Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397503.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2204.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 1318 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:770 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1581 Score: 1096
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
* * * *** *
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTGACGGGTTTCA
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTAAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * *
66 TTAAAACTA-ATGATTATTGAATGACTACCTC-AGGAACCATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
65 TTAAAAC-AGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
********** * * *
129 AGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTAT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
* * * * * * ****
172 TACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTNNNN
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTA
****** * * * * **
237 NNNNNNCAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC-GGAAAGAAAAAGATATCCATTCACAA
65 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * *
301 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTACGAAAGCCTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
** * *********
343 TACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTTATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACA-TTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTAAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * *
407 GTTAAAATAAATAATCATTGAATGTCTAACTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAA
65 -TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * ** ** * * *
472 GAAAAATCCTTTTATAGTCGGCCACACTTTCAAAAGTATTTT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
* * ********** **
514 TACTAGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATGGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTAAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * ** * * *
579 TTAAAAGAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGGGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * * * *
644 AGAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCTTTCAAAA-TACTTTT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGT-CTTAT
* * *
685 TACTCTCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTTTAATATTTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTT-ACATTTTTTA
* * * * * * * * *
750 TTAAAATAAATAACAATTGAATATCTGCCTC-AGAAAAATGAAGAAAAAAATACCCAGTGGCAAG
65 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * *
814 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGTGTTTT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
* * * *
855 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAATTAAATTTTTTT-CATGTTTCA
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTAAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * *
919 TTAAAACAGATAATTATTGAATGTCTGCCTC-AGGAAACATGAACAAAAAGATATCTATTGGCAA
65 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* *
983 GAAAAG-CTCTTTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTAT
129 GAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
* * * * * * * **********
1025 TACTTGCGTTAAATGTTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTNNNNNNNNNNTA
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * ** * * *
1090 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTAATTCGAGAAATAGGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
65 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * ****
1155 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CNNNNN
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTC-TTAT
******* * * * *
1196 NNNNNATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAT-ATTTTAAGTTAATTTTTTTTGCATATTTG
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * *
1260 GTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAATATGAAGAAAGAGATATCCATTGGCAA
64 ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
*
1325 GAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
* * * * *
1367 TACTCGCTTTAAATATTTTTAAAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTCTA
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTAAATTTTTTTACATTTTTTA
* * ** * * ** * * *
1432 TTAATACAGATTATAATTGTTTGTTTACATCGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAG
65 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * * * *
1497 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACTTTCAAAAGCCTTAT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
** *
1538 TACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGT
1 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1582 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1079, Mismatches: 307, Indels: 49
0.75 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 36 0.03
170 220 0.20
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172 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTTACATTTTTTAT
TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTAT
Found at i:3607 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3045--11612 Score: 2894
Period size: 171 Copynumber: 49.7 Consensus size: 171
3035 NNNNNNNNNN
** * * *
3045 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
3110 TATCTAACTTG-GAAAACGTGAAGAGAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCAC
66 TGTCTACCTCGAG-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
***********
3174 NNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * ** * * *
3216 TAATCTAATAATTAACTTTAAATT-AAAGTTTTTAGTATTTGTTATTAAAACATATTATAATTGT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* ********** *
3280 ATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGANNNNNNNNNNCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAATCA
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
* * * * *
3344 CCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGTTTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
********** *
3387 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* *
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* * * **
3517 CATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * * * *
3558 TAATCTCAT-ATTCGATTTCAGGCTGAAATTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATAATAACT-A
1 TAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * ** * * * *
3621 CATGTTTGCCTAGAAAAACTTGAAGAAAAAGCCA-CTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATC
65 -ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* ** * **********
3685 ACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCCTNNNNNNNNNNTA
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * ** * *
3729 GAATCTCGTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
3794 TGTTTACTTTGA-AATGC--AAGGAAAAAGATATCCATTTGCAGGAAAAGTATATTTATAGTCAC
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*
3856 CCATA-CTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
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*
3898 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
3962 TGTTTACGTC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 TGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
** * *
4026 CCACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCG-TTTGAAATATTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATATTTTTA
* * * * * *** * *
4068 TATTATCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGCTAAAACAGATAATAATAGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
4133 TGTCTGCCTTGGGAAAC-TAGAAGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCAT
66 TGTCTACCTCGAGAAACATA-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * *
4197 CCATGCCTTTAAAAGCCATT-TTACTCGTTTTAAATATTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
** * * * * *
4239 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTT-TCTTTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGA
** * ** *
4303 ATGTCTGTCTCGAAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCTTTAGG-AAGAAAAGT-TCATTTATAGTC
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATT-GGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
* ** ********** *
4366 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTGAATATTTTTA
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * ** * * *
4410 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATGTTTGGTTAGAACAGATAATGATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
4475 TGTTTACCTC-AGGAAACATGAAGAGAAAGATATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 TGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
**
4539 CCATACCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * *
4581 TAATCTTATAATT-ATTTTTAAG-AGAATTGTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
4644 AATGTCTACATTGAAAAACGA-GAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATGGTC
64 AATGTCTACCTCGAGAAAC-ATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* *
4708 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATATTTTTA
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * *
4752 TAATCTCATAATAGACTTTAAGTTG-AGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGGTAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
4816 TGTCTACCTTGTGAAACGTAAAGAAAAAGATACCCATTGGTAGGAAAAGTATATTTATTA-TCAC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCAC
********** **
4880 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * ********
4922 TAATCTCATAATTGA-TTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTANNNNNNNN
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * * *
4986 NNTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATAATCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * *
5051 CATGA-CTTCGGAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGA-TATTA
131 CAT-ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTA
* * * * * * **
5092 TAATCTCACAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATAGTGCAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** ********** *
5157 TATCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGANNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * *
5222 CATACCTTCGAATGGCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * *
5263 TAATCTTATAATTGA-TTTAAGTT-AAGTTTTTCTATATTTTTTATTAACATAGATTATAATTGT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
5326 ATGTCTACCTTGAGACACATGAAA-AAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTC
65 ATGTCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTC
*** * **
5389 AGTTATACCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTA
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
********** * * *
5433 TAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAATAGATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
5498 ATGTCTGCCTC-AGAAA-ATATGAACAAAAAGATATCCATCGGCAGGAAAAGT-TCATTTATAGT
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATA--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGT
** * * * *
5560 CACCCGCACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATTTTTTTA
127 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
**********
5605 TAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
5669 GTGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTAGC-AGAAAAAGCCCATTTATAGTC
66 -TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAA-GATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTC
* * ** **********
5732 ACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTANNNNNNNNNN
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * *
5776 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATAATAACTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * ** ** * *
5841 TGTTTGCCTAGGGAAACCCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* ** ** * * * ****
5906 AATGTCTTCAAAAGCCTTATTACGT-GCCTAAAACATGAAGA
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATATTTTTA
** * ** ** * *** *** ** *
5947 -AAAAT-AT-ATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCTT-
1 TAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAA-T---TTTTTTA-T-A-TTTTTTATTAAAACAGATTA
* ** ** ***** **** * * ** *** *
6006 T-ATT--A-CTC-A-CTTTA-AATAGTTTTTTTATCTCATAATTCGTTTTC-AGTTTAATTTTTT
58 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAA-ACATAAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGCAAG---AA-AAGTC
* * ** * * * * ** * **** * * * ****
6063 TACATTTTTTATTCACATAGATCATAATTGAATGTCTGCCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
117 T--A-TTTATAGTCACCCATA-CCT--TTGAAAGCCT--TATTACTCGCTTTAA-ATATTTTTA
* * ** * *** * * **** ** *
6127 TCCAT-TGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAG-TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT-ACTC-GC
1 T-AATCT--C-ATAATTGAT---TTTA-AGTTGA---ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * * * ** * * ** * * * *** **
6187 TT-TAAATGATTTTATA-ATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAA
55 TTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAA---ACATAAAG--AAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAA
* * * ** ** * * ** *** * * ** ******
6250 A--C-AGATTATAATTAAATTTC-TACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAG
113 AGTCTA-TTTAT-AGT-CA-CCCATACCT-TTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
6310 A
171 A
* * * ** *** * *
6311 AAAGTC-CATTNNNNNNNNNNCA-TGCCTTCGAAAGCCTT-ATCACTCGCTTTAAATAATTTTAT
1 TAA-TCTCA-T----------AATTG-ATT-TTAAG--TTGA--A-TTTTTTTATAT-TTTTTAT
* * * **** **
6373 AATCTCATAAA-TGATT-TAAATCTGAATTGTTTTACATTTTTAATTA-AAACGAATAATA-ACT
46 ----T-A-AAACAGATTAT-AAT-TGAA-TG-TCTACCTCGAGAAACATAAA-GAA-AA-AGA-T
** ** * * * *** * * * * *
6434 GAAT-GTTTTCCTAAGGAAA-CCTGA---AGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTA
97 --ATCCATTGGC-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATACCTT----TG-AAA-GCC--TTA
* ***
6494 TAGTCACCCATGTCTTTAAA-AGCCTTA
150 T--T-ACTC--G-CTTTAAATATTTTTA
* * * * * *
6521 TTA-CGTGCCTTAAATGTTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGNNNNNNNNN
1 TAATC-T--CATAATTGATTTTA-AGT-T-G-AATT--TTTTTA--T--ATTTTT----------
* * * * * ** * * *
6585 NATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCAT-GAAAAATGTGAAGAACAAG-TAATCCTTTGG
43 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATAAAGAAAAAGAT-ATCCATTGG
* * * * * ** ******
6648 CAAGAAAAGTATAGTTGTATTCACCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNN
106 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
*
6713 N
171 A
*** *
6714 NNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATATGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * * * *
6777 TATCTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * *
6842 CACACC-TTCAATAGCCATT-TCACTCGCTATAAATGTTTTTA
131 CATACCTTTGAA-AGCC-TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * *
6883 TAACCTCGTAATCGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTAGTTAAAACATATAATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
6947 ATGTCTACCT-TAGAAAACGA-GAAG-AAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATCGTC
65 ATGTCTACCTCGAG-AAAC-ATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * ****
7009 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTNNNN
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
****** * * *
7053 NNNNNNCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * **********
7118 TATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * * ** *
7183 TATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTG
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
*
7224 TAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
** * * *
7288 ACATCTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAG-TAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * * *
7352 CCTATGCCTTCGAAAGCTTTATGACTCGGTTTAAATGA-TTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTA
* * * * * * *
7395 TAA-CGTCAAAATTTATTTCATGATGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTCA
1 TAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
** * * * * * * * * *
7459 AAATATTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAATATATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * * *
7524 CTATGCCTTTAAAAGCCATATTACTCACCTTAAATGTTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
** * ********** * *
7566 TAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTNNNNNNNNNNAGATAATAATTGAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * ** * *
7630 TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAACCCCATTTATAATCAC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * **
7695 CGATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTCAAATGGTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATATTTTTA
* * * * *
7737 TAATCTTATAATTGATTTCACA-CTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * **
7801 ATGTTTACTATGGA-AAACATGATGAAAAGGATATTTATTGAG-AAGAAAAGTCCT-TTTATAGT
65 ATGTCTAC-CTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGT-CTATTTATAGT
** ** * * *
7863 CACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGTTTTTA
127 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * ** * *
7908 TAATCTCATAACTGATTTTGAGTAGAA-TTTTTTACGTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * ** *
7972 TG-CTTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGTCTGCTTATAGTCAT
66 TGTC-TACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* ** * **
8036 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * *** *
8078 TAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * ** * * *
8143 ATGTTTGTCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * ** *
8208 TCATGCATTTGAAA-CTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
130 CCATACCTTTGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * * * * *
8250 TAATCTCATAATAGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTTACTATAATAGAATATAATTGAG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * **********
8315 TGTCTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
*
8380 CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGATA-TTTTA
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATATTTTTA
* **********
8421 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATNNNNNNNNNNTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
8486 TGTCTACATC-AGGAAATGTGAAAG-AAAAGATATTCATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCA
66 TGTCTACCTCGA-GAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
** ** * * * * *
8549 CCCACGCCTTCAAAAACCTTTTTATTAGCTTTAAATGTTTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * * *
8592 TAATCTCAAAATGGATTCTAAGTTG-A-------ATATTTTTTATTAAAATAAATAATGATTGAC
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
8649 TGTCTGCCTAGGGAAACATGAAGGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGACAC
66 TGTCTACCTCGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * *
8713 CTAT-GCTTTCAAAAG-CTATATTACTAGCTTTAAATATTTTTA
130 CCATACCTTT-GAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * ** * * *
8755 TGATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAAATAATAATGGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * *
8819 ATTTTTGCCT-TAGGAAACATAAAG-AAAAGATAACCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTACAATCA
65 ATGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* ** * * *
8881 CCCATGCCTTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * * *
8924 TAATCTTATAATTGACTTTATGTTAAATGTTTTTATATTTTTTTAGTAATACAGATTATAATTGT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
8989 ATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGACAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAC
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * ***********
9054 TCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGNNNNNNNNNNCTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * * * *
9096 TAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGCATTTTTCTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** *
9161 TGT-TGACCTAG-GAAAACCCAAAGAAAAAG-TCA-CTCATTGGTAAGAAAAGTAC-ATTTATAG
66 TGTCT-ACCTCGAG-AAACATAAAGAAAAAGAT-ATC-CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAG
** ** * * * *
9221 TCACCCACGCCTTCAAAAACCTTATTACGT-GCCTAAAATGTTTTTA
126 TCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATATTTTTA
* ** * * * * * *
9267 GAATCTTTTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTATATATTTTTAATTAAAATAGATAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * * * * * * * *
9332 TGTCTGTCTTGGGATACGTGAAGAAAAATATATCAATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * *
9397 C--ACGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTA
131 CATAC-CTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * **********
9438 T-ATCTCGTAATT-AGTTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACANNNNNNNNNNGA
1 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * ** * **
9501 ATGTTTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAAATATCCACGGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
* * * * *
9565 CCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * *** * * *
9608 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACCCTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
9673 TGTCTACCTTGGGAAACACAAAGAAAAAGATATTCATTGGGAAGAATAGTCCATTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
** ** * ********** *
9738 CACGCCTTCAAAAACCTTNNNNNNNNNNTTAAATGTTTTTA
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * *
9779 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATTCTTTTACATTGTTTTATTAAAA-AAATTAAAATTAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
** * * * * * * *
9843 ATACCTTCTTGGGGAAACCTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAGAAA-TCCATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCA
** ** * * * *
9907 CCCATACCTTCAAAAGTTTTATTATTCACTTTAAATAATTTTG
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * **********
9950 TAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** *
10015 TGTCTACCTTGAGAAACACGAAGAAAAAGATATCCA-TGGATAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
* * * * *
10078 CTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAA-AGGTTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTA
* * * * * * * *
10121 CAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTATTCACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *** *
10186 TGTCTACCTCAAGAAACA-AGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTGTAGTCCATTTATAGTCAC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATA-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
** ** * * *
10250 CCACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTGTAAATATTTTTA
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * *
10292 CAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTAAAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-GA
** * * * * * * * ********** *
10357 ATACCTTCCTAGGGGAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCAT
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* ** ** *
10422 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTG
130 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * *
10463 TAATCTCACAATTGGTTTTAAGTTGTATTTGTTTACATTTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * * * * **
10528 ATGT-TCACCTTGACAAACGCAAAGAAAAAAATATCAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTNN
65 ATGTCT-ACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
******** ** * *
10592 NNNNNNNNTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGA-TTTTA
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTA
* * *
10635 TAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-
* * * **********
10700 A-GTCTACCTC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCA
65 ATGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * *
10763 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGA-TTGTG
129 CCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTA
** * *
10806 TAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * * *
10870 TTATGTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTTA
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
* * * ** *
10934 CCCATA-CTTTCGAAAGCCTAATCAGTCGCTTTAAATGGTTCTA
129 CCCATACCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * *
10977 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTCAACCAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
11042 TATCTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAATAGTCCATTTATAGTCACA
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
*** ** * * *
11107 CACGGCTTCAAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTA
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* *** * * * *
11148 TAATCTCATAATTGACTTTAAGCAAAATTCTTTAATATTTTTTATTAGAACAGATTAAAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ********** * * * *
11213 TGTCTACCTAGGGNNNNNNNNNNAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCTACTAATAGTGACC
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * ******
11278 CATACCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNN
131 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
**** * * * * ** * *
11319 NNNNCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTACATTTTTGCA-TAAGGCAGGTAATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * ** ** * *
11383 AATATTTGTCTC-AGTAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTT
64 AATGTCTACCTCGAG-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
11447 ACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTA
128 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
* * * * * * * *
11491 TAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTATACA-TTTTTATTAAAAAAAATTGTAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
11555 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAT
66 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
Statistics
Matches: 6109, Mismatches: 1937, Indels: 703
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
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215 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
Found at i:6474 original size:596 final size:597
Alignment explanation
Indices: 5453--6530 Score: 1383
Period size: 596 Copynumber: 1.8 Consensus size: 597
5443 NNNNNNTTTA
* *
5453 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAATAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAATAGATCATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACAT
* * * *
5518 GAACAAAAAGATATCCATCGGCAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGCACCTTCGAAAGCCTTA
66 GAACAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTA
** * ********** *
5583 TTACTCACGTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTT
131 TTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTT
* * * *
5648 ATTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAG
196 ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATCCATGAGCAG
* * * **********
5713 AAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTANNNNNNNNNNTA
261 AAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAATTTTATA
* * * *
5778 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATAATAACTGAATG
326 ATCTCATAAATGATTTAAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGAATG
* * *
5843 TTTGCCTAGGGAAACCCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCAA
391 TTTGCCTAAGGAAACCCAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAA
5908 TGTCTTCAAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGT
456 TGTCTTCAAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGT
5973 CCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTTATCTCA
521 CCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTTATCTCA
6038 TAATTCGTTTTC
586 TAATTCGTTTTC
* * * * * *
6050 AGTTTAATTTTTTTACATTTTTTA-TTCACATAGATCATAATTGAATGTCTGCC-CTGAGAAACG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAATAGATCATAATTGAATGTCTGCCTCAGA-AAACA
* * *
6113 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
65 TGAACAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTT
* * *
6178 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
130 ATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
*
6243 TATTAAAACAGATTATAATTAAAT-TTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GATATCCATGGG
195 TATTAAAACAGATTATAATTAAATGTT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATCCATGAG
* ********** * *
6306 CA-AGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAATTT
258 CAGA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAATTT
* *
6370 TATAATCTCATAAATGATTTAAATCTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACGAATAATAACTG
322 TATAATCTCATAAATGATTTAAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTG
* ** *
6435 AATGTTTTCCTAAGGAAACCTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
387 AATGTTTGCCTAAGGAAACCCAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA
* *
6500 CCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACGTGCCT
452 CCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTACGTGCCT
6531 TAAATGTTTT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 78, Indels: 9
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
595 8 0.02
596 369 0.92
597 22 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (597 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAATAGATCATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACAT
GAACAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATCCATGAGCAG
AAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAATTTTATA
ATCTCATAAATGATTTAAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGAATG
TTTGCCTAAGGAAACCCAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAA
TGTCTTCAAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTTATCTCA
TAATTCGTTTTC
Found at i:7522 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5936--11612 Score: 3786
Period size: 342 Copynumber: 16.6 Consensus size: 342
5926 TACGTGCCTA
* *
5936 AAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * * *
6001 AGCTTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTTTTATCTCATAATTCG-TTTTCAGTTTAATTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
6064 ACATTTTTTATTCACATAGATCATAATTGAATGTCTGCCCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
128 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATT
*
6129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
6194 GATTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
258 GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * ***
6259 AATTAAATTTCTACCTCAAG
323 AATTGAATGTCTACCTTGGG
* **********
6279 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
6344 GCCTTATCACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGA-TTTAAATCTGAATTGTTTTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTAC
* * * * * * * **
6408 ATTTTTAATTAAAAC-GAATAATAACTGAATGTTTTCC-TAAGGAAACCTGAAGAAAAAA-CCAT
130 ATTTTTTATTAAAACAG-ATTATAATTGAATATGTTCCTTGA-GAAACGTGAA-AAAAAAGATAT
* * * *
6470 TCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACGT-GCCTTAA
192 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAA
* * *********** * *
6534 ATGTTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGNNNNNNNNNNATTAAAATAGATA
256 ATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
* * **
6599 ATAATTGAATGTCTGCCATGAA
321 ATAATTGAATGTCTACCTTGGG
** * * ** * * * *
6621 AAATGTGAAGAACAAG-TAATCCTTTGGCAAGAAAAGTATAGTTGTATTCACCCATGCCTCCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
********** *
6685 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * **
6748 ATGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAAGATATTCA
130 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCA
* * * ** * * *
6813 TTGCCAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCACACCTTCAATAGCCATT-TCACTCGCTATAAATG
195 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
6877 TTTTTATAACCTCGTAATCGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTAGTTAAAACATATAAT
259 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTAT
* *
6941 AATTGAATGTCTACCTTAGA
323 AATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * *
6961 AAACGA-GAAG-AAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATCGTCACCCATGCCTTCGAA
1 AAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
********** * *
7024 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTNNNNNNNNNNCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
7088 TATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
129 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTC
* ********** * * * *
7153 ATTAGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
7218 GTTTTGTAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAT
259 TTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
**
7282 AATTGAACATCTACCTTGGG
323 AATTGAATGTCTACCTTGGG
* *
7302 AAACATAAAGAAAAAG-TAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * * * * *
7366 AGCTTTATGACTCGGTTTAAATGATTTTATAA-CGTCAAAATTTATTTCATGATGAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
7430 TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTCAAAATATTCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAATATATTC
129 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTC
* * * * * *
7495 ATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCATATTACTCACCTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** * ********** *
7560 TTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTNNNNNNNNNNAGATAATA
259 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * *
7624 ATTGATTGTCTGCCTTGAG
324 ATTGAATGTCTACCTTGGG
* ** * * *
7643 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAACCCCATTTATAATCACCGATGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * *
7708 AGCCTTATTACTCG-TTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCACA-CTGAATTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTT
* * * * ** *
7771 ACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT-TTACTATG-GAAAACATGATGAAAAGGATA
128 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCT-TGAG-AAACGTGAAAAAAAAGATA
* * * * *
7834 TTTATTGAG-AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTA
191 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** *
7898 AATGTTTTTATAATCTCATAACTGATTTTGAGTAGAA-TTTTTTACGTTTTTTATTAAAACAAAT
255 AATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* *
7962 TATAATTAAATG-CTTACCTAGGG
320 TATAATTGAATGTC-TACCTTGGG
* * *** * *
7985 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGTCTGCTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * *
8050 GCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
*** * * * * * * * **
8115 ATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTGTCTCGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
130 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTT-CCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTC
* * * ** *
8179 ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCATTTGAAA-CTCTTATTACTCACTTTAAAT
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * * * *
8243 GGTTTTGTAATCTCATAATAGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTTACTATAATAGAATAT
258 GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * **
8308 AATTGAGTGTCTGCCTTTAG
323 AATTGAATGTCTACCTTGGG
* ********** *
8328 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATACCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* ******
8393 GCCTTATTACTCGCTTTAAGAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATNNNNNN
66 GCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
**** * * * * *
8457 NNNNTTTATTAAAACAGATTATAATTG-A-ATGTCTACATCAGGAAATGTGAAAGAAAAGATATT
130 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGT-TCCTTGA-GAAACGTGAAAAAAAAGATATT
* * * * * * * *
8520 CATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCACGCCTTCAAAAACCTTTTTATTAGCTTTAAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
8585 GTTTTTATAATCTCAAAATGGATTCTAAGTTG-A-------ATATTTTTTATTAAAATAAATAAT
258 GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * *
8642 GATTGACTGTCTGCCTAGGG
323 AATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * * *
8662 AAACATGAAGGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGACACCTATGCTTTCAAA
1 AAACATGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * *
8726 AG-CTATATTACTAGCTTTAAAT-ATTTTTATGATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTT
65 AGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
8789 AC-TTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATGGAAT-TTTTGCCTT-AGGAAACAT-AAAGAAAAGAT
128 ACATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTT-CCTTGA-GAAACGTGAAAAAAAAGAT
** * * * * *
8850 AACCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTA
190 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
8914 AATATTTTTATAATCTTATAATTGACTTTATGTTAAATGTTTTTATATTTTTTTAGTAATACAGA
255 AATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGA
* *
8979 TTATAATTGTATGTCTACCTTGAG
319 TTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * * * * *
9003 AAACGTAAAGACAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* *********** * * * * *
9068 GCTTTATTACTCGNNNNNNNNNNCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGCATTTTTCTATA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * **
9133 TTTTTAATTAAAACAAATAATAACT-AA-ATGTTGACCTAG-GAAAAC-CCAAAGAAAAAG-TCA
131 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTT--CCTTGAG-AAACGTGAAA-AAAAAGAT-A
* * * * * * *
9193 CTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAACCTTATTACGT-GCCTAA
191 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTA
* ** * * * * *
9257 AATGTTTTTAGAATCTTTTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTATATATTTTTAATTAAAATAGAT
255 AATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* **
9322 AATAATTGAATGTCTGTCTTGGG
320 TATAATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * * * * * *
9345 ATACGTGAAGAAAAATATATCAATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCACGCTTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * *
9410 GCCTTATTACTCGATTTAAAT-AGTTTTAT-ATCTCGTAATT-AGTTTTAAGTTGAATGTTTTTA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ********** * ** *
9472 TATTTTTTATTAAAACANNNNNNNNNNGAATGT-TTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAAAA-ATAT
129 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTT-CCTTGAGAAACGT-GAAAAAAAAGATAT
* ** * * * *
9535 CCACGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAA
192 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *** * * *
9600 TAG-TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACCCTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATT
257 T-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
9664 ATAATTGAATGTCTACCTTGGG
321 ATAATTGAATGTCTACCTTGGG
** * * * * *
9686 AAACACAAAGAAAAAGATATTCATTGGGAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* ********** * * * *
9751 ACCTTNNNNNNNNNNTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATTCTTTTACA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * ** * *
9816 TTGTTTTATTAAAA-AAATTAAAATTAAATACCTT-CTTGGGGAAACCT-AAAGAAAAAGATATT
131 TT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTT-GAGAAACGTGAAA-AAAAAGATATT
* ** * *
9878 CATTGGCAAGAGAAA-TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTTTTATTATTCACTTTAAA
193 CATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * * * **********
9942 TAATTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTA
257 TGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
*
10007 TAATTGAATGTCTACCTTGAG
322 TAATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * * **
10028 AAACACGAAGAAAAAGATATCCA-TGGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * * * * *
10092 AGCCTTATTGCTCGCTTTAAAAGGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTATTCAC
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** ** *
10157 ATTTTTTATTCAAACAGATTATAATT-AA-ATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATT
130 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGT-T-CCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATT
*** * * * *
10220 CATTGGCAAGTGTAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTGTAAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
10285 ATTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTAA
258 GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* ** * *
10350 AATTAAAATACCTTCCTAGGG
323 AATT-GAATGTCTACCTTGGG
* * * ********** * *
10371 GAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCATCCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
10436 GCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCACAATTGGTTTTAAGTTGTATTTGTTTACA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
10500 TTTTTTTATTAAAATAGATTATGATTG-A-ATGTTCACCTTGACAAACG-CAAAGAAAAAAATA-
131 -TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTT--CCTTGAGAAACGTGAAA-AAAAAGATAT
* ********** *
10561 TCAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
192 TC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
10626 GTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
256 ATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
**
10691 ATAATTGAGA-GTCTACCTCAGG
321 ATAATTGA-ATGTCTACCTTGGG
* * ********** *
10713 AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATACCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * **
10778 GCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTGTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATGCTTTTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
10842 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTATGTAT-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
130 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGT-TCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTC
* * * * * * * * *
10906 ATGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATACTTTCGAAAGCCTAATCAGTCGCTTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
10971 GTTCTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTCAACCAGACTATA
259 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* *
11036 ATTGAATATCTACCTCGGG
324 ATTGAATGTCTACCTTGGG
* * * * * * * *
11055 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAATAGTCCATTTATAGTCACACACGGCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *** * * *
11120 ACCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCAAAATTCTTTAATA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * ********** *
11185 TTTTTTATTAGAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTAGGGNNNNNNNNNNAAAAAGATATCCAT
131 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCAT
* * * * * * * * ***
11250 TGGAAAGAAAAGTCTACTAATAGTGACCCATACCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATANN
196 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
******** * * * * ** * *
11315 NNNNNNNNCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTACATTTTTGCA-TAAGGCAGGTAATA
261 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTT-TATTAAAACAGATTATA
* * ** ** *
11379 ATTGAATATTTGTCTCAGT
324 ATTGAATGTCTACCTTGGG
** ** * * * * *
11398 AAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCATTTGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
11463 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTATACA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * ** *
11528 -TTTTTATTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TCTA
131 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTC-A
* *
11591 TTAGAAAGAAAAGTCCATTTAT
195 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
Statistics
Matches: 4089, Mismatches: 1116, Indels: 259
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 70 0.02
333 28 0.01
334 144 0.04
335 11 0.00
339 96 0.02
340 188 0.05
341 750 0.18
342 2106 0.52
343 683 0.17
344 12 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATGTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTTGGG
Found at i:11411 original size:856 final size:845
Alignment explanation
Indices: 9902--11587 Score: 1703
Period size: 856 Copynumber: 2.0 Consensus size: 845
9892 ATCCATTTAT
** * *
9902 AGTCACCCATACCTTCAAAAGTTTTATTATTCACTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGGTT
1 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAATTGTGTAATCTCATAATTAGTT
* ********** *
9967 TTAAGTTGAATGTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
66 TTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAC
* * *
10032 ACGAAGAAAAAGATATCCATGGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT
131 ACGAAGAAAAAGATATCCATGGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTTAAAAGCCT
* * *
10097 TATTGCTCGCTTTAAAAGGTTTTACAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTATTCACATTTT
196 AATAGCTCGCTTTAAAAGGTTCTACAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTATTCACATTTT
* * *
10162 TTATTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
261 TTATTCAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATTCATTAGC
** *
10227 AAGTGTAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTGTAAATATTTTTA
326 AAGAATAGTCCATTTATAGTCACACACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTGTAAATATTTTTA
*** * * *
10292 CAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTAAAATTAAA
391 CAATCTCATAATTGACTTTAAGCAAAATTCTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAA
* * * ********** *
10357 ATACCTTCCTAGGGGAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCAT
456 ATACCTACCTAGGGGAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCTACTAATAGTCAC
* * * * *
10422 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATGGTTTTGTAATCTCACAATTGGTTTTAAGTT
521 CCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAATAGTTTTGTAATCTCACAAATGATTTTAAGTT
** ** * * * * * *
10487 GTATTTGTTTACATTTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGTTCACCTTGACAAACGCAAAG
586 AAATTTGTTTACATTTTTGCATTAAAACAGATAATAATTGAATATTCACCTAGACAAACACAAAG
* * * ********** *
10552 AAAAAAATATCAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCTTTATTAC
651 AAAAAAACATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
10617 TCGCTTTAAGTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTGTTTTATA-TTTTTTATT
716 TCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAATTG-AGT-TTTTATACATTTTTATT
* * *
10681 AAAACAGATTATAATTGAGA-GTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
779 AAAAAAAATTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
10745 AAA
843 AAA
* * *
10748 NNNNNNNNNNAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTGTGTAATCTC
1 ----------AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAATTGTGTAATCTC
* * * *
10813 ATAATTAGTTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTATGTAT
56 ATAATTAGTTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAC
** * *
10878 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAT-ACT
121 CTTGAGAAACACGAAGAAAAAGATATCCATGGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACT
* * *
10942 TTCGAAAGCCTAATCAG-TCGCTTTAAATGGTTCTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
186 TT-AAAAGCCTAAT-AGCTCGCTTTAAAAGGTTCTACAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * ** *
11006 TTTTTATATTTTTTATTCAACCAGACTATAATTGAATATCTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAG
249 TATTCACATTTTTTATTCAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAG
* * * * *
11071 ATATTCATTAGTAAGAATAGTCCATTTATAGTCACACACGGCTTCAAAAACCTTGTTACTCGCTT
314 ATATTCATTAGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACACACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTG
* * * *
11136 TAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCAAAATTCTTTAATATTTTTTATTAGAACAG
379 TAAATATTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAAGCAAAATTCTTTAATATTTTTTATTAAAACAA
* ** **********
11201 ATTAAAATT-GAATGTCTACCTAGGGNNNNNNNNNNAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
444 ATTAAAATTAAAATACCTACCTAGGGGAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
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11265 ACTAATAGTGACCCATACCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAA
509 ACTAATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCGC-TTAAATAGTTTTGTAATCTCACAA
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11330 ATGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTACATTTTTGCA-TAAGGCAGGTAATAATTGAATATTTGTCT
573 ATGATTTTAAGTTAAA-TTTGTTTACATTTTTGCATTAAAACAGATAATAATTGAATATTCACCT
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11394 CAG-TAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCATT
637 -AGACAAACACAAAGAAAAAAACATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCATT
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11458 TGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTT
701 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAATTGAGTTTTT
*
11523 ATACATTTTTATTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
766 ATACATTTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
11588 CTATTAGAAA
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 162, Indels: 15
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
854 8 0.01
855 124 0.19
856 511 0.77
857 18 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (845 bp):
AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAATTGTGTAATCTCATAATTAGTT
TTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAC
ACGAAGAAAAAGATATCCATGGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTTAAAAGCCT
AATAGCTCGCTTTAAAAGGTTCTACAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTATTCACATTTT
TTATTCAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATTCATTAGC
AAGAATAGTCCATTTATAGTCACACACGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTGTAAATATTTTTA
CAATCTCATAATTGACTTTAAGCAAAATTCTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAA
ATACCTACCTAGGGGAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCTACTAATAGTCAC
CCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTAAATAGTTTTGTAATCTCACAAATGATTTTAAGTT
AAATTTGTTTACATTTTTGCATTAAAACAGATAATAATTGAATATTCACCTAGACAAACACAAAG
AAAAAAACATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAATTGAGTTTTTATACATTTTTATTAA
AAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
Done.