Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399869.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3103.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3504
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 140 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:312 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--1790 Score: 1110
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 172
* * * * *
1 ATTTATTAGATTATAAAACTATGTGAAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATGGCAT-AG-GAGACTAT
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGA-A-TAT
* * * * * * *
64 AAGTGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCTGCTTCA-GATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTA
64 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTA
*
128 TGATAGATTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
129 TGATAGGTTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * * *
172 ATTTATAAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGCAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
* * * * *
237 ATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATATGCTTCA-GATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATG
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTATG
*
301 ATAGGTTTTAAT---AAAA-AAAAATATTTTGATTTAAAATC
131 ATAGGTTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * ** *
339 GTTTATAAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATACCTTGAGTGAATATAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
* ** *** **
404 ATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCGGCTTCACG-TTTAACAATGCAAACA-GAAATTATG
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTATG
* * * * *
467 ATAAGTTTTAACCAAAAACAA-AAAAGGCTTTT-ATTTATAATC
131 ATAGGTTTTAA-TAAAAA-AAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * * * * *
509 ATTTATAAGGTTATAAAATCATTCAAAGTAAGTATCAAGGCTTTCGATGGCATGAGTTATTATAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
* * * * * * * *
574 ATAGACTTTTTTTGTTAATAGATGGCATCA-GCTTCACG-TTTCACGATGCAAACATCCCATTAT
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCAT-ATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTAT
* * * * * * *
637 GTTAGGCTTTAACT-AACAATGTAAATGATTTTGATTGAAAATC
130 GATAGGTTTTAA-TAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * ** ** * * * *
680 ACTTATCAGATTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAAC-TTGCATTTCAATGGCATAAGTTATTATA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGC-TTTCGATGGCATGAGTGAATATA
* * * * * **** * *
744 AATAGACTTTGT-TTGCCAAT-GACTGACATCA-GATACAC-ATTTAATAATGTAAACATCTAAT
65 AATGGACTTT-TCTTGTCAATGGA-TGGCAT-ATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAAT
* *
805 TATGATATGTTTTAATAAAAAAATGAAAATAGATTTT-AGTTTAAAAGC
127 TATGATAGGTTTTAATAAAAAAA-GAAAA-AGATTTTGA-TTTAAAATC
* * * * * ** * * *
853 ATTCATAAGATTAAAAAACTATTTAAAATGAGTAACAAGACTTTTAATGGCATAAGTGACTAAAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
* * * * * * *
918 ATGGACTTATCTTGTCAATGGATTGTATTTACTTCATG-TT-CCCAGATGCAAACATCCAATTAA
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCA-ATGCAAACATCCAATTAT
* * ** * *
981 GATA-ATTTT-TTAAAAAAAGTGGAAATATTTTGATTTAATATC
130 GATAGGTTTTAATAAAAAAAG-AAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * * * * * *
1023 ATTTATAAGATTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGC-CTCTGATGGCTTCAGTGACTATA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC-GATGGCATGAGTGAATATA
* * * * * * * *
1087 AATGG-CCTTTCTTATTAATGGATGGCAT-TAGCTT-AAGGTTTCCTAATTCAAACATCCAATTA
65 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATAT-GCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTA
* * * ** *
1149 TGATAGGTTTTAACAAAAACA-AAAAAGA-TTTCAACTGAAATC
129 TGATAGGTTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * *
1191 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAATGACTAAAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
*********** * * * * * * * *
1256 ATANNNNNNNNNNGTTAATTAGA-AGCATCTGCTTCATG-TTCCCCAAAGCAAACATCAAATTAA
66 ATGGACTTTTCTTGTCAA-TGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTAT
* * * * *
1319 GATAGGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAATATTTTGATTTGAAATC
130 GATAGGTTTTAAT-AAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * * * **
1362 ATTTATAAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAACAAGCCCTTCGATGTCTTGAGTGGCTATAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
* *** * * * **********
1427 ATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTTAC-ATTCCCTAATGC-AATANNNNNNNNNN
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTATG
1490 ATAGGTTTTAACTAAAAACAA-AAAAA-A-TTTGATTTAAAATC
131 ATAGGTTTTAA-TAAAAA-AAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* ** * * * *
1531 ATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTCCGATGGCAAGAGTGACTGTAA
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
* * * * * * * * *
1596 ATGTAGTTTTCCTGTCAATGGATGGTATATTCCTCAC-TTTTCCCAATGCAAACATCCAATAATG
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTATG
* ** * * * * *
1660 ATAGATTTTAA-AAAAAATTAAAAACACTTTAACTTAAAGTC
131 ATAGGTTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
* * * * *
1701 ATTTATTAGATTATAGAACCAATTAAAGTGAGAAAGAAGGCTTTCGATGGCAT-AG-GAGACTAT
1 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGA-A-TAT
* * * *
1764 AAGTGAACTTTTCTTCTTAATGGATGG
64 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
1791 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1250, Mismatches: 316, Indels: 107
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 16 0.01
167 129 0.10
168 85 0.07
169 201 0.16
170 316 0.25
171 380 0.30
172 17 0.01
173 103 0.08
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGAATATAA
ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATATGCTTCACGATTCCCCAATGCAAACATCCAATTATG
ATAGGTTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATC
Found at i:402 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26--609 Score: 646
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
16 AAACTATGTG
* * * * *
26 AAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATGGCAT-AG-GAGACTATAAGTGGACTTTTCTTGTTAATGGAT
1 AAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGA-A-TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT
*
89 GGCATCTGCTTCAGATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGATTTTAATAAAAAAAGAAAA
64 GGCATATGCTTCAGATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGATTTTAAT--AAAAAGAAAA
154 AGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTCA
127 AGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTCA
*
197 AAGTGAGCAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
1 AAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
* *
262 CATATGCTTCAGATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGGTTTTAAT-AAAA-AAAAATAT
66 CATATGCTTCAGATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGATTTTAATAAAAAGAAAAAGAT
*
325 TTTGATTTAAAATCGTTTATAAGATTTTAAAACCATTCA
131 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTCA
* *
364 AAGTGAGTAACAAGGCTTTCGATACCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
1 AAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
** *** * *** * * *
429 CATCGGCTTCACG-TTTAACAATGCAAAC-AGAAATTATGATA-AGTTTTAACCAAAAACAAAAA
66 CATATGCTTCA-GATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGA-TTTTAA-TAAAAA-GAAAA
* * * * *
491 AGGCTTTT-ATTTATAATCATTTATAAGGTTATAAAATCATTCA
127 A-GATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTCA
* * * * * * * * * * * *
534 AAGTAAGTATCAAGGCTTTCGATGGCATGAGTTATTATAAATAGACTTTTTTTGTTAATAGATGG
1 AAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
599 CATCA-GCTTCA
66 CAT-ATGCTTCA
610 CGTTTCACGA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 44, Indels: 21
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 15 0.04
167 128 0.36
168 9 0.03
170 97 0.27
171 105 0.29
172 3 0.01
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAGTGAGAAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
CATATGCTTCAGATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGATTTTAATAAAAAGAAAAAGAT
TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTTTAAAACCATTCA
Found at i:1342 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 115--1389 Score: 1419
Period size: 682 Copynumber: 1.9 Consensus size: 679
105 TCCCCATTGC
* * *
115 AAACTTCTAACTATGATAGATTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAA
1 AAACATCTAACTATGATAGATTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAAGCATTCATAA
** * * * * * *
180 GATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGCAACAAGGCTTTCGATAGCTTGAGTGAATATAAATGGACTT
66 GATTAAAAAACCATTCAAAATGAGCAACAAGACTTTCAATAGCATAAGTGAATAAAAATGGACTT
* * * * * *
245 TTCTTATCAATGGATGGCATATGCTTCAGATTCCCCATTGCAAACTTCTAACTATGATAGGTTTT
131 ATCTTATCAATGGATGGCATATACTTCAGATTCCCCAATGCAAACATCCAACTAAGATAGGTTTT
* * *
310 AATAAAAAAAAATATTTTGATTTAAAATCGTTTATAAGATTTTAAAACCATTCAAAGTGAGTAAC
196 AATAAAAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAAC
* * * * *
375 AAGGCTTTCGATACCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATCGGCTTCA
261 AAGGCTCTCGATACCTTCAGTGAATATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGATGGCATCAGCTTAA
* * * * *
440 CGTTTAACAATGCAAACAGAAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGGCTTTTATTTAT
326 CGTTTAACAATGCAAACACAAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGGATTTAACTGAT
* * * * * *
505 AATCATTTATAAGGTTATAAAATCATTCAAAGTAAGTATCAAGGCTTTCGATGGCATGAGTTATT
391 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAATGACT
* * * * * **
570 ATAAATAGACTTTTTTTGTTAATAGATGGCATCAGCTTCACGTTTCACGATGCAAACATCCCATT
456 AAAAATAGACTTTTTTTGTTAATAGATAGCATCAGCTTCACGTTCCACAAAGCAAACATCAAATT
* * * * *
635 ATGTTAGGCTTTAACTAACAATGT-AAATGATTTTGA-TTGAAAATCACTTATCAGATTATGAA-
521 AAGATAGGCTTTAACCAAAAATGTAAAAT-ATTTTGATTTG-AAATCACTTATAAGATTAT-AAG
697 ACCATTTAAAGCAAGTAACTTGCATTTCAATGGCATAAGTTATTATAAATAGACTTTGTTTGCCA
583 ACCATTTAAAGCAAGTAACTTGCATTTCAATGGCATAAGTTATTATAAATAGACTTTGTTTGCCA
762 ATGACTGACATCAGATACACATTTAATAATGT
648 ATGACTGACATCAGATACACATTTAATAATGT
*
794 AAACATCTAATTATGATATG-TTTTAATAAAAAAATGAAAATAGATTTT-AGTTTAAAAGCATTC
1 AAACATCTAACTATGATA-GATTTTAATAAAAAAA-GAAAA-AGATTTTGA-TTTAAAAGCATTC
* * * * * *
857 ATAAGATTAAAAAACTATTTAAAATGAGTAACAAGACTTTTAATGGCATAAGTGACTAAAAATGG
62 ATAAGATTAAAAAACCATTCAAAATGAGCAACAAGACTTTCAATAGCATAAGTGAATAAAAATGG
* * * * *
922 ACTTATCTTGTCAATGGATTGTATTTACTTCATG-TT-CCCAGATGCAAACATCCAATTAAGATA
127 ACTTATCTTATCAATGGATGGCATATACTTCA-GATTCCCCA-ATGCAAACATCCAACTAAGAT-
** * * * * *
985 ATTTTTTAA-AAAAAGTGGAAATATTTTGATTTAATATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAG
189 AGGTTTTAATAAAAA---AAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTCAA
* ** * *
1049 AGCGAGTAATAAGGC-CTCTGATGGCTTCAGTGACTATAAATGG-CCTTTCTTATTAATGGATGG
251 AGCGAGTAACAAGGCTCTC-GATACCTTCAGTGAATATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGATGG
* * * * * *
1112 CATTAGCTTAAGGTTT-CCTAATTCAAACATCCAATTATGATAGGTTTTAA-CAAAAACAAAAAA
315 CATCAGCTTAACGTTTAAC-AATGCAAACA-CAAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAA
* *
1175 -GATTTCAACTGA-AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGA
378 GGATTT-AACTGATAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGA
********** * * *
1238 TGGCATGAATGACTAAAAATANNNNNNNNNNGTTAATTAGA-AGCATCTGCTTCATGTTCCCCAA
442 TGGCATGAATGACTAAAAATAGACTTTTTTTGTTAA-TAGATAGCATCAGCTTCACGTTCCACAA
* * *
1302 AGCAAACATCAAATTAAGATAGGTTTTATCCAAAAATGTAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTA
506 AGCAAACATCAAATTAAGATAGGCTTTAACCAAAAATGTAAAATATTTTGATTTGAAATCACTTA
1367 TAAGATTATAAGACCATTTAAAG
571 TAAGATTATAAGACCATTTAAAG
1390 TGAGTAACAA
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 96, Indels: 33
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 30 0.06
680 11 0.02
681 120 0.25
682 163 0.34
683 68 0.14
684 90 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (679 bp):
AAACATCTAACTATGATAGATTTTAATAAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAAAGCATTCATAA
GATTAAAAAACCATTCAAAATGAGCAACAAGACTTTCAATAGCATAAGTGAATAAAAATGGACTT
ATCTTATCAATGGATGGCATATACTTCAGATTCCCCAATGCAAACATCCAACTAAGATAGGTTTT
AATAAAAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAAC
AAGGCTCTCGATACCTTCAGTGAATATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGATGGCATCAGCTTAA
CGTTTAACAATGCAAACACAAATTATGATAAGTTTTAACCAAAAACAAAAAAGGATTTAACTGAT
AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGATGGCATGAATGACT
AAAAATAGACTTTTTTTGTTAATAGATAGCATCAGCTTCACGTTCCACAAAGCAAACATCAAATT
AAGATAGGCTTTAACCAAAAATGTAAAATATTTTGATTTGAAATCACTTATAAGATTATAAGACC
ATTTAAAGCAAGTAACTTGCATTTCAATGGCATAAGTTATTATAAATAGACTTTGTTTGCCAATG
ACTGACATCAGATACACATTTAATAATGT
Done.