Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397501.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1724.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11758
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 1709 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:562 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 351--678 Score: 315
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
341 NNNNNNNTTT
* * * * * *
351 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAATTGCTTTT-TTGGCACATTCCTCA
1 AAGGAATGGGTAACTATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATAG-TTTTGTTGACACATTCCTCA
*
415 AGGTAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTCA-C-AAAATATGT-AAAACATGTAACTTAAAATCA
65 AGG-AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAAT-T-TAAAAACATGTAACTTAAAATCA
* *
476 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTNNNNNNNNNNTTG
127 ATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGT----------TTG
* * * **
521 AAGGAATGGGTAACTATAAATGAAATTTTTTTCTCAATGAATAGTTTTGTTTACACTTTTTTCAA
1 AAGGAATGGGTAACTATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTGTTGACACATTCCTCAA
* * * * * *
586 GGCAGACATTCAATTATAGTGTGTTTTAACCTAAAATTTAAAAATATTTAGCTTAAAATCAATTT
66 GGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAATTTAAAAACATGTAACTTAAAATCAATTA
651 TGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGT
131 TGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGT
679 AATAAGGCTT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.05
170 73 0.55
171 49 0.37
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
AAGGAATGGGTAACTATAAATGAAATTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTGTTGACACATTCCTCAA
GGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAATTTAAAAACATGTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTTTG
Found at i:1550 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--4128 Score: 2278
Period size: 171 Copynumber: 24.3 Consensus size: 167
* * * * *
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTTTATG
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTTCATG
* **********
66 TTTCTCGAGGTAAACATTCGATTATAGTCTGTTTTAGNNNNNNNNNNGAAAAAATTCAACTTAAA
66 TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTA--ACTAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
131 ATCAAATATGAGATTATAAAACAATATAAAGTC-AGTAAT
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAGTAAT
* * * * *
170 AAGGCTATTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGCGTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC-TTTTT-TTCA
* * * * * * *
235 CGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCCAAAAATAGAAAACAATTCAACTTA
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAA-AATTCAACTTA
* * ***
300 AAGTCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTNNNN
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT-AAT
****** *
342 NNNNNNTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATTGCTTTTTTGGC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAA-TGCTTTTTT-TC
** * * * * * *
405 ACATTCCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTCAC-AAAATATGTAAAACATGT-AACT
63 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-AT-AAAAAAAT-TCAACT
* ***
468 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTNNN
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
******* * * * *
511 NNNNNNNTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAAATTTT-TTTCTCAATGAATAG-TTTTGTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTT-TTT-
* * * * * * * * *
574 CACT-TTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTGTGTTTTAACCTAAAATTTAAAAATATTTAGC
62 CA-TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAA-ATAAAAAAATTCAAC
* *
638 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAAT
124 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* *********** * ** * * *
682 AAGGCTTTTAAAANNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTACCGATTAATGATTTTTTTTTAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTTTCAT
* * * * * * *
747 GTTTCTCGAGGAAAACATTCGATTATAGTCTATCTTAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAA
65 GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-A-ATAAAAAAATTCAACTTAA
********** * *
812 NNNNNNNNNNGAGATTATAAAATATTTTAAAGCGAGTAAT
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
852 AAGG-ATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGAACTTCTCTTGCTAACGAATACATTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC-TTTTT-TTCA
* * * **********
916 CGTTTCTCTAAGTGAAA-ATTCAATTATAGTCTG-TTTAAGCTAAAAATGTAAAANNNNNNNNNN
64 TGTTTCTCGAGGT-AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAA--TAAAAAAATTCAACT
* * *
979 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAATATCAAGCGAGTAAT
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * *
1022 AAAGCTTTTGAAGGAATGAGCAACTATAAATGGAC-TTT-TT-CTCAATGAGTAGTTTTTTTTGC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTTTT-C
* * *
1084 ACGTTT-TACGATGTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTAA-AAAAAATAAAAAAAAATT-AACT
63 ATGTTTCT-CGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT--AAAAAAATTCAACT
********** * * *
1145 TAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAATAATTTAAAGTGAGTAGT
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * *
1188 AAACCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTTCTCAATGAATGATTTTTTTCAC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCTTTTTTT--C
** ** * * * * *******
1252 ACATTTCTAAAGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCATAAATNNNNNNNNNNTT-AACT
63 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT---AAAAAAATTCAACT
* * * *
1316 TAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAAT
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
1359 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTTTCAT
* *
1424 GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAA
65 GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAA
*
1489 ATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAAT
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-GAGTAAT
* *
1529 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTT-CTCAATGAATAG-TTTTTTAGT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTTT--T
* * * * ** * * *
1592 -ACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCAGTTATAATTTGTTTTAAC-AAAACATACAAAAACATTCAAC
62 CATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATA-AAAAA-ATTCAAC
* *
1655 TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTATT
124 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* **********
1699 AAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTT-CTTAATGAATAGCTTTTTTTGC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAAT-GCTTTTTTT-C
* * *
1763 ACGTTTTTC-ATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAACATTCAAAAAAATTCAAC
63 ATGTTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-A-T-AAAAAAATTCAAC
********
1826 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTNNNNNNN
124 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
********** * * * * * * *
1870 NNNNNNNNNNAAGGAATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTTACT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTTCA-T
* * * ** ** **********
1935 CATTT-TTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAANNNNNNNNNN
65 -GTTTCTCG-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-C-TAAAAATAAAAAAATTCAACTT
* * *
1999 AAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * *
2041 AAGTTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTCTTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTT-TTTCA
* * * *
2106 TGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTG-TTTAATCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTA
** * * * *
2170 AAATTGATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
2211 AAGGCTTTCGAAGTAATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTTGCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTTTTCA
********** *
2275 TGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTAAACTTA
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
2340 AAATTAATTTTGGGATTAAAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
2381 AAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTACCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTT-TTCA
* * * * *
2446 TATTTCTTGAGGTACATATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACT-AAAA-ATAAAAAAATTCAACTT
********** *
2510 AANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAAT
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * *
2552 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACTAATGGATGTCTTTTATTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTT-TTTCA
* * * *
2617 TGTTTGTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAACATATAAAAAAATTGAACTTA
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-A-ATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
2682 AAATTAATTATGAGTTTATAAATCGATTTAAAGCGAGTAAT
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
2723 AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAACGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT-ATATTTTTTAC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCT-TTTTTT-C
* * ** * * *
2786 ACT-TTTTTCAAGGCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAAATAAAAAAA---AATCT
63 A-TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATAAAAAAATTCAA-CT
* * *
2847 TAAAATCAATT-TTATGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAAT
125 TAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * ********** * *
2890 AAGGGTTTTAAAGGAATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTT-TTCA
* * * * *
2955 TGTTTC-CTGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTT
64 TGTTTCTC-GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAA-ATAAAAAAATTCAACTT
* * *
3019 AAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAAT
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** *
3061 AACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACACCTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA-TGCTTTTT-TTCA
* * * * *
3126 CT-TTTC-CTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACT
64 -TGTTTCTC-GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACT
* * **********
3189 TAAAATTAATTATGAGTTTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAAT
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
3232 AAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTTTACA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTT-CA
* * *** * * * *
3297 CGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTCAAC-AAAAGTTAAAAAAAAAT-AACTT
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACTAAAA-AT-AAAAAAATTCAACTT
* *
3360 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * * * *
3402 AAGGTTTTTTAAAAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTT-TTCA
* * * * *
3467 TGTTTCTTGAGGTAGATATTCAAATATTA-TC-GATTTTAATTAAAAATCTAAAAAAATTCAACT
64 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACT
* * * *
3530 TAAAATTAATTATGAGACTATAAAATAATTTTAAA-CGAATAAT
125 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * **
3573 AAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTACCAACAAATG-TGTGTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCT-T-TTT-TTC
* * * * * * *
3637 ATGTTTCTAGAAGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTGAACTT
63 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-TAAAA-ATAAAAAAATTCAACTT
********** *
3702 AAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * ********* *
3744 GAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTNNNNNNNNNNCA-CCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT--TGCTAATGAATGCTTTTT-TTC
* * * *
3808 ACT-TTTCTTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
63 A-TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTCAACT
* * *********
3872 GAAAATTAATTATGAG-TNNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAAT
125 TAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* *
3915 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCCATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTGCTTTTTTTGC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAA-TGCTTTTTTT-C
* * * * *
3979 ATGTTTCTC-ATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCGAAAATTCAAAAAAATT-TACT
63 ATGTTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAAT-AAAAAAATTCAAC-
* * *
4042 TTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTTAAGCGAGTAAT
124 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* *
4086 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
4129 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2991, Mismatches: 812, Indels: 309
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 62 0.02
167 93 0.03
168 83 0.03
169 273 0.09
170 844 0.28
171 1543 0.52
172 80 0.03
173 9 0.00
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTTCATG
TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:2091 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5--4128 Score: 1428
Period size: 341 Copynumber: 12.1 Consensus size: 339
1 AAGG
* * * * *
5 CTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATG-CTTTTTTTTATGTTT
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTT
* * ***********
69 CTCGAGGTAAACATTCGATTATAGTCTGTTTTAGNNNNNNNNNNGAAAAAATTCAACTTAAAATC
66 CTC-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTA-ACAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
134 AAATATGAGATTATAAAACAATATAAAGTC--AGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGAGTGACTAT
129 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* * * * * * * * * * ***
197 AAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGCGTTTTTCTTC-ACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTA
193 AAATAGAATTTTCTTCCCAATGAAT-AGTTTTT-TACTACATTCCTCAAAGCAGGCATTCAATTA
* * * * * * * * *
261 CAGTCTGTTTTAGCCAAAA-ATA-GAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAC
256 TAATCTGTTTTA-ACAAAACATACAAAAAC-ATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAAAT
* *******
324 AATTTAAAGCAAGTNNNNNNNN
319 AATTTAAAGCGAGT-AATAAGT
** * * **
346 NNTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATTG-CTTTTTTGGCACA
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-TAATGAA-TGCCTTTTTT-TCATG
* * * * *
408 TTCCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTCACAAAATATGT--AAAACATGT-AACTTA
63 TTTCTC-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAA-AT-TCAAAAAAAT-TCAACTTA
* ********** * *
470 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGGGTAA
124 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
* * * ** * *
534 CTATAAAT-GAAATTTTTTTCTCAATGAATAGTTTTGTTTAC-ACTTTTTTCAAGGCAGACATTC
189 CTATAAATAG-AATTTTCTTCCCAATGAATAG-TTT-TTTACTACATTCCTCAAAGCAGGCATTC
* * * ** * * * * *
597 AATTATAGTGTGTTTTAACCTAAA-ATTTAAAAATATTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
251 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATA
* * *
661 AAACAATATAAAGCGAGTAATAAGG
315 AAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGT
*********** * * ** * ** *
686 CTTTTAAAANNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTACCGATTAATGATTTTTTTTTATGTTT
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTT
* * * * * * * ***
751 CTCGAGGAAAACATTCGATTATAGTCTATCTTAGCCAAAGATGT-AAAAAAATTCAACTTAANNN
66 CTC-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTA-ACAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAAT
******* * * * *
815 NNNNNNNGAGATTATAAAATATTTTAAAGC-GAGTAATAAGG-ATTTGAAGGAATGGGTGACTAT
128 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* * * * * ** * * * * **
878 AAGT-GAACTTCTCTTGCTAACGAATACATTTTT-CTTCACGTTTCTCTAAG-TGAAAATTCAAT
193 AAATAGAA-TTTTCTTCCCAATGAATAGTTTTTTAC-T-ACATTCCTCAAAGCAG-GCATTCAAT
* ** ********* * **
940 TATAGTCTG-TTTAAGCTAAAA-ATGTAAAANNNNNNNNNNT-AAAATCAATTATGAAATTATAA
254 TATAATCTGTTTTAA-C-AAAACATACAAAA-ACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAA
* * *
1002 AACAATATCAAGCGAGTAATAAAG-
316 AATAATTTAAAGCGAGTAAT-AAGT
* * ** * * * *
1026 CTTTTGAAGGAATGAGCAACTATAAATGGAC-TTT-TT-CTCAATGAGTAG-TTTTTTTTGCACG
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCCTTTTTTT-CATG
* * * **
1087 TTT-TACGATGTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTAAAAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAA
63 TTTCT-C-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAA
********** * * * ** *
1149 ATCAATTNNNNNNNNNNAAAATAATTTAAAG-TGAGTAGTAAACCCTTTGAAGGAATGAGTGACT
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* * * * * * *
1213 ATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTCAC-ACATTTCT-AAAGGTAGACATTCAA
191 ATAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAAT-AGTTTTTT-ACTACATTCCTCAAA-GCAGGCATTCAA
* * * ********* *
1276 ATATAGTCTGTTTTAACCATAA-ATNNNNNNNNNNTT-AACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAA
253 TTATAATCTGTTTTAA-CAAAACAT-ACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAA
* *
1339 AATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGG
316 AATAATTTAAAGCGAGTAATAAGT
* *
1363 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAATGTTT
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTT
* *
1428 CTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATAC-AAAAAATTCAACTTAAAATC
66 CTC-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAC-AAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
1492 AATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
129 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
* * * * *
1557 AATAGAATTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTAGTACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCAGTTATAA
194 AATAGAATTTTCTTCCCAATGAATAGTTTTTTACTACATTCCTCAAAGCAGGCATTCAATTATAA
* * * *
1622 TTTGTTTTAACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
259 TCTGTTTTAACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTT
*
1687 AAAGCGAGTATTAAGT
324 AAAGCGAGTAATAAGT
* ********** *
1703 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTT-CTTAATGAATAG-CTTTTTTTGCACG
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-TAATGAAT-GCCTTTTTTT-CATG
* * *
1766 TTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAACATTCAAAAAAATTCAACTTAAA
63 TTTCTCA-GGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAA-ATTCAAAAAAATTCAACTTAAA
******************
1831 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-TNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGAATGAGTGACT
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* * * ** * *
1895 ATAAA-AGGACTTTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTTACT-CATTTTTGAAGGCAGGCATTCAA
191 ATAAATA-GAATTTTCTTCCCAATGAAT-A-GTTTTTTACTACATTCCTCAAAGCAGGCATTCAA
* * ** **********
1958 TTATAGTCTGTTTTAACCATAA-ATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTTTGGGATTATAAA
253 TTATAATCTGTTTTAA-CAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAA
2022 ATAATTTAAAGCGAGTAATAAGT
317 ATAATTTAAAGCGAGTAATAAGT
* * * *
2045 TTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTCTTTCATGTT
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT-TTTCATGTT
*
2110 TCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTG-TTTAATCGAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TCTC-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * * * * *
2173 TTGATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGAGTGACCA
127 TCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * ** * **********
2237 TAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTGC-ATGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTA
192 TAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAATAG-TTTTTTACTACATTCCTCAAAGCAGGCATTCAATTA
* ** * * * * *
2301 TAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATTTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGGGATTAAAAAATA
256 TAATCTGTTTTAAC-AAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATA
*
2365 ATTTAAAGCGAGTAATAAGG
320 ATTTAAAGCGAGTAATAAGT
* * * * * * * *
2385 CTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTACCTTTTTCTTCATATT
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTT
* * * * * **
2450 TCTTGAGGTACATATTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAANN
65 TC-TCAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAA
******** * *
2514 NNNNNNNNGAGATTATAAAACAATTTAAAAC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTA
127 TCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * * * * ** ** * * **
2578 TAAATAGATTTTTCTTACTAATGGAT-GTCTTTTATTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTCAATT
192 TAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAATAGTTTTTTACTACA--TTCCTCAAAGCAGGCATTCAATT
** * * * * * * * * *
2642 ATTGTCTGTTTTAACTAAACATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTAT-AAATC
255 ATAATCTGTTTTAACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAAAT-
* *
2706 GATTTAAAGCGAGTAATAAGG
319 AATTTAAAGCGAGTAATAAGT
** * ** *** *
2727 CTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAACGGACTTTTCTT-CTCAATGAATATATTTTTTACACT-T
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTTTTCA-TGT
* ** * * * *
2790 TTTTCAAGGCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAAAT-AAAAAAA---AATCTTAAA
64 TTCTC-AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAATTCAAAAAAATTCAA-CTTAAA
* * * * * *
2851 ATCAATT-TTATGATTATAAAATAATTTAAAGC-GTGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATGGGTGAC
126 ATCAATTATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
********** * * * * * * * ** *
2914 TANNNNNNNNNNTTTCTTGCCAATG-ATTGCCTTTTT-CTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTT
190 TATAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAATAG-TTTTTTACTACA---TTCCTCAAAGCAGGCATTC
** * * * * * * * * *
2976 AATTATTGTCTATTTTAATTAAAA-ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
251 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATA
*
3040 AAATAATTTAAAGCGTGTAATAACG-
315 AAATAATTTAAAGCGAGTAATAA-GT
* * * * ** *
3065 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACACCTTTTTCTTTACT-T
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCA-TGT
* * * * * * *
3129 TTCCTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACAATTTAACTTAAA
64 TT-CTCAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAC-AAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ********** * * *
3193 ATTAATTATGAGTTTATANNNNNNNNNNAAGC-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACG
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* ** * * * *
3257 ATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTTTAC-ACGTTTCTC-AAGCCGAGCATTCAA
191 ATAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAATA--GTTTTTTACTACATTCCTCAAAGCAG-GCATTCAA
* * ** * * * *
3320 TTATAGTTTGTTTTCAACAAAAGTTA-AAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
253 TTATAATCTGTTTT-AACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAA
3383 ATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGT
317 ATAATTTAAAGCGAGTAATAA-GT
* * * * *
3407 TTTTTAAA-AAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTT
* * * * * *
3471 TCTTGAGGTAGATATTCAAATATTATC-GATTTTAATTAAAAA-TCTAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TC-TCAGGTAAACATTCAATTATTGTCTG-TTTTAA-CAAAAATTC-AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
3534 ATTAATTATGAGACTATAAAATAATTTTAAA-C-GAATAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGAC
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * ** * * * * ***
3597 TATAAAAAGACTTTTCTTACCAACAAAT-GTGTGTTT-CTTCATGT-TTCTAGAAGTAAAAATTC
190 TATAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAATAGT-TTTTTACTACAT-TCCTC-A-AAGCAGGCATTC
* * * * * * * * **********
3659 AATTATAGTATGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAA
251 AATTATAATCTGTTTTAACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAA
* *
3724 AATAATTTAAAGCGAGTAATGAGG
316 AATAATTTAAAGCGAGTAATAAGT
** * ************
3748 CTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTNNNNNNNNNNCACCTTTTTCTTCACT-T
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCA-TGT
* * * * * *
3812 TTCTTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTGAAA
64 TTC-TCAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAC-AAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********* * *
3876 ATTAATTATGAG-TNNNNNNNNNNATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTC
126 ATCAATTATGAGAT-TATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * * * * * ** *
3939 CATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTGCTTTTTT--TGCATGTTTCTCATGGCAAGCATTCA
190 TATAAATAGAATTTTCTTCCCAATGAATAG-TTTTTTACTACA--TTCCTCAAAGCAGGCATTCA
* * * * * *
4002 ATTATAGTCTGTTTTAACCGAAA-ATTCAAAAAAATT-TACTTTAAAATCAATTTTGGGATTATA
252 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAACATACAAAAACATTCAAC-TCAAAATCAATTTTGGGATTATA
* * *
4065 AAACAATTTTAAGCGAGTAATAAGG
315 AAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGT
4090 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG
1 CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTG
4129 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2837, Mismatches: 799, Indels: 293
0.72 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 36 0.01
337 147 0.05
338 269 0.09
339 147 0.05
340 564 0.20
341 863 0.30
342 759 0.27
343 40 0.01
344 11 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTT
CTCAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
TAGAATTTTCTTCCCAATGAATAGTTTTTTACTACATTCCTCAAAGCAGGCATTCAATTATAATC
TGTTTTAACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAA
AGCGAGTAATAAGT
Found at i:2568 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 1--4128 Score: 1786
Period size: 682 Copynumber: 6.1 Consensus size: 677
* * * * *
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATG-CTTTTTTTTAT
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAAT
* * * * ********
65 GTTTCTCGAGGTAAACATTCGATTATAGTCT-GTTTTA-GNNNNNNNNNNGAAAAAATTCAACTT
66 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAGTTTAACG---AAAAATACAAAAAATTCAACTT
*
128 AAAATCAA-ATATGAGATTATAAAACAATATAAAGTC--AGTAATAAGGCTATT-GAAGGAATGA
128 AAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CGAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGAATGA
* * * * * * * * ***
189 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAACGAATGCGTTTTTCT-TCACGTTTCTCCAAGTAAAA
190 GTGACCATAAATAGAATTTTCTT-CTCAATGAAT-AGTTTTT-TAGCACGTTCCTCAAAGTAGGC
* * * * * * * *
252 ATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCCAAAA-ATAGAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
252 ATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAACATACAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGAT
* * ********* * * *
316 TATAAAACAATTTAAAGCAAGTNNNNNNNNNNTTT-AAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGACTTT
316 TAAAAAACAATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAAATGGAC--T
** * ** * *
379 TCTTCTTAATGAATTGCTTTTTTGGCACATTCCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTC
378 T-TTCTTAATGAATACCTTTTTTTGCACATTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * **
444 ACAAAATATGT--AAAACATGT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGA
442 ACAAAACAT-TCAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGA
********** * * * *
506 GTNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-GAAATTTTTTTCTCAATGAAT-AGTTTT
505 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTTCCCAATGAATGA-TTTT
* * * * * *
569 GTTT-ACACTTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTGTGTTTTAACC-TAAAATTTAAAAATA
568 -TTTCACACATTTCTAAAGGCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCAT-AAATGT-AAAA-A
* * * *
632 TTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAAT
629 -TTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
*********** * * ** * ** *
682 AAGGCTTTTAAAANNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTACCGATTAATGATTTTTTTTTAT
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAAT
* * * * * * *
747 GTTTCTCGAGGAAAACATTCGATTATAGTCTA-TCTTAGCCAAAGATGTA-AAAAAATTCAACTT
66 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAGT-TTAACGAAA-A-ATACAAAAAATTCAACTT
********** * * * *
810 AANNNNNNNNNNGAGATTATAAAATATTTTAAAGCG-AGTAATAAGGATTT-GAAGGAATGGGTG
128 AAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTG
* * * * * * * * **
873 ACTATAAGT-GAACTTCTCTTGCT-AACGAATACATTTTTCT-TCACGTTTCTCTAAGT-GAAAA
193 ACCATAAATAGAA-TTTTCTT-CTCAATGAATA-GTTTTT-TAGCACGTTCCTCAAAGTAG-GCA
* ** ********* *
934 TTCAATTATAGTCTG-TTTAAGCTAAAA-ATGTAAAANNNNNNNNNNT-AAAATCAATTATGAAA
253 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-AAAACATACAAAA-AAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
996 TTATAAAACAATATCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-GAGCAACTAT-AAATGGACTT
315 TTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA-TAAATATAAAATGGAC-T
* * ** * * *
1059 TTTCTCAATGAGTAGTTTTTTTTGCACGTTTTACGAT-GTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTA
378 TTTCTTAATGAATACCTTTTTTTGCACATTTTTC-ATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* ** ********** * **
1122 A-AAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAATAATTTAAAGTGAGT
442 ACAAAACATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGT
* ** * *
1185 AGTAAACCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGATTTTTTTC
507 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTC
* *******
1250 ACACATTTCTAAAGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCATAAATNNNNNNNNNNTTAAC
572 ACACATTTCTAAAGGCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCATAAAT---GTAAAAATTAAC
*
1315 TTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAAT
634 TTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
*
1359 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAAT
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAAT
* * *
1424 GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAA
66 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAGTTTAACGAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
1489 ATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
131 ATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACC
* *
1554 ATAAATAGAATTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTAGTACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCAGTTA
196 ATAAATAGAATTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTAGCACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCAATTA
* * * *
1619 TAATTTGTTTTAACAAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
261 TAATCTGTTTTAACAAAACATACAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAA
* * * * * * ********
1684 TTTAAAGCGAGTATTAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCTTAATGA
326 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAA--ATGGACTTTTCTTAATGA
* *
1749 ATAGCTTTTTTTGCACGTTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAACATTCA
389 ATACCTTTTTTTGCACATTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAACATTCA
******************
1814 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNN
454 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
1879 NAAGGAATGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTTACTCATTTTTG
519 GAAGGAATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTCACACATTTCTA
* * *******
1943 AAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAAT
583 AAGGCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAA---TTAACTTAAAATCAAT
2008 TTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
645 TTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * *
2041 AAGTTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTCTTTCA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT-TTTAA
*
2106 TGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCT-GTTTAATCGAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT
65 TGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAGTTTAA-CGAAAA-ATACAAAAAATTCAACTT
** ** * * *
2169 AAAATTGATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGAGTG
128 AAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTG
* * * * **********
2233 ACCATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTT-GCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTCA
193 ACCATAAATAGAATTTTCTTCTCAATGAATAG-TTTTTTAGCACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCA
* ** * * * *
2297 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATTTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGGGATTAAAA
257 ATTATAATCTGTTTTAAC-AAAACATACAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAA
*
2361 AATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATAT-AAATGGACTTTTCTTGC
321 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAAATGGACTTTTCTT--
* * * *
2425 CAATGATTACCTTTTTCTT-CATATTTCTTGA-GGTACA-TATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAT
384 -AATGAATACCTTTTT-TTGCACATTT-TTCATGGTA-AGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-
* **********
2486 TAAAA-ATAT-AAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGT
443 CAAAACAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGT
* * * *
2549 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGA-TTTTTCTTACTAATGGATG-TCTTTTA
507 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TTCCCAATGAATGAT-TTTT-
* ** * ** * * * * * *
2612 TT-TCATGTTTGTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTA-AACATATAAAAAAATT
569 TTCACACATTTCTAAAGGCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCATAA-ATGT--AAAAATT
* * * * *
2675 GAACTTAAAATTAATTATGAGTTTAT-AAATCGATTTAAAGCGAGTAAT
631 -AACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAAT-AATTTAAAGCGAGTAAT
** * ** *
2723 AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAACGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT--ATATTTTTTA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGCCT-TTTTTTA
* ** * * * *
2785 CACT-TTTTTCAAGGCGAGCATTCAATTATAGT-TTGTTTTAATCAAAAAATA-AAAAAA---AA
64 -A-TGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAG-TTTAA-CGAAAAATACAAAAAATTCAA
* * * * * **
2844 TCTTAAAATCAAT-TTTATGATTATAAAATAATTTAAAGCG-TGTAATAAGGGTTTTAAAGGAAT
125 -CTTAAAATCAATAATGA-GATTATAAAACAATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT
* * ********** * * * * *
2907 GGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTGC-CAATG-ATTGCCTTTTTCT-TCATGTTTCCT-GAGGT
188 GAGTGACCATAAATAGAATTTTCTT-CTCAATGAATAG--TTTTT-TAGCACG-TTCCTCAAAGT
** * ** * * * * * *
2968 AAACATTTAATTATTGTCTATTTTAATTAAAA-ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATG
248 AGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAACATACAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
3032 AGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGAC
312 AGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAAATGGAC
* * * *
3096 TTTTCTTACCAATGAACACCTTTTTCTT-TAC--TTTTCCTGAG-ATAGACATTCAATTGTAGTC
377 TTTTCTT---AATGAATACCTTTTT-TTGCACATTTTTCATG-GTA-AG-CATTCAATTATAGTC
* * * * *********
3157 TGTTTTAACTAAAA-ATGT-AAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATANNNNNNNNN
435 TGTTTTAAC-AAAACAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
* * * * * * * *
3220 NAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAAT-
498 AAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCCCAATGAATG
* * * * * *
3284 ATCTTTTTTTACACGTTTCTCAA-GCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTCAA-CA-AAA-GTT
563 AT-TTTTTTCACACATTTCTAAAGGCAGA-CATTCAAATATAGTCTGTTTT-AACCATAAATG-T
* *
3345 AAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
624 ---AAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
3402 AAGGTTTTTTAAA-AAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTC
1 AAGG-CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTA
** * * * * * * **
3466 ATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAAATATTATCGATTTTAATTAAAAAT-CTAAAAAAATTCAACT
64 ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAGTTTAACGAAAAATAC--AAAAAATTCAACT
* * * * *
3530 TAAAATTAATTATGAGACTATAAAATAATTTTAAA-CGAA-TAATAAGGCTTTTC-AAGGAATGG
127 TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAA-TTTAAAGCGAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGA
* * * ** * * * *
3592 GTGACTATAAAAAGACTTTTCTTAC-CAACAAAT-GTGTGTTTCT-TCATGTTTCT-AGAAGTAA
190 GTGACCATAAATAGAATTTTCTT-CTCAATGAATAGT-T-TTT-TAGCACGTTCCTCA-AAGTAG
** * * * * * * * *******
3653 AAATTCAATTATAGTATGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNN
250 GCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAACATACAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGA
**** * * ** * * *
3718 NNNTAAAATAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGACTTT
315 TTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAAATGGACTTT
******** * *
3782 TCTNNNNNNNNNNCACCTTTTTCTT-CAC--TTTTCTTGAG-ATAGACATTCAATTGTAGTCTGT
380 TCT---TAATGAATACCTTTTT-TTGCACATTTTTCATG-GTA-AG-CATTCAATTATAGTCTGT
* * *********
3843 TTTAACTAAAA-ATGT-AAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTATGAG-TNNNNNNNNNNATTTAA
438 TTTAAC-AAAACAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACAATTTAA
* * * * * * * *
3905 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGTCCATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTGC
500 AACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCCCAATGAA-TGA
* ** * * *
3970 TTTTTTT-GCATGTTTCTCATGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCGA-AAAT-TCAA
564 TTTTTTTCACACATTTCTAAAGGCAGA-CATTCAAATATAGTCTGTTTTAACC-ATAAATGT---
* * *
4031 AAAAATTTACTTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACAATTTTAAGCGAGTAAT
624 AAAAATTAAC-TTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
4086 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTG
4129 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2662, Mismatches: 649, Indels: 269
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
675 2 0.00
676 48 0.02
677 363 0.14
678 72 0.03
679 261 0.10
680 342 0.13
681 266 0.10
682 709 0.27
683 492 0.18
684 106 0.04
685 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (677 bp):
AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTAAT
GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTAGTTTAACGAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACC
ATAAATAGAATTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTAGCACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACAAAACATACAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAAATGGACTTTTCTTAATGAAT
ACCTTTTTTTGCACATTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAACATTCAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTCACACATTTCTAAAG
GCAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGGG
ATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:3661 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 979--3784 Score: 2104
Period size: 512 Copynumber: 5.5 Consensus size: 508
969 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
979 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAATATCAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGCA
1 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
1044 ACTATAAATGGAC-TTT-TT-CTCAATGAGTAGT-TTTTTTTGCACGTTT-TACGATGTAAACAT
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATAAAT-GTCTTTTCTT-CATGTTTCTA-GAAGTAAACAT
* * * **********
1104 TCAATTATAGTCTG-TTTAA-AAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNN
127 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTAT
** * * ** * * * *
1166 AAAATAATTTAAAGTGAGTAGTAAACCCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTT
192 AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
1230 CTCAATGAATGAT-TTTTTTCACACATTTCTAAAG--GTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTAA
256 CTCAATGAAT-ATCTTTTTT-ACACGTTTCTCAAGCCG-AG-CATTCAATTATAGTTTGTTTTAA
* ********** * *
1292 CCATAAATNNNNNNNNNNTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAGTTTAAAGCGAGTA
317 -CAAAAAT-TAAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTA
* * *
1357 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TT
380 ATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTT
* * * * * * *
1421 AATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATA-CAAAAAATTCAACT
444 CATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
1485 TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
1 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * ** * * **
1550 GACTATAAATAGAATTTTCTT-CTCAATGAATAGTTTTTTAGT-ACGTTCCTCA-AAGTAGGCAT
65 GACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATAAAT-GTCTTTTCTTCATGTTTCT-AGAAGTAAACAT
* * * * * * * * *
1612 TCAGTTATAATTTGTTTTAAC-AAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
127 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTA
* * * * * **********
1676 TAAAACAATTTAAAGCGAGTATTAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTT
191 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *** *
1741 CTTAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
256 CTCAATGAATATC-TTTTTTACACGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAA
* * * * *********
1806 AACATTCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTNNNNNNNN
320 AA-ATTAAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATA
********* * * * * *
1871 NNNNNNNNNAAGGAATGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTTTTCCCAATGAATG-ATTTTT-TTTA
383 AGGCTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCA
* * *** ** * * ******
1933 CTCATTT-TTGAAGGCAGGCATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAACCATAAATGTAAAAANNNNNN
446 -T-GTTTCTTG-AGGTAAATATTCAATTATTA-TC-GATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCA
***
1995 NNN
506 ACT
* * * * ** *
1998 NAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTTAAAGGAATGGGTG
1 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
2063 ACTATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTCTTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTC
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTC-TTCATGTTTCT-AGAAGTAAACATTC
* * * * * *
2127 AATTATTGTCTG-TTTAA-TCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTTTGAGTTTATA
129 AATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATA
* * * *
2190 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCT
193 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * ********** *
2255 CAATGAATAGCTTTTTTGCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
258 CAATGAATATCTTTTTTACACGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAAC-AAAA
* * * * *
2320 ATTTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGGGATTAAAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
322 ATTAAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * *
2385 CTTTTAAAGGAATGGATAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTACCTTTTTCTTCATATT
386 CTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTT
*
2450 TCTTGAGGTACATATTCAATTATTATCTG-TTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
450 TCTTGAGGTAAATATTCAATTATTATC-GATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
********** * * **
2509 TAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTG
1 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** * * * *
2574 ACTATAAATAGATTTTTCTTACTAATGGATGTCTTTTATTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTCA
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTT-CTTCATGTTTCTAGAAGTAAACATTCA
* *
2639 ATTATTGTCTGTTTTAACTAAACATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAA
130 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAA
* * *
2704 TCGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAACGGACTTTTCTTCTCA
195 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCTCA
* * * * *
2769 ATGAATATATTTTTTACACTTTTTTCAAGGCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAAA
260 ATGAATATCTTTTTTACACGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CAAAAAT
* *
2834 TAAAAAAAAAT--CTTAAAATCAATTTT-ATGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGGT
324 TAAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
**********
2896 TTTAAAGGAATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTC
388 TTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * *
2961 CTGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACT
452 TTGAGGTAAATATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
3018 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* ** * *
3083 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACACCT-TTTTCTTTACT-TTTCCT-G-AGATAGACA
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-AA-ATGTCTTTTCTTCA-TGTTT-CTAGAAG-TAAACA
* * * *
3144 TTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTA
126 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTA
********** * * *
3209 TANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACCTTTCTT
191 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT
*
3274 CCCAATGAATATCTTTTTTTACACGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTCAACA
256 CTCAATGAATATC-TTTTTTACACGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTT-AACA
*
3339 AAAGTTAAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAA
319 AAAATTAAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
3404 GGTTTTTTAAA-AAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTCAT
384 GG-CTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCAT
* * *
3468 GTTTCTTGAGGTAGATATTCAAATATTATCGATTTTAATTAAAAATCTAAAAAAATTCAACT
447 GTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
3530 TAAAATTAATTATGAGACTATAAAATAATTTTAAA-CGAATAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGT
1 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
3594 GACTATAAAAAGACTTTTCTTACCAACAAATGTGTGTTTCTTCATGTTTCTAGAAGTAAAAATTC
65 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGTCT-TTTCTTCATGTTTCTAGAAGTAAACATTC
* * * * **********
3659 AATTATAGTATGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAA
129 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAA
** * * * *
3724 AATAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
194 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCT
3785 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1799, Mismatches: 439, Indels: 118
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
506 32 0.02
507 36 0.02
508 27 0.02
509 371 0.21
510 110 0.06
511 455 0.25
512 683 0.38
513 85 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
TAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTCTTCATGTTTCTAGAAGTAAACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCTCAA
TGAATATCTTTTTTACACGTTTCTCAAGCCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAATTA
AAAAAAAATAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
AAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
GGTAAATATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
Found at i:3831 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1311--4127 Score: 1901
Period size: 512 Copynumber: 5.5 Consensus size: 506
1301 NNNNNNNNNT
* *
1311 TAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
1 TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
* * * * * *
1376 GGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTAATGTTTCTCGAGGTAAAC
66 -GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAAT
* * * * * *
1440 ATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATA-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
130 ATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
* *
1504 ATAAAACAA-TTTAAAGCGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTT
195 ATAAAATAATTTTAAA-C-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
** * * * ** * * *
1568 CTT-CTCAATGAATAGTTTTT-TAGT-ACGTTCCTCAAAGTAGGCATTCAGTTATAATTTGTTTT
258 CTTAC-CAACAAAT-GTTTTTCT--TCATGTTTCT-GAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * * * *
1630 AAC-AAAACATACAAAAACATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA
318 AACTAAAA-ATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTA--AGAGTATAAAATAATTTAAAGCGA
* * * ********** ** *
1694 GTATTAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTCTTAATGAATAGCTTTTT
380 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTT
* * *** * *
1759 TTGCACGTTTT-TCATG-GTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAACATTCAAAAAAAT
445 TT-CAC-TTTTCTTAAGACCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATTAAAAAAAAA
* * ******************
1821 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGAA
1 T-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * * * *
1886 TGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTTTTCCCAATGAATG-ATTTTT-TTTACTCATTT-TTGAAGG
65 TG-GTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCA-T-GTTTCTTG-AGG
* *** ** * * ********** * *
1947 CAGGCATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAACCATAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTT
125 TAAATATTCAATTATTA-TC-GATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
* ** *
2010 TGGGATTATAAAATAA-TTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
188 TGAGATTATAAAATAATTTTAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG
* * * * ** * *
2074 ATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTCTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTG
252 ACTTTTCTTACCAACAAATGT-TTTTC-TTCATGTTTCTGAA-GTAAACATTCAATTATAGTCTG
* * * * ** **
2139 -TTTAA-TCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAA
314 TTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTAAGAG--TATAAAATAATTTAAA
* * * * * * *
2202 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCT
376 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCT
* ********** *
2267 TTTTTGCA-TGTTTC-TNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAA
441 TTTTTTCACT-TTTCTTAAGACCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAA
*
2330 AT
505 AA
* * *
2332 TAAACTTAAAATTAATTTTGGGATTAAAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
1 T-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * * * *
2397 TGGATAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTACCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTACA
65 TGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAA
**********
2462 TATTCAATTATTATCTG-TTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGA
129 TATTCAATTATTATC-GATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
* * ** *
2526 TTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGATTTTT
193 TTATAAAATAATTTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* *** * * * *
2591 CTTACTAATGGATGTCTTTTATTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA
258 CTTACCAACAAATGT-TTTT-CTTCATGTTT-CTGAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
2656 CTAAACATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAATCGATTTAAAGCGAGTA
320 CTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTAAGAGTATA-AAAT-AATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
2721 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACGATAAACGGACTTTTCTTCTCAATGAATATATTTTTTAC
383 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTTTC
* * *
2786 ACTTTT-TTCAAG-GCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TCAAAAAATAAAAAAAAA
448 ACTTTTCTT-AAGACCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATTAAAAAAAAA
* *
2844 T--CTTAAAATCAATTTT-ATGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGGTTTTAAAGGAA
1 TAACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
********** *
2906 TGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAA
65 T-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAA
* * * * *
2971 CATTTAATTATTGTCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAT
129 TATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
* * *
3036 TATAAAATAA-TTTAAAGCGTGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
194 TATAAAATAATTTTAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** * * *
3100 CTTACCAATGAACACCTTTTTCTTTACT-TTTCCTG-AGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
258 CTTACCAA-CAA-ATGTTTTTCTTCA-TGTTT-CTGAAG-TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * **********
3163 AACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATANNNNNNNNNNAAGCGAG
318 AACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTAAGAG--TATAAAATAATTTAAAGCGAG
* *
3228 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTT
381 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTT
* * * *
3293 TACACGTTTCTCAAG-CCGAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTCAAC-AAAAGTTAAAAAAAAA
446 T-CACTTTTCTTAAGACCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACTAAAAATTAAAAAAAAA
* *
3354 TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTTAAA-AAA
1 TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGGAA
* *
3418 TAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
65 T-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAA
* * *
3483 TATTCAAATATTATCGATTTTAATTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAC
129 TATTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
* * *
3548 TATAAAATAATTTTAAACGAATAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAAAAGACTTTTC
194 TATAAAATAATTTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * *
3613 TTACCAACAAATGTGTGTTTCTTCATGTTTCTAGAAGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTAGC
259 TTACCAACAAATGT-T-TTTCTTCATGTTTCT-GAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * ********
3678 AAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAATAATTTAAAGCGAGTAA
321 TAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAAT--TAAGAGTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAA
* * * *********** *
3743 TGAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTNNNNNNNNNNCACCTTTTTCTTC
384 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTT-TTC
* ** * *
3808 ACTTTTCTTGAGATAGA-CATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAAT
448 ACTTTTCTTAAGACCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAAAA
* * * ********* *
3866 TCAACTGAAAATTAATTATGAG-TNNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 T-AACTTAAAATCAATTTTGAGAT-TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
* * * *
3930 ATGGGTGTCCATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTG-CTTTTT-TTGCATGTTTC-TCATG
64 AT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATG-ATTGCCTTTTTCTT-CATGTTTCTTGA-G
* ** *** * *
3991 GCAAGCATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAACCGAAAAT-TCAAAAAAATT-TACTTTAAAATCAA
124 GTAAATATTCAATTATTA-TC-GATTTTAATTAAAAATAT-AAAAAAATTCAAC-TTAAAATTAA
* * * * *
4052 TTTTGGGATTATAAAACAATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
185 TTATGAGATTATAAAATAATTTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
4117 -GAACTTTTCTT
250 AG-ACTTTTCTT
4128 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1797, Mismatches: 428, Indels: 161
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 6 0.00
509 342 0.19
510 78 0.04
511 344 0.19
512 747 0.42
513 275 0.15
514 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATA
TTCAATTATTATCGATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
TAAAATAATTTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
ACCAACAAATGTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTAAGAGTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTTTCACTTTTCT
TAAGACCGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAAAAA
Found at i:5473 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4412--5646 Score: 730
Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
4402 NNNNNNNNNN
* * *
4412 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATCCTTATTACAT-GCTTTAAATTATTTTATAAT
1 AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATTATTTTATAAT
* * *
4476 CACAAAATTGATTTTAAGTT--ATTTTTTT-TAGTTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGC
65 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGC
* * * * *
4538 CCACCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGAT-ATTCATTGAGAAGAAA
129 CTACCTTCAAAAACATG-AAAAAAA-ATCATTCATTGGGAA-AAA
* * ** * ** *
4582 AA-CCCGTTTATCTTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATCGTTTTATAAAC
1 AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
* * * ********** **
4646 TCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTNNNNNNNNNNACAGACAATAATTGAATGTT
66 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCC
* * * * * *
4711 TATC-TCGACAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTAGCAAGAAA
130 TACCTTC-AAAAACATGAAAAAAAA-TCATTCATTGGGAA-AAA
* * *
4754 AA-T-CTATTTGTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAAT
1 AAGTCCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAT
********** * * **
4817 NNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATATC
65 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCC
* * * *
4882 TACC-TCAAGAAACATG-AAGAAAATGGCAATCATTGGCAAGAA
130 TACCTTCAA-AAACATGAAAAAAAAT--CATTCATTGGGAAAAA
* * * * *
4924 AAGTCCATTTATATTTACCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
1 AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
* * * *
4989 -CAAAATTGTTTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCC-
66 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCT
***************** * * *
5052 NNNNNNNNNNNNNNNNCAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAA
131 ACCTTCAAAAACATGAAAAAAAATC-ATTCATTGGGAAAAA
* * * * * ** *
5093 AAGTCCATTTATGGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAC
1 AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
** * * * * * **
5158 TCAAAATCAATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTCAGTT-ATACAGACAATAATTGAATGTTT
66 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCT
* * * * *
5222 ACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTAGCAAAAA
131 ACCTTCAAAAACATGAAAAAAAA-TCATTCATTGGGAAAAA
* ********* *
5263 AAAT-CTATTTATAGTCANNNNNNNNNNT-AAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAA
1 AAGTCCT-TTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAA
* * * * *
5326 TCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGAATGC
64 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGC
* ** *
5391 CTGCCTTCAAAAATGTGTAAAAAAATCATTCATTGGGAAAAA
129 CTACCTTCAAAAACATGAAAAAAAATCATTCATTGGGAAAAA
* * * * **********
5433 AAGTCCTTTTATTGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTANNNNNNNNNNTAATC
1 AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
* *
5498 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGA-ATATTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
66 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATAT-TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGC
* * * * *** *
5561 TTACCTT---AAACATGCAAAAATAGCTATTCATCAAGAAGAA
129 CTACCTTCAAAAACATGAAAAAAAATC-ATTCATTGGGAAAAA
*
5601 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
1 AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
5647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 255, Indels: 58
0.71 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.02
168 54 0.07
169 152 0.19
170 297 0.38
171 156 0.20
172 109 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCT
ACCTTCAAAAACATGAAAAAAAATCATTCATTGGGAAAAA
Found at i:5514 original size:510 final size:495
Alignment explanation
Indices: 4557--5560 Score: 964
Period size: 510 Copynumber: 2.0 Consensus size: 495
4547 GAAACGTGTA
* * *
4557 AAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAACCCGTTTATCTTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTT
1 AAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAACCCATTTATCGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTT
* * * * * ******
4622 CTCGCTTTAAATCGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTNNNNNN
66 CTCGCTTTAAATCGTTTTATAAACTCAAAATCAATTTCAAGTTCAATTTGTTTTACATTATTCAG
**** * *
4687 NNNNACAGACAATAATTGAATGTTTATCTCGACAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTAGCAAGA
131 TTATACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCGACAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTAGCAAAA
* * *
4752 AAAATCTATTTGTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAAT
196 AAAATCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAT
********** * * * *
4817 NNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATATC
261 CTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATAATTAAAACAGACAATAATTGAATACC
* *
4882 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACCCATT
326 TACCTCAAGAAACATGAAAAAAAT-GCAATCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTTACCCATT
* * * *
4947 CCTTTAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCAAAATTGTTTTTAAGTTTAATT
390 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT
5012 TTTTTAAAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNC
455 TTTTTAAATATTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCC----------------C
* ** *
5069 AAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAACCCATTTATCGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATT-
* * *
5134 T-TTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATCAATTTCAAGTTGAA-TTGTTTTACATT-TTCA
65 TCTCGCTTTAAATCGTTTTATAAACTCAAAATCAATTTCAAGTTCAATTTGTTTTACATTATTCA
* * *
5196 GTTATACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTAGCAAA
130 GTTATACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCGACAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTAGCAAA
*********
5261 AAAAATCTATTTATAGTCANNNNNNNNNNT-AAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA
195 AAAAATCTATTTATAGTCA-CCCATTTCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA
** * *
5325 ATCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGAATG
259 ATCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATAATTAAAACAGACAATAATTGAATA
* ** * *
5390 CCTGCCTTCAA-AAATGTGTAAAAAAAT-CATTCATTGGGAAAAAAAGTCC-TTT-TATTGTCAC
324 CCTACC-TCAAGAAACATG-AAAAAAATGCAATCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATT-T-AC
* ********** *
5451 TCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
385 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATC-CAAAATTGATTTTAAGT
*
5516 TGAATTTTTTTGAATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
449 TGAATTTTTTTAAATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
5561 TTACCTTAAA
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 83, Indels: 18
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
507 4 0.01
508 4 0.01
509 55 0.14
510 215 0.54
511 26 0.06
512 96 0.24
513 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (495 bp):
AAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAACCCATTTATCGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTT
CTCGCTTTAAATCGTTTTATAAACTCAAAATCAATTTCAAGTTCAATTTGTTTTACATTATTCAG
TTATACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCGACAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTAGCAAAA
AAAATCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAT
CTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATAATTAAAACAGACAATAATTGAATACC
TACCTCAAGAAACATGAAAAAAATGCAATCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTTACCCATTC
CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTAAATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCC
Found at i:8530 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7502--9317 Score: 1227
Period size: 172 Copynumber: 10.6 Consensus size: 169
7492 NNNNNNNNNN
* * * *
7502 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTAAAA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TAC
* * * ** * *
7566 ATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATACCTGCCTTGA-AAAAAGTGTAA-ACAAAA-CTAT
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACA-TG-AAGA-AAAAGC-AT
* *
7628 TCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATT-TCTTCAAAA
125 TCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAA
********** * *
7673 GCCTTATNNNNNNNNNNAAATTGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * *
7737 TTTTTTG-TGAAAACAGACTATAATTAAATG-CTTACCTTAAGAAACGTGCCA-AAAAAGCTATT
66 TTTTTGGCT-AAAACAGACTATAATTGAATGTC-TA-CTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGC-ATT
* * *
7799 CATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAA
126 CA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
********** * * *
7843 NNNNNNNNNNTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTGAATTGTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * *
7907 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAAAAAAAGCATTCAT
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCAT
********** *
7972 TNNNNNNNNNNGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTT-AAAA
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAA
* * * * * * *
8013 GCCTCAATACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTACGTTAAATTGTTTTGA-
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTAC
* * * * * * * * *
8077 AATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATGTCTTGAGAAACGTGTAA-ACAAAGCAATCA
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCATTCA
* * * *
8141 TTGAG-AAGAAAAATCCATTTATGGTCACTCATTCTTTTAAAA
128 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* * * * *
8183 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCTTAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * ** *
8248 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCTTTCA
66 TTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACA-TGAAGAAAAA-GCATTCA
* *********
8312 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTT-AAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCTTTCAAAA
* * * * *
8354 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * *
8419 TTTTTGGCTAAAACATACTAATAATTGAATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCG
66 TTTTTGGCTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACTT-GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
* * *
8484 TTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCATAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
** * *
8526 GCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTGTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTAC
* * * * ** * *
8591 ATTTTTGGCTAAAACATACTATAATTGAATTTTTATTTGGAGAAATGTGAAGAAAAATTCATTCG
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTT-GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
*
8656 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
********** *
8698 NNNNNNNNNNTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * * * *
8763 -TTTCGAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGGCATTC
66 TTTTTG-GCTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-GCATTC
* * * *
8826 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCCATTTCTTTAAAAA
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAA
********* *
8870 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTNNNNNNNNNNA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
** * * *
8934 AAGTTTGGCTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGCAA-AAAAAGTTATTC
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATG-AAGAAAAAG-CATTC
* * * *
8998 A-TGGAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAA
127 ATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* * * * * *
9041 GCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTAC
* * ********* **
9106 ATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTNNNNNNNNNNCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTC
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATT-GAATGTCTACTTGAGAAACA-TGAAGAAAAA-GCATTC
* * * * *
9170 ATTGGTAAGCAAAGTCCATTTATAAAT-GCCCATTCATTTAAAAA
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTC-TTTCAAAA
* * * *
9214 GCCTTATTACTCGCTTTACATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTA-
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTAC
* * *
9278 AATTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTATCTTG
65 ATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTG
9318 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 325, Indels: 107
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.02
170 341 0.27
171 351 0.28
172 448 0.35
173 103 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
Found at i:9186 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 7983--9312 Score: 1189
Period size: 515 Copynumber: 2.6 Consensus size: 515
7973 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
7983 GTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAG-CCTCAATACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACT
* * * * * * * * * *
8047 CAAAATTGATTTTACGTTAAA-TTGTTTTGA-AATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATA
65 CATAATTAATTTCAAGTCAAATTTGTTTT-ACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTT
* ** * * * * ** *
8110 TGTCTTGAGAAACGTGTAA-ACAAA-GCAATCATTGAG-AAGAAAAATCCATTTAT-GGTCACTC
129 TATCTCAAGAAAAGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAAAT-ACCC
* * * * *
8171 ATTC-TTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCTTAATTAATTTTAAGTT
191 ATTCATTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
8235 AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAAAGTGAAGA
256 AAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTAAAGA
* * **********
8300 AAAAGGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTTAAAAGCCTTATTACT
320 AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * **
8365 CGCTTTAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGATGTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAA
385 CGCTTTAAATTATTTTATAATCTCGAAATTGATGTCAAGTTAAATTTTTTTAAAAGTTTGGCTAA
* * * *
8430 AACATACTAATAATTGAATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGGAA
450 AACAGACTAATAATTGAATGTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCGATGGCAAGAAA
8495 A
515 A
* * * * * *
8496 GTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCATAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTC
* ** *
8561 ATAATTGATTTCAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACATACTATAATTGAATTTTTA
66 ATAATTAATTTCAAGTCAAATTTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA
* ** * ** * **
8626 TTTGGAGAAATGTGAAGAAAAATTCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTC-
131 TCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAATACCCATTCA
* ********** *
8690 TTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATT
196 TTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * *
8755 TTTTTACATTTCGAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATA-TAAAGAAAAA
261 TTTTTACATTTTG-GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTAAAGAAAAA
8819 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCCATTTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGC
324 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* ********** * *
8884 TTTAAATTGTTTNNNNNNNNNNAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAAGTTTGGCTAAAAC
388 TTTAAATTATTTTATAATCTCGAAATTGATGTCAAGTTAAATTTTTTTAAAAGTTTGGCTAAAAC
* * * *
8949 AGAGT-ATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGCAA-AAAAA-GTTATTC-ATGGAGAAGAA
453 AGACTAATAATTGAATGTCTA-CTTGGAGAAACATG-AAGAAAAACG-CATTCGATGG-CAAGAA
9009 AA
514 AA
* *
9011 GTCCATTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTC
1 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTC
* * * * * *********
9076 ATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTNNNNNNNNN
66 ATAATTAATTTCAAGTCAAATTTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA
* * * *
9141 NCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGCAAAGTCCATTTATAAATGCCCATTCA
131 TCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAATACCCATTCA
* * * *
9206 TTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTAAATT
196 TTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-T
*
9271 TTTTTTAAATTTTGGTTAAAACAGA-ATATAATTGAATGTCTA
260 TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATA-ATAATTGAATGTCTA
9313 TCTTGNNNNN
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 152, Indels: 31
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 70 0.11
514 61 0.09
515 356 0.55
516 148 0.23
517 13 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (515 bp):
GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTC
ATAATTAATTTCAAGTCAAATTTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA
TCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAATACCCATTCA
TTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
TTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGG
CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATTATTTTATAATCTCGAAATTGATGTCAAGTTAAATTTTTTTAAAAGTTTGGCTAAAACAGA
CTAATAATTGAATGTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCGATGGCAAGAAAA
Found at i:10186 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9909--10282 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
9899 NNNNNNNNNN
** * *
9909 CTCGCTTTAAATTATTTTAT-AA-TCCTAAAATTTATTTTAAATTAATTTTTTGTAATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCT--AATTAATTTTAAATTAATTTTTTGTAATTGTTGGT
** * *
9972 TAAAACAAACTAAAATTGAATGTTCGCCTTGAGAAATGTGTAAAAAAAGATATTTATTGAGAAGA
64 TAAAACAAACTAAAATTGAATCCTCGCCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGATATTCATTGAGAAGA
* * * *
10037 AAAGTCCATTTATCTTCGCCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTA
129 AAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
10079 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCTAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTCATTGTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCTAATTAATTTTAA-ATTAATTTTTTGTAATTGTTGGTT
* * *
10144 AAAACAGACTATAATTGAATACCTC-CCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGA
65 AAAACAAACTAAAATTGAAT-CCTCGCCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGATATTCATTGAGAAGA
* * *
10208 AAAGTCCATTTTTGGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
10250 CTCGCTTTACATGGTTTTATAAACTCTTAATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCTAATTA
10283 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 25, Indels: 7
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 28 0.16
171 141 0.81
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCTAATTAATTTTAAATTAATTTTTTGTAATTGTTGGTTA
AAACAAACTAAAATTGAATCCTCGCCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAA
AGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Done.