Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397515.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2122.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 704 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:353 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--380 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
* * * * *
1 TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACTTTATTACTCATTTTAAATGG
1 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGG
* * * * *
66 TTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTGAGTTCAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAAAAGATTATAA
* * * * *
131 TTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAAGAACAAGGCATCCA
131 TTGAATGCCAACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAGCATCCA
* * *
172 TTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGG
1 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGG
* *
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66 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCAA-TTTTTTAAAATTTTTGATTAAAAAAGATTAT
* * * * *
301 AATTGAATGCCTAGCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAAGTATTCA
129 AATTGAATGCCAACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAGCATCCA
* *
343 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC
1 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTC
381 NNNNNNNNNN
Statistics
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171 128 0.72
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Consensus pattern (171 bp):
TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAAAAGATTATAA
TTGAATGCCAACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAGCATCCA
Found at i:1097 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 441--7547 Score: 5980
Period size: 171 Copynumber: 41.5 Consensus size: 171
431 NNNNNNNNNT
* * * ** * *
441 TATAATTGAATGCCTAGCTCTAGAAATGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-AT
* * * **********
506 TT-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
**
570 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* *** * * * * *
612 --TAATTGATTG-CTTGTTCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCACTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCT-CGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
674 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * *
739 GATTTTAAATTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGGA-
130 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-GAC
* * * * *
782 TATAATTGAATGTCTACCT-TAGAGA-ATAGAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-G-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * * * *
845 TATATGGTCACCAAAGCCTTCGAAAGTCTTATTAC-CTGCTTTAAATAGTTTTGTAAACT-AATA
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-A
*
908 ATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
127 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * ** *** * *
953 TATAATTTAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
1018 TATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTGTTACTCACCTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATT-
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
1082 ATTTTTAATTTGAATTCTTTATGCATTTTTGGTTAAAACAGAT
131 A-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * *
1125 TATAATCGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *** * * *
1190 TATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCGTTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * *
1255 ATTTTGATTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * ** * *
1295 AATATTTGAATGCCTGCCTCCTA-AAACGCGTAGAAATA-CTCATTCATTTGG-AAGAAAAAGTC
1 TATAATTGAATGTCTACCT-CGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGGCAAG-AAAAGTC
* * * * * * * *
1357 CATTTATAGTC-TCCATTCTTTCAAAAGCCTTAGTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATA
62 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * * * *
1421 ATTGATTGTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAT-TCAAAAAAGGC
127 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGAC
* * * * * * **
1466 TATAATTGAATATCTACCTAGGGGAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCTGTT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * *
1531 TATAGTCACTCAAGCCTT-AGGAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAACT-AATAAT
66 TATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AAT
*
1594 AGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAC
* * * * * *
1637 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATCGGTAAGAAAACTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
1701 TTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCACATAAT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* **
1765 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * ** * * **
1808 TATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAAC--GCATAGGAAAAGTTATTCATTTGAAAGAAAAGTTAA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-A-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
1871 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAATCCTTATGACTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
1936 CGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGGC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * *
1979 TATAATTGAATGTCTACCTTG-GGAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
* * * ** ** * * *
2042 TTGTGGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
2107 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTGGCTAAAACAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
** * * * **
2150 TATAATTGAATG-CTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGGAAGAAAATTTTA
1 TATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
2213 TTTATAATCACTCATTCTTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAC
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
2278 TGATTTTAATTTGAATTCTTTGTATA-TTTTTGATTAAAACAAAT
129 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAC
* * * * *
2322 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAGAGGCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
********** * *
2387 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * *
2452 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAAAAGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * *
2493 TATAATTGAATGTCTACCT-TAGGGAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *** * ** ** *
2557 TTATGGTCACTCAAGACTTCGAAAGTTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAAT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AAT
* * * * * *
2621 TGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAGAATAGAT
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * *** * *
2664 TATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTGTTCATTAGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
2729 TAGAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTGTCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * *
2794 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * *
2834 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAGGAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTAG-AATGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCAT
* ** ** * * * * *
2898 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGCAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTACAAACT-AATAAC
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AAT
* * * * *
2962 TCATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* ** * * * *
3006 TATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAGGAAAAATG-CTTTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
3070 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
3135 AATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * **
3177 TATAATT-ACATGTCTACC-CTGGGAAACGTGAAGTAAAAGGCATTTATTAACAAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGA-ATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * * * *
3240 TTTATAGTCA-CCATTTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCAATTTAACTAGTTTTATAACCTTATAA
64 TTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* ** *
3304 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTA
128 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA--C
* * * * * *
3351 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAA-AAGAGAGGC-TGTCATTGGTAATAAAAGTCCG
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *** * ** * * *
3414 CTTATAGTCATTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAAT
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
3479 TGACTTTAAGGTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
129 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * ** * * * * *
3523 TATAATTGAATGTTTACATTAAGAAACATAAAGAGAGAGGC-TGTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** *
3587 TTATAGTCACCTATTCCATT-AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
65 TTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * *
3651 CGAATTTAAGTTGAGTTTTTCTAAATTTTTAT-TTAAAACATAT
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGAC
* * * * * * * *
3694 TATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGGAGAAAAAGCAATTCATTGGGAAGCAAAGTCTAAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
3759 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTTC-TAATT
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATT
* * * * *
3823 GATTTTAAATTG-ATTTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * ** * * *
3865 TATAATTAAATGTATACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGATATTCATTGACCAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
3930 TATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * *
3995 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * * * *
4036 TATAATTCATTCTCTGCCATGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCACA-AAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCA
* * ** * * * * * **
4099 TTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAAACTCATTAT
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
4164 TGACTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * *
4206 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGAAATAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
4271 TATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
4336 ATTCTAAGCTG-ATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAAAAGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * * * *
4375 TATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAAACGTAAAGCAAGAGCCATCCACTGGCATGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** ** * ** * *
4439 TTATGGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTCATTTTAAATGATTTTATTAA-CTCATAAT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCAAAAT
* * *
4503 TGATTTTAAATT-AAATTTTTTA-TTTTTTTAGTTAAAACAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGAC
* * * * * * * *
4545 TATAGTTGATTGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCTAGATAAGTCCA-T
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4609 T-TA-T-ACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTA
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* *
4671 ATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * *
4712 TATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4777 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
4842 ATTTTAAGTAGATTTTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAAAAAGGC
131 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAACAGAC
* * ** * * * * *
4885 TATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAAACGCGAAGCAAGAGCTATCCATTGGCACGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** ** * ** * * * *
4949 TTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAGTT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * *
5014 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAC
130 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * *
5057 TATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAATTTCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
5122 TATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
********** * *
5187 GATTTTAAGTT-ACATTTTTTTTACATTNNNNNNNNNNATAGAT
130 GATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
** * * * *
5230 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAGGTGAAGGAAAAGCCA-TCGATTGACAAAAAAAAGTTCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * *
5294 TTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TAGACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
5358 TTAATTTTAATTTGAATTCTTTGTACAATTTTTGATCAAAACAGAT
128 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAC
* * * * ** * *
5404 TATAATTGAATGTCTACC-CTAAAAAACATAAAGAAAAGGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
5468 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
5533 GATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTCAATA-AGGC
130 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAACAGAC
* * * * * *
5575 AATAATTGAATGTCTGCCTC-AGGGAACATGAAGCACAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
5639 TTACAGTCACTCATTTCTTAAAAAGTCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
5703 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTCGTTAAAACAGAT
129 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* ** * *
5747 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* **
5812 GATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * *
5877 ATTTTAATTTGAATTCTTTATATAATTTTTGATTACAACAGAT
131 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAC
* * * * * *
5920 TATAATCGAATGTCTACCTTG-GAAA-ATGTGAAGAAAAGGGCATTCATTGGCAAAAAAAATCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *** *
5983 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAATCTCATAAT
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
** *
6048 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATATGTTTCATTAAAATAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T-TTTTGTTAAAACAGAC
** * *
6092 TATAATTGAATGTCTACC-CTGAGAAACGGGTA-AAAAA-CCTATTCATTTAG-AAGAAAAGTCC
1 TATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
6153 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAACCCATATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
63 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * ** *
6218 TTGATTTTAATTTTAATTTTTTTAAAATTTTTAATTGAAAA-AGAT
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTGTT-AAAACAGAC
* * *
6263 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * *
6328 TACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTCCTATCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATG
66 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATT
* * ** * **
6392 GATTTTAAGTCGAATATTTTTACATTTTCAG-TAAAATAGGT
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * *
6433 TATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TGAGCAAGAAAGGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * * *
6497 TTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAGTACTTTTATAATCTTATAACT
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * *
6562 GATTTGAAGTT-AAATTTTTTAAATTTTTTTGTTAAAACAGAC
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * *
6604 TATAATTGAATGCCTACCT-TAGAAAACATGTAGAAAAAGTCA-TCGATTTAG-AAGAAAAGTCT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-A-TTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ** *
6666 ATTTACAGTCTCTCATTCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
63 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
6731 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACACTTTTGGTTAGAATAGAT
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
**
6775 TATAATTGAATGTCTACC-CTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
6838 TTTATAGCCACCCAATT-CTTCAAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
64 TTTATAGTCACCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * *
6902 TTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTA-AATTTTTGATTAAAACAGAT
128 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAC
* ** * * *
6947 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGGAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
7012 TATGGTCACCTATT-CTGTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAAT
66 TATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
** * *
7076 TGATTTTAAGTTTTATTTTTTATA-TTTTTTTGTTAAAAAAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * * * ** *
7119 TATAATTAAATGCCTGCCT-TAGAAAACATGTAGAAAGAGCCATTGGTTTAG-AAGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
7182 TTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGTCC-TATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * *
7246 TTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTA-ATATTTTGGTTAGAATAGAT
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAACAGAC
* ** *
7289 TATAATTAAATGTCTACCTC-AGGAAA-AGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAACAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
7352 TTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
64 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
7417 TGATTTTAAGTTCAATTATTTTTAAATTTTTAGTTAAAATAGAT
129 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
** * * * *
7461 TATAATTGAATGT-TGACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
7525 TTATGGTCACCCATTCCTTCAAA
65 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
7548 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5584, Mismatches: 1162, Indels: 379
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 53 0.01
167 73 0.01
168 18 0.00
169 277 0.05
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171 2012 0.36
172 1453 0.26
173 596 0.11
174 217 0.04
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
Found at i:7969 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7648--8027 Score: 473
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
7638 NNNNNNNNNN
* * *
7648 TAACAAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCGTTTAAAGTGA
1 TAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGGGA
** * * *
7712 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATCATAAATGGACCTTTTTTGCTAATAAATGCCTTTTT
66 GTAATAAGGCTTTTGAAACAATGGGTGATCATAAATGGACCTTTTTTACCAATAAATACCTTTTT
** * *
7777 CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
131 CTTCATGTTTCCGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTC
* * * * * *
7818 TAACTAAATAT-TTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAGCCATTTAAGG
1 TAACCAAAAATGTT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAG-CATTTAAAG
* *
7881 GGAGTAATAAGGCTTTTGAAACAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATACCT
63 GGAGTAATAAGGCTTTTGAAACAATGGGTGATC-ATAAATGGACCTTTTTTACCAATAAATACCT
* *
7945 TTTTCTTCACT-TTTCCGGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTC
127 TTTTCTTCA-TGTTTCCGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTC
*
7990 TAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
1 TAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
8028 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 25, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.06
171 27 0.15
172 138 0.78
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGGGA
GTAATAAGGCTTTTGAAACAATGGGTGATCATAAATGGACCTTTTTTACCAATAAATACCTTTTT
CTTCATGTTTCCGAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTC
Found at i:10404 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 9153--10650 Score: 1536
Period size: 343 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
9143 NNNNAAAAAT
* * ** * *
9153 ACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACATTTAGAAAAAGCCATTGATTTAG-AAGAAAAGTC
1 ACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTAGTAAGAAAAGTC
* * *
9216 TATTTATAGTCTCCCATTCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CA
64 CATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA
* ** * * * * * * * *
9279 TAATTAATTTTAGGTTAAATTT-TTTAATATTTTTGGATAGAATAGATTATAATTGAATGTATAT
128 -AATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTGACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAC
* ** * * * * *
9343 CTCAGTATACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATTGTCACTCATTGC
191 CTTAAAAAACATGAAGAAAAA-ACTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATT-C
* * *
9407 -TTCAAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
254 TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
*
9471 GTTTT-TAATTTTTTATTAAAACAG
319 CTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
9495 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAATATGAAGAAAAAGTCATTGATTAGCAAGAAAGGTCCA
1 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
* * ** *
9560 TTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCCAAAT
66 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAAT
* * * *
9625 TGATTTTAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT-AGATGCTTACCTT
131 TGATTTTAATTTGAATTTGTTTGACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGA-ATG-TTACCTT
* * * * * *
9689 AAAAAACAT-ATACAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCTTT
194 AAAAAACATGA-AGAAAAAACTATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTT
* * * * * * *
9752 TAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAGTGT-AATTAT
257 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TCAATTCT
*
9816 TTTTTATATTTTTAGTT-AAACAG
321 TTTATAT-TTTTTA-TTAAAACAG
* * * * * *
9839 ACTATAATTAAATATCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTA
1 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
* * * ** *
9904 TTTACAGTCATTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCAAAAT
66 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAAT
* * *
9969 TGATTTTAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTA-CTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCAGCCT
131 TGATTTTAATTTGAATTTGTTTG-ACATTTTTAGC-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTA-CCT
* * ** * * *** * *
10032 TGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTGCAGTAACCCATACTTTC
193 TAAAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTC
*
10097 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
258 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTT
*
10162 GTATATTTTTTATTAAAATAG
323 -TATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * *
10183 ATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTTAA-AAAAGTCA
1 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCC
* * *
10247 ATTTATAATCACTCTTTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAA
65 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAA
* *
10311 TTGATTTTAATTTGAATTTGTTTGACATTTTCAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTATCTT
130 TTGATTTTAATTTGAATTTGTTTGACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTACCTT
*** * * * *
10376 AAAAAACATGTTTAAAAAACTATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCA
194 AAAAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCA
* * * * * *
10441 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAAATTCAATTCTTT
259 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTCTTT
* **
10506 TACATTTTTGGTTAAAACAG
323 TATATTTTTTATTAAAACAG
* ** * * * *
10526 ACTATGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATACTTTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
1 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
* ** *
10591 TTTATAGTCACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
66 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
10651 ATAATTAATN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 172, Indels: 60
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.01
342 118 0.12
343 412 0.43
344 404 0.42
345 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAAT
TGATTTTAATTTGAATTTGTTTGACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTACCTTAA
AAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTAT
ATTTTTTATTAAAACAG
Found at i:10465 original size:687 final size:685
Alignment explanation
Indices: 9206--10659 Score: 1820
Period size: 687 Copynumber: 2.1 Consensus size: 685
9196 ATTGATTTAG
* *
9206 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT-TCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * ** * * *
9269 TATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTGGATAGAATAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTACATAAAACAGATTATAATCG
* * * ** *
9334 AATGTATATCTCAGTATACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATTGTCA
129 AATGTACATCTCAGTAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTTCATTTACAGTAA
* * * *
9399 CTCATTGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
194 CCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * *
9464 TTCAATTGTTTTTAATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAATATGAA
259 TTCAATTCTTTGTAATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAA
* * * * **
9529 GAAAAAGTCATTGATTAGCAAGAAAGGTCCATTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTA
324 GAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTA
** * * *
9594 CTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTAGT
389 CTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTGACATTTTCAGC
* * *
9659 TAAAATAGATTATAATTAGATGCTTACCTTAAAAAACATATACAAAAAGCCATTCATTGAGAAGA
454 TAAAACAGATTATAATTAGATGCTTACCTTAAAAAACATATACAAAAAACCATTCATTGAGAAAA
* * * *
9724 AAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAAT
519 AAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAAT
* * *
9789 CTTATAATTGATTTTTAGTGTAATT-ATT-TTTTATATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTAAA
584 CTCATAATTGA-TTTTA---AAATTAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * *
9851 TATCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTCGT
645 TATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGC
* * *
9892 AAGAAAAGTCTATTTACAGTCATTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
9957 TAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGT-ACATTTTTACTTAAAACAGATTATAATCG
66 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTT-TAACATTTTTACATAAAACAGATTATAATCG
* * ** * *
10021 AATGT-CAGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAG-TCTATTTGCAG
129 AATGTACA-TC-TCAGTAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTTC-ATTTACAG
*
10083 TAACCCA-TACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
191 TAACCCATTAC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* *
10147 TAAGTTGAATTCTTTGTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAAC
255 TAAGTTCAATTCTTTGTA-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAAC
* * * * *
10212 GTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTTAA-AAAAGTCAATTTATAATCACTCTTTCCTTTAAAAGCC
319 ATAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCAATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAACCC
* *
10276 TTATTA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTGACATT
383 TTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTGACATT
* * ** *
10340 TTCAGCTAAAACAGATTATAATT-GAATGCTTATCTTAAAAAACATGTTTAAAAAACTATTCATT
448 TTCAGCTAAAACAGATTATAATTAG-ATGCTTACCTTAAAAAACATATACAAAAAACCATTCATT
10404 -AGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGAT
512 GAG-AAAAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGAT
* * *
10468 TTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAAATTCAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATGA
576 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAATT-AATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * *
10533 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATACTTTCATTGGC
640 TTAAATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGC
* * * * **
10579 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
10644 TAATCTCATAATTAAT
66 TAATCTCATAATTAAT
10660 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 98, Indels: 31
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
683 4 0.01
685 7 0.01
686 104 0.16
687 436 0.67
688 101 0.15
689 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (685 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTACATAAAACAGATTATAATCGAA
TGTACATCTCAGTAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTTCATTTACAGTAACC
CATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
CAATTCTTTGTAATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGA
AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACT
CACTTTAAATGCTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTGACATTTTCAGCTA
AAACAGATTATAATTAGATGCTTACCTTAAAAAACATATACAAAAAACCATTCATTGAGAAAAAA
AGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAAATTAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATATCTA
CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCGC
Found at i:10651 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9155--10656 Score: 1421
Period size: 172 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
9145 NNAAAAATAC
* * ** * * * *
9155 TATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACATTTAGAAAAAGCCATTGATTTAG-AAGAAAAGTCTA
1 TATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTAGCAAAAAAAGTCCA
* *
9218 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
9282 TTAATTTTAGGTTAAATT-TTTTAATATTTTTGGATAGAATAGAT
128 TTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
9326 TATAATTGAATGTATATC-TCAGTATACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTTCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAT
* * * * * *
9390 TTATTGTCACTCATTGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
65 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
9455 GATTTTAAGTTCAATTGTTTTTA-ATTTTTTA-TTAAAACAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATT-CTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
9497 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAATATGAAGAAAAAGTCATTGATTAGCAAGAAAGGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATT
* * ** *
9562 TATGGTCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCCA-AATT
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATT
* *
9626 GATTTTAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATTC-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * *
9669 TATAATT-AGATG-CTTACCTTAAAAAACAT-ATACAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
1 TATAATTGA-ATGTC-TACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGACATTCATT-AGCAAAAAAAGTC
* * * * * * *
9730 CATTTATGGTCTC-CTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTAT
62 CATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
9794 AATTGATTTTTAG-TGTAATTATTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGAC
126 AATTGATTTTAAGTTG-AA-T-TCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * *
9841 TATAATTAAATATCTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATT
* * * ** *
9906 TACAGTCATTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
9971 ATTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTACTTAAAACAGAT
131 ATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* ** * *
10013 TATAATCGAATGTC-AGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAT
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10077 TTGCAGTAACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
65 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
10142 GATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATATTTTTTA-TTAAAATAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACA-TTTTTAGTTAAAACAGAT
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10185 TATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTTAAAAAAGTCAATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATT
* * *
10250 TATAATCACTCTTTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATT
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATT
* * *
10313 GATTTTAATTTGAATT-TGTTTGACATTTTCAGCTAAAACAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATTCT-TTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGAT
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10356 TATAATTGAATG-CTTATCTTAAAAAACATGTTTAAAAA-ACTATTCATTAGAAAAAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
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10419 TTTATGGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTTTAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
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10483 TTGATTTTAAAATTCAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
128 TTGATTTT-AAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
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10528 TATGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATACTTTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATT
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10593 TATAGTCACTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
10657 AATNNNNNNN
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 191, Indels: 91
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 23 0.02
171 395 0.36
172 624 0.57
173 50 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
Done.