Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399840.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3077.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6589
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.32
Warning! 939 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2733 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2381--4784 Score: 2074
Period size: 171 Copynumber: 14.0 Consensus size: 170
2371 AGAAACATAA
*
2381 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACAC-ATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** *
2444 TATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTACAACAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * *
2509 GATTCTTTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAACCCATTTATTTAC
128 GAATGTTTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * * *
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1 AAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
2617 ATAACCTCATAATTAATTTTAGGATAAATTTTTTTGCATTTTTGGTAAAAAGATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
2682 CTGTTTTCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGAT
130 ATGTTTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * **
2724 AACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
2788 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
2853 TTGCTGT--CTTAGGAAACATGAAGGAAAACCCATTCATTTG-T
130 ATG-TTTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAC
* * * * * * * * *
2894 AAGGAAAGCCTATTTATTGTTAACTAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
2959 TAATCACTTAATTGATTTGAAGTTAGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTCA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * **
3024 ATGTCTACCATG-GAAAAAGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGAC
130 ATGTTTACC-TGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * ** *
3066 AATAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
3130 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
3194 TTGTCTACCTTGAGAAACGTGAATAAAAAGCCATTCATTAAC
130 ATGTTTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * *
3236 AAGAAAAGCTCATTTATAGTCA-GTCATGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * ** * * *
3300 ATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGTTTACAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
3365 ATATTTACCTCAGGAAACATGAATACAAA-CTCATTCATTTG-T
130 ATGTTTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGAC
* ** * **
3407 AGGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * **
3472 CAACCGCATAATTGATTTTATGATGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGGT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
3537 TGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGAG
131 TGTTTA-CCTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * *
3578 AAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
3642 ATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
3707 TTGTTTACCTTAGAAAACGTGGAGAAAAACCCATTCATTTG-C
130 ATGTTTACCTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAC
* * * *
3749 AAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-CTGAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT-ATCTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TT
* *
3812 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
3877 AATGTTTTACATTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC
129 AATG-TTTAC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * * *
3921 AACAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
3986 TAATCTCATAAATGAATTTAAGTT-GATTTGTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
4050 ATGTTTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGAT
130 ATGTTTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * * * * *
4092 AACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGATTTCAATGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4157 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** *
4222 TGTATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGC
131 TGTTTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
** * ** *
4263 AA-AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATAA--CTTCAAAAGTCTTATTACTTACTTTTAATGGTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CC-TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
4325 TATAATATCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTGTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * *
4390 AATGTCTGGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAAC
129 AATGTTTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
*** * * *
4433 AAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATTGTTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
* ** ** * ** * *
4498 ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGGATGGTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * * *
4563 ATGCTTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGC
130 ATGTTTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-C
* * ** * *** *
4605 ATA-AAAAGCCCACTTATAGTCA-CTCAAGCATTTGAAAGACTTATTACTTAATTTAAATAGTTT
1 A-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
4668 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAAC-GTATTACAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAAT
* *
4732 TGAATGTCTGT-CCT-AGAAAAAATGAAGAAAAAAG-CATTCATTTAC
127 TGAATGT-T-TACCTGAG-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGAC
4777 AAGAAAAG
1 AAGAAAAG
4785 TGCACTTAAT
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 367, Indels: 118
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.00
170 382 0.21
171 914 0.51
172 486 0.27
173 15 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
Found at i:3423 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 2381--4784 Score: 2360
Period size: 513 Copynumber: 4.7 Consensus size: 513
2371 AGAAACATAA
* * * *
2381 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
2445 ATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
2510 ATTCTTTACCTTAGG-AAACGTAAAGAAAAACCCATTTATTTACAGA-AAAAGCCCATTTGTAGT
129 AATGTCTACCTT-GGAAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACA-ATAAAAGCCCATTTATAGT
* * * * * *
2573 CA-TCTAAGCCTTCGAATGTCTTATTTCTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTT
192 CACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
2637 AGGATAAATTTTTTTGCATTTTTGG-TAAAAAGATATTATAATTGACTGTTTTCCATGAGAAACA
256 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA-AGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACA
* * * *
2701 TGAAGAAAAAGCCATTGATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTT-AAAAGCCT
320 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTCAAAAGCCT
* * * *
2765 TATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTT
385 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACA-TTT
** * *
2830 TTG-TTAAAACAGATTATAATTG-ATTGCTGTCTTAGGAAACATGAAGGAAAACCCATTCATTTG
449 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATT-CTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTG
*
2893 T
513 C
* * * * * ** * * *
2894 AAGGAAAGCCTATTTATTGTTAACTAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2959 TAATCACTTAATTGATTTGAAGTTAGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTCA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *** *
3024 ATGTCTACCATGGAAAAAGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 ATGTCTACCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * *
3089 TCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
195 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
3154 TGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAT
260 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAG
* * ** *
3218 AAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCAGTCAT-GCTTTCAAAAACCTTATTA
325 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
3282 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATT
390 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGATT
* * * * * * * *
3347 AAAACAGTTTACAATTAAATATTTACCTCAGGAAACATGAATACAAACTCATTCATTTGT
455 AAAACAGATTATAATTGAAT-TCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGC
* * *
3407 AGGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * **
3472 CAACCGCATAATTGATTTTATGATGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGGT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
3537 TGTCTATCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGCCCATTCATAGTCAC
131 TGTCTACCTTG-GAAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
3601 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGT
195 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
3666 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACCTT-AGAAAACGTGGA
260 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAG-AAACATGAA
* * ** * * *
3730 GAAAAACCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACTGA-AGCCTTCGAAAGCCTTGT
324 GAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTCAAAAGCCTTAT
* *
3793 TACTCGCTTTAAATA-TCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTG
388 TACTCGCTTTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTG
* * ** * *
3857 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTACATTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC
452 ATTAAAACAGATTATAATTGAA--TTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGC
* * * * * *
3921 AACAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** * *
3986 TAATCTCATAAATGAATTTAAGTTGATTTGTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
4051 TGTTTGCCTT-GAAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCAC
131 TGTCTACCTTGGAAAAA-GTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
4115 CCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGATTTCAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGT
195 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
4180 TAAATATGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCTTGAAAAACATGAAG
260 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAG
** * ** * *
4245 AAAAAATCATTCATTGGCAA-AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATAAC-TTCAAAAGTCTTATTA
325 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * * *
4308 CTTACTTTTAATGGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTGTAACATTTTTGGTT
390 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGATT
* * ** **
4373 AAAATAGATTGTAATTGAATGTCTGGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTAAC
455 AAAACAGATTATAATTGAAT-TCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTTGC
** * * *
4433 AAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATTGTTTTT
1 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
* ** * * *
4498 ATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGGA-TGGTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * *
4562 AATG-CTTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGC-ATAAAAAGCCCACTTATAG
129 AATGTC-TACCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTGA-CAAT-AAAAGCCCATTTATAG
* * * * *** *
4624 TCACTCAAGCATTTGAAAGACTTATTACTTAATTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
191 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
4689 AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGATT-AAAACGTATTACAATTGAATGTCTGT-CCTAGA-AA
256 AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG-ATTATAATTGATTGT-T-TACCTTGAGAA
* *
4751 AAATGAAGAAAAAAG-CATTCATTTACAAGAAAAG
317 ACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
4785 TGCACTTAAT
Statistics
Matches: 1554, Mismatches: 299, Indels: 74
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 10 0.01
512 397 0.26
513 760 0.49
514 369 0.24
515 17 0.01
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGGAAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAGTCACT
CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGA
AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGATTA
AAACAGATTATAATTGAATTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGC
Found at i:5212 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4798--5163 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
4788 ACTTAATTGG
* * * * * * * * * *
4798 AATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATATCTACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
** * *
4863 AGTCACTTGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATACCACAATAGATT
66 AGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATACCACAATAGATT
* *
4928 TTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
131 TTAAGTTGAATTTTGTTACATTTCTAATTAAAACAGATTAT
* * * * *
4969 AATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATATCTACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** *
5034 AGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTTATAAT-CTCATGATTGA
66 AGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATAC-CACAATAGA
* * *
5098 TTTTAATTTGAATGTTT-TTATATTTCTAATTAAAATATG-TTAT
129 TTTTAAGTTGAAT-TTTGTTACATTTCTAATTAAAACA-GATTAT
5141 AATTGAATATCTACCTTAGGAAA
1 AATTGAATATCTACCTT-GGAAA
5164 CGTGAACCAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 23, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 95 0.57
172 63 0.38
173 9 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGAATATCTACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATACCACAATAGATT
TTAAGTTGAATTTTGTTACATTTCTAATTAAAACAGATTAT
Found at i:5459 original size:293 final size:293
Alignment explanation
Indices: 4930--5462 Score: 667
Period size: 293 Copynumber: 1.8 Consensus size: 293
4920 AATAGATTTT
* * * *
4930 AAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACAT
1 AAGTTGAATTTTGTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAAAT
* * *
4995 AAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTA
66 AAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCCTCAAAAGCCTTA
* * * * * ** *
5060 TTACTTGCTTTAAATTATTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAATTTGAATGTTTTTATATTTCT
131 TTACTCGATATAAATGATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTACATTTCT
* * * *
5125 AATTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTGAACCAAAAGTCATCCATTAGTA
196 AACTAAAACAAGTTATAATTGAATATCTACCTGAGGAAACGTGAACCAAAAGTCATCCATTAGTA
5190 TAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGGCTTTA
261 TAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGGCTTTA
* * * * ** *
5223 AAGTTGATTTTTTTTATATATTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAAAAG
1 AAGTTGAATTTTGTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAAA-
* ** * **
5288 TGAAGAAAAAGGCT-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAAGCCT
65 TAAAGAAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCCTCAAAAGCCT
* *
5352 TATTACTCGATATAAATGA-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTT
129 TATTACTCGATATAAATGATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTACATTT
* ** * *
5416 TTGGCTAAAACAAGTTATAATTGATTGTCTACCCTGA-GAAACGTGAA
194 CTAACTAAAACAAGTTATAATTGAATATCTA-CCTGAGGAAACGTGAA
5463 GAAAAAACCA
Statistics
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0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
293 125 0.63
294 70 0.35
295 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (293 bp):
AAGTTGAATTTTGTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAAAT
AAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCCTCAAAAGCCTTA
TTACTCGATATAAATGATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTACATTTCT
AACTAAAACAAGTTATAATTGAATATCTACCTGAGGAAACGTGAACCAAAAGTCATCCATTAGTA
TAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGGCTTTA
Found at i:5737 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5225--6586 Score: 1230
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 172
5215 AGGCTTTAAA
* * * ** * * *
5225 GTTGATTTTTTTTATATATTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAAAAGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTT-GAGAAACGTG
* * * * ** * *
5290 AAGAAAAAGGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT-TCCCTCAAAAGCCTTA
65 AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
5354 TTACTCGATATAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
* * * *
5397 GCTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACA-AGTTATAATTGATTGTCTACCCTGAGAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACGTG
* * * * *
5461 AAGAAAAAACCACTCATTGATAAATAAAAGCCCATTTATAGTCACAC-TTGCCTTCAAAAGCCTT
65 AAGAAAAAGCCATTCATTGAT-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTT
* *
5525 ATTAC-CTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG
129 ATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
* * * * * * * * *
5569 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTGAAAA-AAATTCTAATTGATTGTTTGTCTTAAGAGACCTC
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACGTG
* * * * *
5633 AAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTA
65 AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
5697 TTACTCACTTTAAATGGGTTTACAATCTTATAATTGATTTTAG
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
* ** ** * * * * *
5740 GATGAATTTGCTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAGAAATGTAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACGTGA
* * * ** * *
5805 AG-AAAAGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTTAGTCATA-CCTTCGAAAGCTTTAT
66 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
5868 TTCTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
* * * * *
5909 GTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACCTCGGGAAATC-TG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAA-CGTG
* * * *
5973 AAGAAAAACCCATTCATTTG-TAAGAAAAGCCCATTTATAGTTATCCA-AGCCTTCAAAAACCTT
65 AAGAAAAAGCCATTCA-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTT
*
6036 ATTACTCGCTTTAAATAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
129 ATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
* * * *
6081 GTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTC-GACCTTG-GACAACG
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTG-CCTTGAGA-AACG
* * ** ** **
6144 TGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCCTT-AAAAGCCT
63 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCT
* * *
6208 TATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAG
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AG
* * * * *
6254 G-TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAAGTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACGTGA
* * * *
6318 AGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATA-CCTTCCAAAGCCTTAT
66 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
6382 TACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAG
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
********************** * ** *
6424 GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAAACAGATTATTATTGACCGTCTGCCTTAAGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACGTGA
* * * * * **
6489 AGGAAAAGCCATTGATTAATAAGAAAAGCTCATTTATAGCCACATATA-CCTTCAAAAGCCTTAT
66 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTTAT
*
6553 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
6587 AAT
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 195, Indels: 55
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 52 0.05
170 153 0.16
171 433 0.45
172 216 0.22
173 110 0.11
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACGTGA
AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
Found at i:6299 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 5257--6423 Score: 1382
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 513
5247 GTTAAAATGG
* * * * * * * *
5257 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAAAAGTG-AAGAAAAAGGCTTTCATTGGTAAGAAAAGT
1 ATTATAAGTGACTGTCTGCCTTGAG-AAACA-TGAAAG-AAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGC
** * * * * *
5320 CCATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGATATAAAT-GATTTTGTAATCTCA
63 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCA
5384 TAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAGTTATAATTGATTGTCTACC
127 TAATTGATTTT-AGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAGTTATAATTGATTGTCTACC
* **
5449 CTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCACTCATTGATAAATAAAAGCCCATTTATAGTCACACTTGCCT
191 CTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCACTCATTGATAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACAAGCCT
*
5514 TCAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTT
256 TCAAAAACCTTATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTT
* * * * * *
5579 TTTATATTTTTGGTTGAAAAAAATTCTAATTGATTGTTTGTCTTAAGAGACCTCAAGAAAAACCC
321 TTTATATTTTTAGTTGAAAAAAATTATAATTGAATGTTCGCCTTAAGAAACCTCAAGAAAAACCC
* *
5644 ATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
386 ATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
5709 AATGGGTTTACAATCTTATAATTGATTTTAGGATGAATTTGCTTACATTTTTTATTAAAACAT
451 AATGGGTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTGCTTACATTTTTTATTAAAACAT
* * *
5772 ATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAG-AA-ATGTAAAGAAAAGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCCC
1 ATTATAAGTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATG-AAAGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCC
* ** * * * * *
5835 ATTTATAGTTAGTCATACCTTCGAAAGCTTTATTTCTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
* * * *
5900 TTGATTTTAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGATTGTTTA-CCTC
130 TTGATTTTAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAG-TTATAATTGATTGTCTACCCT-
* * * *
5963 GGGAAATC-TGAAGAAAAACCCATTCATTTG-T-AAGAAAAGCCCATTTATAGTTATC-CAAGCC
193 GAGAAA-CGTGAAGAAAAAACCACTCA-TTGATAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CACAAGCC
*
6024 TTCAAAAACCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
255 TTCAAAAACCTTATTACCT-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAA-
** * * *
6088 TTTTTTTATATTTTTAGTT-AAAACGGATTATAATTGAATG-TCGACCTT-GGACAACGTGAAGA
317 TTTTTTTATATTTTTAGTTGAAAA-AAATTATAATTGAATGTTCG-CCTTAAGA-AACCTCAAGA
* ** ** * * *
6150 GAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCCTT-AAAAGCCTTATTCC
379 AAAACCCATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCA-ACCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ** * **
6214 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGG-TGAATTTTTTTACA-TTTTTAGT
443 TCACTTTAAATGGGTTTACAATCTCATAATTGATTTT-AGGATGAATTTGCTTACATTTTTTA-T
6277 TAAAACAGT
506 TAAAACA-T
*
6286 -TTATAAGTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAAGTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCA
*
6350 TTTGTAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
6415 TGATTTTAG
131 TGATTTTAG
6424 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 74, Indels: 43
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 55 0.10
512 114 0.20
513 249 0.45
514 112 0.20
515 23 0.04
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
ATTATAAGTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
TGATTTTAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAGTTATAATTGATTGTCTACCCTGAG
AAACGTGAAGAAAAAACCACTCATTGATAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAA
AACCTTATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAT
ATTTTTAGTTGAAAAAAATTATAATTGAATGTTCGCCTTAAGAAACCTCAAGAAAAACCCATTCA
TTAACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
GTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTGCTTACATTTTTTATTAAAACAT
Done.