Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399835.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3072.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Found at i:300 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3--1571 Score: 1418
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
1 TC
*
3 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTGT--ATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
66 AACAGT-TTATAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCCTTGACAAGAAA
65 AACA-TATTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAA
** * * * * *
130 AGTCCATTTGCATTCCCCCATACCTTCAAAAGCTTTCTTGCTT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
173 GCTTTTAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
238 ACATATTATAATTGACTGCCTGACTTGAGAAATAAGAAG-AAAAGCCATTCACTAATAAGAAAAG
66 ACATATTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAG
* * * * *
302 TCTATTAATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTATTATTT
131 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
343 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * ** * * * * *
408 AACAGATT-GAATTGAATGTTTGCCACAAAAAATAGGAAGAAAAACCCATTCATTAGTAAGAAAA
65 AACATATTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAA
* * * *
472 GCCCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAA-CCTTATTACTT
130 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * *
514 GCTGTAAATCGTTTTAAAATATCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGACTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAA
* * * * ** * *
578 AATACATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTAATATGAAA
65 AACATATTATAATTGAATGTCTGA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAA
* ** * *
642 AGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTCATTACAT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * *
685 GTTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACAATTTT-GATTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAG-TTA
* * * * **
749 AAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGATAAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGTACA-
64 AAACATATTATAATTGAATGTCTGA-CTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTAATA-AG
* ** * *
811 AAATGTCCATTTATAGTCACTGA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
857 GCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGATAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * ** ** * *
922 A-AAATTGTATTTGAATGTCT-ACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAACAAAAAAA
66 ACATATTATAATTGAATGTCTGA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAA-TAAGAAA
* *
985 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
1028 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTCTACTTTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * ** * * * * * *
1093 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGATATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAG
66 ACATATTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAG
* ** * *
1158 TCTATTTATAGTCACTTA-ACCCTTCAAAAGCTTTATTACTC
131 TCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTT
** *
1199 AATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
1264 ACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
66 ACATATTATAATTGAATGTCTGACTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAA
* * * * * *
1328 GTCGATTTATAGCCATCCATGCCTTCGAAA-CCTTATTGCTT
130 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * *
1369 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** *
1434 ACATATTATAATTGACTATCTGCCTCAAGAAACAACAAG-AAAAGCCATTCATTAAT-CGAAAAA
66 ACATATTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAG-AAAA
* * **
1497 GTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAATGTTTTATTA-TT
130 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
*
1538 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1572 GGAGGTTTAA
Statistics
Matches: 1137, Mismatches: 233, Indels: 58
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 55 0.05
170 344 0.30
171 546 0.48
172 187 0.16
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACATATTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
Found at i:484 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 439--484 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
429 GCCACAAAAA
*
439 ATAGGAAGAAAAACCCATTC
1 ATAGTAAGAAAAACCCATTC
* *
459 ATTAGTAAGAAAAGCCCATTT
1 A-TAGTAAGAAAAACCCATTC
480 ATAGT
1 ATAGT
485 CACTCAAACT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.23
21 17 0.77
ACGTcount: A:0.46, C:0.15, G:0.15, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
ATAGTAAGAAAAACCCATTC
Found at i:1023 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 3--1567 Score: 1535
Period size: 514 Copynumber: 3.1 Consensus size: 510
1 TC
* * * *
3 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTGTA--TTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT-TTTTCTACTTTTTTAGCTAA
** * ** * * * * * * *
66 AACAGTTTATAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCC-TTGACAAGAAA
65 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCCATTAATATGAAA
** * * * * * *
130 AGTCCATTTGCATTCCCCCATA-CCTTCAAAAGCTTTC-TTGCTTGC-TTTTAATGGTTCTATAA
129 AGTCCATTTATAGTCACTCA-ACCCTTCAAAAGC-CTCATTAC-T-CATTTTAATGGTTTTATAA
* * * * * *
192 TCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATGTTTTTA-GATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGACTG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATG
* * ** * *
256 CCTGA-CTTGAGAA-AT-AAGAAGAAAAGCCATTCACTAATA-AGAAAAGTCTATTAATAGTCAC
254 TCT-ACCTTGAAAACATGAA-AA-AAAAGCCATTCA-TTGTACAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
317 CCATA-CCTTTAAAAGCTTTATTATTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGG
315 TCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * *
381 TTGAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTG-AATTGAATGTTTGCCACAAAAAATAGGA
379 TT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAAT-GGA
* ** * * * * *
445 AGAAAAACCCATTCATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAA-CCTTAT
442 AGAAAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTAT
509 TACTT
506 TACTT
* * * * *
514 GCTGTAAATCGTTTTAAAATATCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTT-GACTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTCTACTTTTTTAG-CTAA
* * **
578 AATACATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTAATATGAAAA
65 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAATATGAAAA
* ** *
643 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACAT-GTTTTAATTGGTTTTATAATCT
130 GTCCATTTATAGTCACTCAACCCTTCAAAAGCCTCATTAC-TCATTTTAA-TGGTTTTATAATCT
*
707 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACAATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
193 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACAATTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * *
772 ACCTTGATAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGGTACA-AAATGTCCATTTATAGTCACTGAAG
257 ACCTTGA-AAACATGAAAAAAAAGCCATTCATT-GTACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * *
836 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTTATTTTAAGTTAAAT
320 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAT
* * * * *
901 TTTTTTATATTTTTTGATAAAA-AAATTGTATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAA
385 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATG-GAAGAAAAA
** * *
965 GGAATTCATTAACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
449 GCCATTCATTAAC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * *
1028 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTCTACTTTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTCTACTTTTTTAGCTAAA
* * * * *
1093 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGATATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAG
66 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAATATGAAAAG
* * * * *
1158 TCTATTTATAGTCACTTAACCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
131 TCCATTTATAGTCACTCAACCCTTCAAAAGCCTCATTACTC-ATTTTAATGGTTTTATAATCTCA
* *
1223 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGC
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-ATTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
1287 CTTAGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTG-ACAAGAAAAGTCGATTTATAGCCA-TCCATGC
259 CTT-GAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGTAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGC
* *
1350 CTTCGAAA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
321 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATT
* * * * * * **
1414 GTTTTAGATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGACTATCTGCCTCAAGAAACA-ACAAG-AAAA
386 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGCCTCAA-AAA-ATGGAAGAAAAA
* * * **
1477 GCCATTCATTAATC-GAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAATGTTTTATTA-TT
449 GCCATTCATTAA-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
1538 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 -GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1568 GATTGGAGGT
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 152, Indels: 68
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.01
511 118 0.14
512 207 0.24
513 209 0.24
514 314 0.36
515 11 0.01
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTCTACTTTTTTAGCTAAA
ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAATATGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCAACCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
TGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGTACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGGAAGAAAAAGCCATTC
ATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
Done.