Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399859.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3092.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6185
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.28
Warning! 1433 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1292 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 903--1801 Score: 871
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
893 NNNNNNNNNN
* * * * * *
903 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAAGCATGAGTGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACT
* ** * * * *
968 ATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTCTCTAAACATTTCTTAAGGCAGAGAGTCAAT
66 ATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT-TCAAAGCAGACATTCAAT
* * * *
1032 TATAATCTG-TTCATCAAAAAATATAAAACAATTCAGCCTAA
129 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAA
* * * * * *
1073 AATCAATTATAAGATTGTAAAACTATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACT
* * *
1138 ATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATT
66 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT-TCAAAGCAGACATTCAATT
* * * * *
1203 ATAATTTTTTTTAACTAAACATGTAAAACAATTCAACTTAA
130 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAA
* * *
1244 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGG-TTTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-AGTGAC
* * * * * * *
1308 TGTAAATGGACTTTTCATATCAATGGATTG-CTTTTGCTTCATATTTTCCAAGACAGACATTCAA
65 TATAAATGAACTTTTCTTATCAAT-GAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAAAG-CAGACATTCAA
* * * * *
1372 TTATAATATATTTTCATTAAAAA-ATTAAAAAATTCAACTTAA
128 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAATTCAACCTAA
* * *
1414 AATCAATTATGGGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTA-GTGAC
* * * * * * * *
1478 TATAAAT-AAGCTTTTCCTATAAATCAATGGGC-TTTTCTTTACATTTTCTGAGGCAAACATTCA
65 TATAAATGAA-CTTTTCTTATCAATGAAT-GACTTTTTCTTCACATTTTC-AAAGCAGACATTCA
* ** * *
1541 ATTACAATCTGTTGCAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAA
127 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAA
* * * * * *
1585 AATCAAATATGGGATTATAAAACCATTTATATCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACT
* * * ** * * * *
1650 ACAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTC-AAGACAGATAATAAAT
66 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACA-TTTTCAAAG-CAGACATTCAAT
* *
1714 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACATAA
129 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACCTAA
*
1755 AATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1802 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 116, Indels: 38
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 304 0.51
171 274 0.46
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACT
ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAAAGCAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACCTAA
Found at i:1536 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 903--1801 Score: 974
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
893 NNNNNNNNNN
* * * * *
903 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAAGCATGAGTGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* ** * * * *
968 ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTCTCTAAACA-TTTCTTAAGGCAGAGAGTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTT-TCTTCACATTTTC-CAAGACAGACAATCAAT
* * * * * * *
1032 TAT-A-ATCTGTTCATCAAAAAATATAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAA
129 TATAATATATTTTCATTAAAAAATATAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * ** * *
1095 CTATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAA
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATAAA
* * * * ** * *
1160 TGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAACTAAACAT
258 TCAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTACAATCTGTTGCAACCAAAAAT
*
1225 GT-AAAACAATTCAACTTAA
323 GTAAAAAC-ATTCAACCTAA
* * **
1244 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGTTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
1309 GTAAATGGACTTTTCATATCAATGGATTG-CTTTTGCTTCATATTTTCCAAGACAGACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GAATGACTTTT-CTTCACATTTTCCAAGACAGACAATCAAT
* *
1373 TATAATATATTTTCATTAAAAAAT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAC
129 TATAATATATTTTCATTAAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
1437 CGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCCTATAA
194 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTA-GTGACTATAAATGAA-CTTTTCCTATAA
* * * *
1500 ATCAATGGGC-TTTTCTTTACATTT-TCTGAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTGCAACCAAA
257 ATCAAT-GACTTTTTCTTCACATTTCTC-AAAGCAAACATTCAATTACAATCTGTTGCAACCAAA
1563 AATGTAAAAACATTCAACCTAA
320 AATGTAAAAACATTCAACCTAA
* * * * *
1585 AATCAAATATGGGATTATAAAACCATTTATATCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * ** * * * *
1650 ACAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGACAGATAATAAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAC-TTTTCTTCACATTTTCCAAGACAGACAATCAATT
* * * * * *
1715 ATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTTAACATAAAATAAATTATGAGATTATAAAACC
130 ATAATATATTTTCATTAAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
1779 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
195 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1802 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 82, Indels: 26
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.04
341 405 0.87
342 25 0.05
343 15 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTCTTCACATTTTCCAAGACAGACAATCAATTA
TAATATATTTTCATTAAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATAAATCA
ATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAACATTCAATTACAATCTGTTGCAACCAAAAATGTA
AAAACATTCAACCTAA
Found at i:5100 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4431--6185 Score: 1477
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 339
4421 NNNNNNTCAA
* * * *
4431 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTATGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * ** *
4495 TTTTTTATATTTTTAGTT-A-AAATAGATTATAATTTATTGTCTGT-TCTGAAAAATGTGAAGAA
66 TTTTTTACATTTTT--TTAATAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCT-TGGGAAATATGAAGAA
* * * * *
4557 AAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCT
128 AAA-GCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * **
4621 CGCTATAAATGGTTTTATAATCCCATATTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTGC
192 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTCGTTAA
* * ********** *
4686 AACAGATTGTAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAAACGTGAAG-AAAAGCCCNNNNNNNNNNAGGAA
255 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAA
* *
4749 AAG-CTTATTTATAGTCACCTAA
318 AAGTC-TATTTATAGTCACCCAT
* * *
4771 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* *
4836 TTTTTTA-ATTTTTTTAATGAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAATATGAAGCAAA
66 TTTTTTACATTTTTTTAAT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAATATGAAGAAAA
* * * *
4900 AGCAATCCATTGATATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATCGAAAGCCTTATTACTCG
130 AGCAATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
4964 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATGTTTCGTTAAAA
194 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACAT-TTTCGTTAAAA
* * * *
5029 CAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAACAAAAGT
257 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
*
5094 TTATTTATAGTCACCCAT
322 CTATTTATAGTCACCCAT
* * * * ** * *
5112 GCTTTCACAAGCATTGTTA-TTCGCCGTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * * ** * * *
5176 ATGTTTTACATTTGTGGTT-A-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGACAACATGAAAA
65 ATTTTTTACATTT-T-TTTAATAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGA-AATATGAAGA
* * * * * *
5238 AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTACTACT
127 AAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
5303 CACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTACATTTTCAGATAAA
192 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTC-GTTAAA
* * * * * * *
5367 ATAGATTATAATTGACTATTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGCCATTTATTGACAAGAAAAG
256 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
*
5432 TCTGTTTATAGTCACCCAT
321 TCTATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * *
5451 GCTTTCAGAAGCATTATTTCTTACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT-AATTTAAGGTTGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTT-A
** * *
5515 AATGTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACATA-A-TGCAATTGAATGTTTG-CTTTGGGAAA-AGTA
64 AAT-TTTTTACATTTTT--TTAATAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTGTC-TTGGGAAATA-TG
* * *
5575 AAGAAAAACCCATTCATTTG-CAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGACT
123 AAGAAAAAGCAATTCA-TTGACAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCT
* * * *
5637 TATTACTCGTTTTCAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
185 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTT
** * * * * * *
5702 TATTAAAACATATTATAACTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTTATT-AGT
249 CGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-C
** * *
5766 AAGGCAAGTCCATTTATCA-TCACCTAT
313 AAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACCCAT
* * *
5793 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTCAGTTCAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
* * * * * *
5858 TTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAACAGATTGTAATTGAATGT-T-TACTCTGGAAAATATGGAGA
65 ATTTTTTACATTTTTT-TAATAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT-CT-TGGGAAATATGAAGA
** * * * * * * * *
5920 AAAAATATTTTATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCT
127 AAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
5985 CACTTTAAATGGTCTTATAAACTGATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATACTTTTTGTTAA
192 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACA-TTTTCGTTAA
* ** * * * *
6050 AACAGGTTATAATT-AGGGTTTGCCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTA-AAAAA
255 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAA
* * *
6113 AATTC-ATTTATCGTCACTCAT
318 AAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * * *
6134 ACCCTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTAAAATGGATTTACAGTCTCATAATTG
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 218, Indels: 105
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 12 0.01
339 131 0.11
340 66 0.06
341 739 0.65
342 179 0.16
343 14 0.01
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTACATTTTTTTAATAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAATATGAAGAAAAA
GCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTCGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCAT
Found at i:5923 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4431--6185 Score: 1291
Period size: 170 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
4421 NNNNNNTCAA
* *
4431 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTATGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * **
4495 -TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTATTGTCTGTTCTGAAAAATGTGAAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTGGAAAACATGAAGAAAA
** *
4559 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA-CTCAT
131 AACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AT
* * * * *
4600 GCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTATAAATGGTTTTATAATCCCATATTTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** * * *
4665 TGTTTTTATATTTTTGGTTGCAACAGATTGTAATTGAATGTTTGC-CTCAGAAAACGTGAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCT-GGAAAACATGAAGAAA
** ********* * * *
4729 AGCCCNNNNNNNNNNAGGAAAAG-CTTATTTATAGTCACCTAA
130 AAACC-ATTCATTGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCTAT
* * * *
4771 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-AA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
4835 ATTTTTTA-ATTTTTT-TAATGAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TCTTGGGAAATATGAAGC
66 TTTTTTTACATTTTTTGT--TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTC-TGGAAAACATGAAGA
* * * * *
4897 AAAAGCAATCCATTG-ATATAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAA
128 AAAAACCATTCATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AT
* * *
4941 ACCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
5006 TTGTTTTACATGTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGG-AAACGTGAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCT-GGAAAACATGAAGAAA
** * ** *
5070 AAGTCATTCATTGACAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAT
130 AAACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * * * ** *
5112 GCTTTCACAAGCATTGTTATTCGCCGTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
5177 -TGTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAGACAACATGAA-AAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTC-TGGAAAACATGAAGAAA
* * * *
5239 AAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCAT
130 AAA-CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
** * * * * *
5282 ATCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * * **
5347 --TTTTTACATTTTCAGATAAAATAGATTATAATTGACTATTTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTGGA-AAACATGAAGAAA
** * ** *
5409 AGGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCAT
130 AAACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * * ** * *
5451 GCTTTCAGAAGCATTATTTCTTACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT-AATTTAAGGTTGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTG-
* * * * ** * * *
5515 AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATGCAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAAA-GTAAAGA
64 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCT-GGAAAACATGAAGA
* *
5579 AAAACCCATTCATTTGCAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCA-CTCAA
128 AAAAACCATTCA-TTGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCT-AT
* * * * * *
5623 GCCTTCGAAAGACTTATTACTCGTTTTCAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** *
5688 -TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAACTGAATGTCTGC-CTTAAGAAACGTGAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTGGA-AAACATGAAGAAA
* * **
5751 AAACCATTTATTAGTAAGGCAAGTCCATTTATCA-TCACCTAT
130 AAACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCTAT
* * *
5793 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTCAGTTCAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
5858 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACTCTGGAAAATATGGAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTGGAAAACATGAAGAAAA
* * * *
5923 AA-TATTTTATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCAT
131 AACCA-TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * * * * * *
5964 TCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTCTTATAAACTGATAATTGATTTTAGGTTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** ** *
6029 TTTTCTTATACTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATT-AGGGTTTGC-CTCAAAAAACGTGAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCT-GGAAAACATGAAGAAA
* * * * * * *
6092 AAGCTATTCATTAGTAAAAAAAATTCATTTATCGTCA-CTCAT
130 AAACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AT
* * * * * * *
6134 ACCCTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTAAAATGGATTTACAGTCTCATAATTG
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 293, Indels: 99
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 174 0.14
170 496 0.40
171 424 0.34
172 123 0.10
173 15 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTGGAAAACATGAAGAAAA
AACCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
Found at i:6116 original size:852 final size:850
Alignment explanation
Indices: 4432--6185 Score: 1948
Period size: 852 Copynumber: 2.1 Consensus size: 850
4422 NNNNNTCAAG
* * *
4432 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTTATTTTATGTTGAATT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
* * * * * * * **
4497 TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTATTGTCTGTTCTGAAAAATGTGAAGAAAAAGG
66 TTTTACATTTTCAGATAAAATAGATTATAATTGACTATCTGTCCTGAAAAACATGAAGAAAAAGG
* * * *
4562 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTAT
131 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTGCTCACTAT
* * * * **
4627 AAATGGTTTTATAATCCCATATTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTGCAACAGA
196 AAATGGTTCTATAATCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * ********** * **
4692 TTGTAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAGCCCNNNNNNNNNNAGGAAAAGCTTAT
261 ATGCAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCAT
* *
4757 TTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAACGGTTTTATAATCCCATAATT
326 TTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTATAATCCCATAATT
* * * * **
4822 GATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTTTTTAATGAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGA
391 GATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTTTTTAATAAAACATATTATAACTGAATGTCTGCCTTAAGA
* *
4887 AATATGAAGCAAAAGCAATCCATTGATATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATCGAAAG
456 AACATGAAGCAAAA-CAATCCATTGATATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATCAAAAG
*
4952 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
520 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACAT
* * * *
5017 GTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT
585 GTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTCTAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
** * * * * * *
5082 GACAACAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTCACAAGCATTGTTATTCGCCGTAAATGGTT
650 GACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACCGTAAATGGTC
* * *
5147 TTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTG
715 TTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
5212 AATGTCTACCTTAGACAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCA
780 AAGGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCA
5277 CCCATA
845 CCCATA
* * * *
5283 TCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
*
5347 TTTTTACATTTTCAGATAAAATAGATTATAATTGACTAT-T-TACCTTAAGAAACATGAAG-AAA
65 TTTTTACATTTTCAGATAAAATAGATTATAATTGACTATCTGT-CCTGAA-AAACATGAAGAAAA
* * * * *
5409 AGGCCATTTATTGACAAGAAAAGT-CTGTTTATAGTCACCCATGCTTTCAGAAGCATTATTTCTT
128 AGG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTGCTC
* *
5473 ACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT-AATTTAAGGTTGAAATGTTTTTACATTTTTGGTTA
191 ACTATAAATGGTTCTATAATCCCATAATTGAATTTAA-GTT-AAATGTTTTTACATTTTTGGTTA
* * **
5537 AAACATAATGCAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAAA-GTAAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAA
254 AAACAGAATGCAATTGAATGTTTGC-CTCAGAAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAA
* * * * *
5601 AATCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGTTTTCAATC-GTTTTATAA
318 AAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTAT-AAACGGTTTTATAA
* *
5664 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACATATTATAACTGAATGT
381 TCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA-ATTTTTTTAATAAAACATATTATAACTGAATGT
* * *
5728 CTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAA-AA-CCATTTATTAGTAAGGCAAGTCCATTTATCA-TCAC
445 CTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAACAATCCATTGA-TA-TAA--AAAGTCCATTTAT-AGTCAC
** * * *
5789 -CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTCAG
505 TC-AAACCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
5853 TTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACTCT-GGAAAATATGG
569 TTCAATTGTTTTACATGTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTCTAGG-AAACATGA
* * * * * *
5917 AGAAAAAAT-ATTTTATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
633 AGAAAAAATCA-TTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTAT
* ** * * * * *
5981 TGCTCACTTTAAATGGTCTTATAAACTGATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATACTTT-TT
697 TACTCACCGTAAATGGTCTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT-TTACA-TTTGTG
* * * * * *
6045 GTTAAAACAGGTTATAATT-AGGGTTTGCCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTA-
760 GTTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATT-G-AC
* *
6108 AA-AAAAATTCATTTATCGTCACTCATA
823 AAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATA
* * * *
6135 CCCTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTAAAATGGATTTACAGTCTCATAATTG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTACAATCTCATAATTG
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 137, Indels: 45
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
848 6 0.01
849 5 0.01
850 22 0.03
851 155 0.21
852 514 0.69
853 37 0.05
854 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (850 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
TTTTACATTTTCAGATAAAATAGATTATAATTGACTATCTGTCCTGAAAAACATGAAGAAAAAGG
CATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTGCTCACTAT
AAATGGTTCTATAATCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
ATGCAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTATAATCCCATAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTTTTTAATAAAACATATTATAACTGAATGTCTGCCTTAAGA
AACATGAAGCAAAACAATCCATTGATATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATG
TTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTCTAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTG
ACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACCGTAAATGGTCT
TATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
AGGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCAC
CCATA
Done.