Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018399700.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2945.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1818
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.09, T:0.24

Warning! 622 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1128 original size:172 final size:169

Alignment explanation


    Indices: 811--1529  Score: 566
    Period size: 172  Copynumber: 4.2  Consensus size: 169

        801 NNNNNNNNNN

                            *                     *  *  *  *  *              
        811 AGACATTCT-ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTAT
          1 AGACATT-TAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCTGAAGAATTTAAATTTAAA-TCAATT-T

            * *    *     **       *       *        *    *  *     * *         
        874 AACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTGTAAATAGAC
         63 TAGATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC

               *    *          *                 *     
        939 TTTGCTTCCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGT
        128 TTTTCTT-GCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGT

              *       * *   *                                                
        982 AGGCATTTAAGTCTAGCCTGTTTTAACTAAAAATGACTGAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTA
          1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATG-CTGAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTT-

                                        *                  *  *     *   *    
       1047 AGATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTAACTATCAATTGACT
         64 AGATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACT

                     *                   ***          
       1112 TTTCTTGTCGATGAATGCCTTTTTCTTTACAATTCTCAAGGT
        129 TTTCTTG-CAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGT

                   *                   *         *  *  *  *      *         * 
       1154 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-TTAAAAAATTCAATCGTAAAATCAATTAT
          1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCTGAAGAATTTAAAT--TTAAATCAATTTT

            *            *        **                    *  *                 
       1218 GGCATTACAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
         64 AG-ATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC

                        **********      *  *           
       1283 TTTTCTTGCAAANNNNNNNNNNTTTCTTCATTTTTCTCAAGGT
        128 TTTTCTTGC-AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGT

              *    *    *              * *          *     *                  
       1326 AGGCATTAAATTCTAGTCTGTTTTAACCAGAAATGGCTGATGAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
          1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-GCTGAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTT-

               *          *                 *         *                      
       1391 AGAGTACAAAA-TAATTTAAAGTGAGTAATAATGC-TTTAAAAGAATAGGTGACTATAAATAGAC
         64 AGATTACAAAACT-GTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC

                    *           *           *  *       
       1454 TTTTCTTACCAATGAATGCCCTTTTCTTTATGGTTGTCAAGGT
        128 TTTTCTT-GCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGT

             *                               
       1497 AAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAA
          1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAA

       1530 TGTAAAAAAA


Statistics
Matches: 416,  Mismatches: 117, Indels: 29
        0.74            0.21        0.05

Matches are distributed among these distances:
 170   11  0.03
 171  105  0.25
 172  276  0.66
 173   16  0.04
 174    8  0.02

ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36


Consensus pattern (169 bp):   
AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCTGAAGAATTTAAATTTAAATCAATTTTAG
ATTACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGT
Done.