Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399730.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2974.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3801
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 626 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1829 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1818 Score: 1633
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
*
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
65 GGCT-AGAAAAGGCCATTTACAG-CAATTCAAGCGTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGG
65 GG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGATGTTGAAT-TGTTTTAGATT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATT
* * * ** * * * * **
172 TTTAGTTAAAACATATCATAATTGCCTATCTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
** * * * * * ***
236 GACAAGAAAAGTCTATTTATATTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAAAT
65 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
301 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
* * * ** ** * * *
342 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAGTATGAAGGGAAAGGCATTCACTA
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * *
407 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TTTCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
470 TTATAACCTCAAAATTGAATCTAAATTGAATTTTTTTATATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
* * * * * * * **
512 TTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAATATTGACCTTGGGAAACATGAACAAAAAATCATTCATTG
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ** ** ** **
577 GTAACAAAAGTCTAATTATAGTCAC-CTATTCCTTTAAAAGCCTTCCTACTCAATTTAAATGGTT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
641 TTGTAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGGTTTTTATATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-GTTTTTACATT
* * * * * * *
684 TATAGTTAAAACAAATCATAATTGAATGTTTACCTT--AAGAA-ATGTGAGAAAAAACCCGTTCA
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAA-AACATG-AAG-AAAAAGCCATTCA
* * * * * ** *
746 TTAGTAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGTGTTATTACTCACTTTAAATGG
63 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* **
811 -TTT-T-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTGTATT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATT
* * * * *
853 CTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAG-AAAAGCCATTCATTG
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * **
917 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TGTAAGCATTCGAAAG-CTTATTGCTTGCTTGAAATTATT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
980 TTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAATTTTTTTACATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
* * * ** * * *
1022 TTTGGTTAAAATAGGTAATAATTGACCGTCTGCC-TCG-AAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTG
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * * *
1085 ACAAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1150 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACATT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATT
* * * * *
1191 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTA
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * *
1256 GCAAGAAAAGTCTATTCATAATCACCCACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
1321 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTTTTCATT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATT
* * * *
1362 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * * *
1427 GTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCCAAGTATTAGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
1491 TTATAATCTCACAATTAATTTTATA-TTGAAT-TGTTTTAGATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGT-TTTTACATT
* * * * * *
1533 TTTAGTTAAAACAAATTATAA-TAAACTATCTGCC-TC-AAGAA-ATGTCAAGAAAAAGCCATTC
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTCGAA-AACATG--AAGAAAAAGCCATTC
** * * * *
1594 ATTGACAATAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
62 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
1659 GTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTAACATT
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
** * * **
1704 TTTGGTTAAAGTAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTG
1 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
1769 GTAGGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1819 AATTTTAAAT
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 274, Indels: 80
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 23 0.02
168 98 0.07
169 217 0.16
170 238 0.18
171 641 0.48
172 110 0.08
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
Found at i:2628 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2225--3214 Score: 773
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
2215 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2225 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTGTTTAGATTTT
1 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTT
* * * * *
2290 TTGTTAAAAC-TGATTATAATT-AACTTTCTATCTTGAAAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTG
65 TGGTTAAAACAT-ATTATAATTGAA-TGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
2353 ACAAGAAAGGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAGAATGCCT
128 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTC-AA-AA-GCCT
** * * ********** *
2398 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
* * *
2463 TAGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAC
65 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * **********
2528 AAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATNNNNNNNNNNGCCT
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCT
*
2569 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTT
1 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTT
* * * * * * * * *
2634 TTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGGAAAACATGAAGACAAAGCCAATCATTGGC
65 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* *
2699 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCT
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCT
* * * * * *
2740 TATTACT--TCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGTA-TTGAATTTCTAACATTT
1 TATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTACATTT
*
2802 TTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-TCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-
64 TTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGT-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
2865 AGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT
128 A-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCT
* * * *
2909 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-ATCCTTAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTT
* * * *** * * *
2973 TTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTGTCTCAAAAAAACGTGAAGAAAAA-CTAACTCATT
64 TTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATT
** * * * * * * * * *
3037 GGTAAAAAAATTGCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGTCT
127 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCT
* * * * *
3081 TATTACTCGCTTTT-AAT-GCTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTACATTTT
1 TATTACTCG-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
* * * * ** * *
3144 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTTAGAAAACATGAAGGCAAAGGCATTCATTGG
65 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTC-TTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
3208 CAAGAAA
129 CAAGAAA
3215 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 154, Indels: 48
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 137 0.21
170 107 0.17
171 202 0.32
172 68 0.11
173 107 0.17
174 20 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCT
Found at i:2876 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2225--3214 Score: 963
Period size: 341 Copynumber: 2.9 Consensus size: 336
2215 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2225 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTGTTTAGATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTT
** ** * * * *
2290 TTGTTAAAACTGATTATAATTAACT-TTCTATCTTGAAAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGA
65 TTGTTAAAAAAGATTATAATTAA-TGTT-TGCCATGAAAAACATGAAG-AAAAGCCAATCATTGG
**
2354 CAAG-AAAGGTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAGAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
127 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AA-AA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* ********* * * *
2418 TTTGTAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTGTAAT
189 TTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAATTGAA-TTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAAT
* * *
2483 TGAATGTCTGT-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAC
252 TGAATGTCT-TCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTCATAC
**********
2547 TCACCCATNNNNNNNNNNGCCT
315 TCACCCATGCCTTTAAAAGCCT
* *
2569 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTT
*
2634 TTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGGAAAACATGAAGACAAAGCCAATCATTGGC
65 TTGTTAAAAAAGATTATAATT-AATGTTTGCCATGAAAAACATGAAGA-AAAGCCAATCATTGGC
* * *
2699 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACT-TCTTCAAATGGTTTTA
128 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
2763 TAATCTCATAATTGATTTTGTATTGAATTTCTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
193 TAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAATTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT
* * *
2828 GTCTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTC
257 GTCTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTCATACTCACCC
2893 ATGCCTTTAAAAGCCT
321 ATGCCTTTAAAAGCCT
* * *
2909 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-ATCCTTAAAATTGATTTTAAGCTAAAGTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTT
* * * * *
2973 TTGGTTAAAACAA-ATTATAATTAAATGTTTGTCTCA-AAAAAACGTGAAGAAAAACTAACTCAT
64 TTTGTTAAAA-AAGATTATAATT-AATGTTTG-C-CATGAAAAACATGAAGAAAAGCCAA-TCAT
* * *** * * * * * * *
3036 TGGTAAAAAAATTGCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTTAAT-GC
124 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
3100 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
189 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
* * **
3165 GAATGT-TTGCTTTAGAAAACATGAAGGCAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
253 GAATGTCTT-CCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GCAAGAAA
3215 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 89, Indels: 37
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 184 0.34
341 192 0.36
342 19 0.04
343 3 0.01
344 107 0.20
345 32 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTT
TGTTAAAAAAGATTATAATTAATGTTTGCCATGAAAAACATGAAGAAAAGCCAATCATTGGCAAG
AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
TCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTCATACTCACCCATGCC
TTTAAAAGCCT
Found at i:3199 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2456--3214 Score: 845
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
2446 GAATTTTTTT
* * * * *
2456 ACATTTTTAGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTGT-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * * ********** *
2520 TCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCGTTTTAA
65 TCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
2584 ATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATT
129 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATT
* ** * *
2649 ATAATTGAATGTTTGCCATGGAAAACATGAAGACAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
194 ATAATTAAATGTTTGCCATAAAAAACATGAAGACAAAACCAATCATTGGCAAAAAAAGCCCATTT
* * * *
2714 ATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTTCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
259 ATAGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTGCTTCAAATGGCTTTAGAATCTCATAATTGAT
*
2779 TTTGTATTGAATTTCTA
324 TTTGAATTGAATTTCTA
* *
2796 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATT
*
2861 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
66 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
*
2926 AGTTTTAT-ATCCTTAAAATTGATTTTAAGCTAAAGT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-AT
131 AGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGCTAAA-TATTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAGAT
* * * ***
2988 TATAATTAAATGTTTGTCTCA-AAAAAACGTGAAGA-AAAACTAACTCATTGGTAAAAAAATTGC
193 TATAATTAAATGTTTG-C-CATAAAAAACATGAAGACAAAACCAA-TCATTGGCAAAAAAAGCCC
* * * * **
3051 ATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTTAAT-GCTTTAGAATCTCATAA
255 ATTTATAGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTCAAATGGCTTTAGAATCTCATAA
*
3115 TTGATTTT-AAGTTGAATTTCTT
319 TTGATTTTGAA-TTGAATTTCTA
* * **
3137 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCTTTAGAAAACATGAAGGCAAAGGCAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGCAT
*
3201 TCATTGGCAAGAAA
65 TCATTAGCAAGAAA
3215 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 55, Indels: 21
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 180 0.51
341 162 0.46
342 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTAT
AATTAAATGTTTGCCATAAAAAACATGAAGACAAAACCAATCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTAT
AGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTGCTTCAAATGGCTTTAGAATCTCATAATTGATTT
TGAATTGAATTTCTA
Done.