Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397510.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_874.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1531 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1904 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1878--1907 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1868 AAAATCTCAT
1878 AATTGATTTTACATTA
1 AATTGATTTTACATTA
1894 AATTG-TTTTACATT
1 AATTGATTTTACATT
1908 TTTTATTAAA
Statistics
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15 9 0.64
16 5 0.36
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Consensus pattern (16 bp):
AATTGATTTTACATTA
Found at i:2185 original size:172 final size:170
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Indices: 1845--2217 Score: 433
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
1835 TTGAAAACCC
* * * * * *
1845 TATTACCCGTTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTACATTAAATTGTTTTACATTTT
1 TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTACATTAAATTGTTTTAAATTGT
* * * * *
1910 TTATTAAAAAAGATTATAATTGAGTATCAACCTTAAGAAACATGATGAAAAGTCATTTATTAGCA
66 TCATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTGATTAGCA
* * *
1975 AGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATGCCTTTAAAAGCTT
131 AGAAAAATCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGCTT
* * * *
2015 TATTATTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGA-GTTGAATTTTTTTATAATT
1 TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-ACATTAAATTGTTTTA-AATT
* * * ** **
2079 GTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTGATTA
64 GTTCATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCAACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTGATTA
* *
2144 GCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTT
128 GCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGCTT
** * *
2187 TATTACTCGCTCTAAATGGTTCTATAATCTC
1 TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTC
2218 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 32, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 49 0.29
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172 77 0.46
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Consensus pattern (170 bp):
TATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTACATTAAATTGTTTTAAATTGT
TCATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTGATTAGCA
AGAAAAATCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGCTT
Found at i:3719 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2911--3733 Score: 550
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
2901 NNNNNNNNNN
** * * * * *
2911 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATTAT-AT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAAT
* * * * * ** *
2975 TAAAATGTCTGCCAT-AGAAAACATGAAGAACAAG-CTATTTGTTGGTCAA-AAAGGTCCATTTA
66 T-GAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
3037 CAATCAC-CTATGCCTTCAAAAGTC-TTACTACTTGCTTTAAATGGT
127 TAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * **
3082 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAA-GTG--TTTTTTTACAGTTTTGATTAAAATTTATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAAT
** * * * * * *
3144 TGAATGTCCACTTTAAAAAACATGAAG-CAAAGTCA-TCTATTGATAATAAAAGTCCATTTGTAG
66 TGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
** *
3207 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTATCTTTAAATGGT
130 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** * * *
3249 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTTATTTTTGATTAAGATCA-ATAATT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAA-TTGTTTTACATTTTTGATTAA-AACATATTATA
* * * * * * * *
3313 TTTGAATGTTTGCCTCAATAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATT-GTCAAGAATAGTCTACTTAT
64 ATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
3377 AGTCAC-CTAGGCCTTTGCAAGCCTTCTTACTCGTTTTAAATAGT
128 AGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * ********** * *
3421 TTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAANNNNNNNNNNTTTTTTATTAAAATATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAAT
* * * * * * * **
3486 TGAATGTTAATC-TAGGGAAAC-TTACAGCAAAAGACATCCATTAGAG-AA-AAAAGTTTATTTA
66 TGAATGTTTACCTTA-AGAAACATGA-AGAAAAAGTCATTCATT-G-GTAAGAAAAGTCCATTTA
* *
3547 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAAT
127 TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * *
3592 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTGTAA
1 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTGTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATATTATAA
* * * *
3656 TTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAGTGATTCATTGGTAAGAAACGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
3721 TCACTCAAGCCTT
130 TCACTCAAGCCTT
3734 TAAAAGCCTC
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 129, Indels: 56
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.01
167 78 0.16
168 49 0.10
169 5 0.01
170 9 0.02
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173 1 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAAT
TGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
Found at i:4191 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3898--6625 Score: 1855
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 170
3888 NNNNNNNNNT
** * *
3898 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATATTCTAATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3962 TTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-TATGCTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT--TTTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTACCT
* * *
4026 TAGAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCTTTGGTAACAAAAGTCC
128 TAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
4069 ATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * ** *
4134 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATAATATTGAAATGTCTGTCATA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTG-AATGTCTACCTTA
* * * * *
4199 GAAAACGTGAAGAACAAGCTATT-TGTTGGTATGAAAGGTCC
130 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
4240 ATTTACAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
4305 TTAATTTGACGTT---TTTGTTTACAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * *
4367 AAAAACGTGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGTAATAAAAGTCT
130 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGGTAAGAAAAGTCC
* *
4408 ATTCATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * *
4473 TTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAGATCGATA--AGTTTTGAATGTTTGCC
66 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAA-AAC-ATATTA-TATTGAATGTCTACC
* *
4536 TTA-ATAAACATGAAGAAAAAGTCATT-TATT-GTCAAGAATAGTCC
127 TTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGGT-AAGAAAAGTCC
* * * * *
4580 ACTTT-TAGTCAC-CTAGGCCTTTGAAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAT
1 A-TTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * ** * *
4643 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT-TA-AT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
4706 CTAGGAAATCTTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AA-AAAAGTTC
128 -TA-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTG-GTAAGAAAAGTCC
** * * * *
4751 ATTTATAGTCACTCGTGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4816 TTGATTTTAAGGTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTT-
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTGAATGTCTACCTTA
* * ** * *
4880 GAGTAACATTAAGAAAAAGTGATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
130 GA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* ** * *
4922 ATTTATAGTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
1 ATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * * * *
4986 CTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATGTTTTTAGCTAAAATATATTATTATTGAATGTTTATC-G
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTA-TATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
5049 AGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTTC
129 A-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTA-AGAAAAGTCC
* * * *
5092 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
5157 TT-AGTTTTAAGTAGAATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGC
66 TTGA-TTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTAC
* * * * ** * * *
5221 ATGAGGAAACAAGAACCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA--CC
126 CTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
5264 TGAGTTAAAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTTAATCTCTT
1 --ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
5329 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTATTGATTGAAACATATTATAATTGAATGTCTACT
64 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTGAATGTCTACC
* * * * *
5394 TTA-AGAAACGTGAAGTAATAGCCA-TCTATTGGCAAGAAATGTCC
127 TTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGGTAAGAAAAGTCC
* * ** * *
5438 GTTTATAGTTACTCAAGCCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-GTTGTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATA
* * * * *
5502 ATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATCTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTGTGCCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTACCTT
* ** ** *
5567 AGGAAACATGAA-AAGAAA-CCATTAATTGGTGGGAAAAGTTC
129 AGAAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
5608 ATTCATAGTTAGC-CATGCCTTTGAAAGACC-TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * **
5671 AATCGATTTTAAGATT-ATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTATT
64 AATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTGAATGTCTACC
* * * * * * * *
5735 TTGGGAAACATTAA-ACGAAAA-CAATCCATTGGCAAGAGAAGTCC
127 TTAGAAAACATGAAGA--AAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* * *
5779 ATTTATAGTCACTCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
5844 TTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACATATTATATTTAAATGTCTACC-TG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTACCTTA
* * * *
5908 GCAAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGATAGGAAAAG-CC
130 G-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
5948 AATTTATAGTCATTAAAGCTTTCGTAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
1 -ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
6013 ATTGA-TTCAAGTTGAATTCTTTTACATTGTTTGGTTAAAACATATTATATTTAAATATATGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
6077 CAAAAAACATGAAGAAAAAACTATT-TATTGGCAA-AAACAATTC
128 TAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGGTAAGAAA-AGTCC
** ** * * *
6120 ATTTATAGTCACTCGTGCCTTTAAAATCCTTATTACTAGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCACA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* ** * ** * *
6184 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATGTTTTTGGGTGCAATATATTATACTTGAATGTCTA-TTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTACCTT
* * *
6248 TGTAAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGT-A-ATAA----
129 AG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * *
6285 A---ATAGTCACTTAACCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * *
6347 CTGATTTTAAGTTGAATTCTATTACATTTTTGGTAAAAAGAAATCATATTTCAATGTCTACATTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA-TTGAATGTCTACCTTA
* * * * ** *
6412 GGAAACAAGATA-AAAAA-CTATTCATTGACAAGAAAAGTTC
130 GAAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
* *** * ** * * * *
6452 ATTTATAGTTAGC-CATTTCTTCGGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTTAGA
1 ATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * *
6516 ATCAATTTTAAGTTAAATTCTTTTA-TTTTTTGATTAAAAAATATTTTAATTGAATGTCTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-ATTGAATGTCTACCTT
* * ** * * * *
6580 AGGAAACGTGAACCAAAACCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCC
129 AGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
6622 ATTT
1 ATTT
6626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2012, Mismatches: 442, Indels: 207
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 5 0.00
162 109 0.05
163 7 0.00
165 1 0.00
167 2 0.00
168 131 0.07
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175 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTGAATGTCTACCTTAG
AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGGTAAGAAAAGTCC
Found at i:5113 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3897--6625 Score: 1880
Period size: 341 Copynumber: 8.0 Consensus size: 338
3887 NNNNNNNNNN
* * *
3897 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATATTCTAATA
1 TATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
3961 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTATGCTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC-
* * * * * * * * * * *
4026 TAGAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCTTTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTC
127 TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * *
4091 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
192 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * *
4156 TACATTTTTAATTAAAATAAATAATA-TTGAAATGTCTGTCATAGAAAACGTGAAGAACAAGCTA
257 TACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTG-AATGTCTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
** * *
4220 TTTGTTGGTATGAAAGGTC
320 TTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
4239 CATTTACAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
4304 ATTAATTTGACGTT--TTTGTTTACAGTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTT
65 ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTA-TGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-TCT
** * * * * * * *
4366 AAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCTATTGGTAATAAAAGTCTATTCATAGTCACTCAAGCCTTCG
128 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* *
4431 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTT
193 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT
* ** * * * * *
4496 TATATTTTTTATTAAGATC-GATAAGT-TTTGAATGTTTGCCTTAATAAACATGAAGAAAAAGTC
257 TACATTTTTGGTTAA-AACAAATAA-TATTTGAATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCC
* *
4559 ATTTATT-GTCAAGAATAGTC
319 ATTCATTGGT-AAGAAAAGTC
* * * * * * *
4579 CACTTT-TAGTCACCTAGGCCTTTGAAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAT
1 TA-TTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
4643 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATAT-TTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGT-TAA
64 AATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTTT-TATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-A
* * * **
4705 TCTAGGAAATCTTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AA-AAAAGTTCATTTATAGTCACTCGTG
125 TCTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * *
4768 CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAAT
187 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * * * * *
4833 TTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGTAACATTAAGAAAAA
252 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAA
**
4898 GTGATTCATTGGTAAGAAAAGTC
316 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* *
4921 TATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
1 TATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
4986 CTTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATGTTTTTAGCTAAAATATATTATTATTGAATGTTTATCGAG
65 ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTA-
* *
5051 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
129 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
5115 AAAGCATTATTACTCGTTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTAGAATTTTTT
193 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA---TTT
* * * **
5179 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCATGAGGAAACAAGAACCAAAAGC
254 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGC
* * *
5244 CATCCATTGGCAAGAAAA-CC
318 CATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
5264 TGAGTTAAAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTTAATCTCTT
1 T-ATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* ** * * *
5329 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTATT-GATTGAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
64 AATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTTATGTTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-
* * * * * * * * *
5393 TTTAAGAAACGTGAAGTAATAGCCATCTATTGGCAAGAAATGTCCGTTTATAGTTACTCAAGCCT
125 TCTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
** * *
5458 TTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-GTTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
190 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
5522 ATTTACATCTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTGTGCCTTAGGAAACATGAA-AAGAAA-
254 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGAA-AAAG
* **
5585 CCATTAATTGGTGGGAAAAGT-
317 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * *
5606 TCATTCATAGTTAGCCATGCCTTTGAAAGACC-TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 T-ATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
5670 TAATCGATTTTAAGATT-ATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTAT
63 TAATTGATTTTAAG-TTGA-TTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-
* * * * * * *
5734 TTTGGGAAACATTAAACGAAAA-CAATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCG
125 TCTAGGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * *
5798 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTT
189 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * *
5863 TTTTATATTTTAGGTTAAAACATATTATATTTAAATGTCTACC-TGGCAAAACATGAA-AAAAAA
254 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTTAG--AAACATGAAGAAAAAG
* * *
5926 CCATTCATTGATAGGAAAAGCC
317 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* *** * ** * *
5948 AATTTATAGTCATTAAAGCTTTCGTAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
1 TATTTATAGTCACCCAACCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * * * * **
6013 ATTGA-TTCAAGTTGAATTCTTTTACATTGTTTGGTTAAAACATATTATATTTAAATATATGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATGTT-TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCT
** * * * ** * * **
6077 CAAAAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTGGCAA-AAACAATTCATTTATAGTCACTCGTGCCTT
128 -AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
** * * *
6141 TAAAATCCTTATTACTAGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
191 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* ** * ** * * * * ** * *
6205 CTTATGTTTTTGGGTGCAATATATTATACTTGAATGTCT-ATTTTGTAAAACATGAAGCAAAAGC
255 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTTAG--AAACATGAAGAAAAAGC
*
6269 CA-TCTATTGGT-A-ATAA---
318 CATTC-ATTGGTAAGAAAAGTC
** ** * *
6285 -A---ATAGTCACTTAACCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATA
1 TATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * * * * * * *
6346 ACTGATTTTAAGTTGAATTCTATTACATTTTTGGTAAAAAGAAATCATATTTCAATGTCTA-CAT
65 ATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC--
* * * * * * * * ***
6410 TGGGAAACAAGATA--AAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAGC-CATTTCT
127 TAGGAAACATGA-AGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCT
* ** * * * * ** * *
6472 TCGGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTTAGAATCAATTTTAAGTTAAATTCT
190 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** * * * ** *
6537 TTTA-TTTTTTGATTAAAA-AATATTTTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAACCAAAACC
255 TTTACATTTTTGGTTAAAACAA-ATAATATTTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGC
* *
6600 CATTCATTAGAAAGAAAAGTC
318 CATTCATTGGTAAGAAAAGTC
*
6621 CATTT
1 TATTT
6626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1909, Mismatches: 389, Indels: 180
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
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333 91 0.05
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337 1 0.00
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347 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
TATTTATAGTCACCCAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTAGG
AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
GGTAAGAAAAGTC
Found at i:8906 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8689--10604 Score: 1036
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 171
8679 TGTTTGGATG
* ** *
8689 AAAAATGTAAAAAACATTAAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAG
1 AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
8754 TAAGAGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCAGACTAGTGGATGGCTTTTGCTTC
65 TAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* *
8819 ATGTTT-CTCAAAACAAACATTCAATTATAATATTTTTTAACC
130 ATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * ***
8861 AAAAA-GTTAAAAAAATTCAGCTTAAAATTGATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAA
1 AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * **
8925 TAAGACTTTCGAACGAATGAA-TGACTATAAATGGA-TGTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTTT
65 TAAGACTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * * * *
8988 TCATATTTTCT-GAGGATCACATTTAAATATAATTTGTTTTAACT
128 TCATGTTTCCTAAAGCA-AACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* *
9032 AAAAATGTAAAAAAATTC-AGTTAAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCT-AGTA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTA
* * ** * * * * ** *
9095 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATTAATGGATTTTTCTTG-TCAATGGATGATTTTTTCT
64 ATAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGACCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
9159 TCGTGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACC
128 TCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * *
9203 AAAAATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACGAATTATAA-TGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAA
* ** *
9267 T-AGTACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATAGCTTTTGCTG
65 TAAG-ACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCT-
* * * *
9331 T-ACT-TTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTAACT
128 TCA-TGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * *
9374 AAAAGTGTAAAAGAATTCAA-TTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAGGTCAGCAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * * *** *
9438 TAAGGCTTTCAAAAGAATATGTGATTATAAATTGACTTTTTTTACCAA-GGAATAATTTTTTCTT
65 TAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGG-ATGGCTTTTGCTT
** * * * * * * * *
9502 CACATTTCCTAAAGTAGACATTCAAATACAATCTGTTTAAACT
129 CATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* *** * * * * * *
9545 AAAAATATAAAAGTTTTGAATTTCAAATCAACTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * *
9610 AAGGCTTTTGAAAGTATAAGCGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTGCTTC
66 AAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * *
9674 ATGTTTTCC-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTCTTTTAGCT
130 ATG-TTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * *
9716 AAGAACGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACGATTAAAAGCGAGTA
1 AAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * ** * * * *
9780 ATAATG-CTTTCAAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGACTTTTGGT
64 ATAA-GACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
9844 TCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTAAAATATATTTTAATCG
128 TCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CC
* * * * * *
9889 AAAAA--TAAAAGAATTTAACTTAAAATTGATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * * * * * * * **
9952 AAGGCTTTCGAAGAAAT-GGCTAACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAG-TTTTTTTTC
66 AAGACTTTCGAAGGCATAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * * * *
10015 TTGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATGATTTCTTTTTACC
130 ATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * ** *
10057 AAAAATGTAAAAGAATTCAACTT-AAATCCAGTTGTGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * *
10121 TAAGGCTTCCAAAGAG-TTAAGTGACTAT---T----TTAT-T-ACCAATAGATGGCTTTTGCTT
65 TAAGACTTTCGAAG-GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTT
* ** * ** *
10176 CACGTTT--TAAAAAATAGACATTCAAGTATAATATATTGCACCC
129 CATGTTTCCTAAAGCA-A-ACATTCAATTATAATATATTTTAACC
** * * * * **
10219 AAAAACATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** ** * * ** ** * * *
10284 AAGGA-TTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTCCAATAAATAGTTTTTTCTTC
66 AA-GACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
** * * * * * * *
10348 ATGTTTTTTGAGGCAGATATTTAAATATAATATGTTTTAACC
130 ATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * * *
10390 AAAAAAAGTAAAAGACTTCAACTT-GAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * *
10454 TAAGGCTTACGAAAGCTTTAA-TGACTATAAATTTG-CTTTTCCT-ATCAATGAATGG-TTTTTC
65 TAAGACTTTCGAAGGC-ATAAGTGACTATAAA-TGGACTTTT-CTGACCAATGGATGGCTTTTGC
** * * * * * *
10515 TTCATGTTTTGTCAGGTAGACATTTAAATATAATA-AGTTTTAACC
127 TTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACC
* * *
10560 TAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
10605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1337, Mismatches: 340, Indels: 136
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
161 9 0.01
162 100 0.07
163 8 0.01
165 1 0.00
167 1 0.00
168 6 0.00
169 70 0.05
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172 175 0.13
173 15 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
TGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
Found at i:9205 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8663--10604 Score: 1219
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 340
8653 CCCAAGGTAG
** **
8663 ACATTTAAATATAATTTGTTTGGA-TGAAAAATGTAAAAAACATTAAACTTAAAATCGATTATGA
1 ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-ATT-AACTTAAAATTAATTATGA
* * * *
8727 GATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAGTAAGAG-TTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAG-GCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** *
8790 TTTTC-AGACTAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAAACAAACATTCAATTATAATATT
127 TTTTCTTGTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAAGTAAACATTCAATTATAATATA
* * ** *
8853 TTTTAACCAAAAAGT-TAAAAAAATTCAGCTTAAAATTGATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAA
191 TTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
8917 ACAAGTAATAAGACTTTCGAACGAATGAA-TGACTATAAATGGA-TGTTTTTTACCAATGAATGG
255 ATAAGTAATAAGACTTTCGAA-GAAT-AAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATAG
*
8980 CTTTTTTTTCATATTTTCTGAGGATC
317 -TTTTTTTTCAT-TTTTCTGAGGATA
* *
9006 ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTAAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACTT-AAAATTAATTATGAGA
* ** ** * * *
9071 TTGTAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATTAATGGATTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * *
9135 TCTTGTC-AATGGATGATTTTTTCTTCGTGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTC
130 TCTTGTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * * * *
9199 AACCAAAAATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACGAATTATAATGAG
195 AACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAG
* * * *
9264 TAAT-AGTACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATAGCTTTTG
260 TAATAAG-ACTTTCGAA-GAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TTTT-
* * *
9328 CTGT-ACTTTTCCTGAGGCA-A
321 TTTTCA-TTTTTCTGAGG-ATA
* * * * *
9348 ACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAGTGTAAAAGAATTCAA-TTAAAAATTAATTATGAG
1 ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTT-AAAATTAATTATGAG
* * * * * * * *
9412 ATTATAAAACCA-TTGAAGGTCAGCAATAAGGCTTTCAAAAGAATATGTGATTATAAATTGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
9476 TT-TT-TACCAA-GGAATAATTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGTAGACATTCAAATACAATCTGT
129 TTCTTGT-CTAATGG-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATAT
* * *** * * * * *
9538 TTAAACTAAAAATATAAAAGTTTTGAATTTCAAATCAACTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGT
192 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * * * *
9603 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATAAGCGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATGGTTT
257 AAGTAATAAGACTTTCG-AAGAATAAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTT
* **
9667 TTGCTTCATGTTTTCCAAGG-TA
320 TT-TTTCAT-TTTTCTGAGGATA
* * * * * * * *
9689 GACAATCAATTATAATCTCTTTTAGCTAAGAACGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGA
1 -ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGA
* * * * * *
9754 GGTTATAAAACGATTAAAAGC-GAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATAAATGACTATAAATGGACT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
9818 TTTCTT-TCTAATGAATGACTTTTGGTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTAAAATATATT
128 TTTCTTGTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * ** * * *
9882 TTAATCGAAAA-ATAAAAGAATTTAACTTAAAATTGATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGTA
193 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATA
* * * * *
9946 AGTAATAAGGCTTTCGAAGAA-ATGGCTAACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTT
258 AGTAATAAGACTTTCGAAGAATA-AG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTT
** *
10010 TTTTC-TTGTTTCCCAATG-TA
321 TTTTCATT-TTT-CTGAGGATA
* * * * * * * * *
10030 GACATTCAAATATGATTTCTTTTTACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTT-AAATCCAGTTGTGA
1 -ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAAT-TAATTATGA
** * * *
10094 GATTATAAAATTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTCCAAAGAG-TTAAGTGAC------T--A-
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GCATAAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *** * * *
10148 TTTTATT-ACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTAAAAAATAGACATTCAAGTATAATATAT
127 TTTTCTTGTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATAT
** * * * * * * **
10212 TGCACCCAAAAACATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
192 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
** * ** * * * *
10277 AAGTAATAAGGA-TTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTCCAATAAATAGTTT
257 AAGTAATAA-GACTTTCGAA-GAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTT
* *
10341 TTTCTTCATGTTTTTTGAGGCA-G
320 TTT-TTCAT-TTTTCTGAGG-ATA
* * * * * * * *
10364 ATATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAAGTAAAAGACTTCAACTT-GAATCAATTATGAG
1 ACATTTAAATATAATTTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAG
* * * * * *
10428 AATATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTACGAAA-GCTTTAA-TGACTATAAATTTG-
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGC-ATAAGTGACTATAAA-TGGA
* * * * * * ** * * * * *
10489 CTTTTCCTATC-AATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTTGTCAGGTAGACATTTAAATATAATA-A
126 CTTTTCTTGTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATA
* *
10551 GTTTTAACCTAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
191 -TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
10605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 272, Indels: 134
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
331 58 0.05
332 91 0.07
333 72 0.06
334 37 0.03
335 1 0.00
339 13 0.01
340 61 0.05
341 148 0.12
342 594 0.47
343 167 0.13
344 19 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ACATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGTCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
ACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGT
AATAAGACTTTCGAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTTTC
ATTTTTCTGAGGATA
Found at i:9410 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 8689--10128 Score: 1294
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 506
8679 TGTTTGGATG
* * * *
8689 AAAAATGTAAAAAACATTAAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAG
1 AAAAATGTAAAAAA-ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGAATTAAAGTGAGTAA
* * ** *
8754 TAAG-AGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCAGACTAGTGGATGGCTTTTGCTT
64 T-AGTACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGAT-GCTTTTGCTT
** * * *
8818 -CATGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAAGTTAAAAAAATTCAGC
127 ACAT-TTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAGTTAAAAGAATTCA-A
* *
8882 TTAAAATTGATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCGAACGAATGAAT
189 TTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GAATGAAT
* * * *
8947 GACTATAAATGGA-TGTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTTCT-GAGGATCACAT
253 GACTATAAATGGACT-TTTTTTACCAATGAAT-G-TTTTTTTTCACATTTCCTAAAGTA-CACAT
* * * * * * * * *
9010 TTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTAAAAATTAATTATGAGATTGT
314 TCAAATACAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAAATCAACTATGAGATTAT
* ** * * * *
9075 AAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATTAAT-GGATTTTTCT
379 AAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGCGACTATAAATAGG-CTTTTCT
** * * * *
9138 TGTCAATGGATGATTTTTTCTTCGTG-TTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAAC
442 TACCAATGAATGATTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACAATCAATTATAATCTATTTCAAC
9202 C
506 C
* *
9203 AAAAATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACGAATTATAA-TGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGAATTA-AAGTGAGTAA
* * *
9267 TAGTACTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATAGCTTTTGCTGT
64 TAGTACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGAT-GCTTTTGCT-T
* * *
9332 AC-TTTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAGTGTAAAAGAATTCAAT
127 ACATTTT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAGT-TAAAAGAATTCAAT
* * ** * *
9395 TAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAGGTC-AGCAATAAGGCTTTCAAAAGAAT-AT
190 T-AAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AACAAGTAATAAGGCTTTC-GAAGAATGA-
* * * * * *
9458 GTGATTATAAATTGACTTTTTTTACCAAGGAATAATTTTTTCTTCACATTTCCTAAAGTAGACAT
251 ATGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAAT-GTTTTTT-TTCACATTTCCTAAAGTACACAT
*** * **
9523 TCAAATACAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAGTTTTGAATTTCAAATCAACTATGAGATTAT
314 TCAAATACAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAAATCAACTATGAGATTAT
* *
9588 AAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATAAGCGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
379 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGCGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
* * * * * *
9653 CCAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTCTTTTAGCT
444 CCAATGAATGATTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTATTTCAACC
* * * * *
9716 AAGAACGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACG-ATTAAAAGCGAGTA
1 AAAAATGT--AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGAATT-AAAGTGAGTA
* * * * * * *
9780 ATAATGCTTTCAAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGACTTTTGGTT
63 ATAGTACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATG-CTTTTGCTT
* * * * * *
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189 TTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAG-AATGAAT
* * * * *** * * *
9973 AACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTTTCTTGTTTCCCAATGTAGACATTCA
253 GACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAAT-GTTTTTTTTCACATTTCCTAAAGTACACATTCA
** * * ** * * * ** *
10038 AATATGATTTCTTTTTACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTT--AAATCCAGTTGTGAGATTATA
317 AATACAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTAAAAAT-CAACTATGAGATTATA
** *
10101 AAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
380 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
10129 CCAAAGAGTT
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 145, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.01
512 108 0.14
513 468 0.62
514 152 0.20
515 14 0.02
516 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGAATTAAAGTGAGTAATA
GTACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGCTTTTGCTTACAT
TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAGTTAAAAGAATTCAATTAAAAT
TGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAATGAATGACTATAA
ATGGACTTTTTTTACCAATGAATGTTTTTTTTCACATTTCCTAAAGTACACATTCAAATACAATC
TGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGCGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGAATGAT
TTTTGCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTATTTCAACC
Done.