCTCAATAAATATGAAGAAAAACCCA
65 TACTTTTTTGTT--AAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CATTTGGAAATATAAAGAAAAAGCCA
* * ** * *
5484 TTCACTGGCAAGAAAAGCCCA-TTAT-G---CT-AAGCCTTTG
127 GTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
* * *
5521 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
5586 A-TTTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCT-ATATT-GAGAATCGTAAAGTAAAAGCCA
66 ACTTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCAT-TTGGA-AAT-ATAAAGAAAAAGCCA
* * *
5648 -TCTATTGATATGAAAAGTTAATTTATAGTCACTGAAGCCTTTG
127 GTC-ATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
* * * *
5691 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATGTTAAGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
5756 ATCTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTTGGAAATATAAAGAAAAAGCCAGT
66 A-CTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CATTTGGAAATATAAAGAAAAAGCCAGT
* ** * * **
5821 CATTGGTAAGCCAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
129 CATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
* * *
5862 AAAGCTTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
*
5926 ACATTTTT
66 ACTTTTTT
5934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 136, Indels: 69
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 6 0.01
163 11 0.02
164 46 0.08
165 60 0.10
166 2 0.00
168 24 0.04
169 105 0.18
170 159 0.28
171 146 0.25
172 14 0.02
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCATTTGGAAATATAAAGAAAAAGCCAGTCA
TTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
Found at i:5813 original size:335 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5229--5933 Score: 723
Period size: 335 Copynumber: 2.1 Consensus size: 337
5219 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5229 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGATATTCTAATTGATTGTCTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTACATTG
** *
5294 GAAAACGTAACAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
66 GAAAACGTAACAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCAATTCATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA
*
5359 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAGGTTGAAATTGTTTTAC
131 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTGAAATTGTTTTAC
* * * * * *
5424 ATTTTTATTGCAAAAAATTGTAAATGAATGTTTACCTCAATAAATATGAAGAAAAACCCATTCAC
196 ATTTTTATT-CAAAAAATTATAAATGAATGTCTACATCAAGAAATATAAAGAAAAACCCAGTCAC
** * *
5489 TGGCAAGAAAAGCCCA-TTAT-G-CT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTT
260 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
5550 TATAATCTCATAA
325 TATAATCTCATAA
* * * *
5563 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTATATT-
1 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTACATTG
* * * * * *
5626 GAGAATCGTAAAGTAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTTAATTTATAGTCA-CTGAAGCCTT
66 GA-AAACGT-AA-CAAAAGCCATTC-ATTGAAAAGAAAAGTCAATTCATAGTCACCT-AAGCCTT
** * * * * *
5689 TGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATGT-TAAGTT-CAATTT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TCGAAGTTGAAATTG
* * * * *** *
5752 TTTTATCTTTTTTGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATTTGGAAATATAAAGAAAAAG
190 TTTTA-CATTTTTATTCAAAA-A-ATTATAAATGAATGTCTACATCAAGAAATATAAAGAAAAAC
* * ** * * * * *
5816 CCAGTCATTGGTAAGCCAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCGTTT
252 CCAGTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG--ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
5881 TAAATGGTTTTATAATCTCATAA
315 TAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
5904 TTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTT
1 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
5934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 55, Indels: 25
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 2 0.01
333 39 0.13
334 40 0.13
335 141 0.47
336 5 0.02
337 1 0.00
340 9 0.03
341 63 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTACATTG
GAAAACGTAACAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCAATTCATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTGAAATTGTTTTAC
ATTTTTATTCAAAAAATTATAAATGAATGTCTACATCAAGAAATATAAAGAAAAACCCAGTCACT
GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAA
Found at i:6388 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6034--6391 Score: 445
Period size: 168 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
6024 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6034 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATGAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACAATAAATAGACTTT
* * * *
6099 TCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCCTAGGCAGACAATCAATTAGAATCTCTTTTA
66 TCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCTAGGCAGACAATCAATTAGAACCTCTTTTA
** * *
6164 TTCAAAAATATAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAG
131 ACCAAAAATATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAG
*
6203 ATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGCATAGGTGACAATAAATAGAC-T
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTT-GAAGGCATAGGTGACAATAAATAGACTT
* * * *
6266 TTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGTAGA-AACTTAATTATAACCTGTT
65 TTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCT-AGGCAGACAA-TCAATTAGAACCTCTT
*
6329 TTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
128 TTAACCAAAAATAT-A-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAG
*
6373 TTTATAAAACCATTTAAAG
1 ATTATAAAACCATTTAAAG
6392 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 23, Indels: 9
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.05
168 62 0.39
169 50 0.31
170 41 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACAATAAATAGACTTT
TCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCTAGGCAGACAATCAATTAGAACCTCTTTTA
ACCAAAAATATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAG
Found at i:8366 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7889--8371 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
7879 NNNNNNNNNG
* *
7889 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAACAA-AGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA-AATA-T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *** *
7953 GAGATTGA-AAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGCACAAGTGACTACAAATGGA
63 GAGATT-ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * ** *
8017 CTTTTCTTGTCACTAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAAGC
127 CTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTAACATTTTCTAAAGC
* * * ** *
8061 AGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATCCAAAAAGCATTCAACCTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
8126 AAATTATAAAACCATTTAAAGAGCGTAATAAGAC-TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
*
8190 TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTAACATTTTCT-AAGAC
129 TTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTAACATTTTCTAAAG-C
* * *
8232 AGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAATAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
8297 GATT-TAAAATCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGTTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
*
8361 TTCTTGCCAAT
130 TTCTTGTCAAT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 46, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 24 0.09
170 67 0.26
171 90 0.35
172 77 0.30
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTAACATTTTCTAAAGC
Done.