Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397511.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_663.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11076
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 1607 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:397 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 210--541 Score: 348
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
200 TGACTCTAAG
* * * *
210 TTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATTTA-CCTCAAGAAATGTAA
1 TTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAAT-GTCAGCCTC-AGAAACGTAA
*
274 ACAAAAACATATCCATTG-GCAAGAGAAGTCG-ATTTATAATCACCCATACC-CTCAAAAGCCTT
64 ACAAAAACATATCCATTGAG-AAGAAAAGT-GAATTTATAATCACCCATACCGC-CAAAAGCCTT
* *
336 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAAT
126 ATTACACACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAAT
* * * *
371 TNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGCCTCTG
1 T----------TGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCAGCCTCAG
* * * * *
436 AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTGAATTTATAGTCACCCATACCGCCGAAA
56 AAACGTAAACAAAAACATATCCATTGAGAAGAAAAGTGAATTTATAATCACCCATACCGCCAAAA
*
501 GCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTACAATCTTATAAT
121 GCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAAT
541 T
1 T
542 GATTTAGTTG
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 17, Indels: 19
0.80 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
169 1 0.01
170 93 0.66
171 45 0.32
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCAGCCTCAGAAACGTAAAC
AAAAACATATCCATTGAGAAGAAAAGTGAATTTATAATCACCCATACCGCCAAAAGCCTTATTAC
ACACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAAT
Found at i:523 original size:170 final size:165
Alignment explanation
Indices: 110--1227 Score: 605
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 165
100 NNNNNNNNNN
** * * * * * *
110 GATATCCATTGTTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAG-TGATTTATAGTCACCCATACC-CCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
175 TTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGACTCTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATA
64 TTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA-T-TTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * * * *
240 GATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAATGTAAACAAAAA
127 GATTATAATTGAAT-GTCACCTC-AGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
281 CATATCCATTGGCAAGAGAAGTCGATTTATAATCACCCATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACCCATACCC-CGAAAGCCTTATTACTCACT
******** *
346 TTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
64 TTAAATAGTTTTACAATCTCATAATT--GATTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
*
411 GATTATAATTGAATGTCAGCCTCTGAAACGTGAAGAAAAA
127 GATTATAATTGAATGTCA-CCTCAGAAACGTGAAGAAAAA
*
451 GATATCCATTGAG-AAGAAAAGTGAATTTATAGTCACCCATACCGCCGAAAGCCTTATTACACAC
1 GATATCCATTG-GCAAGAAAAGTG-ATTTATAGTCACCCATACC-CCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
515 TTTAAATAGTTTTACAATCTTATAATTGATTTAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAATAG
63 TTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAG
** * * * *
580 ATTATAATTGAATGTCTACCGTGGGACACATGTAGAAACA
128 ATTATAATTGAATGTC-ACC-TCAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * *
620 GATATCGATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAG-TGATTTATAGTCACCCATACC-CCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * ********************
685 TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTAAAATA
64 TTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATT-TA-GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * *
750 GATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAA
127 GATTATAATTGAATGTC-ACC-TCAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * ** * *
791 GAAATCCATTGACAAGAGAAGTCGATTTATAGTCACCCTTTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGT-GATTTATAGTCACCCATAC-CCCGAAAGCCTTATTACTCACT
* ********** * *
856 TTAAATGGTTTTACAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAA
64 TTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * *
921 AATTATAACTGAATGTCTACCTCGGAGAACGTTAAGAAAAA
127 GATTATAATTGAATGTC-ACCTCAGA-AACGTGAAGAAAAA
* ** * * *
962 GATATCCATTAGG-AAGAAAAGTGGATTTCA-AGTCACCCATGCTGTCAAAAGCCTTGTTACACA
1 GATATCCATT-GGCAAGAAAAGT-GATTT-ATAGTCACCCATAC-CCCGAAAGCCTTATTACTCA
*********** * *
1025 CTTTAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTGAGTTGAATTTTATTACATTTTTTATTAAAA
62 CTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * * *
1090 TAGATTATAATTTG-ATGTCTGTA-TTGACAAACGTGAAAAAAAA
125 TAGATTATAA-TTGAATGTC---ACCTCAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * **
1133 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCG-TTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCC-TATTTACTTG
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGT--GATTTATAGTCACCCATACC-CCGAAAGCCTTA-TTACTCA
*
1196 CTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATT
62 CTTTAAATAG-TTTTACAATCTCATAATTGATT
1228 CTAAGTNNNN
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 197, Indels: 61
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 46 0.06
169 95 0.13
170 108 0.15
171 459 0.64
172 10 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (165 bp):
GATATCCATTGGCAAGAAAAGTGATTTATAGTCACCCATACCCCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATT
ATAATTGAATGTCACCTCAGAAACGTGAAGAAAAA
Found at i:2087 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1789--3389 Score: 1207
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
1779 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1789 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAACTTAGAATCAAATATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
** * * **
1854 TAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC
66 T-AAAACTATTTAAAGTGAGTAACA-AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTTC
* * * ***
1917 TTGTCAATGGATTTCTTTTTTTTCACGTTTCTCGACACAGAC
129 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAC
1959 A-TCAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTC-AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
2023 TGTAAAACTATTTAAAGTGTGTAACAAGGCTTTTGACA-GCATGGGTGACTAGAAATTCACTTTT
64 TGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTT
*
2087 CTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTCTCTGAGGTAGAC
128 CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGAC
* * * **********
2130 ATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAANNNNNNNNNN
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2195 GTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGGGTGACTATAAA-TCGACTTCTC
65 GTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTC-ACTTTTC
* * * *
2259 TTGTCAATGGATTTCTTTTTCTTTACGTTT-TCCAAGGTAGAC
129 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CGAGGTAGAC
* * * *
2301 ATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAACACAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGA--
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * **
2364 -TAAAAATATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
65 GTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTTCT
* * ** * * * *
2428 TACCAATCGATATCTGCTTCTACATGTGTC-CTATGGTAGAC
130 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAGAC
* * *
2469 ATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAAA-ATGCAAAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGGGA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT--AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
2533 TTGTAAAACTATTTAAAGTGTGTAACAAGGCTTTCGACGGCTTGAGTGACTATAAATCCACTTTT
63 TTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTT
* * *
2598 CTT-CTCAATGGATATATTTTTCTTCACATTTC-CGAGCT-GAC
128 CTTGC-CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAC
* ********
2639 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNNAA-TTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATA--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
2703 TGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGTATGGGCGATTATAAA-TCGACTTCT
64 TGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTC-ACTTTT
* * * * * * * *
2767 CTTGCCAATGGAAATATTTTTGTTTACATTTCTCAAGGTAAAT
128 CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAC
* * *
2810 ATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAAATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * **********
2875 ATAACAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATNNNNNNNNNNTTC
65 GTAA-AACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTTC
** ** * * *
2939 TTAACAATGGATATCTTTTTCCACATGTGTC-CCATGGCT-GAC
129 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GG-TAGAC
* * * * *****
2981 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGANNNNN
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
***** * * * * * * **
3046 NNNNNCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGACTGTAAATGGAC-TTTCTT
66 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTTCTT
* * * **
3110 GCCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTT-TCTAAGACAGAC
131 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGAC
* * * * *
3150 ATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAGAAAATTTATCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ********** * * * * *
3215 ATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACGATAAATTGACTTTTCT
65 GTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTTCT
** *
3280 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATATTTC-CTGAGGTAGAT
130 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGAC
* * * * * *
3321 ATTCAATTATAATCTATTTTTATAGAATATA-AAAAAAATCAACTTAGAATCAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
3385 TAAAA
66 TAAAA
3390 ACATTATTAG
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 272, Indels: 87
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 107 0.10
169 212 0.19
170 214 0.19
171 491 0.44
172 88 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
TAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTCACTTTTCTT
GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAC
Found at i:3118 original size:509 final size:501
Alignment explanation
Indices: 1793--3179 Score: 1162
Period size: 509 Copynumber: 2.7 Consensus size: 501
1783 NNNNNNATTC
* * * * *
1793 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA-AAAAATAAACTTAGAATCAAATATGAGATTATAA
1 AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGA-A--ATAA
* * * * * * * * **
1857 AAACATTTAAAGCAAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGT
63 AAATATTTAAAACGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAA
* * ** *** * * * *** *
1921 CAATGGATTTCTTTTTTTTCACGTTTCTCGA-CACAGACA-TCAAATTATAATCTATTTTAATAA
127 CAATCGATATCTGCTTCCACATGTGTC-CCATGGTAGACATTC-AATTATAATCTATTTTAAGAA
* * * * *
1984 AAAATAT--AATA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGTGTA
190 AAAA-ATGCAA-AGAAATTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
2046 ACAAGGCTTTTGACA-GCATGGGTGACTAGAAATTCACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCT
253 ACAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATCCACTTTTCTTCTCAATGGATATCATTTTCT
** ** * *
2110 TCACG-TTCTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGTAAA--AAAATTC
317 TCACGATT-TCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAATTAAAA-TC
* ** *
2172 AAGTTAAAATCA-ANNNNNNNNNNGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCAT
380 AA-TT---ATGAGA--------TTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * ** * * *
2236 GGGTGACTATAAATCGACTTCTCTTGTCAATGGATTTCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGGTAGAC
433 GGGCGACTATAAATCGACTTCTCTTGCCAATGGAAATATTTTTCTTTACATTTTCCAAGGTAAAC
2301 ATTT
498 ATTT
* *
2305 AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAACACAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATAAAAA
1 AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAAATAAAAA
*
2370 TATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAAT
66 TATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAACAAT
* *
2435 CGATATCTGCTTCTACATGTGTCCTATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAAAAT
131 CGATATCTGCTTCCACATGTGTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAAAAT
* * * * *
2500 GCAAAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACTATTTAAAGTGTGTAACAAGGCT
196 GCAAAGAAATTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCT
*
2565 TTCGACGGCTTGAGTGACTATAAATCCACTTTTCTTCTCAATGGATAT-ATTTTTCTTCAC-ATT
261 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATCCACTTTTCTTCTCAATGGATATCA-TTTTCTTCACGATT
* *
2628 TCCGAG-CTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNNAATTAAAATC
325 TCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA----------AATTAAAATC
* * * * *
2692 AATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGTATGGGCGATTATAA
380 AATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGCGACTATAA
* *
2757 ATCGACTTCTCTTGCCAATGGAAATATTTTTGTTTACA-TTTCTCAAGGTAAATATTT
445 ATCGACTTCTCTTGCCAATGGAAATATTTTTCTTTACATTTTC-CAAGGTAAACATTT
*
2814 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAAATTATAA
1 AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAAA-TA-AA
** * **********
2879 CAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATNNNNNNNNNNTTCTTAAC
64 -AATATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAAC
* ** *
2944 AATGGATATCTTTTTCCACATGTGTCCCATGGCT-GACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAA
128 AATCGATATCTGCTTCCACATGTGTCCCATGG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAA
* * * * ********** *
3007 AAATGTAAA-ACATTTAACTTAAAATAAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAGCGAGTAATAA
192 AAATGCAAAGAAATTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
* * * * ** *
3071 GGTTTTTGAAGG-TATGGGTGACTGTAAATGGAC-TTTCTTGC-CAATGGATATCATTTTCTTTA
257 GGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATCCACTTTTCTT-CTCAATGGATATCATTTTCTTCA
* * *
3133 CGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAT
320 CGATTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
3180 GTAAGAAAAT
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 119, Indels: 67
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.01
509 210 0.29
510 180 0.25
511 160 0.22
512 130 0.18
513 23 0.03
516 3 0.00
517 1 0.00
519 4 0.01
520 4 0.01
521 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (501 bp):
AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAACAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAAATAAAAA
TATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAACAAT
CGATATCTGCTTCCACATGTGTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAAAAT
GCAAAGAAATTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCT
TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATCCACTTTTCTTCTCAATGGATATCATTTTCTTCACGATTT
CCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAATTAAAATCAATTATGAGAT
TGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGCGACTATAAATCGACTTCTC
TTGCCAATGGAAATATTTTTCTTTACATTTTCCAAGGTAAACATTT
Found at i:5061 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3787--7634 Score: 2153
Period size: 171 Copynumber: 22.6 Consensus size: 170
3777 NNNNNNNNNN
* ** * * *
3787 CCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTGTTCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * *
3852 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTAACGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATA
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAACA
** * * * *
3916 AAACTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATATATGGAC-TTTCTTT
130 AGGCTTT-TAAGGCATGGA-TGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* ** * * * ********
3957 CCAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTNNNNNNNN
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
** * * * *
4022 NNATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATGAAAAC-ATTTAAAGCCAGTAAAA
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAACA
* * * * **********
4086 AGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNN
130 AGGCTTT-TAAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * *
4128 CTAATGGATATCTTTTTTTTCACA-TTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
** * * *
4191 AAAGCATAAAAAAATT-AACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAAG
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
* *
4254 AAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAC-ACTTTTCTTA
129 AAGGCTTTT--AAGGCATGGATGACTATAAAT-CGACTTTTCTTA
* * * * * *
4297 TCAATGGGTATCTTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTATAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * *
4361 AAAGTAGAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAGA
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACA
** * *
4425 AGGCTTGCGAAGGCATGGGTGACTGTAAAT-GCACTTTTCTTA
130 AGGCTT-TTAAGGCATGGATGACTATAAATCG-ACTTTTCTTA
* *
4467 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACA-TTTACAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* ********** **
4531 AAAATATAAAAAAA-TAAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTAAGTAA-
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * *
4593 ACAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAA-CGGACTTCTCTTG
129 A-AGGCTTT-TAAGGCATGGATGACTATAAATC-GACTTTTCTTA
* * ** * *
4637 CCAATGGATATCTTTGTCTTCAC-GTTT-CTTGGCATAGTCATCCAATTATAATCTGTTTTAATA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGG--TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * * * ********** * * *
4700 AAAAATGTAAAGAAATTTAACTCANNNNNNNNNNTGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGTGTAAC
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
** * *
4765 AAGGCTTTCGAGAGCAT-GAGTGACTATAAATCCACTTTTCTTC
129 AAGGCTTTTAAG-GCATGGA-TGACTATAAATCGACTTTTCTTA
** ** * * ******
4808 CCAATGGATATCTTTTTCCTT-ATGTTCCCCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTNNNNNN
1 CCAATGGATATCTTTTT-CTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
**** * * * * * *
4872 NNNNTGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTGTAAAACTATTTATAGCGAGTAATA
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACA
* *
4937 AGGCTTTTAAGGGCATGGATGACTGTAAATCGACTTCTCTTA
130 AGGCTTTTAA-GGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * *** * * * * *
4979 CCAATGGATATCTGTTTCTTTACATTTTTTGAGGCAGATATTTAATTAAAATCTATTTTAATAAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * *
5044 AAATATAATACAATTCAACTTAGAATCAATAATGAGATCATAAAAATATTTAAAGCGAGTAACAA
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAA
* * *
5109 GGCTTTCGAAGGCACTAG-TGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG
131 GGCTTT-TAAGGCA-TGGATGACTATAAATCG-ACTTTTCTTA
* * * * * * **
5150 TCAATAGATATC-TTTT-TTCACATATGTCCCATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAANN
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACAT-T-TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
******** * * * * * *
5213 NNNNNNNNAAAAACATTCAACTTAAAATAAATTATAAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
******* *
5278 AAGGCTTNNNNNNNNNNA-GG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTA
129 AAGGCTT---TTAAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * ******
5321 TCAATGGATATCTTTTTCGTCACATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNN
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
**** * * ** *
5386 NNNNAT-AACAAA-TAAACTTTGAATCAATTATGTA-ATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA-
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
* * *
5446 ATAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTA
129 A-AGGCTTTT-AAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * *
5490 CTAATGGATATCTTTTTCTTCGCA-TTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * *
5554 AAAGTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATAC-ATGTAAAGTGAGTAAT
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAAC
* *
5618 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
129 AAGGCTTTT-AAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* ** * * *
5661 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTACGGACGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * *
5726 AAATATAAAAAAA-TAAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAATAA-TATTTAAAGCAAGTAACC
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACTATTTAAAGCGAGTAACA
*
5789 AGGCTTTTGAAGGCAT-GA-GCAACTATAAA-CGGACTTTTCTTG
130 AGGCTTTT-AAGGCATGGATG--ACTATAAATC-GACTTTTCTTA
* * * * ** * *
5831 CCAATGAATGTCTTTTTCTTCAC-GTTTCTTAACATAGACATCCAATTATAATATGTTTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * * *
5895 AAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGTGTAACA
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACA
* *
5960 AGGCTTTTGACA-GCATGGATAACTATAAATCAACTTTTCTT-
130 AGGCTTTT-A-AGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * *** * * *
6001 CTCAATAGATATCTTCTTT-TTTATGGTCTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTATAATA
1 C-CAATGGATATCTT-TTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * * ***************
6065 AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACTNNNNNNNNNNNNNNNN
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA
******* * * *
6130 NNNNNNNTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
128 CAAGGCTTTTAAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * * ******
6173 TCAATGGATATCTTTTTCGTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNN
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
**** * * ** * *
6238 NNNNAT-AACAAA-TAAACTTTGAATCAATTATGTGATTATGAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAA-A
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAACA
* *
6299 CAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGAATTTTCTTA
130 -AGGCTTTT-AAGGCAT-GGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * *
6342 CTAATGGATATCTTTTTCTTCGCA-TTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * *
6406 AAAGTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATAC-ATGTAAAGTGAGTAAT
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * *
6470 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAGTTCTCTTG
129 AAGGCTTT-TAAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * *
6513 CCAATGGATATTTTTTTCTTTACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * *
6578 AAATATAAAATAATTCAGCGTAGAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAACAA
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAA
* * * * *
6643 AGCTTTTGAAAGCATTTG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTG
131 GGCTTTT-AAGGCA-TGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * ********* *
6684 TCAATTGATATCTTTTTC--CACATGTGTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATCTATTTTAAT-
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * * *
6746 ----A-A-AAAAAAATT-AACTTAAAATCAAATATAAGATAATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAA
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA
* ** ********** * *
6803 TAAGGCTTCCGAAGGCANNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTG
128 CAAGGCTT-TTAAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * * *
6847 CCAATGAAT-TTTTTTTCTTCAC-TTGTCCCTAA-ATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATT-TTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * * *
6909 AAAAATA-AAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTCAAGCGAGTAAT
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAC
* *
6972 AAGGCTTTTGAAGTG-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
129 AAGGCTTTT-AAG-GCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* * * * * * * *
7015 CTAATAGATATATTTTTCTTCAC-GTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTGTCATCTGTTTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
********** * * *
7079 AAAATAT-AAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AACCGAGTAATA
65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACA
* * * * *
7142 AAGCTTTCGAAGGCTTTGG-TGACTATAAATGGACTTTTATTGA
130 AGGCTTT-TAAGGC-ATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTT-A
* * *
7185 -CAATGGATATCTTTTTTTTCAC-GTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
* * ** * * * **
7247 AAAAATGTAAAACAATTCAACACAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTACTCAAAATGAGTAAT
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-
* *
7312 AAAGG-TTTTGAAGGCAT-GAGTG--TATACCAATAGACTTTTCTT-
128 CAAGGCTTTT-AAGGCATGGA-TGACTATA--AATCGACTTTTCTTA
* * ** * * *
7354 CTCAATGAATGTCTTTTTCTT--CATGTTTCTGGAGTTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAAT
1 C-CAATGGATATCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* ********** **
7417 AAAAAATACAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAA
63 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * ** * *
7482 TAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGTCTACCAATAGACTTTTCTTC
128 CAAGGCTTTT-AAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
* ** * * **
7526 CCAATGAATATCTTTTTCTT--CATGTTTCTGGAGTTAGACAATCAATTATAAAT-TAATTTAAT
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAAT
* *
7588 AAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
63 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
7635 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2836, Mismatches: 698, Indels: 287
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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163 74 0.03
164 11 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
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173 12 0.00
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AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAA
GGCTTTTAAGGCATGGATGACTATAAATCGACTTTTCTTA
Found at i:6079 original size:511 final size:502
Alignment explanation
Indices: 3821--7634 Score: 2072
Period size: 511 Copynumber: 7.5 Consensus size: 502
3811 TGTTCCATGG
* * * * * *
3821 TAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTAACG
1 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATG
* ** * * * *
3886 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATATATGGAC-
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATCGACT
* * * * * * *
3950 TTTCTTTC-CAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTT
128 TTTCTTACTCAATAGATAT-TTTTTCTTTAAGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
********** * * **
4014 NNNNNNNNNNATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATGAAAACATTTAAAGCC
191 TTAATAAAAAATATAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACA-TTAAAGTG
* * **********
4079 AGTAA-AAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGG-NNNNNNNNNNCTAATGGATATCTT
253 AGTAATAAA-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATATCTT
* * **
4142 TTTTTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAGCATAAAAAAAT
316 TTTCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
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381 AAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTT-GAAGGCA
* * ** ** ** * *
4270 TGGGTGACTGTAAATACACTTTTCTTATCAATGGGTATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAG-
444 T--GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGA
* * * * *
4331 TAGACATTCAATTATAATATGTTATAATAAAAAGTAGAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATG
* * * ** *
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65 AGATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATCG-AC
* * * *
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127 TTTTCTTACTCAATAGATAT-TTTTTCTTTA-AGTTTCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* **********
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189 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACA-TTAAAGT
* * * * * * **
4587 AAGTAA-ACAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAACGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCTT
252 GAGTAATA-AAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTT
* * *** * * * *
4651 TGTCTTCACGTTTCTTGGCA-TAGTCATCCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAGAAA
316 TTTCTTCACATTTC-TCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAA-AAA
* * * ********** * * *** * *
4715 TTTAACTCANNNNNNNNNNTGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGTGTAACAAGGCTTTCG-AGAG
379 ATAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAG-G
** * * * * * ** *
4779 CATGAGTGACTATAAATCCACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCCTT-ATGTTCCCCGAGG
442 CATGA--GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT-CTTCACGTTTCCTAAGA
* * ********** * * *
4842 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTNNNNNNNNNNTGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCACTTATG
1 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATG
* * * * *
4907 AGATTGTAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGCATGGATGACTGTAAATCGAC
65 AGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA--GCATGGGTGACTATAAATCGAC
* * * * *** * * * * *
4971 TTCTCTTAC-CAATGGATATCTGTTTCTTTACATTTTTTGAGGCAGATATTTAATTAAAATCTAT
127 TTTTCTTACTCAATAGATAT-TTTTTCTTTA-AGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * *
5035 TTTAATAAAAAATATAATACAATTCAACTTAGAATCAATAATGAGATCATAAAAATATTTAAAGC
190 TTTAATAAAAAATATAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACA-TTAAAGT
* * * * * * *
5100 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCACT-AGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATATC-T
252 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTT
* * **********
5163 TTT-TTCACATATGTC-CCATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAANNNNNNNNNNAAAAA
316 TTTCTTCACAT-T-TCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA
* * * * * * * ****
5226 CATTCAACTTAAAATAAATTATAAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNN
378 -AATAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTT--TTGA
**** * * ** * * * * * *
5291 NNNNAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCGTCACATTT-TTCAAGG
439 AGGCATGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGA
* ********** * * **
5355 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNAT-AACAAA-TAAACTTTGAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATG
** *
5418 TA-ATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
65 -AGATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATCGA
* * ** * *
5481 ATTTTCTTACT-AATGGATATCTTTTTCTTCGCA-TTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCT
126 CTTTTCTTACTCAATAGATAT-TTTTTCTT-TAAGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
*
5544 GTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATACATGTAAA
188 GTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACAT-TAAA
* *
5609 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCT
250 GTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCT
** * *
5674 TTTTCTTCACATTTAC-GGACGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
315 TTTTCTTCACATTT-CTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * **
5738 ATAAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAATAATATTTAAAGCAAGTAACCAGGCTTTTGAAGGC
379 ATAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA-AATATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGC
* * *
5803 ATGAGCAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAACA
443 ATGAG--ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGA
* * *
5865 TAGACATCCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATG
* * * * * *
5930 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGTGTAACAAGGCTTTTGACAGCATGGATAACTATAAATCAACT
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGCATGGGTGACTATAAATCGACT
* * *
5995 TTTCTT-CTCAATAGATATCTTCTTT-TTTATGGTCTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
128 TTTCTTACTCAATAGATAT-TT-TTTCTTTA-AGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *****
6058 TATAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAAC-TNNNNNNNN
190 TTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT---TAAAG
***************
6122 NNNNNNNNNNNNNNNTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTT
251 TGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTT
* * * * ********** *
6187 TTTCGTCATATTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNAT-AACAAA
316 TTTCTTCACATTTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
** ** * *
6250 TAAACTTTGAATCAATTATGTGATTATGAAAACATTTAAAGCAAGTAAACAGGCTTTTGAAGGCA
380 TAAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * * * *
6315 TAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCGCATTTCCTGAGG
444 T--GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGA
* * * *
6376 TAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATG
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* * * *
6441 AGATTATAAATACATGTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAGT
65 AGATTATAAA-ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATCGACT
* * * * * *
6506 TCTCTTGC-CAATGGATATTTTTTTCTTTACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
128 TTTCTTACTCAATAGATA-TTTTTTCTTTA-AGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
6570 TTAATAAAAAATATAAAATAATTCAGCGTAGAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTG
191 TTAATAAAAAATATAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACA-TTAAAGTG
* * ** * *
6635 AGTAACAAAGCTTTTGAAAGCATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATATCTTTT
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**********
6700 TC--CACATGTGTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATCTATTTTAAT-----A-A-AAAAAAAT
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* * * ** * **
6756 TAACTTAAAATCAAATATAAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCAN
381 AAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCA-
******** *
6821 NNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCAC-TTGTCCCTAA-A
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*
6880 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAGATTCAACTAAAATCAATTATGA
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* * * * *
6944 GATTATAAAAGTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTGATGGGTGACTATAAATGGACTT
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* * * * * *
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* ********** * **
7073 TAATAAAAAATATAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACCGAGT
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* * * * *
7138 AATAAAGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGA-CAATGGATATCTTTTTT
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* * * * *
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** * * ***
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** * * * *
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446 AGACTATA--AATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGA
* * **********
7389 TAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTG
1 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATG
* * * * ** *
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65 AGATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-CATGGGTGACTATAAATCGACT
* * * ** * * *
7519 TTTCTT-CCCAAT-GAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAGTTAGACAATCAATTATAAAT-TA
128 TTTCTTACTCAATAG-ATAT-TTTTTCTTTAAGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTAT-AATCTG
* * *
7581 ATTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
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7635 NNNNNNNNNN
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CTTACTCAATAGATATTTTTTCTTTAAGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
AAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTAAAGTGAGTAATAA
AGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACA
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TCAATTATAAGATTATAAAATATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGAGACTATAAA
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3777 NNNNNNNNNN
* ** * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * ********** * *
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* * * * *
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**********
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* * *
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** * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* ********** **
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65 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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********** * * * *
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** *
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** * ** * ******
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1 CCAATGGATATCTTTTT-CTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
**** * * * * *
4872 NNNNTGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTGTAAAACTATTTATAGCGAGTAATA
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* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
5130 CTATAAATGAACTTTTCTTG
322 CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * **
5150 TCAATAGATATC-TTTT-TTCACATATGTCCCATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAANN
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACAT-T-TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
******** * * * * *
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*********** *
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128 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGGATATCTTTTTCTTC
* * ********** * *
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** * *
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*
5467 TGACTATAAATGGAATTTTCTTA
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* * * *
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* * * *
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*
5620 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACA
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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260 ATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* *
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325 TAAATGGACTTTTCTTA
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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** * * * * * *
6023 ATGGTCTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTATAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGT
192 A-CATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACT
* * ********************
6087 TAAAATTAATTATGAGATTGT-AAAAC-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-GAAGGCATGG
256 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT---TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGG
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318 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * ******
6173 TCAATGGATATCTTTTTCGTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNN
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
**** * * ** * *
6238 NNNNAT-AACAAA-TAAACTTTGAATCAATTATGTGATTATGAAAACATTTAAAGCAAGTAA-AC
66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATA-
* * *
6300 AGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCGC
129 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCAC
* *
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* * * *
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259 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* * * *
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324 ATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
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1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * * *
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66 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * *
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130 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGGATATCTTTTTCTTCAC
********** * *
6705 ATGTGTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATCT-ATTT--T----AATA-AAAAAAAATTAACTT
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* * * * * * * *******
6762 AAAATCAAATATAAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCANNNNNNN
257 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
*** *
6827 NNNTAAATGGACTTTTCTTG
322 CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
6847 CCAATGAAT-TTTTTTTCTTCAC-TTGTCCCTAA-ATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATT-T-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
* * *
6909 AAAAATA-AAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTCAAGCGAGTAAT
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* *
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128 AAGGCTTTTGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTC
* * * * * *****
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192 ACATTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACT
***** * * * * * *
7099 NNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AACCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTTGGTG
256 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
*
7163 ACTATAAATGGACTTTTATTGA
321 ACTATAAATGGACTTTTCTT-A
* * *
7185 -CAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTT-CTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAATAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-A
* * ** * * * **
7247 AAAAATGTAAAACAATTCAACACAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTACTCAAAATGAGTAAT
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
7312 AAAGG-TTTTGAAGGCATGAGTG--TATACCAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGTCTTTTTC
128 -AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA--AATGGACTTTTCTTACT-AATGGATATCTTTTTC
** * * * * *
7373 TTCATGTTT-CTGGAGTTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTCA
189 TTCACATTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCA
********** * * * **
7437 ACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGG
253 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* ** * *
7502 GTGTCTACCAATAGACTTTTCTTC
318 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* ** * * * **
7526 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTGGAGTTAGACAATCAATTATAAAT-TAATTTAATA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAATA
* *
7589 AAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
64 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
7635 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
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AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG
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AAATGGACTTTTCTTA
Found at i:8071 original size:167 final size:169
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7766 NNNNNNNNNN
*
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* *
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:8718 original size:173 final size:172
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8310 NNNNNNNNTT
* * * *
8320 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATGGGTGA
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* * * ********** *
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* * *
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* * * * *
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* * **********
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* *
8618 AATTGTAATCTATTTTAATAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACAC
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* * *
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1 AAAAGCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTCGAAGGCATGGGTGA
* ** * * *
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* * ** * * **
8792 ATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATA-CGAAAGAAA-TCATCTT
129 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACAC
** * * * *
8834 AAAATTAATTATGAGATTATAAAAAAATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGA
1 AAAAGCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * **
8899 CCATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCAA
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** * * *
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* * *
9005 AAAATCAATTCTGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGG
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9051 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 103, Indels: 28
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Matches are distributed among these distances:
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TATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACAC
Found at i:9720 original size:172 final size:172
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9170 NNNNNNNNNN
* * * *
9180 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAA
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* * *
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* * *
9310 TTTGTTTTAAGAGAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTA
131 TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTA
* *********** * *
9352 ACTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * * * * * * *
9417 TGAAC-TTTTCTTGCCAATAGATATCTTCTTGTTCATATTTTTCTAGATTGACATTCAATTATTA
66 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTA-CA
** * * *
9481 ACTA--TTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 A-TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTA
* * **********
9523 ATTATAAGATTA-AAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * *
9587 ATGGACTTTTTCTTATCAACGGATACCGTTTCCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCTATTACA
65 ATGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACA
*
9652 ATATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATTA
130 ATATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTA
* * ** *
9695 ACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * ** * * * *
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66 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTAGATATTCAATTA-C
**
9823 AACTA--TTTTAACCAAAAATGTAAACAA-ATTCAACTTAAAATTA
129 AA-TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAA-AACATTCAACTTAAAATTA
* ********** * *
9866 ATTATAAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGATGAATATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
*
9931 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-ATGGTAGATATTCAATTTCA
66 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGATATTCAATTACA
* *
9995 ATCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTA
130 ATATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTA
* * * * ** * *
10038 TTTATGAGATTATAAAACTCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTCTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * **
10103 TGGAC-TTTTATTGCCAGTGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGCAGACATTTAATTATT
66 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGATATTCAATTACA
* ** * * * *
10166 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAA-ACTAAATTTAAAATCA
130 ATATGTTTTAAGAAAAAATGTA-AAAACATTCAACTTAAAATTA
* * * * *
10209 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGC-AGGTAATAAGGC-TTCTGAAGGCATTGGTGACTGTA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATA
* * ** * * * *
10272 AATGGAC-CTTTCTTGCCAATGGATATATTATTCTTTA-GTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
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* * * * *
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10378 NNNNNNNNNN
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TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAA
TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTA
Found at i:9825 original size:343 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 341
9170 NNNNNNNNNN
* * * * * *
9180 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAA
1 ATTATAAGATTA-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
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* * * *****
9310 TTTGTTTTAAGAGAAAATGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCNNNN
130 TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACTATTT
****** ** * * *
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* * * * * * * *
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260 TCTTTTTCTTCAT-GTTTTCTAGGTAGACATTTAATTATTAACTATTTTAACCAAAAATGTAAAA
9505 AAATTCAACTTAAAATCA
324 AAATTCAACTTAAAATCA
**********
9523 ATTATAAGATTAAAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAA
1 ATTATAAGATTAAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *
9588 TGGACTTTTTCTTATCAACGGATACCGTTTCCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCTATTACAA
65 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAA
9653 TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACTATTT
130 TATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACTATTT
* * *
9718 AAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATG
195 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATA
* * *
9783 TCTTTTTCTTCACGCTTTTCTAGGTAGATATTTAATTATTAACTATTTTAACCAAAAATGTAAAC
260 TCTTTTTCTTCATG-TTTTCTAGGTAGACATTTAATTATTAACTATTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
9848 AAATTCAACTTAAAATTA
324 AAATTCAACTTAAAATCA
********** * *
9866 ATTATAAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGATGAATATAAA
1 ATTATAAGATTA-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
*
9931 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-ATGGTAGATATTCAATTTCA
65 TGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGATATTCAATTACA
* * * ** *
9995 ATCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACTCTT
129 ATATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACTATT
* * * *
10060 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTCTAAATGGACTTTTATTGCCAGTGGA
194 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGA
* * * *
10124 TATCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAT
258 TATCTTTTTCTTCATGTTTTCT-AGGTAGACATTTAATTATTAACTATTTTAACCAAAAATGTAA
* * *
10189 AAAAACTAAATTTAAAATCA
322 AAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
10209 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGC-AGGTAATAAGGC-TTCTGAAGGCATTGGTGACTGTA
1 ATTATAAGATTA-AAAAATATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATA
* * ** * * * *
10272 AATGGAC-CTTTCTTGCCAATGGATATATTATTCTTTA-GTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
63 AATGGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTAGATATTCAATTA
* * * * * *
10335 TAATCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAAT
127 CAATATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAAT
10378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 135, Indels: 21
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 102 0.14
343 607 0.85
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
ATTATAAGATTAAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTTCTTGTCAATGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTACAAT
ATGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAACATTCAAATTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACTATTTA
AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAT
CTTTTTCTTCATGTTTTCTAGGTAGACATTTAATTATTAACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCA
Found at i:11014 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
10719 NNNNNNNNNN
* *
10729 TTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCA
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* * *
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10858 ACATTCAA-TCATAACCTGTTTCAATTAAAAATATGAAAACAT
130 ACATTCAACT-ATAACCTGTTTCAATTAAAAATATGAAAACAT
* * * * *
10900 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
1 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCA
* * * * *
10965 TGGGTGACTATAAATGGA-TTGTTCTTGCCCATGGATATGTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAG
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*
11029 ACATTCAACTATAATCTGTTT
130 ACATTCAACTATAACCTGTTT
11050 TTATGAACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 123 0.94
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Consensus pattern (171 bp):
TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCA
TGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTCTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGA
CATTCAACTATAACCTGTTTCAATTAAAAATATGAAAACAT
Done.