Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397513.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1559.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 2273 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1533 original size:171 final size:166
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Indices: 1232--1847 Score: 601
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1222 NNNNNCATAT
* *
1232 TATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * *
1297 GATAGTCTA-CCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
66 TATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATT
*
1360 GATCTTAACTTAAATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACGGAA
129 GATTTTAA-TTAAA-TTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAA--GAA
* * * * *
1403 AAAAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAGGAAAAGTCTA-
1 TATAATTGAATGTCTA-CATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * *
1466 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTAACTTTAAATGCTTTCATAACCTCAAAATT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATT
* ** *
1531 GATTTTAAGTCCATTTTTTT-A---TTA---AAATAGAT
129 GATTTTAATTAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAA-AGAA
* * ** * * *
1563 TATAATTGAATGTTTACGTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
** * * * *
1628 TATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTG
* * *
1693 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAC
130 ATTTTAA-TTAAATT-TTTTTCATTTTTAGTT-AAA-AGAA
* * * *
1734 TATAATTGAATG-CTGATATTGAGAAACGTGAAAAAAAAG-CATTTATAGGCAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCT-ACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * *
1797 TTATAGTTACCAATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT
1848 NNNNNNNNNN
Statistics
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164 4 0.01
167 4 0.01
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172 1 0.00
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TATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTTAATTAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAGAA
Found at i:1871 original size:331 final size:331
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Indices: 1230--1842 Score: 822
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1220 NNNNNNNCAT
** * *
1230 ATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
1295 TTGATAGTCTACCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
66 TTGATAGTCTACCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
1360 GATCTTAACTTAAATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACGGAAAAAAATTGAATGTCTATCTTGA
131 GATCTTAACTTAAATTTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAAAAAAATTGAATGTCTATATTGA
* * *
1425 GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
196 GAAACATGAAGAAAAACACATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
1490 GACTTATTACTAACTTTAAATGCTTTCATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCCATTTTTTTATTA
261 GACTTATTACTAACTTTAAATGCTTTCATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCCATTTTTTTATTA
1555 AAATAG
326 AAATAG
* * * * *
1561 ATTATAATTGAATGTTTACGTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
1 ATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
1626 TTTATAGTC-ACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAA
66 TTGATAGTCTAC-CATTCCTTGAAAAGCCTTATTACCC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * ** *
1690 TTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTGATAT
129 TTGATCTTAACTTAAATTTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAAAAAAATTGAATGTCT-ATAT
* * * *
1753 TGAGAAACGTGAA-AAAAA-AGCATTTATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCAATTCTTT
193 TGAGAAACATGAAGAAAAACA-CATTCATAGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCAATTCCTT
**
1816 CAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATG
256 CAAAAGACTTATTACTAACTTTAAATG
1843 GTTTTNNNNN
Statistics
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0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
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ATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTGATAGTCTACCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
GATCTTAACTTAAATTTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAAAAAAATTGAATGTCTATATTGA
GAAACATGAAGAAAAACACATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
GACTTATTACTAACTTTAAATGCTTTCATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCCATTTTTTTATTA
AAATAG
Found at i:1943 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1546--1964 Score: 416
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1536 TAAGTCCATT
* * * * *
1546 TTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACGTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATG-CTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCAT
* ** *
1610 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGT
64 AGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGACTTATTACCCACTTTAAATGGT
1675 TTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA
129 TTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA
* * ** * * *
1716 TTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTGATATTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTTATA
1 TTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCT-ACATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATA
* * *
1781 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCAATT-CTTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGT
65 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTT-AAAAGACTTATTACCCACTTTAAATGGT
********** * *
1845 TTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA
129 TTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA
* *
1886 TTTTTCA-TTAAAAAATG-CTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTC
1 TTTTT-AGTTAAAAAA-GACTATAATTGAATG-CTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTC
*
1949 ATTGAG-AAGAAAAGTC
62 ATAG-GCAAGAAAAGTC
1965 CATTNNNNNN
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 39, Indels: 15
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 138 0.68
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.37
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TTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATAG
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGACTTATTACCCACTTTAAATGGTTT
TATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA
Found at i:3334 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2146--6320 Score: 1643
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2136 NNNNNNNNNN
*
2146 AAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * * * * * ***
2208 CGTTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTTGCATTATGGGTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT-TTAATTAA
*
2273 AACAGA-TCATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATG-AG-AA
128 AACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * * * *
2314 AAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACAC
1 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
2379 ACTTTAAATGGTTTCACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTTACTTTTTTGATTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG-TTGA-ATTTTTTAC-ATTTTAATTAA
*********** * * * *
2444 AATNNNNNNNNNNTGAATGTCTACATTA-AGAAACATGAAG-AA
128 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * *
2486 AAAGGCATTCATTG-GAAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTACCATTCCTTGAAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
********** * * * * * ** *
2549 NNNNNNNNNNTAGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAACTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTT
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTAATTA
* * * *
2614 AAACGGA-TAAAAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAGA
127 AAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAAACGTGTAGAA-A
* * * * *
2659 ATA--CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTCCTTCCAAAGACTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * **
2720 AACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAA----TT---TTTTGGTTAAAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAATTAAAA
* * ** * **
2778 CAGATTATAATTAAATGTCTATGTCA-AGAAACGTAAAG-AA
130 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * * * * * *
2818 AAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAACTCGATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACC
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
2882 CACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTAATT--
2947 AACAGACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAAC--GT-GAAA
126 AA-A-ACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * * **
2991 AAAG-CATTTATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCAATTCTTTCAAAAGATTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *********** * *
3053 TCGCTTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTAATTAA
* * * *
3118 AACAGGCTACAATTGAATGCCTACCTCAGAAAACGTGTAG-AA
128 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAAACGTGTAGAAA
********** *
3160 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
3225 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATATTAATTTTAAGTTGAACGTTTTTACATTTTAATTAAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTAATTAAAA
* * **
3289 CAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATAAAGAAA
130 CAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAAACGTGTAGAAA
*
3330 AAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGT-C----ATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTCTATTAC
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTAC
* * * * * ** ** *
3387 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGGATCAAATTTTTTGTATTATTGATTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATT-TTAATTA
* * *
3452 AAACAGATTATAATTAAATGTCTACCCAT-A-AAAACGTG-AGGAA
127 AAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CC-TGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * *
3495 AAAGGCATTCCTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * **
3560 TCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTAATTAAAA
3625 CAGACTATAATTGAAT-TCTTACCCTG-GAAAACGTGTA-AAA
130 CAGACTATAATTGAATGTC-TA-CCTGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * *
3665 AAAGCCATTAATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * * *
3730 AAGTTAGATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTAATTAAA
* ** * * *
3795 ATAGACTATAATTGAATGTCTATATCA-AGAACGTGAAGAAA
129 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * * * * * * *
3836 AAA-ACATTCATTGAAAACAGAAGTACGTTTATGGTCAT-CCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * **
3899 CACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTGAA-TTCAATTGTTTTTTACTTTTTTTGT
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AAGTTGAA---TTTTTTAC-ATTTTAAT
* ** * * * * *
3963 TAAAATAGTTTATAATTGAATTTTTACGTTGAG-AAACATGAAG-AA
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* ** * * * * * *
4008 TAAGGTATTTATTG-GCAAGAAAAATTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * * *
4072 -CTACTTTAAATGGTCTTATTATCTCAAGATTGATTTTATGTTCAATTGTTTTTATAATTTTCAC
64 TC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTA-CATTTTAAT
* * *
4136 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGA-CAAACGTGAAGAAA
125 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * * *
4182 AATG-CATTTATTG-GTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * **
4245 CACGCTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTAGC
65 CAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGA---ATTTTTTACA-TTTTAAT
* * * * * **
4309 GAAAATAGAGTATAATTGAATGTTTACATTGAG-AAACGTAAAGAAA
125 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * * * *
4355 AAAG-TATTCATTG-GCAACAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTCTTACT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * ** ** *
4418 CACTTTCAATGATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAGTTTTTTTTTGTATTTTTTAT
65 CACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AAGTT-G-AATTTTTTACA-TTTTAAT
* * * * *
4483 CAAAACATATTATAATTGAGTGTCTACCATGAG-AAACGTGAAGAAA
125 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * **********
4529 AAAG-TATTCATTG-GCAAGATAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACT
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* * * * * *
4592 CGCTTTAAATGGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTGAATTCTTTTTACATTATTAGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATT-TTAATTA
* * * * *
4657 AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTGTGAGCAATGTGAAGAAA
127 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * ****
4701 AAAG-CATTCATTG-GCAAAAAAAG-CCTATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTANNNN
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
****** * * * * **
4763 NNNNNNTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTATA-TTAAATTTTTTAACATTTTTGTAT
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA-AGTTGAATTTTTT-ACATTTTAAT-T
* * * *
4827 AAAACAGACTATAGTTGAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAG-AA
126 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * * * **********
4871 AAAG-CATTTATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * **
4934 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTATTACTTTTTTGCTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTT-T-TTAC-ATTTTAATTA
* * * * * *
4999 AAACAG-TTCATAATTGAATTTCTACGTCA-AGAAACATGAAG-AA
127 AAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * * * *
5042 AAAGGCATTCATTG-GCATGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACC
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
5106 CACTTCAAATGGTTTTATTAT-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTTTTA-ATTTTTTGA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA----TTTTTTACA--TTTTAA
* * ** * * *
5169 TTAAAACATATTATAATTGAACATCTACGTTGAG-AAACTTGAAG-AA
124 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAAACGTGTAGAAA
* * * * * * *
5215 AAAGGCATTTATT-AGCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACT
1 AAAGCCATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ********** * ** *
5279 CACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAANNNNNNNNNNAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTCA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA-TTTTAATTA
* * * * * * ** *
5344 ACATAGATTATAATTGAATATATACCTTA-ACAAATATGAAG-AA
127 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * *
5387 AAAGGCATTCATTG-GCAAGCAAATTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAC
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*** ** * ******** * **
5450 TTGTTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTTACTTTTTTGGTT
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA--AGTTGAATTTTTTAC-ATTTTAATT
* ** * * * *
5515 AAAATAGTTTATAATTGAATTTCTACATCGAG-AAACATGAAG-AA
126 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAAACGTGTAGAAA
** * * * * *
5559 AAAGGTATTCATTG-GCATGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACC
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* * * * * * * **
5623 CACTTCAAATGGTTTTATTATC-CCAAATTGATTATATGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACA-TTTTAATTA
********** * * *
5687 AAACAGACTATAATNNNNNNNNNNCCTCA-AGAAACATGAAGAAA
127 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * * *
5731 AAA-ACATTCATTG-GCAA-AAAGAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCGTCAAAAGCCTTATTAC
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* * * * ** **
5793 T--C--TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTCTTGTATTTTTGGTTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTT-TTACA-TTTTAATTA
* * * *
5854 AAACAGA-TAATAATTGAATGTTTATCTTGAG-AAACATGAAGAAA
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** * * **********
5898 ACTG-CATTTATTG-GCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * **
5960 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTATAAGTTCTAATTTTTCACTTTTTTGTTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-GAATTTTTTAC-ATTTTAATTAA
* * * *
6025 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATAGAAACATG-A-AAA
128 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGA-AAACGTGTAGAAA
* * * * ** * *
6066 AAAGGCATTTATTG-GTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATCCCTTCAAAAGCCTTATTAGT
1 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
********** * ** * **
6130 CACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTTCACTTTTTTGG
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT--G--AATTTTTT-AC-ATTTTAA
* * * * *
6195 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAG-AAACTTGAAGAAA
124 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAAACGTGTAGAAA
* * * * *
6242 AATG-CATTCATTGA-TAGTAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCATT-TTAC
1 AAAGCCATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTAC
*
6304 TCGCTTTAAATGGTTTT
64 TCACTTTAAATGGTTTT
6321 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAATTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAAACGTGTAGAAA
Found at i:3523 original size:335 final size:329
Alignment explanation
Indices: 2149--6091 Score: 1358
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2139 NNNNNNNAAA
* * * * * **
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1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * ** *
2213 TAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTTGCATTATGGGTTAAAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACATT-TTAGTTAAAACAA
* * * *
2278 A-TCATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAG-AAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCC
129 ACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGT-C
* * * * * * * * *
2341 ATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTCACAATCTCAAAA
191 ---TATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAA
* ** * *********** * **
2406 TTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATNNNNNNNNNNTGAATGTCTACATT
252 TTGATTTT-AGATCAATTTTTTGTA---TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC-CC
* *
2471 AAGAAACATGAAGAAAAAG
312 AAAAAACGTG-AGAAAAAG
* * ***
2490 GCATTCATTGGA-AAGAAATA-TCCATTTATAGTCTA-CCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACNNN
1 GCATTCATT-GACAAGAAA-AGTCCATTTATAATC-ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
******* * * * * * * * *
2552 NNNNNNNTAGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAACTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTTAAA
63 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACA-TTTTAGTTAAAA
** * *
2617 CGGA-TAAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAGAATA-CATTCATTGGCAAGAAAA
126 CAAACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * ** * * *
2680 GTCTATTATAGTCACCCATTCCTTCCAAAGACTTATTACTAACTTTAAATGGTTTCATAATCTCA
188 GTC---TATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA
* **
2745 AAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTG------G-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATGTC
249 AAATTGATTTTAGA-TCAATTTTTTGTATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-CCC
* *
2803 AAGAAACGTAAAGAAAAAG
312 AAAAAACGT-GAGAAAAAG
* * * * *
2822 GCATTCATTGGCAAGAAAACTCGATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACCCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
2887 TAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAGT-TTTTACA-TTTTAGTTAAAAC--
* *
2952 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT--GAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGT
127 A-A-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ****
3015 CTATTTATAGT-TACCAATTCTTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAANNNN
190 C----TATAGTCT-CCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTC
****** * * * * ** * * *
3078 NNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGGCTACAATTGAATGCCTACC
248 AAAATTGATTTT-AGATCAATTTTTTGTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
*
3143 TCAGAAAACGTGTAGAAAAAG
311 -CAAAAAACGTG-AGAAAAAG
* * **********
3164 CCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
3229 TAAATGGTTTTATAATCTC-ATATTAATTTTAAGTTGAACGTTTTTACATTTTAATTAAAACAAA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAA
3293 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-AT
130 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
3357 AGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCTCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATT
194 AGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCT-TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATT
3422 TTAGGATCAAATTTTTTGTATTATTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCCATAAAAAC
258 TTA-GATC-AATTTTTTGTATT-TTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCCA-AAAAAC
3487 GTGAGGAAAAAG
319 GTGA-GAAAAAG
* * * * *
3499 GCATTCCTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
3564 TAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAAA
* * * * *
3629 CTATAATTGAAT-TCTTACCCTG-GAAAACGTGTA-AAAAAAGCCATTAATTGAG-AACAAAAGT
130 CTATAATTGAATGTC-TACCTTGAG-AAACAT-AAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGT
* * * *** * * ** * *
3690 CCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAAGTTAGATGGTTTTATAATTTTAT
190 -C---TATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAA
* * * * *
3755 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACAATTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTAT
250 AATTGATTTT-AGATCAATTTTTTGT---ATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-
** * *
3818 ATC-AAGAACGTGAAGAAAAAA
309 CCCAAAAAACGTG-AGAAAAAG
* * * * * * ** * *
3839 ACATTCATTGAAAACAGAAGTACGTTTATGGTCATCCATT-CTTTCAAAAGCTTTATTACTCACT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
3903 TTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTGAA-TTCAATTGTTTTTTACTTTTTTTGTTAAA
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AAGTTGAA--G-TTTTTAC-ATTTTAGTTAAA
* *** * * * * * * *
3967 ATAGTTTATAATTGAATTTTTACGTTGAGAAACATGAAGAATAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAA
125 ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAA
* * * * * * * *
4032 TTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTAC-CTACTTTAAATGGTCTTATTATCT
188 GT-C---TATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAACCT
* * * * * * * *
4096 CAAGATTGATTTTATGTTCAATTGTTTTTATAATTTTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT
247 CAAAATTGATTTTA-GATCAA-T-TTTTTGT-ATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
** * *
4161 ACCTTGACAAACGTGAAGAAAAAT
308 ACC-CAAAAAACGTG-AGAAAAAG
* ** * * * * *
4185 GCATTTATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACGC
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC-T
* * * **
4250 TT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTTTTACATTTTTAGCGAAA
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAG----TTTTTACA-TTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
4313 ATAGAGTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAACAAAAG
125 ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
4378 TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTT-AAAAGCCTTCTTACTCACTTTCAATGATTTTTATAATCT
189 TC----TATAGTCTCCCATT-CTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCT
* * * * * * * * * *
4442 CATAATTAATTTTAAATTTAGTTTTTTTTTGTATTTTTTATCAAAACATATTATAATTGAGTGTC
247 CAAAATTGATTTTAGA-TCA---ATTTTTTGTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
* *
4507 TA-CCATGAGAAACGTGAAGAAAAAA
307 TACCCA--AAAAACGTG-AGAAAAAG
* * * * * * ********** *
4532 GTATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
4597 TAAATGGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTGAATTCTTTTTACATTATTAGTTAAAACA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA--GTTTTTACATT-TTAGTTAAAACA
* * * ** *
4662 GATTATAATTGAATGTCTA-CTGTGAGCAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGCC
128 AACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG--
* * * * ********** * ** *
4726 TATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATTTCATA
189 --TCTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAA
* * ** * * * **
4791 ATTGATTTTATATTAAATTTTTTAACATTTTTG-TATAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACTT
251 ATTGATTTTAGA-TCAATTTTTT-GTA-TTTTGAT-TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCC
* *
4855 AGAGAAACATGAAGAAAAA-
312 A-AAAAACGTG-AGAAAAAG
* * * * * ********** *
4874 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
4939 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTATTACTTTTTTGCTTAAAAC-
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAGTT-T-TTACATTTTAG-TTAAAACA
** * * ** * *
5003 AGTTCATAATTGAATTTCTACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTC
128 AACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-
* * * * * * * * *
5068 CATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCACTTCAAATGGTTTTATTA-TTCAAA
190 C---TATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAA
* * * * **
5132 ATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTTTTAATTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAACATCTAC
251 ATTGATTTT-AGATCAA-T-TTTTTGT-A--TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
*** * *
5197 GTTGAGAAACTTGAAGAAAAAG
310 -CCAAAAAACGTG-AGAAAAAG
* * * * * *
5219 GCATTTATT-AGC-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCAC
1 GCATTCATTGA-CAAG-AAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** * * * * *
5282 TTCAAATGGTTTTATAATCTCAANNNNNNNNNNAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGT-CAAC
64 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA--GTTTTTACATTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * *
5346 ATAGATTATAATTGAATATATACCTTAACAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGCAAAT
127 A-A-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
5411 TCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGTTTTAAAT-ATTTTTATAATCT
189 T-C---TATAGTCT-CCCATTCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCT
****** ** * * * * * *
5474 CAAAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGTTTATAATTGAATTTCT
247 CAAAATTGATTTTA----GATCAATTTTTTGTATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
* * * *
5539 ACATCGAGAAACATGAAGAAAAAG
308 AC-CCAAAAAACGTG-AGAAAAAG
* * * * * * * *
5563 GTATTCATTGGCATGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * *
5628 CAAATGGTTTTATTATC-CCAAATTGATTATATGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-GT-TTTTACA-TTTTAGTTAAAACA
* ********** ** *
5692 GACTATAATNNNNNNNNNNCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAA-AAAGAGTC
128 AACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTC
* * *
5756 TATTTATAGTCTCTCATT-TCGTCAAAAGCCTTATTACT--C--TAAAT-AGTTTTATAATCTCA
191 ----TATAGTCTCCCATTCT-TTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCA
* * * * * * * *
5815 TAATTTATTTTAAATTGAATTTTCTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATC
249 AAATTGATTTTAGA-TCAATTTT-TTGTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-C
*** * * **
5880 TTGAGAAACATGAAGAAAACT
310 CCAAAAAACGTG-AGAAAAAG
* * * **********
5901 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * *
5965 TAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTATAAGTTCTAA-TTTTTCACTTTTTTGTTTAAAATA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-GAAGTTTTT-ACATTTTAG-TTAAAACA
* * * * *
6029 GATTATAATTGAATGTCTACCTAT-AGAAACATGAA-AAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTC
128 AACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
6092 AATTTATAGT
Statistics
Matches: 2773, Mismatches: 662, Indels: 339
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.00
332 132 0.05
333 26 0.01
334 117 0.04
335 141 0.05
336 160 0.06
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339 64 0.02
340 118 0.04
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348 3 0.00
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAAC
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATAG
TCTCCCATTCTTTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTA
GATCAATTTTTTGTATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCCAAAAAACGTGAGAA
AAAG
Found at i:4783 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 4769--5101 Score: 230
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
4759 NNNNNNNNNN
* ** * *
4769 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTATATTAAATTTTTTAACATTTTTGTATAAAACAG
1 TAAATGGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTATATTAAATTTTTTAACATTTTAGTATAAAACAG
* * * *
4834 ACTATAGTTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTAT
66 ACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGCCTAT
*
4899 TTATAATCACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTT-
131 TTATAATCACTCATTCCTTCAAAA----------GC-CTTA
* * * * *
4939 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTTAATTTGTATT-ACTTTTTTGCT-TAAA
1 TAAATGGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTATA-TTAAATTT-T-TTAACATTTTAG-TATAAA
* * * **
5001 ACAG-TTCATAATTGAATTTCTACGTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCATGAAA
62 ACAGACT-ATAATTGAATGTCTAC-TTAGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAAAAA
** * *
5064 AGTCC-ATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTA
124 AG-CCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
5101 T
1 T
5102 TACCCACTTC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 16, Indels: 26
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
162 1 0.01
169 1 0.01
170 38 0.28
171 48 0.35
172 46 0.33
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TAAATGGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTATATTAAATTTTTTAACATTTTAGTATAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGCCTAT
TTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:7653 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6768--8340 Score: 644
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 168
6758 NNNNNNNNNN
* * *
6768 AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATT-AATTTTTT
* * * * * * *
6833 TTTTCACTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGA-GTCGAGAAACTTGAAGAAAAAG
65 TTAT-A-TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-ACCT-TAGAAACATGAAGAAAAA-
* * * * * *
6897 GCATTCATTAAGAGGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTC
124 GCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * ******
6942 AAAGGCCATT-TTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTCANNNNNN
1 AAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATT-AATTTTT
***** * * * * *
7006 NNNNCATTTTTAGTCAACATAGACTATAA-TGAAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGG
64 TTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTG-AATG-CTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAA-G
* ************ *
7070 AATTCATTGGTNNNNNNNNNNCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
125 CATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * *
7114 AAAAGCCTCATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGATCTTAAGCTTAATTTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAA-ATTAATTTTTT
** * * * * *
7179 TTACCTTTTTAGTTAAAACAGA-TAACAATTGAATTTCTACATTATGAAACATGAAAAAAAAAAG
65 TTATATTTTTAATTAAAACAGACT-ATAATTGAA-TGCTACCTTA-GAAACATG--AAGAAAAAG
* * * * *
7243 AATTCATTTG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTC
125 CATTCA-TTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** * * *
7287 AAAAGCCTTAAAACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTA-ATTTTAAATTAATTTTTT
* * * *
7351 TTATAGTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTGACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCA
65 TTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-ACCTT-AGAAACATGAAGA-AAAAGCA
* * * * *
7416 TTCATTGATAAAAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
127 TTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
********** *
7458 AAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTTATTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTAATTTTTTT
*
7523 TATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCTAG-AAC-CGCACAGAAAAAGCC
66 TATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCT-TAGAAACATG-A-AGAAAAAG-C
* * * *
7586 ATTCATTGAGAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTG
126 ATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** ********** * * *
7629 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATT-AATTTTTT
* * * ** * * * * *
7693 TGACATTTGTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCCACATTGATAAACGTGAAGAAAATGCA
65 TTATATTTTTAATTAAAACAGACT-ATAATTGAATG-CTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCA
* * * * *
7757 TTCATTGAGAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCGCTCATTCCTTC
127 TTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *********** *
7798 AACAA-CCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTCAATTTTT
1 AA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATT-AATTTTT
* ** * * * * * * * *
7862 TTTACATTTTTTGTCAAAATAAAATATAATTGAATGTCCACTTTGAGAAATATGAAGAAAAAAAC
64 TTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTT-AGAAACATGAAG-AAAAAGC
* * *
7927 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCACCTATTCCTTC
126 ATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * *
7970 AAAAGCCTCATTA-TCCGCTTTAAATAGTTTAATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTN
1 AAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTAATTTTAAATT-AATTTT
********* ** * * *
8032 NNNNNNNNNTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAC
63 TTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTT-AGAAACATGAAG-AAAAAG
* ** * * * * ** *
8097 CACTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCTTATTTCTTC
125 CATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
8141 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATT-AATTTTTT
* ********** *
8205 TTACT-TTTTTAGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAAA
65 TTA-TATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTT-AGAAACATGAAG----AAAA
* * * * * *
8269 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCAATTCCTTA
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8341 AGTTNNNNNN
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TATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCA
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* * *
9061 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTACATTTTTTGATAAAA
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**************************** * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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********* * *
9403 CTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAAATTTTTGGATAAAA
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********* ** *
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*** * * * * * *
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* * * * *
9574 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTTA-TTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTAT-GATTCAA
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* * *
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9743 NNNNNNNNNNTTCTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAATTTGTTTTACATTATTGGTTAA
1 -CTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGATAA
* ** * *
9807 AACAGA-TGATAATTGAATATCTACATTAAGAAACGTGAAGAAAAGA-CATTCATTTGCAAGAAA
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* ** ********
9870 AGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNN
125 AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCG
************ *
9915 NNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAAC
1 CTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAAC
* * * * *
9980 AAACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGGAAGCAAAGTT
66 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTC
*
10045 CATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
129 CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
10085 TTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTCAATTGTTTTTA-ATTTTTTGGTTA
1 CTTTAAA-TATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGGATA
* * * * * *
10148 AAATAGATTATAATTGAATGTGTACATTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
62 AAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAA
10213 AGTCCATTTATAGT
125 AGTCCATTTATAGT
10227 TACCTANNNN
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 235, Indels: 64
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 56 0.08
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172 205 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
CTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:10774 original size:172 final size:172
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Indices: 10596--10967 Score: 387
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
10586 NNNNNNNNNN
* ** * * *
10596 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACCTAATAGA-TTCTAGGTTCAATTTTTTTACTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATAGATTTCTAGGTTAAATTTTTTGAC-ATTT
* * * * *
10660 TTGGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAATATGAAGAA-AAGAGTATTCC-TT
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*
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* * * * * * *
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* * * ** *
10833 TAGTTAAAACAGGCTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAACAAAAGCATCCATTTAC
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* * *
10898 AGGAAAAGTCCATTTATCGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTT
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*
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10968 TC
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 31, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
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Consensus pattern (172 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATAGATTTCTAGGTTAAATTTTTTGACATTTT
TAGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATGAAAACAAAAGCATCCATTTAC
AGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
Done.