Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397498.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3388.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11947
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.11, T:0.28
Warning! 2496 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:557 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 250--2544 Score: 1693
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 169
240 NNNNCATCAC
* * * * * * * *
250 GTTTCTCAATGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAGCTCAA
1 GTTTCTCAA-GTAGACATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
314 AATCATTTATGAGATTATAAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCCT-AGGTGA
64 AATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGA
* ** *
378 CTATAGATGAACTTTTCATACCAATGAATAACTTTTTCCTCAT
127 CTATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* *
421 GTTTCCTGAAGTAAACATTCAAATACTATCTGTTTTAA-AAAGAAATATAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTT-CTCAAGTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAACAAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * * *
485 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCACGTAAAGCGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGTC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * ** *
550 AATAGATGGACTTTTTTTACCGGTGAATGGCTTTTTCTTTAT
128 TATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * *
592 GTTTCT-AGAGGTAGCCATTCAAATATTATCTATTTTAA-ACAAAAATGTTAAAAAATTCAACTT
1 GTTTCTCA-A-GTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * *
655 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAGAGCCATGGGTG
62 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTG
* * * *
719 ACTATATAT-AGACTTTTCTTTCCAATGGATGGC-TTTGCTTCAT
126 ACTATAGATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * *
762 GTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACATTAT-AAAAAATATCAACTTA
1 GTTTCTCAA-GTAGACATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTA
* * * * *
826 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCATG-GATGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGA
* * * *
890 CAATAGATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTATCTTCAT
127 CTATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * *
933 GTTT-TCTAATATAGACATTCAAATATTATCTG-TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTA
1 GTTTCTC-AA-GTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * **
996 AAATCAATTATGAGA-T-T------A-TTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAAC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * ** *
1052 TATAAACGGACTTTTCTTATCAATGGATAACTTTTGCTTCAT
128 TATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * *
1094 GTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAA
1 GTTTCTCAA-GTAGACATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * *
1159 AGTCAATTAAGATG-TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATATGGTTTTCGAAGGCATGAGTGAC
64 AATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * *
1223 TATAGATGCATTTTTCTTCCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACT
128 TATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-T
* * * * * *
1266 -TTTCTCAAGGTAGATATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAAGTTGA
1 GTTTCTCAA-GTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* *
1330 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT----AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * **
1395 GACTATATAT-ATACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCACTTCAT
125 GACTATAGATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * * *
1440 GTTTCTTAAGGCAG-CAATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAACACTATAAAAGAATTTAACTTA
1 GTTTCTCAA-GTAGAC-ATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
1504 AAATCAATTATGGGATTAAAAAATCC-CTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * ** * *
1568 CTATAGATAAACTTTCCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTAT
127 CTATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * ** * *
1611 GTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATTATCTACTTTAATGAAAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTA
1 GTTTCTC-AAGTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
1674 AAATCAACTATGAGATTATACAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGACTTAAGCGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGA
** * * * *
1738 CTATA-AACAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTAT
127 CTATAGATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* ** * * * * * *
1781 GTTTCCTAAAACAGACATTCAATTATCATATATTTTAACAAAAAGTTTAAAAAAATT-AACTTGA
1 GTTT-CTCAAGTAGACATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * *
1845 AATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCAATTAATAAGGCTTCCCAAGGGAT-AGGTGA-
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGAC
* ***
1908 TGATAGATGCACTTTTCTCGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
128 T-ATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * *
1951 ATTTCTGTAGGTAAACATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAAA-AT-AAAAAGTTCAACTTA
1 GTTTCT-CAAGTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * **
2014 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTACTTAGGCTTTCGAAGACTTAAGCAAC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * * * *
2079 AATAAAAGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCATCAC
128 TATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * * *
2121 GTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATAT-ATTT-A-AAAAAATGTATAAAAATTCAGCTTAA
1 GTTTCTCAA-GTAGACATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
2183 AATCATTTAT-AGGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
64 AATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * *
2247 TATAGGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-TCTCAC
128 TATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCT-TCAT
* * * *
2289 GTTTCCTGAGGTAAACATTCAAATACTATCTGTTTTAA-AAAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTT-CTCAAGTAGACATTCAAATA-TATCTGTTTTAACAAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * * *
2353 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCACGTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGTC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
** * *
2418 TATAGATGAACTTTTCTTACCGTTGAATGGCTCTTTCTTTAT
128 TATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * ** *
2460 GTTTCTCAAGGTAGCCACTCAAATGTTATCTGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
1 GTTTCTCAA-GTAGACATTCAAAT-ATATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* *
2525 AATCAATTATTAAATTATAA
64 AATCAATTATGAGATTATAA
2545 GGCTTTCAAA
Statistics
Matches: 1664, Mismatches: 375, Indels: 170
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 78 0.05
162 42 0.03
163 2 0.00
164 1 0.00
166 6 0.00
167 2 0.00
168 117 0.07
169 47 0.03
170 498 0.30
171 670 0.40
172 64 0.04
174 2 0.00
175 132 0.08
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTTTCTCAAGTAGACATTCAAATATATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
AGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
Found at i:2184 original size:678 final size:674
Alignment explanation
Indices: 262--2408 Score: 2138
Period size: 678 Copynumber: 3.2 Consensus size: 674
252 TTCTCAATGC
* * * * * * * *
262 AGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAGCTCAAAATCATTTATGAG
1 AGACATTCAAATATTATCTATTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * * * *
327 ATTATAAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGG-CCTAGGTGACTATAGA-TGAAC
66 ATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGACTTAAGCGACTATAAACAG-AC
* * * * * * * * * *
390 TTTTCATACCAATGAATAACTTTTTCCTCATGTTTCCTGAAGTAAACATTCAAATA-CTATCTGT
129 TTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATC-ATATAT
454 TTTAA-AAAGAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCACG--TAA
193 TTTAACAAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-C-CGTTTAA
* * * * **
516 AGCGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTG-TCAATAGATGGACTTTTTTTACCGGTGAATGG
255 AGC-AATAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGAT--ATAGATGCAC-TTTTCTCCCAATGAATGG
* * * * * **
580 CTTTTTCTTTATGTTTCTAGAGGTAGCCATTCAAATATTATCTATTTTAAACAAAAATGTTAAAA
316 CTTTTTCTTCAT-TTTCT-GAGGTAGACATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAA-AATAAAA
*
645 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAGA
378 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-A
*
709 GCCATGGGTGACTATATATAGACTTTTCTTTCCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTTAAGG
442 GACATGGGTGACTATATATAGACTTTT-TTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGG
* *
773 CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACATTATAAAAAATATCAACTTAAAATTAATTATG
506 CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACATTATAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
838 AGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGATGACAATAGATGGAC
570 GGATTATAAAACCC-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAGATGAAC
* * * * **
902 TTTTTTTACCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTTCTAATAT
633 TTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGT
* * *
945 AGACATTCAAATATTATCTGTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAAATATTATCTATTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
1009 GA-T-T------A-TTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTTGAA-GACTTAAGCAACTATAAACGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGACTTAAGCGACTATAAACAGACT
* * *
1064 TTTCTTATCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
130 TTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATCATATATT
* * * * *
1128 TTAACAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAAAGTCAATTAAGATG-TTATAAAACCATTTAAAAT
194 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCGTTT-AAA-
* * * * * *
1192 G-AGTAATATGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGCATTTTTCTTCCCAATGAATGGTTT
256 GCAATAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGA-TATAGATGCACTTTTC-TCCCAATGAATGGCTT
* * ***
1256 TTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGATATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAT
319 TTTCTTCA-TTTTCT-GAGGTAGACATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAAAAT-AAAAAAT
* * *
1321 TCAAGTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
381 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT----AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * **
1386 GGCATGGGTGACTATATATATACTTTTCTTAT-CAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTAAG
442 GACATGGGTGACTATATATAGACTTTT-TT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * *
1450 GC-AGCAATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAACACTATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTA
505 GCAAAC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACATTATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
1514 TGGGATTAAAAAATCCCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAGATAAA
568 TGGGATTATAAAA-CCCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAGATGAA
* * *
1579 CTTTCCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCCCT-AGGT
632 CTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGGT
* *
1623 AGACATTCAATTATTATCTACTTTAATGAAAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATG
1 AGACATTCAAATATTATCTA-TTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
1686 AGATTATACAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGACTTAAGCGACTATAAACAGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGACTTAAGCGACTATAAACAGAC
* * *
1750 TTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTATCATATATT
129 TTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATCATATATT
* * * *
1815 TTAACAAAAAGTTTAAAAAAATT-AACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCA
194 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCA
* * * *
1879 ATTAATAAGGCTTCCCAAGGGAT-AGGTGATGATAGATGCACTTTTCTCGTCAATGAATGGCTTT
259 A-TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA-GTGAT-ATAGATGCACTTTTCTC-CCAATGAATGGCTTT
* *
1943 TTCTTCATATTTCTGTAGGTAAACATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAGTTC
320 TTCTTCAT-TTTCTG-AGGTAGACATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAATTC
* * * * * *
2008 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTACTTAGGCTTTCGAAGACTTA
383 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATG
* ** * * * * * ** *
2073 AGCAACAATA-AAAGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCATCACGTTTCCCAATGCAAAC
448 GGTGACTATATATA-GACTTTTTTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAAC
* * * * * *
2137 ATTCAATTATAATAT-ATTTAA-AAAAATGTAT-AAAAATTCAGCTTAAAATCATTTATAGGATT
511 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACAT-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATT
* * * * * *
2199 ATAACACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGGTGAACTTTTCT
575 ATAAAACC-CTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAGATGAACTTTTCT
* *
2264 TGCCAATGAATGACTTTTT-TCTCACGTTTCCTGAGGT
639 TGCCAATGAATG-CTTTTTCT-TCATGTTTCCTAAGGT
* * * *
2301 AAACATTCAAATACTATCTGTTTTAA-AAAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTCAAATATTATCT-ATTTAATAAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
**
2365 AGATTATAAAACCACGTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGA
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGA
2409 ATGAGTGTCT
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 194, Indels: 131
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
671 1 0.00
672 9 0.01
673 253 0.21
674 10 0.01
675 2 0.00
676 3 0.00
677 74 0.06
678 323 0.27
679 80 0.07
680 23 0.02
681 74 0.06
682 3 0.00
683 55 0.05
684 2 0.00
685 51 0.04
686 124 0.10
687 117 0.10
688 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (674 bp):
AGACATTCAAATATTATCTATTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGACTTAAGCGACTATAAACAGACTT
TTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATCATATATTTT
AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAT
AATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGATATAGATGCACTTTTCTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
ATTTTCTGAGGTAGACATTCAAATACTATCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTA
TATATAGACTTTTTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTAT
AATATGTTTTAACCAACATTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCCTT
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAGATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGT
Found at i:6134 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5531--7354 Score: 1229
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 170
5521 AGACTTAAGC
* * * * * ** * *
5531 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTATCGAGGCAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * * *
5596 AATTATAACATATTTTAACAAAAAAATGTAAAAACAAAT-AACCTAAAATTAATTATGAGATTAT
66 AATTATATC-TATTTTAAC-AAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
5660 AAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAGGGCATGGGT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
* * * ** * * * * * *
5703 GACTATAGATGAACTTTTTTTGTCAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * *
5768 AAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGA-T-T--
66 AATTA-TATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
5829 ----A-TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGACTTAA--GC
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGC--AAGGGT
* * * *
5865 GACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGGTTCCCAAGGCAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* ** * *
5930 AATTATAATATATTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
66 AATTAT-ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
5995 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
* * * *
6036 GACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGA-TATTTCCTTCATGTTTCTCAAGGGAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACT-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
* * * * * * **
6100 TAAATACTATCTAATTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTGCAATCAATTATGAGATTATA
65 CAATTA-TATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
6165 AAACCATTTAAATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTG-AGGACTTAA--GC
129 AAACCA-TT---TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGG-C--AAGGGT
* * * * ** * * *
6211 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCACATTTCTCATGTCAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * *
6276 AATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAA
66 AATTAT-ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * ** *
6341 AACCCCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGATATGGGT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
* * * * *
6382 GACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * * *
6447 AATTATTATCTACTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
66 AATTA-TATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
6512 AACCATTTAAAGTGA-TGAATAAGGCTTTT-AAAGACTTAA--GC
130 AACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGG-TTTTCGAAGGC--AAGGGT
* * * * * * ** * *
6553 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGTTTCACATTTCTCGAGACAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * **********
6618 AATTATAACATATTTTAATAAAAAA-ATATNNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 AATTATATC-TATTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * *
6682 AAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCCGAAGGCATGGGT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
* * * * * * **
6724 GACTATAGATGGACTTTTTTTTACCAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAATGTGGACAT
1 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACA-
* * * * *
6788 TTAAATAATATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGA-T-
63 TTCAATTATATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
6851 T------A-TTAAAGTGAG---TAAGGCTTT-GAAGACTTAA--GC
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGC--AAGGGT
* * * * *
6884 AACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTG-ATGACTTTTGCTTAATGTTTC-CTGAGAGCAGAAAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAG-GCAGACAT
* * * * * *
6947 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGGTTAT
64 TCAATTAT-ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
7012 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTCGAAGGCGAGGGT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
* * * * * * * * *
7055 GACTATAGATGGATTTTTCTT-CTCAATGAAT-AGTTTT-TTTGAAGTTTCTCGAGGTAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT
* * * * * * * *
7117 CAAATACTATTTGTTTTAAC-CAAAGTGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGAGATTATA
65 CAATTA-TATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
7181 AAACTATTTAAAGAAAGTGAGTAATAAGGATTTT--AAGGGCATGGGC
129 AAACCATTT----AAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAA-GGCAAGGGT
* * * * * ** *
7227 GACTATATATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
* * * * * * * *
7292 AATTGTAATTTGTTTTAACCAACACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
66 AATTAT-ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
7355 GGGTAATAAG
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 308, Indels: 163
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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174 43 0.03
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176 1 0.00
177 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
AATTATATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
Found at i:7015 original size:331 final size:332
Alignment explanation
Indices: 5520--9081 Score: 2943
Period size: 331 Copynumber: 10.6 Consensus size: 332
5510 NNNNNNTTTA
* * * * ** *
5520 AAGACTTAAGCGACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTATCGA
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCT-GA
* * * * *
5585 GGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAAATGTAAAAACAA-ATAACCTAAAATTAAT
65 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAAT
* *
5649 TATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAGGGCATGGGTGACTATAGATG
128 TATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATG
* * *
5714 AACTTTTTTTGT-CAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TCAATGTAGACATTCAAATATTAT
193 GACTTTTTTT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTAT
*
5777 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAT-TA-TTAAAGTGAG
257 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATATTTAAAGTGAG
*
5840 TAACAAGGCTTTTG
322 --ATAAGGC-TTTG
* * **
5854 AAGACTTAAGCGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGGTTCCCAA
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCAT-GTTTCTGA
** * *
5919 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTA
65 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
5984 CGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGA
130 TGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGA
* * * * * *
6049 -TTTTTCTTCCCAATGAAT-GATATTTCCTTCATG-TTTCTCAAGGGAGACATTTAAATACTATC
195 CTTTTT-TTTCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATC
** * * * **
6111 TAATTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTGCAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
258 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAT------A-TT--
* *
6176 ATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTG
313 -TAAAGTGAG--ATAAGG-CTTTG
* * * * ** *
6200 AGGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCACATTTCTCAT
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTGA-
* * *
6265 GTCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTA
65 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * **
6330 TGGGATTATAAAACCCCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGATATGGGTGACTATAGATGGA
130 TGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGA
* * *
6395 CTTTTCTTAT-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATTATCT
195 CTTTT-TTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCT
** * * * * *
6458 ACTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAA
259 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAT------ATTTAAA
*
6523 GTGATGAATAAGGCTTTTA
317 GTGA-G-ATAAGGC-TTTG
* * * * * **
6542 AAGACTTAAGCGACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGTTTCACATTTCTCGA
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCT-GA
* * * **********
6607 GACAGACATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAAA-ATATNNNNNNNNNNACTTAAAATCAATT
65 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* *
6671 ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGG
129 ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGG
* * * * *
6736 ACTTTTTTTTACCAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AATGTGGACATTTAAATAATATC
194 ACTTTTTTTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATC
*
6800 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAT-TA-TTAAAGTGAG
258 TGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATATTTAAAGTGAG
6863 -TAAGGCTTTG
322 ATAAGGCTTTG
* * *
6873 AAGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGT-GATGACTTTTGCTTAATGTTTCCTGA
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CTGA
* * *
6937 GAGCAGAAATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
65 G-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * **
7002 ACGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTCGAAGGCGA-GGGTGACTATAGATG
129 ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGGGTGACTATAGATG
* * * * * * *
7066 GA-TTTTTCTTCTCAATGAATAG-TTTTT-TTGAAG-TTTCTCGAGGTAAACATTCAAATACTAT
193 GACTTTTTTTTC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTAT
* * * * * *
7127 TTGTTTTAAC-CAAAGTGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
257 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG---AT---A-TATTT-
* *
7191 AAGAAAGTGAGTAATAAGGATTTT
314 ---AAAGTGAG--ATAAGGCTTTG
* * ** * * * * * *
7215 AAGGGCATGGGCGACTATATATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTG
1 AA-GACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-TG
* * * * * * * * * *
7280 AGGTAGACATTCAATTGTAATTTGTTTTAACCAACACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATT
64 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * *
7345 ATGAGA-T-T---A-----T---G-G-GTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATAG
129 ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGG
* * *
7395 ACTTTTCTTGTT--AATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTAT
194 ACTTTT-TT-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTAT
* * * *
7457 CTGCTTTAA-TGAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
257 CTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAT------ATTT
*
7521 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
314 AAAGTGAG--ATAAGGCTTTG
* * * * * *
7542 AAGAACTTATGCAACTATAAATGAAATTTTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCA
1 AAG-ACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCT-G
* ** * * *
7607 AGGAAGACATTCAATTATAACGTATTTTTA-AAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATT
64 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * *
7671 ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG
129 ATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGG
* * * *
7736 AC-TTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCT
194 ACTTTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCT
* * * * *
7799 GTTTTAACTAAAAAAATTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGAT-TA-TTAAAGCGAGTA
259 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATATTTAAAGTGAG--
*
7862 ACAAGGCTTTTG
322 ATAAGGC-TTTG
* * * *
7874 AAGACTTAAGCGACCATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGCCTTTTGCTTCATATTTTCTGA
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCAT-GTTTCTGA
*
7939 GGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
65 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
8004 CGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAACGTATGGGTGACTATAGATAGA
130 TGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGA
* * * * * *
8069 -TTTTTCTTCCCAATGAATAGTTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGATATTTAAATACTATCT
195 CTTTTT-TTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCT
* *
8132 GTTTTAACTAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
259 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG---AT---AT-ATTT---
* *
8197 GAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTG
314 -AAAGTGAG--ATAA-GGCTTTG
* **** * * * * * * * *
8220 AATACACGGGTGACTATATATAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTG--AC-T-TTTCT--T
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTGAG
* * * * * * * * *
8279 GC---C-TTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAACACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
66 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
8340 -AGGATTAAAAAACCCCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAGATAGA
131 GA-GATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGA
* * ** *
8404 CTTTTCTTGT-CAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATTATCT
195 CTTTT-TTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCT
** * *** * * *
8467 ACTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTAT-A-AAACCATTT
259 GTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-------AAATCA-ATTATGAGATA-TATTT
* * *
8529 CAAGCGAATAATAAGGCCTTT-
314 AAAGTG-A-GATAAGG-CTTTG
* * * *
8550 AAGGACTTAAGCGACTATAAATGAAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACT-TTTCTC
1 AA-GACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCA-TGTTTCT-
* * ** *
8614 GAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATTAAT
63 GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
8678 TATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATG
128 TATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATG
* * * * * *
8743 GGCTTTTTTTGT-CAATAAATGGATTTTTCTTAATG-TTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTAT
193 GACTTTTTTT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTAT
* * *
8806 CTG-TTTAACTAAAAATCTAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGAT-TA-TTAAAGTGAG
257 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATATTTAAAGTGAG
*
8868 TAATAAGGCTTTTA
322 --ATAAGGC-TTTG
* * * *
8882 AAGACTTAAGCGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTGTGCTCCATGTTTCCCGA
1 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CTGA
* ********** *
8947 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAAATTAATTA
65 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * *
9012 TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-GAATGG
130 TGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAG-ATGG
9076 A-TTTTT
194 ACTTTTT
9082 CTTCACGTTT
Statistics
Matches: 2599, Mismatches: 474, Indels: 313
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 64 0.02
327 102 0.04
328 69 0.03
329 19 0.01
330 79 0.03
331 417 0.16
332 210 0.08
333 258 0.10
334 85 0.03
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336 14 0.01
337 1 0.00
338 6 0.00
339 14 0.01
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345 6 0.00
346 325 0.13
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348 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTGAG
GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGAC
TTTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGT
TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATATATTTAAAGTGAGATAA
GGCTTTG
Found at i:7061 original size:502 final size:499
Alignment explanation
Indices: 5531--9084 Score: 2730
Period size: 502 Copynumber: 7.0 Consensus size: 499
5521 AGACTTAAGC
*
5531 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTATCGAGGCAGACATTC
1 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATTC
* * * *
5596 AATTATAACATATTTTAACAAAAAAATGTAAAAACAAAT-AACCTAAAATTAATTATGAGATTAT
66 AATTATAAC-TATTTTAATAAAAAAATATAAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
5660 AAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAGGGCATGGGTGACTATAGATGAACTTTTTTTG
129 AAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTA
* * *
5725 TCAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-TCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTA
194 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AATGTAGACATTCAAATAATATCTGTTTTAACTA
5789 AAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTG
258 AAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGT---AAGGC-TTTG
* * **
5854 AAGACTTAAGCGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGGTTCCCAA
319 AAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGA
* *
5919 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAGTAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTA
383 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
5984 CGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCAAGGGT
448 CGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTCGAAGGCTAGGGT
* * * * * * ** * *
6036 GACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGA-TATTTCCTTCATGTTTCTCAAGGGAGACATT
1 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACT-TTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATT
* * * * ** * * * **
6100 TAAATACTATCTAATTTAA-CCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTGCAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTA-TAACTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
6164 AAAACCATTTAAATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTG-AGGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTT
129 AAAACC-CTT---TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTT
* * * ** * * *
6228 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGT-TTCA-CATTTCTCATGTCAAACATTCAATTATAATA--TAT
189 TTTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTTCTAATGT-AGACATTCAA--ATAATATCTGT
* * * * * *
6289 TTTAACAAAAAATATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCCCTTAAAGC
250 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGA-T-T---A----TTAAAGT
* ** * * *
6354 GAGTAATAAGGCTTCCGAAGA-TATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTT
306 GAG---TAAGGCTT-TGAAGACT-TAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATGACTT
* * * * * * * * *
6418 TTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTACTTTAACAAAAAATATAAAACAA
365 TTGCTTCATGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
6482 TTTAGCTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-TGAATAAGGCTTTT-AAAG
429 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAA-GCTTTTCGAAG
* * *
6545 ACTTA-AGC
492 GC-TAGGGT
* *
6553 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGTTTCACATTTCTCGAGACAGACATTC
1 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATTC
**********
6618 AATTATAACATATTTTAATAAAAAAATAT-NNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 AATTATAAC-TATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* **
6682 AAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTTA
130 AAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGAC-TTTTTTTA
* * *
6747 CCAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAATGTGGACATTTAAATAATATCTGTTTTAACTAA
194 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATAATATCTGTTTTAACTAA
6812 AAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGTAAGGCTTTGAAGA
259 AAATAT-AAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGTAAGGCTTTGAAGA
* * *
6877 CTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGATGACTTTTGCTTAATGTTTCCTGAGAGCA
323 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG-GCA
* * *
6942 GAAATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAG
387 GACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAG
* * * *
7007 GTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTCGAAGGCGAGGGT
452 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTCGAAGGCTAGGGT
* * * * * * * * *
7055 GACTATAGATGGATTTTTC-TTCTCAATGAAT-AGTTTT-TTTGA-AGTTTCTCGAGGTAAACAT
1 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCT-AATGGATGACTTTTGCTTCACA-TTTCTCGAGGCAGACAT
** * * * * * *
7116 TCAA--AT-ACTATTTGTTTTAACCAAAGTGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGAGATT
64 TCAATTATAACTATTT-TAATAA-AAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
7178 ATAAAACTATTTAAAGAAAGTGAGTAATAAGGATTTT-AAGGGCATGGGCGACTATATATAGACT
127 ATAAAACCCTTT----AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAGATGGACT
* * * * *
7242 TTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGT-TTCATG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTGTAAT-T-T
187 TTTTTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTTC-TAATGTAGACATTCAA--ATAATATCT
* * * * * * ** *
7303 GTTTTAACCAACACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA-T-GGGT-AATAAG
248 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGTAAG
* * * * *** * *
7365 GCTTTCGAAG--GTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCAC
313 GCTTT-GAAGACTTAAGCG--ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATGACTTTTGCTTCAT
* * * * ** * * *
7428 GTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGCTTTAATGAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTA
374 GTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
7492 ATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT--AAGAACTTA-TGC
438 AAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTCGAAG-GC-TAGGGT
* * ** * *
7554 AACTATAAAT-GAAATTTTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATT
1 GACTATAAATAG-AATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATT
7618 CAATTATAACGTATTTT--TAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAAC-TATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
7681 AAAACCCTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTTTG
129 AAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTA
* * * *
7745 CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAA
194 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATAATATCTGTTTTAACTAA
* * * *
7810 AAAAATTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGA
259 AAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGT---AAGGC-TTTGA
* * * * *
7875 AGACTTAAGCGACCATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGCCTTTTGCTTCATATTTTCTGAG
320 AGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
* * *
7940 GCAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAC
384 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAC
* *
8005 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTCGAACG-TATGGGT
449 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTCGAAGGCTA-GGGT
* * * * * * * ** * * *
8056 GACTATAGATAGATTTTTCTTCCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATT
1 GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGA-CTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATT
* * * * * * *
8120 TAAATACTATCTGTTTTAACT--AAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 CAATTA-TAACTATTTTAA-TAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * *
8183 TAAAATCATTTAAAGAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAATACACGGGTGACTATATATAGACTTT
128 TAAAACCCTTT----AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTT
* * * * * **
8248 TCTTGCCAAT-AGATGGC---TT-TTGA-CTTTTC---T-T-G-CCTTC-AATTGTAATCTGTTT
189 TTTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATAAT-ATCTGTTT
* * * * * * *
8300 TAACCAACACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTAT-AGGATTAAAAAACCCCTTAAAGCG
252 TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGA-GATT-----A----TTAAAGTG
* * ** ** * * **
8364 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTT
307 AG---TAAGGCTTT-GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATGACTTTT
* * * * * * * *
8429 TCTTCACAT-TTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATTATCTACTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
367 GCTT--CATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
*********** * * *
8492 TCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAATAATAAGGCCTTT--AAGGA
430 TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTCGAAGG-
* *
8555 CTTA-AGC
493 C-TAGGGT
* *
8562 GACTATAAAT-GAAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACTTTTCTCGAGGCAAACATT
1 GACTATAAATAG-AATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATT
* * *
8626 CAATTATAACATATTTTAAT-TAAAAATAT-AAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAAC-TATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
8689 AAAACCCTTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGGCTTTTTTTG
129 AAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTA
* * * * * * *
8754 TCAATAAATGGATTTTTCTTAATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTG-TTTAACTAA
194 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATAATATCTGTTTTAACTAA
* * *
8818 AAATCTAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
259 AAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAG---TAAGGC-TTTGA
* * * *
8883 AGACTTAAGCGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTGTGCTCCATGTTTCCCGAG
320 AGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
* * ********** * *
8948 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAAATTAATTAT
384 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAC
* *
9013 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGC-ATGGGT
449 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTCGAAGGCTA-GGGT
* * *
9064 GACTATGAATGGATTTTTCTT
1 GACTATAAATAGAATTTTCTT
9085 CACGTTTCTT
Statistics
Matches: 2369, Mismatches: 518, Indels: 327
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
494 3 0.00
495 2 0.00
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497 99 0.04
498 25 0.01
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500 63 0.03
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518 13 0.01
520 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (499 bp):
GACTATAAATAGAATTTTCTTTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAGACATTC
AATTATAACTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTACC
AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTAATGTAGACATTCAAATAATATCTGTTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAGTGAGTAAGGCTTTGAAGACTT
AAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACA
TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTCGAAGGCTAGGGT
Found at i:7485 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 7228--7510 Score: 372
Period size: 156 Copynumber: 1.8 Consensus size: 156
7218 GGCATGGGCG
* * * **
7228 ACTATATATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTGTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
7293 ATTGTAATTTGTTTTAACCAACACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATGGG
66 ATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGGG
7358 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTA
131 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTA
* *
7384 ACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTT-TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTGT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* ** * *
7448 AATTATTATCTGCTTTAATGAAAAATGTAAA-AGAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTAT
65 AATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
7511 AAAACCATTT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 18, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.02
156 105 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTGTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGGG
TAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTA
Found at i:8155 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7357--9084 Score: 1143
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
7347 GAGATTATGG
* * **
7357 GTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * *
7422 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGCTTTAA-TGAAAAATGTAAAAGAATTC
66 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTC
* *
7486 AACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * * *
7528 GTAATAAGGCTTTTAAGAACTTAT--GCAACTATAAAT-GAAATTTTCTTTCCAATGGATGACTT
1 GTAATAAGGC-TTT-CGAACGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * *
7590 TTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAACGTATTTTTAA--AAAAATATAAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATC-T-GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* *
7653 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGA
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
7698 GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGCCAATGAATGACTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * *
7762 CTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAAAATTAAAAAATTCA
66 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
7827 AGTTAAAATCAATTATAAGA-T-T------A-TTAAAGCGA
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * * ** * * *
7859 GTAACAAGGCTTTTGAA-G-ACTTAAGCGACCATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGCCTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTA--TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * * * * * *
7922 TGCTTCATATTT-TCTGAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
64 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * *
7986 TTAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
8030 GTAATAAGACTTTCGAACGTATGGGTGACTATAGATAGATTTTTCTTCCCAATGAAT-AGTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * * * *
8094 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTTAAATACTATCTGTTTTAACTAAAAGTATAAAAAAATTT
65 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
*
8159 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAAAGCGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT----AAAGCGA
* * *** * * *
8205 GTAATAAGGGTTTTGAATACACGGGTGACTATATATAGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGGC-TTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTT
** * * * * * *
8268 T-GAC-T-TTTCT-----T-G-CCTTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAACACTATAAAGAAATTC
65 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
* * **
8323 AACTTAAAATTAATTAT-AGGATTAAAAAACCCCTTAAAGCGA
129 AACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
8365 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
** *
8430 CTTCACAT-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATTATCTACTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAT
66 CTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAAT
********** *
8492 TCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** * * * * *
8536 ATAATAAGGCCTTTAAGGAC-T-TAAGCGACTATAAAT-GAAATTTTCTTTCTAATGGATGACTT
1 GTAATAAGG-CTTT-CGAACGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * * * * *
8598 TTGCTTCACT-TTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAA
63 TTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATC-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * *
8662 TT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAA
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * *
8706 GTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGGCTTTTTTTGTCAATAAATGGA-TTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTT
* * * * * *
8770 TCTTAATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTG-TTTAACTAAAAATCTAAAAAATTTC
65 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
* *
8834 AAGTTAAAATCAATTATGAGA-T-T------A-TTAAAGTGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * ** * * *
8867 GTAATAAGGCTTT-TAAAG-ACTTAAGCGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTG
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTA--TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * * * * * * * *********
8930 TGCTCCATGTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTNNNNNNNNN
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
8995 NAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
9038 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATGAATGGATTTTTCTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
9085 CACGTTTCTT
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 282, Indels: 168
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 63 0.05
161 124 0.10
162 111 0.09
163 4 0.00
164 62 0.05
165 6 0.01
166 1 0.00
168 15 0.01
169 79 0.07
170 235 0.20
171 398 0.33
172 23 0.02
173 11 0.01
174 5 0.00
175 52 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAACGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:9924 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9587--10211 Score: 584
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
9577 NNNNNNNNNN
** * * * * * *
9587 ATGA-TTTTTGCTTCATGTTTCCTGACGTAAACATTCAATTA-TAATAATTTTTAATAAAAAATA
1 ATGACTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTTATTA-TTTTAACAAAAAATG
* * * * * *
9650 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCTATTATGGGATTATAAAACCCTTTAAACCGAGTAATAAGGCTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTT
*
9715 TTGAAGG-TATGGGTGACTATAGATGGACTTTCCTTGCCAATGA
129 TTGAAGGAT-TGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
9758 ATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTTTTTACTTTAACAAAAAAGGTA
1 ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTTATTATTTTAACAAAAAATGTA
* * ** *
9823 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAAGCGTGTAATAAGGATTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTT
** * * * *
9888 G-AGGATTTAAGTGACCATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGG
131 GAAGGA-TTGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * * *
9929 ATGACTTTTGCCTCAAGTATCTCAAGGAAGACATTCAATTA-TAACATATTTTAGCAATAAATGT
1 ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTTA-TTATTTTAACAAAAAATGT
* * * *
9993 AAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGC-TAGTAATAAGGCTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGT-GTAATAAGGCTT
* * **
10057 TCGAAGGCA-TGGGTGACTATAGATGGGCTTTTCTTGTTAATGA
129 TTGAAGG-ATTGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * *
10100 A-AAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATA-TTATCAGTTTTAACTAGAAATG
1 ATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTTATTA-TTTTAACAAAAAATG
* * * *
10163 TAAAAACATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
10212 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 84, Indels: 20
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
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172 12 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTTATTATTTTAACAAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTT
GAAGGATTGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGA
Found at i:11164 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10799--11206 Score: 430
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
10789 NNNNNNNNNN
* *
10799 CATTCAATTATAGTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGTT
1 CATTCAATTATAGTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * * *
10864 TACAAAACCATTTAGAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAGATGGATTTTTC
66 TACAAAACCATTTAGAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACCATAAATGGACTTCTC
* * * ** *
10929 TTCTTAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA
131 TTCTCAATGAATAATTTTGTCTTCACATTTCTCAAGGTAGA
* * * * * * *
10970 CATTCAA--ATAGTACCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCTACTTGAAATCACTTATGAG
1 CATTCAATTATAGTA--TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
11033 ATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGACTTAAGCGACCATAAATGGACTT
64 ATTACAAAACCATTTAGAA-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACCATAAATGGACTT
* *
11097 CTCTTGC-CAATGGATAACTTTTGT-TTCACATTTCTCGAGGTAGA
128 CTCTT-CTCAATGAATAA-TTTTGTCTTCACATTTCTCAAGGTAGA
* * * * *
11141 CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATTTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACTATGGGAT
1 CATTCAATTATAGTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
11206 T
66 T
11207 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 40, Indels: 14
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 2 0.01
171 171 0.90
172 6 0.03
173 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CATTCAATTATAGTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TACAAAACCATTTAGAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACCATAAATGGACTTCTC
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Done.