Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399876.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_311.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8425
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 2741 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3526 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3234--4515 Score: 1217
Period size: 172 Copynumber: 7.5 Consensus size: 172
3224 TTTATATGGC
* * * * * * * * *
3234 TTTATAATCTCATAACTGAGTTCAAGTTCTAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACATATTGTAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
3299 TTGAAGGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCCTTAGAAAGAAAAGTCCATTTAGAG
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAG
* *
3364 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGT
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * *
3406 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTGTTGGTTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * **
3471 TTGAATGTCTAACTTGACAAACATGAAGAAAATGGCAACCATT-GAAACAAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAA-AAAAAGTCCATTTATA
* *
3535 GTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * * * * ** * * *
3578 TTTGTAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAATTGTTTACACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * *
3643 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAACA-ACATTCATTTA-AAAGAAAAGTCCATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCA-TTAGAAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
3706 AGTCACCCATACCTCCAAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATAGT
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * *
3750 TTTATAATGC-CATAATTGTTTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
1 TTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * ** * *
3813 ATTGAATGACTACCTCGAGAAACCTAAAGCAAACGATATTGATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
3878 TTCACCTATTCCTTCAAAATCCTTATTACTTATTTTAAAT-GAT
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
** * * * * * ** *
3921 TTTATAATCTCCGAATTGATTTAAATTTGAAGTCTTCGTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * ** * * * *
3986 TTTAACT-TCAACCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATA
66 TTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATA
*
4050 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * *
4093 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTAGATTTTTGTTTAAAACATATTGTAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * *
4158 TTGAAGGTCTAGCTTGACAAACATGACGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAT
66 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAG
*
4223 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * ** *
4265 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAT-TGTTTTACATTTTTCATTAAAACACG-TTTT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATAT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTAT
* * * * *
4328 AATTGAATGTGTACCTT-A-AAAAATG-TGAAAAAAGGCATTCATT-GACAAAAAAACTTCATTT
64 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTAGA-AAAAAAAGTCCATTT
* * *
4389 GTAGTCACCCATTCGC-TCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTT
127 ATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* * * ** * * * *
4436 TTTATAACCTCATAATTGATTTTATGAT-GTATATTTTGACGTTTTTGGTTAGAATAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
*
4500 TTGAATGTCTATCTTG
66 TTGAATGTCTACCTTG
4516 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 183, Indels: 45
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 114 0.13
171 166 0.18
172 615 0.68
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
Found at i:3966 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3315--4515 Score: 1145
Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 343
3305 GTCTAGCTTG
* * ** * * *
3315 AGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCCTTAGAAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAA
1 AGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
3380 AAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAAATATTTTT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTT
* * **
3445 ACATTGTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGACAAACATGAAGAAAATGGCAAC
131 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGACAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * *
3510 CATTGAAACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
196 CATTGCAA-AAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
3575 -AGTTTTGTAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAATTGTTTACACATTTTTGGTTAAAACAAACT
260 GA-TTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAAGTCTTCACACATTTTTGCTTAAAACAAACT
* * *
3639 AGAATTGAA-TGTCTACCTTG
324 AGAATTGAACT-TCAACCATA
* *
3659 AGAAACATAAAGAAAACA-ACATTCATTTA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTCC
1 AGAAACATAAAGAAAA-AGACATTCA-TTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
3722 AAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGTTTTTAAGTT-AATTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATT
* * * * * * * * * * * **
3785 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACCTAAAGCAAACGAT
128 TTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGACAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * * *
3850 ATTGATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCCTTCAAAATCCTTATTACTTATTTTA
193 ATTCATT-GCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * ** *
3915 AATGATTTTATAATCTCCGAATTGATTTAAATTTGAAGTCTTCGTACATTTTTGCTTAAAACAGA
257 AATGATTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAAGTCTTCACACATTTTTGCTTAAAACAAA
* * *
3980 TTATAATTTAACTTCAACCATA
322 CTAGAATTGAACTTCAACCATA
** * * * * *
4002 AGAAATGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
4067 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTT
* * * * * *
4132 AGATTTTTGTTTAAAACATATTGTAATTGAAGGTCTAGCTTGACAAACATGACGAAAAAGGCATT
131 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGACAAACATGAAGAAAAAGGCATT
*
4197 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
196 CATT-GCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *** ***
4262 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAT-TGTTTTACATTTTT-CATTAAAACACGT
260 GATTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAAGTCT-TCACACATTTTTGC-TTAAAACAAAC
** ** *
4325 TTTAATTGAA-TGTGTACCTTA
323 TAGAATTGAACT-TCAACCATA
** * * * * *
4346 A-AAA-AT-GTGAAAAAAGGCATTCATT-GACAAAAAAACTTCATTTGTAGTCACCCATTCGC-T
1 AGAAACATAAAG-AAAAAGACATTCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTT
* * * * * **
4406 CAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGAT-GTATAT
63 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATAT
* * * * * *
4470 TTTGACGTTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTG
127 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTG
4516 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 143, Indels: 36
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 110 0.16
343 302 0.43
344 278 0.40
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
AGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGACAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
ATTTTATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAAGTCTTCACACATTTTTGCTTAAAACAAACTAG
AATTGAACTTCAACCATA
Found at i:4441 original size:515 final size:514
Alignment explanation
Indices: 3335--4457 Score: 1147
Period size: 515 Copynumber: 2.2 Consensus size: 514
3325 AGAAAAAGGT
* * * * * *
3335 ATTCCTTAG-AAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTT
1 ATTCATTAGCAAA-AAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* * * * * * * * ** * *
3399 AAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTGTTGGTTAAAACA
65 AAATGA-TTTTATAACCTCAGAATTGATTTAAATTTGAAGTCTTCGTACATTTTTGCTTAAAACA
* * * * * ** * *** * *
3463 TATTATAATTGAA-TGTCTAA-CTTGACAAACATGAAGAAAATGGCAACCATT-GAAACAAAAAG
129 GATTATAATTTAACT-TC-AACCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTAGCAA-GAAAAG
* * * * *
3525 TCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCA
191 CCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCA
* * * * *
3590 AAACTGATTTAAATTTGAATTGTTTACACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTAC
256 AAACTGATTTAAAGTTCAAATATTTACACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAAGGTCTAC
* *
3655 CTTGAGAAACATAAAGAAAACAACATTCATTTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
321 CTTGACAAACATAAAGAAAACAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
* ** * *
3720 CCAAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGCCATAATTGTTTTTAAGTTAATTTTT
386 CCAAAACCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGCCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGT
* ** * * *
3785 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACCTAAAGCAAACGAT
451 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAAAAACCTAAA-CAAACGAC
* * * * * * * *
3850 ATTGATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCCTTCAAAATCCTTATTACTTATTTTA
1 ATTCATTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
* *
3915 AATGATTTTATAATCTCCGAATTGATTTAAATTTGAAGTCTTCGTACATTTTTGCTTAAAACAGA
66 AATGATTTTATAACCTCAGAATTGATTTAAATTTGAAGTCTTCGTACATTTTTGCTTAAAACAGA
3980 TTATAATTTAACTTCAACCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCAT
131 TTATAATTTAACTTCAACCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCAT
* *
4045 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
196 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAACT
* ** * * * * *
4110 GATTTTAAGTTCAAATATTTTTAGATTTTTGTTTAAAACATA-TTGTAATTGAAGGTCTAGCTTG
261 GATTTAAAGTTCAAATATTTACACATTTTTGGTTAAAACAAACTAG-AATTGAAGGTCTACCTTG
* * * ** * * *
4174 ACAAACATGACGAAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCA
325 ACAAACATAAAGAAAACA-ACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTCCA
* * *
4238 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTGTT
389 AAACCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTAATTTTAAGTT-AAATTGTT
* * ** * ** *
4302 TTACATTTTTCATTAAAACACG-TTTTAATTGAATGTGTACCTTAAAAAATGTGAAA-AAA-GGC
452 TTACATTTTTCATTAAAACA-GACTATAATTGAATGACTACCTCAAAAAACCT-AAACAAACGAC
* *
4364 ATTCATT-GACAAAAAAACTTCATTTGTAGTCACCCATTCGC-TCAAAAGCCTTACTACTCACTT
1 ATTCATTAG-CAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
* *
4427 TAAATGGTTTTTATAACCTCATAATTGATTT
64 TAAAT-GATTTTATAACCTCAGAATTGATTT
4458 TATGATGTAT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 101, Indels: 28
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 1 0.00
514 61 0.12
515 375 0.76
516 52 0.11
517 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (514 bp):
ATTCATTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
AATGATTTTATAACCTCAGAATTGATTTAAATTTGAAGTCTTCGTACATTTTTGCTTAAAACAGA
TTATAATTTAACTTCAACCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAACT
GATTTAAAGTTCAAATATTTACACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAAGGTCTACCTTGA
CAAACATAAAGAAAACAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTCCAAA
ACCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGCCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC
ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAAAAACCTAAACAAACGAC
Done.