Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399768.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_301.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 26161 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:20354 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19477--21278 Score: 1246
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
19467 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
19477 AACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGTAGGAATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
** * * *
19542 GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCCAGAGACAAA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCA-AGGCAGA
* * * * * *
19605 CATTCAATTAGAATTTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTT
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTC
* * * **************
19648 AACTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAACTAGTT-AANNNNNNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
19712 GGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTTACAT-TTCTT--GAGGCAA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTC-TT-CATGTT-TTCCAAGGCAG
* ** * ** *
19774 ACATTCAATTGTTGTCTATTTTCACCTAAAATGTAAAAAAAATTC
128 ACATTCAATTATAATCTATTTT-AAC-AAAAAATATAAAAAATTC
********** * ** * *
19819 AACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAACGA--ACT-----TTTCTTAAGAGAA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAG-GAA
* * * * * * * ** *
19877 TGGGTGATTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGACT-ACCTTTTTCTTTACG-TTTCTGGAGGTA
64 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCA
* *
19940 GACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAAGTA-ATAAAATTC
127 GACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAATTC
* ** *
19985 AACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTAT
1 AACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
** * * ** ** **
20049 AAGTGACTATAAAT-TATCTTTTCTA-CACAATAAATGGTTTTTTTCTTCATGTTGCCCAAGATA
65 GGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTAGC-CAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCA
* * * * *
20112 GACATTCAATTAAAATCTATTTGAACTAAAAATGTAACAATATTC
127 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTC
* * *
20157 AACCTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
20221 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGTAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGAT
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGAC
* * *****
20285 ATTCAATCATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAANNNNNN
130 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTC
**** * * *
20327 NNNNTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGTGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
20392 GATGACAACAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTTCCGAGGTCA-A
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGG-CAGA
* * * *
20455 CATTTAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTTC
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AA-TTC
* * * * *
20499 -ACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * *
20563 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTA-CCGATGAATGCCTTTTTTTTACAT-TTCT-CAAGGCAGA
66 GGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTT-CATGTTTTCCAAGGCAGA
* * * *
20625 CATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGCTAAAGAATTC
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAATTC
* **
20668 AACTTGAAATGGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * * *
20732 TGGTGACTGTAAATGGACTTTTC-ATGCCAAT-AACCGTCTTTTCCTTTACG-TTTCTAGAGGTA
65 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTA-GCCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTTCCA-AGGCA
* *
20794 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTC
127 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTC
* * * * * *
20839 AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCAGG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * * **
20904 GGTCACTATAAATTGAGTTTTCTAGTCAATAAATGACTTTTTCTGCATGTTTCCCGAGATAGACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACA
* *
20969 TTCAATTAAAATCTATTTGAAC-AAAAATATAAAAATATTC
131 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTC
* * * * *
21009 AACCTAAAATCAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* ** * * *
21074 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTAATCAATGAATGGCTTTTCCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGAC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAGAC
* * *
21138 ATTCAATCATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
130 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTC
* * * * *
21180 AACTTAAAATCATTTACT-AG-TTTTCAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
1 AACTTAAAATCAATTA-TGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
21243 TGGATGACTATAAATAGA-TTTTCTTGCCAATTAATG
64 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG
21279 CCTTCGTCTT
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 306, Indels: 129
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 5 0.00
166 47 0.04
167 65 0.05
168 3 0.00
169 22 0.02
170 440 0.35
171 541 0.43
172 128 0.10
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
Found at i:20648 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 19939--24090 Score: 2577
Period size: 341 Copynumber: 12.2 Consensus size: 332
19929 TTCTGGAGGT
* *
19939 AGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAA-AGTAATAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATA-T-A-AAAATTCAACCTAAAATC-AATTAT
* * ** * * * *
20002 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAAT-TAT
61 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAATGGA-
* * * * * * * *
20066 CTTTTC-TACACAATAAATGGTTTTTTTCTTCATGTTGCCCAAGATAGACATTCAATTAAAATCT
124 CTTTTCTTAC-CAATGAATGG-CTTTTCCTTCAAGTT-TCCGAGGTA-ACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
20130 ATTTGAACTAAAAATGTAACAATATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAA
185 GTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
20195 GTTAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGTATAGCT
249 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAAT-GCT
* *
20259 TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGC
313 TTTTTTTCAT-TTCT-CAAGGC
* * * ********
20281 AGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAA--ATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * *
20346 GCTTATAAAACTATTTAAAGTGAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACAACAAATGGACTT
63 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACAATAAATGGACTT
* *
20411 TTCTTACCAATGAATGGCTTTGT-CTTCAAGTTTTCCGAGGTCAACATTTAATTATAATTTGTTT
127 TTCTTACCAATGAATGGCTTT-TCCTTCAAG-TTTCCGAGGT-AACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
20475 TAACTAAAAATATAAAAGAATTTC-ACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
189 TAACAAAAAATGTAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
20539 AGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTA-CCGATGAATGCCTTT
252 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTAGTCAATGAATG-CTTT
20603 TTTTTACATTTCTCAAGGC
315 TTTTT-CATTTCTCAAGGC
* * * * **
20622 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGCTAAAGAATTCAACTTGAAATGGATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAT-ATAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGA
**
20687 GATTATAAAACTATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTGTAAATGGACT
63 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACAATAAATGGACT
* * * * * * * *
20751 TTTCATGCCAAT-AACCGTCTTTTCCTTTACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
126 TTTCTTACCAATGAA-TGGCTTTTCCTTCAAGTTTC-CGAGGT-AACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
20815 TTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
188 TTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
20880 AGTGATAAGGCTTTCGAAGGCAGGGGTCACTATAAATTGAGTTTTCTAGTCAATAAATGACTTTT
252 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATG-CTTTT
* * * * **
20945 TCTGCATGTTTCCCGAGAT
316 TTTTCA--TTTCTCAAGGC
* * *
20964 AGACATTCAATTAAAATCTATTTGAACAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGGG
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATAT-AAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
21029 TTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAATGGACTTT
* * * * *
21094 TCTAATCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATCATAATCTGTTTTA
128 TCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCAAGTTTCC-GAGGTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
21159 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTACT-AG-TTTTCAAAACCATTTAAAGTTA
191 ACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGA
* * * * * **
21222 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATAGA-TTTTCTTGCCAATTAATGCCTTCGT
253 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATG-CTTTTT
* *
21286 CTTCATACTTCTCGAGGC
317 TTTCAT--TTCTCAAGGC
* * *
21304 ATA-ATTCAA-T-T-ATC----GT-------ATAT-----TT-----TAAAATCAATTATTAGAT
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
21344 TATAAAA-TCATTTAAAGCT-AGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATTGACTTT
66 TATAAAACT-ATTTAAAG-TGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAATGGACTTT
* * * * *** * * *
21407 TCTTACCAATGATTGCCTTTTCCTTTATGTTTTTAAAGATAGACATTGAATTATAATATGTTTTA
128 TCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCAAG-TTTCCGAGGTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * **
21472 ACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAA-CTAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
191 ACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * * * * *
21536 TAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATTGACTTTTCTAGTTAATAAATAG-GTTTTC
254 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAAT-GCTTTTTT
* **
21600 ATCATGTT-TCCTGGGAC
318 TTCAT-TTCT-CAAGG-C
* * * * *
21617 AGACATTCAATTAAAATTTATTTGAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAACAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATAT-AAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
21682 TATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTT
63 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAATGGACTT
* * * * * * * ** * * *
21747 TTCTAATCAATAAATGTCTTGTT-CTTCATGTCTACTGAGACAGACATTTAATTATAGTCTATTT
127 TTCTTACCAATGAATGGCTT-TTCCTTCAAGT-TTCCGAGGTA-ACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
21811 TAATAAAAAATGTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCATTAAAAGAGAG
189 TAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
21876 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTT
254 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATGAAT-GCTTTTT
* *
21940 CTTCATGTTTCTTAAGGC
317 TTTCA--TTTCTCAAGGC
* * * * * * * *
21958 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTGTGAGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATAT-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* ** * ** *
22023 TTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATTGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAATGGACTTTT
* * * ** * * * *
22088 CTTACCAATGAATGCCTTTT-TTCTCACA-TTTCTCAAGACAGATAATCATTTATAATCTATTTT
129 CTTACCAATGAATGGCTTTTCCT-TCA-AGTTTC-CGAGGTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
22151 AACAAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTCAAAGTTAG
190 AACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * *
22216 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTA
254 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAAT-GCTTTTTT
* * * *
22281 ATCATGATTCCCAACGT
318 TTCAT--TTCTCAAGGC
* ** * *
22298 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAGGTATAAAACTATTCAACTTAAAATCAATTGTGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAA--ATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * ** * * * * * * *
22363 GATTATAAAACTAATTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGGCACGTGTAACTATAAATGAACTT
63 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACAATAAATGGACTT
* * **** * * *
22428 TTC-TAGTCAATGAATGG-TTTTTCTTTGTTTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTT
127 TTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTCCTTCAAGTTTC-CGAGGTA-ACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * ** *
22491 GAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTCCAAAACCATTAAAAGTGA
189 TAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* *** * * *
22556 GTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGACAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTG
253 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATG-CTTTTT
* * *
22621 CTTCACGTTTCTCGAGGT
317 TTTCA--TTTCTCAAGGC
* ** * * * *
22639 AAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTACGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAT-ATAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * ** *
22704 GATTGTAAAACCATTTAATGTGAGTAACAA-GATTTTCGAA-GTCTCGAGTGACTATAAATGGAC
63 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-GAAGGAAT-G-GTGACAATAAATGGAC
* ** * * * * * * * *
22767 TTTTCATGTCAACT-AAT-GCTTTT-TTTCTTAATGTTCCTCAAGGCAGGCATTTAATTGTAGTC
125 TTTTCTTACCAA-TGAATGGCTTTTCCTTC--AA-GTTTC-CGAGGTA-ACATTCAATTATAATC
** * * * *
22829 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAATAAATT-AATTTAAAATCAATTGTGAGATCATAATA-CAGTT
184 TGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT
* * * * * *
22892 TAAAGTGAGCAGTAAGGCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAA
245 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTC-AATGAA
* * *
22956 TGCCTTTTTCTTT-ATGTCTCTAGATGT
309 TG-CTTTTT-TTTCATTTCTC-A-AGGC
* * * * * * * *
22983 AGACATTCAATTAGAGTTTGTTTGAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACAAAAA--TATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * *
23048 GATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTT
63 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAATGGACTT
* * * * * * ** * **
23112 TTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTCCTCAAGAAAAACATTCAACTATTGTCTGTTTT
127 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCAAGTTTC-CGAG-GTAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * *
23177 AAGTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
190 AACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * *
23242 TAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGATTGTAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGACTGCCTTTTC
254 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTAGTCAATGAATG-CTTTT-
* * * ***
23306 CTTTACGTTT-TTAGAAAT
316 -TTTTCATTTCTCA-AGGC
* * *
23324 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-C-AAAAA-TATAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATG
* * * * *
23388 AGATTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATTGG-C
62 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACAATAAA-TGGAC
* * * * * *
23451 TTTTC-TACTCAATAAATGACCTTTT-CTTCATGTTTCCCA-ATACAAACATTCAATTAAAATCT
125 TTTTCTTAC-CAATGAATG-GCTTTTCCTTCAAGTTTCCGAGGT---AACATTCAATTATAATCT
** * * * * * * *
23513 ACTTAAACTAAAAATGTAATAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTCAAA
185 GTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
23578 GTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATAGATTTTTGTACTCAATGTATGGTT
249 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGCTT
* *
23643 TTTTCTTCATGTT-TCCTAGGAT
314 TTTT-TTCAT-TTCT-CAAGG-C
* * * *
23665 AGATATTCAATCATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATAT--AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * *
23730 GATTATAAAA-TCATTCAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA-ATATAAATGGG
63 GATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACA-ATAAATGGA
* ** * *
23792 CTTCTCTTGTCAATGAATGGCTCTTTCC-TCACGTTTCTCGAGGTAAACA-TCCATTCATAATCT
124 CTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTCCTTCAAGTTTC-CGAGGT-AACATTCAATT-ATAATCT
* * * *
23855 ATTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAA
185 GTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
23919 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAAGGGACTTCTCTTACT-AATGAATGC
248 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATGAATG-
* ** * *
23983 CTTTCTCCTCACTTTTCTTATGGC
311 CTTTTTTTTCA--TTTCTCAAGGC
* * * * * *
24007 AGCCGTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTTAAAATATTCAACTTAAAATAAATTACGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAT-ATAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* *
24072 GATTACAAAACCATTTAAA
63 GATTATAAAACTATTTAAA
24091 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 3024, Mismatches: 603, Indels: 366
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
311 1 0.00
312 12 0.00
313 204 0.07
314 26 0.01
315 2 0.00
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TATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACAATAAATGGACTTTTCT
TACCAATGAATGGCTTTTCCTTCAAGTTTCCGAGGTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGCTTTTTTTTCATTTC
TCAAGGC
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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1 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * ** * * * **
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* * *
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* * * * * *
21666 CTAAAAACAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
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* ** * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * **
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* * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** * * **
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1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
22582 AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTA-A-ACAT
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** *
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* * * * * ** *
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1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAAT-GG
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * **
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1 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * * * *
23779 GAATATAAATGGGCTTCTCTTGTCAATGAATGGCTCTTTCCTCACGTTTCTCGAGGTA-A-ACA-
66 GACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAG-ACAGACAT
* * * *
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128 TCAATT-ATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAAC
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1 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * * * * *
23949 TGACTATTAAGGGACTTCTCTTA-CTAATGAATGCCTTTCTCCTCACT-TTTCTTATGGCAGCCG
65 TGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGACAGACA
*
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* * *
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24335 NNNNNNNNNN
* * ** * *
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* * * * *
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* **
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*
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* * *
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* * * *
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AATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATACCTTTTTCTTAATGATTCTAGAGCCA
AACATTCAATTATAGTATGGTTTAACCAAAAATATAAAAAA
Found at i:25286 original size:172 final size:172
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* * * ****
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* * * *
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* *
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* ** * *
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* * *
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* * *
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AATTATAGTCTGTTTCAAGAAAAAATGTAAAAAAAATTCAAT
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33435 NNNNNGTTCA
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*
33455 ATTATAATCAAA
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1 ATTATAATCT
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1 ATTATAATC
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ATTATAATCT
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*
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* * * * * *
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** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
39189 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAGGGGTGACTATAAATTG-ACT
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* * *
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* * * * *
39296 AAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
39361 GATTACAACACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
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* * *
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* * * * * * *
39467 AAACATTTAATCATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAATATTGAACTTAAAATCAACTATGA
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* * * * * * * *
39532 GATTATAAAACTATTTAAGGGGAGTAGTAGGGCCTTTGAAGTAATGAGTGACTATAAATAGACTT
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
39638 AAATAATCAACTGTATTCTGTTTTAA-GTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
39702 GTTTATAAAACTATTTAGAA-TGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATAGATGACTATAAATGGACT
66 GATTATAAAACTATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-GAACT
** * *
39766 TTTCTTACCAATGAAT-GCTTCTTTCTTCACGTTTTTCGAGGC
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* * * *
39808 AGACATTCAATTATAATTTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
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Statistics
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Found at i:39491 original size:343 final size:338
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Indices: 38766--39856 Score: 1138
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 338
38756 GGCTCCTTCC
* * * * * *
38766 TCATG-TTTCTCGAGGTAAACATCCAATCATAATCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAATATTCAA
1 TCATGTTTTCT-GAGGCAGACATTCAATCAT-ATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * **
38830 CTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTCG
63 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAG
* * * * * *
38895 TGACTATTAAGAAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCCTCACT-TTTCGTATG-GTAAATA
127 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTTCTTACTGTTTC-TA-GAGTAAATA
* * * * * * *
38958 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAATATTTGACTTAAAATCAATTACGAGATGA
190 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
39023 CAAAACTATTTAAATTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGCACTTTTCGT
255 CAAAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
*
39088 GTCCATGAATACCTTTTTCT
319 GTCAATGAATACCTTTTTCT
** *
39108 TCATG-TTTCTTGAGGCAGACATTCAATTGTAGTTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
1 TCATGTTTTC-TGAGGCAGACATTCAATCATA-TTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
39172 CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAGGGG
63 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAG
* * * * *
39237 TGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAACGAATGCCTTTTTTCTTACTGTTTCTAGAGCCAAACAT
127 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTTCTTACTGTTTCTAGAG-TAAATAT
* * * *
39302 TTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAC
191 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * *
39367 AACACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
256 AAAACTATTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* *
39432 TTAATGGATACCTTTTTCT
320 TCAATGAATACCTTTTTCT
* * * * * *
39451 TCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATCATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAATATTGAAC
1 TCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATCATATT-TGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
39516 TTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGGGAGTAGTAGGGCCTTTGAAGTAATGAGT
64 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGAATGAGT
* ** *
39581 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTTAC-GTTTCTTTATGTAAATAA
128 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTTC-TTACTGTTTCTAGA-GTAAATAT
* * * * * * * *
39644 TCAACTGTATTCTGTTTTAAGT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGTTTAT
191 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
* * * * * *
39708 AAAACTATTTAGAATGAGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA
256 AAAACTATTTA-AATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* *
39773 CCAATGAAT-GCTTCTTTCT
320 TCAATGAATACCTT-TTTCT
* * *
39792 TCACGTTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
1 TCATGTTTTCT-GAGGCAGACATTCAATCAT-ATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
39856 C
63 C
39857 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 111, Indels: 35
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 153 0.25
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343 267 0.43
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATCATATTTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTTCTTACTGTTTCTAGAGTAAATATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
TATTTAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATG
AATACCTTTTTCT
Found at i:44442 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43722--44670 Score: 630
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
43712 NNNNNNNNNN
* * * * * *
43722 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGGCCATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * * **
43787 TATAGTCTTTCCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCTCATTTCCCAATGTAGGCATTTTATTAT
66 AAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTTC-TCACATTT-CTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
43851 AGTATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACT
128 AATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * *
43893 CAATTATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGGAGGAATGGGTGATTGTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
* * * * * *
43957 AATGGACCTTTCTTACCAATGACA---ATCTTTGC-CTTCATGTTGCTCGAGGTAGACATTCAAT
66 AATGG-CTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTCTTTTCTC-ACAT-TT-CT-AAGGTAGACATTCAAT
* * * ****
44018 TATAATCTATTTTAACCACAAATATAAAAAAATTCAACCTANNNN
125 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
****** ** * * * **
44063 NNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGATTTTAAAAGAATGAATGACTAT-
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
** * * ** * *
44127 AATGGGCTTTTCTAT-TAAATAAATGGCT-TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTA
66 AAT-GGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTCTTT-TCTCACATTTCT-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
44190 TAATCTAGTTTAACTACAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAAT
127 TAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ********** * *
44233 CAATTATGAAATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGAATATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
* * * *
44298 AATCGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTCTTTTCTCACATTTCTAGAGGTAAACATCCAATCATA
66 AAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTTCTCACATTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATA
* * *
44363 ATCTATTTTAACGAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
129 ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
44404 CAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTAT
* * * * *
44468 AAA-GAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GC-CTTTCTCCTCACTTTTTTTATGGCAGGCATTCAAT
65 AAATG-G-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTT-T-CTCAC-ATTTCTAAGGTAGACATTCAAT
* * * *
44530 TGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAATATTCAACTTAACAT
125 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
44575 CAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAATTGA-TGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
* * * *
44639 AATGCACTTTTCGTGTCAATGAATGCCTCTTT
66 AATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTT
44671 CTTCATGTTT
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 159, Indels: 55
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 5 0.01
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172 14 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
AATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTTCTCACATTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAAT
CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
Found at i:46513 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46218--46610 Score: 445
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
46208 TGTTTAACTG
* * *
46218 AAAAA-GTAAAAAAATTTAA-TTCAAAATCAATTACGAGATTACAAAATCATTTAAAACAAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAA
* * * * **
46281 TAAGACTTTCGAAGGCACGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTTCTTC
65 TAAGACTTTCAAAGGCACGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATACCTTTTTCTTC
* *
46346 ATGTTTCCTAAG-GTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAACC
130 ATATTT-CTAAGAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * **
46388 AAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAATTCATTTTAAGTAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAAT
* ** **
46453 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTGAT-C-AATGGCTACCTTTTTCTT
66 AAGACTTTCAAAGGCACGAGTGACCATAAATGGACTTTTCT--TCCTAATGAATACCTTTTTCTT
* * * * *
46516 TATATTTGTCAGAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
129 CATATTTCTAAGAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * *
46559 AAAGATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
46611 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 33, Indels: 9
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.04
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173 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACAAGTAAT
AAGACTTTCAAAGGCACGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATACCTTTTTCTTCA
TATTTCTAAGAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
Found at i:48887 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 48602--49103 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
48592 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * * * *
48602 TATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATGACTACCTTTCCCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATAGTAAA
1 TATAAATGGACTTTTC-TGACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
* * * * * *
48666 TTAAAATATG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTACGAGATTACAAAA
65 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
48730 TCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCACGAGTGGC
130 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGAGTGAC
* * * **
48772 TATAAATTGACTTTTCT-TCTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGATAAACATTCA
1 TATAAATGGACTTTTCTGAC-CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGATAAACATTCA
* * * * *
48835 ATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAAATTAAATTCAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * **
48900 TTCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
129 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGAGTGAC
** * * *
48943 TATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGCTACCTTTTTCTTCATGTTTGTCATGGTAAACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTGACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAAT
* * *
49008 TATAATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
66 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* *
49073 CATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGG
131 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
49104 AATAGACTTT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 58, Indels: 11
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 52 0.19
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172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATAAATGGACTTTTCTGACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGAGTGAC
Found at i:49255 original size:328 final size:328
Alignment explanation
Indices: 48793--49414 Score: 827
Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 328
48783 TTTTCTTCTT
* * * * *
48793 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCATTTTCTTCACGTTTCCAAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAA
* * * * ** * *
48858 ATGTAAAAAAACTCAAATTAAATTCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAACTCAAACTAAAATCAATGATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGG
* **
48923 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGACCAATGGCTACCTTTTTCTTCATGT
131 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTG-CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
48987 TTGTCATGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAATTTTAACTTAAAA
195 TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
49052 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATAGACTTTTCT
260 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATAGACTTTTCT
49117 AGTA
325 AGTA
* * *
49121 AATGAATGGCATTTTCTTTACGTTTCCCAAAG-TAGAGATTCAATTATAACCTGTTTTAA-CAAA
1 AATGAATGGCATTTTCTTCACGTTT-CCAAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAA
** * * *
49184 ATATGTAAAAAAGTTTAACCTAAAATCAATGATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAA
65 A-ATGTAAAAAAACTCAAACTAAAATCAATGATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAA
* * * * *
49249 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATGAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTGATG
129 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATG
* * * * *
49314 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAA
194 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
*
49379 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
49415 AACAAGGCCT
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 41, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
327 5 0.02
328 238 0.95
329 7 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
AATGAATGGCATTTTCTTCACGTTTCCAAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAACTCAAACTAAAATCAATGATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGG
CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATAGACTTTTCTA
GTA
Found at i:49406 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 49158--49501 Score: 449
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
49148 CAAAGTAGAG
* * *
49158 ATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAATATGTAAAAAAGTTTAACCTAAAATCAATGATGAGGTC
1 ATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATGATGAGATC
* * * *
49223 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATGAATGGACATTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCCTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCT
* *
49288 TGCCAATGAA-TGCCTTTTTCTTGATGTTTCTCAAGGCAAAC
131 TACCAATGAATTG-CTTTTTCTTGATATTTCTCAAGGCAAAC
*** * * * *
49329 ATTCAATTATAGTTTGTTTTCACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAACCTGTTTTAAC-AAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATGATGAGAT
* ** *
49393 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCCTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 CATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCCTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTC
* * *
49458 TTACCAATGAATTGCTTTTTCTTTATATTTTTTAAGGCAAAC
130 TTACCAATGAATTGCTTTTTCTTGATATTTCTCAAGGCAAAC
49500 AT
1 AT
49502 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 23, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 142 0.96
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAATATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATGATGAGATC
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCCTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCT
TACCAATGAATTGCTTTTTCTTGATATTTCTCAAGGCAAAC
Found at i:50231 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 49785--51343 Score: 1357
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
49775 NNNNNNNNNC
* * * *
49785 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
49850 TTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGATA-GAATCGGTGACTATAA
64 TTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
49913 ATAGACTTTTTCT-GCTAATGACTATG-TTTCTCTTCATGTTT-TT
127 ATGGAC-TTTTCTAGCCAATGA--ATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* *
49956 CAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTGAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * **
50021 TTACGAAATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCACAGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *
50086 AGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCT
129 GGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * * * *
50128 AAGGTAGACACTCAATTACAATGTGTTTTAACAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAACCAATT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
50193 ATGAGCTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGG
66 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* ** *
50258 ACTTTTCTGGTTAATGAATGCATTTTC--C----TT-C-
131 ACTTTTCTAGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * *
50289 ATGGT--TC-TTCAATTAAAATCTAG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAAACTCAACTTAAAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAAC-AAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAAT
50350 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
61 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * *
50415 AATGGACTTTTATTGCTAGTGAATGACTTTTTCTT--TGCCTTTCCC
126 AATGGACTTTTCTAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATG--TTTCCT
* * * *
50460 AAGATAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAAGTCAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
50524 TTTGAGCTTACAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
50589 GACTTTTCAAACCAATGAATAC----T-TT-ATGTTTGCT
130 GACTTTTCTAGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * ** * * * * * *
50623 AAAGCAGGTATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAGAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
50688 TATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTT-AACAGAATGGGGGAGTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
50752 CGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTCCATATTTCTT
129 GGACTTTTCTAGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * *
50794 GAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCTAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
50859 TATGAGATCATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGCTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
50923 GAACTTTTCATA-CTAATGAATACCTTTTCTTTAGGTTTCCT
129 GGACTTTTC-TAGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * **
50964 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCTGCTTAAAATCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
51029 TGATGAGATTAGAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGTGTGGCTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *
51094 GGACTTTTCTTA-CCAATAAATAGTTTTTTCTTCATATTTCCT
129 GGACTTTTC-TAGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCT
** * * * * * * *
51136 GCGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTGAATTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAATTCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * *
51201 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
51266 TACTTTT-TTGCCCAATGACGA-CCTTTTTCTTCACGTTT-CT
130 GACTTTTCTAG-CCAATGA--ATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
** * *
51306 CGGAGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAA
1 AAG-GTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAA
51344 ATGNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 16 0.01
159 9 0.01
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165 4 0.00
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170 262 0.24
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174 24 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTAGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
Found at i:51163 original size:342 final size:334
Alignment explanation
Indices: 49792--51272 Score: 1303
Period size: 332 Copynumber: 4.4 Consensus size: 334
49782 NNCAAGGCAG
* * *
49792 ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
49857 ATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGATA-GAATCGGTGACTATAAAT-AGACT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAAT-GGTGACTATAAATGA-AC-
** * * * * * * *
49920 TTTTC-TGCTAATGACTATGTTTCTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGT
126 TTTTCAAACCAATGA--A---TACT-TT-AGGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
49983 TTGAACCAAAACTGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAAATTATAAAACCGTTTAAAG
183 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * * * * * *
50047 TGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCACA-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCT
248 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-A-ATGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT
* * * *
50111 TTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAG
311 TTTTCTTCATATTTCCTGAGGTAA
* * * * * * * *
50135 ACACTCAATTACAATGTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAACCAATTATGAGC
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
50199 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGAACTTTT
***** * * * * * * *
50264 CTGGTTAATGAATGC---A-TTTTCCTTCATG--GTTC-TTCAATTAAAATCTAG-TTTAACAAA
130 CAAACCAATGAATACTTTAGGTTTCC-TAAAGCAG-ACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACTAA
* *
50321 AAATGTAAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
192 AAATGT--AAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
50386 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCTAGTGAATGACTTTTTCTTT
255 TAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC
*** ** *
50451 GCCTTTCCCAAGATAA
319 ATATTTCCTGAGGTAA
* * * * *
50467 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAAGTCAAAATCAATTTTGAGC
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
50531 TTACAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGAACTTTT
* * ** * * *
50596 CAAACCAATGAATACTTTATGTTTGCTAAAGCAGGTATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA
130 CAAACCAATGAATACTTTAGGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA
* * * *
50660 ATGT-AAAAAAATT-TAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAATAATAA
194 ATGTAAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
50723 GGCTTTT-AACAGAATGGGGGAGTATAAATCGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTCCAT
258 GGCTTTTGAA-GGAATGGTGG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
* *
50787 ATTTCTTGAGGTAG
321 ATTTCCTGAGGTAA
* * *
50801 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCTAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
50866 TCATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGCTGACTATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGAACTTTT
* * *
50931 CATACTAATGAATACCTTTTCTTTAGGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
130 CAAACCAATGAATA------CTTTAGGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
50996 TAAAAATGTAAAAAAAATTCTGCTTAAAATCAATGATGAGATTAGAAAACCCTTTAAAGCGAGTA
189 TAAAAATGTAAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
51061 ATAGGGCTTTTGAAGGAATGTGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAAT-AGTTTTTTCT
254 ATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCT
* *
51125 TCATATTTCCTGCGGCAA
317 TCATATTTCCTGAGGTAA
* * * * *
51143 ACATTCAATTATAATTTGTTTGAATTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAATTCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
51208 TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGTACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGAACTTTT
51273 TTGCCCAATG
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 176, Indels: 81
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 25 0.03
330 6 0.01
331 4 0.00
332 227 0.25
333 12 0.01
334 135 0.15
335 97 0.11
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337 25 0.03
339 1 0.00
340 6 0.01
341 127 0.14
342 221 0.24
343 30 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGAACTTTTC
AAACCAATGAATACTTTAGGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
GTAAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTC
CTGAGGTAA
Done.