Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399866.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_310.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 49907
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 11665 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:818 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 464--1450 Score: 719
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
454 NNNNNNNNNN
* * * * * *
464 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACTTAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * *
529 AG-AAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
66 AGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
593 TACTGGCTTTAAACGA-TTTTATTATCTCAAAATTGGTTTTAT
130 TACT-GCTTTAAA-GAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
* * *
635 GCTT-AATTTTTTAACATTTTTGATTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATG
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * *
699 AAGAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCTTCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
763 TACTGATTTTAAAGAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAA
130 TACTG-CTTTAAAGAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
* * * *
805 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTAAGTTAAAACAAAC-AGTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT
* * * * * *
868 GGACAAAAATGCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATTGT-AACACATTCCTTCAAAAGCCTT
64 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTAC-CATTCCTTCAAAAGCCTT
* ********** *
932 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGACTTTAA
128 ATTACT-GCTTTAAAGAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
* * * *
976 TTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGGC-CAAGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATG
* * * * *
1040 AAGAAAAAAGCATTCATT-TCTAGGAAAAGTCAAGTTT-TAGTCTTCTC-TTCCTTCAAAAACCT
65 AAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCTAC-CATTCCTTCAAAAGCCT
* * * **********
1102 TTTTGCTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAA
127 TATTACT-GCTTTAAA-GAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
1147 GTTAAATTGTTTTACATTTTTTG-CTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTAACTCGATAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * * * * **********
1211 GACAAAAATGCATTCATTGACAAGCAAAGTCCATTTATGGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
1276 TACTCGCTTTAAATAGTTTCATACTCTCAAAATTGATTTTAA
130 TACT-GCTTTAAAGAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
* * * * * * *
1318 GTTTATTTTTTTTACA-TTTTAAGTTAAAAGA-AATAATAATTG-ATCGTTTACCTTAAGAAACA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAAT-GTCTACCTCAAGAAACA
* * * * *
1380 TGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTT
63 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTT
1445 ATTACT
128 ATTACT
1451 CACTNNNNNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 160, Indels: 54
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.02
170 144 0.23
171 441 0.70
172 29 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTGCTTTAAAGAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
Found at i:1330 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 488--1450 Score: 866
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 337
478 TATTTTTCAT
* * * * * ** * *
488 TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACTTAAAGAAAAA-GACATTCATT-AGTAA
1 TAAAACAAACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGGACAAAAATG-CATTCATTGA-CAA
* ** * * *
551 GAAAAGTCCATTTA-GAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAA-CGATTTTA
64 GCAAAGTCCATTTATG-GTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTA
* * * * * *
614 TTATCTCAAAATTGGTTTTATGCTTAATTTTTTAACATTTTTGATTCAAACAGACTATAATTGAA
127 -TATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
679 TGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCTTC-
191 TGTCTA-C-CAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTTAGTCTTCT
* *
743 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTGATTTTAAAGAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
253 C-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAAGAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
808 GAATTTTTTTACATTTTAAGT
317 AAATTGTTTTACATTTTAAGC
* * *
829 TAAAACAAACAGTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGGACAAAAATGCATTCATTGGCAAGC
1 TAAAACAAACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGGACAAAAATGCATTCATTGACAAGC
* ****
894 AAAGTCCATTTATTGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNN
66 AAAGTCCATTTATGGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAT
***** * *
959 NNNNNAATTGACTTTAA-TTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
130 CTCAAAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
1023 CTAGGCCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTTCTAGGAAAAGTCAAGTTTTAGTCTTCTCT
194 CTA--CCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGC-AAGAAAAGTCCA-TTTTAGTCTTCTCT
* * * * **********
1088 TCCTTCAAAAACCTTTTTGCTCG-CTTTAAATTA-TTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTA
255 TCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTTTAAA-GAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTA
**
1151 AATTGTTTTACATTTTTTGC
318 AATTGTTTTACATTTTAAGC
* * *
1171 TAAAATAGACAATAATTGAATGTCTAACTCGATAAACGTGGACAAAAATGCATTCATTGACAAGC
1 TAAAACAAACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGGACAAAAATGCATTCATTGACAAGC
*********** *
1236 AAAGTCCATTTATGGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATACT
66 AAAGTCCATTTATGGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA-T
* ** * *
1301 CTCAAAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATTTTAAGTTAAAAGA-AATAATAATTG-ATCG
130 CTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAAT-G
* * * *
1364 TTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTA
193 TCTACC--AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTT-TAGTCTTCTC
1429 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
254 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1451 CACTNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 106, Indels: 39
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 198 0.40
342 285 0.57
343 8 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
TAAAACAAACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGGACAAAAATGCATTCATTGACAAGC
AAAGTCCATTTATGGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATC
TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTTAGTCTTCTCTTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTGACTTTAAAGAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
TACATTTTAAGC
Found at i:2988 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2682--5792 Score: 2800
Period size: 171 Copynumber: 18.2 Consensus size: 170
2672 NNNNNNNNNC
* * * * ** *
2682 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AAATTTTTTAAATTTTTCATTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
** * * ** * *
2746 GAGAATAATTGAATG-CTTACCTTGGGAAACAT-ATAGAAAAAACCATAT-GTTGAG-AAAAAAA
66 GACTATAATT-AATGTC-TACCTTGAGAAATATGA-AGAAAAAGGCAT-TCATTG-GTAAGAAAA
* * * *
2807 GTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTCGCT
126 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCT
* ** *
2853 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAACAGAA-TATTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* **
2917 GACTATAATTAATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTATAAGAAAAGTCT
66 GACTATAATTAA-TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
* * * *
2982 ATTTATAGTTTA-CTATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTAC-TT
130 ATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCT
* * * * *
3023 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTGTTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * *
3088 GAC-AGTAATCAAATGT-TCACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGT
66 GACTA-TAAT-TAATGTCT-ACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* *
3151 CTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCT
128 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * ** * * * * *
3194 TCAAATAGTTTTATGGTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * *
3259 GACAATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
66 GACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
*** * *
3324 ATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGAT
130 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * * ** *
3365 TTAAATGACTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTTAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * ** *
3430 CACTATAATTGAATTTCTACCATGAGAAACAT-AGATAAAAATACATTCATTGGGAAGAAAAGTC
66 GACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
3494 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
3536 TTAAACGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTCAATTTTTTTTACATTTTT--TTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
3599 AAACTATAATTAACTGCCTCCCTTGAGAAATATGTAGAAAAAGTCATTTCATTGGGAAGAAAAGT
65 AGACTATAATTAA-TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGTAAGAAAAGT
* * *
3664 CTATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCT
128 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * * * * *
3707 TTAAATGATTTTATGATCCCATAATTGACTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTCGATTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * ** **
3772 GGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
65 AGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
3837 TATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * * *
3879 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTATTAGTTAGAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * ** * * * * *
3944 GACTGTAATTGACTGTCTACCAAGAGAAATGTGAAGAAAAATAG-ATTCATTAGCAAAAAAAGTC
66 GACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-
* * *
4008 CT-TTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
128 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* **
4050 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * ** * *
4114 TAAACTATAATTAAATGTTTTTCTTGATAAACATGTTGAACAA-GCTATTTCATTGAG-AAAAAA
64 CAGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGC-A-TTCATTG-GTAAGAAA
* * * * *
4177 AGTCTATTTATAATTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGTT
125 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * *
4223 TTAAATGGTTTTATGGTAC-CATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * ** *
4287 AGACAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
65 AGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* ** *
4352 TATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * *
4394 TT-AATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *** * * * *
4458 AGAGTATAATTGAATGTCGACCACAAGAAATATGGACAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
65 AGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
4523 TATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * **
4565 TTAAATGGTTATACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-CATAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * ** **
4629 GGA-TAATAATTAAATGTCTACCTT-AAAAACTATGAAGAAAAAGATATTCATTCATAAGAAAAG
65 AGACT-ATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * * * *
4692 TCCATTTACAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTCATTACTCGCC
127 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * **
4736 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
** * * * * * *
4800 GAGAATAATTGAATGCCCACCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
66 GACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTC
* * *
4864 TATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTTCACT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCT
* *
4907 TT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAGA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
4971 CAGGCTATAATTGATTGTCTAGCTTGAGAAACATGAAG-AAATGGCATTCATTGATAAGAAAAGT
64 CAGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * ** * * *
5035 CCATTTATAGTCTCTTACTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCCCT
128 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * **
5078 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
** * * * * *
5143 GA-TAATAATCGA-GCATCTACCTTAAAAAACAT-AAGGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG
66 GACT-ATAATTAATG--TCTACCTTGAGAAATATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * ** * *
5205 TCCATTTATAGTGACCTATTCCTTGGAAAGCTTTATTACTCCCT
127 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
5249 TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTTTTGGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAAC
* * * ** *
5313 AGACTATAATTAAATGTCTAGCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGT-
65 AGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
5377 TCATTTATAGTCACCCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCACT
129 T-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
5420 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-CTTCAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAA
* * * * * * *
5484 TAAAATATAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTTCATTGGGAAGAAAA
64 CAGACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGA-AGAAAAAGGCA-TTCATTGGTAAGAAAA
* * *
5548 GTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGGT
126 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
5593 TTAAATAGTTTTATGATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTGTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * ** * * * *** *
5658 AACAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTCCCAAGAAAAGTCC
66 GACTATAATT-AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
* * * *
5723 ATTTATAGTCACCCATT-CTGTCAAAAGTCTCATTACTTGCC
130 ATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** *
5764 CAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
5793 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2394, Mismatches: 472, Indels: 148
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 22 0.01
170 284 0.12
171 1364 0.57
172 462 0.19
173 256 0.11
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
GACTATAATTAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:3664 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 2682--5792 Score: 3130
Period size: 513 Copynumber: 6.1 Consensus size: 510
2672 NNNNNNNNNC
* *
2682 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTT-AAATTTTTTAAATTTTTCA-TTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAA
* * * ** ** * *
2744 TAGAGAATAATTGAATG-CTTACCTTGGGAAACAT-ATAGAAAAAACCATAT-GTTGAG-AAAAA
64 CAGACAATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAATGTGA-AGAAAAAGGCAT-TCATTG-GTAAGAA
* * * * * * *
2805 AAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
125 AAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATGATTTTATAAT
* ** *
2870 CTCATAATGGATTTTAAACAGAA-TATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATTGT
189 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGT
* ** * *** * * *
2933 CTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTTA-CTA
252 CTACCATGAGAAACATG-AGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCA
* * * *
2997 TTCCTTCCAAAGCCTTATTACTAC-TTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT-AAGTT
315 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTT
* * * *
3060 TAATGTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGAC-AGTAATCAAATGT-TCACCTAGAAAAACATGAA
379 TAATTTTTTTACA-TTTT-TTTAAAACAAACTA-TAATTAAATGTCT-ACCTTGAAAAACATGAA
* * * *
3123 GAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTA
440 GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
3188 CTCGCT
505 CTCGCT
* * ** * *
3194 TCAAATAGTTTTATGGTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* *
3259 GACAATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
66 GACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
** * * *
3324 ATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGA-TTTAAATGACTTTATAAGCTCATA
131 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * * *
3388 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTTAAACACACTATAATTGAATTTCTACCAT
195 ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCAT
* * * *
3453 GAGAAACATAGATAAAAATACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
259 GAGAAACAT-GAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
3518 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAACGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TCAATTTTTT
323 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAA-TTTTT
* * * * * * *
3582 TTACATTTTTTTAAAATAAACTATAATTAACTGCCTCCCTTGAGAAATATGTAGAAAAA-GTCAT
387 TTACATTTTTTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGT-A-
* * * *
3646 TTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCT
450 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
3707 TTAAATGATTTTATGATCCCATAATTGACTTGAAGTTGAATTTTTTT-TATATTTTCGATTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAG-TTAAAA
** ** *
3771 TGGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
64 CAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* *
3836 CTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAT
129 CTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * *
3901 AATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTATTAGTTAGAATAGACTGTAATTGACTGTCTACCA
194 AATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCA
* ** * * * * *
3966 AGAGAAATGTGAAGAAAAATAG-ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCTTTTATGGTCACCCATACCTT
258 TGAGAAACATG-AGAAAAAT-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
4030 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TTAATTTT
321 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAA-TTT
* * ** * ** * *
4094 TTTTACATTTTTCTTTAAAATAAACTATAATTAAATGTTTTTCTTGATAAACATGTTGAACAAGC
385 TTTTACA-TTTT-TTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGG
* * * * * * * *
4159 TATTTCATTGAG-AAAAAAAGTCTATTTATAATTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGTT
448 TA-TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** *
4223 TTAAATGGTTTTATGGTAC-CATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * *
4287 AGACAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
65 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
** *
4352 TATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATAATTTTATAATCTCATA
130 TATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * *
4416 ATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCGACCA
195 ATTGATTTTAAATTGAATTT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCA
** * * * *
4481 CAAGAAATATGGACAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATTCCTTC
258 TGAGAAACAT-GAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
4546 AAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTATACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTT
322 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTT
* ** *
4611 TTACATTTTTCATAAAACGGA-TAATAATTAAATGTCTACCTT-AAAAACTATGAAGAAAAAGAT
387 TTACATTTTT-TTAAAACAAACT-ATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAC-ATGAAGAAAAAGGT
*** * * * *
4674 ATTCATTCATAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTCATTACTCGCC
449 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
4736 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAC
* * * * * *
4799 AGAGAATAATTGAATGCCCACCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAGAAAAGT
65 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAGAAAAGT
* * * *
4863 CTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCA
129 CTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * *
4927 TAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAGACAGGCTATAATTGATTGTCTA
193 TAATTGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * ** * ** *
4992 GCTTGAGAAACATGA-AGAAATGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTACTCC
255 CCATGAGAAACATGAGAAAAAT-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * * * *
5056 TTCAAAGGCCTTATTACTCCCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTCAAGT
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATT
* ** *** *
5120 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATCGAGCATCTACCTTAAAAAACAT-AAGGAAAA
384 TTTTTACA-TTTTT-TTAAAACAAACT-ATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAA-GAAAA
* * * ** * *
5183 AGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCTATTCCTTGGAAAGCTTTATTACTCCC
445 AGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
5248 T
510 T
* * *
5249 TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTTTTGGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAAC
* * * * ** *
5313 AGACTATAATTAAATGTCTAGCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGT-
65 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * *
5377 TCATTTATAGTCACCCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
130 T-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * * *
5442 AATTAATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTCAAAATAAAATATAATTAAATGTCTACC
194 AATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
5507 TTGGGAAACATATAGAAAAA-GCCATTTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCC
257 ATGAGAAACAT-GAGAAAAATG-CA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * * ** * * *
5571 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGGTTTAAATAGTTTTATGATCCCATAATTGA-TTTCAAGTTAAATT
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATT
* * * ** **
5635 TTGTTACATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAG
384 TTTTTACATTTTT--TTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG
** * * * * *
5700 GTATTCATTCCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTGTCAAAAGTCTCATTACTTGCC
447 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** *
5764 CAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
5793 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2181, Mismatches: 350, Indels: 133
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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517 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
GACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATGA
GAAACATGAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTTTTAC
ATTTTTTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:6790 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6376--6914 Score: 593
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
6366 NNNNNNNGTA
* * *
6376 AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
6440 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCT
64 TTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTACACATTTCT
* * *
6505 CGAGGTGGGCATTCAATTATTCTCTATTTTAATGAAAAATGT
129 CGAGGTAGACATTCAATTATTCTCTATTTTAACGAAAAATGT
*
6547 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGACGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
6611 TGAAAGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATAAATATCTTTTTCTTCACAGTTT-T
65 TGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTACACA-TTTCT
* * * *
6675 TGAGGTAGATATTCAATTATTGTCTGTTTT-ACGAAAAATGT
129 CGAGGTAGACATTCAATTATTCTCTATTTTAACGAAAAATGT
* *
6716 CAAAAAATTAAACTTTAAAATCAATTATCAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 -AAAAAATTAAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** **
6781 TTAAAAGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCATTTTTGTTTATGTTTC
64 TTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGC-TTTTTCTACACATTTC
*** * ** * *
6845 TTTTGGTAGACATTCAAATATAGTTTATTTTAACCAAAAATGT
128 TCGAGGTAGACATTCAATTATTCTCTATTTTAACGAAAAATGT
*
6888 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 -AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
6915 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 45, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTACACATTTCTCG
AGGTAGACATTCAATTATTCTCTATTTTAACGAAAAATGT
Found at i:9195 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8681--9887 Score: 1174
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
8671 NNNNNNNNNN
* *
8681 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAAGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-CTTTTTCTTC
* * ** * * * * * * * *
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64 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
8810 CAAATCAATTAT-AGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
129 AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
* * * * * *
8852 AACGCTTTTG-AAGAAATGGGTAACTATAAATGCACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTA
1 AAGGCTTTTGAAAG-AATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-AAT-ACTTTTTCT-
* ** * * * ** *
8916 T-ACGTTT-TCTAAGACAGACATTGAATTATTGTTTATTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTTAA
62 TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
8979 CTTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAA-GAAGTAAT
126 C-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
* *
9024 AAGGCTTTCGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAC-TTTTTCTTCA
* * * *
9089 TGTTTCTCAAGCTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGGAGACAAAA-TCAACTT
65 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT
* *
9153 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGGGAGTAAT
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
* * *
9195 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTGTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAAGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-CTTTTTCTTC
* * *
9259 ACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
64 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
9323 TGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAC
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
* * * * *
9366 AAGACTTTT-AAAGGAATGAGA-AACTATAAATGGACTTTTCTTATCATTGAATGCCTTTTTCTT
1 AAGGCTTTTGAAA-GAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTCTT
* * * * * *
9429 CATGTTTCTCGAGGTAGACAATCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
63 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
9494 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAAGTAAT
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GGAGTAAT
* * * * *
9538 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTAAATGAATAGCTTTTTCTAC
1 AAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATA-CTTTTTCTTC
* * * * * * *
9602 ACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTCAATTATTCTGTATTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAATTTAAT
64 ATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
9664 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--AGGGCAAGTAAT
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGG--AGTAAT
* * * * * * *
9708 GAGACTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTCTCTTGA
1 AAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-CTTTTTCTT--
** * *
9773 CAT-TTT-TTGAGTTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
63 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * *
9836 TTAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
9879 AAGGCTTTT
1 AAGGCTTTT
9888 TCTTCCCAAT
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 147, Indels: 80
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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169 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTCTTCAT
GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
Found at i:9432 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 8685--9887 Score: 1408
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 342
8675 NNNNNNAAGG
* * * *
8685 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATATG
1 CTTTT-AAAGAATGAGAAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * *
8750 TCTTGAGATAGACATTCGATTATTATCTGCTTTAACTAAAACTATAAAAAAATTTAGCTTCAAAT
65 TCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
8815 CAATTAT-AGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAACGCTTTTGAAGAAATGGGTAACTAT
130 CAATTATGA-GATCATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* ** *
8879 AAATGCACTTTTCTTCCCAATGAA-ATGGCTTTTTCTAT-ACG-TTTTCTAAGACAGACATTGAA
194 AAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAT--CTTTTTCT-TCACGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAA
* * * * *
8941 TTATTGTTTATTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAA
255 TTATTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
9006 ACCATTTAAA--GAAGTAATAAGG
319 ACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGA
* * * * *
9028 CTTTCGAAAGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCATGT
1 CTTT-TAAAGAATGAGA-AACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGT
* * * ** *
9092 TTCTCAAGCTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGGAGACAAAA-TCAACTTAAA
64 TTCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
9156 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
128 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* *
9221 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTGTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA
193 TAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
9286 TTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
258 TTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
9351 TTTAAAGCGAA-TAACAAGA
323 TTTAAAGCGAAGTAATAAGA
* * * *
9370 CTTTTAAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTATCATTGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTTAAA-GAATGAGAAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
* * * * *
9435 TCTCGAGGTAGACAATCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 TCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
9500 CAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
130 CAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAG-GGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* ** * * **
9565 AAATGGACTTTTTTTCTAAATGAATAGCTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTCAATTA
194 AAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGA-CATTCAATTA
* * *
9629 TTCTGTATTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
258 TTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** *
9693 TTTAGGGC-AAGTAATGAGA
323 TTTAAAGCGAAGTAATAAGA
* * * *
9712 CTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTCTCTTGACAT-
1 CTTTT-AAAGAATGAGAAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTT--CATG
* * *
9776 TTT-TTGAGTTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAA
63 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
9840 ATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT
128 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTT
9888 TCTTCCCAAT
Statistics
Matches: 732, Mismatches: 110, Indels: 38
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 57 0.08
342 368 0.50
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
CTTTTAAAGAATGAGAAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT
CTCGAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATTA
TCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAAGTAATAAGA
Found at i:11574 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11258--11751 Score: 476
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
11248 NNNNNNAATA
* * * *
11258 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAAGTAATAAGGCT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--AGGGAAGTAATAAGACT
** * * *
11323 TTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTTC
64 TTAAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATAGATTTTTCTACACGTTTC
* * *
11388 CCAAGGTAGGCATTCAATTATTCTCTTTTTTAATAAAAAATG
129 CCAAGGTAGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAACAAAAAATG
* ** *
11430 TAAAAC-ATTTAACTTAAAATCAACAATGAGATTATAAAACCATTTAGGGCAAGTAATGAGACTT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGGG-AAGTAATAAGACTT
* * * * * * *
11494 TAAAAAGAATAGGTGACTATAAAT-AGATTTTTTTTGCGAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTT
65 TAAAAAGAATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCCCAATGAATAGATTTTTCTACACGTTTC
** * *
11558 TTATA-GTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATG
129 CCA-AGGTAGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAACAAAAAATG
* * * * * *
11600 TAAAACAAATTCAACTTGAAATCAATTATGGGATCATAAAACAATTTAAAGCG-AGTAACAAGGA
1 TAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--AGGGAAGTAATAA-GA
** * * * * * * *
11664 -TTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTTCACAT
62 CTTTAAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATG-AATAGATTTTTCTACACGT
*
11728 TTCCCAAGGCAGACATTCAATTAT
126 TTCCCAAGGTAGACATTCAATTAT
11752 AGTTTATTTT
Statistics
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0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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170 101 0.39
171 35 0.14
172 79 0.31
173 35 0.14
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGGGAAGTAATAAGACTTT
AAAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATAGATTTTTCTACACGTTTCCC
AAGGTAGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAACAAAAAATG
Found at i:13717 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
13172 NNNNNNNNNN
* ** *
13182 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * * ** *
13247 CCTTTTT-TTCATGTTTCTTAAGGTAGACTTTTAATTATTCTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAA
66 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA
* * * * * *
13311 AAATTCAACTTCAAATTAATTATGGGATCAGAAAACCATTG
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
13352 AAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTAATTATAAATGGACTTTT-TT-CTCAATGAAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATG-AA
* * * * * * * * * **
13415 TGGCTTGTTCTACATGTTT-ACAAGGGCAGACATTTAATTATAGTTTATTTTAA-AAAAATACAA
64 TGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAA
* * * * *
13478 AAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATAAAATTGTACAACTATTT
128 AAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
13522 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * *
13587 TATTTTTCTCCACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAA
66 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA
* **
13652 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
13693 AAAGCGAGTAATAAGCCATTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-AATCTTTTCTTATCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAAT
* * ** * * *
13757 GTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTTTATTTTAATCAAAAATGTAAA
65 GTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAA
* * * * * *
13822 AAAATTTAACTTCAAATTAATTATGGGGTCATAAAACCATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
13864 AAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-AAT
* * * * * * *
13929 GACTTTTTCTACACATTTCCCAAGGGAGACAGTT-AATTATAGTTTATTTTTAA-AAAAA-GTAA
65 GTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAATGTAA
* *
13991 AAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTT
128 AAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * *
14035 ACAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* ** *
14100 TACTTTTGTC-T-ATGTTTC-CTGTGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACTAAAAATGTA
66 T-CTTTT-TCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTA
* **
14162 AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTT
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
14206 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * *
14271 -CTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATTGACTGTTTTAATCAAAAATGTAAA
66 TC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAA
* *
14335 AAAATTCAACTTCAAAA-CAATTATGGGATCATAAAACCATTT
129 AAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * * *
14377 AAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAATTATGAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-AAT
* * * * ** * * *
14442 GGCTTTTT-TTACATGTTTCCCAAGATAGGTATTTAATTATAGTTTATTTTTTAA-AAAAATGT-
65 GTCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG--TCTGTTTTAACAAAAATGTA
* *
14504 AAAAAATCTCAACTTTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTT
127 AAAAAAT-TCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
14550 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * *
14614 TCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAACCAAAAATGGAAA
66 T-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAA
*
14679 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
14721 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 208, Indels: 83
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 37 0.03
170 213 0.19
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173 95 0.08
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:14159 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 13182--14720 Score: 2173
Period size: 513 Copynumber: 3.0 Consensus size: 510
13172 NNNNNNNNNN
* * *
13182 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-AACTTTTCTTATCAATGAATG
* * * *
13247 CCTTTTT-TTCATGTTTCTTAAGGTAGACTTTTAATTATTCTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAA
65 -CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* *
13311 AAATTCAACTTCAAATTAATTATGGGATCAGAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-AA
129 AAATTCAACTTCAAATTAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * *
13375 AGGAATAGGTAATTATAAATGGACTTTT-TTCTCAATGAAATGGCTTGTTCTACATGTTT-ACAA
194 A-GAATAGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAA
13438 GGGCAGACATTTAATTATAGTTTA-TTTTAAAAAAA-TACAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAAT
258 GGG-AGACATTTAATTATAGTTTATTTTTAAAAAAAGT--AAAAAAATTCAACTTTAAAATCAAT
* * * * * *
13501 TATAAAATTGTACAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATG
320 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* *
13566 GACTTTTCTTACCAATGAATGTA-TTTTTCTCCACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTC
385 GACTTTTCTTGCCAATGAATGTACTTTTTCT--ACGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
13630 TGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
448 TGTTATAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
* *
13693 AAAGCGAGTAATAAGCCATTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAATCTTTTCTTATCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAA-CTTTTCTTATCAATGAATG
* * * *
13758 TCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTTTATTTTAATCAAAAATGTAAAA
65 -CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* *
13823 AAATTTAACTTCAAATTAATTATGGGGTCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
129 AAATTCAACTTCAAATTAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * * **
13888 AGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGACTTTTTCTACACATTTCCCAAG
194 AGAATAGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAG
*
13953 GGAGACAGTTAATTATAGTTTATTTTTAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATG
259 GGAGACATTTAATTATAGTTTATTTTTAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATG
* * * * **
14018 AGATTGTAAAACCGTTTACAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCAACTATAAATGGACT
324 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
14083 TTTTTTGCCAATGAATGTACTTTTGTCTATGTTTC-CTGTGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
389 TTTCTTGCCAATGAATGTACTTTT-TCTACGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * *
14147 -TGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTT
452 AT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
* *
14206 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATA-ACTTTTCTTATCAATGAATG
* * *
14271 CTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATTGACTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
65 C-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
** ** *
14336 AAATTCAACTTCAAAACAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 AAATTCAACTTCAAATTAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * *
14401 GGAATAGGTAATTATGAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTTTACATGTTTCCCAAG
194 AGAATAGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAG
** **
14466 ATAGGTATTTAATTATAGTTTATTTTTTAAAAAAATGT-AAAAAATCTCAACTTTAAAATCAATT
259 GGAGACATTTAATTATAGTTTA-TTTTTAAAAAAA-GTAAAAAAAT-TCAACTTTAAAATCAATT
*
14530 ATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
321 ATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * *
14595 ACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCT
386 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTACTTTTTC-T-ACGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* *
14659 GTTATAACCAAAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
449 GTTATAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
14721 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAACTTTTCTTATCAATGAATGC
TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTCAAATTAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAG
AATAGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGG
AGACATTTAATTATAGTTTATTTTTAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGAG
ATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGTACTTTTTCTACGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTT
Found at i:16577 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15743--16971 Score: 801
Period size: 169 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
15733 CTAAAAATAA
* *
15743 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTA-ATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** *
15807 TTGAAGAAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTT
65 TTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT--CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTT
* * ** * * *
15872 -TCAAGGT-GGACATCCGATTATCGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
128 CT-AAGGTAGG-CATTCAATTATTATCTATTTTAATCGAAAATGT
* * * **********
15915 AAAAAAAAATT-AATCTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGC
1 --AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
15979 TTTTGAAGGAATG-GTAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTCTCTTCACG-T
63 TTTTGAAGGAATGCGT-GACTATAAATGGACTTTTC-TCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTT
* * * * * *
16042 TTCTCAAGGT-GAACAATCAATTA-TAGTATGTTTTAACCAAAAATGT
126 TTCT-AAGGTAG-GCATTCAATTATTA-TCTATTTTAATCGAAAATGT
* * * *
16088 GAAACAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTGAAAGCG-AGTAATAAGGCT
********** * * *
16152 TTTGAAGGAATNNNNNNNNNNAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAG-TTTTCTCTATATGTTT
64 TTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTC-TCTCAATGAATGGCTTTT-TCTACATGTTT
** * * * *
16216 TCCGAGGTAGGCGTTCAATTATTCTCTGTTTTAAT-GAAAATTT
127 TCTAAGGTAGGCATTCAATTATTATCTATTTTAATCGAAAATGT
* * * ********** * **
16259 GAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGATTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * ** *
16324 TGAAAGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTT
66 TGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT--CAATGAATGGCTTTTTCTACATG-TTTT
* * * *
16388 CGAA-GTAGACATTCAATTATTATCCATTTTAATCGACAATGT
128 CTAAGGTAGGCATTCAATTATTATCTATTTTAATCGAAAATGT
* * * *
16430 AAAAAAATTTAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
16495 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTTCTA
66 TGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTCTA
*
16560 AGGCAGGCATTCAATTA-TAGT-TATTTTAAT-GAAAAATGT
131 AGGTAGGCATTCAATTATTA-TCTATTTTAATCG-AAAATGT
* * * * * ** *
16599 ATAAAAGTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATTATTTAAATTGGGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
**** * * *
16664 TGAAGGAATATAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAATGGCTTTTTCGACATGTTTCCT
66 TGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTC-TCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTCT
* * *
16729 GAGGTA-GCATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CGAAAATGC
130 AAGGTAGGCATTCAATTATTATCTATTTTAATCGAAAATGT
**********
16768 AAAAATAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
16832 TTGAAGGAATATGTGACAATAAATTGACTTTGCT-TACCAATGAATATG-TTTTTCTCCACG-TT
65 TTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT--CAATGAAT-GGCTTTTTCTACATGTTT
* * * **
16894 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
127 TC-TAAGGTAGGCATTCAATTATTATCTATTTTAATCGAAAATGT
*
16939 AACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
16972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 197, Indels: 77
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 6 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTCTA
AGGTAGGCATTCAATTATTATCTATTTTAATCGAAAATGT
Found at i:17989 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 17722--18052 Score: 427
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
17712 ATTTAAAATG
* * *
17722 AGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTAATAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCCTTTT
* * *
17787 TTTTCATGTTTCTCAATATAGACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAA
66 TCTTCATATTTCTCAACATAGACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAA
*
17852 GTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAATCGTTTAAAGCA
131 -TTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATTGTAAAATCGTTTAAAGCA
* * *
17897 AGTAATAAGGCTTTT-AATGGAATGGG-AGACCATAAATGAACTTTT-TCTGCTAATGAATGCCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTA-ACAATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATCCCT
* * * * **
17959 TTTTCTTCATATTTCTCGACGT-GAACATTCAATTAAAATATGTTTTAGCTGAAAAAGTAAAAAA
63 TTTTCTTCATATTTCTCAACATAG-ACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA
* *
18023 AAAATTGAACTTAGAATCAATTTCGAGATT
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATT
18053 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 18, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 28 0.21
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (174 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCCTTTT
TCTTCATATTTCTCAACATAGACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATTGTAAAATCGTTTAAAGCA
Found at i:18575 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18278--20163 Score: 1504
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 169
18268 NNNNNNNNNN
* * * *
18278 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGGG-AG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-
* * * * * *
18342 ACTATAAATGAAATTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCAT--G-TTTCTAGAGATAGACAT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-CTTTTT-TT-ATACGTTTTCCA-AGGTAGACAT
* * * *
18404 TCGATTATTGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTT
126 TCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
18449 CAAATCAATTATGGGATCATAAAATCATTTAAAACGAGCAACAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTAA
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* ** *
18513 CTATAAATGTACTTTTCTTTCCAATGAAATGGCTTTTTTTATACGTTTTCCAAGACAGACATTGA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATG-AAT-GCTTTTTTTATACGTTTTCCAAGGTAGACATTCA
* *
18578 ATTATAGTTTATTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTT
129 ATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TT
* * * * *
18621 AAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTACAA-CGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA
* * * * *
18685 ACTATCAATGGACTTTT-TTTGCCAATGAAT-ATATTTTTGTCTATGTTTCTTTC--GGTAGACA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATGAATGCT-TTTTT-TATACG-TT-TTCCAAGGTAGACA
* *
18746 TTCAATTATAGTCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
125 TTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
** * *
18792 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGG-AG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-
* *
18856 ACTATAAATAGACTTTTCTTAT-CAATGAATGCTTTTTTCT-TCACG-TTTCTAAAGGTAGACAT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGCTTTTTT-TAT-ACGTTTTC-CAAGGTAGACAT
* * ***
18918 TCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAAAAAACTT
126 TCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
18964 GAAATCAAATATGGGATCATAAAATCATTTAAA-CAGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA
* * * * *
19028 ACTATAAATGGACTCTTT-TTCCCAATGAAATCGCTTTTTCTATACATTTCCCAAGGCAGACATT
65 ACTATAAATGGACT-TTTCTTTCCAATG-AAT-GCTTTTTTTATACGTTTTCCAAGGTAGACATT
* * * *
19092 TAATTATAGTATTTTTATAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTT
127 CAATTATAGTCTATTT-TAACAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TT
* * * * *
19137 AAATTTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
* * * * **
19202 CAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT--G-TTTCTCAATCTAGACATT
66 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GCTTTTT-TT-ATACGTTTTC-CAAGGTAGACATT
* * *
19264 TAATTATAGTATGTTTTAGACAAAAATAG-AAAAAAATTCAACTT
127 CAATTATAGTCTATTTTA-ACAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTT
* * *
19308 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
* * * ** * * *
19373 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTATTCCT-TACGTTTTTCAAGGTAGACACTCG
66 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GCTT-TTTTTATACGTTTTCCAAGGTAGACATTCA
* *
19437 ATTATTA-TCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTGAACTT
129 ATTA-TAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
19479 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-
* * *
19543 ATTATAAATGGACTTTTGTTAT-CAATGAATGCTATTTTCTTCAT--G-TTTCTCAAGCTAGACA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGCT-TTTT-TT-ATACGTTTTC-CAAGGTAGACA
* *
19604 ATCAATTATAGCCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
125 TTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
19650 AAAATAAATCAATTAGATTATAAAA-CAGTTTAAAGTGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 AAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * *
19714 TGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAATAACTTTTTTTACACATTTCCCGAGGTGGGCAT
63 TAACTATAAATGGACTTTTCTTTC-CAATGAAT-GCTTTTTTTATACGTTTTCCAAGGTAGACAT
** * * * *
19778 TCAATTATTCTCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT
126 TCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
19822 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
* ** ** * ************
19887 CTGTAAATAAACTTTT-TTTATGAATGAATACCTTTTTCTTCATA-GTTTTTGNNNNNNNNNNTT
66 CTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATGAAT-GCTTTTT-TT-ATACGTTTTCCAAGGTAGACATT
* * * *
19950 -AGTTATTGTCTGTTTT-ACGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTT
127 CAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TT
* * * * *
19993 AAAATCAAGTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGACGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
* * * * * ** * * *
20058 CTAGAAATAGACTTTTCTTGCCGATGAATGCATTTTTGTCCACG-TTTCTTATGGTAAACATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGC-TTTTTTTATACGTTTTC-CAAGGTAGACATTCA
*
20122 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT
129 ATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
20163 A
1 A
20164 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 16 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTTTATACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:18918 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18278--20163 Score: 1715
Period size: 343 Copynumber: 5.5 Consensus size: 341
18268 NNNNNNNNNN
* * * *
18278 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGGG-AG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-
* * * * * * * ** *
18342 ACTATAAATGAAATTTTCTTACTAATGAATGT-CTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTTC-T-ACGTTTCTTTAGGTAGACATTC
* * * * * *
18406 GATTATTGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGGGATCATAA
128 AATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
18471 AATCATTTAAAACGAGCAACAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTA-ACTATAAAT-GTACTTTTCTT-
193 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATAG-ACTTTTCTTA
* * *
18532 TCCAATGAAATGGCTTTTTT-TAT-ACGTTT-TCCAAGAC-AGACATTGAATTATAGTTTATTTT
256 T-CAATG-AAT-GCTTTTTTCT-TCACGTTTCT-CAAG-CTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
**
18593 AAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTT
315 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TT
* * * * *
18621 AAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTACAA-CGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA
* * * *
18685 ACTATCAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATATATTTTTGTCTATGTTTCTTTCGGTAGACATTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTT-TCTACGTTTCTTTAGGTAGACATTCA
* * *
18750 ATTATAGTCTGTTTGAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
129 ATTATAGTCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * *
18814 AGTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
193 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* * *
18879 AATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAA
258 AATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
***
18944 ATGTAAAAAAAAAAAAACTT
323 ATGT-AAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
18964 GAAATCAAATATGGGATCATAAAATCATTTAAA-CAGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA
* * * * *** *
19028 ACTATAAATGGACTCTTT-TTCCCAATGAA-ATCGCTTTTTCTATACATTTCCCAAGGCAGACAT
65 ACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATAT--ATTTTT-TCTACGTTTCTTTAGGTAGACAT
* * ** * * *
19091 TTAATTATAGTAT-TTTTATAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATTTAATTATGAGATT
126 TCAATTATAGTCTATTTTA-ATCAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
19155 GTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCT
189 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * * * * *
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318 AAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTT
* * *
19308 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
* ** * * * * *
19373 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTATTCCTTACGTTT-TTCAAGGTAGACACTCG
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTTC-TACGTTTCTT-TAGGTAGACATTCA
* * *
19437 ATTATTA-TCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
129 ATTA-TAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
19501 AACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAAATGGACTTTTGTTATC
193 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* * * * *
19566 AATGAATGCTATTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAATCAATTATAGCCTATTTTAACAAAAA
258 AATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
19631 ATGTAAAAAAATTCAACTT
323 ATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
19650 AAAATAAATCAATTAGATTATAAAA-CAGTTTAAAGTGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 AAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * *** * *
19714 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATA-ACTTTTTT-TACACATTTCCCGAGGTGGGC
63 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATATA-TTTTTTCT--ACGTTTCTTTAGGTAGAC
** * * *
19776 ATTCAATTATTCTCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
124 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
19840 ATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTGTAAATAAACTTTTTT
189 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *********** * *
19905 TATGAATGAATACCTTTTTCTTCATAGTTTTTGNNNNNNNNNNTT-AGTTATTGTCTGTTTT-AC
254 TATCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* *
19968 GAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTT
318 AAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TT
* * * * *
19993 AAAATCAAGTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGACGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
* * * ** * *
20058 CTAGAAATAGACTTTTCTTGCCGATGAATGCATTTTTGTCCACGTTTC-TTATGGTAAACATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTT-TCTACGTTTCTTTA-GGTAGACATTCA
*
20122 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTA
129 ATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
20164 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 234, Indels: 100
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 110 0.09
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343 488 0.39
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345 137 0.11
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTTCTACGTTTCTTTAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
GAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTT
Found at i:19249 original size:516 final size:512
Alignment explanation
Indices: 18278--19928 Score: 1855
Period size: 516 Copynumber: 3.2 Consensus size: 512
18268 NNNNNNNNNN
* * * **
18278 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGGGAGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
* * * *
18343 CTATAAAT-GAAATTTTCTTA-CTAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATT
66 CTATAAATAG-ACTTTTCTTATC-AATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATT
* * *
18405 CGATTATTGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGGGATCATA
128 CGATTATTGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATCATA
* * *
18470 AAATCATTTAAAACGAGCAACAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGTACTTTTCTTTC
193 AAATCATTTAAAA-GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * *
18534 CAATGAAATGGCTTTTTTTATACGTTTTCCAAGACAGACATTGAATTATAGT-TTATTT-TAAGG
257 CAATGAAAT-GCTTTTTCTATACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATT-TTTATAA-A
* * *
18597 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTACAA-CGAATA
319 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTA-AAGCGAGTA
* ** * * *
18661 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCAACTATCAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATATA-TTTTTGT
383 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-ACTTTTTTT
* *
18725 CTATGTTTCTTTCGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
447 C-ATGTTTCTATCGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
18790 TT
511 TT
** *
18792 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGAGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
*
18857 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCGA
* ** * *
18922 TTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAAAAAAACTTGAAATCAAATATGGGATCATAA
131 TTATTGTCTATTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAA
* *
18986 AATCATTTAAACAGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTCTTT-TTCC
194 AATCATTTAAA-AGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACT-TTTCTTAC
*
19050 CAATGAAATCGCTTTTTCTATACATTTCCCAAGGCAGACATTTAATTATAGTATTTTTATAAAAA
257 CAATGAAAT-GCTTTTTCTATACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATTTTTATAAAAA
* *
19115 AAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATTTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
321 AAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
19180 AGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
386 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTT-TTCAT
* *
19245 GTTTCTCAATC--TAGACATTTAATTATAGTATGTTTTAGAC-AAAAATAG-AAAAAAATTCAAC
450 GTTTCT--ATCGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAAC
19306 TT
511 TT
* * * *
19308 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
** * * * * * *
19373 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTATTCCTT-ACGTTTTTCAAGGTAGACACTCG
66 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCG
* * * * *
19437 ATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
130 ATTATTGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAA
* * * * *
19502 A-CAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGATTATAAATGGACTTTTGTTAT
195 ATC-ATTTAAA-AGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* *
19565 CAATG-AATGCTATTTTCT-T-CATGTTTCTCAA-GCTAGACAATCAATTATAGCCTA-TTTTA-
257 CAATGAAATGCT-TTTTCTATACA--TTTCCCAAGGC-AGACATTCAATTATAG--TATTTTTAT
* * * * *
19624 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATAAATCAATTAGATTATAAAA-CAGTTTAAAGTG
316 AAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATAAAT-TATGAGATTGTAAAACCA-TTTAAAGCG
19687 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAACTT
379 -AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATAACTT
** **** * * ** *
19751 TTTTTACACATTTCCCGAGGTGGGCATTCAATTATTCTCTGTTTTAA-TGAAAAATAT-AAAAAA
442 TTTTT-CATGTTTCTATCGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAA
*
19814 TTTAACTT
505 TTCAACTT
* * * *
19822 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
* * * * * *
19887 CTGTAAATAAACTTTTTTTATGAATGAATACCTTTTTCTTCA
66 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
19929 TAGTTTTTGN
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 124, Indels: 78
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
512 2 0.00
513 25 0.03
514 313 0.32
515 239 0.25
516 371 0.38
517 22 0.02
518 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCGA
TTATTGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAA
TCATTTAAAAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
GAAATGCTTTTTCTATACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTATTTTTATAAAAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTTTCATGTTTCT
ATCGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:21788 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 21496--21800 Score: 391
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
21486 NNNNNNNNNN
*
21496 AGTAATAAGGCTTTTGATAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATAATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGATAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAATTTTT
** * * * *
21561 TCTTCATGTTTTTCAAGCTGGACAATCGATTATCATTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTA
66 TCTTCACATTTCTCAAGCTAGACAATCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTA
*
21626 AACTTAAAGTCAATTATGCGATAAAGG
131 AACTTAAAATCAATTATGCGATAAAGG
* * * * **
21653 AGTAATAAGGCTTTTGATGGAAT-GGTAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCATTGAGTGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGATAGAATGGGT-GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAATTTT
* * *
21717 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAATTAATTAT-AGTCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAGAAAA
65 TTCTTCACATTTCTCAAGCTAGACAATCAATTATCA-TCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAA
**
21780 TTCTACTTAAAATCAATTATG
128 TTAAACTTAAAATCAATTATG
21801 AGATTATAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 19, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.03
157 121 0.96
158 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (157 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGATAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAATTTTT
TCTTCACATTTCTCAAGCTAGACAATCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTA
AACTTAAAATCAATTATGCGATAAAGG
Found at i:22088 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 21647--22684 Score: 1017
Period size: 169 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
21637 AATTATGCGA
* * * *
21647 TAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAAT-GGTAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCATTGAG
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTC-T-TCAATGAA
* * * ** *
21710 T-GCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAATT-AATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATA
63 TGGCTTTTTT-TACACGTTTCTTAAGGTAGAC-ATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATGAAAAATG
*
21772 TAAGAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
125 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*
21817 TAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAA
1 TAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC--TTCAATGAA
* * * * * * *
21882 TGG-TTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATTCTCTATTTTAATGAAAATTTTA
63 TGGCTTTTTT-TACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTA
*
21946 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * * *
21988 T-AAGACGAGTAATGGGGCTTTTGAAAGAATGCGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAA
1 TAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C-AATGAA
** * * * * * * *
22052 TACCTTTTTTTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCCGTTTTAATCAAAAATGGAA
63 TGGCTTTTTTTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAA
* * * * *
22117 ACAATTTAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATT
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** *
22158 TAAAGCGTGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAATGAATG
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCAATGAATG
* * * * *
22223 GCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTA-TAGCCGTTTTAATGAAAAATGTATA
65 GCTTTTTTTACACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTA-A
* * *
22286 AACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATT
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*** * * ** **
22327 TAAATTAAGTAATAAGACTTTTGAAGAAAAAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT--CAATGAAT
** * * * * **
22392 GGCTTTTTCGACACGTTTCCTGAGGTAG-CATTAAATTATTATTTGTTTTAATG-AAAATACAAA
64 GGCTTTTTTTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAA
* * *
22455 AATAATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
129 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
22496 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCAATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT--CAATGAAT
* * * *
22561 GTG-TTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAT-T-TTTT-TTAAAAAATGTAA
64 G-GCTTTTTTTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAA
* *
22622 CAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
128 -AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*
22664 TAAGGCGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
22685 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 122, Indels: 50
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 92 0.13
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170 234 0.32
171 56 0.08
172 92 0.13
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCAATGAATGG
CTTTTTTTACACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
Found at i:22312 original size:339 final size:331
Alignment explanation
Indices: 21652--22684 Score: 984
Period size: 339 Copynumber: 3.0 Consensus size: 331
21642 TGCGATAAAG
* * * ** * * ** * * * *
21652 GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGTAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCATTGAGTGCTTTT
1 GAGTAATAAGACTTTTGAAGAAAAAGAAGACCATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTT
** * * * *
21717 TTCTTCACATTT-CTCAAGGTAGACAATTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAGAAAAT
66 TTCGACACGTTTCCT-AAGGTAGAC-ATTAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATA-CA-AAAAT
21781 TCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
127 T-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
21845 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGGTTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGTA
189 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC--TTCAATGAATGG-TTTTTCTACACGTTTCTTGAGG-A
* * * * *
21910 GGCATTCAATTATTCTCTATTTTAATGAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
250 AGCATTCAATTATAC-C-ATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
21975 TTATAAAACCATTTAAGAC
313 TTATAAAACTATTTAAGAC
** * * * ** * *
21994 GAGTAATGGGGCTTTTGAA-AGAATGCGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATACCTT
1 GAGTAATAAGACTTTTGAAGAAAAAG-AAGACCATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTT
*** * ** * **
22058 TTTTTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCCGTTTTAATCAAAAATGGAAACAATT
65 TTTCGACACGTTTCCTAAGGTAGACATT-AATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATACAAA-AATT
* * * **
22123 TAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGATTTTTGAAGGAAT
128 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
*
22188 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCAAGCA
192 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCAATGAATGG-TTTTTCTACACGTTTCTTGAGG-AAGCA
* * *
22253 TTCAATTATAGCCGTTTTAATGAAAAATGTATAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
254 TTCAATTATA-CCATTTTAATGAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
22318 AAAACTATTTAA-ATT
317 AAAACTATTTAAGA-C
* * * **
22333 AAGTAATAAGACTTTTGAAGAAAAAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGACTTTTGAAGAAAAAGAAGACCATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTT
* * * *
22398 TTCGACACGTTTCCTGAGGTAG-CATTAAATTATTATTTGTTTTAAT-GAAAATACAAAAATAAT
66 TTCGACACGTTTCCTAAGGTAGACATT-AATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATACAAAAAT--T
* *
22461 CAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
128 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * *
22526 GGGTGGCAATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAATGTGTTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGAC
192 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT--CAATGAATG-GTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGAAG-C
* ** * *
22591 ATTCAATTATTA--TTTTTTTTAAAAAATGTAACAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTA
253 ATTCAATTA-TACCATTTTAATGAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
22654 TAAAACTATTTAAGGC
316 TAAAACTATTTAAGAC
*
22670 GAGTAATAAGGCTTT
1 GAGTAATAAGACTTT
22685 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 102, Indels: 45
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 4 0.01
337 78 0.14
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342 86 0.15
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
GAGTAATAAGACTTTTGAAGAAAAAGAAGACCATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTT
TTCGACACGTTTCCTAAGGTAGACATTAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATACAAAAATTTAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTCAATGAATGGTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGAAGCATTCAATT
ATACCATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
TAAGAC
Found at i:22330 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 21647--22684 Score: 950
Period size: 170 Copynumber: 6.1 Consensus size: 166
21637 AATTATGCGA
* * * *
21647 TAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATG-GTAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCATTGAG
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTC-T-TCAATGAA
* * ** * ** *
21710 T-GCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAATT-AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
63 TGGC-TTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAG-C-ATTCAATTATAG-CCGTTTTAATGAAAAATGT
* *
21773 AAGAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
124 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* *
21817 TAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAA
1 TAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC--TTCAATGAA
* * * * * *
21882 TGGTTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTAT-TCTCTATTTTAATGAAAATTTTA
63 TGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTA-GCATTCAATTATAGC-C-GTTTTAATGAAAAATGTA
* *
21946 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
125 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
** * * * *
21988 T-AAGACGAGTAATGGGGCTTTTGAAAGAATGCGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAA
1 TAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C-AATGAA
** * * * * * * * *
22052 TACCTTTTTTTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCCGTTTTAATCAAAAATGGAA
63 TGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAG-CATTCAATTATAG-CCGTTTTAATGAAAAATGTAA
* * * *
22117 ACAATTTAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TCATT
126 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT
* **
22158 TAAAGCGTGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAATGAATG
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCAATGAATG
*
22223 GCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCAAGCATTCAATTATAGCCGTTTTAATGAAAAATGTATAAA
65 GCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGG-TAGCATTCAATTATAGCCGTTTTAATGAAAAATGTA-AAA
* *
22288 CATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATT
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
*** * ** *
22327 TAAATTAAGTAATAAGACTTTTGAA-GAAAAAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT--CAATGAA
* * * *** **
22391 TGGCTTTTTCGACACGTTTCCTGAGGTAGCATTAAATTATTATTTGTTTTAATG-AAAATACAAA
63 TGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGCATTCAATTA-TAGCCGTTTTAATGAAAAATGTAAA
* *
22455 AATAATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
127 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * *
22496 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCAATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT--CAATGAAT
* * * * * ** *
22561 GTG-TTTTTTTATATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA---TTTTTTTTAAAAAATGTAA
64 G-GCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAG-CATTCAATTA-TAGCCGTTTTAATGAAAAATGTAA
*
22622 CAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
126 -AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
*
22664 TAAGGCGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
22685 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 118, Indels: 64
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 91 0.13
169 236 0.33
170 240 0.33
171 51 0.07
172 90 0.13
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (166 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCAATGAATGG
CTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGCATTCAATTATAGCCGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
Found at i:23868 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22922--27588 Score: 3456
Period size: 170 Copynumber: 27.5 Consensus size: 170
22912 NNNNNNNNNN
** ** *
22922 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTAAGTTAA-AAGACTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** * * * **** * * * * * *
22986 AATAGGTGATTATAAATAAACATTTCCTGTCAATGAATGGAGTTTTCTACACGGTTCCCGACGTA
65 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * ** * *
23051 CG-CTTTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAATTATAAAAAAA
129 -GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * **
23093 -TCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * ** * * * * ** *
23157 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-T-CCTTAATGAATGGCTTTTTATACACGTTTGTTGAGAT
66 ATG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC--AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * ** * *
23220 AGACATGCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAGTGTACAAAAA
128 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * **********
23263 TTTAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * **
23328 ATGGGTAA-TAATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATATA
66 AT-GGTAACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * *
23391 GACATACAATTAAAATATGTTCTAACCGAAAAA-GTAAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAAATGT-AAAAAAA
* * * * * * *
23434 GTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATG
1 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * **
23499 GAATGAG-AGACCATAAATGGACTTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
64 GAATG-GTA-ACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* ** *
23561 GGTAGACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAAAATGTAAAAATAA
125 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AA
* * ********** *
23608 TTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAAGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* *
23673 AT-GTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
66 ATGGT-A-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * *
23737 GACATTCGATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAG
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
23779 TTCAACTTCAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* ** *
23844 ATGAGTAACTATAAATGTACTTTTCTT-CTCAATGAAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTT-TCCAAG
66 ATG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG-AATACCTTTTTCT-TCATGTTTCT-CAAG
** * * * **
23906 ACAGACATTGAATTATAGTTTATTTTAAGAAAAAATGTAAAAGAAA
126 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAA
* * * * * * * *
23952 TTTAATTTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAATCATATAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
1 TTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
24016 AATGGATGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGCT
65 AATGG-T-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* *
24080 AGACATTCAATTATAGT-TGATTTTAACAAAAAAT-TGAAAACAA
128 AGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAA
* ********** * *
24123 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNACAAGGCTTTTAAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * * * * *
24188 ATGGGAGATTATAAATGAATTTTTCTTACTATTGAATACCTTTTTTTTCAAGTTTCTCGAGGTAG
66 ATGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
24253 ACAATT-AACTATAGTATGTTTTAACC-AAAATATAAAATAA
130 AC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
********** * **
24293 TTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAAGTAATAAGGCTTTTGAATT
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** *
24358 AATTGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACGCGTTTCCCAAGGT
65 AA-TGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * **
24422 AGGCATTCAATTA-ATCTCTGTTTTAA-TGAAAATGT-AAAAAA
128 AGACATTCAATTATA-GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * ** ** * * *
24463 TTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAATTAGGGTAAGTAATGAGACTTTTGAAAGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * * ** * *
24528 ATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATACCTTTTTTTTCACGTTTGTTGAGATTG
66 A-TGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * *
24593 ACGTTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
130 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * **
24634 TTCAAC-TATAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAACCAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
********** * **
24698 AATGGGTAACTATANNNNNNNNNNTCTTCCCAATGAAATGGCTTTTTCTAT-ACT-TTTCTCAAG
65 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATACCTTTTTCT-TCA-TGTTTCTCAAG
* * * * *
24761 GTAGACATTTAATTATAGTTTATTTTGAA-GAAAAATATAAAAAAA
126 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * **********
24806 ATCAAATTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGG
1 TTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
24871 AATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTCTTCTTCACGTTTCTC-A---A
65 AATG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
24932 G-C--TAAATTATAGTCTATTTTAACCCAAAATGGAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ********** * *
24971 TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* ** * *
25036 ATGGGTGACTATAAATGGACACATT-TTGCCAATGAATACCTTTTTC--CATACGTTTTTTAAGG
66 AT-GGTAACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT--GTTTCTCAAGG
* * * *
25098 TAGACACTCGATTATTGTTTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAA
127 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
25141 CTTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATATGGCTTTTGAAGG
1 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** * * ** *
25206 AATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTA
65 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* *
25271 GACAATCAATTATAG-CTTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
25313 TTCAACTTAAAATAAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** *
25377 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTC-T-ATAGATTTCCCAAG
65 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTTCAT-G-TTTCTCAAG
* ** ** *
25439 GTGGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
126 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
25484 TT-AACTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAG---TAA------TG-AGG-
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * ** * ** *
25537 -T-G--ATTGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATGAATACTTTTTTCTTCATAGTTT-TTGAGATAG
66 ATGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAG
* * **
25597 ACATTGAATTATTGTCTGTTTT-ATGAAAAATGTAAAAAAA
130 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
25637 TTAAACTTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * * * * ***
25702 AATGGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTGTCCACGTTTCTTGTGGTA
65 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* *
25767 GACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
25809 TTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * ** * * *
25874 ATAAG-AGATTATAAATGGACTTTT-TTATCGATGAATGCCTTTTT-TTACA--TTTCTCGAGGT
66 AT-GGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGT
* * *
25934 AAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
128 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
25977 TTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * ** * *
26042 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGA-C-TTTTCTACACATTTCCCAAGGC
66 AT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * *
26105 AAACAGTT-AATTATAGTTTATTTTAA--AAAAATGTAAAAAAA
128 AGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** * * **
26146 TTCAACTTCAAAATCAATTAT-AGGATTGTAAAACTGTCTAAAGGGAAAAATAAGGC-TTTGAAA
1 TTCAACTT-AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AA
* ** * * *** * *
26209 AGAATAGGGGACTAGAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTT-GTCTATGTTTCTCATG
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** * * **
26273 GTAGACATTCAATTATAGTCAATCTGAATGAAAAATGTAAAAAAA
126 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** *
26318 TTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * ** * *
26382 ATGAG-AGACTATAAATAGACTATTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTA
66 ATG-GTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
26446 TACATTCAATTTTTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
26488 TTCAACTTCAAAA-CAATTAT-AGGATCATAAAACCATTTAAA-CGAGTAACAAGGC-TTTGAAG
1 TTCAACTT-AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * ** * * *
26549 GAATAAGTAATTATAATTGGACTTTTCTTTCCAATGAAATGGCGTTTTCTAT-GTGTTTCCCAAG
64 GAAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATACCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAG
** * * * * ** * *
26613 GTAGGTATTTAATTATATTTTATTTTAAAGAAAAACGTAAAAAAT
126 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
26658 TTCAACTTTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGA
1 TTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * *
26723 AATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTA
65 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
26788 GACATTCAATTATAGTTTATTTTAA-TAAAAA-ATAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
26828 ATCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * *
26892 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGCTAG
66 ATG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* **
26957 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAA
130 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
26998 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGATGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * ** * *
27062 ATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTGTTTCTTCACATTTCTTAAGCTAGA
66 ATGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
27127 CATTCTATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGGAAAAAAA
131 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** * *
27167 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAAG-GAGCAATAAGGTTTTTGATA-
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AG
* * * * *
27230 GAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGCTA
64 GAATGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
*
27295 GACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG-AAAAAAA
129 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
27336 GTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAGAAGGCTTTTGATA-
1 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AG
* * * * *
27400 GAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCCATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
64 GAATGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* ** *
27465 GACATTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATAA
129 GACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AA
* * * * *
27508 -TCACCTTAAATTCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
27572 ATGAG-AGACTATAAATG
66 ATG-GTA-ACTATAAATG
27589 AATTTTTTTT
Statistics
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Found at i:25294 original size:679 final size:675
Alignment explanation
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Period size: 679 Copynumber: 6.9 Consensus size: 675
22912 NNNNNNNNNN
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* * * ** * *
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** * * * *
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* * * * * *
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**** * * * * **
23307 NNNNATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-AATAATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTT
385 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTT
* ** * * * * * * * *
23370 TTCT-T-CATGTTTCTCAATATAGACATACAATTAAAATATGTTCTAACCGAAAAAGTAAAAAAA
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** * * * * * *
23433 AGTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAT
510 A-TCAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT-AA
* * * * *
23498 GGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
571 GGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTC-TCA
* * * *
23561 GGTAGACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAAAATGTAAAAATAA
633 --TAGACA-TAAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AA
* * * ********** *
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1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * **
23673 ATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAT--GTTTCTCGAGGT
66 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC--CATACGTTTCTTAAGGT
* * * *
23736 AGACATTCGATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTCAAATCAATTATGG
129 AGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
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* ** * *
23866 TTCTTCTCAATGAAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTT-TCCAAGAC-AGACATTGAATTATAGTTTA
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** * * * * ** * *
23928 TTTTAAGAAAAAATGTAAAAGAAATTTAATTTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAATCATATAA
318 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAA
* * * * * * * **
23993 AG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATC
381 AGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGC
* * * * * *
24057 TTTTTCT-TCATATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTTGATTTTAACAAAAAATTGAAAAC
446 TTTTTCTAT-ACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAA-T-AAAAA
* * ********** *
24121 AATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNACAAGGCTTTTAAA
508 AAATCAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT-AA
* * * * * * * * * *
24185 GGAATGGGAGATTATAAATGAATTTTTCTTACTATTGAATACCTTTTTTTTCAAGTTTCTCGAGG
571 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A--
* * * * * *
24250 TAGACAATTAACTATAGTATGTTTTAACC-AAAATATAAAATAA
633 TAGAC-ATAAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
********** * * * **
24293 TTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAAGTAATAAGGCTTTTGAATT
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTT-AAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** **
24358 AATTGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACGCGTTTCCCAAGGT
65 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCCATACGTTTCTTAAGGT
* * * ** * * *
24422 AGGCATTCAATTAATCTCTGTTTTAA-TGAAAATGTAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAG
129 AGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
24486 ATTATAAAACAAATT--AGGGTAAGTAATGAGACTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATAGACT
194 ATTATAAAACAATTTAAAGGG--AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
24549 TTTCTTGCGAATGAATACCTTTTTTTTCACGTTTGTTGAGATTGACGTTCAATTATTGTCTGTTT
257 TTTCTTTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
* *
24614 TAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TATAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAACG
321 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCG
* * **********
24678 AGTAACCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATANNNNNNNNNNTCTTCCCAATGAAATGGCTTT
385 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATG-AATGGCTTT
* * * *
24743 TTCTATACTTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTTTATTTTGAAGAAAAATATAAAAAAAAT
449 TTCTATACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTT-AATAAAAA-ATAAAAAAAAT
* * * ********
24808 CAAATTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGAA
512 CAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT--AAGGCTTTAAGGAA
* * *
24873 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTCTTCTTCACGTTTCTCA-AG-C-T
575 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCATAGACAT
* *
24935 AAATTATAGTCTATTTTAACCCAAAATGGAAAAAAA
640 AAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ********** *
24971 TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** *
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66 ATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCCATACGTTTCTTAAGGTA
* * * *
25100 GACACTCGATTATTGTTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAACTTCAACTTGAAATCAATTATGAG
130 GACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
25165 ATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTT
194 ATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
25230 TCTTATCAATGAATGCCATTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACAATCAATTATAG-CTTGTTTT
259 TCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTC-TATTTT
* * * * *
25294 AACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA
322 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCG-A
* *
25358 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTT
386 GTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTT
* * ** * * *
25423 CTATAGATTTCCCAAGGTGGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT-TA
451 CTATACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATCAA
* * *
25487 ACTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAAT---G-----AGG--TGA-T
515 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAGGAATGAGT
* ** * * * * *
25541 ---TGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATGAATACTTTTTTCTTCATAGTTTTTGAGATAGACATTG
580 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA-CGTTTCT--CATAGACA-TA
* * **
25603 AATTATTGTCTGTTTT-ATGAAAAATGTAAAAAAA
641 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
25637 TTAAACTTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * **
25702 AATGGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTGTCC--ACGTTTCTTGTGG
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* * * * *
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128 TAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
25830 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGAGATTATAAATGGAC
192 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
25894 TTTT-TTATCGATGAATGCCTTTTT-TT-ACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATT
256 TTTTCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATT
25956 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCG
320 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
26021 AGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGAC-TT
385 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATG-AATGGCTTT
* * * * *
26085 TTCTACACATTTCCCAAGGCAAACAGTT-AATTATAGTTTATTTTAA-AAAAATGTAAAAAAATT
449 TTCTATACATTTCCCAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAA-ATAAAAAAAAT
* ** * * ** *
26148 C-AACTTCAAAATCAATTAT-AGGATTGTAAAACTGTCTAAAGGGAAAAATAAGGCTTTGAAAAG
512 CAAACTT-AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT--AAGG
* * * *** * *
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* * * * **
26274 TAGACATTCAATTATAGTCAATCTGAATGAAAAATGTAAAAAAA
633 TAGACA-TAAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * ** *
26318 TTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * ** * ** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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193 GATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** *** * ** * * *
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258 TTCTTT-CAATG-AATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATT
** * * * *
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320 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATG-GGATCATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
26701 CGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTT
383 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTT
* * *
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448 TTTCTAT-ACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAT
* * *
26830 C-AACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA
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26893 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGCTAGA
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* **
26958 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAA
637 CA-TAAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* *
26998 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGATGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
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* * * * * *
27190 ATTATAAAATAATTTAAAAGGAGCAATAAGGTTTTTGATAGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTT
194 ATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
27254 TCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
259 TCTT-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * *
27319 ACCAAAAATG-AAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAG
323 ACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** *
27383 TAAGAAGGCTTTTGATA-GAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCCATTTT
387 TAACAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTT
* ** *
27446 CT-TCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATAAT
451 CTAT-ACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTTTATTTTAATAAAAAATA-AAAAA-AAT
* * * *
27509 C-ACCTTAAATTCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAA
512 CAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT-AAGGAA
*
27573 TGAGAGACTATAAATG
575 TGAGTGACTATAAATG
27589 AATTTTTTTT
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Consensus pattern (675 bp):
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ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCCATACGTTTCTTAAGGTAG
ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATA
CATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATAAAAAAAATCAAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAGGAATGAGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCATAGACATAAATTATAGTC
TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
Found at i:26257 original size:509 final size:510
Alignment explanation
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22912 NNNNNNNNNN
* ** ** * *
22922 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTAAGTTAA-AAGACTTTTGAAGG
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* * ** * * ** * ** * *
22986 AAT-AGGTGATTATAAATAAACATTTCCTGTCAATG-AATGGAGTTTTCTACACGGTTCCCGACG
65 AATGA-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAAT-GACTTTTCTACACATTTCCCAAGG
* * * ** * * *
23049 TACG-CTTTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAT-TATAAAAAAATCAA-ATTAAAATTAATTA
128 CA-GACATT-AATTATAGTTTATTTTAAAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTA
* ** * * *
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190 TGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAATAGA
* * * ** * *
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* * * * *
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********* * * * *
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380 AAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAG-ACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * ** * *** * * *
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443 ACC-TTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACC-AAAAA-TATA
23428 AAAAAA
505 AAAAAA
* * * ** * * * * *
23434 GTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATG
1 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAG
* * * ** ***
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64 GAATGAGTA-ACTATAAATGGAC-TTTTCT-TCCCAATGAAATGAC-TTTTCTACACATTTCCCA
* * * * *
23560 AGGTAGACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTT-AAATCAA
125 AGGCAGACATT-AATTATAGTTTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTTAAAATCAA
* * ********** * *
23624 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAAGAATGTGAGACTATAAAT
187 TTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAAT
* * * * * * * * * *
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252 AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * * *
23754 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTCAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAA
317 TATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * *
23819 AGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGAATGAGTA-ACTATAAATGTACTTTTCTT-CTCAATGAAAT
381 AGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATG-AAT
* * * ** * * * ** *
23882 GGCTTTTTCTATACGTTT-TCCAAGACAGACATTGAATTATAGTTTATTTTAAGAAAAAATGTAA
443 -ACCTTTTCTTTACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAA
23946 AAGAAA
506 AA-AAA
* * * ** * * * *
23952 TTTAATTTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAATCATATAAAG-AAGTAATAAGGCTTTTGAAA-
1 TTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-AAAG
* * * * *
24015 GAATG-GATGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-AAT-ATCTTTTTCTTCATATTTCTCA
64 GAATGAG-T-AACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGA-C-TTTTCTACACATTTCCCA
* *
24076 A-GCTAGACATTCAATTATAGTTGATTTTAACAAAAAAT-TGAAAACAATTCAAC-TTAAAATCA
125 AGGC-AGACATT-AATTATAGTTTATTTTAA-AAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTTAAAATCA
* * ********** * * *
24138 ATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNACAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGAGATTATAA
186 ATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGCGACTATAA
* * * * * * * * * * * *
24202 AT-GAATTTTTCTTACTATTGAATACCTTTTTTTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACAATT-AACTAT
250 ATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGAC-ATTCAATTAT
* * ** * * ********** *
24265 AGTATGTTTTAACCAAAATATAAAATAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATT
313 AGTCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
* * ** * *
24330 TAAAACGAAGTAATAAGGCTTTTGAATTAATTG-GTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATG
378 T-AAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATG
* * * * * * * ** *
24393 AATAGCTTTT-TCTACGCGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTAATCTCTGTTTTAA-TGAAAATG
440 AATACCTTTTCTTTA--CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATA
24456 T-AAAAAA
503 TAAAAAAA
* * * * * ** ** ** *
24463 TTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAATTAGGGTAAGTAATGAGACTTTTGAAA-G
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-AAAGG
* * * * * * * ****
24527 AATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATG-AAT-ACCTTTTTTTTCACGTTTGTTGAG
65 AA-TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGA-C-TTTTCTACACATTTCCCAAG
*** * * * * * *
24589 ATTGACGTTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAT-AAATCAATTA
127 GCAGACATT-AATTATAGTTTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTA
* ** * ** * ** ******
24653 TGGGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAACCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATANNNNNN
190 TGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAATAGA
**** * ** * * * *
24718 NNNNTCTTCCCAATGAAATGGC-TTTTTCTATACTTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTTT
255 CTTTTCTTGCCAATG-AAT-GCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * *
24782 ATTTTGAAGAAAAATATAAAAAAAATCAAATTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAA
318 ATTTT-AATAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* ********** * * * * *
24847 AGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACC
381 AGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACC
* * * **
24912 TTCTTCTTCACGTTTCTCAAGCTA-A-ATT--A-TA--GTCTATTTTAACCCAAAATGGAAAAAA
446 TT-TTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
24970 A
510 A
* *********** * * *
24971 TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
* * ** * * * * ***
25036 ATGGGTGACTATAAATGGACACATT-TTGCCAATG-AAT-ACCTTTTTCCATACGTTTTTTAAGG
66 ATGAGTAACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCCAATGAAATGA-C-TTTTCTACACATTTCCCAAGG
* ** * * * *
25098 TAGACACTCGATTATTGTTTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAACTTCAAC-TTGAAATCAATTA
128 CAGACA-TTAATTATAGTTTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTTAAAATCAATTA
* * * * * ** *
25161 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGGGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAAT-GA
190 TGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAATAG-
** * * ** *
25225 ACTTTTCTTATCAATGAATGCCA-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACAATCAATTATAG-CT
254 ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTC-
* * * * *
25288 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT-AGATTATAAAACCATTTAA
317 TATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * *
25352 AGTGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG
381 AG-GGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-
* * * * * * * **
25416 GCTTTTTCTATA-GATTTCCCAAGGTGGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
443 ACCTTTTCTTTACG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAA
25480 AAAA
507 AAAA
* * * * *
25484 TT-AACTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGT---AA------T-GAGG-
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
* *** * * *** *
25537 -TGA-T---TGTAAATGGACTTTTCTTGTGAATG-AAT-ACTTTTTTCTTCATAGTTT-TTGAGA
66 ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGAC--TTTTCTACACA-TTTCCCAAGG
* * * * ** *
25594 TAGACATTGAATTATTGTCTGTTTTATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTTAAAATCAATTATG
128 CAGACATT-AATTATAGTTTATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATG
*
25659 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATAGACT
192 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAATAGACT
* *** *
25724 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTGTCCACGTTTCTTGTGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
257 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
* * *
25789 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
322 TAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGA
* * * * * *
25854 GTGATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGAGATTATAAATGGACTTTT-TTATCGATGAATGCCTTTT-
386 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTC
* * * *
25917 TTTACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
451 TTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
*
25977 TTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
* *
26042 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGACTTTTCTACACATTTCCCAAGGCAA
66 ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGACTTTTCTACACATTTCCCAAGGCAG
*
26107 ACAGTTAATTATAGTTTATTTT-AAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAAATCAATTAT-AGG
131 ACA-TTAATTATAGTTTATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGA-G
** * * ** *
26170 ATTGTAAAACTGTCTAAAGGGAAAAATAAGGC-TTTGAAAAGAATAGGG-GACTAGAAAT-GTAC
194 ATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAAGAAT-GGGCGACTATAAATAG-AC
* * * * * * * *
26232 TTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTGTCTATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAGTCAATC
256 TTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * *
26297 TGAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTG
321 TTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGG
* * * * *
26362 AGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTATTCTTATCAATGAATACTTTTT
385 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAC-CTTT
* * * *
26426 TCTTTATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTTTTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
449 TCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
*
26488 TTCAACTTCAAAA-CAATTAT-AGGATCATAAAACCATTTAAA-CGAGTAACAAGGC-TTTGAAG
1 TTCAACTT-AAAATCAATTATGA-GATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAG
* * * * * ****
26549 GAATAAGTAATTATAATTGGACTTTTCTTTCCAATGAAATGGCGTTTTCTATGTGTTTCCCAAGG
64 GAATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGAC-TTTTCTACACATTTCCCAAGG
* ** * * *
26614 TAGGTATTTAATTATATTTTATTTTAAAGAAAAACGTAAAAAATTTCAACTTTAAAATCAATTAT
128 CAGACA-TTAATTATAGTTTATTTTAAA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTAT
* * * *
26679 GAGAATGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGAAATGGGTGGCTATAAATAGA
191 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGCGACTATAAATAGA
* * * *
26743 CTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTTTAT
255 CTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTAT
* *
26808 TTTAATAAAAA-ATAAAAAAAATCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGG
320 TTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGG
* * *
26870 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATACCTT
384 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACC-T
* * * * *
26934 TTTCTTCACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAA
447 TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
** * * * * *
26998 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGATGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
* * * **
27062 ATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAT-ACCTGTTTCTTCACATTTCTTAA-GC
66 ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGA-CT-TTTCTACACATTTCCCAAGGC
* * * *
27123 TAGACATTCTATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGGAAAAAAATTCAAC-TTAAAATTAATTAT
129 -AGACATT-AATTATAGTTTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTAT
* ** * * * * *
27187 GAGATTATAAAATAATTTAAAAG-GAGCAATAAGGTTTTTGATAGAAT-GGTGACTATAAATGGA
191 GAGATTGTAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAATAGA
* * ** *
27250 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTAT
255 CTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTAT
* *
27315 TTTAACCAAAAATG-AAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
320 TTTAA-TAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * * *
27379 GGAGTAAGAAGGCTTTTGATAGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCCAT
383 GGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACC-T
* * * **
27443 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATAA
447 TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-AA
* * * * * *
27508 -TCACCTTAAATTCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
27572 ATGAG-AGACTATAAATG
66 ATGAGTA-ACTATAAATG
27589 AATTTTTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGA
ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAATGACTTTTCTACACATTTCCCAAGGCAG
ACATTAATTATAGTTTATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAAATCAATTATGAGAT
TGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCATTTTTCTCCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTCTTTAC
GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
Found at i:28160 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27870--28937 Score: 930
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
27860 NNNNNNNNNA
* * * *
27870 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCCTTTTCTTCATATTTCTCAAGCTGGACAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAT
* ** * *
27935 TC-ATTATCATCTGTTTTAAGTAAAAATGA-AAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGACTA
66 TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
27998 TAAAACCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
130 TAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* * * * *
28040 GTTACTATAAATAGACTTTT-TTACAAATGAATACCTTTTTCTTCACT-TTT-TCAAGCTGGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGCTAGACA
* * * * * * * *
28102 TTCGATTATTATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTAAACTTAAAATTAATTATGCGGTTA
65 TTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ******
28167 TAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGNNNNNN
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
***** * * * * *
28209 NNNNTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTGCTTAAAGTTTCTTAACCTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAT
** * ********
28274 TCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGGAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNN
66 TCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
28338 NNAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTT-AATGGAAT-G
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATAG
* * * *
28379 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCGTTTTCTTGATGTTTCTTAAGCTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAT
* * * * * **
28444 TCAATTA-TAGTCTATTTTAACCGAAAATGA-AAAACAATTCAACTCAAAATCATTTATCTGATT
66 TCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
28507 ATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATAA
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* * * ** * * *
28550 GAGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGAATGCC-TTTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAT
* * *
28613 TCAATTATTGTCTGTTTTAGCCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTATAAGATT
66 TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
28676 ATAAAATCATTTAAAGCGAAATAATAAAGCTTTTGAGGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* * * ** * * *
28720 GTGGCTATAAATGGACTTTTGTT-CTCAATTAATGGCTTTTT-TACATGTTTCACAAGGTA-AGC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGA-C
* * ** * * *
28782 ATTCAATTATTCTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACAATTTAATTTTAAAATCAATTATGAGA
64 ATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
28847 TTGTAAATTCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATAG
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
*
28892 GTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
28938 CATTTCTTGN
Statistics
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GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACAT
TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
Found at i:29399 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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29163 TGTTTTAACA
* * *
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1 AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAAGTAA
* * * *
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* *
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* **
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1 AAAAATGTAA-AAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAAGTA
* * * *
29408 ATAAGATTTTTGAAGGAATTGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTA
64 ATAAGATTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTA
* ** ** * *
29473 CACGTTTCTCAAGGTAGGCGTTCAATTATTCTCTGTTTAATG
129 CACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTACACTCTATTTAATC
* *
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1 AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
29569 GGCGAGTNNN
Statistics
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AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAAGTAAT
AAGATTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTACA
CGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTACACTCTATTTAATC
Found at i:30049 original size:170 final size:169
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Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
29666 NNNNNNNNNN
* *
29676 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTCGGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATA
*
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* *
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********** *
29846 TTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTCCTTTTTTGGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAATA
* * *
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* *
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* * *
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1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAG
* * * *
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********* * * * * **
30144 TTNNNNNNNNNNCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGT
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* * * * * * **
30184 TTAAATGGTTTTACAATCTTATAATCGATTTGAAAGTTGAATTCTTTTACACTTTTCATTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAAT
** * ** ** * ** **********
30249 AGAGAATAATTGAATGCCTA-CTTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCANNNNNNNNNNAAGT
64 AGACTATAATTGAATGTCTAGC-TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * **
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********** * *
30357 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAATA
* * ** ** * *
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** * * * *
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** * * *
30528 TTAAATGGTTTTATAATCAGATAATTGACTTTGAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TT-TTTTT-CATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** * ** *
30593 ACATA-TAATAATAGATTGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGGAAAATATATTCATTAGCAAGAAA
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* * * *
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*
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1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
30738 ANNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAG
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TTTATAGTCACCATACCATAAAAAGACTTATTACTCCCT
Found at i:30628 original size:174 final size:173
Alignment explanation
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Period size: 169 Copynumber: 6.2 Consensus size: 173
29666 NNNNNNNNNN
* * * **
29676 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTTT-CATTTTCGGTTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** * * * *
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* *
29801 AGTCCATTTATAGTCACCATTCCATCAAAAGACTTATTACTCCCT
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********** * * * *
29846 TTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTG-A--TT-TTTTTCCTTTTTTGGTTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** * ** ** *
29907 ATAGACTATAATTGAATGTCTAGCTTA-ACAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA
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* * * * * *
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* * * *
30016 TTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTTATTTTAAGTTGAA--TT-TTTTT-CATTTTT-GTTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * ** * * * *
30076 ACAGACTATAATTA-AATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGA-ATTCATTGGCAAGAAAA
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********* * * **
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* * * * *
30184 TTAAATGGTTTTACAATCTTATAATCGA-TTTGAAAGTTGAA--TT-CTTTTACACTTTTCA-TT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTT--AAGTTGAATTTTGTTTTTACA-TTTTTAGTT
* * * * * *** ** * * **********
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* * * * * **
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* **********
30357 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTNNNNNNNNNNTTG-TTTTACATTTTTAGTTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * *
30419 ATAGACAATAATTGATTGTCTACCCAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATCAA-AAAA
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** * *
30483 GTCCATTTATAGTCTATTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCT
130 GTCCATTTATAGTC-ACCATTCCATCAAAAGCCTTACTACTCCCT
*
30528 TTAAATGGTTTTATAATC-AGATAATTGACTTTGAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTA-ATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
30592 AACATATAATAATAGATTGTCTACCTC-GAAAAACATGAAGGAAAATATATTCATTAGCAAGAAA
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* *
30656 AGTCTATTTATAGTCACCATTCCATCAAAAGCGTTACTACTCCCT
129 AGTCCATTTATAGTCACCATTCCATCAAAAGCCTTACTACTCCCT
*
30701 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTT
30738 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 169, Indels: 55
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGACAATAATAGATTGTCTACCCAGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCATTCCATCAAAAGCCTTACTACTCCCT
Found at i:31234 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
30878 NNNNNNNNNN
* * * * * *
30888 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATT-AAGTTAAATATTTTT
1 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCGCATAATTGAT-TTAAAGTTGAAT-TTTTT
* * * * ** * * * ** **
30952 TTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAAAT
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* * ************
31017 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNNNCAA
128 TCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* *
31060 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCGCATAATTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
31125 ATATTTTT-TTAAAATAAACTATAATTAACTGCCTCCCTT-AGGAAATGTGTAGAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTCTTAAAATAAACAATAATTAAATGCCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
*
31188 CCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAA
129 -CATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAA
********** ** *
31231 AAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATGATCGCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCGCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
31296 CATTTTTCGTTACAATAGACAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
66 CATTTTTC-TTAAAATAAACAATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
31361 ATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
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*
31402 AAGGCTTATTA
1 AAGCCTTATTA
31413 CTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 66, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCGCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTCTTAAAATAAACAATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
Found at i:31547 original size:68 final size:68
Alignment explanation
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31423 NNNATTTTAC
* * *
31433 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTGCTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
1 AATCTAATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
31498 TAT
66 TAT
* *
31501 AATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGA
1 AATCTAATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGA
31564 CTGTCTAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAT
Found at i:31714 original size:239 final size:239
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31258 TTATGATCGC
* * * *
31268 ATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTACAATAGACAATAATTAAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTAAATGTCTAA
** ** * * *
31333 CTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCT
66 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* ********** * * *
31398 TCAAAAGGCTTATTACTCNNNNNNNNNNATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTT
131 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATATTTTACAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTG
* *
31463 TTTGCTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATTATAATCTA
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* * * * *
31507 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGACTGTCTAA
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* * *
31572 CTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCT-AGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCT
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* * *
31635 TTTAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAT
130 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATA-TTTTACAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-AAAT
*
31699 TTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
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31736 ATGTCTACCT
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 38, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (239 bp):
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CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATATTTTACAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTG
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATTATAATCTA
Found at i:32020 original size:581 final size:582
Alignment explanation
Indices: 30915--32078 Score: 1231
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30905 TTAAATAGTT
* *
30915 TTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATATTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTAATAATTGATATTAAGTTAAATATTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAAT
**
30980 TGAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
************ * * *
31045 NNNNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
131 CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * ** *
31110 AAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTTAAAATAAACTATAATTAACTGCCTCCCTTAGGAAATGTGT
196 AAGTTAAATTTGTTTACATTTTTTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACATGA
* * ***
31175 AGAAAAAGCCATTCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTNNN
261 AGAAAAAGCCATTCCAATGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
******* * * * *
31240 NNNNNNNTTTAAATGGTTTTATGATCGCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCG
326 TACTTGTTTTAAATCGTTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTCG
* * * * ** * *
31305 TTACAATAGACAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAA
391 TCAAAATAGACAATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAA
* * * * **********
31370 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCNNNNNNNNNNATTTTACAA
456 AAAAGTCCATTTACAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATATTTTACAA
* ** *
31435 TCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGCTTTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAA
521 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACACT-ATAATTGAA
* * *
31497 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAATAGATAATAA
1 TTATAATCTAATAATTGATATTAAGTTAAATATTTTTTTCATTTTTGA-TTAAAACAGATAATAA
* * *
31560 TTGACTGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCTAGAAAAGTCCA-TTATA
65 TTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
31623 GTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
129 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATT
* * *
31687 TT-AAGTTCAAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAATGTCTACCTT-GAG
193 TTAAAGTT-AAATTTGTTTACATTTTT--TTAAAACAAACTATAATT-AAATGCCTACCTTAG-G
* * * *
31750 AAACATGAAGAAAACAG-GATT-CAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAA
253 AAACATGAAGAAAA-AGCCATTCCAATGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
31813 AAGCCTTATTACTTGTTTTAAATCG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
317 AAGCCTTATTACTTGTTTTAAATCGTTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTA
* * *
31877 CACTTTT-GATCAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGATGAAAAAAGCATT
382 CACTTTTCG-TCAAAATAGACAATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * * *
31941 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACATTCTTTTACTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTC-GCTTTAAA
446 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAA
* * *
32005 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACACTA
511 TA-TTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACACTA
32070 TAATTGAA
575 TAATTGAA
32078 T
1 T
32079 GTCTACCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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584 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (582 bp):
TTATAATCTAATAATTGATATTAAGTTAAATATTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAAT
TGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTA
AAGTTAAATTTGTTTACATTTTTTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACATGA
AGAAAAAGCCATTCCAATGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTTGTTTTAAATCGTTTTATAATCGCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTCG
TCAAAATAGACAATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAA
AAAAGTCCATTTACAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATATTTTACAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAA
Found at i:32051 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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31487 AATAATTGAA
* * * * *
31497 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGA-TAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAAT
* * * * *
31561 TGACTGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCA-TTATAGT
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* * *
31625 CACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTT
* * * *
31667 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
31732 TGAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAACAGGATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TG-AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
31797 TCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATCG-T
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
31839 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGATCAAAATAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
31904 GAATGTCTACCTCGAAAAACATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACATTC
66 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
**** * * *
31969 TTTTACTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTT
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
32010 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* *
32075 GAATGTCTACCAT--ACGAAACATGGACGAAAATA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
66 GAATGTCTACC-TCGA-GAAACAT-GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
32137 GTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
32181 TTACAATCTTATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--CTAAAATAAACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * *
32244 TAAAAGCCTACCTTG-GAAA-ATG-TGTAGAAAAGCCATTTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTAT
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAAG-CA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
32306 AGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGCTT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TT
* * * * * *
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1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * ** *
32416 TGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
32481 -ATCACGTTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
130 CA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
32523 TAATAATCTCTTAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
32588 GAAT-TCTACCACGAGAAACGTGAACAAAAATA-CATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
32651 CATCCATTACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * **
32693 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAAAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
** * * * * * ** * *
32758 TGAATGTAAACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTCACAACAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
32823 TACCCATTCTTTCAAAATCCTCATTACTCGCCTTAAATGGTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** **
32865 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
32929 GAATG-CTTACTTTGAGAAACGT-ATAG-AAAATGCCATTCTTTGAG-ACGAAAAGTCTATTTAT
66 GAATGTC-TACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
32990 AGTTAGCCATTACTTTAAAGGCCTTATTACATCACTTTAAATGGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTT
* * *
33036 TTA-CATTTACATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
1 TTATAATCT-CATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
33082 CTTTAAAATA
Statistics
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0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 5 0.00
168 2 0.00
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
Found at i:32197 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 31497--33081 Score: 1510
Period size: 342 Copynumber: 4.6 Consensus size: 340
31487 AATAATTGAA
* * * *
31497 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGA-TAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAATAGACT-ATAAT
* * * *
31561 TGACTGTCTAACTC-AAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCA-TTATAG
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* * * *
31624 TCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
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* * ** *
31688 TAAGTTCAAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAATGTCTACCTTGAGAA-
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* * * ** *
31752 ACATGAAGAAAACAGGATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTTAAAAG
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* * *
31816 CCTTATTACTTGTTTTAAATCG-T
317 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
31839 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGATCAAAATAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATAGACTATAATT
* * *
31904 GAATGTCTACCTCGAAAAACATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACATTC
65 GAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * *
31969 TTTTACTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA
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* * * *
32034 GTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAATGTCTACCATACGAAACATG-
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* *
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258 GAAGAAAA-AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
32162 TTATTTGCTTTAAATGATT
322 TTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
32181 TTACAATCTTATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTT--TCTAAAATAAACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTGAT-TAAAATAGACTATAAT
* * * * * ** * * *
32244 TAAAAGCCTACCTTGGAAAATGTGTAG--AAAAGCCATTTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATA
64 TGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAG-CA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
32307 GTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGCTTTT-TGATCCCATAATTGATT
127 GTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
32371 TGAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA-
191 TTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAC
* * * * *
32435 ACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGT-ATCAC-GTTCCTTCAAAT
254 ACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C-CTATTCCTTCAAAA
32498 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
316 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
32523 TAATAATCTCTTAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATAGACTATAATT
* * * * * *
32588 GAAT-TCTACCACGAGAAACGTGAACAAAAATA-CATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 GAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
32651 CATCCATTACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
129 CATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
* * ** * *
32716 AAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAAAATAATTGAATGTAAACCTCAAAAAACGT
193 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAAACACGT
* * * * * * * * *
32781 GAAGAAAAAGGTATTCATTCACAACAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAATCCTCA
258 GAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
32846 TTACTCGCCTTAAATGGTT
322 TTACTCGCTTTAAATGGTT
* * **
32865 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAGAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATAGACTATAATT
* * * * * * * *
32929 GAATG-CTTACTTTGAGAAACGT-ATAG-AAAATGCCATTCTTTGAG-ACGAAAAGTCTATTTAT
65 GAATGTC-TACCTCGAAAAACATGA-AGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * * * *
32990 AGTTAGCCATTACTTTAAAGGCCTTATTACATCACTTTAAATGGGTTTA-CATTTACATAATTGA
126 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGA
*
33054 TTTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
189 TTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
33082 CTTTAAAATA
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 163, Indels: 83
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.00
340 8 0.01
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344 5 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGATTAAAATAGACTATAATTG
AATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAAACACGTGAA
GAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTT
Found at i:34551 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33964--35285 Score: 1117
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
33954 NNNNNNNNNN
* * * * *
33964 AGCCATTTCATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATTCCTGCAAAAGCCTTGTTACTT
1 AGCCA-TTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * *
34028 GCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAATTG-TTTTCAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAA
65 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA--TAA
* *
34091 AACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
128 AACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
34135 AGTCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT-
1 AGCCATTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * *
34197 AGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGA-TCTGAAGTTGAATTATTTTACACTTTTGATTA
65 A-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTA-TA
* * ** * *
34261 AAACAGACTATAATTGAATGTTTGTTTACCACGTA-AAACGTGGACAAAA
127 AAACAGACAATAATTGAA----TGTCTACCTTG-AGAAACGTGAAGAAAA
** * * * * * *
34310 ATACATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCAAAAGCCTTATTATTCG
1 AGCCATTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
34374 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATAAAAT
66 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATAAAAC
* ** * ** * *
34439 AAATTATAATTAAATGTCTGTCTTGAGAAATGTGCAGAAAA
131 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* ** * * *
34480 AGCCATTTTATTGAG-AAGAAAAGTTTATCTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCTTTGTTACTC
1 AGCCA-TTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * *
34544 ACTTTAAATGGTTTGATGATCCCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGT-TC
65 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTT--TATA
* * * * *
34607 AAATAGGCAATAATTGAATGTCTAGCTTGAAAAATGTGAAGAAAA
127 AAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
34652 AGACATTCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
1 AGCCATTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
34715 GCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
65 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--ATAA
* * * ** *
34780 AACAGAAAATTATTGAATGTCAACCTCAAAAAACGTGAAGAAAA
128 AACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
** * * * * *
34824 AGGTATTCA-T-ACGCAACAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAATCCTCATTACTC
1 AGCCATTCATTGA-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
34887 ACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCATTAA
65 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-A-TAA
* *
34950 AACAGAGAATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGT-ATAGAAAA
128 AACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAA
* * * * * * * *
34994 AGCCATTCTTTGAG-ACGGAAAGTCTATTTATGGTTAGCCATTACTTCAAAAGCCTTATTATATC
1 AGCCATTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTC
* * * * * *
35058 ACTTTAAATGGGTTTACATTCACATAATTGATTTTAAAGTTG-ATTTTTTTAATATTTCTCTTTA
65 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTT-ACATTT-T-TATA
* * * * * * * * * *
35122 AAATAAACTATAACTAAATATCTACCCTGGGAAATGTGTAGAAAA
127 AAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * *
35167 AGCCATTTCATT-AGAAAAAAAAGTCCATTTATAATTACCTATTCCCTCAAAAGCCTTGTTACTC
1 AGCCA-TTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** *
35231 GCTTTAAATGACTTTACAATCTCATAATTGA-TCTGAAGTTGAATTTTTTT-CATTT
65 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTT
35286 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 184, Indels: 88
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 224 0.24
171 227 0.25
172 205 0.22
173 83 0.09
174 58 0.06
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176 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AGCCATTCATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATAAAAC
AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
Found at i:37108 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36821--40176 Score: 2437
Period size: 171 Copynumber: 19.6 Consensus size: 171
36811 NNNNNNNNNN
* * * ** * ** *
36821 AGTTGAATTTTTTTATATTTTT--ATAAAATAAATTATAATTAAATGTCTGTCTTGGGAAATGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * * * * *
36884 CAGAAAAAGCCATTTCATTGAGAAGAAAAGTTCATCTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCTTT
66 AAGAAAAAGACA-TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
36948 GTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAATTGATTTGA
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * *
36991 AGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAATAGGCAATAATTGAGTGTCTATCTTGAAAAATGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
37056 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
66 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
37121 TACTCGCTTTAAATGACTTTACAATCTCATAATTGATCTGA
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * * * **
37162 AGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATATCTACCATGCGAAACAT
1 AGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT
* * * * * ** *
37227 GGACAAAAATATATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
37292 TTATTCACTTTCAATGATTTTACAATTTCATAATTGATTTTCA
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGA
* * * * * * * *
37335 AATTGAATTTTTTTATA-TTTT--TTAAAATAAACTATAATTAAATG-CTTGCCTTGGGGAATGT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAATGT
* * * * * * * *
37396 GTAGAAAAAGCCATTTTATTGAAAAGAAAAGTCCGTCTATAGT-TACCCATTTCTTCAAAAGCCT
65 GAAGAAAAAGACA-TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
37460 TATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATGATCCCATAACTGATTTGG
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * *
37504 AGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATATCTACCGCTT--GAAAC
1 AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTA-C-CTTGAGAAAT
* * * * *
37567 GTGAAGAAAAAGGCAATCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTTCTTCAAAAAC
63 GTGAAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGC
* * * *
37631 CTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTA
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * ** **
37677 AGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCACGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * * *
37742 AAAAAAAAGTCCTTCATTGATAAGAAAACTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTA
66 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * *
37806 TTACTTGCTTTAAATGACTTTATAATCCCATAATTGATCTGA
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * * ** *
37848 AGTTGAATTTTTTTACACTTTTGATTAAAACAGACCATAATTGAATGTTTACCACGCA-AAACGT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAATGT
* * * * * *
37912 GGACAGAAATACATTCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAGACATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
37976 ATTATTCGGTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTCA
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGA
* * * * * * * *
38020 AGTTGAATTTTTTTATATTTTT--ATAAAATAAACTATAATTAAATATCTACCTCGGGAAATGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * * * *
38083 TAGAAAAAGCCATTTCATTGAGAAGAAAAGTCCATCTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCTTT
66 AAGAAAAAGACA-TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
38147 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAATTGATTTGA
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * *
38190 AGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAATAGGCAGTAATTGAATGTCTAGCTTGAAAAATGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * *
38255 AAGAAAAAGACGTTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCGAAAGCCTTAT
66 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** *
38320 TACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATCTGA
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * *
38361 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATGCGAGACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACC-T-TGAGAAATG
* * * * ** * *
38426 -G-ATAAAAATATATTCATGGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
38489 ATTATTCACTTTAAATGATTTTACAATTTCATAATTGATTTTAA
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGA
* * * * * * *
38533 AATTAAATTTTTTTATATTTTT--TTAAAATAAACTATAATTAAAT-ACTTACCTT-AGGAAATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAATG
* * ** * * * *
38594 TGTAGAAAAAG-CTATTTTATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATAAT-TACCCATTCTTTCAAAAGC
64 TGAAGAAAAAGAC-A-TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGC
* * *
38657 CTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAATTGATTTGA
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * ** *
38703 AGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATATCTACC-ACATGAAACGT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATGT
* * * * * * *
38767 GAAGAAAAAGGCAATCATTGATAAAAAAAAGTCTATTTATTGTCT-CTCATTTCTTCAAAAACCT
65 GAAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
38831 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCTTAATTGGTTTTA
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* ** * *
38875 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACCATGAGAAA-GAT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATG-T
* * * * * *
38939 GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCTTTA
65 GAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
39004 TTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAATTGATCTGA
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * ** **
39046 AGTTGAATTGTTTTACACTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACGATGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * ** * * * *
39111 GACAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
66 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
39176 TACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAA
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGA
* * * * *
39218 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTT--TT-AAATAAACTATAATTAAAATGCCTGCCTT-AGGAAATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATT-GAATGTCTACCTTGA-GAAATG
* * * **
39278 TGTAGAAAAAGCCATTTCACTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGT-TGTGTATTCCTTCAAAAGC
64 TGAAGAAAAAGACA-TTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
39341 ATTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAATTGATATGA
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
** * * * * * * * *
39387 AGTTGAATTTTTTCGCGTTTTTGTTTAAAATAGAAAATAATTGAATCTCTTCCTGGAAAAACGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * * * **********************
39452 CAGCAAAAGGCATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTATAGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
39517 NACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAAAATTGATTT-T
131 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * * * * * * ** **
39557 AGGTGAAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAACAACAATTGAATTTCTCCCAAGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * ** * ********** * * *
39622 GACAAAAATG-CATTCATTGGCATGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTA
66 AAGAAAAA-GACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
39686 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAA
130 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGA
* * * ** *
39729 AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACT-T
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TGT
** * *
39793 -AAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-GATC-ACTCATTCTTTCAAAAGCCT
65 GAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
39855 CATTACTCGC-CTACAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTA
128 TATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* ** * * * * **
39899 AGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAGAATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATG
* *********** * * * * *
39963 T-AA-AAAAAGCCATTTNNNNNNNNNNAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTT
64 TGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
********** *
40026 ATTACTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTA
129 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * * ** ** * *
40070 AGTTGAATTTTTTTAAATGTGTGGTTAAAACAGATAATAATCAAATGTCTACCTCAAAAAACGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * *
40135 AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
66 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
40177 ACCCANNNNN
Statistics
Matches: 2479, Mismatches: 623, Indels: 166
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 21 0.01
169 134 0.05
170 450 0.18
171 1042 0.42
172 682 0.28
173 143 0.06
174 3 0.00
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
Found at i:42625 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 42113--43273 Score: 929
Period size: 340 Copynumber: 3.4 Consensus size: 339
42103 NNNNNNNNNN
* * **
42113 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTTACAT-TTTTTG
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTTTTACATGTTTCCG
* * ** * ****
42177 AGGCAGACATTTGATTATTATCTGTTTTAAACAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCNNNN
65 AGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
****** * * * *
42242 NNNNNNTTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG
129 ATGAGATTAAAAAACCATTT-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG
* * * *
42307 ACTTTTCTTATAAATGAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAAAATCAATTATAGTCTG
193 ACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTCTCTT-AAGTTTCTCAAGGCAAAAAATCAATTATAGTCTA
********** * *
42372 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
257 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACAATTTAAA
* *
42436 GCGAATTAATAAGGCTTTT
322 GC-AAGTAATAAGGCTTTC
* *
42455 GAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCCG
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCCG
* * *
42519 AGGTAGGCATTTAATTATTCTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAATATTTAACTTAAAATCAATTA
65 AGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * *
42584 TGAGATTAAAAAACCATTTAAGACGAGTAATGAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGA
130 TGAGATTAAAAAACCATTTAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
* * * * ** * * * * *
42649 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTAAGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATT
194 CTTTTCTTACAAATGAATACCTTTCTCTTAAGTTTCTCAAGGCAAAAAATCAATTATAGTCTATT
*
42714 TTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
259 TTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
*
42779 AAGTAATAAGTCTTTC
324 AAGTAATAAGGCTTTC
********** * * * * *
42795 GAAGGAATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCATTTTGTCCATGTTTCTCC
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTC-CG
* * * * * *
42859 TGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTG-AAAATGTAAAACATTTCACCTAAAATCAATT
65 AGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * *
42923 ATGAGATTAGAAAATCATTTAACGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGCAATGGGAGACTATAAATGG
129 ATGAGATTAAAAAACCATTTAA-GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG
* * * ** ** * * * *
42988 ACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCACTTTTCTTTAGGCAGACATTTAATTATTA-TCT
193 ACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTCTCTT-AAGTTTCTCAAGGCAAAAAATCAATTA-TAGTCT
** * * * * *
43052 ATTTTAAATAAAAATGTAAAA-ACATTCAAC-TTCAAATCAATTATGGGATCATAAAACCATTTA
256 ATTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACAATTTA
* * *
43115 AAGCAAGTAACAACGCTTTT
320 AAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** * * * * **
43135 TAAAGAATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAAATGGCTTTTTCTACACATTTCCT
1 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GAATGGCTTTTTTTACATGTTTCC-
* * * * * * * *
43200 AAGGCAGGCATTTAATTATAATTTATTTTAA--AAAATATATAAAAACATTCAACTTTAAAATCA
64 GAGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATGAAAA-ATGTAAAAA-ATTTAAC-TTAAAATCA
43263 ATTATGAGATT
126 ATTATGAGATT
43274 GTAAANNNNN
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 150, Indels: 35
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 15 0.02
340 297 0.46
341 202 0.31
342 118 0.18
343 19 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCCGA
GGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTAAAAAACCATTTAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT
TTTCTTACAAATGAATACCTTTCTCTTAAGTTTCTCAAGGCAAAAAATCAATTATAGTCTATTTT
AACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAA
GTAATAAGGCTTTC
Found at i:43175 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42117--43531 Score: 824
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
42107 NNNNNNGAAG
* *
42117 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-TTTACATTTT-TTGAGG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTTCTTGAGG
* * * * * * * *******
42180 CAGACATTTGATTATTATCTGTTTTAAACAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCNNNNNNN
65 TAGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
*** * * * * *
42245 NNNTTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
* *** * **
42287 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATAAATGAATGCCTTTCTCTTCA-TGTTTCTCAAGG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTTGAGG
* * * * * * ** * *********
42351 CAAAAAATCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTAT
65 TAGACATTTAATTATTA-TCTATTTTAAATAAAAATGTAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
42415 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATTAATAAGGC-TTTTGAA
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTTAAA
* ** * *
42458 GAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATGGCTTTTT-TT-ACATGTTTC-CGA
1 G-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-T-TTTCTTGA
* * * * *
42520 GGTAGGCATTTAATTATTCTCTGTTTT-AATGAAAAATGTAAAATATTTAACTTAAAATCAATTA
63 GGTAGACATTTAATTATTATCTATTTTAAAT-AAAAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
42584 TGAGATTAAAAAACCATTT-AAGACGAGTAATGAGGCTTTTGAAA
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
* * * * *
42628 GAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTAAGTTTT-TTGAGGT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGGT
* * * *
42692 AGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTTAAAATCAATCATG
66 AGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGTAAAAC-ATTCAAC-TTAAAATCAATTATG
* * ** *
42757 AGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
********** * * ***
42799 GAATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTGTC--CA-TGTTTCTCCTG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACT-TTTCTTGAG
* * * * * *
42861 GTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAACATTTC-ACCTAAAATCAATTAT
64 GTAGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGTAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
42925 GAGATTAGAAAATCATTTAACGTGAGTAAAAAGGC-TTTTGAA
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
* * * * *
42967 GCAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCACTTTTCTTTAGG
1 G-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGG
* *
43032 CAGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGTAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATG
65 TAGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
43097 GGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAACGCTTTTTAAA
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
* ** * * * * * *
43139 GAATAGGCAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAAATGGCTTTTTCTACACATTTCCTAAGG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAAT-GAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGG
* * * * * *
43204 CAGGCATTTAATTATAATTTATTTTAAA-AAATATATAAAAACATTCAACTTTAAAATCAATTAT
65 TAGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGT-AAAACATTCAAC-TTAAAATCAATTAT
* ********** * * *
43268 GAGATTGTAAANNNNNNNNNNGCGAA-TAATAAGACTTTTGAAG
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTTAAA
** * * * *** * * * * *
43311 GAATAAGTTACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATAAATTTTTATCCAC-GTTCTCGTGGT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGGT
** ** * ** * *
43375 AGTTATACAATTA-TAGTAC-GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATT
66 AGACATTTAATTATTA-T-CTATTTTAAATAAAAATGT---AAAACATTCAACTTAAAATCAATT
** ** *
43437 ATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTTAAA
126 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
** *
43481 GGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
1 -GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTT
43532 TATGTTTCTC
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 254, Indels: 81
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 163 0.17
170 179 0.19
171 404 0.43
172 184 0.19
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGGT
AGACATTTAATTATTATCTATTTTAAATAAAAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAA
Found at i:44390 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44100--45169 Score: 1018
Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
44090 NNNNNNNNTT
* * * * * *
44100 TTTTTTTACATTTTTCTTTAAAATAAACTATAATTAAATGACTGCCTC-AGGAAACAT-ATAGAA
1 TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACGTGA-AGAA
* *
44163 AAAGACATTTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
63 AAAGGCA-TTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
44226 CTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCGCATAATTGATTTGAAGTTGAA
125 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * *
44272 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAA
* *
44337 AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*** *
44402 TTTAAATAACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * * ** * * * *
44443 TTTTTTTTATATTTTTGGCT-AATCAGCCTATAATTGAATGTCTGCCACGAGAAACGTGGACAAA
1 -TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAA
*** ** ** * *
44507 AATATATGT-ATTTCTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAGCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATT
64 AAGGCAT-TCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
44571 CACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAA
127 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAA
** * * * * * * ** *
44616 TTTTTTTTTGTATTTTT-TAAAAATAAACTATAATTAAATG-CTTGCCT-TAGGAAATGTGTGGG
1 --TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTC-TGCCTCGA-GAAACGTGAAGA
* * ** *
44678 AAAAGCCATTTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT-TGCCTATTCCTTCAAAAGTATTGTT
62 AAAAGGCA-TTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * *
44741 ACTTGCTTTAAAAGGTTTTATGATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAA
124 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * **
44788 TTTTTTTACATTTTT-TTAAAA-ATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAAAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACA-A-ACAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAA
**
44851 AAGGCATT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
64 AAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
44915 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGGTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * * * *** * * *
44956 TTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACGAGGAGAAACATGGACAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
45021 TGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACT
66 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
45086 TTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAA
* *
45127 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCT
1 TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCT
45170 ACCNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 55 0.07
169 157 0.21
170 27 0.04
171 182 0.25
172 185 0.25
173 113 0.15
174 19 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA
GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
Found at i:44921 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44100--45169 Score: 954
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
44090 NNNNNNNNTT
* * * * * * *
44100 TTTTTTTACATTTTTCTTTAAAATAAACT-ATAATTAAATGACTGCCTCAGGAAACAT-ATAGAA
1 TTTTTTTACATTTTT-TTAAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACGTGA-AGAA
* *
44163 AAAGACATTTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
63 AAAGGCA-TTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
44226 CTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCGCATAATTGATTTGAAGTTGAA
125 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * * ** *
44272 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA-A-ACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTT--TTAAAA-ATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACGTGAAGAA
*
44335 AAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
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* *** *
44400 GCTTTAAATAACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* **** * * * *
44443 TTTTTTT-TATATTTTTGGCTAATCAGCCT-ATAATTGAATGTCTGCC-ACGAGAAACGTGGACA
1 TTTTTTTACAT-TTTTTTAAAAAT-AG-ATAATAATTGAATGTCTGCCTA-AAGAAACGTGAAGA
*** ** ** *
44505 AAAATATATGT-ATTTCTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAGCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
62 AAAAGGCAT-TCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
44569 TTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAA
125 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAA
*** * * * * * ** *
44616 TTTTTTTTTGTATTTTTTAAAAATAAACT-ATAATTAAATG-CTTGCCTTAGGAAATGTGTGGGA
1 TTTTTTTACAT-TTTTTTAAAAATAGA-TAATAATTGAATGTC-TGCCTAAAGAAACGTGAAGAA
* * ** *
44679 AAAGCCATTTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT-TGCCTATTCCTTCAAAAGTATTGTTA
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** * * * *
44742 CTTGCTTTAAAAGGTTTTATGATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAA
125 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
*
44788 TTTTTTTACATTTTTTTAAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTAAAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTTAAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACGTGAAGAAAAA
**
44853 GGCATT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
66 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
44917 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGGTGAA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * * * * * * * * *
44956 TTTTTTTACATTTTGGTT-AAAACAGACAACAATTGAATGTCT-ACGAGGAGAAACATGGACAAA
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* * * * *
45019 AATGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCA
64 AAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
45084 CTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAA
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*
45127 TTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAATAGACAATAATTGAATGTCT
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45170 ACCNNNNNNN
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 131, Indels: 68
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 62 0.08
169 154 0.21
170 12 0.02
171 201 0.27
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173 122 0.17
174 16 0.02
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TTTTTTTACATTTTTTTAAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACGTGAAGAAAAA
GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
Found at i:47927 original size:174 final size:173
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Indices: 47402--48057 Score: 617
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47392 NNNNNNNNNN
* *
47402 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTG
1 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TG
* ** * *
47467 A-AGACTATAAA-GGAACTTTTCTTGCCAATTAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGC
65 AGAGACTATAAATGGAA-TTTTCTTGCCAATAAATGC-TTTTTCTTCATATTTCTTGATGTAGAC
* * * ** * *
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128 ATTCAATTAAAATATGTTTTATTGAAAAAGTAAAGAAAAAAATTGA
* ********** **
47572 ACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-A
1 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * * *
47636 GATAATAATAAATGGAATTTTCTTGCTAATGAATCCCTTTTTCTTTATATTTCTTAATATAGACA
66 GAGACT-ATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAAT-GCTTTTTCTTCATATTTCTTGATGTAGACA
*
47701 TTCAATTAAAATATGTTTTAATTGAAAAAGTAAA-AAAGAAAATTGG
129 TTCAATTAAAATATGTTTT-ATTGAAAAAGTAAAGAAA-AAAATTGA
* * * *
47747 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGATGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * *
47812 GAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTCTCTTCATATTTCTTGATGTAAACATT
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* * * ********** *
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* * * * *
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48051 TCAATTA
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48058 TAGTCTGTTT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 85, Indels: 23
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.01
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171 11 0.03
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GAGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTCTTCATATTTCTTGATGTAGACATT
CAATTAAAATATGTTTTATTGAAAAAGTAAAGAAAAAAATTGA
Done.