Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399875.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3109.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2428
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.31
Warning! 301 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:719 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 315--1173 Score: 939
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
305 NNNNNNNNNN
**
315 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGCGCATTTTTGGTTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAA
* * *
380 TATTATAATTTAATGTCAACGTCAGGAAAGATGAAGGAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
66 GATTATAATTCAATGTCAACGTCA-GAAAGATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
445 GTTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAA
130 ATTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAA
* * * * * * *
510 TTGATTTAAATTTGAA-TTCTTAGTACATTTTTGG-TAAAGCAGATTATAATTGAATGTCAACCT
195 TTGATTTAAAGTTAAACTT-TT-GTACATTTATGGTTAAAACAAACTAGAATTG-ATGTCAACCT
* * * *
573 CTAGA-AA-CATGAA-GATAAAG-GTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCT
257 -T-GATAATC-TGAATGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCT
**
634 CCGGAAGCCTTATTACTCACTT
319 CCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
656 TAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAACTTTGAA-TCTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTC-TTTGTACATTTTTGGTTAAAAA
* * * * *
720 AGATTATAATTCAATGTCACCCTCAAGAAATG-TGAACGTAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTCAATGTCAACGTC-AGAAA-GATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
784 CCATTAATAGTTACCCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGTCG
128 CCATTAATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCA
* * * * **
849 TAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAAACTCGAATTGATGTCTTCCT
192 AAATTGATTTAAAGTTAAACTTTTGTACATTTATGGTTAAAACAAACTAGAATTGATGTCAACCT
* * *
914 TGATAATCTTAATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTC
257 TGATAATCTGAATGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTCC
*
979 AAAAGCCTTATTACTCATTT
321 AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * ** *
999 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTCTGTACATCTTTCCTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAA
* * * * * * ** * *
1064 GATTATAATTGAATATCAACCGGCAGAAACATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGTATCAAAATTCT
66 GATTATAATTCAATGTCAA-CGTCAGAAAGATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
1127 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCACTTTAAAT
130 ATTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAAT
1174 GGTTTNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 74, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 29 0.07
341 190 0.44
342 66 0.15
343 138 0.32
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAA
GATTATAATTCAATGTCAACGTCAGAAAGATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAAT
TGATTTAAAGTTAAACTTTTGTACATTTATGGTTAAAACAAACTAGAATTGATGTCAACCTTGAT
AATCTGAATGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTCCAAAAG
CCTTATTACTCACTT
Found at i:1069 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3--1173 Score: 952
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 341
1 TT
* * * * *
3 AAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAAC
1 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAAG
* * * * * * *
68 ATGAA-GAAAAGGGCATACACTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
66 ATGAACGAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
********** * * * ** * ** * *
132 NNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTTAGTTGAGGTGTT-TTACAT
130 TTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTAGTACA-
* * * * * * ** ** ** **
195 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCAAACTAAAGAAACACAAAGAAATGGTATTTGTTG
193 TTTATGGTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAG-ATTCATTG
* *** * **********
260 GCAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTT
257 GCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
325 TGTAATCTCAAAATTGATTG
322 TGTAATCTCAAAATTGATTG
** * * * *
345 AAATTTGAATTCTTTGCGCATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTTAATGTCAACGTCAGGAAAG
1 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAAG
* * *
410 ATGAAGGAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCGTTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
66 ATGAACGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
* *
475 TATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTAGTACATTT
131 TATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTAGTACATTT
* * * * * * * *
540 TTGGTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATGAAGATAAAGGTTCATTGGTAA
196 ATGGTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGATTCATTGGCAA
* ** *
605 GAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTCCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTA
261 GAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
670 ATCTCAAAATTGATTG
326 ATCTCAAAATTGATTG
* *
686 AACTTTGAA-TCTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCACCCTCAAGAAA
1 AAATTTGAATTC-TTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAA
* * *
750 TG-TGAACGTAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTTACCCATTCTTTCAAAAAG
65 -GATGAACGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAG
* * * * * ** * *
814 CCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGTCGTAATTGATTTTAAGTTAAACTT-TT-TTAC
128 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAA-TTCTTAGTAC
* ** *
877 ATTTATGGTTAAAACAAACTCGAATTG-ATGTCTTCCT-T-GATAATC-TTAATGAAAAAGACAT
192 ATTTATGG-TAAAACAAACTAGAATTGAATGTCAACCTCTAGA-AA-CATGAA-GAAAAAG--AT
* * *
938 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
251 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
1003 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
316 TGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTG
* * * ** * * * *
1029 AAATTTAAATTCTCTGTACATCTTTCCTTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACCGGC-AGAAA
1 AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACC-TCAAGAAA
* * ** * * * * *
1093 CATGAA-GAAAAAGG--TTCATTGGTATCAAAATTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
65 GATGAACG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
1155 CTTCA-TACTCACTTTAAAT
129 CTT-ATTACTCACTTTAAAT
1174 GGTTTNNNNN
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 141, Indels: 38
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 29 0.04
341 235 0.35
342 252 0.38
343 149 0.22
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAAG
ATGAACGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTAGTACATTT
ATGGTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCAACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
ATCTCAAAATTGATTG
Found at i:1114 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1178 Score: 897
Period size: 170 Copynumber: 6.9 Consensus size: 168
* *
1 TTAAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACC-TCAAGA
1 TTAAATTTGAATTC-TTGTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTC-AGA
* * * * * *
65 AACATGAAGAAAAGGGCATACACTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
63 AACATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
********** *
130 CCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGAT
126 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGAT
** * ** * * * * * * *
173 TTTTAGTTGAGGTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCAAAC-TAAAGAA
1 TTAAATTTGAATTCTTGTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGT-CAGAA
** * ** **
237 ACACAAAG-AAATGGTATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATTCCTTCAAAAGC
64 ACATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
********** *
301 CTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGAT
127 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* ** * * *
343 TGAAATTTGAATTCTTTGCGCATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTTAATGTCAA-CGTCAGGA
1 TTAAATTTGAATTC-TTGTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTCA-GA
* * * * * *
407 AAGATGAAGGAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCGTTAATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
63 AACATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
472 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCAAAATTGAT
126 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
*
515 TTAAATTTGAATTCTTAGTACATTTTTGG-TAAAGCAGATTATAATTGAATGTCAACC-TCTAGA
1 TTAAATTTGAATTCTT-GTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTC-AGA
* * * * **
578 AACATGAAGATAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTCCGGAAGCC
63 AACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
643 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGAT
128 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * *
684 TGAACTTTGAATCTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTC-ACCCTCAAGA
1 TTAAATTTGAAT-TCTTGTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTC-AGA
** * * * * *
748 AATGTGAACG-TAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTTACCCATTCTTTCAAAA
63 AACATGAA-GAAAAAGG--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAA
* * * **
812 AGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGTCGTAATTGAT
124 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * * ** ** * * *
857 TTTAAGTTAAACTT-TTTTACATTTATGGTTAAAACAAACTCGAATTG-ATGTCTTCCTTGATAA
1 TTAAATTTGAA-TTCTTGTACATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTCAGAA
* * * *
920 TC-TTAATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAG
64 ACATGAA-GAAAAAG--GTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
984 CCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
126 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* ** * *
1027 TTAAATTTAAATTCTCTGTACATCTTTCCTTAAAACAGATTATAATTGAATATCAACCGGCAGAA
1 TTAAATTTGAATTCT-TGTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTCAGAA
* ** * * *
1092 ACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTATCAAAATTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
64 ACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1157 TCA-TACTCACTTTAAATGGTTT
129 T-ATTACTCACTTTAAATGGTTT
1179 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 183, Indels: 58
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 107 0.13
170 244 0.31
171 207 0.26
172 187 0.24
173 49 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TTAAATTTGAATTCTTGTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCGTCAGAAAC
ATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
Done.