Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397508.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4107.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11302
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.09, T:0.25
Warning! 3668 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4449 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4116--6936 Score: 1858
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 167
4106 NNNNNNTAGG
* * * * *
4116 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * * * *
4181 ATGTAAAAAGATTCAGCTTGAAATCAATTATGATAATATAAAACTATTTTAAGTGAGTAACATGG
66 ATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATA-AG
* * ** * ***********
4246 CTTTCAAAAACAAGGANNNNNNNNNNTGGACTTTTCTAGTC
128 TTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * *
4287 AATGAATGACTTTTGCTTCATGCTTCTGAAGGCA-ACCACTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * *
4351 AATGTAAAAAACTTCAA-TCTACAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AATGTAAAAAA-TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAA
** * *
4415 GATGTTTGAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTTTTTACTC
127 G-T-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * *
4458 AATAAATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAGCTGTTCTAACAAAA
1 AATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* ******************** *
4522 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAGTAATAAG
65 AATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA-
* * *
4587 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA-CC
127 G-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTAGTC
* ** * * *
4629 GATGAAT-ACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTCA-TGAA
1 AATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
* * * *
4692 AAATATACAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATCA
64 AAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAAT-A
* * * * * ***
4757 GGCTTTCGAAAGAATGGGTTACTGTAAATGGACTTTTCTTCCC
126 AG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
** * * **********
4800 AATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTNNNNNNNNNNAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
4864 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAG
65 AATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
4929 ACTTTTGAA-GAAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-C
128 --TTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * *
4970 TAAT-AACTGCCTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTTTGTTAACCA
1 -AATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACTA
* *
5033 AAAATGTAAAAAACTAT-AACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAA
63 AAAATGTAAAAAA-T-TCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * * * * *
5096 TAAGGCTTCCAAAGATACGAGTGACAATAAATGCACTTTTCT-TTC
124 TAA-GTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * ** * * * *
5141 TAATAAATGTCTTTTTCTTTATGTTTC-CTAGGACAAACATTTTATAATAGTCTGTTTTGA-TTA
1 -AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * * ** * *
5204 AAATTTAAAAAAATTAAACTTGAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAATAGGGCAATAA
64 AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
5269 GGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT--TAC
127 -G-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT-C
* * ** ** * * * * *
5311 AAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGATTT-AGTCAA
1 -AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
* *
5375 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAT
64 AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATA-
* * ** * * *
5440 AGTTTTTGAAAGAATTGGAAACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
126 AG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * * *
5483 AATTAATG-TTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAAGTTAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* *
5547 ATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG
66 ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAAT-AAG
* * * * * *
5612 CTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGTCTTTTCTAATG
128 -TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * *
5653 AATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGAAGACAGTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * * * * *
5717 TTGTTAACACACTCAACTTAAAATCAGTTATGAAATTATAAAATCATGTAATGTGAGTAATAAAG
66 ATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAAT-AAG
* *
5782 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTACTC
128 -TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * ** * * * * * *
5823 AACGAAT-AGCTTTTTCTCCATGTTTCTTGAGGCAGACACTGAATGAAAATCTTTTTTAACAAAA
1 AATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
5887 AATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAA
65 AATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
5951 GACTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTTTTGCC
127 G--TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * * *
5994 AAAGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-TTTTCTTAACGAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACTAAA
** * * * *
6058 AATGTAAAAAAATAGAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACTTTTTAAAGCGACTAATAAG
65 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * *** * * * **
6123 ACTCTCAAAGGCACAAGTGACAATAAATGGAGTTTTTTTTTCC
128 --TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT-C
* * * *
6166 ATTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAA
* * *
6230 AATGTAAACAAATTCAACTTGAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
65 AATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAA-
* * *
6295 GCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-C
127 G-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * *
6336 TAAT-AACTGCCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGTC-GACATTTAATTATAATCCGTTTTAA-TC
1 -AATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-
* * *
6398 AAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGGAGTAAT
62 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGC-GAGTAAT
* * *
6463 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
125 AA-G-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * * * * *
6508 AATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTGATA--TAGAGATTCAATTTTCATCTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
6571 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAA-
* * * *
6636 GCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
127 G-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
* * * ** * * *
6678 AATGAATAACTTTTTCTTTATGTTTATTGAGACAAACATTCAATTATAAAT-TGGTTTAACTAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAA
* * *
6742 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAACGAGTAATAAG
65 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAA-
* * * *
6807 GCTTTTAAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTC-ATGCC
127 G-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTA-GTC
* * * * * * *
6849 AATGAATG-CCTTTTCTTTACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
6913 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
66 ATGTAAAA-AATTCAACTTAAAAT
6937 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2088, Mismatches: 470, Indels: 185
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
170 618 0.30
171 1271 0.61
172 179 0.09
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC
Found at i:5354 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4116--6936 Score: 2055
Period size: 341 Copynumber: 8.3 Consensus size: 338
4106 NNNNNNTAGG
* * * * * *
4116 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * * * * *
4181 ATGTAAAAAGATTCAGCTTGAAATCAATTATGATAATATAAAACTATTTTAAGTGAGTAACATGG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* ** * *********** * * *
4246 C-TTTCAAAAACAAGGANNNNNNNNNNTGGACTTTTC-TAGTC-AATGAATGACTTTTGCTTCAT
130 CTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA--CAAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * *
4308 GCTTCTGAAGGCAACCACTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAA-TCTA
192 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT-AATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACT-TA
* * * * ** * *
4372 CAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGATG-TTTGAAGGAATGACTGA
254 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG--GCTTCCAAAGAATGAGTGA
*
4436 CTATAAATGGACTTTT-TTACTC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTTC-C
* * * * * * *
4458 AATAAATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAGCTGTTCTAACAAAA
1 AATGAATGTC-TTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * *********************
4522 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAGTAATAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** * **
4587 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCGATGAATACCTTTTTCTTCACAT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
* * * * * ** * *
4652 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTCATGAAAAATATACAAAAATTCAACTTAAAA
194 TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAA
* * * * * * * *
4717 TTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATCAGGCTTTCGAAAGAATGGGTTACTGT
257 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCAAAGAATGAGTGACTAT
*
4782 AAATGGACTTTTCTTCCC
321 AAATGGACTTTTCTTTCC
* * **********
4800 AATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTNNNNNNNNNNAA
1 AATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * * *
4864 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
4929 ACTTTTGAA-GAAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AACTGCCTTTTCCTTCAT
129 GCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAA-TGCCTTTTTCTTCAT
* *
4992 GTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTTTGTTAACCAAAAATGTAAAAAACTATAACTTAA
192 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAA
* * *
5057 AATCAACTT-TGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGATACGAGTGAC
255 AATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGA-ATGAGTGAC
* * *
5121 AATAAATGCACTTTTCTTTCT
318 TATAAATGGACTTTTCTTTCC
* * * ** * * * *
5142 AATAAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCCTAGGACAAACATTTTATAATAGTCTGTTTTGA-TTAAA
1 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * * * *
5206 ATTTAAAAAAATTAAACTTGAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TAGGGCAATAAG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAG
* * * * **
5270 GCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAAATGGCTTTTTCTTCACAT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
** * * **
5335 TTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGATTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
194 TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAA
* * * ** ** **
5400 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATATAGTTTTTGAAAGAATTG-GAAACTA
257 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTCCAAAGAA-TGAGTGACTA
* *
5464 TAAATGAACTTTTCTTGCC
320 TAAATGGACTTTTCTTTCC
* * * * * * *
5483 AATTAATGT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAAGTTAAA
1 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* ** *
5547 ATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * ** *
5612 CTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGTCTTTTCTAATGAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * * *
5676 TCTCGAGG-AAGACAGTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAATTGTTAACACACTCAACTTAAAA
195 TCTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTAACTTAAAA
* * * * * * * ** *
5740 TCAGTTATGAAATTATAAAATCATGTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
257 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCAAAGAATGAGTGACTAT
*
5805 AAATGGACTTTTC-TACTC
321 AAATGGACTTTTCTTTC-C
* * * * * * * * *
5823 AACGAATAG-CTTTTTCTCCATGTTTCTTGAGGCAGACACTGAATGAAAATCTTTTTTAACAAAA
1 AATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * *
5887 AATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAA
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * *
5951 GACTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAA-GAATGACTTTTGCTTCAC
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * *
6015 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTTTCTTAACGAAAAATGTAAAAAAATAGAACTTAA
192 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAA
* * ** * * * **
6080 AATCAATTTTGATATTATAAAACTTTTTAAAGCGACTAATAAGAC-TCTCAAAGGCACAAGTGAC
255 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC-CAAA-GAATGAGTGAC
* * *
6144 AATAAATGGAGTTTTTTTTTCC
318 TATAAATGGA-CTTTTCTTTCC
* * * * *
6166 ATTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAA
1 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAA
* * *
6230 AATGTAAACAAATTCAACTTGAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
6295 GCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAT-AACTGCCTTTTCCTTCATG
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAA-TGCCTTTTTCTTCATG
* * ** *
6359 TTTCTCAAGGTC-GACATTTAATTATAATCCGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAA
193 TTTCTCAAGG-CAAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAA
* * * * * *
6422 AATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
255 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGC-TTCCAAAGAATGAGTGAC
*
6487 TATAAATGGACTTTTCTAGT-C
318 TATAAATGGACTTTTCT-TTCC
* * * *** * * *
6508 AATAAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTGATATAGAGATTCAATTTTCATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * *
6572 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * ** *
6637 CTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTTATGTT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
* ** * ** * *
6702 TATTGAGACAAACATTCAATTATAAATTGGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
195 TCTCAAGGCAAACATTCAATTAT-AATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAAT
* * * ** *
6767 CAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGTGTGACTATA
258 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCAAAGAATGAGTGACTATA
* *
6832 AATGGACTTTTCATGCC
322 AATGGACTTTTCTTTCC
* * * * * * * *
6849 AATGAATG-CCTTTTCTTTACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
*
6913 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
6937 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1938, Mismatches: 469, Indels: 145
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.00
340 170 0.09
341 766 0.40
342 748 0.39
343 238 0.12
344 7 0.00
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGAATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTTCC
Found at i:7541 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6995--9072 Score: 1917
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 170
6985 NNNNNNNNAA
* * * * * *
6995 AAAAAAATTCATCTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
7060 TAAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAATG-GTATTTTGTTCACGTTTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATGCCT-TTTTCTTCACATTTC
* * * * *
7123 CTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
129 TTAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
*
7166 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-AAGTAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTT
* * * *
7230 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAT-ATATGGCTTTTTCTTCATATTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGA-ATGCCTTTTTCTTCACATTT
* * * * * *
7294 CATGAAGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT
128 C-TTAAGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * *
7338 AAAAGAATGCAACTTAAAATTAACTT-TGAGATTATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
7402 TCGAAAGCATGGGTGACAATGAATGGACTTTT-TTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTC
* * *
7466 TTAAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAATGT
129 TTAAGGAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * *
7509 AAAAATATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * *** * * * **
7574 TAAAGGCACAAGTGA-TAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCT
66 TGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT
* * * * * *
7638 CAAGGCAAACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACTAAGAATAC
130 TAAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * * **
7680 AAAGAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAGAGTGAGTAATGATTCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * **
7745 TGAAGGCATAAGTGACCATAAATGGGCTTTTATTACAAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTCTT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * * *
7810 GAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCTAGAAATAT
131 AAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * *
7851 AAAACAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
7916 TGAAGAAATGCGTGA-TCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTATTCATC-TTTC
66 TGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-CATTTC
* * * * *
7979 TTGAGGCAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT
129 TTAAGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * * *
8021 AAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATGTGGA-TATAAAGCCATTTGAAGTGAGTAACAA-GATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * **
8084 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TAGTCAATGAATGACTTTGTCTTCACGCTT
65 TT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT
* *
8148 C-TAGAGGTAACTATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
128 CTTA-AGGAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* *
8192 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** *
8257 TGAAGGAACGGATGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT
* * *
8321 TGAGGTAAACATTCAATTATAAGT-TGTTCTAACTAAAAATGT
130 TAAGG-AAACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * * * *
8363 AAACATATTCAATTTAAAATTAATTATGCGATTATACAACCGTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** *** * * ** *
8428 TTAAGGAATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT
* *
8493 AAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATAT
131 AAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAT
* * * ** ** *
8534 AAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAAATTATAAAATTATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * *
8599 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * * *
8664 GAGGTAGACATTCAATTATAATTTG-TTTAACTAAATATAT
131 AAGG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * *
8704 AAAAAAATACAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * *
8769 CGAAGGCATTGGTGACGATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCGCATTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * *
8834 AAGACAAACATTTAATTATAGA-CTGTTTTAACCAAAAATAT
131 AAG-GAAACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * *
8875 AAAAAACATTCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTAATGAGGCT
1 AAAAAA-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * ** ** * **
8939 TTTGAAGGTATGGGTAACCATAAATGGGCTTTTTTTAAAAATGAATAACTTTTTCTCCATGTTTC
64 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTC
* * * * * * *
9004 CTGAGACAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAATAATGT
129 TTAAG-GAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
9047 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
9073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1562, Mismatches: 305, Indels: 80
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 280 0.18
171 979 0.63
172 288 0.18
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT
AAGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
Found at i:7827 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 6995--9072 Score: 2119
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 342
6985 NNNNNNNNAA
* * * * *
6995 AAAAAAATTCATCTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
7060 TAAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGG-TATTTTGTTCACGTTTCC
66 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCT-TTTTCTTCACATTTCT
* * * * *
7124 TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
130 TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
7189 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-AAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAA
* * *
7253 TGGACTTTTCTTGCCAAAT-ATATGGCTTTTTCTTCATATTTCAT-GAAGTAGACATTCAATTAT
259 TGGACTTTTCTTGCC-AATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAGGTAAACATTCAATTAT
* *
7316 AATTTGTTTTAACCAAAAATGT
321 AATTTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * *
7338 AAAAGAATGCAACTTAAAATTAACTT-TGAGATTATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
7402 TCGAAAGCATGGGTGACAATGAATGGACTTTT-TTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTT
65 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
* * * * * *
7466 TTAAGG-AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAATATTTAACATAAAATC
129 TTAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * **
7530 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCACAAGTGA-TAATA
193 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATA
* * * * *
7594 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATA
257 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATA
* * *
7659 GTTTGTTTTAACTAAGAATAC
322 ATTTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * **
7680 AAAGAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAGAGTGAGTAATGATTCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * *
7745 TGAAGGCATAAGTGACCATAAATGGGCTTTTATTACAAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTCTT
66 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * * * * *
7810 GAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCTAGAAATATAAAACAATTCAACTTAAAAACAAT
131 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
7875 TATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGCGTGA-TCATAAAT
196 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATAAAT
* * * * * * *
7939 GGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTATTCATCTTTCTTGAGG-CAACAATCAATTATAATT
260 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATT
*
8003 TGTTTTAACCAAAAATAT
325 TGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * **
8021 AAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATGTGGA-TATAAAGCCATTTGAAGTGAGTAACAAGATTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * **
8085 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TAGTCAATGAATGACTTTGTCTTCACGCTTC
65 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
* *
8149 -TAGAGG-TAACTATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
129 TTA-AGGCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
8212 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTGAAGGAACG-GATGACTAT
192 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTAT
* * * *
8276 AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTA
256 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAAACATTCAATTA
* * *
8340 TAAGTTGTTCTAACTAAAAATGT
320 TAATTTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * * *
8363 AAACATATTCAATTTAAAATTAATTATGCGATTATACAACCGTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** * ** ** * * * ** *
8428 TTAAGGAATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTC
66 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * * * *
8493 AAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAA
131 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** ** * *
8557 TTATGAAATTATAAAATTATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
* * * * *
8622 GAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATT
260 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATT
*
8687 TG-TTTAACTAAATATAT
325 TGTTTTAACTAAAAATAT
* * * *
8704 AAAAAAATACAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
8769 CGAAGGCATTGGTGACGATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCGCATTTCTC
66 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
* * *
8834 AAGACAAACATTTAATTATAGA-CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAA-TATAAAATC
131 AAGGCAAACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-ATTCAACT-TAAAATC
* * * * * * *
8897 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACCATAA
193 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * *** ** * ** *
8962 ATGGGCTTTTTTTAAAAATGAATAACTTTTTCTCCATGTTTC-CTGAGACAAACATTCAGTTATA
258 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAAACATTCAATTATA
* * * *
9026 ATCTGTTTTAACCAATAATGT
322 ATTTGTTTTAACTAAAAATAT
*
9047 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
9073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1420, Mismatches: 283, Indels: 64
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.00
341 430 0.30
342 712 0.50
343 267 0.19
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTT
GTTTTAACTAAAAATAT
Found at i:8309 original size:683 final size:676
Alignment explanation
Indices: 6995--9072 Score: 2278
Period size: 683 Copynumber: 3.0 Consensus size: 676
6985 NNNNNNNNAA
* * *
6995 AAAAAAATTCATCTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-GTGAGTAATAAAGCTTT
** * * * * *
7060 TAAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGGTATTTTGTTCACGTTTCCT
65 TAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTT
* *
7125 GAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAAT
130 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT-ACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
*
7190 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
193 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
* * *
7255 GACTTTTCTTGCCAAAT-ATATGGCTTTTTCTTCATATTTCATGAAGTAGACATTCAATTATAAT
257 GACTTTTCTTG-CAAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
7319 TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATGCAACTTAAAATTAACTTTG-AGATTATATAACCATTT
320 TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAA-TTTGTGGATTATA-AACCATTT
* * * * * * *
7383 AAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACAATGAATGGACTTTTTTCACCAATGAATG
383 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCT-AGCAATGAATG
* * * * *
7448 CCTTTTTCTTTACATTTTTTAAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAA
447 ACTTTTTCTTCACA-TTTCTAAGGAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
7513 ATATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGTTTTTAAA
510 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAA
* * * * * * *
7578 GGCAC-AAGTGA-TAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT-CTCA
575 GGAACGGA-TGACT-ATAAATGGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-G
* * **
7640 AGGCAAACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACTAAGAATAC
637 AGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * **
7680 AAAGAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAGAGTGAGTAATGATTCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AGTGAGTAATAAAGCTTT
* * * * * * *
7745 TGAAGGCATAAGTGACCATAAATGGGCTTTTATTACAAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTCTT
65 TAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * *
7810 GAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCTAGAAATATAAAACAATTCAACTTAAAAACAAT
130 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA-CTAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
7875 TATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGCGTGA-TCATAAAT
193 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATAAAT
* * * * *
7939 GGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTATTCATCTTTCTTGAGGCA-ACAATCAATTATAATT
256 GGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATT
* * *
8003 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATGTGGA-TATAAAGCCATTTG
321 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAATT-TGTGGATTATAAA-CCATTTA
* ** *
8067 AAGTGAGTAACAAGATTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGA
384 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTAG-CAATGAATGA
* ** *
8132 CTTTGTCTTCACGCTTCTAGAGGTAACTATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
448 CTTTTTCTTCACATTTCTA-AGGAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
*
8197 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTGAAG
511 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAG
* * * *
8262 GAACGGATGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGT
576 GAACGGATGACTATAAATGGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGC
*
8327 AAACATTCAATTATAAG-TTGTTCTAACTAAAAATGT
641 AAACATTCAATTAT-AGTTTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * * * * *
8363 AAACATATTCAATTTAAAATTAATTATGCGATTATACAACCGTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATAAAGCTTT
* * ** * ** * * *
8428 TTAAGGAATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTC
65 TAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * *
8493 AAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAAT
130 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTACT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
8558 TATGAAATTATAAAATTATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
193 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
* * *
8623 AACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATT
257 GACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATC-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATT
* * *
8687 TG-TTTAACTAAATATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTA
321 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAATTTGTG-GATTAT-AAACCATTTA
* * * * *
8750 AAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACGATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGT
384 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTAGC-AATGAATGA
* * * * *
8815 CTTTTTCTTCGCATTTCTCAAGACAAACATTTAATTATAGA-CTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
448 CTTTTTCTTCACATTTCT-AAG-GAAACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
8879 AACATTCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTAATGAGGCTTTTG
510 AA-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTG
* * * * * * * * * *
8943 AAGGTATGGGTAACCATAAATGGGCTTTTTTTA-AAAATGAATAACTTTTTCTCCATGTTTCCTG
573 AAGGAACGGATGACTATAAATGGAC-TTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *
9007 AGACAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAATAATGT
637 AGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGT
*
9047 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
9073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 195, Indels: 67
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 2 0.00
682 17 0.01
683 690 0.59
684 218 0.19
685 234 0.20
686 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (676 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTT
AAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTG
AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATCTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTT
TAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAATTTGTGGATTATAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTAGCAATGAATGACTTTTTCT
TCACATTTCTAAGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAACGGATGA
CTATAAATGGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAA
TTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGT
Done.