Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399734.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2978.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6967
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.33
Warning! 841 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:322 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6--725 Score: 876
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
1 TTTGG
* * * * ** * **
6 TTAAGACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATTAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGGTATCCATTGATAAG
** *** **
71 AAAAGTATATTTATAGTCACGTTTTTCTT-AGAAAGCCTTATT-CTTC-GCTTTAAATGGTTTTA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA-AAAGCCTTATTAC-TCAG-TTTAAATGGTTTTA
* *
133 TGATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
177 TTAAAACAGATTATACTTGAATCTCTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGGTATCCATTGATAAG
* * * *
242 AAAGGTCCATTTATAGTTACCCATACCATCAAAAGCCTTATTACTCAGGTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAA
* *
307 TCTCATAAATGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTA
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
348 TTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGGATATCAATTGATAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGG-TATCCATTGATAA
* * * *
412 GAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTAT
*
476 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * *
519 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATTGAGAAAAAGATATTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGGTATCCATTGATAAG
* * * * * * ** *
584 AAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTAATGCTCATTTTAAATATTTTTCTAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAA
*
649 TTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTA
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
*
689 TTAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
726 TGTGAAGAAA
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 70, Indels: 15
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 47 0.10
171 417 0.88
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGGTATCCATTGATAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
Found at i:664 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6--737 Score: 975
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 341
1 TTTGG
* * * * * * * *
6 TTAAGACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATTAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAATATTCATTGACAAG
* *** * * *
71 AAAAGTATATTTATAGTCACGTTTTTCTTAGAAAGCCTTATTCTTCGCTTTAAATGGTTTTATGA
66 AAAAGTATATTTATAGCCACCCATTCCTTAGAAAGCCTTATTCTTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
136 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTTGAATCT
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATCT
* * * * *
201 CTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTTACCCAT
196 CTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAC
* *
266 ACCATCAAAAGCCTTATTACTCAGGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGATGAA
261 ACCATCAAAAGCCTTAATACTCAGGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGATGAA
331 TTTTTTTATATTTTTTA
326 TTTTTTTATA-TTTTTA
* * *
348 TTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGATA-TCAATTGATAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAATATTC-ATTGACAA
*
412 GAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTA
65 GAAAAGTATATTTATAGCCACCCATTCCTT-AGAAAGCCTTATT-CTTCGCTTTAAATGATTTTA
475 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * **
540 TGTCTACCTTGGGAAACATTGAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACC
193 TCTCTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACC
* * * ** * * * * *
605 CACACCTTCGAAAGCCTTAATGCTCATTTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTT
258 CACACCATCAAAAGCCTTAATACTCAGGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGAT
670 GAATTTTTTTATATTTTTA
323 GAATTTTTTTATATTTTTA
* *
689 TTAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAG
738 CCCATTTATA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 49, Indels: 7
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 54 0.16
342 282 0.83
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAATATTCATTGACAAG
AAAAGTATATTTATAGCCACCCATTCCTTAGAAAGCCTTATTCTTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATCT
CTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAC
ACCATCAAAAGCCTTAATACTCAGGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGATGAA
TTTTTTTATATTTTTA
Found at i:1251 original size:262 final size:258
Alignment explanation
Indices: 781--1265 Score: 636
Period size: 262 Copynumber: 1.9 Consensus size: 258
771 TTTTACTCGT
* * *
781 TTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATCTTTAATTAAAAA
1 TTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTAATTTCAAACTGAATTTTTTTATATCTTTAATTAAAAA
*
846 AATAACTGAATGTTTGCCTAGGAAAACCTAACAAAGAAACCATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATT
66 AATAACTGAATGTTTGCCTAGGAAAACCTAACAAAGAAACCATTCAGTAGTAAAAAAAGTCCATT
* * * * *
911 TATAGTCACCCACGCCTTCAAGAGCCTTATTATGTGCCTAAAATGTTTTTAGAATTTAGTAATTA
131 TATAGTCACCCACGCCTTCAAAACCCTTATTACGTACCTAAAATATTTTTAGAATTTAGTAATTA
*
976 TTTTTAGCTTGAATTTTTACACATTTTTGATTAAACGATGTCTTTGAAAGCCGTATTACTTGC
196 TTTTTAACTTGAATTTTTACACATTTTTGATTAAACGATGTCTTTGAAAGCCGTATTACTTGC
* * *
1039 TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAACTGAATTTTTTTCTATTTTTAATTCAAG
1 TTTAAATGA-TTTTAAAATCTCATAATTAATTTCAAACTGAATTTTTTTATATCTTTAATT-AA-
* * * * * * * *
1103 CAAATAATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAACTTGAAGAAA-AAGCCATTTAGTGGTAAGAAAAG
63 -AAA-AATAACTGAATGTTTGCCTAGGAAAACCT-AACAAAGAAACCATTCAGTAGTAAAAAAAG
* * *
1167 TCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAACCCTTATTACGTACCTAAAATATTTTTATAATCTT-
125 TCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAACCCTTATTACGTACCTAAAATATTTTTAGAAT-TTA
* *
1231 GTAATTGA-TTTTAACTTGAATTTTTATATATTTTT
189 GTAATT-ATTTTTAACTTGAATTTTTACACATTTTT
1266 TCTTAAAACA
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 26, Indels: 12
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
257 1 0.01
258 52 0.27
259 2 0.01
261 3 0.02
262 127 0.66
263 8 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (258 bp):
TTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTAATTTCAAACTGAATTTTTTTATATCTTTAATTAAAAA
AATAACTGAATGTTTGCCTAGGAAAACCTAACAAAGAAACCATTCAGTAGTAAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCACGCCTTCAAAACCCTTATTACGTACCTAAAATATTTTTAGAATTTAGTAATTA
TTTTTAACTTGAATTTTTACACATTTTTGATTAAACGATGTCTTTGAAAGCCGTATTACTTGC
Found at i:1301 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1029--1979 Score: 953
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
1019 TTGAAAGCCG
* * * * * * * *
1029 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAACTGAATTTTTTTCTATTTT
1 TATTACTCGC-TTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * * * * * * ** * * *
1094 TAATTCAAGCAAATAATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTTAGTGGT
65 TTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGC
* *
1159 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAACCCT
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCT
* * * * *
1200 TATTACGTAC-CTAAAATATTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTATATATTT
1 TATTAC-T-CGCTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTT
* * * * **
1264 TTTCTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGATACGTGAAGAAAAAGATATCTATTCA
64 TTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGG
* * *
1329 CAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAATCT
129 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCT
* **
1371 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTACATATTTT
1 TATTACTCGC-TTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
** * * * * *
1436 TGGTTAAAATAGATAACAATTGAATGTCTGCC-TGAAGAAACATGAAGAGAAAGATATCTACTGG
65 TTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGG
*
1500 CAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
129 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCT
* * *
1542 TATTA-TTGCTTTAAA-AGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTT
1 TATTACTCGC-TTAAATA-TTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * *
1605 TTTATTGAAACAGATTATAATTGAACGTCTACC-TCACGAAACGTAAAGAAAAAGAGATCCATTG
64 TTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTG
* * *
1669 GCAAGAAAAGTCCATTTATAATGACCCATGCCTTCAAAAGCCT
128 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCT
* *
1712 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGC-TTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * ** * * * *
1777 TTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAACCATGAAGAAAAAGATATCCATTTGT
65 TTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGC
* * *
1842 AAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAGACCT
130 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA-ACCT
* * * *
1883 TATTATTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGC-TTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
* *
1948 TTATTTAAAA-A-ATTATAATTGAATGTGTACCT
65 TTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT
1980 CGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 116, Indels: 29
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 169 0.26
171 461 0.71
172 17 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TATTACTCGCTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTT
TATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCT
Found at i:1700 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1022--1980 Score: 1140
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
1012 GATGTCTTTG
* * * * * * *
1022 AAAGCCGTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAACTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAA-TTAAATTTTTT
* * ** * * * * **
1087 C-TATTTTTAATTCAAGCAAATAATAACTGAATGTTTGCCTTG-GGAAACTTGAAGAAAAAGCCA
65 CATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCC-TGAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * * * * *
1150 TTTAGTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAACCCTTATTACGTAC-CTAA
129 TCTACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTGCTTTAA
* * * * *
1214 AATATTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTATATATTTTTTCTTAAAACAGAT
193 AA-GTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGAT
* *** * * * * *
1279 AATAATTGAATGTCTACCTTGGGATACGTGAAGAAAAAGATATCTATTCACAAGAAAAGTATATT
256 TATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTAAAGAAAAAGAGATCCATTCACAAGAAAAGTACATT
* *
1344 TATAGTCACCCATGCCTTTGA
321 TATAATCACCCATGCC-TTCA
* * * *
1365 AAA-TCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTAC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTC
* * * *
1429 ATATTTTTGGTTAAAATAGATAACAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAGAAAGATATC
66 ATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* *
1494 TACTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTGCTTTAAAAG
131 TACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTGCTTTAAAAG
*
1559 TTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTTTTATTGAAACAGATTATA
196 TTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* ** *
1624 ATTGAACGTCTACCTCACGAAACGTAAAGAAAAAGAGATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
260 ATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTAAAGAAAAAGAGATCCATTCACAAGAAAAGTACATTTATA
*
1689 ATGACCCATGCCTTCA
325 ATCACCCATGCCTTCA
*
1705 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTC
* * *
1770 ATATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAACCATGAAGAAAAAGATATC
66 ATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* * * * * *
1835 CATTTGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTT-TAAAGACCTTATTATTCGCTTTAAA
131 TACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CCTTATTATT-GCTTTAAA
* *
1899 TGTTTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAAA-A-ATT
194 AGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATT
*
1962 ATAATTGAATGTGTACCTC
257 ATAATTGAATGTCTACCTC
1981 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 81, Indels: 18
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.02
341 306 0.58
342 203 0.39
343 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTC
ATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
TACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTGCTTTAAAAG
TTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTCACGAAACGTAAAGAAAAAGAGATCCATTCACAAGAAAAGTACATTTATAA
TCACCCATGCCTTCA
Found at i:2440 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2080--2590 Score: 560
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
2070 NNNNNNNNNN
* * * *
2080 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAGATATTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-CTTGCTTTAAATAATTTTAT
* * * * * * *
2145 ATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAAATTTTTATTGAAATAGATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTTATTAAAAT-GATAATAATTGAAT
* * * * * * *
2210 GTCTACCTCGCGAAACGTGAAGAAGAAGATATCCATTTACA
129 GTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGACA
* ** * *
2251 AGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCCATGCATTCGAAAGCCTTTTTGCTCT-CTTTAAATAATTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-CT-TGCTTTAAATAATTTTA
2315 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATGACTAATAATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATGA-TAATAATTGA
*
2380 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAATATCTATTGACA
127 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGACA
* * *********
2423 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAACGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNN
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-CTTGCTTTAAATAATTTTAT
* * *
2488 NATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATAATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTTA-TTAAAAT-GATAATAATTGAA
*
2552 TGTCTGCCTCTGA-AAACATGAAGTAAAAGATATCTATTG
128 TGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTG
2591 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 47, Indels: 14
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 158 0.55
172 127 0.44
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTCTTGCTTTAAATAATTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTTATTAAAATGATAATAATTGAATGT
CTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGACA
Found at i:2989 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2695--4062 Score: 808
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
2685 NNNNNNAGGT
* * * * *
2695 ATGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGACAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* * * * * *
2760 ACATTCAATTATTAGT-TATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAATTTAAAATCAATTGTGAG
66 ACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* *
2824 ATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGC
130 ATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
** * * * *
2866 ATGGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTCTTCTTCACGTTTCACAAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* *
2931 ACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-TAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* * * *
2995 AATAT-AAACATATATAAAGCA-AATAATAAGGCTTTTGAAGGC
130 ATTATAAAAC-TATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
********** * * * *
3037 ATGGGNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTACCAATGGATATC-TTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAC
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* ** * **********
3101 ACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACNNNNNNNNNNTTATAAGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* * * *
3165 TTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCCTTTAAAGGT
131 TTAT-AAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
* * * * ***
3206 ATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCAAATGGATATCTTTTTCTTCATGGTTCTTAAGGCAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* * * * * * *
3271 ACATTCAATTATTATTTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATAAG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* * *******
3335 ATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGNNNNN
130 ATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
***** * * * * * *
3377 NNNNNTCATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATCTCTTTTTCTTTACATTTCACGAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* ********** *
3442 ACATTCAATTATAATCTGTTTCANNNNNNNNNNTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
*
3507 TTATAAAAACT-TTTAAAGTA-AATAATAAGGCTTTTAAAGGC
131 TTAT-AAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
********* * **
3548 ATGGGTGACTATAANNNNNNNNNNTC-TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCA
1 ATGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCA
* * * * ** * * * *
3612 AACATTCAATTGTTATCTATTTTAACCAAAAATATGTAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* * *
3677 ATTATAAAAATATTTAAA-ACAAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGT
130 ATTATAAAACTATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGC
* ** * * ***********
3719 ATGGGTGACTATACATATACTTTTCTTGCGAATAGATATCTTTTTCTTCACGTANNNNNNNNNNG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* ** * * **
3784 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGGAAAAATATATAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGA
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
** * * * * *
3849 TCCTAAAAATATTT-TAG-GCACGTAATAAGGGTTTTGAAGAC
131 TTATAAAACTATTTAAAGAG-A-GTAATAAGGCTTTTAAAGGC
* ** ** * * * * *
3890 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCTAGGGAA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
* * * * * ** * * * * * *
3955 ACATTCAGTTATTATTTGCTTGAATTAAAAAT-TGAAAACAATTCAGCTTGAAATTAATTATGAC
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
* * * *
4019 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTCAAAGGC
130 ATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
4061 AT
1 AT
4063 CGTTTAACCA
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 279, Indels: 60
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 82 0.09
170 114 0.13
171 676 0.76
172 14 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGCAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
Found at i:4851 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4547--5012 Score: 501
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
4537 NNNNNNNNNN
** **
4547 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAGTTATAAATAGACTTTT
1 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTAACTATAAATAGACTTTT
* * * **********
4612 CTTGCTAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACNNNNNNNNNNAATCTGCTTTAA
66 CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGCTTTAA
* * *
4677 TAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAA-CTATTTATGAGA
131 TAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATC-AATTATGAGA
** * * *
4718 TTATAAAA-CTATTTAACCCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTAACTATAAATGGGCTTT
1 TTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTAACTATAAATAGACTTT
* * *
4782 TCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGAGATTCAAGTATAATCTG-TTCT
65 TCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGCTT-T
4846 AATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
129 AATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * **
4889 TCATAAAATCATTTAAAGCGAAG-AATAAGGCTTTCT-AAGAAATGCGTGACTATAAATATACCA
1 TTATAAAATCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTT-TGAAGAAATGGGTAACTATAAATAGACTT
* * * * *
4952 TTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTG
64 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTG
5013 TCTTAACCAA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 46, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 235 0.97
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTAACTATAAATAGACTTTT
CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAGTATAATCTGCTTTAA
TAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
Found at i:6439 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5181--6659 Score: 849
Period size: 170 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
5171 GCATGGTTGA
** * * * * * *
5181 CTATAAATGGACTTTTCTCCCCAATGGATAT-TGTTTTCTTGACGTTTCTCGAGGTAGACACTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* * *
5245 ATTATAATCTGTTTTAGT-AAAAAATATAAAAAAACTCT-ACTTAAAGTCAATTATCG-GATTAT
65 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAA-T-TAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTTAT
* * * * **
5307 GAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATAT-GAGTAA
127 AAAATCATTT-AAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGA-TGG
* * * * * * **********
5352 ATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGGATTTCTTTTTCTTAATGTTTCNNNNNNNNNNCATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAA
* * * *
5417 TTATAATATGTTTTAAT--AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAA
66 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
* * *
5480 A-CTATTT-AACGCAAGTAATAAGG-TTTTCGATGGCATAGG-TGA
130 ATC-ATTTAAACG--AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGTAT-GGATGG
* * * * *
5522 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAA
********** * **
5587 TTATAATCTGTTTTAATANNNNNNNNNNAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
66 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
* ** * * *
5652 -CTATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGA
131 TC-ATTTAA-ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
* * * * * *
5693 CTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC-TCAACGTTTCCCAAGGTAAACAATCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* * **
5757 ATTATAATCTTTTTTAAT-AAAAAA-ATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATNN
65 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
******** ** *
5820 NNNNNNNNAAA-GCATGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGA-GA
129 AATCATTTAAACG-A-GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG-GATGG
* * * ********** * * *
5863 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTNNNNNNNNNNCTCGAGGTACACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAA
* * *
5928 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATAAGGTTATAAA
66 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
5993 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
130 ATCATTTAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
* * **********
6035 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTTTTCATGTTTTTCANNNNNNNNNNTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* * * *
6099 ATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTATCTTAAAATCAATTATG-GAATTAGAA
65 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAG-GTTA-TA
* * *
6162 AAAT-ATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGATGA
128 AAATCATTT-AAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
* * * * ********* *
6205 TTATAGATGGACTTCTCTTGCCAATGAGTATCTTTTTC-TCANNNNNNNNNNAGGTAGACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGATAGACATTCA
* * * *
6269 ACTATAATTTGTTTTAATAAAAAAATATTAAAAAAAACTCAAGTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
65 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATA-T-AAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * * *
6334 AAATTCATTTGAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGG
127 AAAATCATTT-AAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
* * * *
6379 CTAAAAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAA
* **************
6444 TTATAATCTGTTTTAAT--AAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNA-A
66 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAA--TCAATTATGAGGTTATA
* * * * *
6506 AAAT-ATTTAAAACGAGCATTAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGA
128 AAATCATTT-AAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
** * *
6549 CTATAAATGGACTTTTAATGCCAATGAATATCTTTTT-TTCAACT-TTTCTCGAGATACACATTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-A-TGTTTCTCAAGATAGACATTC
*
6612 AATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
64 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATC
6660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 267, Indels: 99
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 23 0.02
170 464 0.47
171 236 0.24
172 131 0.13
173 18 0.02
174 111 0.11
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
TCATTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGG
Found at i:6612 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 5225--6659 Score: 849
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 343
5215 TTTCTTGACG
* * * * * *
5225 TTTCTCGAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAGT-AAAAAATAT-AAAAAAACTCTACTTA
1 TTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
5288 AAGTCAATTAT-CGGATTATGAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATAT-GAGT
66 AAATCAATTATAAGG-TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGA-T
*** * ** * * * * **********
5350 AAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGGATTTCTTTTTCTTAATGTTTCNNNNNNNNNNCATTC
128 GGCTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTC
* * * * *
5415 AATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAT-AAGATTATA
193 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGGA-ATTAGA
* ** * * ** * * **
5478 AAACTATTTAACGCA-AGTAATAAGG-TTTTCGATGGCATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCT
256 AAAATATTTAA-AAAGAGCAATAAGGCTTTT-GAAGGTGT-GGATGACTATAAATGGACTTCTAA
* *
5540 TGCCAATGAAAATCTTTTTCTTC-ACG
318 TGCCAATGAATATCTTTTTC-TCAACT
* * * * ********** *
5566 TTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAAT--ANNNNNNNNNNAAAAATTTAACTTA
1 TTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
5629 AAATCAATTATGAA-ATTATAAAA-CTATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATG
66 AAATCAATTAT-AAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGATG
* * * * * * * *
5692 ACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAA-TGAATATCTTTTTC-TCAACGTTTCCCAAGGTAAACAAT
129 GCTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGATAGACATT
* * *
5755 CAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTT--
192 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGGA-ATTAG
*********** * * * * *
5816 ATNNNNNNNNNNAAAGCATGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGA-GACTATAAATAGACTTTTC
255 AAAAATATTTAAAAAG-A-GCAATAAGGCTTTTGAAGGTGTG-GATGACTATAAATGGACTTCTA
* * * *******
5880 TTGTCAATGGATATCTTTTTNNNNNNN
317 ATGCCAATGAATATCTTTTTCTCAACT
*** * * *
5907 NNNCTCGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTA
1 TTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTA
* * *
5971 AAATCGATTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGGC
66 AAATCAATTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGGC
* * * * **********
6036 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTTTTCATGTTTTTCANNNNNNNNNNTCAAT
131 TAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAAT
*
6101 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTATCTTAAAATCAATTATGGAATTAGAAAAAT
196 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGGAATTAGAAAAAT
* * * **
6166 ATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGATGATTATAGATGGACTTCTCTTGCCAATG
261 ATTTAAAAAGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGATGACTATAAATGGACTTCTAATGCCAATG
* ***
6231 AGTATCTTTTTCTCANNN
326 AATATCTTTTTCTCAACT
******* * * * * *
6249 NNNNNNNAGGTAGACATTCAACTATAATTTGTTTTAATAAAAAAATATTAAAAAAAACTCAAGTT
1 TTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATA-TAAAAAAAATTCAACTT
* * *
6314 AAAATCAATTATGAGGTTATAAATTCATTTGAAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
65 AAAATCAATTATAAGGTTATAAAATCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGATG
*
6378 GCTAAAAATGAACTTTTCTTTCCAA-TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTC
129 GCTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTC
* * * ****************
6442 ATTTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNAA
193 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGGAATTAGAA
* * * *
6506 AAATATTTAAAACGAGCATTAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTAATGCC
257 AAATATTTAAAAAGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGATGACTATAAATGGACTTCTAATGCC
*
6571 AATGAATATCTTTTTTTCAACT
322 AATGAATATCTTTTTCTCAACT
*
6593 TTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATATGTTTTAAT--AAAAA-ATAAAAAAAATTCAACTTA
1 TTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTA
6655 AAATC
66 AAATC
6660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 218, Indels: 65
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 1 0.00
340 27 0.03
341 269 0.32
342 261 0.31
343 38 0.05
344 244 0.29
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
TTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGGC
TAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAAT
TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGGAATTAGAAAAAT
ATTTAAAAAGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGATGACTATAAATGGACTTCTAATGCCAATG
AATATCTTTTTCTCAACT
Done.