Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018399863.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3096.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3165
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.11, T:0.26

Warning! 664 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1454 original size:19 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 1427--1466  Score: 57
    Period size: 21  Copynumber: 2.0  Consensus size: 21

       1417 TAAATAAGCC

                                 
       1427 TTGACAT-AAAAC-TATAAAA
          1 TTGACATAAAAACTTATAAAA

                *                
       1446 TTGATATAAAAACTTATAAAA
          1 TTGACATAAAAACTTATAAAA

       1467 GTAAAATAAC


Statistics
Matches: 18,  Mismatches: 1, Indels: 2
        0.86            0.05        0.10

Matches are distributed among these distances:
  19    6  0.33
  20    5  0.28
  21    7  0.39

ACGTcount: A:0.57, C:0.07, G:0.05, T:0.30


Consensus pattern (21 bp):   
TTGACATAAAAACTTATAAAA

Found at i:1759 original size:250 final size:246

Alignment explanation


    Indices: 1185--1872  Score: 808
    Period size: 249  Copynumber: 2.8  Consensus size: 246

       1175 AAAATTCTTA

                   * *         *            *                      *         
       1185 ACATAAATCAATAAGAATTAACAT-AAAACTTGTAAAGGTAAAATAACTAAATTTAAAATCTTAA
          1 ACATAAAACTATAA-AATTGACATAAAAACTTATAAAGGTAAAATAACTAAATTTTAAATCTTAA

             *      *  *        *                        *        *          
       1249 CATAAATGAGTAAAAGTTAATGTAACAAGTCAATTAA--AAAAATTTAATTTTAATAAAAAATAA
         65 CGTAAATGTGTGAAAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAATATAATTTTAGTAAAAAATAA

                     *       *           *   *                               
       1312 ATATTTAAACTTATATTCTGAAACTAAAATTGTCTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAA
        130 ATATTTAAATTTATATTTTG-AACTAAAAGTGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAA

            *        **  * **  *      *                    *    *
       1377 TAATAATAATTATTATTATTATTATATTTCAAAATTAACATAAATAAGCCTTG
        194 GAATAATAAAGATCAAAATAATTATAGTTCAAAATTAACATAAATAAACCTTC

                                *               *                       *    
       1430 ACATAAAACTATAAAATTGATATAAAAACTTATAAAAGTAAAATAACTAAATTTTAAATCATAAC
          1 ACATAAAACTATAAAATTGACATAAAAACTTATAAAGGTAAAATAACTAAATTTTAAATCTTAAC

                                *   *                                        
       1495 GTAAATGTGTGAAAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAACAACTATAATTTTAGTAAAAAATA
         66 GTAAATGTGTGAAAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAA-AA-TATAATTTTAGTAAAAAATA

              *     *            * *             *       *                   
       1560 AACATTTATATTTATATTTTGGATTAAAAGTGTTTAATAATATATGAATTTTAATTTTTAAATAA
        129 AATATTTAAATTTATATTTTGAACTAAAAGTGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAAT-A

                                    *              *               
       1625 AGAATAATAAAGATCAAAATAATTTTAGTTCAAAATTAATATAGAA-AAACCTTC
        193 AGAATAATAAAGATCAAAATAATTATAGTTCAAAATTAACATA-AATAAACCTTC

              * *         *       *                 *                        
       1679 ACGTTAAACTATGAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAA
          1 ACATAAAACTAT-AAAATTGACATAAAAACTTATAAAGGTAAAATAACTAAATTTTAAATCTTAA

                  *                                         *          *     
       1744 CGTAAACGTGTGAAAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAA
         65 CGTAAATGTGTGAAAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT---AAAAATATAATTTTAGTAAAAAA

                                  *                      * *                
       1809 TAAATATTTAAATTTATATTCTCGAACTAAAAGTGTTTAACAATAAACAAATTTTAATTTTTAA
        127 TAAATATTTAAATTTATATT-TTGAACTAAAAGTGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAA

       1873 GTTTTGAAGT


Statistics
Matches: 371,  Mismatches: 60, Indels: 17
        0.83            0.13        0.04

Matches are distributed among these distances:
 244    7  0.02
 245   79  0.21
 247    3  0.01
 248   38  0.10
 249   85  0.23
 250   84  0.23
 251   34  0.09
 252   38  0.10
 253    3  0.01

ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.08, T:0.35


Consensus pattern (246 bp):   
ACATAAAACTATAAAATTGACATAAAAACTTATAAAGGTAAAATAACTAAATTTTAAATCTTAAC
GTAAATGTGTGAAAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAATATAATTTTAGTAAAAAATAAA
TATTTAAATTTATATTTTGAACTAAAAGTGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAGA
ATAATAAAGATCAAAATAATTATAGTTCAAAATTAACATAAATAAACCTTC
Done.