Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397500.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2529.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 883 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1770 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1742 Score: 1455
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 171
* ** * * *
1 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTAATTTAAGTT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * *
66 G-ATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAGTGTCTGCCTC-GAGAAACATGAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAG
* ** * *
129 CAAAAGCCATCTAACGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACT
130 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * *
171 CAAGCCTTTGAAAG-TTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-T
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** *
234 GATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTGTATTTGAATGT-TTGCTTAGAGAAACGTGAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAG
* * * * * *
298 CACAAGCTATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCATT
130 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * ** **
340 CAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAACT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * *
405 G-ATTTTTTTGTATTTCTT-GTTAAAACAGGTTATAACTAAATGTTTACCTTAGGAAATAG-GAA
66 GAATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA-CGTGAA
* * *
467 GTAAAAGCCATCCATTGGCAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACT
129 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * ** * *
510 TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACCTTAAATGGTTTTATAAT-TCCATAATTGAATTTAAGT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGT
* * ** *
574 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTGC-GCCTCAAAAAAAGTGAA
65 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTACCTCAGGAAACGTGAA
* * * *
638 GAAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTTACT
129 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
681 CAAGCCTTCAAGAGCCTTATTACTTG-TGTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
745 TGAATTGTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGGTTAAAACTGAATGTCCACCTTATGAAACGTGAAG
65 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG
* * *
810 CAAAAGCCATCCATTAGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACT
130 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
852 CAAGCCTT-AGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
1 CAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * ** **
916 TAAAATGTTTTTACATGTTTAGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAA-GATGA
65 T-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACG-TGA
* * *
980 AG-AAAACGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT
128 AGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * * ** *
1024 CATA-CCTTCAAAAGTATTATTAC-CGACTTTAAATGCTTATATAATCTTGTAATTTATTTTAAG
1 CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
1087 TTGAATTTTTTTTATATTGTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGAAAACGTT
64 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACGTG
* * *
1151 AAGCAAAAGCTATCCAGTGG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
127 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
1196 CAAGCTTTCAAAAGCCTTAATACTTACTTTAAATAGTTTTACAATCTAATAATTGATTTTAAG-T
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
1260 CATATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAAATAACAATTGACTATCTACCTCAGGAAACATGAAG
66 GA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG
* * * * * * * *
1325 AAAAATCTATTCATTAGCAAG-AAAGTTCATTTCTAGTCACC
130 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * ** * * *
1366 CATGCCTTCAAAA-CTTTTATTTCTCACTGTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTT-GGA
1 CAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * * * * *
1429 TTGAATTTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATAGATTGT-ATTCGTAA-GTCTACGTCAAGAAATGT
64 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-G-AATGTCTACCTCAGGAAACGT
* *
1492 -ATAGCAAAAGCCATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
126 GA-AGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* ** ************* *
1538 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAANNNNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGCT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1603 GAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTCAGGAAATGTGAAGC
66 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGC
*
1668 AAAAGCCATCCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
1709 CAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1743 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 287, Indels: 91
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 132 0.11
170 256 0.21
171 523 0.42
172 313 0.25
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGC
AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
Found at i:2243 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
1939 NNNNNNNNTG
*
1949 TTTCTCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAA
* * * * *
2014 ATCTATTATAAGATTATAAAGCCATTTGAAGCGAGTAATAAAGGTTTTAATGGCTTGAGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGGTTTCAATGGCTTGAGTGACTA
** ** ** *
2079 TCGATGGACTTTTCTTACTGATGGATAGATTTTGCTTCACC
130 TAAATAAACTTTTCTTACCAAGGGATAGATTTTGCTTCACC
* * *
2120 TTTCTCAAGGCAAACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTTAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTTAACTTAAA
* * * *
2185 ATCAATAATGTGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAATTGCTTGAGTGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGG-TTTCAATGGCTTGAGTGACT
* * ****
2249 ATAAATAAACTTTTCTTACCAAGGGATGGTTTTTGCTTGGTG
129 ATAAATAAACTTTTCTTACCAAGGGATAGATTTTGCTTCACC
** * * * **
2291 TTTCTTGAGGCAGACATTCAAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATACAACTTAA
1 TTTCTCAAGGCAGACATTTAAA-TATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAA
2356 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
2386 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 38, Indels: 7
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 157 0.70
172 63 0.28
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTCAAGGCAGACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGGTTTCAATGGCTTGAGTGACTAT
AAATAAACTTTTCTTACCAAGGGATAGATTTTGCTTCACC
Found at i:5206 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2722--6308 Score: 2317
Period size: 171 Copynumber: 21.0 Consensus size: 170
2712 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2722 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTCAGGCTTTTAATGC
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * *
2787 CTTGAGTGGCTGTAAATAGACTTTCCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTTGCA-TTTC-CAAAGG
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGC-TT-CATTTTCTC-AAGG
* * * * ****
2850 CAGATATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAANNNN
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
****** * * * * * * *
2893 NNNNNNCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAGTAAGGGTTTTAATGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * ** * * ** * * *
2958 CTTGAGTGACTATCAATGAACTTTTCTTATCGATGGATACCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TTTTCTCAAGGCA
* * * * *
3023 GACATTTAAATATAAT-TATTTTAACTAAAAATATAAAACA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * ** * * *
3063 ATTCAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAACGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
3128 CTTAAGGGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATTG-ATGGGTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAGGC
* * * * * *********
3192 AGGCATTTAGTTATAATATATTTTAA-TNNNNNNNNNNAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
3234 ATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
3299 CTTGATTGACTATAAATGAACCTTTCTTGTCAACGAAAGGC-TTTGCCTTAATGTTTCTTGAA-G
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG-CTTCAT-TTTC-TCAAGG
* * * *
3362 CAGGCATTCAAATATAATCTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAACA
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * ** ** *
3405 ATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGGTTACGAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAATA-
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-AG
* * ** * ** * * * *
3469 GCTTAAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTATTTTATGTTTTTTAAGGT
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAGGC
* * * * * *
3534 AGGCATTTAGTTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAACA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * *
3576 ATTCAGCTTAATATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAACAAGTAATCAGACTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * * * *
3641 ATTGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA-CAGAGGGCTTTTACTTCACATTTCTTAACGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCA-TTTTCTCAAGGC
* * * * * * * *
3705 AGATATTTAGTTTTAACCTGTTTTGA-TCAAAGATGTAAAACA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
********** * * *
3747 ATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
3812 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGGCTTTTGTATTACA-TTTCCCAAGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTG-CTT-CATTTTCTCAAGG
* * * * * * *
3875 CAAACAATCAAATATAATTTGTTTGAA-TAAAAAATATAAAAAT
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * **
3918 ATTCTACTGAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTAAATA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
3983 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTATGGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TTTTCTCAAGGCA
* * * * *
4048 GACATTTAGTTTTAACCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * ** *
4089 ATTCAACTTAAAATCAATTCTAAGATTACAAAACCATTTAGAGAAAGTAATAAGGCTTTCGACA-
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAG
* * * *
4153 GCTTTAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGGTTCATGTTTCTCAAGGT
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAGGC
* * * *
4218 AGACATTCAAATAAAATCTGTTTTTCAA-AAAAAAT-AAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTG-TTTT-AACTAAAAATGTAAAAAA
* * * *
4260 ATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * *
4325 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTGC-CAA-GC
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT--CATTTTCTCAAGGC
* * * * *
4388 TAAATATTCAAATATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGA
129 -AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
** * *
4431 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-CCAAACCATTTAAAGTCTCACGTAATAAGTGCCTTGC
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-C-GA-GTAATAAG-G-CTTTC
* * * * *
4495 GCAAGGCCTGCAGTGGCACTATCAAATGAACTTTTCATGCCAATGAATGGC-ATTGCTATACA-T
61 -AAAGGCTTG-AGT-G-ACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCT-T-CATT
** * * * *
4558 TTCTTGAGGCAGAC-TTACAAATACAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAATAAAA
119 TTCTCAAGGCAGACATT-CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAA
* *
4611 A-TCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * *
4674 GCATGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTT-ACAAGTGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGG
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAGG
* * * * * *
4738 TAAACAATCAATTGTAATCTGTTGTAACTAAAAACGTAAAAAA
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * ** *
4781 ATAT-GACTTAAAATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGATTTTTGAAA
1 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAA
* * * * * * ** *
4845 -GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCCAATGGATAGATTTTATTTCACATTTTCT-AT
64 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTGCTT--CATTTTCTCAA
* *
4908 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGC-AACAATATG-AAAAAA
126 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAA-AA-ATGTAAAAAA
* * * * * * *** **
4954 ATTCCA-TTGAAAATAAATTTTAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTC-AATAATAATTATTTTGAA
1 ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * *
5017 GGCATGAGTAACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTATCAAG
64 GGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAG
* * * **
5081 ACAAACATTCAATTATAACCTACTTTAACTAAAAATGTAAAAATA
127 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A
* * * * **
5126 TTTTAACTTAAAATCAATTATAAGATAATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * *
5191 CTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAGGC
** * * * *
5255 AGACATTCCGTTTTAACCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * *
5297 ATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTT-GAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAG
* * * * * * *
5361 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGTTTTTTCTTTACTTTT-TCTAAGG
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TTTTCTC-AAGG
*
5425 C-GAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
128 CAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * *
5467 ATAT-AATTTAAATTCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAG
1 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * *
5531 GCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTCCTTGCCAATTG-ATGGCTTTTACTTTACATTTCCT-AA
65 GCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTGC-TT-CATTTTCTCAA
* *
5593 GGTC-GACATTCAGTTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
126 GG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* ** * * *
5638 ATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * **
5703 TTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGCCAAT-AGATAGCTTGTACTTTATGTTCCTTGAGG
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAGG
* * * * *
5766 CAGAAATTCAAATATAATTTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * ** ** *
5809 A-TC-ACTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGT
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * * *
5872 TTTGAGTAACTA-AATATGGACTTTTTCTAT--CATTGGATGGCTTTTACTTCATGTCTCCCCAT
66 CTTGAGTGACTATAA-ATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-TTTCTCAAG
* * * * *
5934 GTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
127 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
5978 AATCATCTGT-AATTTAATTATTA-ACTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAA
1 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * *
6041 GGCTTGAGAGACTAT-AATGAACTTTTCATACCAATGGATAGCTTTTG-TTTATTGTTTCTCGAA
64 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-T-TTTCTC-AA
** * * * *
6104 -TAAGACTTTCAAATATAATCCGTTTTAAC-CAAAATGT-AAAAA
126 GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
6146 ATTCTACTTAAACTCAATTATCG-GATTATTAAACCATTTAAATCAAGAAATAAGGCTTTCAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * * *
6210 GTTTGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTACTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGG
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-TTTTCTC-AAGG
* * * * *
6274 TAGACATTCAGTTTTAACCTGTTTTAACAAAAAAT
128 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
6309 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2658, Mismatches: 634, Indels: 249
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 70 0.03
169 206 0.08
170 403 0.15
171 1457 0.55
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173 98 0.04
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181 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATTTTCTCAAGGCAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
Found at i:5314 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5284--5316 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
5274 GTTTTAACTA
5284 AAAATATAAAACAATT
1 AAAATATAAAACAATT
5300 AAAAT-TAAAATCAATT
1 AAAATATAAAA-CAATT
5316 A
1 A
5317 TGAGATTACA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.31
16 11 0.69
ACGTcount: A:0.67, C:0.06, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
AAAATATAAAACAATT
Found at i:8193 original size:320 final size:320
Alignment explanation
Indices: 7623--8212 Score: 681
Period size: 320 Copynumber: 1.8 Consensus size: 320
7613 TCAATTATGG
* *
7623 GATTATAAAACCATTTACAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAGAAATGGACTT
* * * * * *
7688 TTCTTACTAGTGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAGTCAATTGTAATCTATTTT
66 TTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAACAGTCAATTATAATATACTTT
* * *
7753 AACTAGAAATGTAAAAAAATATAACATAAAATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAAATCATG
131 AACAAAAAATGTAAAAAAATATAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAATCATG
* * * * *
7818 TATTAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCTCTCTAATGGATATCTTTTGC
196 TAATAAGGCTATTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCTCTCCAATGGATAGCTTTTGC
7883 TTCACGTTTCCTATGGCAAATATTCAATTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTACAA
261 TTCACGTTTCCTATGGCAAATATTCAATTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTACAA
* ** ** * *
7943 GATTATAAAAGCATTTAAAGTCGGTAATAATG-CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA-GACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAGAAATGGACT
* * * *
8007 TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-TTTATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGCTT
65 TTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAACAGTCAATTATAATATACTT
* * * ********** *
8071 TAACAAAAAATGTAAAAATATTTTAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAACTG
130 TAACAAAAAATGTAAAAA-AATATAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA-TC
8136 A-GTAATAAGG-TATTCAAAGCCTTGAGTGACTATAAAT-GTAC-TTTC-CTTGCCAATGGATAG
193 ATGTAATAAGGCTATTCAAAG-CTTGAGTGACTATAAATAG-ACATTTCTC-T-CCAATGGATAG
* *
8196 GTTTTGCTTCATGTTTC
254 CTTTTGCTTCACGTTTC
8213 TTAAGGTAGA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 43, Indels: 14
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
318 1 0.00
319 62 0.28
320 154 0.70
321 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (320 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAGAAATGGACTT
TTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAACAGTCAATTATAATATACTTT
AACAAAAAATGTAAAAAAATATAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAATCATG
TAATAAGGCTATTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCTCTCCAATGGATAGCTTTTGC
TTCACGTTTCCTATGGCAAATATTCAATTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTACAA
Found at i:8441 original size:131 final size:132
Alignment explanation
Indices: 8209--8449 Score: 324
Period size: 131 Copynumber: 1.8 Consensus size: 132
8199 TTGCTTCATG
* * * * * *
8209 TTTCTTAAGGTAGACATTCCATTTTAACCTGTTTTAATAAAAAATATAAAGCAATTCAACTTAAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAACCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAA
** *
8274 ATCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTTGATGGCTTTTTCTTCAG
66 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTCTTGATGGCTTTTTCTTCAG
8339 TT
131 TT
* * *
8341 TTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AATATTCAACTTAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAACCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGAA-ATTCAACTTAA
* **
8404 ATTCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
65 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
8450 TTCGAAGGCT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 15, Indels: 3
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
130 1 0.01
131 88 0.95
132 4 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (132 bp):
TTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAACCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTCTTGATGGCTTTTTCTTCAG
TT
Found at i:9176 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8322--11768 Score: 1488
Period size: 171 Copynumber: 20.1 Consensus size: 170
8312 TAAGGCTCTT
*
8322 GATGGCTTTTTCTTCA-GTTTTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
8386 TAAAAATATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
65 TAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * *
8451 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGTACTTTCCTAATCAATG
129 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * ** * * ** * * **
8493 GATGGCTTTTACTTCACATTCCT-ATGGTAGACATTCAGTTATAATATG-TTTAACTAAAAATAC
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** * **
8556 AAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAAAAATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
8621 TGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTCTCATACCAATG
130 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * * * *
8662 GATAGCTTGTACTTCACGTTCCTT-GAGGCAGACATTAAAACATAATATGTTTTAACCAAAAATG
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTT-TTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * *
8726 TAAAAAAAATCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-TAGAGTAATAAGACTT
65 TAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTT
* * *
8790 TTGAAGGTTTGAGTGACTA-AATATAGACTTTT-TCTACCAATG
129 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAA-ATGGACTTTTCT-TACCAATG
* * * * * *
8832 GATGGCTGTTT-CTTCATG-TCTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGCCAAAAAT
1 GATGGCT-TTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * *
8895 GTTAAAAAA-TAAC-TAAAATTTAATTAAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGC
64 GTAAAAAAATTCACTTAAAA-TCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* *
8957 TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACCTTTTGTT-CCAATG
127 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATG
* * ** * *
9001 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGATAGACTTTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
9066 AAAAAAATTTCACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAAGCTTT
66 AAAAAAA-TTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * *
9131 CAAAGGCTTGAGTGGTTATAAATAGATTTTTCTTACCAATG
130 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * ** * ** * * *
9172 GATGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCTAAGATAGACATTTAGTTTTAACCTGTTTTAACTAAAAATG
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* ********** *
9236 T-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 TAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** * * * *
9300 TCGAAAACTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCCTATCTATG
129 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* ** *
9342 GATGGCTTTTGCTTCACATATCAT-AAGGCATACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
1 GATGGCTTTTGCTTCACGT-TTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
9406 TAAAAAAAAAT-AATTGAAATTCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-T
65 T-AAAAAAATTCACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
9469 GTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCACTG
128 -TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* **** *
9513 GATGGCTTTTACTTCACGTCACCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * *
9578 AAAAACAA-TCATTTGCAATTCAATTATTAGTTTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTT
66 AAAAA-AATTCACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
9642 TTAAACGCTTGAGTGACTATAAATGAACCTTCCATGCCAATG
129 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * ** * * * **
9684 GATGGCTTTTGCTTCTCG-TTTCCTAAGAAAAACTTTGAAATATAATCCT-TTTTAATAAAAAAT
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAAATATAAT-CTGTTTTAACCAAAAAT
* *
9747 GTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAA-TCAAGTAATAAGGC
64 GTAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGC
* * * * *
9811 TTTCAAAAGCTTCAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTTACCAATG
127 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA--CTTTTCTTACCAATG
* * * * * *******************
9857 GATGGCTTTTGTTTCTCG-TTTCCAAAG-ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGA--------------CATTCAAATATAATCTGTT
*****************************************************************
9920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
52 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
********************************** * ** ***
9985 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GTGACTATAATGTATCTTTTTTG
117 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCT-TA-C--CAATG
* ** ** ** * * * * * * * **
10043 CCAATGAATGGTTTTTGCTTC-TTATTTCCCAAGCCAGACATTTAGATAAAATCTATTTTTACTG
1 --GATGGCTTTTGCTT-C-ACGTT-TTT--CAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * * * *
10107 TAAATGTAAAACAATTTAACTTTAAATCAATTATGGGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
59 AAAATGTAAAA-AAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
10172 AGG-GTTCTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATA
123 AGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * ** * ** * *
10220 GATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCATGATAGATATTCAAATATAATCCGTTTTAACCAAAAATGT
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
10285 AAAAGAATTCAACTTAATATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTATAGAGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
10350 CAAAGG-TAAGGGTGAATATAAATGGAGTTTTCTCT-CTAATG
130 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATG
* * * * * * *
10391 GATGGCTTTTGTTTCACG-TTTCCTATA-GCAAACATT-AAAT-TATAGCAT-ATTTCACCTAAA
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-A-AGGCAGACATTCAAATATA-ATC-TGTTTTAACCAAAA
*
10451 A-GTATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
62 ATGTA-AAAAA-ATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
10515 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGAC-TTTCATGCTACTG
124 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * ** * * * * *
10561 AATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAC-TTCCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATT-CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * **
10625 TAAAAAAAATCTACTTAAAATCAACTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTATT
65 TAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** * * * *
10690 TTAAATGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTCCTTACCAATG
129 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * **** * * *
10732 GATGGCTTTTTCTTCAC-ATTTCCTAACGTAGACATTTTGTTTTAACCTGTTTTAACCAAAAATA
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * ** *
10796 TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTT
65 TAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * *
10861 -TAACAGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATG
130 CGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * *
10902 AATGGCTTTTGCTTCACATTTCTT-AAGGTAGACATTTAATTTTAA-CATGTTTTAACCAAAAAT
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAAATATAATC-TGTTTTAACCAAAAAT
* * * * *
10965 GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCG
64 GTAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * *
11030 TTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGTATTTTTCTTGCCAATG
128 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* *** * * * * * * ***
11073 AATGG-TTTTGGCTTCTTATTTCTCAAGCCAGACATTTAGATAAAATCTGTTTTTACTGTAAATG
1 GATGGCTTTT-GCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
11137 TAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATG-GATTTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-G
65 TAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * *
11200 TTCTAAATGCTTGAGTG-CTTATAAATGGATTTTTCATACCAATA
128 TTC-GAAGGCTTGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * * *
11244 GATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCATGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAACGT
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
11309 AAAAGAATTCAACTTAATATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
11374 CGAAGG-TAAGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTCT-TTAATG
130 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATG
* * * * ** * *
11415 GATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCTATGGCATACATTCAATTATAGCCTATTTT-ACC-TAAATG
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
*
11477 TATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
65 --T--AAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
11542 GCTTTCGAAGGATGGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATG
125 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* ** * * * ** *
11588 AATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGAAAAC-TTCCAAATATAATCTATTTTAATTAAAAATA
1 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATT-CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * *
11652 TAAAAAAAATCCACTTAAAATCGATTATGGGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGATT
65 T-AAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
11717 TTAAATGCTTAAGTGACTATAAACGGACTTTCCTTATCTATG
129 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
*
11759 GATGACTTTT
1 GATGGCTTTT
11769 AC
Statistics
Matches: 2407, Mismatches: 742, Indels: 254
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.00
169 258 0.11
170 627 0.26
171 1223 0.51
172 62 0.03
173 165 0.07
174 9 0.00
175 10 0.00
177 1 0.00
179 1 0.00
180 2 0.00
181 6 0.00
182 4 0.00
183 3 0.00
184 4 0.00
186 2 0.00
188 8 0.00
189 1 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
193 3 0.00
194 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
AAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
Found at i:9283 original size:510 final size:505
Alignment explanation
Indices: 8345--9867 Score: 1541
Period size: 510 Copynumber: 3.0 Consensus size: 505
8335 TCAGTTTTTC
*
8345 TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAATATTCAACTTAAATTCA
1 TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAA-A-T-AACTAAAATTCA
* *
8409 ATT-ATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
63 ATTAAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * **
8473 ATGTACTTTCCTAAT-CAATGGATGGCTTTTACTTCACATTCCTAT-G-GTAGACATTCAGTTAT
127 ATGGACTTT--TATTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTT--TATCGAGTAGACATTTAAATAT
* * ** * **
8535 AATATG-TTTAACTAAAAATACAAAAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAACTAT
188 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * *
8599 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTCTCATACCAATGGA
252 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCATACCAATGGA
* * * * * ** * * ** *
8664 TAGCTTGTACTTCACGTTCCTTGAGGCAGACATTAAAACATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA
316 TGGCTTTTGCTTCACTTTCC-TAAGAAAGACATTTAAATATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
8729 AAAAAATCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATAGAGTAATAAGACTTTTGA
380 AAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGA
*** * * ** * *
8794 AGGTTTGAGTGACTA-AATATAGACTTTTTCTACCAATGGATGGCTGTTT-CTTCATGTCTCC
445 AAACTTGAATGACTATAA-ATAGACTTTTCCTACCAATGGATGGCT-TTTGCTTCACATATCA
* * * *
8855 TGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTTAAAAAATAACTAAAATTTAATT
1 TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATAACTAAAATTCAATT
* *
8920 AATAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG
66 AATAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * *
8985 ACCTTTTGTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGATAGACTTTTAAATATAATCTG
131 A-CTTTTATTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTATCGAG-TAGACATTTAAATATAATCTG
*
9050 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTCACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
194 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** * * ** * *
9115 TTAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGTTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
258 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCATACCAATGGATGGCTT
* ** *
9180 TTGCTTCACATTTCCTAAGATAGACATTTAGTTTTAACCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
322 TTGCTTCAC-TTTCCTAAGAAAGACATTTAAATATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* ********** * *
9244 TCAATTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACT
386 TC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGAAAACT
* * *
9309 TGAATGACTATAAATGGACTTTTCCTATCTATGGATGGCTTTTGCTTCACATATCA
450 TGAATGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATATCA
* * * *
9365 TAAGGCATACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATAATTGAAATTCAA
1 TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--TAAAAAATAACTAAAATTCAA
*
9430 TTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TGTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
64 TTAATAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * *
9494 TGGACTTTTCATGCCACTGGATGGCTTTTACTTCACG-TCACCCAAGGCAGACATTTAAATATAA
128 TGGACTTTT-ATTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTA-TCGA-GTAGACATTTAAATATAA
* * * * *
9558 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAA-TCATTTGCAATTCAATTATTAGTTTATAAAACTATT
190 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * *
9622 TAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAACGCTTGAGTGACTATAAATGAACCTTCCATGCCAATGGAT
253 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCATACCAATGGAT
* *
9687 GGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAGAAAAAC-TTTGAAATATAATCCT-TTTTAA-TAAAAAATGT
317 GGCTTTTGCTTCAC-TTTCCTAAGAAAGACATTT-AAATATAA-CCTGTTTTAACT-AAAAATGT
* * * *
9749 AAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAATCA-AGTAATAAGGCTT
378 AAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-GAGAGTAATAAGACTT
* * * * **
9813 TC-AAAAGCTTCAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTG
441 TCGAAAA-CTTGAATGACTATAAATAGA--CTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTG
9868 TTTCTCGTTT
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 152, Indels: 55
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (505 bp):
TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATAACTAAAATTCAATT
AATAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
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TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGC
TTCACTTTCCTAAGAAAGACATTTAAATATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGAAAACTTGAATG
ACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATATCA
Found at i:11297 original size:342 final size:339
Alignment explanation
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* * *
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*
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* * * * * * *
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1 AGTGACTATAAATGGATTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA-AGCCAGAC
* * * * * * *
10424 A-TTAAATTATAGCATATTTCACCTAAAAGTATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
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* * *
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* * * ** *
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190 ATACCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATA-TT-CAAATATAATCTGTTTTA
* * * * * ** *
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** * *
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* * * * * *
10701 AGTGGCTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAA-CGTAGAC
1 AGTGACTATAAATGGATTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGC-CAGAC
* * ** * ** *
10765 ATTTTGTTTTAACCTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
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* * * *
10829 ACAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT-AGGGCTTTTAACA-GCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTT
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGG--TTTAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * *
10892 CTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTTTAA-CATGTTTTA
189 CATACCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAAATATAATC-TGTTTTA
* * * *
10956 ACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
253 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT
* * *
11021 AATATGGCGTTCGAAAGCT-TG
318 AATAAGGCTTTCGAAAGCTAAG
* * **
11042 AGTGACTATAAATGTATTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTGGCTTCTTATTT-CTCAAGCCAGA
1 AGTGACTATAAATGGATTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTT-GCTTCACATTTCCT-AAGCCAGA
* * *
11105 CATTTAGATAAAATCTGTTTTTACTGTAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATG-GAT
63 CATTTAGATAAAACCT-TTTTTAC-CTAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-
* * *
11169 TTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTCTAAATGCTTGAGTG-CTTATAAATGGATTTT
125 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTT-TAAAGGCTTGAGTGAC-TATAAATGGACTTT
* *
11233 TCATACCAAT-AGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCATGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTT
188 TCATACCAATGA-ATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTT
* * *
11297 AACCAAAAACGTAAAAGAATTCAACTTAATATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
252 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
*
11362 TAATAAGGCTTTCG-AAGGTAAG
317 TAATAAGGCTTTCGAAAGCTAAG
* * * * * * *
11384 GGTGAATATAAATGGACTTTTCTCTT-TAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTATGGCATAC
1 AGTGACTATAAATGGA-TTTT-TCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGCCAGAC
* * * *
11448 ATTCA-ATTATAGCCTATTTTACCTAAATGTATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
64 ATTTAGA-TAAAACCTTTTTTACCTAAATG--T--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
11512 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATGGAGTGACTATAAATGGACTTT
124 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
11577 TCATGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGG-A-AAACTTCCAAATATAATCTATTT
188 TCATACCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATA-TT-CAAATATAATCTGTTT
** * * * * * *
11640 TAATTAAAAATATAAAAAAAATCCACTTAAAATCGATTATGGGATTATAAAACCATTTCAAGTGA
251 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * *
11705 GTAATAAGGATTT-TAAATGCTTA-
316 GTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTAAG
11728 AGTGACTATAAA
1 AGTGACTATAAA
11740 CGGACTTTCC
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 208, Indels: 109
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 93 0.08
341 404 0.36
342 373 0.33
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344 207 0.19
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AGTGACTATAAATGGATTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGCCAGACAT
TTAGATAAAACCTTTTTTACCTAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCA
ATGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
TTTCGAAAGCTAAG
Done.