Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399844.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_308.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26597
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 7122 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2124 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1776--2283 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
1766 NNNNNNNNNN
* * *
1776 GCCAATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA-GAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
1 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
* *
1840 AAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCATATGTGAGGTTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 AAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCATATGTGAGATTATAAACCATTCAAAGTGAGTAATAA
*
1905 GACTTTTGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
131 GACTTTTGAATGCATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
* * * * * *
1945 GACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACTA
1 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
* *
2010 AAAATGTAAA-AGAATTCAACTTAAAATCAATTATG-G-GATTATAAAACCATTCATAGTGAGTA
66 AAAAAGTAAAGA-AATTCAACTTAAAATC-A-TATGTGAGATTAT-AAACCATTCAAAGTGAGTA
* * * * *
2072 ATAAGGCTTTTGAA-GACTTAGGTGATTGTAAATGGGCATT-TCTT
127 ATAAGACTTTTGAATG-CATAGGTGACTATAAATGGAC-TTCTCTT
********** * *
2116 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGNNNNNNNNNNATTATAATATGTTTTAACCA
1 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CA
* * * * * * **
2181 AAAATA-TAAAAAAATTCAACTCAAAATCATATATAAGGTTATAAAACCATGT-AAAGCAAGTAA
65 AAAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCATATGTGAGATTAT-AAACCAT-TCAAAGTGAGTAA
* * *
2244 TAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATGAATGGACTTCT
128 TAAGACTTTTGAATGCATAGG-TGACTATAAATGGACTTCT
2284 TGTTGGGTGA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 47, Indels: 28
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.12
170 62 0.22
171 168 0.61
172 14 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
AAAAAGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCATATGTGAGATTATAAACCATTCAAAGTGAGTAATAA
GACTTTTGAATGCATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
Found at i:2976 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2935--3148 Score: 268
Period size: 35 Copynumber: 6.1 Consensus size: 35
2925 NNNNNTATTT
2935 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
* *
2970 AATTTAATTAATTATGG-CCAATAACTTGATTAAAC
1 AATTTAATCAATTA-GGCCCAATAACTTAATTAAAC
***
3005 AAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTATTT
1 -AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
* *
3041 AATTTAGTCAATGAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
* * * *
3076 AATTTGATCAATTAAGCCCAATATCTTGATTAAAC
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
* * *
3111 AAATTTAATCGATTAGGCCTAATAACTTGATTAAAC
1 -AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
3147 AA
1 AA
3149 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 23, Indels: 8
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 93 0.61
36 59 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.08, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
Found at i:3013 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 2935--3151 Score: 283
Period size: 71 Copynumber: 3.1 Consensus size: 70
2925 NNNNNTATTT
*
2935 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATTAATTATGGCCAATAACTTGAT
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTA-GGCCAATAACTTGAT
3000 TAAACA
65 TAAACA
*** * * *
3006 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTATTTAATTTAGTCAATGAGGCCCAATAACTTAAT
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAGG-CCAATAACTTGAT
3071 TAAAC-
65 TAAACA
* * * * *
3076 AATTTGATCAATTAAGCCCAATATCTTGATTAAACAAATTTAATCGATTAGGCCTAATAACTTGA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC-AATTTAATCAATTAGGCC-AATAACTTGA
3141 TTAAACA
64 TTAAACA
3148 AATT
1 AATT
3152 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
70 32 0.26
71 88 0.71
72 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.08, T:0.34
Consensus pattern (70 bp):
AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAGGCCAATAACTTGATT
AAACA
Found at i:3043 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 2930--3143 Score: 338
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
2920 NNNNNNNNNN
* * * *
2930 TATTTAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATTAATTATGGCCAATAAC
1 TATTTAATTTAATCAATGAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAAGCCCAATAAC
2995 TTGATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAAT
66 TTGATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAAT
* * *
3036 TATTTAATTTAGTCAATGAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTGATCAATTAAGCCCAATATC
1 TATTTAATTTAATCAATGAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAAGCCCAATAAC
* * *
3101 TTGATTAAACAAATTTAATCGATTAGGCCTAATAACTTGAT
66 TTGATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAAT
3142 TA
1 TA
3144 AACAAATTNN
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 10, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 98 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (106 bp):
TATTTAATTTAATCAATGAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAAGCCCAATAAC
TTGATTAAACAAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAAT
Found at i:6139 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5866--6334 Score: 450
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
5856 GAAAAGTTCA
* * * *
5866 ATTT-TAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAA
1 ATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* *
5930 TGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATGTTTTTGATTAAAACTGATCATAATTGAGTGTTTACCTTGA
66 TGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATGTTTTAGATTAAAACAGATCATAATTGAGTGTTTACCTTGA
* ** * *
5995 GAAACGTAAAAGAAAAGCCATTCTTTAAAAATAAAAATCC
131 GAAACGTAAAAAAAAAGCCATTCAATAAAAAGAAAAATAC
* * *
6035 ATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* ********* * * *
6100 TTGATTTTAGGTTAAATTGNNNNNNNNNNTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTT
65 TTGATTTTAGGTTGAATTG-TTTTATGTTTTAGATTAAAACAGATCATAATTGAGTGTTTACCTT
* *** *
6164 GAGAAACGTAAAAAAAAAGCTATTCAATGGCAAGAAAAGTAC
129 GAGAAACGTAAAAAAAAAGCCATTCAATAAAAAGAAAAATAC
* * *
6206 ATTTATAGTTACCATGCCTTCAAAAG-TCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAAACTCAAA
1 ATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * *
6269 ATTAATTTTAAGTTGAATT-TATTTACAT-TTTTTG-TTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGTTTA
64 ATTGATTTTAGGTTGAATTGT-TTT--ATGTTTTAGATTAAAACAG-ATCATAATTGAGTGTTTA
*
6330 GCTTG
125 CCTTG
6335 CAAAACATGA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 53, Indels: 17
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 94 0.39
171 135 0.57
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATGTTTTAGATTAAAACAGATCATAATTGAGTGTTTACCTTGA
GAAACGTAAAAAAAAAGCCATTCAATAAAAAGAAAAATAC
Found at i:6491 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 6392--7051 Score: 310
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 161
6382 NNNNNNNNNN
* * * *** * * *
6392 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATGGCCTTAAAATTGATTTTAAATTTAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAATTGAA
* * * * *
6457 TTTTTTTATATTTTTTATTAAGACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACTTGAAGAAAA
66 TTTATTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
6522 ACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGT
131 ACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT--TA-T
* * * * * * *
6556 CACCGAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATAAATTTT-
1 -------GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTA
* * *** * * * **
6620 AAGTGCAATTT-TATTACATTGTTGGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTTTGGCTCAAGAAACA
59 AATTG-AATTTAT-TTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACA
**
6684 TGAAGAAAAACTA-ATTCATTTTCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCT
122 TGAAGAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA--T-T--T-A--T
* * * * * * * * *
6732 AAGCCTT-AGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAGTTTTAAGTT
1 --GCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAATT
* * * * * * **
6796 GAGTTCT-TTTACATTTTTGATTGAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAG
63 GAATT-TATTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACATGAAG
*
6860 AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
127 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * * * *
6895 AGTCACCCAAACCTTCAAATGCATTATTATTCTCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATT
1 -G---------CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAAACTCAAAATTAATT
* * * * * * * **
6960 TTAAGTTCAATTGT-TTTATATTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCAT-GGGAA
56 TTAAATTGAATT-TATTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATG-TTTCCCTCAAGAA
*
7023 ACCTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAG
119 ACATGAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAG
7052 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 75, Indels: 48
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.01
163 1 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
170 5 0.01
171 359 0.92
172 13 0.03
173 1 0.00
174 3 0.01
175 1 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAATTGAA
TTTATTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
ACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
Found at i:7004 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6136--7012 Score: 933
Period size: 342 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
6126 NNNTTAGTTA
* * * * * * * *
6136 AAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGCTATTCAATGGCAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAA
** * * * *
6201 AGTACATTTATAGTTA-CCATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAAC
66 AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CATTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATC
* *
6264 TCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTTT
130 TCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAATATAATTGAATGTTT
* **********
6329 AGCTTGCAAAACATGAAGATAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATNNNNNNNNNNGC
194 AGCTTGCAAAACATGAAGATAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAGC
* * ** ** *
6394 CTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATGGCCTTAAAATTGATTTTAAATTTAATT
259 CTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAATTGAATT
* * *
6459 TTTTTATATTTTTTATT
324 CTTTTACATTTTTGATT
** * *
6476 AAGACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTCAAGAAACTTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAA
1 AA-ACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA
* * *
6541 AAGCCCATTGATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAG-ACTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
65 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCA-TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * * * * * *
6605 CGCAAAATAAATTTTAAGTGCAATTTTATTACATTGTTGGCTAAAAAAGACTATAATTAAATGTT
129 CTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTT-TTACATTTTTTGTTAAAAAAGAATATAATTGAATGTT
* **
6670 TGGC-T-CAAGAAACATGAAGA-AAAACTAATTCATTTTCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCT
193 TAGCTTGC-A-AAACATGAAGATAAAAC-AATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCT
* * * *
6732 AAGCC-TTAGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATT-AGTTTTAAGT
255 AAGCCTTTA-AAACCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAACCACAAAATTGA-TTTTAAAT
*
6795 TGAGTTCTTTTACATTTTTGATT
318 TGAATTCTTTTACATTTTTGATT
* *
6818 GAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA
1 -AAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
6883 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAATGCATTATTATTCTCTTTAAACGATTTTATAATC
65 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * * * * *
6948 TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAATGTTT
130 TCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAATATAATTGAATGTTT
7013 TCCATGGGAA
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 86, Indels: 24
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 76 0.17
342 354 0.81
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAA
AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCT
CAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAATATAATTGAATGTTTAG
CTTGCAAAACATGAAGATAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCTAAGCCT
TTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAAATTGAATTCT
TTTACATTTTTGATT
Found at i:11426 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11060--11379 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
11050 NNNNNNNNNN
* * * *
11060 CTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTACTTTAGGTT
1 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTACTTCAGGTT
* * * *
11125 TCTAATTGAAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAAACAAAAACATAAAAACATTGAACTTAAAAT
66 TCTAATTAAAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAAACAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
11190 CAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTCAAGAGAGAAATAACG
131 CAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTCAAGAGAGAAATAACG
*
11231 CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAAT-AATTGGGATTTT-CTTCAGG
1 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAA-T-GGATTTTACTTCAGG
* * * *
11294 TTTC-ACTTCAAAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAA
64 TTTCTAATT-AAAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAAACAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAA
11358 AATCAATTTTGAGGTTATAAAA
128 AATCAATTTTGAGGTTATAAAA
11380 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 13, Indels: 6
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 122 0.92
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTACTTCAGGTT
TCTAATTAAAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAAACAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTCAAGAGAGAAATAACG
Found at i:12742 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12432--13078 Score: 694
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
12422 NNNNNNNNNN
* * * *
12432 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTAT-TTCATGCT
1 TTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCAAGTT
* * * *
12496 TCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTGAACTTCAAAT
65 TCT-AAGGAAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
12561 CAAGTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAATAAGGT
128 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* *
12603 TTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGTTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT
1 TTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT
** * * * * *
12668 CCTGTGGAAAACGTTAAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAACC
66 -CTAAGGAAAACATT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
12733 AATTATGAGATTATCAAACTATTTAACGCGAGTAATAAGGG
129 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * * ** ** *
12774 TTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAACGGGCTTTTCTTGAAAATGAATTACTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT
* * * * * * * *
12839 CTTAGGCTACACATCTAATTATAGTCTGTTTTAGCCAACAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATT
66 CTAAGG-AAAACAT-TAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
12904 TATT-TTACGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
129 AATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* *
12945 TTTTGAAGGCTTCT-GTGACTATCAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGTG-TTTTTCTTCAAGT
1 TTTTGAAGGCTT-TGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCAAGT
* * * *
13008 TTCTTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAACAATGT-AA-TTGAA
64 TTC-TAAGGAAAACA-TTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTT-AA
13071 AATCAATT
125 AATCAATT
13079 TTAAGGCTAT
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 75, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 372 0.95
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT
CTAAGGAAAACATTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
Found at i:13805 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 13538--13841 Score: 376
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
13528 TTTCTTGCCA
* * *
13538 ATAAATGGGATTTTCTTCAGGTTTCACTTGAAAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAATCAAAAA
1 ATAAATGGGATTTTCTTCAGGTTTCACATGAAAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATCAAAAA
**********
13603 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATNNNNNNNNNNAAAGAGAGTAATAAGAC
66 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAC
13668 TTTTAAAGGCTTGGGTGACT
131 TTTTAAAGGCTTGGGTGACT
* * * * *
13688 ATAAATGGGTTTTTCTTTAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACTC-AAA
1 ATAAATGGGATTTTCTTCAGGTTTCACATGAAAAACATTCAACTATAATCTATTTTAA-TCAAAA
* * * *
13752 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTTAGGTTGTTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
65 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGA
* *
13817 GTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
130 CTTTTAAAGGCTTGGGTGACT
13838 ATAA
1 ATAA
13842 GTGGTCTTTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 24, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
150 127 0.98
151 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (150 bp):
ATAAATGGGATTTTCTTCAGGTTTCACATGAAAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATCAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAC
TTTTAAAGGCTTGGGTGACT
Found at i:14367 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13698--14654 Score: 686
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 168
13688 ATAAATGGGT
* * * * * *
13698 TTTTCTTTAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACTCAAAATATAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATAT-AAAAAA
* * * * * * * * *
13763 TTCAACTTAAAATTAATTTTTAGGTTGTTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGC
65 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
13828 TTGGGTGACTATAAGTGGTCTTTT-TTGACAATGAATTTGT
130 TT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGC
* * * * * * ***
13868 TTTTCTTCTTACTTT-CAAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTT-TGGTAAAAAATATAATAA
1 TTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACT-AAAAATAT-A-AA
********** * * *
13931 AAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGAGTATAAAACTATTTAAAGAGAGAAATTAA-GCTTTTGA
62 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAA-TAAGGCTTTTGA
* *
13995 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTTCTTGTCAATGAATGGGT
126 AGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGC
* * ** * * *****
14039 TTTTTTTCATGCTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTT-AACTAAAAATGTNNNNNN
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT-TTAAACTAAAAATAT-AAAAA
**** * * * * * * *
14103 NNNNAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAAAGTAATAAAGTTTTTGAAGG
64 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
14168 CTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGA
129 C-TTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * *
14209 TATTTCTTCTTGTTTCCCAGGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATCTATAAAA
1 T-TTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAA--TATAAAA
** **********
14274 AATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAG
63 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
14339 GCTTGGATAACTATAAATGAGATTTTCTTGCCAATGAATAGC
128 GCTTGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * ** * * *
14381 TTTTACTTCAGGTTTCTCATTGAAAAGAATCAATTTTAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAC
1 TTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAAACTAAAAATATAAAA-
* * * * *
14445 CATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAATAATGCTTTTGAAG
63 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAG
* *
14510 GCTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGC
128 GCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGC
** * * *
14553 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTGAATATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAT
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAT
* * *
14618 TCAACGTAACATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTT
66 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
14655 AAATAGAGTA
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 166, Indels: 44
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 156 0.26
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172 125 0.21
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCT
TGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
Found at i:15494 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15094--15500 Score: 433
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
15084 GTTTTGGCTG
* * * *
15094 AAAATATAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAAT
1 AAAATATAA-AACAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA-
********** * *
15159 TAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACNNNNNNNNNNCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTATTTTTCA
64 TAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTATTTTTCA
* * * * *
15224 TGCTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTGTTAACCA
129 GGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACAA
* * ** *
15266 AAAATGTAAAATAATTCAATTGCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATA
1 AAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * *
15331 GGGTTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCTT-TTTCTTCA
66 -GGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTATTT-TTCA
* * * *
15395 GGTTTCTCG-TGAAAACATTCAATTCTAATCTGT-TTAAATAA
129 GGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTGTT-AACAA
* *
15436 AAAATATAAACCAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAGTAATA
1 AAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
15501 ATGCATTNNN
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 39, Indels: 8
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 86 0.45
171 97 0.50
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
GGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTATTTTTCAGG
CTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACAA
Found at i:15979 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 15707--15994 Score: 368
Period size: 159 Copynumber: 1.8 Consensus size: 159
15697 AATTATGAGA
* * *
15707 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGGTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTT
1 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTT
*
15772 CTTGCTAATGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAG
66 CTTGCTAATGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAG
15837 CCAACAATGCAATAAAATTTATTTTGTGG
131 CCAACAATGCAATAAAATTTATTTTGTGG
* * * * *
15866 TTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGA-TGGTCAAT-GGACTT
1 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACT-ATAAATAGG-CTT
* ** ** * *
15929 TTCTTG-TCAATGAATGT-GTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTT
64 TTCTTGCT-AATGAAT-TAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAATCTGTT
15992 TTA
127 TTA
15995 ATGAAAAATA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 16, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.04
159 104 0.95
160 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (159 bp):
TTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTT
CTTGCTAATGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAG
CCAACAATGCAATAAAATTTATTTTGTGG
Found at i:16503 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15866--16568 Score: 538
Period size: 172 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
15856 TATTTTGTGG
* * * * * *
15866 TTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGA-TGGTCAATGGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTT
* * * * *
15930 TCTTGTCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTA
65 TCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
**
15995 A-TGAAAAATATAAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGT-NN
130 ACT-AAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT-TAAA
******** * * * * * *
16038 NNNNNNNNCCATTTAAATAGAGTAATAAGGCCTTTAAAGGCTTGGATGACTATAAATTGGATTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * * ** * * * *
16103 TTTTCCAATGAATGTCTTTCACTTCAGGTTT-TCCATGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
66 CTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
16167 AATAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTA-TAAGA
130 ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAA-A
* **************
16209 TTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTNNNNNNNNNNNNNN
1 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
****** * * * *
16274 NNNNNNAATGAATGA-GTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTA
66 CTTGCCAATGAAT-ATGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* ** *
16338 ACCAAAAATGCAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATTAAA
130 ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAAA
* * *
16380 TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGATTTTGAAGACTTGGGGTGACTATAAATGGGCTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTT
* *
16445 GCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
65 TCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * **
16510 ACTAGAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAATCAATT-TTGAGG
130 ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AAA
*
16552 TTATAAAGCCATTTAAA
1 TTATAAAACCATTTAAA
16569 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 126, Indels: 22
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
171 176 0.45
172 215 0.55
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
CTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAAA
Found at i:17366 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17080--18063 Score: 1109
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
17070 NNNNNNNNNN
* ** *
17080 AATGAATGGGCTTTTCATT-AGGTTTTTCATGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
1 AATGAATGGGTTTTTC-TTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
17144 AATATAAAAACAA-TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAA
65 AATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * *
17208 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAATTAGGTTTTTCTTGCA
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCC
* *
17251 AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
17316 ATATAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGA
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* *
17381 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGATCTTTT-TTGCC
131 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCC
** ** * * * * ** ** *
17421 AATGAATTTGCGTTTCTTCATGTTTCCAATGGTAAACATTCAATTATAATATGCGTTGGCCGAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * *
17486 ATAAAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAATCACTTAAAGAGAGAAATTAG
66 ATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAG
*
17551 GCTTTTGAAGGCTTGGGTGAGTATAAATGAGCTTTTCTTGCC
130 GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCC
* * * * *
17593 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGA-GGAAAATATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTC-CCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* *
17657 AATATAAAATAATTCAAC-TACAAATCAATTATGAGATTCTAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAA
65 AATATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * *
17721 GGTTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCC
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCC
*** * * * *
17764 AATGAATAACTTTTTCTTTAGGTTTCCCAT-GAAAAAATTCAATTATAATCTGTTTAAATCAAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
17828 ATATAAAATAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATG
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * *
17893 CATTTAAAGGCTTCGGTGACTAGAAATGTGCTTTTCTTCCC
131 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCC
* * * * * * *
17934 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTCAATCAAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
17999 ATGTAAAAGAAGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAG
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGAGAGTAATAAG
18063 G
130 G
18064 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 108, Indels: 26
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 213 0.31
171 416 0.60
172 60 0.09
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCC
Found at i:19341 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19136--19598 Score: 381
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 161
19126 NNNNNNNNNN
* * *
19136 AAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGAAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * * * *
19201 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTTTTCATGCTTCTTA-GGTAAATATTTAAT
66 TATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCAGGCTTCTCATGGAAAACATTCAAT
19265 TATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATA
131 TATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATA
* *
19296 ANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGCAATAAGGTTTTTGAAGG
1 A----------AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** * *
19361 CTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTGCTTTTCAATGAATGACTTTTTCTTCAGGTTTCTCATGGAA
56 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCAGGCTTCTCATGGAA
* ** **
19426 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAANNNNNNNNNNAT-TCAACTTA
121 AACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAA----------ATGT-AAAATA
* * * * * *
19477 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCATTTAAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * *** * * *
19542 TAGAAATGTGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAA
66 TATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCAGGCTTCTCATGGAAAA
19599 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 40, Indels: 33
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
170 99 0.41
171 133 0.55
180 1 0.00
181 7 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCAGGCTTCTCATGGAAAACATTCAAT
TATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATA
Found at i:20536 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20234--22555 Score: 2126
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 171
20224 NNNNNNNNNN
* ** **
20234 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTATTCCAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * ** ** *
20299 TAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAGAAAAAATCATTCATTCACAAGAAAAGGCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * * *
20364 TAGTCACCAAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCCCTTTGAA
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * *
20405 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * *
20470 TAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCAATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * **
20535 TAGTCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTAATTTTTCTCTTTAAA
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * *
20576 TGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTAGCG--AAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAAACAGATT
* * * ** * *
20639 GTAATTGAATGTTTACCTATG-GAAACATGAAGAAAAGCATATTCATTAGCAA-AAAAGACCATT
65 ATAATTGAATGTTTTCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
*
20702 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAA
129 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * **
20745 TGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * *
20810 TAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACCTGAATAAAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
*
20875 TAGTCACCCAAGCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCTATTTAAA
131 TAGTCACCCAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* *
20916 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTTT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT
** * * *
20980 ATAATTG-ATAGTTCACC-TGCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGTAAGAAAAGCCTAT
65 ATAATTGAAT-GTTTTCCTTG-AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * *
21043 TTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCGTTATTTCTCTCTTGAAA
128 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * *
21087 TAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTATA--TTT--TTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
** * * * * * * *
21148 TAATTGAATGTTTTCAATGAGAAACCTGAAGTAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAATCTCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
** * *
21213 TAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTTTCTTTAAA
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * *
21254 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * *
21319 ATAATTGAATGTTTACCCT-AGAAAACATGAAGAGATATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
65 ATAATTGAATGTTTTCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* * **
21383 TATGGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
129 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* ** * * * * * * ** * *
21426 CGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTCAAATTTAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAATAGACTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* ** * * * * *
21491 TAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCACTGA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* *
21556 TACTCACCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * ** * * * * * *
21597 TGGTTTTACAATCGCA-AATAAATTTTAAGTGGAATTTTGTTACATTGTTGGCTTTAAA-AGACT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG-TTAAAACAGATT
* * ** * * * **
21660 GTAATTAAATGTTTGGCTTAAGAAACTTGAAGAAAAACCAATTCATTTTCAAGAAAAGCCCATTT
65 ATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
* * * * ******
21725 ATAGTCACCTAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCNNNNNN
130 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
**** * * ** * * *
21767 NNNNTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAGTTCCTTTACATTTTTGGTTGACACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* *
21832 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAGAA-ATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGA-AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
* * * *
21896 ATAGTCACCCAATCATTCAAACGCATTATTACTCTCTTTAAA
130 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* ********** * * *
21938 TGATTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTATT-ATTTAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAACAGATT
* * * *
22002 ATAATTGAATGTTTTCCTTGTGAAACCTAAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
65 ATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
** *
22067 ATAGTCACTGAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAA
130 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * * *********** *
22109 AGATTTTATAGTCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATTATTTTA-CNNNNNNNNNNACACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * ** *
22173 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAGCCCATTCATTATCACGAAAAGCCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * *
22238 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTCTCTTTAAN
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
********************* *
22279 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * ** *
22343 TAATTGAATGTTTTTCATGGGATACCTGAAAAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
** *
22408 TAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAA
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * * *
22449 TGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAATTGAGTTGTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * *
22514 TAATTGAATGTTTTCCATGTGAAACCTGAAGAAAATCCCATT
66 TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
22556 TATAGTCACC
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TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
Found at i:21839 original size:341 final size:342
Alignment explanation
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20224 NNNNNNNNNN
* * **
20234 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTA-TTCCAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATT
* * ** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* **
20557 CCTAATTTTTCTCTTTAAA
324 CCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * ** *
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1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * *
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66 TAATTGAATGTTTACCCTA-AGAAACATGAAGAAAAACCA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
*
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129 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTG
* * * **
20767 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGGGA
194 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGA
* *
20832 AACCTGAATAAAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCCTT-AAAA
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*
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323 GCCTTATTACTCTCTTTAAA
* *
20916 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTTT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * **
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* *
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323 GCCTTATTACTCTCTTTAAA
* *
21254 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* *
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* * ** * * *
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128 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATT
* * * * * * * * *
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193 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * *
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258 AAACCTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
21577 GCCTTATTACTCTCTTTAAA
323 GCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * ** * * * * * *
21597 TGGTTTTACAATCGCA-AATAAATTTTAAGTGGAATTTTGTTACATTGTTGGCTTTAAA-AGACT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATT
* * ** * * **
21660 GTAATTAAATGTTTGGCTTAAGAAACTTGAAGAAAAACCAATTCATTTTCAAGAAAAGCCCATTT
65 ATAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
* * * * ********** * * *
21725 ATAGTCACCTAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGG
130 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGA
* ** * * * *
21790 TTTTAAGTTGAGTTCCTTTACATTTTTGGTTGACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAG
195 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-A-AG
* * * *
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258 AAACCTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
*
21918 GCATTATTACTCTCTTTAAA
323 GCCTTATTACTCTCTTTAAA
* ********** * * *
21938 TGATTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTATTA-TTTAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGATT
* * ** * *
22002 ATAATTGAATGTTTTCCTTGTGAAACCTAAAGAAAAATCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
65 ATAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAA-CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
** * * * ** * *
22066 TATAGTCACTGAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAAAGATTTTATAGTCTCATAATTC
129 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTG
* * *********** * *
22131 ATTTGAAGTTGAATTATTTTA-CNNNNNNNNNNACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
194 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGA
* * * ** *
22195 AGCATGAAGAAAAGCCCATTCATTATCACGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
259 AACCTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * *
22260 CCTAATTTCTCTCTTTAAN
324 CCTTATTACTCTCTTTAAA
********************* *
22279 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
** * ** * * * * ** *
22343 TAATTGAATGTTTTTCATGGGATACCTGAAAAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
** *
22408 TAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCC-CAAAATTGA
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CCTCAAAATTGA
* * * * *
22472 TTTTAAATTGAGTTGTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCC-------
195 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAA
* * *
22530 A--TG-TG--AAA--C---C--T-G-AAGAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAG-CTATCCAAAG
260 ACCTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TCAAAAG
*
22580 CCTTATTACTCTATTTAAA
324 CCTTATTACTCTCTTTAAA
* ********** ** * *
22599 TAGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTTA-TTAAAATAGTTT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * ** * * *
22663 ATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTT
65 ATAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
* *
22728 ATAGTGACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTATAACCTCAAA
130 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAA
22788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1794, Mismatches: 377, Indels: 103
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.00
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324 1 0.00
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329 2 0.00
331 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA
CCTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCTCTTTAAA
Found at i:22527 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 20234--22785 Score: 2136
Period size: 511 Copynumber: 5.0 Consensus size: 509
20224 NNNNNNNNNN
* **
20234 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTA-TTCCAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATT
* * *
20298 ATAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAGAAAAAA-TCATTCATTCACAAGAAAAGGCCATT
65 ATAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAA-AAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
* * * * * * * *
20362 TATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCCCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAATTG
129 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTG
* * * * * *
20427 ATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGA
194 ATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGA
* * * * *
20492 AACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAG
259 AACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* ** * *
20557 CCTAATTTTTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATAT
324 CCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTA-T-TAC
* * * **
20622 TTTAGC-GAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTATG-GAAACATGAAGAAAAGCATATTCAT
386 TTTA-CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTCAT
* * * *
20685 TAGCAA-AAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAA
449 TATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAA
* * *
20745 TGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * *
20810 TAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACCTGAATAAAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTA
* * *
20875 TAGTCACCCAAGCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
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* * * * * *
20939 TTTTACATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTG-ATAGTTCACC-TGCAG
195 TTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTACCTTG-AG
* * *
21002 AAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAA
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * ** *
21192 TTGGT-AAGAAAATCTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCC-ATATTACTTTCTTTAAA
448 TT-ATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTA-ATTACTCTCTTTAAA
* *
21254 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * * * * * * *
21319 ATAATTGAATGTTTACCCTAGAAAACATGAAGAGATATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
65 ATAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
* * ** * * *
21384 ATGGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTAT-AGCCTTAAAATTG
130 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCC-CAAAATTG
* * * * * * * **
21448 ATTTCAAATTTAATTTTTTTGTATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
194 ATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGA
* * * * * *
21513 AACTTGAAGAAAAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCACTGATACTCACCGAAGCCTTCAAAAG
259 AACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * ** * *
21578 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAATCGCAAATAAATTTTAAGTGGAATTTTGTTACATT
324 CCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTAC--T
* * * * * * * * * *
21643 GTTGGCTTTAAA-AGACTGTAATTAAATGTTTGGCTTAAGAAACTTGAAGAAAAACCAATTCATT
387 -TT-ACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTCATT
* * * * * * ******
21707 TTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCNNNNNN
450 ATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAA
**** * * ** * * * *
21767 NNNNTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAGTTCCTTTACATTTTTGGTTGACACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * *
21832 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAGAAA--TGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
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* * * * * **********
21895 TATAGTCACCCAATCATTCAAACGCATTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATANNNNNNNNNNTG
129 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTG
* * * *
21960 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTATT-ATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGTG
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* * * * **
22024 AAACCTAAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCAAAA
258 AAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * *
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323 GCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTATTAC
******** * *
22153 NNNNNNNNNNACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAGCCCATTCAT
386 --TTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTCAT
* * *
22218 TATCACGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTCTCTTTAAN
449 TATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAA
*********************
22279 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * *
22343 TAATTGAATGTTTTTCATGGGATACCTGAAAAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAACCCATTTA
66 TAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTA
** *
22408 TAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGAT
131 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGAT
* * *
22473 TTTAAATTGAGTTGTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG-TT---TT-----C
196 TTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * *
22529 CATG-TG---AA---A--C-CT-G-AAGAAAATCCCATTTATAGTCACCCAAG-CTATCCAAAGC
261 CATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TCAAAAGC
* *********
22581 CTTATTACTCTATTTAAATA-GTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTATTT
325 CTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTATAATC-TCAAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTA-TT
** * * * * * * *
22645 TTTTTA-TTAAAATAGTTTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAC
384 ACTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTCAT
** * * *
22709 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
449 TATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAA
* *
22770 TGGCTTTATAACCTCA
1 TGGTTTTATAATCTCA
22786 AANNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACCTGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGAT
TTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACTTTAC
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTCATTATCAAG
AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAA
Found at i:23361 original size:171 final size:172
Alignment explanation
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22912 NAAAAAAATA
* * * * * * * *
22922 CATTCATTGGCAAGAAAAA-ACCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTT
1 CATTCATAGGCATGAAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCTCTT
* * * * *
22986 TAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
66 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * *
23051 TTTATAATTGAATGTTTTCCTTTGGAAACATAAAGAAAAACC
131 ATTATAATTGAATGTTTTCCATTGAAAACACAAAGAAAAACC
*
23093 CATTCATAGGCATGAAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCTTTTACTCTCTT
1 CATTCATAGGCATGAAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCTCTT
* * * * *
23158 TAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTATTTAAAACAG
66 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * **
23223 ATTATAATTGAATGTTTTCCATTGAAAACCCGAAGTAAAGGC
131 ATTATAATTGAATGTTTTCCATTGAAAACACAAAGAAAAACC
* * * **********
23265 CATTCATTGGCA-GAAAAATCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTNNNNNNNNNNTATTACTCTCTT
1 CATTCATAGGCATGAAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCTCTT
* **
23329 TAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT
66 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT
23374 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 47, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (172 bp):
CATTCATAGGCATGAAAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCTCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTTCCATTGAAAACACAAAGAAAAACC
Found at i:26278 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26071--26510 Score: 474
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
26061 ATTTATTGGT
* * * * ***
26071 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATTGCTCTCTGTAAATAGTTNNN
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGCAAATAGTTTGA
******* * *
26136 NNNNNNNATAACTGATTTGAAGTTGAATTATGTTACCTTTTT-AGTTAACACAAATTATAATTGA
65 TAATCTCATAACTCATTTGAAGTTGAATTATGTTACATTTTTGA-TTAACACAAATTATAATTGA
* *
26200 ATTTTTGCCTCGAGAAGCA-TGAGAAAAAACCCATTCATTGCC
129 ATGTTTGCCTCGAGAAGCACAGAG-AAAAACCCATTCATTGCC
* *
26242 AAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTGCAAATGGTTTGA
1 AAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGCAAATAGTTTGA
* * *
26307 TAATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAACACAGATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAACTCATTTGAAGTTGAATTATGTTACATTTTTGATTAACACAAATTATAATTGAA
* *
26372 TGTTTGCCTCGAGAAGCACAGAGGAAAACCCATTCATTGGC
130 TGTTTGCCTCGAGAAGCACAGAGAAAAACCCATTCATTGCC
* * **
26413 AAAAAAAGCCCTTTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAG-CTTAACATTACTC-CTTTTAAATAGT
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTT---ATTACTCTC-TGCAAATAGT
* * * *
26476 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
61 TTGATAATCTCATAACTCATTTGAAGTTGAATTAT
26511 TTTCTATTTA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 34, Indels: 14
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 170 0.75
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173 46 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGCAAATAGTTTGAT
AATCTCATAACTCATTTGAAGTTGAATTATGTTACATTTTTGATTAACACAAATTATAATTGAAT
GTTTGCCTCGAGAAGCACAGAGAAAAACCCATTCATTGCC
Done.