Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399793.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3034.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 188 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:607 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1930 Score: 1671
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 169
** * * * *
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAA-GTTTAA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGA
* * * * * * ** *
65 GTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATAGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTAGAAGTGGATAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTA-AGGCAGACAT
* * * * * *
130 TCAAATATAATCTGTTTTGACCAAAACTCTAAAAGAATTTAA
128 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
172 CTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * * * *
236 TTAATATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGAAGGCCTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGACAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGGATGG-CTTTTGCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACAT
**
300 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAGCAATTCAA
128 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
342 CTTAAAATCAA-CATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGGTTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* ** * * * * *
406 TAACTATAAATAAAGTTTTCTTACCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTTCTGAGACAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTAAGGCAGACATT
* * * * *
471 CAAATATAATATGTTTCAACTAAAAATATTAAACAATTCAA
129 CAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
*
512 CTTAAAA-CGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
1 CTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * *
576 TTGACTATAAATCGACTTTTCTTAGCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGC-GCACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGGCAG-ACA
* * * *
640 TCCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCTAA
127 TTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-AA
* * * * *
684 CTTAAAAACTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-AGGAGAAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
** * * * * *
748 GTGACTATAAATAAATTTTTCTTGTCAATGGA-GGGTTTTACTTCATGTTTCCAAGGCAAACATT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTAAGGCAGACATT
* * * *
812 CAAATATACTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAA
129 CAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* ********* * * * *
853 TTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT-AAACAGCTTG
1 CTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTG
** ********* * *
916 AGTGACTATAAACAGACTTTNNNNNNNNNNGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCATGAGGCAGACA
64 AGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACA
**********
981 TTCAAATATAATCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATTCAA
127 TTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
1024 CTTAAAATCAATAATGCGACTATAAAACTATTGAAAGAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * ** * *
1089 TGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTAAGGTAAACATTC
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTAAGGCAGACATTC
** * * ** *
1154 AAATATAATCTACTTCAA-TCAAATATGTTGAAAAATTTAA
130 AAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
1194 CTTAAAATCAATAATGAGACTAT-AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
** * *
1258 CAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACATT
* * * * *
1323 CAATTATAATATATTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAA
129 CAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* ** *
1364 CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGA
* * * *
1428 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAGATGGCTTTTGCTTTACATATTT-TGAGGTAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTAAGGCAGACA
* ** * * *
1492 TTTAGTTATAATATTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAA
127 TTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
1535 CTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAATCATTTAAA-AGGAGCAATAAGCCTTTCGAATGCTTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
** * * * * * * *
1599 GTGACTATAAATAAATTTTTCTTGCCAATGGAGGGCTTTTGCTTAATGTTTCTCGATGCAAAGAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACAT
* *
1664 TCAAATATAATCTGGTTTAAAC-AAAAATGTAAAATAATTCAA
128 TCAAATATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* ** * * ** *
1706 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCTTTAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
*
1771 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTTACAT-TTTCCAAGGCAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTAAGGCAGACAT
* ** * * *
1835 TTAGTTATAATATGTTTTAAGTAAACATGTAAAAAAAATTCAA
128 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * *
1878 CTTAAAATCAATCATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1931 TGAAGACTTA
Statistics
Matches: 1421, Mismatches: 292, Indels: 91
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 193 0.14
170 385 0.27
171 668 0.47
172 163 0.11
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTAAGGCAGACATTCA
AATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:1493 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1--5467 Score: 2353
Period size: 512 Copynumber: 10.6 Consensus size: 510
* * * * *
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGTTTAAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * *
66 TGACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATAGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTAGAAGTG--GATA
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAAG-GCAAACA
* * * *
129 TTCAAATATAATCTGTTTTGACCAAA-ACTCTAAAAGAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATT
129 TTCAAATATAATCTATTTTAATCAAATA-T-TAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
193 ATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTTAA-TATAAATGGATTTTTC
192 ATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TAACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
256 TTGCCAATGGAAGGCCTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
256 TTGCCAATGGATGG-CTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA
** *
320 CTAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAATCAA-CATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
319 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * * * *
384 ATAAGGCTTTTAATGGTTTGAGTAACTATAAATAAAGTTTTCTTACCAATGGATGGATTTTGCTT
384 ATAAGGCTTTGAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTT
* ** * * * *
449 CATGTTTTCTGAGACAGACATTCAAATATAATATGTTTCAACTAAAAATATTAAACAATTCAA
449 TACATTTT-TGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
512 CTTAAAA-CGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
1 CTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * **
576 TTGACTATAAATCGACTTTTCTTAGCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCGCACAT
65 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * * * * *
641 CCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCTAACTTAAAAACTATTATGAGATTA
130 TCAAATATAATCTATTTTAA-T-CAAATATTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
706 TAAAACTATTTAAA-AGGAGAAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAATTTTTCT
193 TAAAACCATTTAAAGA-GAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
770 TGTCAATGGA-GGGTTTTACTTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAAATATACTCTGTTTTAACTA
257 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTA
* * * * * ********* * *
834 AAAATATAAAATAATTTAATTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAAA-TATTTAAAGTGAGTAAT
322 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ********** *
898 AAGACTTTAAACAGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTNNNNNNNNNNGGATGGCTTTTGCTTCA
386 AAGGCTTTGAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTTA
* * * **********
963 CGTTTCATGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATTCAA
451 CATTT-TTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
1024 CTTAAAATCAATAATGCGACTATAAAACTATTGAAAGAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * *
1089 TGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGGTAAACATT
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * * * *
1153 CAAATATAATCTACTTCAATCAAATATGTTGAAA-AATTTAACTTAAAATCAATAATGAGACTAT
131 CAAATATAATCTATTTTAATCAAATA--TTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
1217 -AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTA
194 AAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
1281 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTGAACTAA
259 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAA
* * * **
1346 AAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAA
323 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
1411 GGCTTTCGAA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAGATGGCTTTTGCTTTAC
388 GGCTTT-GAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTTAC
* * ** * * *
1475 ATATTTTGAGGTAGACATTTAGTTATAATATTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAA
452 AT-TTTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * *
1535 CTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAA-TCATTTAAA-AGGAGCAATAAGCCTTTCGAATGCTTG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGA-GAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * * * * * *
1598 AGTGACTATAAATAAATTTTTCTTGCCAATGGAGGGCTTTTGCTTAATGTTTCTCGATGCAAAGA
64 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
** * * * * *
1663 TTCAAATATAATCTGGTTTAAACAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
129 TTCAAATATAATCTATTTTAATCAAATAT-TAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * ** * *
1728 TAAAATAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
193 TAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *
1793 GCAAATGGATGGCTTTTGCTTTACAT-TTTCCAAGGCAGACATTTAGTTATAATATGTTTTAAGT
258 GCCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACT
* *
1857 AAACATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
321 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ***********
1922 TAAGGCTTTTGAAGA-CTTAAGTGACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
385 TAAGGC-TTTGAACAGCTTGAGTGACT---------------------------ATAAATAGACT
*****************************************************************
1986 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
422 TTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTT
*********************
2051 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA
487 AACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* ** * *
2075 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCTAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* ** * * * * * * * *
2139 TGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGTCTTTTGTTTCATGTTTCACGAGGTAGACATT
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
*** ** * * * * * * * * *
2204 CCGTTCGATTATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTGTTAGATTATA
131 CAAATATAATCTATTTTAATCAAATAT-TAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * ** * *
2269 AAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTAGAGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTGT
195 AAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * * * * *
2334 TAATGGATAAC-TTTGGTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTTC-AATATAATTTTTTTTAA-TCA
260 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACA-TTCAAATATAATATGTTTTAACT-A
* * * * * * *
2396 TAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGAT
322 AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
2460 AAGGTTTTCATA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTCCCAATAGATGGCTTTCGC-TT
386 AAGGCTTTGA-ACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTT
* * * ** * * * *
2523 -CATGTTTCCCGAAGCAGACATTTACTTATAATATATTTTTATTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
450 ACAT-TTT--TGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * ** * * * **
2586 CTTAAAATCAATTATAAGGTTATCGAA-TCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAAGAAT-
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG-AGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* *
2648 AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCCCAATGGATGGCTTTTT
64 A-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAG-ATGGCTTTTGCTT--C-----A---C-GTTT
* * * * *
2712 CTTCACATTTTCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTT-ATCCATAATTTTAAGAA-CATT
116 C-T--CA-------AGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAT-CA-AATATTAA-AAGAATT
* * * * * * * * **
2775 CAACTTAAAATCAGTAATGAGATTGTAAAATCATTTGAAGTGAGAAATTAGGCTTTTGAAGGCTT
168 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
* * ** * * **
2840 GAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCAGAGGCAGAC
233 GAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCA-AGGCAGAC
** * * * * * * * * *
2905 ATTCAGTTCTAATTTATTTTAACCT-AAAATATAAAAATATTGAACTTAGAATCAATTATGAGAC
297 ATTCAAATATAATATGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGAT
** * * * *
2969 TATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA-AGGATTGAGTGACTAGAAATGGACTTTT
361 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAACA-GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * * ** *
3033 CTTGCCAATAGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCAAGAGG-TGAATATTTAGTTATAATATATTT
425 CTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTTACAT-TTT--TGAGGCAG-ACATTCAAATATAATATGTTT
* * **
3095 TCA-TCAAAAATGTAAAAAAGCTCAA
486 TAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
3120 CTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * ** * *** * * *
3185 TGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGATTATTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAAATAG
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACAT
* * * * * *
3249 TCAAATATAATATGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 TCAAATATAATCTATTTTAATCAAATAT-TAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *** * *
3314 AAAACTATTTAAAGCTAGTAAT-AGGTTTTTTGAGAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
194 AAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAG-GCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
*** * * * *** * *
3378 ATAAATGGACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCGTTTATAATATATTTTAA-AA
258 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTA
* * * *
3442 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATA
322 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
3507 AGGATTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAAT-GAAGTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-CCTT
387 AGGCTTT-GAACAGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTT
* * ** * * * * * * *
3569 -CATGTTTCCTAAAGTTGACATACAATTATAATATATTTTAATTACAAATGTAAAAAAATTTAA
450 ACAT-TTT--TGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
3632 CTTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAC-TG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGCAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTG
* * ** * *
3695 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCGAT-GAATAACTTTT-CTTCATGTTTC-CTAAGGCAGA
64 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAA
* * * * * * * * *
3757 CATCCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTAATAAGA
127 CATTCAAATATAATCTATTTTAATC-AAATA-TTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
3821 TTGTAAAATCATTT-AA-AGTG-AATAA-----T--AAGGCTTGAGTGACTCTAAATAGACTTTT
190 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT
* * * * *** * * ** * ** *
3876 CTTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCACAATTCTAAAGGTAGACATTCAGTTATAATTTAATTTAG
255 CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA
* * * * * * ****************
3941 CCAAAAATATAATAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNN
319 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
******** * * * * ** * * *
4006 NNNNNNNNTTGAA-GGCTTGAGTAACTAGAAATGGTTTTTTCTTGTC-AATAGATGGCTTCTGCT
384 ATAAGGCTTTGAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * ** * * **
4069 TCAC-GTTTCGCAAGGTAGATATTTAGTTATAATATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAACGTTCA
448 TTACATTTTTG--AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
4132 A
510 A
********* * *
4133 CTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
1 CTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * *
4197 GTCACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTC-CTGAGGCAAACA
65 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACA
* * *
4261 GTCAAATGTAATCTATTTTAA-CTAAA-AGTGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATCAATTATGAGAT
129 TTCAAATATAATCTATTTTAATC-AAATA-T-TAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * ** ** * * *
4323 TATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGTTTTTTGAGGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTC
191 TATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * **
4388 TCT-CAAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGGAAACATTTAGTTATAATATGTTTTAA
256 T-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA
** *
4452 -TCAAAAATGTAAAACTATTGAACTTAAAATCAA-CA--ATGATTATAAAACCATTTAAAAG-GA
319 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGA-GATTATAAAACCATTT-AAAGCGA
* * * * * * * * *
4512 GCAATAAGTCTTTCGAA-AGTTTGAGTGACTATAAATAAATTTTTCTTGCTAATAGAGGGCTTTT
381 GTAATAAGGCTTT-GAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTT
* * * * * *
4576 GC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAA
445 GCTTTACAT-TTT-T-GAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA
4638 TTCAA
506 TTCAA
* * * * * * **
4643 GTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAACCACTTGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGA
* * * *
4707 GTGATTATAAACAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGACA
65 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACA
* * * * * * * * **
4771 TTAAAACATAATCTGTTTTAACTAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGCT
129 TTCAAATATAATCTATTTTAA-TCAAATAT-TAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
4836 ATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
192 ATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
4901 TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGTCAAACGTTCAAATATAACATATTTTAA-T
257 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACT
* * * * * *
4965 CAAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAA
321 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
5030 CAAGGCTTTCAAAAAG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATAGATGACTTTTGCC
385 TAAGGCTTT-GAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CAAATGGATGGCTTTTGCT
** ** * ** * * * ** *
5093 TTATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-TCGAAAATGTAAAAATGTTTAA
448 TTACATTT-TTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * *
5157 CTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACTATTTAAAGACAGCAATAAGCCTTTCGAAGCCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * * * * * *
5222 TAACAATAAATAAATTTTTCTTGCCAATGGAAGGCTTTTGCTTTACTTTTCTCGAGGTAAACATT
66 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * * * * * * * *
5287 CAAATAGAAACTATTTTAACCAAAAATGTGAAA-TATTTCAACTTAATATCAATTATGAGATAAC
131 CAAATATAATCTATTTTAATCAAATAT-TAAAAGAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * ** *
5351 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCAACGGCTTGAGCCACGATAAGCGGACTTTTCTTA
194 AAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
5416 CCAATGGATAGCTTCTACTTCGTGTTTCCTGAGGTAGACATTTAAAGATAAT
259 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTCAAATATAAT
5468 GAGATTATAA
Statistics
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Consensus pattern (510 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
CAAATATAATCTATTTTAATCAAATATTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTGAACAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTT
TTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
Found at i:2688 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2072--2688 Score: 573
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 169
2062 NNNNNNNNNN
* * * *
2072 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTA
* * * * * * * *
2136 GAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGATGTCTTTTGTTTCATGTTTCACGAGGTAGAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTGCTTCATGTTTCCCGAAGCAGAC
* * ** * * *
2201 ATTCCGTTCGATTATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
130 ATTTCATTATAATATATTTTTATCAAAAAT-TAAAAAAATT
* * * * *
2242 CAACTTAAAAGCAATTGTTAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTA
1 CAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTA
* * * ** * ** * * * *
2307 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGGATAACTTTGGTTCACGTTT-CCTAAGGCAAAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGCTTCATGTTTCCCGAA-GCAGAC
* * *
2371 ATTTCAATATAAT-TTTTTTTAATCATAAATTCAAAAAAATT
130 ATTTCATTATAATATATTTTT-ATCAAAAATT-AAAAAAATT
* * * * * * *
2412 CAACTTCAAATTAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGTTTTCATAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTA
* *
2477 GAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTCCCAAT-AGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCGAAGCAGA
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTT-GCTTCATGTTTCCCGAAGCAGA
*
2541 CATTT-ACTTATAATATATTTTTATTAAAAATGTAAAAAAATT
129 CATTTCA-TTATAATATATTTTTATCAAAAAT-TAAAAAAATT
* * ** * **
2583 CAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATCGAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAA
1 CAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGC
*
2647 TAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
64 TAGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
2689 TTCTTCCCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTA
GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGCTTCATGTTTCCCGAAGCAGACA
TTTCATTATAATATATTTTTATCAAAAATTAAAAAAATT
Found at i:2715 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2666--2715 Score: 82
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
2656 ATAAATAGAC
*
2666 TTTTCTTACCAATGAATGGCT
1 TTTTCTTCCCAATGAATGGCT
*
2687 TTTTCTTCCCAATGGATGGCT
1 TTTTCTTCCCAATGAATGGCT
2708 TTTTCTTC
1 TTTTCTTC
2716 ACATTTTCTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.22, G:0.14, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TTTTCTTCCCAATGAATGGCT
Found at i:3525 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2687--5457 Score: 2003
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 171
2677 ATGAATGGCT
** * ** * * * * * *
2687 TTTTCTTCCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * * * * * *
2752 TT-ATCCATAATTTTAAGAACATTCAACTTAAAATCAGTAATGAGATTGTAAAATCATTTGAAGT
66 TTAAT-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
2816 GAGAAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGAC
130 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *
2858 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCC-AGAGGCAGACATTCAGTTCTAATTTAT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * * * * * * **
2922 TTTAACCTAAAATATAAAAATATTGAACTTAGAATCAATTATGAGACTATAAAAGTATTTAAAGC
65 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
2987 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGAGTGACTAGAAATGGAC
130 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
** * ** * * *
3029 TTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-C-AAGAGGTGAATATTTAGTTATAATATA
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAG-GCAG-ACATTCAATTATAATATA
* ** * *
3092 TTTTCATCAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
3157 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
129 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * *** * * * * *
3200 ATTTCTTGTCAATGGATTATTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAATAGTCAAATATAATATGTT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
3265 TTAATTAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCT
66 TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* *
3330 AGTAAT-AGGTTTTTTG-AGAGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGG-CTTTCGAAG-GCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * **
3371 TTTTCTCATAAATGGACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCGTTTATAATATATT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* *
3436 TTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
66 TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
3500 ACTAATAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAAG
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
3541 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTCCTTCATGTTTCCTAAAGTTGACATACAATTATAATATATT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
3606 TTAATTACAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAACCATTTAAAGCA
66 TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
3671 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAC-TGGGTGACTATAAATAGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * *
3712 TTTTCTTACCGATGAATAACTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATCCAAATATAATCTGTT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
3776 TTAA-CTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTAATAAGATTGTAAAATCATTTAAAG-
66 TTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
3839 -TG-AATAA-----T--AAGGCTTGAGTGACTCTAAATAGAC
130 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *** * * * *
3872 TTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCACAATT-CTAAAGGTAGACATTCAGTTATAATTTAA
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
** * * * * * ***********
3936 TTTAGCCAAAAATATAATAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAANNNNNNNNNNN
65 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
************* * * **
4001 NNNNNNNNNNNNNTT-GAAGGCTTGAGTAACTAGAAATGGTT
130 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
4042 TTTTCTTGTCAATAGATGGCTTCTGCTTCACGTTTCGC-AAGGTAGATATTTAGTTATAATATAT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
** ********** *
4106 TTTAATCAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAAA-TATTTAAAG
65 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
4170 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTCACTATAAATAGAC
129 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * * *
4213 TTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTGAGGCAAACAGTCAAATGTAATCTATT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * *
4278 TTAA-CTAAAAGTGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
66 TTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * *
4341 TAGTAATAAGTTTTTTGAGGGCTTGAGTGATTATAAATGGAC
130 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
4383 TTTTC-TCTCAAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGGAAACATTTAGTTATAATATGT
1 TTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
** * *
4447 TTTAATCAAAAATGTAAAACTATTGAACTTAAAATCAACAAT--GATTATAAAACCATTTAAAAG
65 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT-AAAG
* * * * * ** *
4510 -GAGCAATAAGTCTTTCGAAAGTTTGAGTGACTATAAATAAAT
129 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
4552 TTTTCTT-GCTAATAGAGGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTA
1 TTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATA
* * * * *
4615 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAG
64 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * **
4680 CGAGTAATAAGGCTTT-TAACCACTTGAGTGATTATAAACAGAC
129 CAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * *
4723 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTAAAACATAATCTGTT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * ** *
4788 TTAACTAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGCTATAAAACTATTTAAAG-
66 TTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
4852 AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
130 A-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
4895 TTTTCTTA-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGTCAAACGTTCAAATATAACATAT
1 TTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
4959 TTTAATCAAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
65 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
5024 GAA-TAACAAGGCTTTCAAAAAG-TTGAGTGACTATAAATGGAC
130 -AAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
5066 TTTTCTTATCAATAGATGACTTTTGCCTT-ATGTTT-CTCAAGGAAGACATTCAGTTATAATATA
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATA
* ** * * *
5129 TTTTAATCGAAAATGTAAAAATGTTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
64 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * ** *
5194 -ACAGCAATAAGCCTTTCGAAGCCTTGAGTAACAATAAATAAAT
129 CA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * *
5237 TTTTCTTGCCAATGGAAGGCTTTTGCTTTACT-TTT-CTCGAGGTAAACATTCAAATAGAA-ACT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATA-T
* * * * * * * *
5299 ATTTTAACCAAAAATGTGAAATATTTCAACTTAATATCAATTATGAGATAACAAAACCATTTAAA
63 ATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * ** * **
5364 GTGAGTAATAAGGCCTTC-AACGGCTTGAGCCACGATAAGCGGAC
128 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
5408 TTTTCTTACCAATGGATAGCTTCTACTTCGTGTTTCCTGAGGTAGACATT
1 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
5458 TAAAGATAAT
Statistics
Matches: 2048, Mismatches: 487, Indels: 130
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.00
160 38 0.02
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162 2 0.00
167 5 0.00
168 2 0.00
169 141 0.07
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171 1138 0.56
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173 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
Found at i:5582 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 5341--5592 Score: 269
Period size: 125 Copynumber: 2.0 Consensus size: 125
5331 AATATCAATT
* *
5341 ATGAGATAACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCAACGGCTTGAGCCACGATAAGCGG
1 ATGAGATAACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCAACGGCTTGAGCCACGATAAACAG
* * * *
5406 ACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTCTACTTCGTGTTTCCTGAGGTAGACATTTAAAGATA
66 ACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTCTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAAGATA
* * * ** * *
5466 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-ACAGGCTTGAGTGACTATAAATA
1 ATGAGATAACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCAAC-GGCTTGAGCCACGATAAACA
* * * * * *
5530 GACTTTT-TTGACCAATTAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTCC-GAGGCCA-ACATTCAAATATA
65 GACTTTTCTT-ACCAATGAATAGCTTCTACTTCATG-TTTCCTGAGG-CAGACATTCAAAGATA
5591 AT
1 AT
5593 TTTTTTTAAC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 19, Indels: 8
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
124 4 0.04
125 94 0.90
126 6 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (125 bp):
ATGAGATAACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCAACGGCTTGAGCCACGATAAACAG
ACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTCTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAAGATA
Found at i:5711 original size:296 final size:293
Alignment explanation
Indices: 5170--6027 Score: 760
Period size: 296 Copynumber: 2.9 Consensus size: 293
5160 AAAATCAATC
* ** * * * * * *
5170 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGACAGCAATAAGCCTTTCGAAGCCTTGAGTAACAATAAATAA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG
* * * * * **
5235 ATTTTTCTTGCCAATGGAA-GGCTTTTGCTTTA-CTTTTCTCGAGGTAAACATTCAAATAGAAAC
66 ACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATT
* * * * * * *
5298 TATTTTAACCAAAAATGTGAAATATTTCAACTTAATATCAATTATGAGATAACAAAACCATTTAA
130 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT-ATAAAACTATTTAA
* * * ** * *
5363 AGTGAGTAATAAGGCCTTCAACGGCTTGAGCCACGATAAGCGGACTTTTCTTACCAATGGATAGC
194 AGTGAGTAATAAGGCTTTCAA-TGCTTCAGTGACTATAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATAGC
** * * *
5428 TTCTACTTCGTGTTTCCTGAGGTAGACATT-TAAAGATA
257 TTCTACTTCACGTTT-CTGAGGCAAACATTCGAAAG-TA
5466 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-ACAGGCTTGAGTGACTATAAATA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATA
* * * *
5530 GACTTTT-TTGACCAATTAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTC-CGAGGCCAACATTCAAATATAAT
65 GACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAAT
* * * * *
5593 TTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGCCTATTAAACTATTTA
129 TTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG-ATATAAAACTATTTA
* * * * *
5658 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTTAGTGACTATATATGGACTTTTCTTACTAATAGATGG
193 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATG-CTTCAGTGACTATA-ATGGACTTTTCTTACCAATGGATAG
* * * * *
5723 TTTTTGCTTCACGTTTCTGTGGCAAACATTCGAATGTA
256 CTTCTACTTCACGTTTCTGAGGCAAACATTCGAAAGTA
* * * *
5761 ATTTGTTTTA-ATCAAAAACCCTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCTTTAG
1 A--TG----AGAT----TA---TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * ** *
5825 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCCTCATG-TTTCTTGAGGCTGAGAT
53 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTCGAGGCAAACAT
* * * * *
5889 TCAAATATAATTTACTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATTAT
118 TCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA-TAT
*
5954 AAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCAACTGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
182 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA-TGCTTCAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTA
*
6019 CCTATGGAT
245 CCAATGGAT
6028 GGTTTTTACT
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 84, Indels: 43
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
295 21 0.05
296 207 0.46
297 9 0.02
300 2 0.00
301 1 0.00
304 1 0.00
306 4 0.01
307 199 0.44
308 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (293 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTT
ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATATAAAACTATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTCAATGCTTCAGTGACTATAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTCT
ACTTCACGTTTCTGAGGCAAACATTCGAAAGTA
Found at i:5873 original size:307 final size:307
Alignment explanation
Indices: 5475--6040 Score: 773
Period size: 307 Copynumber: 1.8 Consensus size: 307
5465 AATGAGATTA
*
5475 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTG
1 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTG
* * ** * **
5540 ACCAATTAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-TCCGAGGCCAACATTCAAATATAATTTTTTTTAACC
66 ACCAATGAATGGCTTTCGCCTCATGTTTCT-CGAGGCCAACATTCAAATATAATTTACTTTAACC
* * * *
5604 AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGCCTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
130 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAAT
* * *
5669 AAGGCTTTCAA-TGACTTTAGTGACTATATATGGACTTTTCTTA-CTAATAGATGGTTTTTGCTT
195 AAGGCTTTCAACTG-CTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCT-ATAGATGGTTTTTACTT
5732 CACGTTTCTGTGGCAAACATTCGAATGTAATTTGTTTTAATCAAAAACCC
258 CACGTTTCTGTGGCAAACATTCGAATGTAATTTGTTTTAATCAAAAACCC
* *
5782 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGA-TGGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTC-ACAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-T
* * * ** *
5846 TG-TCAATGGATGGCTTTCGCCTCATGTTTCTTGAGGCTGAGATTCAAATATAATTTACTTTAAC
64 TGACCAATGAATGGCTTTCGCCTCATGTTTCTCGAGGCCAACATTCAAATATAATTTACTTTAAC
* * * * * * *
5910 TAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAA
129 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAA
*
5975 TAAGGCTTTCAACTGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGGATGGTTTTTACTTC
194 TAAGGCTTTCAACTGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATAGATGGTTTTTACTTC
6040 A
259 A
6041 TGAATCCCAA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 31, Indels: 10
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
307 214 0.96
308 9 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (307 bp):
TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTG
ACCAATGAATGGCTTTCGCCTCATGTTTCTCGAGGCCAACATTCAAATATAATTTACTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATA
AGGCTTTCAACTGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATAGATGGTTTTTACTTCAC
GTTTCTGTGGCAAACATTCGAATGTAATTTGTTTTAATCAAAAACCC
Found at i:5922 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 5648--5930 Score: 302
Period size: 136 Copynumber: 2.1 Consensus size: 136
5638 TGAGCCTATT
* * * *
5648 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTTAGTGACTATATATGGACTTTTCTTAC
1 AAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * * * **
5713 TAATAGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTGTGGCAAACATTCGAATGTAATTTGTTTTAATCAAAA
66 TAATAGATGGCTTTCGCCTCACGTTTCTGAGGCAAACATTCAAATATAATTTACTTTAATCAAAA
5778 ACCCTA
131 ACCCTA
* * * * *
5784 AAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-G
1 AAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * ** *
5848 TCAATGGATGGCTTTCGCCTCATGTTTCTTGAGGCTGAGATTCAAATATAATTTACTTTAA-CTA
66 T-AATAGATGGCTTTCGCCTCACGTTTC-TGAGGCAAACATTCAAATATAATTTACTTTAATC-A
**
5912 AAAA-TGTA
128 AAAACCCTA
5920 AAACAATTTAA
1 AAACAATTTAA
5931 CTTAAAATCA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 24, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
135 1 0.01
136 90 0.75
137 29 0.24
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (136 bp):
AAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
TAATAGATGGCTTTCGCCTCACGTTTCTGAGGCAAACATTCAAATATAATTTACTTTAATCAAAA
ACCCTA
Found at i:6092 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5782--6200 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
5772 TCAAAAACCC
* * * *
5782 TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAT-GCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *** * * *
5847 GTCAATGGATGGCTTTCGCCTCATGTTTCTTGAGGCTGAGATTCAAATATAATTTACTTTAACTA
65 GCCAATGGATGGCTTTCACCTCATGAATCCCAAGGCAGACATTCAAATATAATGTACTTTAACTA
*
5912 AAAATGTAAAACAA-TTTAACTTAAAATCAATGATGAGATTA
130 AAAATGTAAAA-AAGTTTAACTTAAAATCAATGATGAGACTA
* *
5953 TAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCAACTGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA-TGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
6018 ACCTATGGATGGTTTTTACTTCATGAATCCCAAGGCAGACATTCAAATATAATGT-GTTTCAA-T
65 GCCAATGGATGGCTTTCACCTCATGAATCCCAAGGCAGACATTCAAATATAATGTACTTT-AACT
* *
6081 CAAATATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTA
129 -AAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATGATGAGACTA
* * *
6124 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTTAGTGACT-TAAAAGTGGACTTTTC
1 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGCTTTAGTGACTAT-AAA-TGGACTTTTC
6188 TTGCCAATGGATG
63 TTGCCAATGGATG
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 32, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 178 0.85
172 24 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGGATGGCTTTCACCTCATGAATCCCAAGGCAGACATTCAAATATAATGTACTTTAACTAA
AAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATGATGAGACTA
Done.