Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397504.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2025.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11448
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Warning! 1096 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2179 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1889--2727 Score: 716
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
1879 NNNTAAATTA
* * * * **
1889 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTAAAAATGTATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAA
* ** * * *
1954 TTGAATATTTACTTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATA
66 TTGAATGTTCGCTTTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
2018 GTCACTCAGGCCTTTAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGG
129 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
2060 CTTTCTAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAA
* * * * * *
2125 TTGAACGTCCGCTTTGAGAAACGTAAAGAAAAATCTATTCC-TTGGTAAGAAAAGTCCATATATA
66 TTGAATGTTCGCTTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCA-TCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATA
*
2189 GTCAC-CAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
129 GTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
2231 TTTTATAGGT-TCATAATCGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTGTGT-GTTAAAATAGATTAT
1 TTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTAGTTAAAATAAATTAT
* ** * * * *
2294 AATTGAATTTTAC-CTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATGTT-CGCTTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTA
** * ** **
2357 TAGTCGTTTATGCCTTTGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGG
127 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
2401 TTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAG-TCAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAA
* * * * * ** * * * *
2465 ATGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTATTCATTAGCAAG-AATGTTCATTTATAG
66 TTGAATGTTCGCTTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
2529 TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATTG
130 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
2570 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTA-TTAAAATAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAAATTATA
* * * * * * * * *
2634 ATTTTAAT-ATCAGCCTCG-GAAAACATGAA-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAAATCTATT
65 A-TTGAATGTTC-GCTTTGAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGG-AAG-AAAAGTCCATT
* *
2696 TATAGTCA-TCTATACCTTCTAAAGCCTTATTA
125 TATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
2728 TTAATTTTAA
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 113, Indels: 47
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 114 0.21
170 156 0.29
171 220 0.41
172 39 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAA
TTGAATGTTCGCTTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:3181 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 2731--4288 Score: 1069
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 166
2721 CTTATTATTA
* * * ** ** *
2731 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGTTATAATTTCATGTCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGT-T-TGTTAAGA
** * * * * * * *
2796 AATATGAAAAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG
62 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
*
2861 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
126 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * *
2902 ATTTTAAATTGAATTTTTTGTATTTTTGGTT-AAGTATATTATAATTGAATGTCTACGTCAAAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGT-T-TGTTAAGAA
* * * * * * *
2966 ATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCGAAATC
63 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
* * * *
3031 TTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTG
127 ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** *
3071 ATTTCAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAACTTATATTTGAATGTTTGTTGCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAA-TTATAATTGAATGTTTGTT--AAGA
* * * **
3136 AATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAG
62 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
* * * * **
3201 CCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATGTTTG
126 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * * *
3242 ACATTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTAGATTAACATATATTATAATTGAATGTCCACT-TTAG
1 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGT---TTGTTAA
* * * * * * * *
3306 GAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCAATGGAGACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
60 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
** * * *
3371 AGCATTATTTGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTC
124 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
3414 ATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAACTATATTTTATATTTTACTG-TCGACCTTG
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA--ATA-ATTATAATTGAATGTTTG---TTA
* * ** * * * *
3478 GGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCCA
59 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * *
3543 AAGCTTTATTGCTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
123 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
3587 ATCTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT-TTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGTTT--GTTAAG
* * * * *
3651 AAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTATA-CCTTCAA
61 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAA
* * *
3714 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATGTCATAATTTG
123 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTG
* ** * *
3759 -TTTTAAGCTGAATTTGTTTAC-TTTTTTTTTGAAACA-AACTATAATTGAATGTCTACT-TTAG
1 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTT-AAA-ATAATTATAATTGAATGT-T--TGTTAA
* * * * * * *
3820 GAAACGTGAAG-CAAAGTCATTTATTGGATGGAAAAGACCATTTATAGTTA-TCCATGCCTTCAA
60 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAA
* ** * *
3883 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAACCTCATAATTG
123 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
3927 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAACATTTATTATAATTGGATGTTTGCTTTGG
1 ATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTGGTTAA-AATAATTATAATTGAATGTTTG--TTAA
* * * * * * **
3992 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAA
60 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* *
4057 AGCATTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTCTAATCTCATAATTG
124 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
4100 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTAT-ATTCAAATGTCTGCCTCGGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTT-AAAATAATTATAATT-GAATGTTTG--T-TAAG
* * * * * * *
4164 AAA-GTGAAGTAAAAGCTACTCATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAC-CAATACCTTCAAT
61 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAA
* ** *
4227 AGTC-TTAGTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
124 AG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
*
4270 ATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTT
4289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 239, Indels: 117
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 213 0.20
170 196 0.18
171 279 0.26
172 171 0.16
173 216 0.20
174 10 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAATTATAATTGAATGTTTGTTAAGAAACG
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:3773 original size:516 final size:503
Alignment explanation
Indices: 2826--4270 Score: 1308
Period size: 516 Copynumber: 2.8 Consensus size: 503
2816 CATTGAAAAG
* *
2826 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATA
* * * *
2890 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTGTATTTTTGGTTAAGTATA--TTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAACTATATTTTATATTTG-ATG
* * **** ** * * *
2953 TCTACGTCAAAAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG-TCCCTC
128 TCGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC-C
* * * *
3017 AAGCCTTCGAAATCTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTCAAGTTG
192 AAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTG
* * * **
3082 AAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAACTTATATTTGAATGTTTGTTGCAAGAAATGTGAAGAA
256 AA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAA-TTATAATTGAATGTTTCTT-CAAGAAACATGAAGAA
* ** *
3147 AAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTT
317 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** *
3212 GCTTTAAATGATTTTATAATCCCATGTTTGACATTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTAGATT-A
382 GCTTTAAATGATTTTATAATCCCATATTTGACATTAAGCTGAA-TTTGTTTAC-TTTTAGATTAA
* *
3276 ACATATATTATAATTGAATGTCCACTTTAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCAATGGA-GAC
445 ACA-A-ACTATAATTGAATGTCCACTTTAGGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCCAATGGATG-C
**
3338 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCATTATTTGTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAA
* * *
3403 TCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAACTATATTTTATATTTTACT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTT-AACTATATTTTATATTTGA-T
** *
3468 GTCGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
127 GTCGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
* * * * *
3533 ATGCCTTCCAAAGCTTTATTGCTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTA
192 AAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTG
* * *
3598 AATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTT-AAGAAACATGAAGC
256 AA-TTTTTTACATT-TTTGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGTTT--CTTCAAGAAACATGAAGA
* * * * *
3662 AAAAGCCA-TCTATTGG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTATA-CCTTCAAAAGCTTTATT
316 AAAAGCCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCATTCAAAAGCCTTATT
* * ** ** ***
3724 ACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATGTCATAATTTG-TTTTAAGCTGAATTTGTTTACTTTTTTTT
378 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCAT-ATTTGACATTAAGCTGAATTTGTTTACTTTTAGAT
* * ** * *
3788 TGAAACAAACTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAGTCATTTATTGGATGG
442 T-AAACAAACTATAATTGAATGTCCACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAGCCATCCAATGGATGC
* * * * * *
3851 AAAAGACCATTTATAGTTA-TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATA
* * *
3915 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAC-AT-TTATTATAATTG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTATATTTTTGGTTAACTATATT-TTAT-ATTT
* * * * * * *
3978 GATGTTTG-CTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
124 GATG-TCGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTT
** * * * *
4042 ACTTAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAA
188 ACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAA
* * * * * *
4107 GTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTAT-ATTCAAATGTCTGCCTCGGAGAAA-GTG
252 GTTGAATTTTTTACATTTTTG-TT-AAAATAATTATAATT-GAATGT-TTCTTC-AAGAAACATG
* * * * * * * * * *
4170 AAGTAAAAGCTACTCATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAC-CAATACCTTCAATAGTCTTA
312 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCATTCAAAAGCCTTA
* ** * *
4234 GTACTTACTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGA
376 TTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCCCATATTTGA
4271 TTTTAAGTTA
Statistics
Matches: 761, Mismatches: 131, Indels: 82
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 15 0.02
512 176 0.23
513 231 0.30
514 57 0.07
515 29 0.04
516 239 0.31
517 11 0.01
518 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (503 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAACTATATTTTATATTTGATGTCG
ACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGC
CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTT
TTTACATTTTTGTTAAAATAATTATAATTGAATGTTTCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GATTTTATAATCCCATATTTGACATTAAGCTGAATTTGTTTACTTTTAGATTAAACAAACTATAA
TTGAATGTCCACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAGCCATCCAATGGATGC
Found at i:4846 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4550--10220 Score: 4426
Period size: 171 Copynumber: 33.3 Consensus size: 170
4540 NNNNNNNNNN
* * * * ** **
4550 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTTTGTGTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * * * * **
4615 ACATGAGGTAAAAGCCATTTATTGACAAAAAAAGTCCGTTTATAGTTACTCAAACCTTTGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
* * *
4680 TTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
4721 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGGTAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGG-AA
* * * * *
4786 ACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
* *
4851 TTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
4892 TTTTAAGTTGCATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCT-CTCTTAGGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-CTT-GGA
* * * * **
4956 AACATAAAGCAAAAGCCA-ACTATT----AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTGTCAAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TTGAA
* * * **
5015 AGCATTATTACTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCACGATTGA
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** ** ** *
5059 CTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTCCATGTCTATCTCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * * *
5124 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAACGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTTTAAAA
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG
* *
5188 CCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
5230 TTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTTAGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAA
* * * * * * * *
5295 ACGTGATGCAAAAGCCATCCATCGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAG
* * * * *
5359 CATTATTACTCGCTCTAAATGGTTTCATAATCTCATGATGGA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *** * * * ** *
5401 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTGTCAAG-TAAAATAGATTATAGTTGTATGTCTATCTTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGA
* * * * * * *
5465 AACGTGGAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGCCACTCATTCCTTCGAAAG
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG
* * * * *
5530 CTTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCCTAATTGA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
5572 TTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATGGAATGTCTG-CTTCAAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GGA
* * * * * **
5636 AACATAAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAA-AAAAGTCCATTGATAGTCACTCAAACCTTTGAAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * *
5700 -CCTCTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGA
128 GCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *** *
5743 TTGTAAGTTGAATTATTTTACATTTTGGGTTAAAACATATTAT-ATTTAATTATCAATCTTAAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTGCCTT-GGA
* * * * * *
5807 AA-AGTGAAGAAAAAGCCATTTATT-GAAAGAATAGCCCATTTATAGTCAGC-CATACCTTCGAA
64 AACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTGAA
* * *
5869 AACCTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGA
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
5913 TTTTAAGTTGAATTCTTTTATACTTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGTCTCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * * * * *
5978 ACATGAAGCAAAAGTCACTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAGAGC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
* ** * * * * *
6043 GTTATTACTCATTTTAAAAGATTTTATAATCTTAAAATTCA
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
6084 TTTTAAGTTG-ATTTTTCATACATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGA
** * *
6147 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG
* * *
6212 CCTCATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
6254 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAGGA
1 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGA
* * * * *
6319 AACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGTCTTTAAA
64 AACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
*** * *
6382 ATTTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** * * * * *
6426 TTTTAGGTTGAATGGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTTATGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAA
* ** * *
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*
6554 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
6597 TTTTAAATTG-ATTTTTTT-TCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGA
* * * * * * * * * ** *
6660 AACATGATGCAGAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCAGTTAAACCTTTAAAAG
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG
* * * *
6725 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAACTAA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * **
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1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGA
* * * * * * *
6831 AACATGAAAAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAATTCTTTTGGAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGAAA
* * * * * * *
6895 GCCTAAGTACTTGCTTCAAATGGCTTTATAATCTTATAATTAA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * * *
6938 TTTTAAG-TGAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGGCTGTTTGCATATGAA
1 TTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGA
* * * * * * * *
7002 AACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAA
* * * * * *
7066 CCCCTATTGCCCACTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * **
7108 TTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTGGGTTAAAACAAAATATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * * * * * *
7173 ACATGAAAAAAAAGCAATTCGTT-GAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACACATCCCTTCGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
* * *
7237 CTTAGTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *** *
7278 TTTTAAGTTGAATTTCTTCATATTTATGGTTAAAATATA-TATAATTGAATGTCTATTTTAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAA
* * ** ** * * *
7342 ACTTGAAGCAAAAGATACCCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAATCACTTAAT-CCTTTTAAA
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC-TCATGCCTTTGAAA
* *
7405 GCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTCTTTATAATCTCGTAATTGA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGA
** * * * * * * * *
7448 TTTTATTTTGAA-TTTTTAATATTTTTGATTAAAATAGATTACAATTAAATGTCAGCCTAGGGTA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * *
7512 ACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCACCCTTGCCTTCGAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCATGCCTTTGAAAG
* *
7576 CCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** * * *
7618 TTTTAAGTTG-ATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATATCTTATAAAAGAATGTTTGCATCAGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * ** * ** * **
7681 ACATGATGCAAAAGATATCCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCA-AACTTTAGAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAG
* **
7745 TCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
7787 TTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAACA-A-ATTATATTTGAATGTTTGCATTAAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGA
* * * ** * * *
7850 AACTTTAAAAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTA-TTA-TCCATTCCTTTTG-
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACT-CATGCC-TTTGA
* * * *
7912 AAGCCTAATTACTAGCTTCAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGA
126 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
7957 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCATCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * ** * * * * *
8022 ACATAAAGCAAAAGCCATCCACTGATAAGGAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAAC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
* * * * *
8087 CTTATTATTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCTTAATTCA
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
8128 TTTTAAGTT-AGATTTTTTTACA-TTTTGGACTAAAAAAAATAATATTTGAATGTTTG-TTTGGG
1 TTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GG
* * * * * * * ** **
8190 AACCGTAAGAAAAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTGTGCCTTCAA
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*** * *
8255 AAGCCTTATTACTTTTTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGA
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* * * * * *
8300 TTCTAAGTTGAATGTTTTTATATGTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCATCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * * * * * * * * **
8365 ACGTGAAGTAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATATTTACTCAAGACTTCAAAAGC
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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1 TTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GG
* * **
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* ** *
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* * *
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** * * * * * * * * * * *
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* * * * *
8770 CCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCTTAATTCA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** * * * * ** *
8812 TTTTAACTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTATCATGAGA
1 TTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GA
* * ** * **
8876 AGCATG-AGAATAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
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* * *
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* ** * * *
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1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAA
** * *
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* * * *
9110 GCCTTATAACTCGCTTTAAACGATTTAATAATCTCATAATTGA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
9153 TTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTATGGTT-AACTCAAATTATAATTGAATGTCTACTTTGAG
1 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-G
* ** *
9216 AAACATG-A-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTTCAAA
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
9451 CCTTA-TAGCTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGT
129 CCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
9493 TTTTAAGTT-AATTTGTTTTATATTTTTGGGTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTG-CTTCAAG
1 TTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GG
* * * * * * * **********
9556 CAATATGAAAAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTNNNNNNNNNNAAA
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* * *
9621 GCCTAATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * *
9664 TTTCAAATTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAATATATTATAATTAAATTTTTGCATCT-AAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * * * * * * * *
9728 ACGTGAA-ATAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGGAAG
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* * * ** *
9792 CCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTTTAATTCA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** * * * * * *
9834 TTTTAAGTT-AGA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TACTATTTGAATGTTTGTCTTGGG
1 TTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTA-TAATTGAATGTCTGCCTTGGA
* * * * **
9896 AACGT-AAGAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
64 AACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
*** * *
9960 GCCTTATTACTTTTTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
10003 TTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGTATGTTTACTTCTGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAA
* * * ** * *
10067 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
* * * *
10131 CTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAATTGA
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * **
10172 TTTTAAGTTCAGTTTTTTTACGCTTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
10221 TTGTTATAAT
Statistics
Matches: 4334, Mismatches: 1010, Indels: 313
0.77 0.18 0.06
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166 2 0.00
167 135 0.03
168 16 0.00
169 586 0.14
170 1360 0.31
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172 355 0.08
173 12 0.00
174 1 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
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CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
Found at i:5980 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4550--10220 Score: 4732
Period size: 341 Copynumber: 16.6 Consensus size: 339
4540 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
4744 TTTTGGTTAAAAAAAATTATATTTGAATGTCTGCCTT-GGTAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCAT
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* * * * * *
4808 TGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGTT
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* *
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* * * * ** **
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* * * ** * *
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* * * **
5080 ATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTCCATGTCTATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
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* * * ** * * *
5144 ATT-GAAACGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTTTAAAACCTTATTACTCGCTCTAAAT
255 ATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
*
5208 AGTTTTATAATCTCATAATTGA
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* * * * * * *
5230 TTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTTAGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTCTA-GAA
* * * *
5295 ACGTGATGCAAAAGCCATCCA-TCGG-TAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTC-AAGCTTTCGAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACT-GGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTT-GAA
* * * * *
5357 AGCATTATTACTCGCTCTAAATGGTTTCATAATCTCATGATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *** * * * * *
5422 AGTGTCAAG-TAAAATAGATTATAGTTGTATGTCTATCTT-AGAAAACGTGGAGAAAAAACCATT
192 A-TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAAA--TGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
5485 CATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGCCACTCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAAT
254 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* *
5550 GGTTTTATAATTTCCTAATTGA
318 GGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
5572 TTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATGGAATGTCTGCTTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTAGAA
* *
5637 ACATAAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAA-AAAAGTCCATTGATAGTCACTCAAACCTTTGAAA-
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAG
* * * * *
5700 CCTCTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTGTAAGTTGAATTATTTTACA
129 CCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
5765 TTTTGGGTTAAAACATATTATATTT-AATTATCAATCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTTA
193 TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAA-TGTCTATCTTAAGAAAA-TGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
5829 TT-GAAAGAATAGCCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGG
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
*
5893 ATTTATAATCTCATAATTGA
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* * * *
5913 TTTTAAGTTGAATTCTTTTATACTTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGTCTCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTCTAGAA
* * * * * *
5978 ACATGAAGCAAAAGTCA-CTCAATGGC-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAGA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATC-CACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAA
* ** * * * * * *
6041 GCGTTATTACTCATTTTAAAAGATTTTATAATCTTAAAATTCATTTTAAGTTG-ATTTTTCATAC
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTAC
* * * * ** *
6105 ATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * * * *
6169 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATAG
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
6234 TTTTATAATCTCATAATTGA
320 TTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
6254 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGC-CTTAGG
1 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATT-TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTC-TA-G
* * * * *** *
6318 AAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGG--AGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGTCTTTAA
62 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGA
*** * * * **
6381 AATTTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGGTTTTA
126 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
6446 TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTTATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTT
191 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTC
** * *
6511 ATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATCA-TCACCTTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
255 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
*
6575 GGTTTTACAATCTCATAATTGA
318 GGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
6597 TTTTAAATTGATTTTTTTTCAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTCT-AGAA
* * * * * * * * *
6661 ACATGATGCAGAAGCCATCCATTAGC-AAGAAAAGTTCGTTTATAGTCAGTTAAACCTTTAAAAG
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAG
* * * * *
6725 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
6919 TTTATAATCTTATAATTAA
321 TTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * *
6938 TTTTAAG-TGAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGGCTGTTTGC-ATATGA
1 TTTTAAGTTG-AATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTCTA-G-
* * * *
7001 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAG-TAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCTTTCGA
62 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTT-GA
* * * * * * *
7064 AACCCCTATTGCCCACTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGA
126 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * ** * * *
7128 TATTTTGGGTTAAAACAAAATATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCAATTC
191 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * * *
7193 GTT-GAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACACATCCCTTCGAAAGCCTTAGTACTTGTTTTAAATG
255 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
7257 GTTTTATAATCTCATAATTGA
319 GTTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** *
7278 TTTTAAGTTGAATTTCTTCATATTTATGGTTAAAATATA-TATAATTGAATGTCTATTTTAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTCT-AGAA
* ** * * * * * *
7342 ACTTGAAGCAAAAGATACCCATTGGC-AAGAAAAG-CCTATTTATAATCACTTAATCCTTTTAAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAA
* * ** * *
7405 GCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTATTTTGAA-TTTTTAAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * ** *
7468 ATTTTTGATTAAAATAGATTACAATTAAATGTC-AGCCTAGGGTAACGTGAAGAAAAAACCATTC
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTA-AG-AAAATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
7532 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
255 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
*
7596 GGTTTTATAATCTCATAATTTA
318 GGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** *
7618 TTTTAAGTTGATTTTTTTTAT-TTTTAGTTAAAATATCTTATAAAAGAATGTTTGCATC-AGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTA-GAA
* ** * *
7681 ACATGATGCAAAAGATATCCA-TCAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAA-CTTTAGAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACT-GGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTT-GAA
* ** *
7743 AGTCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTAC
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * **
7808 ATTTTTGGGT-AAACAAATTATATTTGAATGT-T-TGCATTAAGAAACTTTAAAAAAAAATCATT
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTAT-C-TTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
7870 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTA-TTATCCATTCCTTTTG-AAGCCTAATTACTAGCTTCAA
254 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCA-CCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
*
7933 ATGGTTTCATAATCTCATAATTGA
316 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
7957 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCATCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTAGAA
* * * * * * *
8022 ACATAAAGCAAAAGCCATCCACT-GATAAGGAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAG
* * * * *
8086 CCTTATTATTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCTTAATTCATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA
* * * * * * ** * *
8150 -TTTTGGACTAAAAAAAATAATATTTGAATGTTTGT-TTGGGAACCGTAA-GAAAAAAAAGTCAT
193 TTTTTGG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAA----AATGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** * **
8212 TTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTGTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTTTTTAAA
253 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* *
8277 TGGCTTTACAATCTCATAATTGA
317 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
8300 TTCTAAGTTGAATGTTTTTATATGTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCATCTAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTAGAA
* * * * * * **
8365 ACGTGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-TAAGAAAAGTCTATTTATATTTACTCAAGA-CTTCAAAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-ACCTTTGAAA
* * * * * *
8428 GCCTCATTATTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCTTAATTCATTTTAAGTT-AGATTTTTTCTA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TA
** * * * **
8492 CATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGTCTTGGGAAAAGTG-AGAAAAAAGCCATT
191 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAAA-TGAAG-AAAAAGCCATT
* * * * *
8556 CATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGCCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTGCCTT-TTTTAAA
254 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATT-ACTTGCTTTAAA
*
8619 TGGTTTTACAATCTCATAATTGA
317 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
8642 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCATTTGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTAGAA
** * * * * * * *
8707 ATGTGAAGCAAAAGCTATCCACTAG-TAAAAAAAGT-TATTTATAGTCACAC-AAGCTTTCAAAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTT-GAAA
* * * * * * *
8769 GCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCTTAATTCATTTTAACTT-AGATTTTTTTAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAC
** * * * * * * *
8833 ATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTATCATGAGAAGCATG-AGAATAAAACCATTC
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAA-AATGAAGAA-AAAGCCATTC
** *
8897 ATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTG-TTTAAAT
255 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TTGCTTTAAAT
* *
8961 GATTTTACAATCTCATAATTGA
318 GGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
8983 TTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTACTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTAC-CTTAGGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTC-TA-GA
** * *
9047 AACATGAAG-TGAAGCCATCCATTGG--AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCTTTCGA
63 AACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTT-GA
* * * *
9108 AAGCCTTATAACTCGCTTTAAACGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTT
126 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* ** * * *
9172 ACATTTATGGTTAACTCAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACATG-A-AAAAAGCCAT
190 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATC-TTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCAT
**
9234 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
253 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTA
* *
9297 AATGGTTTTATGATTTCATAATTGA
315 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
9322 ATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACT-TGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTCT-AG-A
* * * *
9386 AACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC-ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
63 AACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAA
* * *
9450 GCCTTA-TAGCTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTT-AATTTGTTTTA
128 GCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTA
* * * * * * * *
9513 TATTTTTGGGTAAAATAGATTATATTTGAATGTCT-GCTTCAAGCAATATGAAAAAAAAACTATT
191 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTT-AAG-AAAATGAAGAAAAAGCCATT
* * ********** * *
9577 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTNNNNNNNNNNAAAGCCTAATTACTTGCTTCAAAT
254 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
9642 GGTTTTATAATCTCATAATTGA
318 GGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
9664 TTTCAAATTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAATATATTATAATTAAATTTTTGCATCTA-AA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTAGAA
* ** * * ** * *
9728 ACGTGAAATAAAAGCCATCCACTAG-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGGAAG
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAG
* * * ** *
9792 CCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTTTAATTCATTTTAAGTT-AGA-TTTTTTACA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA
** * * ** **
9855 TTTTTTATTAAAACAGA-TACTATTTGAATGTTTGTCTTGGGAACGT-AAGAAAAAAGCCATTCA
193 TTTTTGGTTAAAACAGATTA-TATTTGAATGTCTATCTTAAGAAAATGAAG-AAAAAGCCATTCA
* * * ** *
9918 TTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTTTTTAAATAG
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
*
9983 TTTTACAATCTCATAATTGA
320 TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
10003 TTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGTATGTTTACTTCTGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TCTAGAA
* * ** * *
10067 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAG
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAG
* * * * * * *
10130 CCTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTACGC
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-A
* * *
10195 TTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGA
193 TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGA
10221 TTGTTATAAT
Statistics
Matches: 4349, Mismatches: 806, Indels: 351
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTCTAGAAAC
ATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGA
Found at i:10461 original size:241 final size:239
Alignment explanation
Indices: 9993--10466 Score: 590
Period size: 240 Copynumber: 2.0 Consensus size: 239
9983 TTTTACAATC
* * * * ** *
9993 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGTATGTTTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGATTACAATTCAATGTCTA
* * * * *
10058 CTTCTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCAAGCC
66 CCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAATCACCCAAGCC
* * * * * *
10123 TTCAAAGCCTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTT
131 TTCAAAGCCTTACTACTCATCTTAAATCGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* * * * *
10188 TTTACGCTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGATTGTTATAATG
196 TTTACGATTCTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTATAATG
* *
10232 TCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTAGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAAAAGATTACAATTCAATGTCT
* * * * *
10297 ACCTCAGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGC
65 ACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAATCACCCAAGC
* * * *
10362 CATTGAAAGCTTTACTACTCATCTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
130 C-TTCAAAGCCTTACTACTCATCTTAAATCGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
* *
10427 TTTTTA-TATTGCTTGTGAGAATAGATTATAATTGAATGTT
194 TTTTTACGATT-CTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTT
10467 TGCCTTAGGA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 36, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (239 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAGATTACAATTCAATGTCTA
CCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAATCACCCAAGCC
TTCAAAGCCTTACTACTCATCTTAAATCGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
TTTACGATTCTTGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTATAATG
Found at i:10554 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10224--11448 Score: 838
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 168
10214 TAATTGATTG
* * * * *
10224 TTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * * * *
10289 CAATGTCTACCTCAGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAATC
64 GAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-TCCTTTATAGTC
* * *
10354 ACCCATGCCATT-GAAAGCTTTACTACTCATC-TTAAATCGTT
128 ACTCATGCC-TTCGAAAGCTTTATTACTC-TCTTTAAATAGTT
* * *
10395 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGCTTGTGAGAATAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT--TTGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * *
10460 GAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAGAAGCCATCCATTGAAAAGAGAAG-CCTGTCTATAGT
64 GAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-T-TATAGT
*
10524 CACTCATGCCTTCGAAAGATTTATTACTCAT-TTTAAATAGTT
127 CACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-TCTTTAAATAGTT
* * *
10566 TTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGTTAAAATAGA-T-T-A-T-
* * * *
10631 AATTGAATGTCTG-CTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTGCCAAGAAAAGTCAATTTA
60 AATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC-CTTTA
* * * * *
10695 TAGTCGCT-TTAACTTTCGAGAA-CCTTATTACT-TGCTTTAAA-AGGTT
123 TAGTCACTCAT-GCCTTCGA-AAGCTTTATTACTCT-CTTTAAATA-GTT
* * * *
10741 TTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTCTATTAAAATATATTATAATTA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TGTTAAAATAGA-T-T-A-T-
* * ** * * * *
10806 AATTGAAAGTCTG-CTTCGGGAAATGTGAAGCAAATGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCCAATTA
60 AATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-TTTA
* * * * *
10870 TAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
123 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
* * * *
10916 TTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAAATTATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTG-TTAAAATAGATTATAATTG
* * * ** * *
10981 AATATCT-ACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 AATGTCTGCCTT-AGGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-TTTATAGT
* * *
11045 CACTCATGTCTTCCAAAACTTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
127 CACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
* * *
11087 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TT-GTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * * * * *
11152 AAATGTTTACATTAAGAAACGTAAAGCAAAAGCTA-CCAATTGGCAAGAAAAGTGTCTTTATAGT
64 GAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTGACAAGAAAAGT-CCTTTATAGT
* * * * * * *******
11216 CACTAAAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTANNNNNNN
127 CACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
*** * * * * * *
11258 NNNTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGGATTTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGATAATATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTT-T-GTTAAAATAGATTATAAT
********** * * ** ** ** *
11323 TGNNNNNNNNNNTTAGGAAACATAAAGAAAAAATCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
63 TGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC-CTTTATAGT
* * *
11388 CACCCATACCTTCGAAAGCTTTATTACT-TGCTTTAAATGGTT
127 CACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCT-CTTTAAATAGTT
11430 TTATAATCTCATAATTGAT
1 TTATAATCTCATAATTGAT
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 184, Indels: 79
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 36 0.04
171 356 0.43
172 149 0.18
173 6 0.01
174 14 0.02
175 261 0.31
176 5 0.01
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
ATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTATAGTCACT
CATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
Found at i:10744 original size:175 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10385--11151 Score: 680
Period size: 175 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
10375 ACTACTCATC
* * * *
10385 TTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGCTTG-TGAGAAT
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT--TTGATTAAAAT
* * * * * * * *
10449 AGATTATAATTGAA-T---GTTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGCAGAAGCCATCCATTGAAAAGAG
64 ATATTATAATTGAATTGAAGTCTG-CTTCGAGAAACATGAAGCAAAAG-CTTCCATTGACAAGAA
* ** * * * ** ***
10509 AAGCCTGTCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGATTTATTACTCATT
127 AAGTCAATTTATAGTCACTCA-ACTTTCGAAA-CCTTATTACTTGCT
* *
10556 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAT
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAATAT
* *
10621 ATTATAATTGAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTGCCAAGAAAA
66 ATTATAATTGAATTGAA-GTCTGCTTCGAGAAACATGAAGCAAAAG-CTTCCATTGACAAGAAAA
* *
10686 GTCAATTTATAGTCGCTTTAACTTTCGAGAACCTTATTACTTGCT
129 GTCAATTTATAGTCAC-TCAACTTTCGA-AACCTTATTACTTGCT
* *
10731 TTAAA-AGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTCT-ATTAAAAT
1 TTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TGATTAAAAT
* * ** * *
10794 ATATTATAATTAAATTGAAAGTCTGCTTCGGGAAATGTGAAGCAAATGCTATCCATTGATAAGAA
64 ATATTATAATTGAATTG-AAGTCTGCTTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCT-TCCATTGACAAGAA
* * *
10859 AAGTCCAA-TTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCT
127 AAGT-CAATTTATAGTCACTCAA-CTTTCGAAA-CCTTATTACTTGCT
* * * * *
10906 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAA
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAATAT
* * ** * *
10971 ATTATAATTGAA-T--A-TCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
66 ATTATAATTGAATTGAAGTCTGCTTCGAGAAACATG-AAGCAAAAG-CTTCCATTGACAAGAAAA
* * * * *
11032 GTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCCAAAACTTTATTACTCT-CT
129 GTCAATTTATAGTCACTCA--ACTTTCGAAACCTTATTACT-TGCT
* * * *
11077 TTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATA
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGATTAAAATA
*
11142 GATTATAATT
65 TATTATAATT
11152 AAATGTTTAC
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 80, Indels: 49
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 33 0.07
171 143 0.29
172 25 0.05
174 14 0.03
175 264 0.54
176 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAATAT
ATTATAATTGAATTGAAGTCTGCTTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTTCCATTGACAAGAAAAGT
CAATTTATAGTCACTCAACTTTCGAAACCTTATTACTTGCT
Done.