Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399746.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2990.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4514
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 936 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:438 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4--2173 Score: 1782
Period size: 172 Copynumber: 12.7 Consensus size: 171
1 ACA
* * * * * *
4 TTTTTGGTTAAAACAGAGTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * **
69 TGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAT-CTTCAAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * *
133 TTTTGTAATGCT-ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTTATA-
130 TTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA--TTCTTTATAC
* * ** *
176 TTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAT
* ** * * *
240 TGGGAAGACTAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
305 TTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
131 TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC
** * * *
346 GTTTTTAGTTAAAACAGACTAGGATT-AATTGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTC
1 -TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
*
410 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
475 GTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTATAC
129 GTTTTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAA-TTCTTTATAC
* * * * *
519 -TTTTGGTTAAAAAAGACTATAATGGAATGTCTACCTTGATAAACATAAATG-AAAAGGCATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA-GAAAAAAGCATTCA
** * * * * * * *
582 TTGATAAGAAAAGGCTATTTATAGTCACCCATTGCATCAAAAGTCTTATCAGTCACTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
647 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATAT-TTTTTAC
130 TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAAT-TCTTTATAC
* * * ** * * *
690 TTTTGTAGTTAAAACATATTATAATTG-ATCGCCTACCCCGTGAAACATAAAGAAGAGAGCATTC
1 TTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * *
754 ATGGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * **
818 GTTTTATAATCTC-AAATTGGTTTAAATTTGAAATCTTTGCAC
129 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC
* * * * * * * * *
860 ATTTATGGTTAAAATAGAGTAGAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
1 -TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* * *
925 TTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCA-TCATTTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
989 GTTTTATAATCACAAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTTATAC
129 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC
* * * * * * *
1032 ATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTTTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTTA
1 -TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * * *
1097 TTGGTC-AGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCATACCTTTAAAAG-TTGTATTTCTCACTTTAAAT
65 TTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
1160 GGTTTTATAATGC-CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC
128 GGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTATAC
* * * * * * *
1205 TTTTTA-TTAAAACA-AGCTATAATTGAGTGTCTAGCTCGATAAACATAAATAAAAAGGTATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
** * * * * * *
1268 TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCATCAAAAG--GTAGTCAC-C-C-----ATA
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATG
** * * *
1324 GTTTTA-GCTCCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCCTT-TAC
129 GTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC
* * * * * *
1366 TTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTAGCTCGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCA
1 TTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * * * * *
1431 TAGGCAAGAGAGGTGCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATTG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * **
1496 TTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAAATCTTTGCAC
130 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC
* * * * * * * * * *
1538 ATTTAAGGTGAACACAGACTAGAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAAAGTATTCA
1 TTTTTA-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
** * * * * * *
1603 TTACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTACTTCAAAAGACTAATTAATCACTTTAAATGG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * ** *
1668 TTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATT-TTTTTAC
130 TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTATAC
* * * * * ** * **
1710 TTTTCTTGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATAAAGAAGTAAGCATTCA
1 TTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* * *
1775 TAGGGAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
65 TTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * **
1839 GTTTTAGAATCTAAAAATTGATTTTTAATTTGAAATCTTTGCAC
129 GTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTATAC
** * * * * *
1883 ATTTTGGGTTAACACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
1 -TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * * * *
1948 TTGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTACTTCAAACA-CCTAATTAATCACTTTAAATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
2012 GTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCGAATGT-TTT-TAC
129 GTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAAT-TCTTTATAC
* * * * ** * **
2055 TTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTAATTTGATAAACATAAAGAAGTAAGCATTCA
1 TTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * * *
2120 TTGGTAAGAGAACTCTATTTATAGACACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTC
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
2174 CCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1584, Mismatches: 356, Indels: 116
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.00
162 8 0.01
163 105 0.07
164 4 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
168 1 0.00
169 14 0.01
170 114 0.07
171 406 0.26
172 656 0.41
173 258 0.16
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC
Found at i:641 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 10--2173 Score: 1949
Period size: 343 Copynumber: 6.3 Consensus size: 342
1 ACATTTTTG
* * * * * * *
10 GTTAAAACAGAGTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAA
1 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * ** *
75 GGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAT-CTTCAAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGT
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
139 AATGCT-ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTTATA-TTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTG
130 AAT-CTCATAATTGATTTTAAATTGAA--ATCTTTACACATTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * ** * * ** ** *
201 AATGTCTATCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAGACTAGTCCATTTATAGTCA
192 AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* *
266 CCCATT-CTTTTAAAAGCCTTATTACA-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGA-TTTA
257 CCCATTAC-TTCAAAAGCCTTATTA-ATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
328 AATTTGAATTCTTTGTACGTTTT-TA
320 AATTTGAATT-TTT-TAC-TTTTCTA
* * ** * * * *
353 GTTAAAACAGACTAGGATT-AATTGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCA
1 GTTAAAACATATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCA
* * *
417 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
482 AATGC-CATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATAC-TTTTGGTTAAAAAAGACTATAATGGA
130 AAT-CTCATAATTGATTTTAAATTGAA-ATCTTTACACATTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * *
545 ATGTCTACCTTGATAAACATAAATG-AAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGGCTATTTATAGTCA
193 ATGTCTACCTTGAGAAACATAAA-GAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * * *
609 CCCATTGCATCAAAAGTCTTATCAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
257 CCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA
* *
674 TTTAAATATTTTTTACTTTTGTA
322 TTT-GA-ATTTTTTACTTTTCTA
* ** * * * *
697 GTTAAAACATATTATAATTG-ATCGCCTACCCCGTGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATGGGTA
1 GTTAAAACATATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCA
* * *
761 AGAGAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTAT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
825 AATCTCA-AATTG-GTTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTATGGTTAAAATAGAGTAGAATTGA
130 AATCTCATAATTGATTTTAAA-TTGAAATCTTTACACATTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * ** * *
888 ATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCA-
193 ATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
952 TCATTTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTT-AA
258 CCA-TTACTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA
* *
1016 TTTGAATTCCTTATACATTTT-TG
322 TTTGAATT--TTTTAC-TTTTCTA
* * * * * * *
1039 GTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTTTACCTTGAGAATCATGAAGAA-AAATGCATTTATTGGTC
1 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAA-GCATTCATTGG-C
* * * * * *
1103 -AGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCATACCTTTAAAAG-TTGTATTTCTCACTTTAAATGGTTTT
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** *
1166 ATAATGC-CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC-TTTTTATTAAAACA-AGCTATAAT
128 ATAAT-CTCATAATTGATTTTAAATTGAA-ATCTTTACACATTTTGGTTAAAACAGA-CTAGAAT
* * * * * *
1228 TGAGTGTCTAGCTCGATAAACATAAATAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT
190 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * ** * **
1293 CACCCATTGCATCAAAAG-----GTAGTCAC---CCATAGTTTTA-GCTCCTCAAAATTGATTTT
255 CACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTT
* *
1349 -AAGTTGAATTCCTTTACTTTTCTA
319 AAATTTGAATT-TTTTACTTTTCTA
* * * *
1373 GTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTAGCTCGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATAGGCAA
1 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
1438 GAGAGGTGCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATTGTTTTATA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1503 ATCTCAAAATTGA-ATTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTAAGGTGAACACAGACTAGAATTGAA
131 ATCTCATAATTGATTTTAAA-TTGAAATCTTTACACATTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* * * * *
1567 TATCTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAAAGTATTCATT-ACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
194 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * *
1631 CTATTACTTCAAAAGACTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGT
258 CCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAT
** *
1696 TCAAATTTTTTTACTTTTCTT
323 TTGAA-TTTTTTACTTTTCTA
* * ** * * * *
1717 GTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATAAAGAAGTAAGCATTCATAGGGAA
1 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAA
*
1782 -AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAG
66 GAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
1846 AATCTAAAAATTGATTTTTAATTTGAAATCTTTGCACATTTTGGGTTAACACATACTAGAATTGA
130 AATCTCATAATTGA-TTTTAAATTGAAATCTTTACACATTTT-GGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * *
1911 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGCCAC
193 ATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * *
1976 CTATTACTTCAAACA-CCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAG
258 CCATTACTTCAAA-AGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA
*
2040 TTCGAATGTTTTTACTTTTCTA
322 TTTGAAT-TTTTTACTTTTCTA
* * ** * * *
2062 GTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTAATTTGATAAACATAAAGAAGTAAGCATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * *
2127 GAGAACTCTATTTATAGACACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTC
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
2174 CCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1498, Mismatches: 259, Indels: 126
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 16 0.01
334 126 0.08
335 114 0.08
336 1 0.00
338 6 0.00
340 9 0.01
341 16 0.01
342 131 0.09
343 517 0.35
344 267 0.18
345 286 0.19
346 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATCTTTACACATTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
TCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
TTACTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTG
AATTTTTTACTTTTCTA
Found at i:1108 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1082--1123 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
1072 AGAATCATGA
1082 AGAAAAATGCATTTATTGGTC
1 AGAAAAATGCATTTA-TGGTC
* *
1103 AGAAAAGTTCATTTATGGTC
1 AGAAAAATGCATTTATGGTC
1123 A
1 A
1124 CTCATACCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.32
21 13 0.68
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
AGAAAAATGCATTTATGGTC
Done.