Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397502.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_169.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11630
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 554 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:460 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2680 Score: 1741
Period size: 171 Copynumber: 15.7 Consensus size: 170
* * * ** * * *
1 GTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAATGTTATGCATTGGCGAA-AAAAGTTCATTTATAGCCAAC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTT-ATTTATAGTC-AC
* * * * *
65 -TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAATT
63 TTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
129 TGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
128 TGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
** * * * * *
173 G--TATGTTATAAAAACCATAAAGCACAAA-CCATTGATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCA
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* * * *
235 C-TATTGCCTTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAA
62 CTTA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
299 GTT-AACTTTTTTTACATTTTGGGTCAAAACATATTATATTTAAAT
126 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
*
344 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACTT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TTATTTATAGTCACTT
** * * * * *
409 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTTAATGGTTTTACAGTGTCATAATTAATTTTAAGTTG
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
474 AATATTTTTACATTTTTGGTTGAAATATTTTATAATTGAAT
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
** ** * * *
515 GT-TTTCTTTGGAAAACGTGAA-ATAAAAGTCA-TCTATTGACCAA-AAAAGTTCATTTATAGCC
1 GTCTACCTTAAG-AAACATGAAGA-AAAAGCCATTC-ATTGA-CAAGAAAAGTT-ATTTATAGTC
* * * *
576 ACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
61 ACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
641 GTTAAATGTTTTT-CAATTGTGGTTAAAAGATATTATATTTGAAA
126 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * ** **
685 GTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TTATTTATAGTCACTT
* * * ** * * *
749 ATGCCCTCGAAAGACTTATTAATTACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** *
814 AAATTTTTTACATTTTTTCTTAAAATATATTATAACTGAAT
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
855 ATTTACCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACTT
* * * * * ** *
920 ATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCATCAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
985 AATTTTTTCACATTTTTTGTAAAAATAGATTATAATTGAAT
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
1026 GTCCACCTTAA-AAA-TTTAAGGAAAAAACCTTTCAGTAGA-AAAAAAAGTACATTTATAGTCTC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCAC
* * * * ** * *
1088 TCATACCCTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTCATATTATCTTATAATTGATTTTCAA-
63 TTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAG
* * ** * * *
1152 TTAAATTGTTTTACATTTTTCATTACAAA-AAATAATATTTGAAT
127 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAATATATTATAATTGAAT
* ** * * *
1196 GTTTACCACAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACT
* **** * * * *
1260 CAAAATTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
64 TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * *
1325 GAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAATCATAATTGAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * * *** * * *
1366 GTCTACCTTGAGAAATGTGATGAAAAAGTCATTCTTTGGTGAGACAAGTCCATTTATAGCCAAC-
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-TATTTATAGTC-ACT
* * * *
1430 TATGCCTT-TAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA-CATCATAATTGATTTCAAG
64 TATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAG
* * *
1493 TTAAATTTTTTTATATTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
127 TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * * * *
1538 ATCT-GTTGTGAA-AAACATGAAGCACAAGTCA-TCGACT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
1 GTCTACCT-T-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGA-CAAGAAAAGT-TATTTATAGTC
* * * * * * *
1599 AGTCATACCTTAGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAATTGATTTTAA
61 ACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
1664 GTTGAAATTTTTTATATTTTAGGTCAAAACATACTAT-ATTTAATT
126 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-T
* * * * * * *
1709 GTCTACC-TAAAAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCTCATTTATAGTCTCCT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TTATTTATAGTCACTT
*** * * * *
1773 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTTTTTGAATGGTTTTACAATATCATAATTAATTTTAAGTTG
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
1838 AATTGTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAAT
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * *
1879 GTTTTCTTTGAA-AAACATGAA-ATAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATGTATAGTCAC
1 GTCTACCTT-AAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCAC
* * * ** * * * **********
1942 TCAAGCTTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGT
63 TTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
2007 TGAATTTTTTTCCAATTGTGGTTAAAAGATACTATATTTGAAT
128 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * **
2050 GTCTACCTTAGGAAA-ATTGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT
1 GTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TTATTTATAGTCACT
* * * * ** * * * *
2114 CATACCCTCGAAAGCCTTATTCCTTTCTTTAAATAGTTTTACAATGTCATAAATGATTTTAAGTT
64 TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
2179 GAATGTTTTTACACTTTTAGTTAAACTATATTATAATTGAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * *
2221 GTTTA-CTT-TGGAACACGTAAAACAAAAACCATTCATT-ACTAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-
1 GTCTACCTTAAGAAACATG-AAGA-AAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTT-ATTTATAGTCA
* * * * * * **********
2282 GTTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTCAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAA
62 CTT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
2347 GTTGAATTTTTTAATATTTTTTGTAAAAACATATTACAATTGATT
126 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** * ** * * * * * *
2392 GTTTGCCTCCATAAATGTGAGGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACTT
* * * *** * * *
2457 ATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTTTTTTAAATGATTTTACAATGTCATAATTGATTTTAAGTTG
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
2522 AATGGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAA
130 AAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
** * * * * **
2564 GT-TTTCTTCAAAAAAC-GGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
1 GTCTACCTT-AAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TTATTTATAGTCAC
* * *
2626 TTAAGTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
63 TTATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
2681 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1926, Mismatches: 503, Indels: 159
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 92 0.05
170 500 0.26
171 1052 0.55
172 267 0.14
173 15 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTATTTATAGTCACTTA
TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
Found at i:630 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--2680 Score: 2162
Period size: 342 Copynumber: 7.8 Consensus size: 340
* * * ** * * * *
1 GTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAATGTTATGCATTGGCGAA-AAAAGTTCATTTATAGCCAAC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAG-TCATTTATAGTCACC
* ** * * *
65 TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAATTT
64 TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
130 GAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTATGT-TAT-AAAAACCAT-A
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** * * *
192 AAGCACAAA-CCATTGATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACT-ATTGCCTTTGAAACCCTT
190 AA-CA-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTT
*
255 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTACATTTT
252 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* *
319 GGGTCAAAACATATTATATTTAAAT
316 GGGTTAAAACATATTATATTTGAAT
* * *
344 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACTT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCT
* * * *
409 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTTAATGGTTTTACAGTGTCATAATTAATTTTAAGTTG
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
474 AATATTTTTACATTTTTGGTTGAAATATTTTATAATTGAATGTTTTCTTTGGAAAACGTGAAATA
130 AAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAACA
* * * * *
539 AAAGTCATCTATTGACCAA-AAAAGT-TCATTTATAGCCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTAC
194 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
602 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT-CA-ATTGTGGTT
257 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTG-GGTT
* *
665 AAAAGATATTATATTTGAAA
321 AAAACATATTATATTTGAAT
* * * * *
685 GTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCC
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCT
* * * * * * * *
749 ATGCCCTCGAAAGACTTATTAATTACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTT-
* ** * * * * *
814 AAATTTTTTACATTTTTTCTTAAAATATATTATAACTGAATATTTACCTTGAGAAACAT-AAAGC
129 GAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAA-C
*
878 AAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTA
193 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * ** *
941 CTTGCATCAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTTGTA
256 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTT
* * *
1006 AAAATAGATTATAATTGAAT
321 AAAACATATTATATTTGAAT
* * * * * * * *
1026 GTCCACCTTAA-AAA-TTTAAGGAAAAAACCTTTCAGTAGA-AAAAAAAGTACATTTATAGTC-T
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCAC
* * * ** ** ** * *
1087 CTCATACCCTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTCATATTATCTTATAATTGATTTTCAA
63 CT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTT-AA
* * * * * *** *
1152 -TTAAATTGTTTTACATTTTTCA-TTACAAA-AAATAATATTTGAATGTTTAC-CACAGGAAACA
126 GTTGAATT-TTTTACATTTTT-AGTTA-AAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGA-AAAACA
* ***
1213 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAAATTTTGAAAGCCT
187 TGAAACAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
1277 TATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTATATTT
251 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
*** * * *
1341 TTTATTAAAA-AAATCATAATTGAAT
315 TGGGTTAAAACATATTATATTTGAAT
* ** * * * *** * * *
1366 GTCTACCTTGAGAAATGTGATGAAAAAGTCATTCTTTGGTGAGACAAGTCCATTTATAGCCAACT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCT
* * ** * * * *
1431 ATGCCTT-TAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACATCATAATTGATTTCAAGTT
65 ATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
1495 AAATTTTTTTATATTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTGT-TGTGAAAAACATGAA
129 GAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTTTGAAAAACATGAA
* * * * * * * * *
1559 GCACAAGTCATCGACT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCAGTCATA-CCTTAGAAACCCTTAT
191 ACAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
1622 TACTCGCTTTAAAT-GATTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTAG
254 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGG
* *
1686 GTCAAAACATACTATATTT-AATT
318 GTTAAAACATATTATATTTGAA-T
* * * * *
1709 GTCTACC-TAAAAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCTCATTTATAGTCTCCT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCT
* * *
1773 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTTTTTGAATGGTTTTACAATATCATAATTAATTTTAAGTTG
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
1838 AATTGTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAATA
130 AATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAACA
* * * * *
1903 AAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATGTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGTCTTATTACTC
194 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* ********** * *
1968 ACTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCA-ATTGTGGTTAA
259 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTG-GGTTAA
* *
2032 AAGATACTATATTTGAAT
323 AACATATTATATTTGAAT
* * * *
2050 GTCTACCTTAGGAAA-ATTGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-C
1 GTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACC
* * * * * *
2113 TCATACCCTCGAAAGCCTTATTCCTTTCTTTAAATAGTTTTACAATGTCATAAATGATTTTAAGT
64 T-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
2178 TGAATGTTTTTACACTTTTAGTTAAACTATATTATAATTGAATGTTTACTTTGGAACACGTAAAA
128 TGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAA
* * ** * ** *
2243 CAAAAACCATTCATT-ACTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCGTTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTT
192 CAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * ********** * * **
2306 ACTTGCTTCAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGT
255 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGT
* * * *
2371 AAAAACATATTACAATTGATT
320 TAAAACATATTATATTTGAAT
* * ** * ** * * * *
2392 GTTTGCCTCCATAAATGTGAGGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCT
1 GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCT
* * * * * *
2457 ATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTTTTTTAAATGATTTTACAATGTCATAATTGATTTTAAGTTG
65 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** *
2522 AATGGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTTTTCTTCAAAAAAC-GGAAAC
130 AAT--TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAAC
* * * * * *
2586 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTCAAAGCCTTATTACT
193 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* *
2651 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
258 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
2681 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1865, Mismatches: 401, Indels: 143
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.00
340 274 0.15
341 562 0.30
342 821 0.44
343 199 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCTA
TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAACAAA
AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAAC
ATATTATATTTGAAT
Found at i:1217 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 252--2187 Score: 1240
Period size: 511 Copynumber: 3.8 Consensus size: 507
242 CTTTGAAACC
* * * * **
252 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTACATT
1 CTTATTAATCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATT
*** * * * *
317 TTGGGTCAAAACATATTATATTTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
66 TTTTATTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * **
382 ACAAGAAAAGCTT-ATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTTAATGGTT
130 TCAAGAAAAG-TTCATTTATAGTCAC-TATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAAAGTT
* * * * * * * *
446 TTACAGTGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTGAAATATTTTATAATT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT
*** * * * ** * * *
511 GAATGTTTTCTTTGGAAAACGTGAAATAAAAGTCATCTATTGACCAAAAAAGTTCATTTATAGCC
256 GAATGTCCACCTT-GAAAAAGTGAAAGAAAAAACATCTATAGACAAAAAAAGTACATTTATAGCC
* ** * **
576 ACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
320 ACTCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTCATATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
641 GTTAAATGTTTTTCAATTGTGGTTAAAAGATATTATATTTGAAAGTCTACCTCAGGAAACATGAA
385 GTTAAATGTTTTACAATTGTCATTAAAAGAAATAATATTTGAAAGTCTACCACAGGAAACATGAA
* ***
706 GAAAAAGCCATTCATT-GATAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGA
450 GAAAAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAACCTCGAAAGA
*
763 CTTATTAATTACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATT
1 CTTATTAATCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATT
* * * * * * * *
828 TTTTCTTAAAATATATTATAACTGAATATTTACCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTG
66 TTTTATTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* **
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130 TCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAAAGTTT
* *
958 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTTGTAAAAATAGATTATAATTG
193 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * * *
1023 AATGTCCACCTT-AAAAATTTAAGGAAAAAACCTTTCAGTAGA-AAAAAAAGTACATTTATAGTC
257 AATGTCCACCTTGAAAAAGTGAAAGAAAAAACATCT-A-TAGACAAAAAAAGTACATTTATAGCC
* * * * *
1086 TCTCATA-CCCTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTCATATTATCTTATAATTGATTTTC
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* * * *
1150 AA-TTAAATTGTTTTACATTTTTCATTACAAA-AAATAATATTTGAATGTTTACCACAGGAAACA
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* * * * ** * *
1213 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAAATTTTGAAAGC
446 TGAAGAAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAACCTCGAAAGA
* * * * * *
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1 CTTATTAATCACTTTAAAT-AGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAT-TTTTTACA
* * ** * *
1338 TTTTTTATTAAAAAAATCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGATGAAAAAGTCATTCTTT
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* * * * * * *
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* *
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* * *** * * ** * *
1530 AATTAAATAT-CTGTTGTGAAAAACATG-AAGCACAAGTCATCGACTAG-CAAGAAAAGT-CTAT
252 AATTGAATGTCCACCT-TGAAAAA-GTGAAAG-AAAAAACATCTA-TAGACAAAAAAAGTAC-AT
** * * * * ** *
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* * * * * * *
1654 TTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTA-TATT-TTAGGTCAAA-ACATACTATATTT-AATTGTCTAC
375 TTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTACAATTGTCA-TTAAAAGAAATA--ATATTTGAA-AGTCTAC
* * * * * * * * **
1715 CTA-A-AAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAACAAAAGCTCATTTATAGTC-TCCTATG
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*
1776 CCTTCGAAAGC
498 CC-TCGAAAGA
* *** * * * * * * * *
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1 CTTATTAATCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTACAT
* * * * * *
1850 TTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAA-ATAAAAG-CTATCC
65 TTTTTA-TTAAAA-ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGTC-ATTC
* * * * * * **
1913 ATTGACAAGAAAAG-TCTATGTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT
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********** * * * * * * *
1977 AGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCAATTGTGGTTAAAAGATACTAT
188 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
* * * * * * * * * **
2042 ATTTGAATGTCTACCTTAGGAAAATTG-AAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTA
252 AATTGAATGTCCACCTT-GAAAAAGTGAAAGAAAAA-ACATCTATAGACAAAAAAAGTACATTTA
* * ** ** * * *
2106 TAGTCACTCATA-CCCTCGAAAGCCTTATTCCTTTCTTTAAATAGTTTTACAATGTCATAAATGA
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*
2170 TTTTAAGTTGAATGTTTT
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Statistics
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AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
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GCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTCATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TGTTTTACAATTGTCATTAAAAGAAATAATATTTGAAAGTCTACCACAGGAAACATGAAGAAAAA
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Found at i:3144 original size:171 final size:168
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2709 NNNNNNATGA
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* *** *
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** * ** ** * * ***
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * *
3360 TATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGAAAACATG
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * ********** *
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1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * **
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* * * * ** * *
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* * * *
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* ***********
3978 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNNNNN
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** * * * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
4152 TTACTTGCGTTAAATGGTTATATAAAT-TCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACTTTTT
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** *
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64 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTG
* * * * *
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** ********** * * ** *
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* * * * *
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*
4558 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA---T-GACCAAAATTG
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* * * * **
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* * * * * **
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64 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTTTA-TTTT
* * * * *
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* * * ** * * ** **
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1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * ** *
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* * ** * * *
4899 TTAAAATAGATTGTAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAGCGTGG
129 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAA-CAT-G
** * * * * * * * * * *
4941 AGCAACAGCCATCAATT-GAAGAGAAAAGTCTAGTTACAATCACTCATA-TCTTTGAAAGCATTA
1 AAAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTA
* ********** * * *
5004 TTGCTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATGTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-
64 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTG
* * * *
5068 GTTAAAATAGATTATAA-TAAATTGTCTACCTAGGGAAACATG
128 GTTAAAATATATTATAATTGAA-TGTTTACCT-TGGAAACATG
* * * * * * * *
5110 AAAAAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCCTGA
1 --AAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
5175 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTG-ATTTTTTTTACACTTTT
64 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT--ATTTTT
* * * * ** *
5239 GATTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACC-TGAAGAAACGTG
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* * * *** *
5282 AAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
5453 AAGAAAAA-TCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCTTTA
1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTA
** * * ** *
5516 TTACTTGCTTTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAGTTTTTTAACAGTTTTG
64 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTG
* * **
5581 GTTAAAATATATTGTAATTGAATG-TTATCTTCAAAAAACAT-
128 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT--GGAAACATG
* * * *
5622 AAAGCAAAAGCCATCCACTCG-AAG-AAAGTTCCGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-CTAT
1 AAA--AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CT
* *
5684 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATATT
62 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT--TATT
* * * *** * *
5749 TTTGGTTAAAATAGATTCTATTTGAATGCCAATCTT-GAAAAATGTG
124 TTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACA--TG
* * * * * * *
5795 AAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATACTCAC-C-AGTAACTTTGAAA-CTTT
1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG--CCTTCGAAAGC-CT
* * * * * *
5856 TATTACTTGCGTTAAATGGTTATATAAAT-TCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTATGTTT
62 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTT
* * * *
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* * * * * *
5965 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAACCCTTAT
1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** * *
6030 TACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTGA
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* * * * * *
6095 TTAAAACATATTATATTTAAATGTCTGCCTTTGTAAACATG
129 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAACATG
** *** * * **
6136 AAGAAAAATTCA-CTCATTGATTAGAAAAGCCCATTTCTAGTCACTCGTGCCTTCGAAAGCCTTA
1 AA-AAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * **
6200 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCGTAATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTA
64 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGG
* ** *
6265 TTAATATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCCAAAAATTG
129 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACA-TG
* * * * * **
6305 AAATAGAAGCCACCCATTGGCAAG-AAAGTCAATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGTATTAT
1 AAA-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * ** *
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65 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTTTATTTTTG
* * * * *
6433 ATTAAAAATAGATTATAATTGAAAG-CTACCTTAAGAAACATG
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1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * * * *
6540 TACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAGAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGG
65 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGG
* * *
6605 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAGAAAACATGG
129 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACAT-G
* * * * * ** * *
6647 AGCAACAA-CCATCCATT-GAAGAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATA-TATTTGAAAGCATT
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* ********** * *
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63 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTT
* * * *
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* * * * * **
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** * ** * *
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1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** ** *
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** * * * * ** ** *
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1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
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* **********
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* * * * * **
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*** * * * * *
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* * * * * * * *
7671 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAACCCTTAT
1 AA-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * * * * *
7736 TACTTGATTTAAATGCTTCTATAATCTCATAACTGATTTTACG-TCAAATTGTTTTACATTTTAG
65 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTGG
* * * * *
7800 TTAAAACATATTATATTTAAATGTTTGCCTCTGTAAACATG
129 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAACATG
* * * * * * ** *
7841 AACAAAAAGTCATTCATTAATG-AA-AAAAGCCCATTTCTAATCACTCTTGCTTTCGAAAGCCTT
1 AA-AAAAAGCCATCCATT--GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
** * * * * * *
7904 ATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTATATTTTTT
63 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTG
*
7969 ATTAAAATATATTATAATTGAA
128 GTTAAAATATATTATAATTGAA
7991 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3832, Mismatches: 1062, Indels: 416
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 1 0.00
166 9 0.00
167 85 0.02
168 84 0.02
169 115 0.03
170 919 0.24
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173 80 0.02
174 10 0.00
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTT
AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACATG
Found at i:5811 original size:683 final size:682
Alignment explanation
Indices: 5122--6418 Score: 1441
Period size: 683 Copynumber: 1.9 Consensus size: 682
5112 AAAAAAAGCT
* * ** *
5122 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCA-TGCCTTTGAAAGC-CTGATTACTCGCTT
1 ATTCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATACTAA-CCAGTAACTTTGAAA-CTCTGATTACTCGCGT
* * * * *
5185 TAAATTGTTTTAT-AATCTCATAATTAAATTT-AAGTTGATTTTTTTTACACTTTTGATTAAAAC
64 TAAATGGTTATATAAAT-TCAAAATT-AATTTAAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTGATTAAAAC
* * * * *
5248 AGATTATAAT-TGAATATCAACCTGAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGACAAGAAAAG
127 AGATTAT-ATCTAAATATCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCACTAG-CAAGAAAAG
*** * * *
5311 TCCATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
190 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCA
* * * * *
5376 TAA-TCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAGAACAGATTATATTTGAATATTTG
255 TAATTCAA-TTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATATTTAAATATCTG
* * * * *
5439 CATTGGAAAACATGAAGAAAAA-TCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTC
318 CATTGGAAAACATGAAGAAAAATTCACTCAATGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGC
* * * * * *
5502 CTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGCATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAGTT
382 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGCATTATAATATCATAATCGATTCTAAGTTAAATT
* *
5567 TTTTAACAGTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATG-TTATCTTCAAAAAACAT-AAAGCAAA
447 TTTT-ACAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAAAAAA-ATGAAA-CAAA
* ** *
5630 AGCCATCCACTCG-AAGAAAGTTCCGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACTATTATTACTTGC
508 AGCCACCCACTCGCAAGAAAG-TCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACTATTATTACTCGC
* * ** * *
5694 TTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATATTTTTGGTTAAA
572 CTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATATTTTTGGTTAAA
5759 ATAGATTCTATTTGAATGCCAATCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACC
637 ATAGATTCTATTTGAATGCCAATCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACC
* * * * * *
5805 ATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATACTCACCAGTAACTTTGAAACTTTTATTACTTGCGTTA
1 ATTCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATACTAACCAGTAACTTTGAAACTCTGATTACTCGCGTTA
* *** * * *
5870 AATGGTTATATAAATTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTATGTTTTTGGTTAAAATATAT
66 AATGGTTATATAAATTCAAAATTAATTTAAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTGATTAAAACAGAT
*** * * * * *
5935 TATATCTAAATATTTGCTTCAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATT
131 TATATCTAAATATCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
6000 TATAGTCATTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTG
196 TATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTC
* * * * * *
6065 AATTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATATTTAAATGTCTGCCTTTGTA
261 AATTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTAAATATCTGCATTGGAA
* ** * * *
6130 AACATGAAGAAAAATTCACTCATTGATTAGAAAAGCCCATTTCTAGTCACTCGTGCCTTCGAAAG
326 AACATGAAGAAAAATTCACTCAATGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
** * * * *
6195 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCGTAATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTATATT
391 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGCATTATAATATCATAATCGATTCTAAGTTAAATTTTTTACAGT
* * * * * * * *
6260 TTTTATTAATATATATTATAATTGAATGTTTACTTCCAAAAATTGAAATAGAAGCCACCCATTGG
456 TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAAAAAATGAAACAAAAGCCACCCACTCG
* * * *
6325 CAAGAAAGTCAATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGTATTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTT
521 CAAGAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACTATTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTA
6390 TAATCGCATAATTAATTTTAAGTTAATTT
586 TAATCGCATAATTAATTTTAAGTTAATTT
6419 CTCTTACATT
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 104, Indels: 27
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 96 0.19
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685 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
ATTCATTAGCAAGAAAAGACCATTTATACTAACCAGTAACTTTGAAACTCTGATTACTCGCGTTA
AATGGTTATATAAATTCAAAATTAATTTAAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTGATTAAAACAGAT
TATATCTAAATATCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTC
AATTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTAAATATCTGCATTGGAA
AACATGAAGAAAAATTCACTCAATGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTTGCTTTAAATAGCATTATAATATCATAATCGATTCTAAGTTAAATTTTTTACAGT
TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAAAAAATGAAACAAAAGCCACCCACTCG
CAAGAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACTATTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTA
TAATCGCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAGATTCTATTTG
AATGCCAATCTTGAAAAATGTGAAGAAAAACC
Found at i:8405 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8114--10317 Score: 1138
Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 170
8104 NNNNNNNNNN
* * * * * *
8114 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAGAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAACTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** * ********** * * * *
8179 CATTTATAGTCACTTATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTAGA
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
* *
8244 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAAT
130 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
* * * * *
8285 AGATTATAA-TAAATTGTCTACCTAGAGAAGCATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAA-TGTCTACCTA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
8349 CCATTTATAGTAACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCA
64 CCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
8413 TAATCGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
128 AAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
********* *
8457 AGATTATAATTGAANNNNNNNNNNAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAA-TGTCTACCTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * **********
8522 CATTTATATTCACTCGTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCAAA
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
*
8587 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGGTTAGTTAAAAT
130 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
* * * *
8628 AGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGT
* * * ** * * *
8692 CTATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAATCTCAT
64 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* * * * *
8757 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTGTTTGTTAAAAC
129 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
* * * * *
8799 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
8864 CATTTATAGCCATCTATGCCTTCAAAAGCTTTTTTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAA
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAA
* * *
8928 ATTTTG-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTGTCAATTAAAAT
129 A-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
* * * * * * * *
8969 AGATTATACTTGAATGTCTACTTTATGAAACATGAAGTAAATGCCA-TCAATTGGAAAGAAAACT
1 AGATTATAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
9033 CCATTTATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTGTTACTC-CTTTCAAAT-GATTTTATAATCTC
64 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAG-TTTTATAATCTC
* *********** * * *
9096 ATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAAT
127 AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
* ** * * ** *
9140 ATATTATAACCGAATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAGTAGAAA-CCA-TCGATTGGCAAGAAAAG
1 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* * * * ** * *
9203 TCCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
63 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
9268 TAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTGTTATATT-TT-GTGTCAAAAC
128 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGT-T-AAAAT
* * * * * * * * * * * *
9310 ATATTATATTTAAATATCTGCTTCAAGAAAAGTGAAGAAATAA-TCATTTATTGACTAGAAAAGC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
9374 CCATTTCTAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATGTCAT
64 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* * *
9439 AATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTA-TTAAAAT
129 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTGTTAGTTAAAAT
* * * * * * * * * * *
9481 ATATTATAATTGAATCTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCGTTCATTGACAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
9546 CATTTATAATTACTCAAG-CTT-GAAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCA
65 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCG--AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * *
9609 TAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTGCATTTTTTGTTAAAAA
128 AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
* * * * * * * * *
9652 AAATTATATTTGAATGTTTTTCTTAGGAAACATCAA-AGAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATG-TCTACCTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * ********** *
9716 CCAGTTATAGTCAATCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCAT
64 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* ** * * * * *
9781 AATTAATTTTAAGTAAAATTTTTATACATT-TCTTGTTCAAAC
129 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGT-TAGTTAAAAT
* ** * ** * *
9823 AGATAATGTTTGAATGTTTACCTAAAGAAATATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGT
* ** ** * ********** * *
9887 TCATTTATAGTTTCTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATATCAT
64 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* * * *
9952 AATTGATTTT-AGATTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
129 AATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
** * * * *
9994 -GTATTATAATTGAATGTCTATTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAAAG
1 AG-ATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* ** * * * *
10057 TCCATTTATAATCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTC
63 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTC
* * * * *
10121 ATAATTG-CTTTAACGTTG-ATGTTTTTATATT-TTTGATTAAAAC
127 AAAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTATATTGTTAG-TTAAAAT
* * * * * * * * * *
10164 AAATAATATTTGAACGTTTGCCTCTAA-CAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCT-AC-CTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * ** * * * *
10228 CCATCTATAGCCACCCATACCTTTAAAAGTCTTATTATTTACTTTAAATGGTTTAATAATCTTAT
64 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* **
10293 AACTGATTTTAAACTGAATTTTTTT
129 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
10318 TACTATTTTT
Statistics
Matches: 1564, Mismatches: 410, Indels: 118
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 19 0.01
170 389 0.25
171 997 0.64
172 149 0.10
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAAT
Found at i:9157 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8211--10316 Score: 858
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 341
8201 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
8211 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTAGAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTT
1 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTGTC
** * * * **
8276 GGTTAAAATAGATTATAA-TAAATTGTCTACC-TAGAGAAGCATGAAAAAAAAGCCATTC-ATTG
65 AATTAAAATAGATTATAATTGAA-TGCCTACCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCAATTG
* * * * * * * * * *
8338 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTT
127 GAAAGAAAACTCCATTTACAATCACTCAAGCC-TTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAATT
* * * * * *
8402 TTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTATATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAA
191 TTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTGTTACATTGTTT-GCTAAAACAGATTATAA
** ********** ** * *
8466 TTGAANNNNNNNNNNAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCTATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
254 CCGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAA-CCA-TCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
** *** * *
8529 ATTCACTCGTTCCTTCGAAAGCCTT
317 AGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTT
********** * *
8554 ATTACT-AGCTTTAAAT-AGTNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGG
1 ATTACTCA-CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTG
* * * *
8617 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
63 TCAATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGG
* * * * * * *
8682 AGAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
128 AAAGAAAACTCCATTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
* * **
8747 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTGTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
193 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTACATTGTTTGCTAAAACAGATTATAACCGA
* * *
8812 ATGTCTGCCTCAAGAAATGTGATG-AAAAAGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
258 ATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAA-CCA-TCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
*
8875 A-TCTATGCCTTCAAAAGCTTT
321 ACTC-AAGCCTTCAAAAGCTTT
* * *
8896 TTTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA-AATTTTG-TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTGT
1 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA--TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTGT
* * * * * *
8959 CAATTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTACTTTATGAAACATGAAGTAAATGCCATCAATTGGA
64 CAATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGGA
* * *
9024 AAGAAAACTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTGTTACTC-CTTTCAAATGATTTT
129 AAGAAAACTCCATTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT-AAATAATTTT
* ********** * * * *
9088 ATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTATATT-TTTGGCTAAAATATATTATAACCG
193 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTACATTGTTT-GCTAAAACAGATTATAACCG
** * * * *
9152 AATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAGTAGAAACCATCGATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA
257 AATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAACCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
*
9217 CTCAAGCCTTCGAAAGCTTT
322 CTCAAGCCTTCAAAAGCTTT
* * * * *
9237 ATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTGTTATATTTTG
1 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTGTC
** * * * * * ** * * ** **
9301 TGTCAAAACATATTATATTTAAATATCT-GCTTCAAGAAA-AGTGAAG-AAATAATCATTTATT-
65 AATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTT-AGGAAACA-TGAAGCAAA-AGCCATCAATTG
* * * * * * *
9362 GACTAGAAAAGC-CCATTT-CTAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
127 GA-AAGAAAA-CTCCATTTAC-AATCACTC-AAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * * ** * *
9424 GTTTTACAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATT-TTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
188 ATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTGTTACATTGTTTGCTAAAACAGATTAT
** * * * * * * * **
9488 AATTGAATCTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCGTTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
252 AACCGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAA-ACCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
*** *
9552 TAATTACTCAAG-CTTGAAAAAGCTTT
316 TAGCCACTCAAGCCTT-CAAAAGCTTT
* * * * * * ** * *
9578 ATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTGCATTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTGTC
** * * * ** ** * *
9643 TGTTAAAAAAAATTATATTTGAATGTTTTTCTTAGGAAACATCAAAG-AAAAGCAATTC-ATTGG
65 AATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACAT-GAAGCAAAAGCCA-TCAATTGG
* * * * * * * * * *********
9706 CAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCAATCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNN
128 AAAGAAAACTCCATTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
** * * * * * ****
9771 NTAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTT-TATACATT-TCTTGTTCAAACAGATAATGTTT
193 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGT-TACATTGT-TTGCTAAAACAGATTATAACC
* * * * * * ** * **
9834 GAATGTTTACCTAAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTT
256 GAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAACCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
* * * ** *
9899 TCTTATGCCTTTGAAAGCCTT
321 ACTCAAGCCTTCAAAAGCTTT
* ********** * * *
9920 ATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATATCATAATTGATTTT-AGATTGAATTCTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTATATTGT
*** * ** * *
9984 TGGTTAAAAT-GTATTATAATTGAATGTCTATTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGG
64 CAATTAAAATAG-ATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGG
* * * * ** * * * *
10048 TAAGAAAAGTCCATTTATAATCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGATTTT
128 AAAGAAAACTCCATTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
* * * * * * * **
10113 ATAATCTCATAATTG-CTTTAACGTT-GATGTTT-TTATATT-TTTGATTAAAACAAATAATATT
193 AAAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAAAT-TTTGTTACATTGTTTG-CTAAAACAGATTATAAC
* * * * * * *
10174 TGAACGTTTGCCTCTAA-CAACATGAAG-AAAAAGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATCTAT
255 CGAATGTCTGCCTC-AAGAAATATGAAGTAAAAA-CCA-TCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
10236 AGCCACCCATA-CCTTTAAAAG-TCTT
317 AGCCACTCA-AGCCTTCAAAAGCT-TT
* * * * * * **
10261 ATTATTTACTTTAAATGGTTTAATAATCTTATAACTGATTTTAAACTGAATTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
10317 TTACTATTTT
Statistics
Matches: 1348, Mismatches: 356, Indels: 121
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 40 0.03
341 617 0.46
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343 192 0.14
344 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTGTCA
ATTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGGAAA
GAAAACTCCATTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTACATTGTTTGCTAAAACAGATTATAACCGAATG
TCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAACCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCA
AGCCTTCAAAAGCTTT
Found at i:9707 original size:512 final size:511
Alignment explanation
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Period size: 512 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
8620 GTTAAAATAG
** * * * *
8630 ATTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGT-C
1 ATTATAACCGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCC
* *
8693 TATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-TATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAATCTCAT
65 T-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATAATTTTAAAATCTCAT
* * *
8757 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTGTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
128 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTGTTTGTCAAAACAGATTATAATTAAATATCTGCCT
* * * *
8822 CAAGAAATGTGATGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCTATGCCTTC
193 CAAGAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTATGCCTTC
* * * * *
8887 AAAAGCTTTTTTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAATTTTGTTTTAAGTTGAATTTTTT
258 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAAA-TTTGTTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
8952 ATATTGTCAATTAAAATAGATTATACTTGAATGTCTACTTTATGAAACATGAAGTAAATGCCATC
322 ATATTGTCAATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* *
9017 AATTGGAAAGAAAACTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTGTTACTCCTTTCAAAT
387 AATTGGAAAGAAAACTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTAAAAAGCATTATTACTCCTTTCAAAT
* ********** * * * *
9082 GATTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAT
452 GATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAA
* *
9142 ATTATAACCGAATGTCTGCCTT-GAGAAATATGAAGTAGAAA-CCA-TCGATTGGCAAGAAAAGT
1 ATTATAACCGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCA-AAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * *
9204 CCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
63 CCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAATTTTAAAATCTCAT
* * * * *
9269 AATTGATTTTAAGTT-GATTTTGTTATATT-TTGTGTCAAAACATATTATATTTAAATATCTGCT
128 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTGTT-TGTCAAAACAGATTATAATTAAATATCTGCC
* * * *
9332 TCAAGAAAAGTGAAGAAATAA-TCATTTATTGACTAGAAAAGCCCATTTCTAGTCACCTATGCCT
192 TCAAGAAAAGTGAAGAAA-AAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTATGCCT
* * * *
9396 TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATGTCATAA-TTGATTTTAAGTTAAATTA
256 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCA-AATTTG-TTTTAAGTTAAATT-
* ** * * *
9460 TTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATCTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGT
318 TTTTATATTGTCAATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAG-
** * * * *
9525 CGTTC-ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAATTACTCAAG-CTTGAAAAAGCTTTATTAGTCGC
382 CCATCAATTGGA-AAGAAAACTCCATTTATAATCACTCAAGCCTT-AAAAAGCATTATTACTC-C
* * * *
9587 TTT-AAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTGCATTTTTTGTTAAAA
444 TTTCAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAA
9651 AAA
509 AAA
*** * ** * *
9654 ATTATATTTGAATGTTTTTCTTAGGAAACATCAAAG-AAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 ATTATAACCGAATGTCTGCCTTAGGAAACAT-GAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * * *
9718 AGTTATAGTCAATCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
65 TTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTA
9762 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 96, Indels: 38
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 147 0.29
512 333 0.66
513 20 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
ATTATAACCGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAATTTTAAAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTGTTTGTCAAAACAGATTATAATTAAATATCTGCCTCAA
GAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAAATTTGTTTTAAGTTAAATTTTTTATAT
TGTCAATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATT
GGAAAGAAAACTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTAAAAAGCATTATTACTCCTTTCAAATGATT
TTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAA
Done.