Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399815.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3054.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3423
ACGTcount: A:0.21, C:0.07, G:0.08, T:0.20
Warning! 1486 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2612 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2265--3423 Score: 1098
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 169
2255 NNNNNNNNNN
* ** * *
2265 TTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAGGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTATTGTCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * * ** * * ** *
2330 ATGCCTT-TTTCTACAAGTTTCTCGGGGTAAACAACCAATTATACTCTGTTTTACCAAAAAAAAT
65 ATG-CTTGTTTCT-TAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATAT
* ********** *
2394 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * ***********
2436 TTTAAAGCGAGTAATTAGCATTTTGAAGGAATTGGTGACTCTAANNNNNNNNNNATTGTCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * * *
2501 ATGCTTGTTTCTTAGAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATA
65 ATGCTTGTTTCTTA-AGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATA
*
2566 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
2607 TTTAAAACCAGTAACAAGCTTTCT-AAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGCTTT-TGAAA-GAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * * * * *
2671 AAT-ATTGTTTTCTACAAGTTT-TCCGAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
64 AATGCTTG-TTTCT-TAAGTTTCT-TGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAAT
* * * **
2734 ATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGAATATAAAATTA
126 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
2778 TTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGATTTTTCTTATCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
** * *
2843 ATGCTTGTTTCTTCATTTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATA
65 ATGCTTGTTTCTT-AAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATA
* *
2908 AAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
2949 TTTAAAATC-AGTAATAAGCTTTCTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
1 TTT-AAAGCGAGTAATAAGCTTT-TGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * * *
3013 AATG-TTGTTTTCTACAAGTTT-TTCGAGGTAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAA
64 AATGCTTG-TTTCT-TAAGTTTCTT-GAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAAT-AAAAAA
**
3076 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTA
125 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
3121 TTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAA-GAAGTGACTCTAAATGGA-TTTCTCTTATCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAAGAATG-GGTGACTCTAAATGGACTTT-TCTTGTCAAT
* * * * *
3184 GAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGA-GTAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATG
63 GAATGCTTGTTTCTT-AAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATA
* * *
3248 TGAAAAAATTCAA-TACAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCA
127 TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * ** * *
3291 TTTAAAGTGGGTAATAAGCTTTTTGAAATAATGGGTGACTCTAAATGGAAATTTCTTATTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * ** * * *
3356 ATGCTTGTTTCTTTACGGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTA
65 ATGCTTGTTTC-TTAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATA
3421 AAA
129 AAA
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 143, Indels: 64
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 134 0.16
171 546 0.67
172 122 0.15
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA
TGCTTGTTTCTTAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:2918 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2292--3423 Score: 1306
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
2282 GCCTTTTGAG
* * ** *
2292 GGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTATTGTCAATGAATGCCT-TTTTCTACAAGTTTCTCGGG
1 GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-ATTGTTTTCTACAAGTTT-TCGAG
* * ** * * * ***
2356 GTAAACAACCAATTATACTCTGTTTTACCAAAAAAAATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATNNN
64 GTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT
******* * * * *** *****
2421 NNNNNNNTAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-TAGCATTTTGAAGGAATTGGTGACTCTAANNNNN
129 GAGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAT-GCCTTTTGAAAGAAGAAGTGACTCTAAATGGA
****** * * *
2485 NNNNNATTGTCAATGAATGCTTGTTTCTT-AGAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATATG
193 TTTCTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCA-TGTTTCTTGA-GTAGACATTCAATTATAATATG
* *
2549 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAA
256 TTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* *
2614 CCAGTAACAAGCTTTCTAAA
320 TCAGTAATAAGCTTTCTAAA
*
2634 GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATTGTTTTCTACAAGTTTTCCGAGT
1 GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATTGTTTTCTACAAGTTTT-CGAGG
*
2699 TAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATG
65 TAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG
*
2764 AGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAATG-GGTGACTCTAAATGGAT
130 AGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAA-GAAGTGACTCTAAATGGAT
* * * * *
2828 TTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATTTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTATGTT
194 TTCTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGAG-TAGACATTCAATTATAATATGTT
*
2893 TTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATC
258 TTAATAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATC
*
2958 AGTAATAAGCTTTCTGAA
322 AGTAATAAGCTTTCTAAA
*
2976 GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTGTTTTCTACAAGTTTTTCGAGG
1 GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATTGTTTTCTACAAG-TTTTCGAGG
* *
3041 TAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
65 TAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT
*
3106 GAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAAGAAGTGACTCTAAATGGAT
129 GAGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAAGAAGTGACTCTAAATGGAT
*
3171 TTCTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATATTATGTTT
194 TTCTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
* * * * * *
3236 TAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAA-TACAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
259 TAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATC
* *
3300 GGTAATAAGCTTTTTGAAA
322 AGTAATAAGCTTTCT-AAA
* ** * * * * * * *
3319 -TAATGGGTGACTCTAAATGGAAATTTCTTATTAATGAATGCTTGTTTCTTTAC-GGTTCTCAAG
1 GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-ATTGTTT-TCTACAAGTTTTCGAG
* * * * *
3382 GTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
64 GTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 90, Indels: 31
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 19 0.03
342 510 0.74
343 152 0.22
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
GGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATTGTTTTCTACAAGTTTTCGAGGT
AAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGA
GAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAAGAAGTGACTCTAAATGGATTT
CTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
ATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATCAGTA
ATAAGCTTTCTAAA
Found at i:3237 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 2491--3423 Score: 1222
Period size: 513 Copynumber: 1.8 Consensus size: 513
2481 NNNNNNNNNA
* * * * *
2491 TTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTAGAGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAAT
1 TTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTAAAGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAATATATTTTAAT
*
2556 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACCAGTAA
66 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACCAGTAA
* *
2621 CAAGCTTTCTAAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATTGTTTTCTAC
131 CAAGCTTTCTAAAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATATTGTTTTCTAC
* * *
2686 AAGTTTTCCGAGTTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACT-
196 AAGTTTTCCGAGTTAAACAATCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TA
* * ** *
2750 TAAAATAAATTATGAGAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATATGCCTTTTGAAAGAATGGGTG
260 CAAAAGAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTG
** *** *
2815 ACTCTAAATGGATTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATTTTTCTCGAGATAAACATTCA
325 ACTCTAAATGGAAATTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGGTTCTCAAGATAAACATTCA
2880 ATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAA
390 ATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAA
2945 ACCATTTAAAATCAGTAATAAGCTTTCTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTC
455 ACCATTTAAAATCAGTAATAAGCTTTCTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTC
* *
3004 TTGTCAATGAATG-TTGTTT-TCTACAAGTTT-TTCGAGGTAAACAATCAATTATAGTCTATTTT
1 TTGTCAATGAATGCTTGTTTCT-TA-AAGTTTCTT-GAGGTAAACAATCAATTATAATATATTTT
* ** * *
3066 AATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGA
63 AAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACCA
* * *
3131 GTAATATGCCTTT-TGAAA-GAA-GAAGTGACTCTAAATGGA-TTTCTCTTATCAATGAATGCTT
127 GTAACAAG-CTTTCT-AAAGGAATG-AGTGACTCTAAATGGACTTT-TCTTATCAATGAAT-ATT
* * * * * * * *
3192 G-TTTCTTCATG-TTTCTTGAG-TAGACATTCAATTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTGAAAA
187 GTTTTCTACAAGTTTTC-CGAGTTAAACAATCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
* * * * *
3254 AATTCAATACAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGCTTTTTGAAA
251 AATTCAATACAAAAGAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAA
* * * *
3319 TAATGGGTGACTCTAAATGGAAATTTCTTATTAATGAATGCTTGTTTCTTTACGGTTCTCAAGGT
316 GAATGGGTGACTCTAAATGGAAATTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGGTTCTCAAGAT
* * *
3384 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
381 AAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAA
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 52, Indels: 22
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 11 0.03
513 231 0.65
514 104 0.29
515 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
TTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTAAAGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAATATATTTTAAT
AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACCAGTAA
CAAGCTTTCTAAAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATATTGTTTTCTAC
AAGTTTTCCGAGTTAAACAATCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATAC
AAAAGAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGA
CTCTAAATGGAAATTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGGTTCTCAAGATAAACATTCAA
TTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAATCAGTAATAAGCTTTCTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTC
Done.