Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399877.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3110.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5571
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Warning! 177 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:299 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--4150 Score: 2605
Period size: 171 Copynumber: 24.3 Consensus size: 170
* * *
1 CTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
** * * * * *
66 GCTTTCCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTGA-GACACATGAAGAAAAA
66 TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
** * **
130 GTGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** *
172 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCT-TAATCTCATAATCGACTTTAAGTTGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
236 TTTTTTACATTTTCTATTAAAACATATTACAGTTGAATGTTTGGTTAAGGAAACATAAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
* * *
301 GCCATTCATTGGCTAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAAGC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
343 CTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGATTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA-AT
* ** *
408 TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCT--GAAAACATGAAGAAA
65 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCT-TAAGGAAACATGAAGAAA
** * * *
471 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATAC
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ********** * * *
515 CTTCACAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
580 TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAA-G-AACTATGAAGAAA
65 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAAC-ATGAAGAAA
* * * * * *
643 AAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTGTAATCACCTATAC
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * ** * **
687 CTTCGAAAGCTTTTTTACTTACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * *
752 TTTTTACATTTTTATTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTGCC-TAAGGAAACATGAAGAAAAA
66 TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
* ********** *
816 ACCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTNNNNNNNNNNCAAGC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
858 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTGTTATAATTTCATAATTGA-TTTGAGGTTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAAT
* * * * *
922 TTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTTCCTCAA-GAAACATGAAGGAAA
65 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAA
* ** * * * * * * *
986 GGATACTCATTGGTAA-AAAGAGTCTATTTACAGCCACCTATTC
128 AGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * **
1029 CTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGACTCTAACATGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * *
1094 TTTTAACATTTTTATTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTTCCTT--GGAAAACATGAAGAAAA
66 TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGG-AAACATGAAGAAAA
* * * * *
1157 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATACTCACCTAAGC
128 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* **********
1200 CTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
** * * * * *
1265 TTTTCGCATTTCTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGAAAAAG
66 TTTTTACATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAAG
********** **
1330 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATAA
130 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
1371 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
1436 TTTTTATATGTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTCACCTTGA-GAAACATGAGGAAAAA
66 TTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
** * *
1500 -ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATAC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *********** * *
1541 CTTTAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATATCATAATTGA-TTTCAAGTTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAAT
* * * * *
1605 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAT-ATT-GGGAAACGTGAAGAAC
65 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTAAGGAAACATGAAGAAA
* * * * **
1668 AAGCCATTTAATTAGCAAGAAAAATTCACCTATAGTCACCCCA-GC
127 AAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATGC
* * *
1713 CTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTAAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
1778 GTTTTT-TATTTTTGGTTCAAACAGATTATAA-TGAAATGTCTACATCAA-GAAACATGAAGAAA
66 -TTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTG-AATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAAA
* *
1840 AAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGC
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * ** * *
1884 CTTCGAAAGTCTTATTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * **
1949 CTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAA-GAAATGTGAAGAAAAA
66 TTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
** ********** *
2013 GATATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCAACCATGC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ** * ** *
2055 CTTCGAAAGCCTTATTACGT-ATTTTAAACGACTTTATAATC-CTATAATTGA-TTTGGAGTTGA
1 CTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGACTTT-AAGTTGA
* * * * * *
2117 A-TTTTTTACATTTTTGGATTAAAACATATAATAATTGAATGTCTGCCTCAA-GAAACCTAAAGA
63 ATTTTTTTACATTTTT--ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGA
* * **********
2180 AAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATTG-
125 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGC
* * *
2226 CTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
2291 TTCTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACAGTTGAATGTCTGCC-TAGGGAAACATAAAAAAAAA
66 TTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
2355 GGCAATCACTGGCAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACTCAAGC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC
********** * *
2397 CTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTGGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
2462 TTTTTTCATTTTTGGTTAAGACATACTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA
66 TTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
2526 GCGATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGC
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
2568 ATTCGAAAA-CCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAAT
1 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * * *
2632 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAGTTGAATGTTTACC-TAGGGAAACATAAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAAGGAAACATGAAGAAAA
* * *
2696 AGGCATTCACTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGC
128 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC
* ********** * *
2739 CTTCAAAAGTCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAATTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA-
* * * * * *
2803 TTTTTTTATATGTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAAATGA-GAAGTA
64 TTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAA-CATGAAGAA
** * *
2866 AAAGATATTCATTTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGC
126 AAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * **************
2911 CTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNNNNNN
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ACTTTAAGTTGAAT
** * * * *
2976 NNTTTT-CATTTTTAATTAAAATATATTACAGTTGAATGTCTGT-C-TAAGGAAACATGAAGAAA
65 TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTAAGGAAACATGAAGAAA
** * *
3038 AAATCATTCATCGGCAAGAAAA--CCTTATTTATAGTCACCCAAGC
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC--ATTTATAGTCACCCATGC
* * *
3082 CTTCGAAA-CTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGA-TTCAAAGTTGAA
1 CTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT-TAAGTTGAA
* * * ** *
3145 TTTTTTTATATTTTTATTAAAA-AAATTTTAATTGAATGTCTAT-C-TCGGGAAACAAGAAGAAA
64 TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTAAGGAAACATGAAGAAA
** * * **
3207 AAGATATTCGTTGCCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTACAT--
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC--CATGC
* * * * * * **
3251 ATTCAAAATCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGACTTTAGGTCAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * * * **
3316 TGTTTT-CATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAA
66 T-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAA
** * * * *
3379 AGTGATTTATTGGCTAA-AAAAGTTCATTTATAGTCACACATGT
128 AGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
3422 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTCATAATCTCATAATTGACTTTGAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
* * * * *
3487 TGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTTCC-T-AGGAAAACATAAAGAAA
66 T-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGG-AAACATGAAGAAA
* * *
3550 AAGCCATTCACTCGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA-CCAAGC
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC
* ********** *
3593 CTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAAT
* ** * * * * *
3657 TTTTTCATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAATCGA-GAAGTAAA
65 TTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAAC-ATGAAGAAAA
** * *
3720 AGATATTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGC
128 AGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * **
3763 CTTCGAAAA-CCTTACTGT-C-CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATACGTGACTTTAAGTTGA
1 CTTC-AAAAGCCTTA-T-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA
* * * * * * * * * *
3825 ATTGTTTT-CATTTTTGGTTAAAACATATTACAGTTAAATGTCTGCC-TATGTAAACATAAAGAA
63 ATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAA
********** *
3888 AAAGCCATTCATTGGCAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCAAGC
126 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * * *
3933 ATTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGA-TTTGAGGTTGTA-
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAAT
* ** * * * *
3996 TTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTAGGATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGTAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAA
* * *
4060 GCCATTCTTTGGC-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC
129 GCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
4102 TTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA-GGATTTTTTAATCTCATAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATT
4151 AAATGTTTAC
Statistics
Matches: 3024, Mismatches: 819, Indels: 274
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 318 0.11
170 381 0.13
171 1669 0.55
172 620 0.21
173 31 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
TTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAAGGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
Found at i:4263 original size:121 final size:122
Alignment explanation
Indices: 4030--4270 Score: 278
Period size: 121 Copynumber: 2.0 Consensus size: 122
4020 ATTAGGATTG
** *
4030 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCTTTGGCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAAACATTCATTGGCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * **
4095 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAGGATTTTTTAATCTCATAATTA
66 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTCTAAAGGATTTCATAATCTCATAATTA
* * *
4152 AATGTTTACCTTGAGAAACGTG-A-AAAAAAATATTTCATTGGCA-AGAAAAGT-TCATTTATTG
1 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAAACA-TTCATTGGCAGA-AAAAGTCT-ATTTATAG
* *
4213 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTCTAAATGG-TTTCATAATCTCATAAT
63 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTCTAAA-GGATTTCATAATCTCATAAT
4271 CGACTTTAAG
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 13, Indels: 11
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
120 8 0.08
121 68 0.67
122 25 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (122 bp):
AATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAAACATTCATTGGCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTCTAAAGGATTTCATAATCTCATAATTA
Found at i:4797 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4145--5571 Score: 882
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
4135 TTTTAATCTC
* ** * ** * * *
4145 ATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAATATTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-TTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * * * *
4209 ATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGA
65 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
4274 CTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATATT
130 -TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* ** * * * * * *
4315 ACAGCTGAATGTCTGCCT-AAGGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAGGAAAAGGT-GA
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTAATTGGA-AAGAAAA-GTCCA
* * * ******
4377 TTTATAATCACCCGAGTTG--TT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAANNNNNN
62 TTTATAGTCACCC-A--TGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
**** * * *
4439 NNNNGATTTTAAGATAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAAAGATT
124 AATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATT
* * * * * * * * *
4486 ATAATTGAATGTCAATCTCGAGAAACATAAAGAAAAGGATATTCATT-AACAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTAATTGGA-AAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * ****
4550 TATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATTTCATNNNNN
64 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATT
***** * *
4615 NNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAGCAGATT
128 GATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * **********
4657 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCANNNNNNNNNNAGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
4722 ATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGA
65 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
4787 CTTTAAGTTG-ATTTTTATT-CATTTTTGGTTAAAATAGATT
130 -TTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * * *
4827 ATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTAATTTGCAAGAAAAGTCTATTT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
4892 ATAGTCACCCAAGCTTTCGAAACCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
65 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
4957 TTTGAAGTTGAAATGTTTTTACACTTTTA-TTAAAACAGATT
130 TTT-AAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
********** * ** * * *
4998 ATAATNNNNNNNNNNCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GATATGAAAAATCCATT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTAATTGGA-AAGAAAAGTCCATT
*** * * * ** *
5062 TATAGTCATTTATACCTTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAGTT
64 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TT
**
5126 GATTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTCT-GTTAAAACAGATT
128 GATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGATT
* * * ** * *********
5168 ACAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAANNNNNNNNNNGGAAAGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
5233 ATATTCACCCATACCATT-GAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTG
65 ATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
5297 ATTTCAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGATT
129 ATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * *
5339 ATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTAATTGGA-AAGAAAAGTCCATT
* * *
5403 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTG
64 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
5468 ACTTTAAGTTG-ATTTTTTTCTCATTTTTTGGTAAAACAGA-T
129 A-TTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* ** * *
5509 -T-A-TAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
5571 A
65 A
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 249, Indels: 87
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 51 0.05
168 4 0.00
169 18 0.02
170 287 0.30
171 578 0.60
172 26 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
Found at i:4967 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4456--5571 Score: 897
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
4446 TTTAAGATAA
* ** * * * ** * *
4456 ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAATCTCGAGAAACATAAAGAAA
1 ATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA
* * * * * * * * *
4521 AGGATATTCATT-AACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTC
66 AAGCTATTAATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAACCCTCATTACTC
* ** * ********** *
4585 ATTTTAAATGGTTTTATAATTTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAA
130 ACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *********
4650 GCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCANNNNNNNNNNAGAAAAG
195 ACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TCAATGAAAAGAAAAG
* * *
4715 TCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
259 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-
4780 TAATTGACTTTAAGTTG
323 TAATTGACTTTAAGTTG
* * * *
4797 ATTTTTATTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
1 ATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA
* * * * *
4862 AAGCTATTAATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCGAAACCCTCATTACTC
66 AAGCTATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATT-GAAACCCTCATTACTC
* * * *
4926 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATGTTTTTACACTTTTA-TTAA
130 ACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
********** * ** * * *
4990 AACAGATTATAATNNNNNNNNNNCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATATGAAAA
194 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TCAATGAAAAGAAAA
* * * * * * *
5055 ATCCATTTATAGTCATTTATACCTTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
258 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
5120 AAAGTTGA-TTTAAGTTG
323 TAA-TTGACTTTAAGTTG
* * * * **
5137 AATTTTTTTTTATTTTCT-GTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGA
1 -ATTTTTTTTCATTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACATAAAGA
********** * * *
5201 AAAANNNNNNNNNNGGAAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCATTGAAAGCCTTATTACT
64 AAAAGCTATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAACCCTCATTACT
* *
5266 CATTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAA
129 CACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
5331 AACTGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGATAAGAAA
194 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTC-A-TCAATGAAAAGAAA
* * *
5395 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
257 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
5460 CATCATTGACTTTAAGTTG
322 C-TAATTGACTTTAAGTTG
*** ** *
5479 ATTTTTTTCTCATTTTTTGG-TAAAACAGA-T-T-A-TAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGA
1 ATTTTTTT-TCA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACATAAAGA
* *
5539 AAAAGAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
64 AAAAG-CTATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTA
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 155, Indels: 33
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 46 0.08
339 1 0.00
340 32 0.05
341 478 0.79
342 43 0.07
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA
AAGCTATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCATTGAAACCCTCATTACTCA
CTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCAATGAAAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAA
TTGACTTTAAGTTG
Done.