Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399857.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3090.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18445
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Warning! 1417 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3496 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23--3504 Score: 2908
Period size: 171 Copynumber: 20.4 Consensus size: 171
13 AAAGACTTAA
* * * * * * * *
23 GTGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * *
88 CCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAATCTAAAACCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
153 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTAAAAGCATGA
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * ** **
194 GTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTGACATTT-TCCTTGGCAGGCA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAACA
* * *
258 TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCGACCTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
323 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTGAAA-GCATGG
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-CTTTCAAAGGCATGG
* * * * * *
365 GTAACTATAAATGAAC-TTTCTTGCCAATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACA
* * *
428 TTCAATTATAATCTGCTTT-AGTAAAAAATGTTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGAT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
492 TATAAAACCATTTAAAGAC-AGTAATTAGGCTTTTGC-AA-GCA---
128 TATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATTAGGC-TTT-CAAAGGCATGG
* * * * * **
533 -TGA--AT--A--GACTTTT-TTAACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGATAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * * *
590 ATCAATTATAATCTATTTTAACTAAATATGTGCAAAAAA-TCAATCTAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
654 ATAAAACTATTTAAACCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGG--TGT
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * *** * * *
695 GTGTAATCATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAATAACTTTTTCTTTACATTT-TCTAAGGTAAA
1 GTG-ACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAA
* * * * *
759 CAATCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTTAACATAAAATCAACTATGAGA
63 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* *
823 TTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGG
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* *** * *** * * *
868 GTGACAATAAATACTCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTGTGTTT-TCTAGGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACA
* * * * * * *
932 ATCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAGACAGTTGAACTTAAAATCAATTATTAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
996 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * **
1039 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GTCTTTTTTTTCACGTTTTTTGAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
* * *
1103 TTGAATTATAATCTGTTTT--CGTAAAAAATTTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAAC-T-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
1166 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * ** * ***
1210 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATCAATAACTTTTTT-TTCATGTTT-TCCAAGGCCGGC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAAC
* * * * * * * *
1273 ATTCATTTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATA
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * ** * *
1338 ATAGAACTATTTAAAGCAACTAATTACGCTTTTGAAGGTATAG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* ** * * *
1381 GTAACTATAAATATACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTGC-CAAGGCAAATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAACA
* * *
1445 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAATATGTACAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
1510 TAAAACCATTTAAACCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGCGTGC
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * * * * *
1552 AT-AATCATAAATGGACTTTTCTTACCATTGAATAGCTTTTTTC-TGAGGTTTCCCGACGTAAAC
1 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * * * *
1615 ATTCAATTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
1680 ATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTCAAAGGTATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * *
1723 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GTCTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGAAAATAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * *
1787 TCAATTAGAATATGTTTTAAC-AAAAGAT-TTAAAAAATTCAATCC-AAAATCAATTATGAGATC
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
1849 ATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * ****
1892 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTTTTTTTCATGTTT-TCCGAGATTGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAAC
* * * *
1956 ATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAAGTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
2020 AATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTATGC-TTCTAAAGGCGTGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTC-AAAGGCATGG
* * * * * * * *
2064 GTAACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGTC-TACG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-CAAAC-
* * * * * *
2128 ATT-AATTATAATCTATTTTTAA-AAAAAAGGTATAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATCAGAT
64 ATTCAATTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
2191 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* ** * * * *
2235 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * *
2300 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATG-AAAAAAA---AACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
2361 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGG
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * * ** ** * *
2402 GTGCCCACAAATGAAC-TATCATTTCTAATG-ATAGTCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGTTAGAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAAC
* * *
2465 ATTCAATTATAATCTGTTTTCA-TCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
2529 TATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATTAGTCTTTTGAAA-GCATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGC-TTTCAAAGGCATGG
* * * * * * *
2573 GTAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCTCGTTT-TCTGAGGTAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACA
* * * * *
2637 TTCAATTATAATTTGGTTTAACCACAAATGT-AAAAAATT-ATGACCTAAAATCAATTATGAAAT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA--ACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
2700 TAAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCTTGG
128 T-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * *
2745 GTGACTAGAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * * * *
2810 TCAATTATAATTTGTTATAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGACATT-T
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
2874 CAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
131 -AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * *
2916 TTGACTATAAATCGATTTTTCTTGTCAATGAA-AGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * *
2980 TTCAATTATAATTTGTTTTAA-TCATAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGA-AGT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA-T
* * *
3043 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * * ***
3087 GGGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTGGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * ** * *
3152 TCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAGGTTTAACTTAAAAATCAATTATCG-GAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTAT-GAGAT
* *
3216 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * ** * * * * *
3260 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTGTCGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * * *
3325 TCAATTATAATCTATTTGAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTGT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ** *
3390 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGAATTTTGAAGGCATGA
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
* *** * * * * *
3431 GTAACTATAAACAAACTGTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTACACGTTTCTCAAGACAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
*
3496 TCAAATATA
66 TCAATTATA
3505 TGTAAAAATT
Statistics
Matches: 2663, Mismatches: 547, Indels: 202
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 6 0.00
161 53 0.02
162 64 0.02
163 6 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 5 0.00
167 131 0.05
168 6 0.00
169 105 0.04
170 146 0.05
171 1693 0.64
172 301 0.11
173 140 0.05
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
Found at i:3634 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 3357--3655 Score: 336
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
3347 GAAAATGTAA
* * * *
3357 AAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGAATTTTG
1 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGAATTCTG
* * * *
3422 AAGGCATGAGTAACTATAAACAAACTGTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTACACGTTTC-TCA
66 AAGGCATGAGTAACCATAAACAAACTGTTCTTGCAAATAAATGATTTTTTCTACACATTTCTTCA
3486 AGACAGACATTCAAATATATGT
131 AG-CAGACATTCAAATATATGT
** *** *
3508 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATTATTTAAATTGAGTAATTA-AGCTTCT
1 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGA-ATTCT
* * * * * *
3572 GAAGGCGTGCA-TAACCATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACATTTCT
65 GAAGGCATG-AGTAACCATAAACAAACTGTTCTTGCAAATAAATGAT-TTTTTCTACACATTTCT
* *
3635 TCAAGTAGACATTCAATTATA
128 TCAAGCAGACATTCAAATATA
3656 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 22, Indels: 8
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.02
151 114 0.93
152 6 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (151 bp):
AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGAATTCTG
AAGGCATGAGTAACCATAAACAAACTGTTCTTGCAAATAAATGATTTTTTCTACACATTTCTTCA
AGCAGACATTCAAATATATGT
Found at i:4512 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3764--5401 Score: 1129
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 171
3754 NNNTTTCATG
* * * * * * * * *
3764 AGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAACAAACTCAACTTAAAAACAAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * ********** * * *
3829 AAGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTNNNNNNNNNNTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATGG
** * * ** **
3894 ACTTTTCTTATCAACGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTT
131 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * *
3935 A-GTAGACAATCAATTCAAATATGTGTTTC-ACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATT-ATA-ATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* ** * * *
3998 TTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGT-ATTAAGATTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAA
* * * ** *
4062 TGAAGTTTTCCT-CCTAAACAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCA
128 TGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* ** *
4106 AGGTAGACATTCACTTATAATCTGCTTT-AATGAAAAATATAAAAACAATTCAACCTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTCAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAA
* ********** * *
4170 TTATGAGATAATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATG-AA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA-GAAA
* * *
4234 -GGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCTTA
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * ** * * *
4276 AGGTAGACATTGAATTATAATTTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAACCTACAACATAAAATTAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * *
4340 TATGAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATG
* * * * * *
4405 TACTTGTCTTACCAATGAATGGGTTTTACTTCATGTTTCTTA
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * * *
4447 AGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAATATTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * * * **
4512 ATGAGATTAAAAAACCATTTAACGTGCGCAA-TAGGGCTTTCAAAGGC-TCAAGTGACTAGAAAT
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTAGAAAT
* ** * *
4575 GGACTTTTCTTGCCAATCAATAACTTTTTTTTTCATGTTGCTCA
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * * * *
4619 AGATAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * * * * * *
4684 ATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATGAGGCTTTTGAATGCATAGGTAACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATGG
* * * ****
4749 ACTTTTCTTGCCTATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTNNNN
131 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
****** * * * * *
4790 NNNNNNACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
** * * * * *
4855 TTATCTGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAAT
* ** *
4920 GGACTTTTCTTGCGAATGAATGGC-TTTTCTTCACATTTCTCG
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * * * * * *
4962 AGTTAGATATTCAATTATAATATGTTTTC-ACTAAAAATGTAAGAGAATTTAGCTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * * * *
5026 TAGGAGATCATAAAACAATTTAAAACAAGTAATTAGGC-TTCTGAAGACATGGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTAGAAAT
**********
5090 GGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCA
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CA
* * * * * *
5133 AGGTAGATATTTAATTATAATATGTTTGAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * * * * * *
5197 TATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTCAGTAGAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATG
* * * * **
5262 AACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTT-TAT-ATATTTCTTG
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCA
** * * *
5303 AGGTAGACATTTGACTATAATCT-ATTCAAACCAAAAATG-AAAAAATATTCAACCTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTC-AACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAA
*
5366 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATTA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA
5402 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 1138, Mismatches: 293, Indels: 73
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 76 0.07
170 260 0.23
171 444 0.39
172 256 0.22
173 101 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAGAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
Found at i:4768 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 3880--5401 Score: 1076
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 336
3870 AAAGGCATGA
* ** * ** **
3880 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAACGAAT-GCCTTTTTCTTCACATTTCTTTA-GTAGACA
1 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTT-TTTTCATTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * *
3943 ATCAATTCA-AATATGTGTTTCACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
64 TTCAATT-ATAATCTAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * * *
4007 TATAAAACCATTCAAAGCGAGT-ATTAAGATTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGAAGTTTT
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-AGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * *
4071 CCT-CCTAAACAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTGCTTT-
190 CTTACC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATATG-TTTC
** * * * * **********
4134 AATGAAAAATATAAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACNNNNNNNNNNGA
252 AACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAA-CTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTG-
* ** *
4199 GTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGG
314 GTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TAG
* * * * *
4223 GTAACTATG-AA-GGACTTTTCTTACTAATGAATGGC--TTTTTTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
1 GTGACTA-GAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTCA--TTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * * * *
4284 ATTGAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAACCTACAACATAAAATTAATTATGAGATT
63 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
4349 ATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATGTACTTGTCT
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
4414 TACCAATGAATGGGTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTCAACA
192 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACA
* * *
4479 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAATATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAACGTGCGCAAT
256 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTG-GTAAT
* *
4544 AGGGCTTTCAAAGGCTCAA
319 AAGGCTTTCAAAGGCT-AG
* * *
4563 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATAACTTTTTTTTTCATGTTGCTCAAGATAGACA
1 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTCAT-TT-CTCAAGGTAGACA
* * *
4628 TTCAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAA
64 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
4693 TAAAACCATTTAAAGTGAGCAATGAGGCTTTTGAATGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ********* * *
4758 GCCTATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTNNNNNNNNNNACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAA
193 ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACAA
* * * **
4823 AAAAGGTAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCTGATTATAAAACCATTTAAAACGT-GTA
257 AAAATGT--AAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT--AACGTGGTA
*
4887 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
317 ATAAGGCTTTCAAAGGC-TAG
* * * * ** * * *
4908 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTCGAGTTAGATATT
1 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTCATTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * * * * *
4973 CAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATGTAAGAGA-ATTTAGCTTAAAATCAATTAGGAGATCAT
66 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
5037 AAAACAATTTAAAACAAGTAATTAGGCTTCTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTN
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
********* * * * *
5102 NNNNNNNNNGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGATATTTAATTATAATATGTTTGAATC-A
194 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTCAA-CAA
* *
5166 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGCGT-GTAAT
257 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT-AA-CGTGGTAAT
5230 AAGGCTTTCAAAGGCTTAG
319 AAGGCTTTCAAAGGC-TAG
* * * * * **
5249 GTCAGTAGAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTTATAT-ATTTCTTGAGGTAGACAT
1 GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTT-TTTCATTTCTCAAGGTAGACAT
** * ** * *
5313 TTGACTATAATCTATTCAAACCAAAAATGAAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
5378 AAAACCATTTAAACCGAGTAATTA
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA
5402 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 227, Indels: 64
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.01
340 64 0.07
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343 343 0.37
344 5 0.01
345 94 0.10
346 3 0.00
347 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTTTCATTTCTCAAGGTAGACATT
CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTGGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTAG
Found at i:5363 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3764--5401 Score: 1003
Period size: 343 Copynumber: 4.8 Consensus size: 340
3754 NNNTTTCATG
* * * * * * * ** *
3764 AGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAACAAACTCAACTTAAAAACAAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATT
* * * ********** * *
3829 AAGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTNNNNNNNNNNTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAG-GTGACTAGAAATG
** * * ** *
3893 GACTTTTCTTATCAACGAAT-GCCTTTTTCTTCACATTTCTTTAG-TAGACAATCAATTCA-AAT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTT-TT-ATATTTCTCGAGATAGACATTCAATT-ATAAT
* * * * * *
3955 ATGTGTTTCACAAAAAATGTAAAAAA-ACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
191 CTAT-TTTAACCAAAAATG-AAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATT
* * ** * * * * * * * * **
4019 CAAAGCGAGT-ATTAAGATTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTAGAAATGAAGTTTTCCT-CCTAAAC
254 TAAAACGAGTAATT-AGGCTTCTGAATGCATAG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCT-ATG
*
4081 AATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCA
316 AATGACTTTTTCTTCAAGTTTTC-CA
* * ** * * *
4106 AGGTAGACATTCACTTATAATCTGCTTT-AATGAAAAATATAAAAACAATTCAACCTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATG-TTTCAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAATTCAA
* ********** * * ** * * *
4170 TTATGAGATAATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATG-AA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTA-GAAA
* * * * ** * * *
4234 -GGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTGAATTATAATT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTT-ATATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATC
* * ** * * * * *
4298 TGTTTTAATCAAAAAT-ATAAAAACCTACAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
192 TATTTTAACCAAAAATGA-AAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTA
* * * * * * * * * * *
4362 GAGCGAGTAATTAGGCTT-TCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATGTACTTGTCTTACCAATGAATG
256 AAACGAGTAATTAGGCTTCT-GAATGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATG
** * * *
4426 GGTTTTACTTCATG-TTTCTTA
320 ACTTTTTCTTCAAGTTTTC-CA
* * * *
4447 AGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAATATT-AAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-ATTCAAT
* * * * * * * *
4511 TATGAGATTAAAAAACCATTTAACGTGCGCAATAGGGCTTTCAAAGGCTCAAGTGACTAGAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTAGAAATG
* * * * *
4576 GACTTTTCTTGCCAATCAATAACTTTTTTTTTCATGTTGCTCAAGATAGACATTCAATTTTAATC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTAT-AT-TT-CTCGAGATAGACATTCAATTATAATC
* * *
4641 TATTTTAACCAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAA
192 TATTTTAACCAAAAATGAAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAA
** * * *
4706 AGTGAGCAATGAGGCTTTTGAATGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGAC
257 AACGAGTAATTAGGCTTCTGAATGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGAC
****
4771 TTTTTCTTCAAGTTTNNNN
322 TTTTTCTTCAAGTTTTCCA
****** * * * * *
4790 NNNNNNACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAATTCAA
** * * * *
4855 TTATCTGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTAGAAAT
* * * * * * *
4920 GGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTCTCGAGTTAGATATTCAATTATAATAT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTT-TTTATATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * * *
4985 GTTTTCACTAAAAATGTAAGAGAAT-TT-AGCTTAAAATCAATTAGGAGATCATAAAACAATTTA
193 ATTTTAACCAAAAATG-AA-AAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTA
* * * **********
5048 AAACAAGTAATTAGGCTTCTGAA-GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNG
256 AAACGAGTAATTAGGCTTCTGAATG-CATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATG
* *
5112 GCTTTTTCTTCATGTTTTCCA
320 ACTTTTTCTTCAAGTTTTCCA
* * *
5133 AGGTAGATATTTAATTATAATATGTTTGAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAT
* * * *
5197 TATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTCAGTAGAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTAGAAATG
* * * * ** *
5262 AACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTTATATATTTCTTGAGGTAGACATTTGACTATAATCTA
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTT-TATATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTA
** * *
5327 TTCAAACCAAAAATGAAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAC
194 TTTTAACCAAAAATGAAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAA
5392 CGAGTAATTA
259 CGAGTAATTA
5402 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 266, Indels: 69
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 67 0.07
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343 368 0.37
344 12 0.01
345 96 0.10
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTAGAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTTATATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTATT
TTAACCAAAAATGAAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAACG
AGTAATTAGGCTTCTGAATGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGACTTTT
TCTTCAAGTTTTCCA
Found at i:6401 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5512--7557 Score: 1687
Period size: 170 Copynumber: 12.0 Consensus size: 169
5502 NNNAAGCTTA
* * * * **
5512 ATTATTCGGTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTGAACATATTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTT
* * * * * *
5576 GGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAACATGTAA-CAAAAGCCATTTATTGGC
65 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* ********* * *
5639 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCNNNNNNNNNNAATCCTA
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTGAAAGCCTT
* *
5681 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * *
5746 GATTAAAATAGATTATAATTAAATATATACCTTGGAAAAAGTGGAAGAGAAAGCTATTCATTAGC
66 G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
** * * *
5811 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAGGCCTT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAGCCTT
**
5853 ATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGGAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 ATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * *
5917 TGGTTAAGACATATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAGAAAGCCATTCAATGGC
65 T-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * *
5982 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGTCTA
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCCTT
* * *
6024 ATTGA-TAGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTT
1 ATT-ACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
6087 TTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATTAG
64 TT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G
* *
6152 G-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAAGCCTT
127 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGA-AAGCCTT
* * * * *
6195 ATTACAT-ACTTTAAATAGTTTTATAATTTGATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTACCTT
1 ATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTTACATT
* * * **
6259 TTTGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTATACCTTGGGAAACCT-AA-AAAACAGTGATTCATTG
63 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTG
* * * *
6322 GCAAGTAAAGTCCATCTATAGTTATCCATGCCTTGAAAGCCTT
127 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCCTT
* * * * * * *
6365 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTGGAATTTGTTCACATTGAT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TT
* * * ** * * * * *
6430 TGTTAAAACAGATCATAATTGAATGCCTACCTCGAAAAACCTGAGGAAAAAGCCATTTAATGGTA
65 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* ** *
6495 AGAAAAGTCCATTTATGGTTC-TGCATACCTTCGAAAG-CTT
130 AGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTT-GAAAGCCTT
* * * *
6535 AATTACTCAG-TTTAAATAG-TTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTGTACATAT
1 -ATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T
* * * * * * ** * *
6598 TTAGATAGAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGA
63 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * ***
6663 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTC-CCCATGCCTTCAAAATTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTGAAAGCCTT
* * * * * *
6705 AATAACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTT
1 -ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* * * * * *
6770 TTGTTAAAACAGATTATAATT-AGATGTGTATCTTGGGAAACAT-AAAAAAAAACCATTCATTTG
64 TTGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
** * * *
6833 CAAGAAAAGTAGATTTATAGTCGCCCAAGCCTTTGAAAGCTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAGCCTT
* ** * *
6876 TTTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
6941 GGTAAAAGCAGATTATAGTTAAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGGCCA-TCATTAGC
66 GTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGC
* * * *
7005 AAGGAAAGTCCCTTT-TAGTCACCCATACCTTTGCAAGCCTT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAGCCTT
* * *
7046 ATTACTCGGTTAAAATAGTTTTATAATC-CGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* * *
7110 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCGGGAAACATAAATAAAAAAGCCATTCATTG
64 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
7174 GCAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTA
127 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCCTT
* * * * * * *
7218 ATTACTCGCTTTAAATGAG-TTTACAGTCTCATAATTGATTCTAGGTAGAATGTTTTTGCATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *** * *
7282 TCATTAAAACAGATTATAAGTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTAGG
65 T-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GG
* * * *
7347 -AGGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTGAAAGCCTT
* * * * *
7389 ATTACTCACTTTGAATAGTTTTATACTCT-ATAATT-AATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTAC-ATTT
* * * * * *** * * * **
7452 TTGTGAAAACATATTCTAATTG-ATAGTATGCCTCAAGAAACATGGAGAAAATGGTATTCATTGG
64 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
*
7516 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAGCCT
7558 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1509, Mismatches: 308, Indels: 119
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 118 0.08
170 578 0.38
171 508 0.34
172 277 0.18
173 19 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCCTT
Found at i:7494 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5681--7557 Score: 1016
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
5671 NNNAATCCTA
* * * * * *
5681 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC-ATTTT
1 ATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCT-ATAATTAATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTT
* * * * * * * *
5745 TGATTAAAATAGATTATAATTAAATA-TATACCT-TGGAAAAAGTGGAAGAGAAAGCTATTCATT
65 TG-TTAAAACAGATTATAATT-GATAGTAT-CCTCGGGAAACA-T-AAAAAAAAAGCCATTCATT
* ** * * * * **
5808 AGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAGGCCTTATTACAT-GCTTTAAATAGT
125 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATTAC-TCGCTTTAAACGGT
* * * * * * * * *
5872 TTTATAATCTCATAATTGATT-TGGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAGACATATTATA
189 TTTACAATCTCATAATTGATTCT-AAGGTAAATGTTTTTACATTGTTAGTAAAAG-CAGATTATA
* * * ** * * * * *
5935 ATTAAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAGAAA-GCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTA
252 GTTAAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCCA-TCATTAGCAAGGAAAGTCCATTT-
* * *
5998 TAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGTCTA
314 TAGTCACCCAT-ACCTTTGAAAGCCTT
* * *
6024 ATTGA-T-AGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTCTTA-TA
1 ATT-ACTCA-C-TTAAAATAGTTTTATAATCT-ATAATT-AATTTAAGGTTGAATTTTTTTACT-
* * * ** * * *
6084 TTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGA-A-TATCTAACTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAATC
60 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGATAGTATC---CTCGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTC
* * *
6147 ATTAGG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-AGAAGCCTTATTACAT-ACTTTAA
122 ATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGCCTAATTAC-TCGCTTTAA
** * * * * * * * * *
6209 ATAGTTTTATAATTTGATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTACCTT-TTTGTTAAAA-CAG
184 ACGGTTTTACAATCTCATAATTGATTCTAAGGT-AAA-TGTTTTTACATTGTTAG-TAAAAGCAG
* * * * *** * * *
6272 GTTATAATTGAATGTATACCTTGGGAAACCT-AA-AAAACAGTG--ATTCATTGGCAAGTAAAGT
246 ATTATAGTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AG-GCCA-TCATTAGCAAGGAAAGT
* * * *
6333 CCATCTATAGTTATCCATGCC-TTGAAAGCCTT
308 CCAT-TTTAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
* * * * * * * * **
6365 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAA-GTGGAATTTGTTCACATTGA
1 ATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCT-ATAATTAA-TTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTT
* ** * * ** * *
6429 TTGTTAAAACAGATCATAATTGA-ATGCCTA-CCTCGAAAAACCTGAGGAAAAAGCCATTTAATG
64 TTGTTAAAACAGATTATAATTGATA-G--TATCCTCGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTG
* * ** * * * **
6492 GTAAGAAAAGTCCATTTATGGTTC-TGCATACCTTCGAAAGCTTAATTACTCAG-TTTAAATAG-
126 GCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTC-GCTTTAAACGGT
* * * * * *
6554 TTTATAATCTCTTAATTGATT-TTAGGTTTAAT-TTTTGTACATAT-TTAGATAGAA-CTGATTA
189 TTTACAATCTCATAATTGATTCTAAGG-TAAATGTTTT-TACAT-TGTTAG-TAAAAGCAGATTA
* * * * * * * * *
6615 TAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTTATT-GACAAGAAAAGTCTATT
250 TAGTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCCA-TCATTAG-CAAGGAAAGTCCATT
* * ***
6678 TATAGTTC-CCCATGCC-TTCAAAATTTT
313 T-TAG-TCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
6705 AATAACTCGCATT-AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TATT
1 -ATTACTCAC-TTAAAATAGTTTTATAATC-TATAATTAATTTAAGGTTGAATTTTTTTACT-TT
* *
6768 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTAGATGTGTAT-CTTGGGAAACATAAAAAAAAA-CCATTCATT
62 TTTTGTTAAAACAGATTATAATT-GAT-AGTATCCTCGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATT
* ** * * * **
6831 TGCAAGAAAAGTAGATTTATAGTCGCCCAAGCCTTTGAAAGCTTTTTTACTCGCTTTAAACGGTT
125 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAACGGTT
* * * * *
6896 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTAAAAGCAGATTATAGTT
190 TTACAATCTCATAATTGATTCTAAGGTAAATGTTTTTACATTGTTAGTAAAAGCAGATTATAGTT
* * *** ** *
6961 AAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGGCCATCATTAGCAAGGAAAGTCCCTTTTAGTCA
255 AAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCCATCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTTAGTCA
*
7026 CCCATACCTTTGCAAGCCTT
320 CCCATACCTTTGAAAGCCTT
** * * * *
7046 ATTACTCGGTTAAAATAGTTTTATAATCCGATAATTGATTTTAA-GTTAAATTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAAT-CTATAATT-AATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTT
* *
7110 TTGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACTTCGGGAAACATAAATAAAAAAGCCATTCATTG
64 TTGTTAAAACAGATTATAATTGATA-GTAT-CCTCGGGAAACATAAA-AAAAAAGCCATTCATTG
* * ** *
7174 GCAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGAG-T
126 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAACG-GTT
* * * *
7238 TTACAGTCTCATAATTGATTCT-AGGTAGAATGTTTTTGCATTTTTCATTAAAA-CAGATTATAA
190 TTACAATCTCATAATTGATTCTAAGGTA-AATGTTTTTACATTGTT-AGTAAAAGCAGATTAT-A
* *
7301 G-TAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTGATTAG-GAGGAAAAGTCCATTTC
252 GTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCCA-TCATTAGCAAGG-AAAGTCCATTT-
*
7363 TAGTCACCCA-AGTCTTTGAAAGCCTT
314 TAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTT
** *
7389 ATTACTCACTTTGAATAGTTTTATACTCTATAATTAATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTT
1 ATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTATAATTAATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTT
* * * ** ** * * ** *
7454 GTGAAAACATATTCTAATTGATAGTATGCCTCAAGAAACATGGAGAAAATGGTATTCATTGGTAA
66 GTTAAAACAGATTATAATTGATAGTAT-CCTCGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAA
7519 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
7558 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 246, Indels: 174
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 9 0.01
339 51 0.04
340 215 0.18
341 398 0.33
342 345 0.29
343 140 0.12
344 36 0.03
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTATAATTAATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTT
GTTAAAACAGATTATAATTGATAGTATCCTCGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAACGGTTTTACAA
TCTCATAATTGATTCTAAGGTAAATGTTTTTACATTGTTAGTAAAAGCAGATTATAGTTAAATGT
CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCCATCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTTAGTCACCCATA
CCTTTGAAAGCCTT
Found at i:9717 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8224--10461 Score: 1801
Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 171
8214 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
8224 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * * * * * * *
8289 TTGGGAAACCT-AAGGAAAAAGCCTTTCAATGGTAAGAAAAATCCATTTATGGTTACACACGCAT
66 TTAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
** *
8353 TCGAAAG-CTTAATTACTCGGTTTAAATGGTTTAATAATCTCA
130 TCGAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
8395 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCGAATTTC-ATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-C
* * * * *
8459 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGCCACCCAAGCTT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
* * *
8524 TCGAAAGCCTTATTACACACTTTCAATGGTTTTATATTCTCA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** * * *
8566 TAATTGAATTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCGAACATATTATAATTAAATATCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * ***** * * *
8631 TT-GGAAAACATGAAGGAAAAGCCATTCAACAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACT
66 TTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
* * *** * *
8695 TCGAAAGCCTAATTATTTGTTTTAAATTGTTTTATGATCTCA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
8737 TAATTGATTGTAAGCTAAATTCTCTTACATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAATATCTAAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * *
8802 TTAAGAAATGTGAAG-AAAAGCCATTCATTCGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTT
* * ** * *
8866 TGAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATGGTTTTTTAAT-TGGA
131 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CA
* * * *
8907 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * *
8972 CTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATAGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCAT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
* * *** * *
9037 TCAAAAGCCTAATTACTTGTTTTAAAAGGTTTTATTATCTCA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
9079 TAATCGATTTGAGGTTGAATCTTTGTATATTTTTTGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTCTACA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * ** * * * ***
9144 TTGGGAAACGTAAAAAAAAAGTTATTGATTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCATTTAAGCCTT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTT
* * * * * *
9209 CAAAAGCCTTGTTGCGT-ACTTTAAATAGTTTTGTAATTTCA
131 CGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
9250 TAATTAATATTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGT-TCGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-AC
* * * * *
9314 CTTAAGAAACATGAAG--AAA---ATTCATTAGCAAGAGAAGTACATTTCTAGTCATCGAAGCCT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
* ** * * *
9374 TCGAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTATCTTA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * * *
9416 TAAATGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * **
9481 TTACGAAACATGAAAAAAAAAACTTATTGC-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTTAAGC
66 TTAAGAAACATG-AAGAAAAAGC-CATT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGC
* * * * *
9545 CTTTGAATGCCTTATTGCGCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
9589 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
9653 TTAAGAAACATGACA-AAAAACCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTCTAATCACTCAAGCCT
66 TTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
* * *
9717 TCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
9759 TAATTAATTTTAGGTTGTAGTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AAAGTTATAATTCAATGTCTAT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTAC
*** * * * ** * * * * *
9823 CTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGATAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCT
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCT
*
9888 TCGAAAGCCTTATTACAT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
130 TCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
9930 TAGTCGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * ** * * * * * * *
9993 TCAAGAAGCATTAACTAAAGGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTT
* *** * *
10058 CGAAAGCCTAATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
131 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
10099 TAATT-AGTTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTGTTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * ** * * *
10163 CCTCT-AGAAAGGA-GAAGAAAAAGCCATTAATTGATAAGAAAAGTCCATTCCCAATCACCCAAG
64 CCT-TAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAG
* *
10226 CCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
127 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** *
10271 TAACTGATTTTAAGATGATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-
* * * *
10336 C-CAAG-AACATGAAGAAAAAGCCATTAATTAGCAAGAAAAGTCTATTT-TCAGTCACCCAAGCC
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCT-AGTCACCCAAGCC
* * * *
10398 TTTGAAAACGTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
10441 TAATTGATTTTAAGATGAATT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT
10462 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1642, Mismatches: 384, Indels: 83
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 125 0.08
167 3 0.00
168 2 0.00
169 129 0.08
170 314 0.19
171 709 0.43
172 268 0.16
173 90 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:11277 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10701--11645 Score: 540
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 168
10691 TAAAGAAATA
* * *
10701 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAATA-TCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAA-AGTCCATTTACAGTCATCCATACCTTTAAAAGCCT
********** * * * * **
10765 TATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATACTCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTT-AGTTGAATTGTTTTAAATTTT
* * *
10830 TGATTAAAACATATTATTATTGAATGTTTACCTCAGAAAACA-
128 T-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAA-AG
* * * * * ** *
10872 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCACTTATAGTCATCCATATCTTCAAAAGTGTA
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATACCTTTAAAAGCCTT
* * * * * * *
10937 ATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCCAATAATTGATTTTAGTAGAATTTTTTTTATATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGTTGAA-TTGTTTTAAATTTTT
* * * * * *
11002 GGTTAAAACATATTATACTTAAATATCTACC-TCGAGAAACG
129 -ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAAAG
* * * *
11043 TGAAGAAAAACCCATTCATTGAGAAGACAAGTCCATTT-CTAGTCATCCAAACCTTTGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTAC-AGTCATCCATACCTTTAAAAGCCT
*
11107 TATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAAATTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTA-GTTGAATTGTTTTAAATTTT
* * * * *
11172 TACTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAAAG
128 TA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAAG
* * * * *
11214 TGAAGAAAAAGGCATTCTTTGGTAAGAGAAGTCTATTTACAGTC-TCCCATGCCTTTAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCAT-CCATACCTTTAAAAGCCT
* ********* ** * *
11278 TATTACTTGCTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTGATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATTTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGATTTT-AGTTGAATTGTTTTA-----
* * *
11342 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAATG
122 -AATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAAAG
* * * * * * *
11390 TAAAGAAAAAGTCATTCAATGGGGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTTGAAAGCGT
1 TGAAGAAAAAGCCATTC-AT-TGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATACCTTTAAAAGCCT
********** * * * *
11454 TATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGGTTGAATTTTTTTACATTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTA-GTTGAATTGTTTTAAATTTT
* * * * * *
11519 TAACTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACG
128 T-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAAAG
* ** * * * * *
11561 TGAAGAAAGAGGTATTCATTGATAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATACCTTTAAAAGCCTT
* * *
11626 ATTGCGCACTTTAAATAGTT
65 ATTACTCGCTTTAAATAGTT
11646 AAAACAGATT
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 157, Indels: 62
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 23 0.04
171 422 0.72
172 13 0.02
175 4 0.01
176 110 0.19
177 11 0.02
178 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATACCTTTAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTAT
TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAAG
Found at i:12127 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11641--13051 Score: 1250
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
11631 GCACTTTAAA
* * * * * * * * * *
11641 TAGTTAAAACAGATTATACTTGAATATCTACCTCGATAAACCTGAGAAAAAAGTCATTCAATGGT
1 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * *
11706 AAGAAAAATCTATTTATAGTTACACACT-CCTTTGAAAGCTTAATTACTCGA-TTTAAATTATTT
66 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCA-TGCCTTTAAAAGCCTAATTACTC-ACTTTAAATGATTT
* * *
11769 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGTACATATT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * *
11812 TGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTAATTG
1 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAA-AAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * *
11876 ACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCTA-TTTAAAT-AGT
64 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTC-ACTTTAAATGA-T
* *
11939 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAGTTTTTTAAATTTT
127 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
11984 TAGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGAC
1 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * *
12049 GAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACATTCCTTTGAAAGCCTAATTACTCACTATAAATGATTTTA
66 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * * *
12114 TAATCTGATAATTGATCTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTGT
131 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTT-T
* * * * * *
12156 TTGTTAAAACAGATTATAATT-ATTTGTTTTCCCT-AGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTG
1 TAGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * *
12219 GTAAGAAAAGTCTATTTATTGTAACCCATGTCTTTAAAAACCTAATTACTCACTTTAAATGGTTT
64 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTT
* * *
12284 AATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTGTTTTACATTTT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * *
12327 T--TTAAAAATAGATTGTAATTGATTGTCTACATTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGG
1 TAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
12390 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAACTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTT
* *
12455 ATAATCTCCTAATTGATTTTA-GATAGAATTTTTTTAACATTTT
130 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTA-AATTTTTTT-ACATTTT
* * * * * *
12498 T-GACTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGGAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
1 TAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
12561 GCAAGAAAATTC-ATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCTTAATTACTCACTTCAAAT-AGTT
64 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGA-TT
* * *
12624 TTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA--TTTTTACA--TA
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * *
12664 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGGGCAACGT-AAAGAAAAA-CTCATTCATTG
1 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAA-AAAAAGC-CATTCATTG
* * * * * * *
12727 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGACTTTAAAATCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTT
64 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTT
*
12792 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * * *** * *
12835 TAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTTAATTGGGAAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTAG
1 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAA-AAAAAGCCATTCATTGG
* ** * * * * * * * * * *
12899 CAAAAAAAAGTAAAATTATAGTCATCGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATG-GTT
65 C-AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTT
* * *
12963 TATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * *
13006 TCA-TGAAAGCAGATTATAACTGAATGTCTG-CTTTAGGAAACGTGAA
1 T-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAA
13052 GAGAAAGGCT
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 182, Indels: 69
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.01
166 54 0.05
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Consensus pattern (171 bp):
TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
Found at i:12278 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11641--13051 Score: 1344
Period size: 343 Copynumber: 4.1 Consensus size: 340
11631 GCACTTTAAA
* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
11769 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGTACATATTTGGTTCAAACAGATTATAATTG
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
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* * * *
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* *
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321 AGTTAAA-TTTTTTACATTTT
* * * *
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* * * * * *
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66 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * *
12114 TAATCTGATAATTGATCTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTGTTTGTTAAAACAGATTATAATT-A
131 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * *
12178 TTTGTTTTCCCTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTGTAA
195 -ATGTCTTACTTAGGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCA
* * * * * *
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258 CCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
12308 TTAAATTGTTTTACATTTT
323 TTAAATT-TTTTACATTTT
* * * * * * * * * * * *
12327 T-TTAAAAATAGATTGTAATTGATTGTCTACATTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGGC
1 TAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGGC
* * * * * *
12391 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
66 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * * * *
12456 TAATCTCCTAATTGATTTT-AGATAGAATTTTTTTAACA-TTTTTGACTAAAGCATATTATAATT
131 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT-ACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
* *
12519 GAATGTC-TACCTTAGGGAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCATTTATAGT
193 GAATGTCTTA-CTTA-GGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGT
* * * * * *
12582 TACCCATGCCTTCAAAATCTTAATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
256 CACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
12647 CGTTGAA-TTTTTACA--TA
321 AGTTAAATTTTTTACATTTT
* * * * * *
12664 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGGGCAACGT-AAAGAAAAACTCATTCATTGG
1 TAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAA-AAAAAGTCATTCATTGG
* * * * * * * *
12728 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGACTTTAAAATCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * * *
12793 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTGG
130 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * *
12858 ATGTTTTAATTGGGAAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAAGTAAAATTATAGTC
195 ATGTCTTACTTAGGAAACGTGAAA-AAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGT-CATTTATAGTC
* * * * * * * *
12922 ATCGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAA
257 ACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
*
12986 GTTAAATTTTTTTTCATTTT
322 GTTAAA-TTTTTTACATTTT
* * *
13006 TCA-TGAAAGCAGATTATAACTGAATGTCTG-CTTTAGGAAACGTGAA
1 T-AGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAA
13052 GAGAAAGGCT
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 170, Indels: 58
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 7 0.01
337 48 0.06
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340 8 0.01
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344 36 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTTACTTAGGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTACATTTT
Done.