Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399704.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_295.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9095
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 1898 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2161 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1846--2907 Score: 1056
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
1836 NNNNNNNNNN
* * * * ** * *
1846 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTATTTATATCATGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
1911 TGTATTCATTTGCAA-AATAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGC
66 GGTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
1974 TTTAAGTGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTAGAT
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * * *
2016 TTGTCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGGAA
1 TT-T-TTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * *
2081 AAGGTATTCACTGGTAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATTACTCA
64 AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
2145 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-T
*** * * * * ** *
2188 ATTTTTGTGTTTTTTTA-TTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAA
1 -TTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
2252 AAGGTATTCTTTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCACATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCG
64 AAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
2317 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * * * *
2360 ATTTTTACATATTTCA-TTAAAAGAAAATATAATTGAGTGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGGAAA
1 TTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-G-AA
* * *
2424 AAACG--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAA-CCTTTATTACT
63 AAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACT
**
2486 CGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAAT
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * * * *
2531 TGTTTTACATGTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGGAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
2596 GGCATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTCATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGC
66 GGTATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
2660 TTTAAATCGTTTTATTATCTCAAATTTGATTTTAAGTTCAAT
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * *
2702 TTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA----GAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * ** * * * **
2763 GGTCTTTATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCTTTATTATTCATT
66 GGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
2828 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AT
2869 TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATG
1 TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
2908 CTTGCCTCGA
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 127, Indels: 51
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 135 0.18
168 2 0.00
169 6 0.01
170 12 0.02
171 366 0.49
172 209 0.28
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
GGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
Found at i:5934 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5639--5960 Score: 380
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
5629 NNNNNNNNNN
* * *
5639 TAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGATTATAATTGAAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
**********
5704 GCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAANNNNNNNNNNATAGTCTCCC
66 GCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * *
5769 ATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTCA
131 ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCAGTTTAAATGGTTCA
* * *
5808 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACCA-ACTATAATTTAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAA-CAGACTATAATTGAA
* * * * *
5872 TGCTTGCCTTTGGAAACATGTAG-AAAAGCATATTCATTTG-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
65 TGCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGC-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
5935 CCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACT
128 CCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACT
5961 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 24, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.05
169 115 0.91
170 5 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
GCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCAGTTTAAATGGTTCA
Found at i:6609 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6242--6631 Score: 407
Period size: 169 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
6232 NNNNNNNNNN
* * * * *
6242 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATATT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATATT
* * * * * * *
6307 TGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGTTTACCTTAAGAAACGTTAAGAAAAAGGCAGTTATTCGCA
66 TGGTAAAACAAACTATAATTGAAAGTCTACATCAAGAAACGTTAAGAAAAAGACAGTTATTAGCA
* *
6372 AGAAAGGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCAT
********** *
6413 ATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATATT
* * * *
6477 TGGGTAAAATAGACTATAATTGAATA-TCTACATCGAGAAACG-TGA-AAAAAGACA-TTAATTA
66 T-GGTAAAACAAACTATAATTGAA-AGTCTACATCAAGAAACGTTAAGAAAAAGACAGTT-ATTA
* *
6538 TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTT-AAAATCCAT
128 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATT-CTTTCAAAAGCCAT
6582 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
6632 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 41, Indels: 12
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 83 0.48
170 21 0.12
171 66 0.38
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATATT
TGGTAAAACAAACTATAATTGAAAGTCTACATCAAGAAACGTTAAGAAAAAGACAGTTATTAGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCAT
Found at i:8482 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7751--9085 Score: 881
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 172
7741 NNNNNNNNNN
* * * *
7751 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAACTGATTTTAAA
1 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *
7816 TTCAATTTTTTT-ACGTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-AACACGTG
66 TTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA-ATGTG
* * * * * * * * *
7879 AAGAAAAAGGCATTCAATGGTACGAAAAGTCTATTTGTAATTA
130 AAGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
7922 CCCATT-CTTCTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTCATAATCTCTTAAA-TGACTTTA
1 CCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTA
* * * * * * * *
7985 AGTTGAATATTTCT-ACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAATAT
64 AGTTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGT
* * * * * *
8049 GAAGAAAAA-AAATTTATTCAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCT
129 GAAGAAAAAGGAAGTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** ********** * *
8092 CTGATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAGG
1 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * **
8157 ATCAATTGTTTTCACATTATTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AATGTGA
66 TTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGA
*
8221 AGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
131 AGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
********************** * *
8263 CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
1 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
*
8328 TTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGA
66 TTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGA
8393 AGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
131 AGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ********** * *
8435 TCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGG
1 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* *
8500 TT-AATTTATTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGATAAATGTG
66 TTCAATTT-TTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTG
*
8564 AAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 AAGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*************** * *
8607 CCCATNNNNNNNNNNNNNNNATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* ** * * * * * * * *
8672 TTGAATTTTCAT-ACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTTA
66 TTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGA
* * * *
8736 AGAAAAA-AACATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
131 AGAAAAAGGA-AGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
8778 CCCATT-CTGTCAAAATCTTTATTAGT-AGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTA
1 CCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * ** ** * * * * * *
8841 AGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACGGACTATATTTAAATGTCTAACTT-AGGAAACG
64 AGTTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAATG
* * *
8903 TGTAGAGAAAAA--AATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
128 TG-A-AGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
********** * ** * *
8948 CCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATCACCTCAAAATTGATTTTAAG
1 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * ** *
9013 TTTAGATTTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTACAGAAACGTG
66 TTCA-ATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTG
*
9077 AAAAAAAAG
130 AAGAAAAAG
9086 ACATTCACAA
Statistics
Matches: 915, Mismatches: 225, Indels: 48
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 208 0.23
171 398 0.43
172 299 0.33
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
TTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGA
AGAAAAAGGAAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
Found at i:8943 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8635--8949 Score: 431
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
8625 NNATTACTCA
* **
8635 CTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCATACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCATACATTTTTCATTAAAA
* * * * *
8700 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTTAAGAAAAAAACATTCATTGGCTAGAAAAGT
66 CAAACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTTAAGAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGT
*
8765 CTATTTATAGTCACCCATTCTGTCAAAATCTTTATTAGTAG
131 CCATTTATAGTCACCCATTCTGTCAAAATCTTTATTAGTAG
* * *
8806 CTTTAATTGTTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCATACATTTTTCATTAAAA
** * *
8870 CGGACTATATTTAAATGTCTAACTTAG-GAAACGTGT-AGAGAAAAAA-ATTCATTGACAAAAAA
66 CAAACTATAATTAAATGTCT-ACCTAGAGAAACGT-TAAGA-AAAAAACATTCATTGACAAAAAA
8932 AGTCCATTTATAGTCACC
128 AGTCCATTTATAGTCACC
8950 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 16, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 70 0.56
171 55 0.44
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCATACATTTTTCATTAAAA
CAAACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTTAAGAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCTGTCAAAATCTTTATTAGTAG
Done.