Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397497.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2694.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11959
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Warning! 170 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:295 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7--2180 Score: 1789
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 171
1 TAAAAA
* * * * *
7 GACTTTTCTTGCCAATGATTGGCTGTTTATTCATGTTTCGT-AAGATAGACATTCAATTATAGGT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAG-TAGACATTCAATTATA-AT
* ** * *
71 C-ATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
64 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
135 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTACAGGCATGAGTAACTATAAATA
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
** * * * *
178 GTGTTTTCTTGCCATTGAATAGCTTTTTCCTT-AGGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATA
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
242 TCTTTTAACCAGAAATACAAGAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
65 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
307 TGTTAGTAATAAGGC------A--TA-G-GTGACTATAAATG
130 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * **
339 GACTTTTGTTACCAATGAATGGC-TTTTCTTAATGTTTCGTGATGTAAAAATTCAATTGCAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
403 ATTTTAAACAAAAATGTAAAACAAATTGAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAA
66 GTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
468 AGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGAATGACTACAAATG
130 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
510 GACTTCTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC--AAGAGATAGACATTAAATTATAAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-AG-TAGACATTCAATTATAAT
* * * * *
573 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAAGTTAAAATCAATTAGGAGATTATAACACCATTTA
64 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
638 AAGTGAATAATAAGGCTTCTAAAGGTAAGGGTGGCTATAAATAG
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-G
* * * *** * * *
682 AACTTTTCAT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTTGCGTTTC-TCAAGACAAACATTCAATTATAATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAG-TAGACATTCAATTATAATC
*
745 TGTTTTAACCAAAAATACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTA
65 TGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *** * *
810 AAGTGAGTAAAAAGGCTTCCGAAGGC-TTAGGTGACCATAAATG
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGA-GTGACTATAAATG
* * * * * * * *
853 GACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCCTCAAGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATACTAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCT
* * ** *
918 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
66 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** * *
983 GCGACTAATTAGAATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATG
131 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * ** *
1024 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT-TTCTAGACAGACATTCAATTATAATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAG-TAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
1088 TGTTTTAACTAAAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAATGAATTGTGAGATTATAAAACGATTTAA
65 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
1153 AGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGATTAAAAATG
130 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
** * * * *
1195 CCCTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTAAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
1259 GTTTTAATC-AAAATGA-AAAAACATTCAACCTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
66 GTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * *
1321 AAGTAACTACTTATGCTTTCAATGGCTTGGGTGACTAGAAATA
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * ** * *
1364 TACTTTTCTTGTCAATGAATGAG-TTTTGCTTCATGTTTCTTAGGGCAAACAGTT-AATTATAAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACA-TTCAATTATAAT
** * *
1427 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTA
64 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
1492 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** * ** * * *
1535 GACTTTTCTTACCAAT-AAGTGATTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCA-ACATTCAATTATAATT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATC
* ** * * * * *
1598 TATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
65 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * *
1663 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGATTATAAATG
130 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
** * * * *
1705 GACTTTT-TCTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTC-TCAAGATAGACATTAAATTATAAT
1 GACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAG-TAGACATTCAATTATAAT
* * * * *
1768 CTGTTTTAA-TAAAAAAAGTAAAATAATTCAAGC-TAAAA-CTAATTATAAGATTATAAAATCAT
64 CTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAA-CTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCAT
** * ** *
1830 TTAATTTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTAGAGTGACCGTAAATA
126 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GAGTGACTATAAATG
* * * * * * *
1876 GACTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * *
1941 GTTTTCACTAAAAATGTAGAAATATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAA
66 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * *
2006 GCGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGTATGGGTGACCATAAACG
131 GTGAGTAA-TAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* *
2047 GACTTTTCTTGCCATTGAATGG-TTTTCTCTTCATGTTT-TCT-AAGACAGACATTCAATTATAA
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCT-TAAAG-TAGACATTCAATTATAA
* * * * *
2109 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATAAG-TTAGTAAAACTA
63 TCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCA
2173 TTTGAAAG
125 TTT-AAAG
2181 CAAAGTAATA
Statistics
Matches: 1617, Mismatches: 326, Indels: 117
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 43 0.03
161 78 0.05
162 1 0.00
163 1 0.00
165 1 0.00
167 1 0.00
169 99 0.06
170 233 0.14
171 910 0.56
172 212 0.13
173 31 0.02
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCT
GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
Found at i:855 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7--3189 Score: 2503
Period size: 342 Copynumber: 9.4 Consensus size: 340
1 TAAAAA
* * * * *
7 GACTTTTCTTGCCAATGATTGGCTGTTTATTCATGTTTCGT-AAGATAGACATTCAATTATAGGT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGACAGACATTCAATTATA-AT
* ** * * *
71 C-ATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
64 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * ** * * *
135 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTACAGGCAT-GAGTAACTATAAATAGTGTTTTCTTGCCATTGAATA
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * * * * ** *
199 GCTTTTTCCTT-AGGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATATCTTTTAACCAGAAATACAAG
193 GCTTTTT-CTTCACGTTTC--AAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * *
263 AAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGTTAGTAATAAGG----C--
255 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAA
322 A--TA--GGTGACTATAAATG
320 AGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * **
339 GACTTTTGTTACCAATGAATGGC-TTTTCTTAATGTTTCGTGATGTA-A-AAATTCAATTGCAAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAG-ACAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
401 CTATTTTAAACAAAAATGTAAAACAAATTGAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTT
64 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
466 AAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCAT-GAATGACTACAAATGGACTTCTCTTACCAATAAAT
128 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * *
530 GCCTTTTTCTTTATGTTTCAAGAGATAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
192 GGCTTTTTCTTCACGTTTCAAG-G-TAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* ** * *
595 AAAACTCAAGTTAAAATCAATTAGGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAATAATAAGGC-TTCTA
255 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTC-A
* *
659 AAGGTAAGGGTGGCTATAAATAG
319 AAGGTATGGGTGACTATAAAT-G
* * * *** *
682 AACTTTTCAT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTTGCGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCT
* *
746 GTTTTAACCAAAAATACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
66 GTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *** * * * *
811 AGTGAGTAAAAAGGCTTCCGAAGGCTTAGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
130 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC
* * * * * *
876 TTTTTCCTCAAGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATACTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
195 TTTTTCTTCACG-TT-TCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * ** *
941 ATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGACTAATTAGAATTTTAAAGG
258 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
1006 CATGGGTAACTATAAATG
323 TATGGGTGACTATAAATG
* * * *
1024 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCTAGACAGACATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
1089 GTTTTAACTAAAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAATGAATTGTGAGATTATAAAACGATTTAAA
66 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * ** * *
1154 GCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGATTAAAAATGCCCTTTCCTTGCCAATGAATGGCT
131 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* *
1219 TTTT-TTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAATG-AAAAAAC
196 TTTTCTTCACG-TT-TCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-
* * * * *
1281 ATTCAACCTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AACTACTTATGCTTTCAATG
258 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTCAAAG
* *
1345 GCT-TGGGTGACTAGAAATA
322 G-TATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
1364 TACTTTTCTTGTCAATGAATGAG-TTTTGCTTCATGTTTCTTAGGGCAAACAGTT-AATTATAAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA-TTCAATTATAAT
** *
1427 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTA
64 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
1492 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AAGTG
129 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TG
** * * * * * * *
1556 ATTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCA-ACATTCAATTATAATTTATTTTAA-TAAAAAATGTAAA
193 GCTTTTTCTTCACG-TT-TCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * * *
1619 ACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCA
255 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTCA
** *
1683 AAGACATGGGTGATTATAAATG
319 AAGGTATGGGTGACTATAAATG
** * * * *
1705 GACTTTT-TCTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGATAGACATTAAATTATAATC
1 GACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATC
** * * * *
1769 TGTTTTAATAAAAAAAGTAAAATAATTCAAGC-TAAAA-CTAATTATAAGATTATAAAATCATTT
65 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * ** * * *
1832 AATTTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTAGAGTGACCGTAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT
128 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * * * * *
1896 GGGTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATGTAGA
192 GGCTTTTTCTTCACG-TT-TCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * *
1961 AATATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCG
255 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAA-TAAGGCTTTCA
* *
2025 AAGGTATGGGTGACCATAAACG
319 AAGGTATGGGTGACTATAAATG
*
2047 GACTTTTCTTGCCATTGAATGG-TTTTCTCTTCATGTTT-TCTAAGACAGACATTCAATTATAAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGACAGACATTCAATTATAAT
* * * *
2110 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATAAG-TTAGTAAAACTAT
64 CTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCAT
** * * * * * * * *
2174 TTGAAAGCAAAGTAATACAGGATTTCAAAAAGCTTGGGGTAAATTATAAACTGGACTTTGCTTAC
126 TT-AAAG-TGAGTAATA-AGGCTTT-TAAAGGCAT-AGGT-GACTATAAA-TGGACTTTTCTTAC
* * *
2239 CAATGAACGG-----------C-TTT-----TA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAA
184 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA
* * * * * * *
2285 ATATACAAATATTCAACCCAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAA-TCAAGTAATTAA
248 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAA-TAA
** * * *
2349 -GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATA
311 GGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * **
2378 GACTATTCTTACTATTGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGACAGACATTCAATTATAATC
2442 TGTTTTAA-CAAAAAT-TACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
65 TGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * * *
2505 AAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATG-ATA
128 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-
* * * * * * **
2569 GCCATTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAAGA-TACAATTATAATCTGTTTTCTCTAAAAATGTAA
192 GGCTTTTTCTTCACGTTT--CAAGGTAGACATTA-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * * **
2633 AAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCA
254 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCA
*
2698 AAGACT-TGGGTTG-CTATAAATG
319 AAG-GTATGGG-TGACTATAAATG
* * * * * *
2720 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCT
* * *
2785 GTTTTAACTAAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
66 GTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * **
2850 AATGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTATTGAATAAC
130 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC
* * * * * * *
2915 TTTTACTTTACATTCCCTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAA
195 TTTTTCTTCACGTT-TC-AAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * **
2979 ATTCAAGCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGG
258 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
3044 AATGGATAACAATGAATG
323 TATGGGTGACTATAAATG
** * * * * ** *
3062 GACTTTTCTCACTATTGAATGGTTTTTTCCTCACAT-TTTCT-AAGGTAGACATTTAATTATAAT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CT-TCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAAT
* ** * * * * * *
3125 TTG-TTTAAATAGAAATTGAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAGTTTATAAAATCATTT
64 CTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
3189 A
128 A
3190 CCTCTCCCAA
Statistics
Matches: 2301, Mismatches: 439, Indels: 213
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 16 0.01
323 7 0.00
324 4 0.00
325 6 0.00
326 6 0.00
327 7 0.00
328 3 0.00
329 32 0.01
330 22 0.01
331 205 0.09
332 213 0.09
333 2 0.00
334 3 0.00
335 1 0.00
337 1 0.00
338 3 0.00
339 9 0.00
340 261 0.11
341 362 0.16
342 567 0.25
343 465 0.20
344 50 0.02
345 9 0.00
346 7 0.00
347 6 0.00
348 4 0.00
349 4 0.00
350 6 0.00
351 19 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCT
GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
TTTTCTTCACGTTTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGTAT
GGGTGACTATAAATG
Found at i:2406 original size:673 final size:657
Alignment explanation
Indices: 317--3189 Score: 2163
Period size: 673 Copynumber: 4.2 Consensus size: 657
307 TGTTAGTAAT
* * * * *
317 AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGGC-TTTTCTT-AATGTTTCGTG
1 AAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT--TAATGAATGGCTTTTTCTTCAA-GTTTC-TC
* * * ** * * *
380 ATG-TAAAAATTCAATTGCAATCTATTTTAA-ACAAAAATGTAAAACAAATTGAACCTAAAATCA
62 AAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAA-ATAAAA-AAATTCAA-CTAAAATCA
* * * * * *
443 ATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGG-CATGAATGACTACAA
123 ATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTA-GAGTGAC-ATAA
* * * * * ** * *
507 AT-GGACTTCTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTATG-TT-TCAAGAGATAGACATTAAATTA
185 ATAGAACTTTTCTTGCTAATGAATG-GATTTTCTTCACGTTTCTCAAG-G-TAGACATTAAATTA
* * * * ** * * *
569 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAAGTTAAAATCAATTAGGAGATTATAACACCA
247 TAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
* * * * * * *
634 TTTAAAGTGAATAA-TAAGGCTTCTAAAGGTAAGGGTGGCTATAAATAGAACTTTTCAT-CCAAT
312 TTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTT-TCAAGGT-TGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
697 GAATGCCTTTTTCTT--TGCGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
373 GAATG-GTTTTTCTTCATG-TTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
* * * ** *
760 TACTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGG
435 T-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGG
* * * * * * * * * * * *
825 CTTCCGAAGGCTTAGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCCTCAAGTT
499 ATTTCAAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTGCTTACCAAT-AA--G-----T-GTC-A-TT
* *
890 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATACTATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCAAAAA
553 TCT----G-A-ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAATTCAACCAAAAA
* * * *
954 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGACTAATT-AGAATTTTA
610 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAAG-CTTTTA
* *
1002 AAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCTA
1 AAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-T-AATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAA
* ** * * *
1067 GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAATGAATTG
64 GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTA
* * * * *
1132 TGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTA-AGTGA-TTAAAAATG
127 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTAGAGTGACATAAATA-G
** * * * * *
1195 CCCTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTAAATTATAATCTG
189 AACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTG
* * * * * *
1260 TTTT-AATCAAAATGAAAAAACATTCAACCTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
254 TTTTCACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
** * * * * ** *
1324 TAACTACTTATGCTTTCAATGGCTTGGGTGACTAGAAATATACTTTTCTTGTCAATGAATGAGTT
319 CGAGTAATTAAGCTTTCAA-GG-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTT
* * * *
1389 TTGCTTCATG-TTTCTTAGGGCAAACAGTT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
381 TTTCTTCATGTTTTC-TAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* ** * *
1452 ATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
444 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGATTTCAAAAG
* *
1517 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAGTGATTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCA
509 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATAAGTG---------TCA--TTTCT----G-A
* * *
1582 ACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
558 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAA-AATTCAACCAAAAATCAATTATGAGA
* *
1647 TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAA-TAAGGCTTTCA
622 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAA-GCTTTTA
* * * *
1683 AAGACATGGGTGATTATAAATGGACTTTTTCTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAA
1 AAGGCATGGGTAACTATAAATGGAC-TTTTCT-TTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAA
* *
1748 GATAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAATAATTCAAGCTAAAA-CTAATT
64 GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAA-TAAAAAAATTCAA-CTAAAATC-AATT
* *** *
1812 ATAAGATTATAAAATCATTTAATTTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTAGAGTGACCGTAAATAG
126 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTAGAGTGA-CATAAATAG
* * * *
1877 -ACTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATAT
189 AACTTTTCTTGCTAATGAATGGATT-TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCT
* *
1941 GTTTTCACTAAAAATGTAGAAATATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAA
253 GTTTTCACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
* * *
2006 GCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGACCATAAACGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGTT
318 GCGAGTAATTAAGCTTTC-AAGGT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTT
*
2071 TTCTCTTCATGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
381 TT-TCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA
* *
2136 ATTTAAACTTAAAATCAATTATAAG-TTAGTAAAACTATTTGAAAGCAAAGTAATACAGGATTTC
444 A-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA-TAAAACCATTT-AAAG-AAAGTAATA-AGGATTTC
* *
2200 AAAAAGCTTGGGGTAAATTATAAACTGGACTTTGCTTACCAATGAACG-G-C-TTT-T-AACATT
504 -AAAAGCAT-GGGT-AACTATAAA-TGGACTTTGCTTACCAAT-AA-GTGTCATTTCTGAACATT
* * * * * *
2260 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATACAAATATTCAACCCAAAATCAATTTTAAGATTATA
563 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA-AAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
2325 AAACCATTTAAATCAAGTAATTAAGCTTTTG
627 AAACCATTTAAAGCAAGTAATTAAGCTTTTA
* * * * * *
2356 AAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTATTCTTACTATTGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTC-CTG
1 AAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT--TAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTC-A
* * * *
2420 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
63 AGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-AATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATT
* * *
2485 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CATGGGTGACTATAAAT-
126 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTA-GAGTGAC-ATAAATA
* * * * * *
2548 GAACTTTTCTTGCTAATG-ATAGCCATTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAAGA-TACAATTATAA
188 GAACTTTTCTTGCTAATGAAT-G-GATTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTA-AATTATAA
*
2611 TCTGTTTTCTCTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
250 TCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* *
2676 AAAGCGCGTAA-TAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
315 AAAGCGAGTAATTAA-GCTTTC-AAG-GTTGGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * *
2739 TGGATTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAATGTA
376 TGG-TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTA
* * * * * *
2804 AAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATTAGGCTTT
439 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AAGTAATAAGGATTT
** * * * * * * *
2868 TGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTATTGAATAACTTTTACTTTACATTCCCT
503 CAAAAGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTGCTTAC----CAAT-A-----AGTGT-CATT-TCT
* * * * * *
2933 GAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTCAAGCTAAAATCAAT
556 ---G-A-ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTCAACCAAAAATCAAT
* * ** * *
2997 TATGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTG
615 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAAGCTTTTA
* * * * * * * * *
3040 AAGGAATGGATAACAATGAATGGACTTTTCTCACTATTGAATGGTTTTTTCCTCACATTTTCT-A
1 AAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT--TTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCA
* * * * * *
3104 AGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTAAATAGAAATTGAA-AAAAAAA-TCAACTTAAAAGCAA
63 AGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAA--AAATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAA
*
3167 TTATGAGTTTATAAAATCATTTA
124 TTATGAGATTATAAAA-CATTTA
3190 CCTCTCCCAA
Statistics
Matches: 1801, Mismatches: 276, Indels: 223
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
665 13 0.01
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667 3 0.00
668 5 0.00
669 11 0.01
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671 4 0.00
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679 3 0.00
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694 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (657 bp):
AAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGA
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTAGAGTGACATAAATAGAACTTTT
CTTGCTAATGAATGGATTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTCAC
TAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
TTAAGCTTTCAAGGTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATG
TTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGATTTCAAAAGCATGGGTAACTA
TAAATGGACTTTGCTTACCAATAAGTGTCATTTCTGAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAA
AAATGTAAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAA
GCTTTTA
Found at i:2545 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2255--3189 Score: 977
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
2245 ACGGCTTTTA
* * * * * * *
2255 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATACAAATATTCAACCCAAAATCAATTTTAAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
2319 ATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATTAA-GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTA
65 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTT
* ** *
2383 TTCTTACTATTGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCTGAGGTAG
129 TTCTTACTATTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
*
2426 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATTACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
** * *
2490 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
2555 TCTTGCTAATG-ATAGCCATTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAA
130 TCTTACTATTGAAT-GGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
* * ** *
2597 AGATACAATTATAATCTGTTTTCTCTAAAAATGT-AAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * **
2661 ATTATAAAATCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTTGCTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
2726 TCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAG
130 TCTTACTATTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
* * *
2768 ATATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAATGT-AAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAAT-TAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * *
2832 GATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTT
** * * * *
2897 TTCTTACTATTGAATAACTTTTACTTTACATTCCCTGAGGTAG
129 TTCTTACTATTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
* * * *
2940 ACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TATAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
3004 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGATAACAATGAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
* * * *
3069 CTCACTATTGAATGGTTTTTTCCTCACATTTTCTAAGGTAG
131 CTTACTATTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
* * * * * * *
3110 ACATTTAATTATAATTTG-TTTAAATAGAAATTGAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATT-AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
3174 TTTATAAAATCATTTA
65 ATTATAAAACCATTTA
3190 CCTCTCCCAA
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 114, Indels: 20
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 139 0.22
171 338 0.53
172 151 0.24
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
CTTACTATTGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
Found at i:3283 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 3103--3284 Score: 224
Period size: 95 Copynumber: 1.9 Consensus size: 95
3093 CACATTTTCT
* *
3103 AAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTAAATAGAAATTGAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAAT
1 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTAAATAGAAAATGAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAAT
** *
3168 TATGAGTTTATAAAATCATTTACCTCTCCC
66 TATGAAATTATAAAACCATTTACCTCTCCC
* * * * *
3198 AAGGTAGACATTTCATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCA
1 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTG-TTTAAATAGAAAATGAAAAAAAAATCAACT-TAAAAGCA
* *
3261 ATTTTGAAATTATCAAACCATTTA
64 ATTATGAAATTATAAAACCATTTA
3285 AAGCGAATAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 12, Indels: 4
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 1 0.01
95 65 0.89
96 7 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (95 bp):
AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTAAATAGAAAATGAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAAT
TATGAAATTATAAAACCATTTACCTCTCCC
Found at i:3620 original size:439 final size:437
Alignment explanation
Indices: 2757--3628 Score: 1068
Period size: 439 Copynumber: 2.0 Consensus size: 437
2747 TCTTCATATT
* *
2757 TCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAA
1 TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
* * * * *
2822 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTAT
66 TCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATTAAGATTTTGAAGGCATAGGTAACTAT
* * ** * *
2887 AAATGGACTTTTCTTACTATTGAATAACTTTTACTTTACATTCCCTGAGGTAGACATTTAATTAT
131 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTACTTTACATTCCCAAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * *
2952 AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATT
196 AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACACTACAAAACTATT
** * * * * *
3017 TAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGATAACAATGAATGGACTTTTCTCACTATTGAAT
261 TAAACCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGAATGCATAACAATAAATGGACTTTTCTCACCATTGAAT
* * * * * * *
3082 GGTTTTTTCCTCACATTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTAAATAGAAATTGAAAA
326 GGCTTTTTCCTCACAGTTTCTAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGAAAA
* * *
3147 AAAAATCAACTTAAAAGCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTACCTC
391 AAAAATCAACTTAAAAGCAATTATAAGATTATAAAACCATTTACCTC
* * *
3194 TCCCAAGGTAGACATTTC-ATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAA
1 TCCCAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
* * * *
3257 ATCAATTTTGAAATTATCAAACCATTTAAAGCGAATAATTAAGATTTTGAAGGCAT-GGATAATT
65 ATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATTAAGATTTTGAAGGCATAGG-TAACT
*** ** * **
3321 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTTTTTTCACGTTTTCAAAGGCAGACATTCAA
129 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AACTTTTACTTT-ACATTCCCAAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
3386 TTATAATCTATTTTAACCAAATATGTACATAAATTCAACCTAAAATCTATTATGAGACTACAAAA
192 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATATA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACACTACAAAA
** * * *
3451 CTATTTAAACCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGCGTGCATAACCATAAATGGACTTTTTTTACCAT
256 CTATTTAAACCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGAATGCATAACAATAAATGGACTTTTCTCACCAT
* *
3516 TGAATGGCTTTTTCCTCA-AGTTTCTTCAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
321 TGAATGGCTTTTTCCTCACAGTTTC-TAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTAAACAAAAAA
* * * *
3580 TGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
385 TGAAAAAAAAATCAACTTAAAAGCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
3629 AAGCGAGTAA
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 66, Indels: 10
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
435 2 0.01
436 101 0.28
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438 48 0.13
439 175 0.48
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (437 bp):
TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
TCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATTAAGATTTTGAAGGCATAGGTAACTAT
AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTACTTTACATTCCCAAAGGCAGACATTCAATTAT
AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACACTACAAAACTATT
TAAACCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGAATGCATAACAATAAATGGACTTTTCTCACCATTGAAT
GGCTTTTTCCTCACAGTTTCTAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGAAAA
AAAAATCAACTTAAAAGCAATTATAAGATTATAAAACCATTTACCTC
Found at i:3630 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3197--4701 Score: 1488
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
3187 TTACCTCTCC
* * *
3197 CAAGGTAGACATTTC-ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCA
1 CAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * * * * ** * * *
3261 ATTTTGAAATTATCAAACCATTTAAAGCGAATAATTAA-GATTTTGAAGGCATGGATAATTATAA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
3325 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTTTTTTCACGTTT-T
129 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG--CTTTTTCTTCAAGTTTCT
* * * * * *
3369 CAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATATGTACATAAATTCAACCTAAAATCT
1 C-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * * * * * ** * *
3434 ATTATGAGACTACAAAACTATTTAAACCGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGCGTGCATAACCATAA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
3498 ATGGACTTTTTTTACCATTGAATGGCTTTTTCCTCAAGTTTCTT
129 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTC-T
* * * * *
3542 C-AGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* **
3606 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGGTGACTATAAAT
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
3671 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
131 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCT
* * * * * * * * * * *
3712 CAAGGCAAACAATCAATAAAAATATGTGTTCACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * * * *
3777 TTATGAGATTATAAAGCCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAAT
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
3842 GGACTTTTAC-T-CCTAATCAATGGCTTTTTCTT-AACATTTCT
131 GGACTTTT-CTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCAA-GTTTCT
* * * * *
3883 CGAGGTAGGCATTCACTTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATCAACCTAGAATCA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * * *
3948 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAAATGCATGGGTGACTATAAA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
4013 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTCTTCATA-TTGCT
130 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCT
* * *
4055 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAAAATTC-
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA-TCA
* * * * *
4119 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCATTCAAAGGCATTGGTGCCTATAAA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
4184 TGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCT
130 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCT
** * * *
4226 TGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATAGATG--AAAAAATTCAA-CTTAATTC
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAA-A-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
* * * * * * *
4288 AATTATCAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * *
4353 GTGGACTTTTCTTGTCAATG-ATAGTCTTTTTCTTCACGTTTCC
129 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCAAGTTTCT
* * * *
4396 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATATAAAACAAATT-AACTTAAAATCA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCA
* * * * **
4460 ATTATGAGATTATAAGACTATTTAAAGCGTA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGGT-TTTATA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GGTGACTATA
*
4523 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTCACA-TTTCC
128 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCT
* * *
4566 CAAGATAGACATTCAATT-TAA-C--------C-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
** * * *
4620 TTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGAGG-GACTATAAA
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GGTGACTATAAA
4684 TGGACTTTTCTTGCCAAT
130 TGGACTTTTCTTGCCAAT
4702 ATTAGGTTTT
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 193, Indels: 75
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
158 6 0.01
159 95 0.09
160 1 0.00
168 3 0.00
169 8 0.01
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCT
Found at i:3760 original size:609 final size:609
Alignment explanation
Indices: 2604--3791 Score: 1385
Period size: 610 Copynumber: 2.0 Consensus size: 609
2594 CAAAGATACA
** * *
2604 ATTATAATCTGTTTTCTCTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
* ** * * * ** *
2669 ATCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTTGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
66 ACCATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTCAAAGACATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * *
2734 ATGAATGGATTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAA
131 ATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACTAAAAA
* * * *
2799 ATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATTAGG
196 ATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAAG
* * * * * *
2864 CTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTATTGAATAACTTTTACTTTACATT
261 CTTTCGAAGGCATAGATAACCATAAATGGACTTTTCTTACCATTGAATAACTTTTACCTCACATT
* * *
2929 CCCTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAAGCTAAAATC
326 CCCTCAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAAGCTAAAATC
* * * * ** * *
2994 AATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGATAACAATGA
391 AATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGATAACAATAA
* * ** * * * * * *
3059 ATGGACTTTTCTCACTATTGAATGGTTTTTTCCTCACATTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAA
456 ATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACATTTTCTAAGGCAAACAATCAATAAAAA
* * *
3124 TTTGTTTAAATAGAAATTGAAAAAAAAA-TCAACTTAAAAGCAATTATGAGTTTATAAAATCATT
521 TTTGTTCAAATAGAAATTGAAAAAAAAATTCAACCTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATCATT
3188 TACCTCTCCCAAGGTAGACATTTC
586 TACCTCTCCCAAGGTAGACATTTC
* * *
3212 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTTTGAAATTATCAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
** * *
3277 ACCATTTAAAGCGAATAATTAA-GATTTTGAAGGCATGGATAATTATAAATGGACTTTTCTTACC
66 ACCATTTAAAGCGAATAA-TAAGGATTTCAAAGACATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * *
3341 AATGAATGGTTTTTTTTTTTCACGTTTTCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CA
130 AATGAATGG--ATTTTTCTTCACATTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACTAA
* * * * *
3405 AATATGTACATAA-ATTCAACCTAAAATCTATTATGAGACTACAAAACTATTTAAACCGAGTAAT
193 AAAATGTA-AAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTTAAAACGAGTAAT
* * ** *
3469 TAAGCTTTCGAAGGCGT-GCATAACCATAAATGGACTTTTTTTACCATTGAATGGCTTTTTCCTC
257 TAAGCTTTCGAAGGCATAG-ATAACCATAAATGGACTTTTCTTACCATTGAATAACTTTTACCTC
* * *
3533 A-AGTTTCTTCAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAA-C
321 ACA-TTCCCTCAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAAGC
* *
3596 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGGT
384 -TAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGAT
* * ** *
3661 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CT-TCATGTTTCTCAAGGCAAACAA
448 AACAATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACAT-TTTCT-AAGGCAAACAA
* **
3724 TCAATAAAAATATGTGTTCACAA-A-AAA-T-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGA
511 TCAATAAAAAT-T-TGTTCA-AATAGAAATTGAAAAAAAAATTCAACCTAAAAGCAATTATGAGA
3785 TTATAAA
573 TTATAAA
3792 GCCATTCAAA
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 87, Indels: 26
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
608 119 0.25
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610 181 0.38
611 4 0.01
612 6 0.01
613 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (609 bp):
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTCAAAGACATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
ATGAATGGATTTTTCTTCACATTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACTAAAAA
ATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAAG
CTTTCGAAGGCATAGATAACCATAAATGGACTTTTCTTACCATTGAATAACTTTTACCTCACATT
CCCTCAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAAGCTAAAATC
AATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGATAACAATAA
ATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCCTCACATTTTCTAAGGCAAACAATCAATAAAAA
TTTGTTCAAATAGAAATTGAAAAAAAAATTCAACCTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATCATT
TACCTCTCCCAAGGTAGACATTTC
Found at i:4092 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3199--4701 Score: 1556
Period size: 343 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
3189 ACCTCTCCCA
* *
3199 AGGTAGACATTTC-ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAA
1 AGGTAGACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAA
* * * * * * * * * *
3262 TTTTGAAATTATCAAACCATTTAAAGCGAATAATTAAGATTTTGAAGGCATGGATAATTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
3327 GGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTTTTTTCACGTTT-TCAAAGGCAGACATTCAATTATA
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGG--CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * * * *
3391 ATCTATTTTAACCAAATATGTACATAAATTCAACCTAAAATCT-ATTATGAGACTACAAAACTAT
191 ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * ** * * * *
3455 TTAAACCGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGCGTGCATAACCATAAATGGACTTTTTTTACCATTGA
255 TTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* *
3519 ATGGCTTTTTCCTCAA-GTTTCTTC-
319 ATGGCTTTTT-CTTAACATTTC-TCG
* * * *
3543 AGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * **
3608 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGGTGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
3673 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATAAAAATATG
131 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA
* * * *
3738 TGTTCACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTCAAAG
196 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
3803 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATGGACTTTTAC-T-CCTAATCAATGGC
261 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTACC-AATGAATGGC
3866 TTTTTCTTAACATTTCTCG
324 TTTTTCTTAACATTTCTCG
* * * * *
3885 AGGTAGGCATTCACTTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATCAACCTAGAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
3950 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAAATGCATGGGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * ** * *
4015 AACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTCTTCATATTGCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* * *
4080 GTTTTAACAAAAAA-AGTTAAAAAATTCAACCTAAAATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
195 ATTTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
4144 AGCAAATAATAAGGCATTCAAAGGCATT-GGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
259 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * *
4208 CTTTCTCTTCACGTTTCTTG
323 CTTTTTCTTAACATTTCTCG
* *
4228 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATAGATG--AAAAAATTCAACTT-AATTCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAA-A-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * * *
4290 TTATCAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAAGT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
4355 GGACTTTTCTTGTCAATG-ATAGTCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
4419 CTATTTTCACCAAAAATATAAAACAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACTATTT
193 CTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** *
4483 AAAGCGTA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGGT-TTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
257 AAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * *
4546 TGGCTTTTT-TTCACATTTCCCA
320 TGGCTTTTTCTTAACATTTCTCG
* *
4568 AGATAGACATTCAATT-TAA-C--------C-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** *
4622 ATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGAGG-GACTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATG-GGTGACTATAAATG
4686 GACTTTTCTTGCCAAT
130 GACTTTTCTTGCCAAT
4702 ATTAGGTTTT
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 164, Indels: 66
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 1 0.00
329 17 0.02
330 72 0.07
331 2 0.00
339 3 0.00
340 28 0.03
341 226 0.23
342 196 0.20
343 289 0.30
344 129 0.13
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA
TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
TTTCTTAACATTTCTCG
Found at i:6409 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5809--11959 Score: 4946
Period size: 171 Copynumber: 36.1 Consensus size: 170
5799 NNNNNNNNNN
** * * *
5809 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTATAGGTGACTAT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATGGGTGACTAT
* * * * * *
5874 AAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAAATATTCAGTTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
5938 TAATCTGTTTTCAC-CAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
5978 ATCACTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCA-TAATAAGGCTGTCGGAGGCTTGGGTTACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACT
* * *
6042 ATAAATGGACATTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACTGTTTC-CAAGGTAGACATTCTAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
*
6106 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTCAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
********************** * *
6148 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCAAGGGTGAGTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATGGGTGACTA
* * * ** * *
6213 TAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGATAGACAATT-AATC
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAATT
* * * *
6277 ATAATTTATTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
6319 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCACAAGCATTGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGCATGGGTGACTA
* * * *
6384 TAAATGGACTTTT-TCTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCCCGAA-GTAGACATTCAAT
65 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
* * *
6447 TATAATCTATTTTAATAAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * *
6490 ATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACTA
* ** * * * * * *
6555 TAAATGAACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTACTTTATGTTTCCCAAGATAAACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
6620 TAATATGTTTTAGCAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAT
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
6661 ATCAATTATGAGATTATATAACCATTTAAACCGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGCATGGGTAACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACT
* * * * * * * *
6725 ATAAATGCACATTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCT-AGATGTAGGCATTCAAA
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAAT
*
6789 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
**
6832 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACTCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACTA
* * * * * * * *
6897 CAAATGCACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCACATCTCTCGAGTTAGATATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * ** *
6961 ATAAGCT-ATTTATACAAAAAATACAAAAGAATTCAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * **
7003 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAATCCATGGGTGAAAA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACTA
* * * * * *
7068 TAAATGGACTTTT-TATACCATTGAATGGCTTTCTCTTCATGTTT-TCCAGTGTAGACATTTAAT
65 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAAT
* * *
7131 TATAATATGCTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTCAATTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** * *
7176 ATCACTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTTTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACTA
** * * * * * ** *
7241 GCAATGGACTTTTTTTGCAAATGAATGGCCTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCGATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* ** * *
7306 TAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACCTATA
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
7347 ATTAATTATGAGATGATAAAAACATTTAAAGC-AGGTAATTAGGCTTTCAAAGGTATGGGTAACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACT
* * * *
7411 ATAAATGAACTTTTCTT-CCTAATGAATGG-GTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* **
7474 TATAATAC-GTTTTAACAAAAAGTACAAAAAAATTCAACTTAAA
128 TATAAT-CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** **
7517 ATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACTA
* * * * * *
7582 TAAATCGACTTTACTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATCTCCCAAGGTAAACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * ** **
7647 TAATCTGTTTCAACTAAAAATAAAAAAAAATTCAACCCAAA
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
7688 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC--T-------TGGGAGACTAG
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATGGGTGACTAT
* * * * * * * *
7744 AAATGGGCTTTTCTTGCCAAGGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTTAAGGCAGGCAATCAATTGT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* *
7809 AATCTGTTTTCACCAAAAATATG-AAAAAAATTCAACCTAAA
131 AATCTGTTTT-AACAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
** * * ** * * * * *
7850 ATCAATTATGAGATTATAAAACCACCTAAAGCGAGCAATTAGAATTTTGAAGGTATAGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAGCATGGGTGACTA
* * * *
7915 TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAA-GGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAGGGTAGACATTCGATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
7979 ATAATATGCTTTAACTAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
8021 ATCAATTATGAGATGATGAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAAGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-CATGGGTGACTA
* * * * * * * **
8086 TAAATCGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATCTCCCAAGGCAGACATTTGATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* ** *
8151 TAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAA
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * *
8192 ATGAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTGAAGGTATGAGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGCATGGGTGACTA
* ** * * * * * * *
8256 TAAATAGACTTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCTCAGGGTAAACACTCAATT
65 TAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
8321 ATAATCTGTTTTAACTAAACATGTACAATAATTGAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
8363 ATCTATTATGAGGTTTTAAAACTATTTAAA-CTGAGCAATTAA-TCTTTCAAAG-GTGTGCGTAA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGCATG-G-GTGA
* * * * * * * *
8425 CCATAAGTAGACTTTTCTTACCATTGAATGGCTTTTTCGTCAGGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
62 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * *
8490 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAGGTAAACAAATTCAACTTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
8534 ATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACGA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACTA
** * * *
8599 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTC-TCAATGTTTCTTAA-G--G-CA---GA--
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * *
8654 A-AATC-------A-AAAAGATATAAAAAAATTCAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
8687 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACTA
* * * * * * *
8752 GAAATGAATTTTTAC-T-CCTAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCACT
65 TAAATGGACTTTT-CTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * ** * *
8815 TATAATATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAGA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
8858 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACA-TGAGTAATTAGACATTT-AAATGTATGGGTGAC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAA-GCATGGGTGAC
* * ** *
8921 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTCTTTCTTCATATTTCTCAAGATAGACATTCAAT
63 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* *
8986 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
9030 ATCAATTATGAGATGATAAGACTC-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATAGGCGACA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACT
* * * ** * *
9094 ATAAATGGACTTTTATTGCCACTGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCTCTAGGTAGACATTTAATT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * *
9159 ATAATCTGTTTAAACAAAAAA-ATATATAAAATT-ACACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCA-ACTTAAA
* * *
9201 ATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACTA
* * * * *
9266 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCGTTTTCTTCAAGTTTC-CTAAGCTAGACATTTAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
* *
9330 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAAATTCAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ** * * * *
9372 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAATGAGTAAAAAAGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACTA
* * * * * * * * * *
9437 GAAATGAAATTTTATTTCCAATCAATGACTTTTT-TTTATGATTC-CAAAGGTAGACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
9500 TTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * * *
9542 ATCAATTATAAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAATAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGCATGGGTGACTA
* * * * * * * * *
9607 TAAATGGACTTTACTTGCCAATGATTGACTTTTTCTTTAGGCTTCCCATGGTATACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
9672 TAATCTATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAA
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
9713 ATCAATTATCG-TATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATGGGAGACT
1 ATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACT
* * * * **
9777 ATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGCTTT-TTGAGGTAGACAATT-AA
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGTAGAC-ATTCAA
* * * *
9840 TTATAATCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTAAACTTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
9884 ATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATCAA-GCTTTCAAAGGTATGGGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACT
* * * * * * * **
9948 ACAAATGCACTTTTCTTGCCAAT-AATAGCCATTTTCTTCACATTTCTCTAGTTAGATGTTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * **
10012 TATAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAACGAATTCAACTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** *
10055 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTTGAATTCATGGGTGACA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGC-TTTCAAAGCATGGGTGACT
* * * * * * * * * *
10119 ATAAATGAACTTTTATTACCATTGAATGGCTTTCTCCTCATGTTT-TCTAAGGTAAACATTTAAC
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
* *
10183 TATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATT-AATTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
10227 ATCACTTATGAGATTATAAAA-CAGTTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTTGGTGAC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGAC
** * * * * * * * *
10290 TAGCAATAGACTTTTCTTACTAATGAATCGC-TTTTCTTTACATTTTTCAAGGTAAACATTCAAT
63 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
10354 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
10397 ATCAATTATGAGATGATAAAATCATTCAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGTTATGGGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-CATGGGTGACTA
* * * *
10462 TAAATGAACTTTTC-T-CCTTAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCC--AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAA
* *
10524 TTATAATCCGTTTTAACAAAAAGTG-AAAAACAATTCAACTTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA
* * * * *
10568 ATCAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGACTA
* * * *
10633 TAAATCGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCAC-TTCTCTCAAGGTAAATATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT-TCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
10696 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAACAAATT-GAGTCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACT-TAAA
* * * * * *
10739 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAA-GCTTTTAATGGAATAGGTGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCAA-AGCATGGGTGACT
* * * *** *
10803 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTTGGGGTAGACAATCAATT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
10868 ATAATATTTTTTCACAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
10910 ATCAATTATGAGATAATAAAACTA-TTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAAAGACATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-CATGGGTGACTA
*********** * *
10974 TAAATGGACTTTANNNNNNNNNNAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGTAGACATTTAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
** ** *
11038 TAATCCATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTGATTTAAA
130 TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ********* *
11079 ATCAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGCATGGGTGAATA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAGCATGGGTGACTA
* * * * *
11144 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-ATAGCCTTTTTCCTCACGTTT-TCTGAGGTTGACATTCAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * * *
11207 TATAATATATTTTTAGAAGAGATGTAAAAAAATTCAACATAGA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********** * *
11250 ATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGACTA
* * * * * * * *
11315 GAAATGGACTTTTCTTACCCATTAATGGCTTTTTTTTCATGTTTC-CCAGAGCAGACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATT
* * * * * ** * **
11379 GTATTCTATTTTAACTAAAAATATGCAAACATTCAACCGAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
11421 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTTAAA-CGGAGCAATAAGCCTATCAAAGGCTTGAGTGAC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATGGGTGAC
** * * * * * * * *
11485 TATAAATCAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTATCAAGGCAGAGATCCAAT
63 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * * * *
11550 TATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACCTAAA
128 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** * * * * *
11593 ATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTGGGATTTTGAAGGCATGAGTAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGCATGGGTGACTA
* * * ** *
11658 TAAATGAACTTTTCTTACTAGGGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAAGTAGACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
11722 ATAATCTATTTTAACTAAATATGTACAAAAATTCAACCTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * *
11764 ATTAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAAACCAAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGCGTGCGT-AGC
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTC-AAAGCATGGGTGA-C
* * * * * * ** *
11827 CATAAATGAACTTTTCTTACCATTTG-ATGGCTTTTTCCTCAGGTTTCTTGAGATAGACATTCAA
63 TATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * *
11891 TTATAATCTATTTTTATAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAA
127 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
11935 ATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Statistics
Matches: 4740, Mismatches: 1059, Indels: 364
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
152 2 0.00
153 107 0.02
154 7 0.00
156 1 0.00
157 2 0.00
161 73 0.02
162 63 0.01
163 5 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 150 0.03
170 776 0.16
171 2845 0.60
172 546 0.12
173 151 0.03
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
Done.