Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399771.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3012.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5342
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.28
Warning! 792 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:706 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 295--719 Score: 511
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
285 NNNNNATTTG
* * * *
295 AACTTTAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-AAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAAT
* * * *
359 GGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTCCTCAAGGCAGAC
65 GGGTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTCCTCAAGGCAGAC
* * * *
424 ATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTC
130 ATTCAATTATAACCTATTCTAACAAAAATGCAAAAAATTC
* * * * * * *
464 AACTAAAAATTAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAATTGAGTATTAAGGCTTTTG-AAGAAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAG-AAT
* * * *
528 GAGTGACTATAAGTGAAGTTTTCTT-TCCAATTAATACC-TTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGCAGA
65 GGGTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGT-CAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTCCTCAAGGCAGA
* *
591 CATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAGACAT-CAAAAAGTTC
129 CATTCAATTATAACCTATTCTAA-CAAA-A-ATGCAAAAAATTC
634 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTC-TTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAAT
*
698 GGGTGACTATAAATGGAGTTTT
65 GGGTGACTATAAATGAAGTTTT
720 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 35, Indels: 15
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 48 0.23
169 80 0.38
170 79 0.37
171 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATG
GGTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTCCTCAAGGCAGACA
TTCAATTATAACCTATTCTAACAAAAATGCAAAAAATTC
Found at i:1573 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1252--1575 Score: 408
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
1242 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1252 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAATTTGAGATTA
1 TCAATTATAAAATCTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTTAAATCAAATTTGACATGA
*
1317 TAAAACAATTTAAAATGAACAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTTAT
66 TAAAACAATTTAAAATGAACAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTAT
**
1382 GCCAATGGTTGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACAT
131 GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACAT
* *
1424 TCAATTATAAAATCTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTTAAACTTAAGATC-AATTATGACAT
1 TCAATTATAAAATCTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTTAA-ATCAAATT-TGACAT
* * ** *
1487 GATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGTCTTTTGAAGGAATCG-GTGACTATAAATGGACTTT
64 GATAAAACAATTTAAAATGAACAATAAAG-CTTTTAAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTT
1550 TCT-TGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTC
127 T-TATGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTC
1576 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 16, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 22 0.17
172 106 0.82
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TCAATTATAAAATCTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTTAAATCAAATTTGACATGA
TAAAACAATTTAAAATGAACAATAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTAT
GCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGACAT
Found at i:2000 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1676--4755 Score: 2543
Period size: 171 Copynumber: 18.1 Consensus size: 170
1666 NNNNNNNNNN
* * * *
1676 AATGTAGAAAAAA-C-AACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAAGC-ATTTAAAGCGAATAATA
1 AATGTA-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
1738 AGGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTTCCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCAC
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * *
1803 GTTTCTCT-AGATAAACACTT-AATTATAACCA-ATTTTAAGCAAA
128 ATTTC-CTAAGGCAGACA-TTCAATTATAA-CATATTTTAACCAAA
* *
1846 AATAG-AAAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGAGAATAAAAAACTATTTAAATG-GAGTAATA
1 AAT-GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAA-GCGAGTAATA
* * * * *
1909 AGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACCATAAATAGATATTTTTCTCTAATGGGTAGCTTTTGCCTCAC
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAT-TTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * *
1974 GTTTCTTGAGGCAGGCATCCAATTATAACATATTTTAACAAAA
128 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
********** * *
2017 AATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
2082 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGTTTCACAT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* * *
2147 TTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCCAAA
130 TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
** * * * * * *
2188 AATGTTGAAAAATCTAACTTAAAATTATTTTTGAGAATAT-AAAGTCATTTAAAGTGATTAATAA
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * * *
2252 TTCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTCTAAATGGCTTTTCTTGC-C-AATGGATGGCTTTTGCTTAAT
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTT-TT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * *
2315 GTTTCCTAAGGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAA
128 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * * *
2358 GATGT-AAAATATTTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** *
2422 GGCCTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAA-A-ACCTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * *
2485 ATTTCCCAAGGCAAATATTCAATTATAACATATTTGAACTAAA
128 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * * * * * * *
2528 AATAT-AAAAAATAC-AAGTTAAAATAAATAATGTGAATAGAGAACCATTTAAAGCTAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAAT-CTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** * * *
2591 GACTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAAT-GAACTTTTCCCCCCTAATAGATGGCTTTTCCTTCA
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-A-TTTT-TTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
2655 CGTTTGCC-ACA-GTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAC
127 CATTT-CCTA-AGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
** * * * *
2699 AATAAAAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** * **
2764 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGAAGAATTTTGCTTTATGT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* **
2829 TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAGTCAAA
130 TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * *
2870 AATGTTAAAAAATCTCAA-TTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * * ***
2934 TTCTTTCAAAAGCTTGAGTAACTGTAAATGGCTGTTTTTGC-C-AATGGATGGCTTTTGCTTGGT
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAT-TTTTT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * * * *
2997 GTTTCCTAATACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAA
128 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * * * * * * * *
3040 GATGT-AAAATATTTCAACATAAAATCAATTCTGAGAATATAGGACCT-TTGAAAGAGGGTAATA
1 AATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATA-AAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
3103 AGGCTTTCCAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTAC-C-AATGGATGACTTTTGCTTCA
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTT-TT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* *
3166 CATTTCCCAAGGCAGATGA-TCAATTATAACATATTTTAACCAAA
127 CATTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * *
3210 AATGTAGAAAAAA-C-AACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAAGC-ATTTAAAGCTAGTAATA
1 AATGTA-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
3272 AGACCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * *
3337 CTTTCCCAAGGAAGGCACTCAATTATAACAAATTTTAACCAAA
128 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * * *
3380 AATGAAAAAAAATCTAACTTCAAGTCAATTATCAGAATATAAAAAC-ATTTAAATCGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
3444 GGCTTTCAAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATGGATGGCTTTTGTTTCAT
65 GGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGA-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * ** * *
3508 GTTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATAGATTTTAACCAAA
128 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * *
3551 AATATAAAAAAATCTAACTTCAAATCAGTTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AG
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
3615 GACCTTT-AAAGGCTTAAGTGACTAT-AATTGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTATTGTTTCA
66 G--CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-A-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
3678 TATTTCCT-AGGATAGACATCCAATTATAACCTATTTTAATCAAA
127 CATTTCCTAAGG-CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * * *
3722 AATGTAAAAAAATTCTACCATAAAATCAATGATGAGAATATAAAACTATTGAAACCGAGTAAT-A
1 AATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** *
3786 GAACTTTCAAAGGCTTGCGTGACAATAAATACCTTTTCTTAC-C-AATGGATGGCTTTTGC-TAA
65 G-GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTT-TT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
3848 AATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCC-AA
127 CATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * *
3891 AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
3956 GCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTAGAAA-AGGCTTTTCTTAC-C-AATAGATGACTTTTGCTTCAT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GATTTT-TT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
** * * *
4018 ATTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTATA
128 ATTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * * * ** *
4061 AATGAAAAAAAAATCCAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAACCAATTAAATAGAGAAATAA
1 AATG-TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
4126 GGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTCATGGATGGCTTTTGCTTCACA
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * *
4191 TTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAACATATTTTAACCACA
129 TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * *
4233 AATGTAAAATAATCTAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * **
4298 GCTTCCAAAGGCTCGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTCTCCAATGGATGGCTATTGCTTAATGT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
** *
4363 TTCCT-AGGACAGACACCCAATTATAACATATTTTAGCCAAA
130 TTCCTAAGG-CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * *
4404 AATGTAAAAAATTC-CACTATAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TGATTTAAAGTGAGTAATA
1 AATGTAAAAAAATCTAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * *
4467 AGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGC-C-AATGGATAGCTTTTTCTTC
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTTT-TT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* *
4529 ACATTT--TGAAGGTAGACATTTAATTATAACATATTTGTAACCAAA
126 ACATTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTT-TAACCAAA
* * * *
4574 AATGTACAAAAAAAC-AACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAA-TCATTTAAAGC-ACGTAAT
1 AATGTA-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGA-GTAAT
** * * * *
4636 AATAC-TTCTAAAGGCTTGACTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC
63 AAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * *
4700 ATATTTCTCT-ATGCAGATATTCAATTATAACAAATTTTAACTAAA
126 ACATTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
4745 AATAG-AAAAAA
1 AAT-GTAAAAAA
4756 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2344, Mismatches: 468, Indels: 196
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 3 0.00
168 97 0.04
169 233 0.10
170 606 0.26
171 1147 0.49
172 250 0.11
173 6 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
TCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
Found at i:2645 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1676--4755 Score: 2728
Period size: 341 Copynumber: 9.0 Consensus size: 339
1666 NNNNNNNNNN
* * * * *
1676 AATGTAGAAAAAA--CAACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAAGC-ATTTAAAGCGAATAATA
1 AATGTA-AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
1738 AGGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTTCCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCAC
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-AC-TTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * * *
1803 GTTTCTCT-AGATAAACACTT-AATTATAACCA-ATTTTAAGCAAAAATAGAAAAAAAT-CTAAC
127 ATTTC-CTAAGGCAGACA-TTCAATTATAA-CATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATAC-AAC
* * * *
1864 TTCAAATCAATTATGAGAATAAAAAACTATTTAAATG-GAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAG
187 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAG
* * * * * * * * * *
1928 TGACCATAAATAGATATTTTTC-T-CTAATGGGTAGCTTTTGCCTCACGTTTCTTGAGGCAGGCA
251 TGACTATAAAT-GA-ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
* *
1991 TCCAATTATAACATATTTTAACAAAA
314 TTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
********** * * *
2017 AATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
2082 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGTTTCACAT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* * * *
2147 TTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCCAAAAATGTTGAAAAAT-CTAACTTAAA
129 TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATAC-AACTTAAA
* * * ** * * ** * *
2211 ATTATTTTTGAGAATATAAAGTCATTTAAAGTGATTAATAATTCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTC
192 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
2276 TAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAACTA
257 TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA
*
2340 TAATATATTTTAACCAAA
322 TAACATATTTTAACCAAA
* * * *
2358 GATGTAAAATATTTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
2423 GCCTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAA-AACCTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAA-CTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* * * * * * *
2487 TTCCCAAGGCAAATATTCAATTATAACATATTTGAACTAAAAATATAAAAAATACAAGTTAAAAT
129 TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATACAACTTAAAAT
* * * * * * * *
2552 AAATAATGTGAATAGAGAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAATGACTATA
194 CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
*** * * * *
2617 AATGAACTTTTCCCCCCTAATAGATGGCTTTTCCTTCACGTTTGCC-ACA-GTAGACATTCAATT
259 AATGAACTTTTCTTGCC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTA-AGGCAGACATTCAATT
* *
2680 ATAACAAATTTTAACCAAC
321 ATAACATATTTTAACCAAA
** * * * * *
2699 AATAAAAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * **
2764 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGAAGAATTTTGCTTTATGT
66 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-ACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* ** *
2829 TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAGTCAAAAATGTTAAAAAATCTCAA-TTAAA
129 TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAT-ACAACTTAAA
* * ** * * *
2893 ATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATTCTTTCAAAAGCTTGAGTAACTG
192 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* ** ** * *
2958 TAAATG-GCTGTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTGGTGTTTCCTAATACAAACATTCAACT
257 TAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATT
* *
3021 ATAATATATTTTAACTAAA
321 ATAACATATTTTAACCAAA
* * * * * * * * *
3040 GATGTAAAATATTTCAACATAAAATCAATTCTGAGAATATAGGACCT-TTGAAAGAGGGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATA-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** *
3104 GGCTTTCCAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACAT
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* *
3169 TTCCCAAGGCAGATGA-TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAA-ACAACTTAAA
129 TTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATACAACTTAAA
* * * * * * *
3232 ATCAATAATGTGAATAGAAAAGCATTTAAAGCTAGTAATAAGACCTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
192 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* ** * * * *
3297 TAAAT-AGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCAAGGAAGGCACTCAAT
257 TAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAT
*
3360 TATAACAAATTTTAACCAAA
320 TATAACATATTTTAACCAAA
* * * * * *
3380 AATG-AAAAAAAATCTAACTTCAAGTCAATTATCAGAATATAAAAAC-ATTTAAATCGAGTAATA
1 AATGTAAAAAAATTC-AACATAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
3443 AGGCTTTCAAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATGGATGGCTTTTGTTTCA
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAAT-AAC-TTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
** ** * ** * * *
3507 TGTTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATAGATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATCTAACTT
126 CATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATA-C-AACTT
* * * * * *
3571 CAAATCAGTTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGACCTTT-AAAGGCTTAAGTG
189 AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCAAAGGCTTGAGTG
* * * * * *
3635 ACTATAATTGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTATTGTTTCATATTTCCT-AGGATAGACATC
253 ACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG-CAGACATT
* *
3698 CAATTATAACCTATTTTAATCAAA
316 CAATTATAACATATTTTAACCAAA
* * * *
3722 AATGTAAAAAAATTCTACCATAAAATCAATGATGAGAATATAAAACTATTGAAACCGAGTAAT-A
1 AATGTAAAAAAATTC-AACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
3786 GAACTTTCAAAGGCTTGCGTGACAATAAATACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC-TAAAA
65 G-GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * *
3850 TTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCC-AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAA
128 TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATACAACTTAAA
* * *
3914 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTA
192 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * * * * ** *
3979 GAAAAG-GCTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCATATTTTTTGAA-GTAGACATTCAATT
257 TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATT
* *
4042 ATAACATATTTTAACTATA
321 ATAACATATTTTAACCAAA
* * * * * * ** *
4061 AATGAAAAAAAAATCCAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAACCAATTAAATAGAGAAATAA
1 AATG-TAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
*
4126 GGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTC-ATGGATGGCTTTTGCTTCAC
65 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-ACTTTTCT-TC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * *
4190 ATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATGTAAAATAAT-CTAACTTA
127 ATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATAC-AACTTA
* * * * *
4254 AAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTCGAGTGAC
190 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * * * **
4319 TATAAATGGATTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCT-AGGACAGACACCCA
255 TATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG-CAGACATTCA
*
4382 ATTATAACATATTTTAGCCAAA
318 ATTATAACATATTTTAACCAAA
* *
4404 AATGT-AAAAAATTCCACTATAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TGATTTAAAGTGAGTAATA
1 AATGTAAAAAAATTCAAC-ATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * *
4467 AGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACA
64 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * *
4532 TTT--TGAAGGTAGACATTTAATTATAACATATTTGTAACCAAAAATGTACAAAAAAACAACTTA
128 TTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTT-TAACCAAAAATGTA-AAAAATACAACTTA
* * * * * *
4595 AAATCAATAATGTGAATAGAAAATCATTTAAAGC-ACGTAATAATAC-TTCTAAAGGCTTGACTG
190 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTC-AAAGGCTTGAGTG
* * * * *
4658 ACTATAAAT-AGACTTTTCCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCT-ATGCAGATATT
253 ACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATT
* *
4721 CAATTATAACAAATTTTAACTAAA
316 CAATTATAACATATTTTAACCAAA
4745 AATAG-AAAAAA
1 AAT-GTAAAAAA
4756 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2202, Mismatches: 450, Indels: 173
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 277 0.13
340 408 0.19
341 729 0.33
342 575 0.26
343 205 0.09
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT
CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATACAACTTAAAATCA
ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
TGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAAC
ATATTTTAACCAAA
Found at i:2964 original size:853 final size:844
Alignment explanation
Indices: 1683--4747 Score: 3032
Period size: 853 Copynumber: 3.6 Consensus size: 844
1673 NNNAATGTAG
* * * *
1683 AAAAAA-C-AACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAAGCATTTAAAGCGAATAATAAGGCCTTC
1 AAAAAATCTAACTTAAAATCAATAATGAGAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* *
1746 AAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTTCCTCTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTC
66 AAAGGCTTAA-TGACTATAAATGA-ACTTTTTCCCCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-C
* * * * * *
1810 TAGATAAACACTT-AATTATAACCAATTTTAAGCAAAAATAGAAAAAAATCTAACTTCAAATCAA
128 AAGATAGACA-TTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTCAAATCAA
* * * *
1874 TTATGAGAATAAAAAACTATTTAAATGGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACCATAAAT
192 TTATGAGAATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
1939 AGA-TATTTTTCTCTAATGGGTAGCTTTTGCCTCACGTTTCTTGAGGCAGGCATCCAATTATAAC
257 AGACT-TTTCTCTCCAAT-GGAAGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATCCAATTATAAC
********** * * * *
2003 ATATTTTAA-CAAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAGACTATTT
320 ATATTTTAATC-AAAAATGTACAAAAATCTCAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* ** * *
2067 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGAT
384 AAAGCAAGTAATAATACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGGAT
* * * *
2131 GGCTTTTGTTTCACATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCCAAAAATGTTGA
448 GGCTTTTGCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTT-A
* * * * * * ** *
2196 AAAATCTAACTTAAAATTATTTTTGAGAATATAAAGTCATTTAAAGTGATTAATAATTCTTTTAA
512 AAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAGACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * *
2261 AGGCTTGAGTGACTCTAAATGGCTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTAAGG
577 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTAAGG
* * * *
2326 CAGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAGATGTAAAATATTTCAACATAAAATCAATTATG
642 CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA-ATGTAAAA-A-TACAACTTAAAATCAATTATG
* *
2391 AGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAA-A-ACC
704 AGAATATAAAACCATT-AAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-C
**
2454 TTTTCATGC-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAATATTCAATTATAACATA
767 TTTTC-T-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGG-AAGCATTCAATTATAACATA
* *
2517 TTTGAACTAAAAATAT
829 TTTTAACCAAAAATAT
* * * * * *
2533 AAAAAATAC-AAGTTAAAATAAATAATGTGAATAGAGAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAT-CTAACTTAAAATCAATAATGAGAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2597 CGAAGGCTTGAATGACTATAAATGAACTTTTCCCCCCTAATAGATGGCTTTTCCTTCACGTTTGC
65 CAAAGGCTT-AATGACTATAAATGAACTTTT-TCCCCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-C
* *
2662 CACAG-TAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAACAATAAAAAAAAATCCAACTTCAAATCA
127 CA-AGATAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTCAAATCA
*
2726 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
191 ATTATGAGAATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * ** *
2791 TAGACTTTTCTCTCCAATGGAAGAATTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAC
256 TAGACTTTTCTCTCCAATGGAAG-CTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATCCAATTATAAC
* *
2856 ATATTTTAGTCAAAAATGTTA-AAAAATCTCAATTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTT
320 ATATTTTAATCAAAAATG-TACAAAAATCTCAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * * *
2920 AAAGCAAGTAATAATTCTTTCAAAAGCTTGAGTAACTGTAAATGG-CTGTTT-TTGCCAATGGAT
384 AAAGCAAGTAATAATACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGGAT
** * ** * * * *
2983 GGCTTTTGCTTGGTGTTTCCTAATACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACTAAAGATG-TAA
448 GGCTTTTGCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAA
* * * * * *
3047 AATATTTCAACATAAAATCAATTCTGAGAATAT-AGGACCTTTGAAAGAGGGTAATAAGGCTTTC
513 AA-ATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAGACATTT-AAAGAGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
3111 CAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAA
575 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTAA
* * *
3176 GGCAGATGA-TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAAACAACTTAAAATCAATAA
640 GGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACC-AAAATGTA-AAAATACAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
3240 TGTGAATAGAAAAGCATTTAAAGCTAGTAATAAGACCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
702 TGAGAATATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * *
3305 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCAAGGAAGGCACTCAATTATAACAAAT
766 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGAA-GCATTCAATTATAACATAT
*
3370 TTTAACCAAAAATGAA
830 TTTAACCAAAAAT-AT
* * * * * * *
3386 AAAAAATCTAACTTCAAGTCAATTATCAGAATATAAAAACATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATCTAACTTAAAATCAATAATGAGAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * *** * * * ***
3451 AAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTTTTG
66 AAAGGCTTA-ATGACTATAAATGAACTTTTTCCCCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCA
* * * *
3516 AGATAGACATTCAATTATAATAGATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTCAAATCAGTT
129 AGATAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTCAAATCAATT
* * *
3581 ATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGGACCTTT-AAAGGCTTAAGTGACTAT-AAT
194 ATGAGAATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGG--CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
3643 TGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTATTGTTTCATATTTCCT-AGGATAGACATCCAATTATAA
257 AG-ACTTTTCTCTCCAATGGA-AGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGG-CAGACATCCAATTATAA
* * * * *
3707 CCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCTACCA-TAAAATCAATGATGAGAATATAAAACTAT
319 CATATTTTAATCAAAAATGTACAAAAA-TCT-CAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
* * * * *
3771 TGAAACCGAGTAATAGA-ACTTTCAAAGGCTTGCGTGACAATAAAT--ACCTTTTCTTACCAATG
382 TTAAAGCAAGTAATA-ATACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATG
* * * *
3833 GATGGCTTTTGC-TAAAATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCC-AAAATGT
445 GATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT
* *
3896 AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA-ACCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCT
510 -TAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAGA-CATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCT
* * * * **
3959 TTCAAAGGCTTGTGTGACTAGAAAAGGCTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCATATTTTT
572 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCC
* * * * *
4024 TGAA-GTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTATAAATGAAAAAAAAATCCAACTTAAAATG
637 T-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCA-AAATG---TAAAAATACAACTTAAAATC
** * *
4088 AATTATGAGAATATAAAACCAATTAAATAGAGAAATAAGGCTTTC-AAGGGCTTGAGTGACTATA
697 AATTATGAGAATATAAAACC-ATTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATA
* *
4152 AATAGACTTTTCTCTCTCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATA
760 AATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGG-AAGCATTCAATTATA
* *
4217 ACATATTTTAACCACAAATGT
824 ACATATTTTAACCAAAAATAT
* * * * *
4238 AAAATAATCTAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTC
1 AAAA-AATCTAACTTAAAATCAATAATGAGAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
4303 CAAAGGCTCGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTCTCC-AATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTC
65 CAAAGGCT-TAATGACTATAAATGAACTTTTTC-C-CCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * ** * * * * *
4366 CTAGGACAGACACCCAATTATAACATATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAATTCC-ACTATAAAATC
127 C-AAGATAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACT-TCAAATC
** * *
4430 AATTATGAGAATATAAAA-TGATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTAT
190 AATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * **
4493 AAAT-GACTTTTCT-TGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACATTT-TGAAGGTAGACATTTAATTA
253 AAATAGACTTTTCTCT-CCAATGGA-AGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATCCAATTA
* ** * * * *
4555 TAACATATTTGTAACCAAAAATGTACAAAAA-AACAACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAAT
316 TAACATATTT-TAATCAAAAATGTACAAAAATCTCAA-TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* * * * **
4619 CATTTAAAGCACGTAATAATAC-TTCTAAAGGCTTGACTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAA
379 CATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * *
4683 TGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCT-ATGCAGATATTCAATTATAACAAATTTTAACTAAAAA
443 TGGATGGCTTTTGCTTCATATTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
4747 T
507 T
4748 AGAAAAAANN
Statistics
Matches: 1825, Mismatches: 310, Indels: 156
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
849 2 0.00
850 18 0.01
851 303 0.17
852 661 0.36
853 813 0.45
854 28 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (844 bp):
AAAAAATCTAACTTAAAATCAATAATGAGAATAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
AAAGGCTTAATGACTATAAATGAACTTTTTCCCCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAG
ATAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTAT
GAGAATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
TTTTCTCTCCAATGGAAGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATCCAATTATAACATATTT
TAATCAAAAATGTACAAAAATCTCAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAA
GTAATAATACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
CTTCATATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAATCTAA
CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAGACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
TGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTC
AATTATAACATATTTTAACCAAAATGTAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
CATTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATG
GATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGAAGCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATAT
Found at i:3093 original size:682 final size:681
Alignment explanation
Indices: 1689--4755 Score: 3119
Period size: 682 Copynumber: 4.5 Consensus size: 681
1679 GTAGAAAAAA
* * * * * * * *
1689 CAACTTAAAATCAATAATGTGAATAGAAAAGC-ATTTAAAGCGAATAATAAGGCCTTCAAAGGCT
1 CAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-CTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
** * * * * * * * **
1753 TAAGTGACTATAAATAGACTTTTTCCT-CTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCTAGATAA
65 TGCGTGACTATAAAT--ACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAA
* * * * *
1817 ACACTT-AATTATAACCA-ATTTTAAGCAAAAATAG-AAAAAAAT-CTAACTTCAAATCAATTAT
128 ACA-TTCAATTATAA-CATATTTGAACCAAAAAT-GTACAAAAATAC-AACTTAAAATCAATAAT
* * * * * *
1878 GAGAATAAAAAACTATTTAAATG-GAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACCATAAATAGA
189 GTGAATAGAAAACCATTTAAA-GCTAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * * * * * * * *
1942 TATTTTTCT-CTAATGGGTAGCTTTTGCCTCACGTTTCTTGAGGCAGGCATCCAATTATAACATA
253 -CTTTTCCTCCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTC--CAAGTAGACATTCAATTATAACAAA
* ** ********** * * * *
2006 TTTTAACAAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAGACTATTTAAAG
315 TTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAT
* * *
2071 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTT
380 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTT
* * * *
2136 TTGTTTCACATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAGCCAAAAATGTTGAAAAAT
445 TTGTTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAT
* * * ** * * *
2201 CTAACTTAAAATTATTTTTGAGAATATAAAGTCATTTAAAGTGATTAATAATTCTTTTAAAGGCT
510 CTAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTCAAAGGCT
* * *
2266 TGAGTGACTCTAAATGGCTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTAAGGCAGA
575 TGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTCTGCCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCTAAGACAGA
* * * *
2330 CATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAGATGTAAAATATTT
640 CATCCAACTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATT
*
2372 CAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTT
1 CAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * *
2437 GCGTGACTATAAAAACCTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAATA
66 GCGTGACTATAAATACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACA
* * * *
2502 TTCAATTATAACATATTTGAACTAAAAATATA-AAAAATACAAGTTAAAATAAATAATGTGAATA
131 TTCAATTATAACATATTTGAACCAAAAATGTACAAAAATACAACTTAAAATCAATAATGTGAATA
* * *
2566 GAGAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAAT-GAACTTTTCC
196 GAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCC
* * *
2630 CCCCTAATAGATGGCTTTTCCTTCACGTTTGCCACAGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
260 TCCC-AATAGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCA-AGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* *
2695 CAACAATAAAAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
322 CAAAAATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* **
2760 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGAAGAATTTTGCTTT
387 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG-TTT
** * **
2825 -ATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAGTCAAAAATGTTAAAAAATCTCAA-
451 CACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATCT-AAC
* * * *
2888 TTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATTCTTTCAAAAGCTTGAGT
515 TTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * ** * * *
2953 AACTGTAAATGGCTGTTT-T-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTGGTGTTTCCTAATACAAACATT
580 GACTATAAATGGCT-TTTCTCTGCCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCTAAGACAGACATC
* * * *
3016 CAACTATAATATATTTTAACTAAAGATGTAAAATATTT
644 CAACTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATT
* * * * * * *
3054 CAACATAAAATCAATTCTGAGAATATAGGACCT-TTGAAAGAGGGTAATAAGGCTTTCCAAGGTT
1 CAACATAAAATCAATTATGAGAATATA-AAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* ** * *
3118 TGAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAGAT
65 TGCGTGACTATAAATACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCA-AA
* * *
3183 GA-TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAA-ACAACTTAAAATCAATAATGTGAA
129 CATTCAATTATAACATATTTGAACCAAAAATGTACAAAAATACAACTTAAAATCAATAATGTGAA
* * *
3246 TAGAAAAGCATTTAAAGCTAGTAATAAGACCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-
194 TAGAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * *
3310 CTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCAAGGAAGGCACTCAATTATAACAAATTTTAA
259 CTC-CCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCAA-GTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAA
* * * * * *
3375 CCAAAAATGAAAAAAAATCTAACTTCAAGTCAATTATCAGAATATAAAAACATTTAAATCGAGTA
321 CCAAAAATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTA
* * * *
3440 ATAAGGCTTTCAAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATGGATGGCTTTTGTT
386 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGTT
** ** * ** * * * *
3504 TCATGTTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATAGATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAAC
450 TCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATCTAAC
* * * * *
3569 TTCAAATCAGTTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGA-CCTTT-AAAGGCTTAA
515 TTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA--ATTCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * * *
3632 GTGACTATAATTGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTATTGTTTCATATTTCCTAGGATAGACA
578 GTGACTATAAATG-GCTTTTCTCTGCCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCTAAGACAGACA
* * * *
3696 TCCAATTATAACCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
642 TCCAACTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATT
* * * * *
3736 CTACCATAAAATCAATGATGAGAATATAAAACTATTGAAACCGAGTAAT-AGAACTTTCAAAGGC
1 C-AACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGC
* * * * *
3800 TTGCGTGACAATAAATACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC-TAAAATTTCCTAAGGTAAA
64 TTGCGTGACTATAAATACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAA
* * * * * *
3864 CATTCAATTATAACATATTTTAGCC-AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
129 CATTCAATTATAACATATTTGAACCAAAAATGTACAAAAATACAACTTAAAATCAATAATGTGAA
* * * * * * *
3928 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTAGAAA-AGGCTTTTC
194 TAGAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * ** *
3992 TTACCAATAGATGACTTTTGCTTCATATTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC
259 CTCCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACA--TTTCCAAGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * * * * *
4057 TATAAATGAAAAAAAAATCCAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAACCAATTAAATAGAGAA
322 CAAAAAT-AAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTA
* *
4122 ATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTC-ATGGATGGCTTTTGCT
386 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-CAATGGATGGCTTTTGTT
* * * *
4186 TCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATG-TAAAATAATCTAA
450 TCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATCTAA
* ** * *
4250 CTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTCGAG
514 CTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTCAAAGGCTTGAG
* * *
4315 TGACTATAAATGGATTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCTAGGACAGACAC
579 TGACTATAAATGG-CTTTTCTCTGCCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCTAAGACAGACAT
* *
4379 CCAATTATAACATATTTTAGCCAAAAATGTAAAA-AATT
643 CCAACTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATT
* * * * *
4417 CCACTATAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAC
1 CAAC-ATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT-ATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * ** * *
4481 TTGGGTGACTATAAATGA-CTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACATTT-TGAAGGTAG
64 TTGCGTGACTATAAAT-ACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAA
* *
4544 ACATTTAATTATAACATATTTGTAACCAAAAATGTACAAAAAAACAACTTAAAATCAATAATGTG
128 ACATTCAATTATAACATATTTG-AACCAAAAATGTACAAAAATACAACTTAAAATCAATAATGTG
* * *
4609 AATAGAAAATCATTTAAAGC-ACGTAATAATAC-TTCTAAAGGCTTGACTGACTATAAATAGACT
192 AATAGAAAACCATTTAAAGCTA-GTAATAAGACTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACT
** * * * * *
4672 TTTCCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCTATGCAGATATTCAATTATAACAAATTT
255 TTTCCTCCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-C-AAGTAGACATTCAATTATAACAAATTT
* *
4737 TAACTAAAAATAGAAAAAA
318 TAACCAAAAATAAAAAAAA
4756 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1988, Mismatches: 340, Indels: 112
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 17 0.01
681 551 0.28
682 1098 0.55
683 259 0.13
684 63 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (681 bp):
CAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
GCGTGACTATAAATACCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACA
TTCAATTATAACATATTTGAACCAAAAATGTACAAAAATACAACTTAAAATCAATAATGTGAATA
GAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCT
CCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCAAGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAA
AATAAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAG
GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGTTTCACAT
TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAA
TCAGTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
AAATGGCTTTTCTCTGCCAATGGATGGCTATTGCTTAATGTTTCCTAAGACAGACATCCAACTAT
AACATATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATT
Found at i:5295 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4967--5342 Score: 441
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
4957 NNNNNNNNAT
* * *
4967 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAAGCTTTTCTTAT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAAAGCTTTTCTCAC
* * * * * * ** *
5032 TAATGGATGGCTTTGGCATCATGCCTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAATAAATTTTAAACAAA
66 TAATGGAAGACTTTGACATCACGCCTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATAAATTTTAAACAAA
* ** *
5097 AATGTAAAAAATTCTAAGATAAAATCAATTATGAGAATAC
131 AATATAAAAAAAACTAACATAAAATCAATTATGAGAATAC
* * * *
5137 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAAAGATTTTTCTCC
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAAAG-CTTTTCTCA
* * ** * *
5202 CTAATGGAAGACTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATATATTTT-AGCAA
65 CTAATGGAAGACTTTGACATCACGCCTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATAAATTTTAAACAA
* * * *
5266 AAA-ATACAAAAAAACTGACTTAGAATCAATTATGAGAATAT
130 AAATATA-AAAAAAACTAACATAAAATCAATTATGAGAATAC
*
5307 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGG
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 33, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 119 0.70
171 50 0.29
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (170 bp):
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAAAGCTTTTCTCAC
TAATGGAAGACTTTGACATCACGCCTCCTAAGGCAAACATTCAATTACAATAAATTTTAAACAAA
AATATAAAAAAAACTAACATAAAATCAATTATGAGAATAC
Done.