Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399690.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2935.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12847
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 2676 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1382 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 865--2580 Score: 1099
Period size: 172 Copynumber: 10.0 Consensus size: 171
855 NNNNNNNNNN
* *
865 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG-TTAATTTTTTTGATACTTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT--TAC-TTTT
* * **
929 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATT-AAAAACCATGAAGAAAAAAGTATAT-ATTG
63 TCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAA-CATGAAGAAAAAAACAT-TCATTG
** * * * * *
992 ATAAGCAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCTTTCAAAACCCTCAT
126 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
1038 TACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCT-ACTAATTGATTTTAAGTTGAA-ATGTTTTACATTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTT
* * * * * *
1101 CATTAAAATAGACTACAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAAGCATTTATTGGC
64 CATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAA-CATTCATTGGC
*********** *
1165 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNAAGGCTTAT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
1209 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTTATTTTTTTTACTTGTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTT-TTTC
* * *
1274 GTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAC
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAA
* * * *
1339 GAAATGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTAT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
1381 TACTCACTTTAAATTGTTTTATATTCTCAAAAGTGATTTTAAGTTCAATCTGTTTTAATTTTTTC
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTTTACTTTTTC
* * * ** * *
1446 ATTAAAACAGATTATTAATTGGAATGTCTATGATGGAGGAAACAATGTAGAAAAACTCTTTTTAT
65 ATTAAAACAGATTA-TAATT-GAATGTCTA-CATTGA-GAAAC-ATGAAGAAAAAAAC-ATTCAT
* * ** *
1511 TGG--AG-AAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCGAAAGCCTTAT
124 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
1556 TACT-AGGC-TTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTG-TATTTAAGTTAAATTTCTTTATA-TTT
1 TACTCA--CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTTAAGTTTAATTT-TTTTTACTTT
* * * * ** * ** * *
1617 TTCACTT-AAACATATTATAATTGAATGCCTCCCTCAACAAATGTGTAGAAAAAACCATTCATTG
62 TTCA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTG
* * * * *
1681 CCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTGT
126 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
********** * *
1727 TACTCACTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTC
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTC
** * * * * * * * * * * *
1790 ATTAAATTATACTATAATTAAATGTCT--GTCTCAGAAAACGTGTAGACAAACACATTTATTCAG
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAT-TGAG-AAACATGAAGAAAAAAACATTCATT-GG
** * *
1853 -AAGAAAAGTTTACTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ********** * *
1897 TACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTT-
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTC
* * * * * * ** *
1961 ATTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTCGCA
65 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCA
* * * *
2026 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCACTCCTTCGAAACCCTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ********** * * * *
2069 TACTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAAGTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAATTTTTTA
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTCA
* * * *
2134 GTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACATTAAGAAACGT-AAAAAAAAAAGCATTCATTGGCA
66 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAA-CATTCATTGGCA
* * *
2198 AGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAA-CCGTTAT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTAT
* * * * *
2241 TACTCACTTTAAATGG-TTTAGGGT-ATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTATA-TTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTA---TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTTTACTTT
* * * * * * ** *
2303 TTCATTAAAACTGACTACAATTGAATATATACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
62 TTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGG
* * * * *
2368 CAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACGCATTCCTTCAAAAGGCTTCT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
2413 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTCAATA-TTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT--TTACTTTTT
* ** ** * * ** * *
2477 CATTAAAACAAACAATAATTGACGGTTTACCTCAAGAAACATGTAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
64 CATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCA
* * *
2542 AGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCC
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
2581 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 303, Indels: 105
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.01
169 15 0.01
170 133 0.11
171 225 0.19
172 556 0.47
173 106 0.09
174 36 0.03
175 80 0.07
176 7 0.01
177 11 0.01
178 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTCA
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:6200 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5552--7603 Score: 1856
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 170
5542 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
5552 TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACATTAAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TGACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
5616 TAA-CATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAACCGTTATTACTCG
64 -AAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCA
* *
5680 CTTTAAATGGTTTTATAATCTGC-TAATTGATTTTAAGTTGAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * ********* *
5723 TGTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT-ATANNNNNNNNNNT-ACCTTGAGAAATATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGA-TAATA-ATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * * **
5786 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTAACAGT-TGCCTATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTC
63 AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTC
* * * *
5850 AATTTAAATTGTTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTTTAAT
127 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * * *
5894 TTTTTCTACATTTCTCATTAAAGCAGACAATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTT-TACATTT-TTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
5959 AAGCAATT-ATTGACAAGAAAAA-TCTATTTATTGCCTCCCATTACTTCTAAAGCCTTATTACTC
64 AAGC-ATTCATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTC
* * *
6022 ACTTTAAATGGTCTTATAATCTCAAAGTTAATTTTAAGTTTAAT
127 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * **
6066 TTTGTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTGACCCCGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * *
6131 AACATTCACTGGCAAAAAAA-ACTCATTTATGGTCTCTCATTTCTTCAAAACCCTTACTACTCGC
65 AGCATTCATTGGCAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCAC
* * * *
6195 TTTAAATGATTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTCAATTT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA--T
* ** * * * * *
6239 TTTTTTACTTTTTTGATTTGAACAGATTATAATTGAATG-TGTACATTAAGAAACGTGACGAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTG-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
6303 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTTAAAACCGTTATTACTCAC
64 AAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCAC
** * *
6368 TTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * *
6410 TGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ACAATTGAATG-TGTACCTCGA-AAACATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTG-ACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * * * ** *
6472 AAAGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATGGTCACCCATTTTTTCGAAAGGCTTATTACTCG
63 AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCA
* *
6537 GTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA--T
* * * * * *
6582 TTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
6647 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
65 AGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACT
* *
6712 TTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA----T
* * ** * * *
6757 TTTTTTACTTTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACATTAAGAAACGTGAAGAAAAC
1 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-
* * * *
6822 AA-CATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCATTATTACTCAC
64 AAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCAC
** * *
6886 TTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTTATTTTAAGTTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * * * *
6928 TGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATG-TGTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTG-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * **
6992 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCAT-CCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTC
64 AAGCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTC
* *
7055 GA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAAT
127 -ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * *
7099 TTGTTCTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAAAA
1 TT-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
7164 AAACATTCATTGACATGAAAAA-TCCATTTATAGTCTCCCATTGCTTCTAAAGCCGTATTACTCA
64 AAGCATTCATTGGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCA
* * * *
7228 TTTTAAATAGTCTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * * *
7271 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
7336 AGCATTCACTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT-T---A---CTTCAAAACCCTTATTACTCGCT
65 AGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACT
* * *
7394 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCCATTT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-TA-AT
* * * * * *
7437 TTTTTTACTTTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACGTTAAGAAACGA-GAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TGACCTTGAGAAAC-ATGAAGAAA
* * **
7500 AAAGCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACTGTTATTACTCA
63 AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCA
**
7565 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
7604 GAATNNNNNN
Statistics
Matches: 1529, Mismatches: 296, Indels: 110
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 51 0.03
165 1 0.00
166 79 0.05
167 3 0.00
170 121 0.08
171 513 0.34
172 314 0.21
173 298 0.19
174 2 0.00
175 144 0.09
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
GCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
Found at i:6210 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5552--7603 Score: 1896
Period size: 343 Copynumber: 6.0 Consensus size: 341
5542 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
5552 TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACGTGAAGAAAAT
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA-
* * * * * * *
5617 AA-CATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTC-AAAACCGTTATTACTCG
65 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCTAAAGCC-TTATTACTCA
* *
5680 CTTTAAATGGTTTTATAATCTGC-TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-TTACATTTTTCATTAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTGTTACATTTTT-ATTAA
* ********* * * * *
5743 AATAGACT-ATANNNNNNNNNNT-ACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
191 AACAGA-TAATA-ATTGAATGTTGACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAA
* * * ** * ** * *
5806 AAGTCAATTAACAGTTGCCTATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCAATTTAAATTGTTTTATAATC
254 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
5871 TAAAAATTAATTTTAAGTTTAAT
319 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * * * *
5894 TTTTTCTACATTTCTCATTAAAGCAGACAATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTT-TACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
5959 AAGCAATT-ATTGACAAGAAAAATCTATTTATTGCCTCCCATTACTTCTAAAGCCTTATTACTCA
65 AAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
6023 CTTTAAATGGTCTTATAATCTCAAAGTTAATTTTAAGTTTAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTA-TTAAAA
* * *** * *
6088 TAGATAATAATTAAATGTTGACCCCGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAAAAAA-A
193 CAGATAATAATTGAATGTTGACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAAAGT
* * * * * *
6152 CTCATTTATGGTCTCTCATTTCTTCAAAACCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
258 C-CATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
6217 AATTTTATTTTAAGTTCAATTT
322 AAATTGATTTTAAGTTTAA--T
* ** * * * ** * *
6239 TTTTTTACTTTTTTGATTTGAACAGATTATAATTGAATGTGTACATTAAGAAACGTGACGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
6304 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTT-TAAAACCGTTATTACTCAC
66 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCTAAAGCC-TTATTACTCAC
** * *
6368 TTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATTGTT-TTACATTTTTCATTAAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTGTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * ** * *
6432 CAGACT-ACAATTGAATG-TGTACCTCGA-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAA
193 CAGA-TAATAATTGAATGTTG-ACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAAA
* * * * ** ** *
6494 GTCTATTTATGGTCACCCATTTTTTCGAAAGGCTTATTACTCGGTCTAAATGGTTTTATAATCTC
256 GTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
6559 AAAATTGATTTTAAGTTTAATTT
321 AAAATTGATTTTAAGTTTAA--T
* * * *
6582 TTTTTTAAATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * *
6646 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCA
* * *
6710 CTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTTACTTTTTTAATT
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA----TTTTGTTACATTTTT-ATT
* ** * * * * *
6775 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACATTAAGAAACGTGAAGAAAACAACATTCACTGGCAAGAA
189 AAAACAGATAATAATTGAATGTTGACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAA
*
6840 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
254 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
** * *
6905 TCCTAATTTATTTTAAGTTGAAT
319 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * * * * *
6928 TGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
6993 AGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAT-CCATTCCTT-TAAAAGGCTTATTACTCG
66 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CCTCCCATTCCTTCT-AAAGCCTTATTACTC-
* * *
7056 A-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAA-TTTGTTCTACATTTTTCATTA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTG-T-TACATTTTT-ATTA
* * * *
7119 AAACAGACAATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGACATGAAA
190 AAACAGATAATAATTGAATGTTGACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCA-AAAA
* * * * * * * *
7184 AA-TCCATTTATAGTCTCCCATTGCTTCTAAAGCCGTATTACTCATTTTAAATAGTCTTATAATC
254 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
*
7248 TAAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
319 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * *
7271 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
7336 AGCATTCACTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAG-------TTACTTCAAAACCCTTATTACTCGC
66 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGCCTCCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
7393 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCCATTTTTTTTTACTTTTTTAGTTTAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CA-ATTTTGTTACATTTTTA-TTAAA
* * * * * *
7458 ACAAATTATAATTGAATGTCT-ACGTTAAGAAACGA-GAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAAAAA
192 ACAGATAATAATTGAATGT-TGACATTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAA
**
7521 AGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACTGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
255 AGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
**
7586 CCTAATTGATTTTAAGTT
320 CAAAATTGATTTTAAGTT
7604 GAATNNNNNN
Statistics
Matches: 1401, Mismatches: 261, Indels: 101
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TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTATTAAAACAG
ATAATAATTGAATGTTGACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTTAAGTTTAAT
Found at i:9755 original size:343 final size:340
Alignment explanation
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8491 NNNNNNNNGT
* * * ** * *
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* * * *
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* **
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* * ** * * * * *
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** * * * *
8759 CCAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAA
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* *
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320 TAAGCG-TTTTGAAGGAAT-GGA
* * * ** * *
8845 GACTATAAATGGATTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAAACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* *
8910 AATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTGAGATTAT
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* * * * * *
8975 AAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAA-TGAATGACTATAAATAGATTTTTCTT
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* ** * * *
9039 CCCAATGAATGCTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTGTAATCTATTTTAATA
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* ** *
9104 AAAAATGTAAAACAAA-TAAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
255 AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
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320 TAAGC-GTTTTGAAGGAAT-GGA
* * * * **
9190 GACTATAAATGGACATTTCTTGCCAGTGAATG-TTGTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTTGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATT
* * * *
9254 TAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAGA-GTAAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATT
65 CAATTATAGTCTGTTTT-AATAAAA-ATGT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * *
9318 ATAAAACCATTCAAAGGGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GTACTTTTC
127 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * **
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190 TTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* * * * *
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254 TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*
9512 ATAAGCTTTTTGAAGGAATGGA
319 ATAAGCGTTTTGAAGGAATGGA
* * * * * * * *
9534 TGACCATTATTAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT-TTCGAGGTACACAT
1 -GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACAT
* * * **
9598 TCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
64 TCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* *
9662 TAAAACCATTTAAATTGAGTAATAACGGTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
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* * * *
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192 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-T
* * * *
9791 AAACAA-GTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAGTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
255 AAA-AATGT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
9855 AATAAGGGTTTTAAAGAAATGAGA
318 AATAAGCGTTTTGAAGGAATG-GA
** * * * ** *
9879 GACTATAAATGGGTTTTTTTTGCCAGTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATTGGGGTAAATATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* *
9944 AATTATTA-TCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTTTGAGATTAT
66 AATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * * * *
10007 AAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAAGTAA-TGGTAGACTATAAATAGATTTTTCTT
129 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATTGGT-GACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * ** *
10071 GTCAATGATTGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATTGTCTGCTTTAATGA
192 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
* * * * * **
10136 AAAATGTAGAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTTAGATTACAAAACTATTTAAATTGAGTAAT
256 AAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
10201 AAGCCTTTTGAAGAAATAGGCA
321 AAGCGTTTTGAAGGAAT-GG-A
* * * * *
10223 -ACTGTAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTATACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * **
10287 AATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT-ACAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATA
66 AATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
10351 AAACCATTTAAAATGAGTAATAACGGTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * *
10416 CAGTGATTG-TTGTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
194 CAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAA
* * * * * * *
10480 AAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTTTTAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
257 AAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
10545 TAAG-GCTGTTGAAGGAATGGGA
320 TAAGCG-TTTTGAAGGAAT-GGA
*
10567 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * *
10632 AATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATA
66 AATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
10697 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAA-TGGATGACCATAAATGGACTTCTCTTG
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * *
10761 CCAATGAATG-TCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAGTACATATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGA
193 CCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
* * ** *
10825 AAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
256 AAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
10889 AA-CAGTTTTGAAGGAATGGGT
321 AAGC-GTTTTGAAGGAAT-GGA
********** * * *
10910 GACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGCGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG-GTAAACATT
* * * * * * *
10974 CAATTATAAT-TTTTTTGAACCAAAAAAGGAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATN
65 CAATTATAGTCTGTTTT-AA--TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
********* * * * * *
11038 NNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
127 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* ** *
11103 TGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGTAAACATTCAATTACT-ATCTGTTTTAAC
191 TGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAA-
* * * * * **********
11167 CAAAAAAGTACAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAAATTTGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAG
254 TAAAAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
11232 GAATAAG-GCTTTTGACGGAATGAGA
317 TAATAAGCG-TTTTGAAGGAATG-GA
* * * *
11257 GACTATAAATCGAATTTTCTATTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTGATGTTTCTTAAG
1 GACTATAAATGGACTTTTC---TTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
11315 TAATAAGCCT
Statistics
Matches: 2018, Mismatches: 374, Indels: 149
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
342 16 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAT
GTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCG
TTTTGAAGGAATGGA
Found at i:9771 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8499--11212 Score: 2570
Period size: 171 Copynumber: 15.8 Consensus size: 170
8489 NNNNNNNNNN
* * * * * *
8499 GTGACTATAAGTGGACTTTTTTTCCCAATGAATGCTTTTTT-TGTCACATTTCTTAACGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT-TCACGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * *
8563 TTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* **
8628 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGGTTTTGAAGAAATCA
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATGG
* * * *** *
8673 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGGGGAAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * ** *
8738 TTAATTATTA-TTTATTTTAATCCAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTA
66 TCAATTA-TAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* *** * *
8801 TAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTAGAAGCAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGG
* * * * * ** *
8843 GAGACTATAAATGGATTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * *
8908 TTAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTA-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * *
8973 ATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGA
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
9016 ATGACTATAAATAGATTTTTCTTCCCAATGAATGCTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * * **
9081 TTCAATTGTAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAAA-TAAACTTAAAATCAATTAGGAGATT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
**
9145 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGGTTTTGAAGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATGG
* * * **
9188 GTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAGTGAATG-TTGTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTTGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * *
9252 TTTAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAGA-GTAAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTT-AATAAAA-ATGT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
9316 TTATAAAACCATTCAAAGGGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGG
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGG
* * * **
9361 GAGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * *
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* * * ** *
9491 TAAAATCGTTTAGACCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * * * *
9533 ATGACCATTATTAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT-TTCGAGGTACACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAAACA
* * * **
9597 TTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATT
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* * *
9661 ATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAACGGTTTTAAAGGAATTG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
9704 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCATAACGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * * *
9769 TCAATTATAATCTGTTTAAACTAAACAA-GTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAGTTTGAGGT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAA-AATGT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * *
9833 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGAAATGA
128 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATGG
* ** * * * * ** *
9877 GAGACTATAAATGGGTTTTTTTTGCCAGTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATTGGGGTAAATAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* *
9942 TCAATTATTA-TCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTTTGAGATT
66 TCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * *
10005 ATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAAGTAAT-G
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
10047 GTAGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGATTGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAAACA
1 GT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * * *
10112 TTCAATTATTGTCTGCTTTAATGAAAAATGTAGAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTTAGATT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * *
10177 ACAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGG
** * * ** * *
10220 GCAACTGTAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTATACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * * **
10285 TCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT-ACAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* *
10349 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAACGGTTTTGAAGAAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
10391 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGATTG-TTGTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACA
* * * * * * *
10455 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTTTTAAA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* *
10520 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGG
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGG
* *
10565 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * *
10630 TTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTA
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* *
10695 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
10737 ATGACCATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAAGTACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAAAC
* * * **
10800 ATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGAT
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*
10864 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACAGTTTTGAAGGAATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATGG
********** * *
10908 GTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGCGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG-GTAAACA
* * * * * *
10972 TTCAATTATAAT-TTTTTTGAACCAAAAAAGGAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTT-AA--TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
********** * *
11036 TNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGG
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGG
* * ** * *
11081 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * * *
11146 TCAATTACTA-TCTGTTTTAACCAAAAAAGTACAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAAATTTGAGA
66 TCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
11210 TTA
127 TTA
11213 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2081, Mismatches: 397, Indels: 124
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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175 5 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGG
Found at i:10629 original size:517 final size:513
Alignment explanation
Indices: 8501--11212 Score: 2658
Period size: 516 Copynumber: 5.2 Consensus size: 513
8491 NNNNNNNNGT
* * * * ** * *
8501 GACTATAAGTGGACTTTTTTTCCCAATGAATGCTTTTTT-TGTCACATTTCTTAACGTAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAAACATT
* * *
8565 CAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
65 CAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
8630 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-GTTTTGAAGAAATCAGTG-ACTATAAATGAACTTTT
127 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCGTTTTGAAGGAAT-AG-GAACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * * * *
8693 CTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGGGGAAAACATTTAATTATTATTTATTTTAA
189 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * * * * *
8758 TCCAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAA
254 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
8823 TAA-GGCTTTAGAAGCAATGGGAGACTATAAATGGATTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCTT
319 TAACGG-TTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * * * * ** * *
8887 CATGTTTCTCGATGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAGAAAAAAATTAAA
383 CACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATTAAA
* * * *
8952 CTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAATTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAAT-G
448 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
*
9015 AA
512 GA
* * * * *
9017 TGACTATAAATAGATTTTTCTTCCCAATGAATGCTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACAT
1 -GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * **
9082 TCAATTGTAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAAA-TAAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
** * * *
9146 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-CGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCT
128 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGC-GTTTTGAAGGAATAGG-AACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
9210 TGCCAGTGAATG-TTGTTTTCTTCACGTTTCTTAATGT-TGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
191 TGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAT-ACATTCAATTATAATCTGTTTT-A
* * * * *
9273 ATAAAAGA-GTAAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAGGGA
253 ATAAAA-ATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
9337 GTAAT-ATGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
315 GTAATAACGG-TTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
* * * * * * * *
9401 TCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTGTTGTCTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAAAAAT
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* * **
9465 TAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCGTTTAGACCGAGTAATAA-GCTTTTTGAAGGA
444 TAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGA
9529 AT-GGA
508 ATGGGA
* * * * * * *
9534 TGACCATTATTAGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT-TTCGAGGTACACAT
1 -GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACAT
* * * * **
9598 TCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
9662 TAAAACCATTTAAATTGAGTAATAA-CGGTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
128 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGC-GTTTTGAAGGAATAGG-AACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
9726 TGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCAT-AACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAAC
191 TGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* * *
9790 TAAACAA-GTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAGTT-TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
254 TAAA-AATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** * *
9853 GTAATAAGGGTTTTAAAGAAATGAGAGACTATAAATGGGTTTTTTTTGCCAGTGAATGCTTTTTT
315 GTAATAACGGTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTT
* * * * * * *
9918 CTTCATGTTTATTGGGGTAAATATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATT
380 CTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATT
* * * * * * *
9981 AAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAGAAGTAAT
445 AAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
*
10046 GGTA
510 GGGA
* * * *
10050 GACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGATTGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAAACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
** * * * * *
10115 AATTATTGTCTGCTTTAATGAAAAATGTAGAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTTAGATTACA
66 AATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * *
10180 AAACTATTTAAATTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGCAACTGTAAATTGACTTTTCTTGC
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCGTTTTGAAGGAATAGG-AACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * *
10245 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAA
194 CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAA
* * * **
10310 AATGTACAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAC
258 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAC
* * * *
10375 GGTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGATTG-TTGTTTTCTTCACG
323 GGTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACG
* * * * *
10439 TTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTT
387 TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAAAAATTAAACTT
* * * *
10504 CAAATCAATTTTTAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGA
451 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
* *
10567 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
** * *
10632 AATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATA
66 AATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * *
10697 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTTGAAGGAAT-GGATGACCATAAATGGACTTCTCTT
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCGTTTTGAAGGAATAGGA--ACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
10760 GCCAATGAATG-TCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAGTACATATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATG
192 GCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-
* * *
10824 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
255 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ********** *
10889 AACAGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATGTTTTTTTCTTCA
320 AACGGTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
* * * * *
10954 CGTTTCTT-AGCGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTGAACCAAAAAAGGAAAAAAAAATTGAA
385 CGTTTCTTGAG-GTAAACATTCAATTATTATCTGTTTT-AACCAAAAAAGTAAAAAAAAATTAAA
********** * *
11017 CTTAAAATCAATTTTGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGGG
448 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
11082 A
513 A
* * * * *
11083 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGTAAACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * *
11148 AATTACT-ATCTGTTTTAACCAAAAAAGTACAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAAATTTGAGATT
66 AATTA-TAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
11212 A
127 A
11213 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1855, Mismatches: 290, Indels: 99
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 5 0.00
514 142 0.08
515 271 0.15
516 635 0.34
517 573 0.31
518 228 0.12
519 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCGTTTTGAAGGAATAGGAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGGT
TTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC
TTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAATTAAACTTAAAAT
CAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
Done.