Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399880.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3113.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2256
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Found at i:350 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2256 Score: 1373
Period size: 171 Copynumber: 13.2 Consensus size: 171
* * * * **
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAATTAATAATACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * ** * ** *
66 TTGAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGA-ATTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCCCCACGTTTCT
66 TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCC
* ** * *
130 TGAGGC-AGACATTCAGTTATAATATATTTGGACCAAAAATA
131 TGA-ACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
* * * *
171 TAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
1 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
236 TTCAAAGGTTTGGGTGACTACAAATAGACTTCTCTCT-CCAATGGGTGACTTTTGCTTCACCTTT
65 TTCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTT
* * * *
300 CCTGAACTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATG
129 CCTGAACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
*
343 TAAAAAAATTCAACTTAACAA-CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
407 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAAACTTTTGTTGCCAATGGATGGCTTTTATTTCACGTTTC
65 TTCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* ** * *
472 TTGAGGTAGACATTTAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATG
130 CTGAACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
* * * * ** *
514 TAAAAAAATTCAACTTAAACTTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * * *
579 TCGAACGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC
66 TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTC-TTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
** * * * * * *
643 CCAAAGC-AAACATTCAATTATTATCTGA-TCTAA-TCAAAAATA
130 CTGAA-CTAGACATTCAGTTATAATAT-ATTTTAACT-AAAAATG
* * * * * *
685 TAATAAAACTCAATTTAAAAAT-AATTCTAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * ** ** * *
749 TTCAAAGGCTTT-AGTAAATATAAATAGATTTTTCTTACCAATAGATTCCTTTTGTTTTACATTT
65 TTCAAAGG-TTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTT
** * * * **
813 CCTGAGGTAGACTTTCAGTTCTAATATATTTTTAGAAAAAATG
129 CCTGAACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
** * * * * * * * *
856 TAGCAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAGAACCACTTAAAGCGAGAAAGAAGACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * *
921 TTGAAGGTTTGAGTGAATATAAATCGACTTTTATT-CAGAATGGATGACTTTTACTTCATGTTT-
66 TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * * * ***
984 CTCGAGGC-AGACTTTCAGTTCTAATGTATTTTAGGAAAACAATG
130 CT-GA-ACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAA-AATG
* * * * * * * * *
1028 TAACAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCACTTAAAGTGAGAAAGAAGACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1093 TTAAAGGTTTGAGTGAATATAAATTGACTTTT-TTTCAGAATGGATGACTTTTACTTCACGTTT-
66 TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
** * * * *
1156 CTCGAGGTAAACATTCAGTTCTAATATATTTAAACAAAAAATG
130 CT-GAACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
* * * * *
1199 T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
1262 TCAAAGGTACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTGTTTTCTTCATGTTTC
66 TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACT-TTTACTTCACGTTTC
* ** * * *
1326 CT-AAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATA
130 CTGAA-CTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACT-AAAAATG
* * * **
1368 TAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAAAAC--
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1431 -C--AGGCTT-AGGTGAATATAAATTAGACTTTTCTTACCAATGGATTG-CTTTTACCTCATGTT
66 TCAAAGGTTTGA-GTGAATATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGACTTTTACTTCACGTT
* * *
1491 TTCT-AAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-TCAAAATG
128 TCCTGAA-CTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
* * * ** *
1534 TAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * * * * * * * * *
1599 TCAATGGCATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCTAGTGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTC
66 TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * * * * *
1663 C-CAAGGC-AAACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATA
130 CTGAA--CTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
* * * * * * *
1705 TAAAAAAAATTTAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTTAAGC--TTAATGAGGCG
1 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** * * * * * * * **
1768 GTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAAGGCTTGTT-CTTCATATTT
65 TTCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT-TTACTTCACGTTT
* * * ** * * *
1832 -CTTAAGGC-AAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-TAAAAAAAAATA
129 CCTGAA--CTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACT----AAAAATG
* * * * * *
1878 AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAAATACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATACGACG
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *** * * * * * * * * * * **
1941 ATCGATGACATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCCTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTT-
65 TTCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * * * * * ** *
2004 TTCAAGGC-AAACATTCAATTATTATCTGCTTTAACCTAAAATATA
130 CTGAA--CTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-CTAAAA-ATG
* * * * * * *
2049 AAAAAAAAGTTTAGCTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACTATGTAAAGCAAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * * * *
2114 TTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAAAATTTTCTTGGCAATGGATGAC-TTTGCTTCACGTTTC
65 TTCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * *
2178 CCGAGA-TAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATG
130 CTGA-ACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
*
2220 TAAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATA
1 TAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATA
Statistics
Matches: 1674, Mismatches: 343, Indels: 138
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 71 0.04
167 60 0.04
168 6 0.00
169 101 0.06
170 252 0.15
171 693 0.41
172 349 0.21
173 121 0.07
174 19 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCC
TGAACTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
Found at i:632 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1--2256 Score: 1858
Period size: 342 Copynumber: 6.6 Consensus size: 342
* * * * **
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAATTAATAATACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * **
66 TTGAAGGTTTGAGTGAATATAAATAGA-ATTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCCCCACGTTTCT
66 TCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCT
* ** * *
130 TGAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTGGACCAAAAATATAAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
131 TGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
195 GTTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTACAAA
195 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * ** * * ** * *
260 TAGACTTCTCTCT-CCAATGGGTGACTTTTGCTTCACCTTTCCTGAA-CTAGACATTCAATTATT
260 TAGACTTTTCT-TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGC-AAACATTCAATTATT
*
323 ATCTGTTTTAACTAAAAATG
323 ATCTGTTTTAACTAAAAATA
*
343 TAAAAAAATTCAACTTAACAA-CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
407 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAAACTTTTGTTGCCAATGGATGGCTTTTATTTCACGTTTC
65 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * *
472 TTGAGGTAGACATTTAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACTTA
130 TTGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *** *
537 ATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTCGAACGCTTGAGTGACTATAAA
195 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * *
602 TAGAC-TTTCTTTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCC-CAAAGCAAACATTCAATTATT
260 TAGACTTTTC-TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AAGCAAACATTCAATTATT
* *
665 ATCTGATCTAA-TCAAAAATA
323 ATCTGTTTTAACT-AAAAATA
* * * * * *
685 TAATAAAACTCAATTTAAAAAT-AATTCTAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * ** ** * *
749 TTCAAAGGCTTTAGTAAATATAAATAGATTTTTCTTACCAATAGATTCCTTTTGTTTTACATTTC
65 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * * * ** ** *
814 CTGAGGTAGACTTTCAGTTCTAATATATTTTTAGAAAAAATGTAGCAAAATTTAACTTAAAATCA
130 TTGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
879 ATTATGAGACTATAGAACCACTTAAAGCGAG-AA-AGAAGACTTTTGAAGGTTTGAGTGAATATA
195 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AAG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATA
* * * * * * * * * * *
942 AATCGACTTTTATT-CAGAATGGATGACTTTTACTTCATGTTT-CTCGAGGCAGACTTTCAGTTC
258 AATAGACTTTTCTTGC-TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AAGCAAACATTCAATTA
* * * *** *
1005 TAATGTATTTTAGGAAAACAATG
321 TTATCTGTTTTAACTAAA-AATA
* * * * * * * * *
1028 TAACAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCACTTAAAGTGAGAAAGAAGACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1093 TTAAAGGTTTGAGTGAATATAAATTGACTTTT-TTTCAGAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
66 TCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
* * * * * *
1157 TCGAGGTAAACATTCAGTTCTAATATATTTAAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCA
130 TTGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
1221 AGTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG-TACGAGTGACTATAA
195 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * * * *
1284 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TGTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATAT
259 ATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCTCAA-GCAAACATTCAATTAT
*
1347 AATCTGTTTTAA-TCAAAAATA
322 TATCTGTTTTAACT-AAAAATA
* * * **
1368 TAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAAAAC--
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
1431 -C--AGGCTT-AGGTGAATATAAATTAGACTTTTCTTACCAATGGATTG-CTTTTACCTCATGTT
66 TCAAAGGCTTGA-GTGAATATAAA-TAGACTTTTCTTACCAATGGA-TGACTTTTACTTCACGTT
* * *
1491 T-TCTAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAA
128 TCT-TGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
1554 TCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGTTC-AATGGCATGGGTGACTA
192 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTA
* *
1618 TAAAT-GAACTTTTCTTGCTAGTGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGCAAACATTCAAT
256 TAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAA-GCAAACATTCAAT
*
1681 TATTATCTATTTTAACTAAAAATA
319 TATTATCTGTTTTAACTAAAAATA
* * * * * * *
1705 TAAAAAAAATTTAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTTAAGC--TTAATGAGGCG
1 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * * * * * **
1768 GTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAAGGCTTGTT-CTTCATATTT
65 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTT-TTACTTCACGTTT
* * * * ** * * ** **
1832 CTTAAGGCAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAAA
129 CTTGAGGTAGACATTCAGTTATAATAT-ATTT--TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * ** * * * *
1896 ATCAAATACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAAT-ACGACGATCGATGACATGGGTGAC
191 ATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* * * * * *
1959 TAT-AATGGACTTTTCCTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTT-TTCAAGGCAAACATTCAA
254 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAA-GCAAACATTCAA
*
2022 TTATTATCTGCTTTAACCTAAAATATA
318 TTATTATCTGTTTTAA-CTAAAA-ATA
* * * * * * *
2049 AAAAAAAAGTTTAGCTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACTATGTAAAGCAAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * ** *
2114 TTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAAAATTTTCTTGGCAATGGATGAC-TTTGCTTCACGTTTC
65 TTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTC
** * * *
2178 CCGAGATAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAAT-
130 TTGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATC
2242 AATTATGAGATTATA
194 AATTATGAGATTATA
Statistics
Matches: 1540, Mismatches: 307, Indels: 133
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 24 0.02
336 93 0.06
337 116 0.08
338 46 0.03
339 2 0.00
340 105 0.07
341 120 0.08
342 603 0.39
343 296 0.19
344 64 0.04
345 27 0.02
346 43 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCT
TGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
AGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAAGCAAACATTCAATTATTATC
TGTTTTAACTAAAAATA
Found at i:1016 original size:513 final size:502
Alignment explanation
Indices: 163--1935 Score: 1531
Period size: 513 Copynumber: 3.5 Consensus size: 502
153 ATATTTGGAC
* *
163 CAAAAATATAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
1 CAAAAATAT--AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
228 ATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTACAAATAGACTTCTCTCTCCAATGGGTGACTTTTGCTT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGTTT-AGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TCCAAT-GATTACTTTTGTTT
* * ** * * *
293 CACCTTTCCTGAACTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
126 TACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* *
358 TAACAA-CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
191 TAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT--AAGGCTTGAGT
* * * * *
422 GAATATAAATAAACTTTTGTTGC-CAATGGATGGCTTTTATTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
253 GAATATAAATAGACTTTTATT-CACAATGGAT-GCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC-TT
*
486 T-AGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACTTAATTATGAGACTAT
315 TCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTAT
* *
550 AAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTCGAACGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTTTG
380 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTT-TTTG
* * * *
615 CTAGTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATTATCTGATCTAAT
442 CTAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTATCT-ATCTAAA
* * * * *
677 CAAAAATATAATAAAACTCAATTTAAAAAT-AATTCTAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTA
1 CAAAAATATAA-AAAACTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * *
741 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTTAGTAAATATAAATAGATTTTTCTTACCAATAGATTCCTTTTGTTT
64 ATAAGGCTTTCAAAGG-TTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAT-GATTACTTTTGTTT
* * * * * * * **
806 TACATTTCCTGAGGTAGACTTTCAGTTCTAATATATTTTTAGAAAAAATGTAGCAAAATTTAACT
126 TACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * * * * * *
871 TAAAATCAATTATGAGACTATAGAACCACTTAAAGCGAGAAAGAAGACTTTTGAAGGTTTGAGTG
191 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTT-AAGGCTTGAGTG
* * *
936 AATATAAATCGACTTTTATTCAGAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGCAGACTTTCA
254 AATATAAATAGACTTTTATTCACAATGGATG-CTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACTTTCA
* * *** *
1001 GTTCTAATGTATTTTAGGAAAACAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAA
318 GTTATAATATATTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAA
* * * * *
1066 AACCACTTAAAGTGAG-AA-AGAAGACTTTTAAAGGTTTGAGTGAATATAAATTGACTTTTTTTC
382 AACCATTTAAAGTGAGTAATA-AAG-C-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGACTTTTTTGC
* * * * * * * * * *
1129 -AGAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTCTAATATATTTAAA
443 TAG--TGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATCTAAA
* * * * *
1190 CAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCAAGTAA
1 C-AAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* ** * * ** *
1254 TAAAGCTTTCAAAGGTACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTGTTT-TCTT
65 TAAGGCTTTCAAAGGT-TTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGATTACT-TTTGTTTT
* * *
1318 -CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCT-
127 ACA--TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT-TA
* * * *
1380 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAAAAC---CAGGCTT-AGG
188 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAGGCTTGA-G
* * *
1441 TGAATATAAATTAGACTTTTCTT-ACCAATGGATTGCTTTTACCTCATGTTT-TCTAAGGTAGAC
252 TGAATATAAA-TAGACTTTTATTCA-CAATGGA-TGCTTTTACTTCATGTTTCTC-GAGGTAGAC
* * * * *
1504 ATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
313 TTTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACT
* * * * * *
1568 AAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGTTCAATGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
378 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-T
* * * * *
1633 TGCTAGTGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAA
440 TGCTAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATCTAAA
* * * * * *
1696 CTAAAAATATAAAAAAAATTTAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTTAAGC--TT
1 C-AAAAATAT--AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
* ** * * * ** * * * ***
1759 AATGAGGCGGTCGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGA-AAGGCTTGTTC
63 AATAAGGCTTTCAAAGG-TTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGATTACTTTTGTT-
* * * * * ** * ** *
1823 TTCATATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAAAAATAAAAAAAAATT
125 TT-ACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAATTT
* *
1888 AACTTAAAATCAAATACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATA
187 AACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
1936 CGACGATCGA
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 201, Indels: 99
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
505 8 0.01
506 127 0.13
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510 3 0.00
511 8 0.01
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514 145 0.14
515 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (502 bp):
CAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGATTACTTTTGTTTTACAT
TTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAGGCTTGAGTGAATATAA
ATAGACTTTTATTCACAATGGATGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACTTTCAGTTATAAT
ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTA
AAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTTTGCTAGTGGATGGCTT
TTACTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATCTAAA
Found at i:2108 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1200--2108 Score: 796
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
1190 CAAAAAATGT
* * * **
1200 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-AGGCGATC
* * * * * * * * *
1264 AAAGGTACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TGTTTTCTTCAT-GTTTCC
65 GATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCT-TTTTCTTCATATTTTTC
* * * * *
1327 TAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATA
129 -AAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATAAA
* * * * * *
1370 AAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTGATA---AAAC
1 AAAAAATT-TAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGCGATC
* * * * * * * * ** * * *
1431 CA-GGCTTAGGTGAATATAAATTAGACTTTTCTTACCAATGGATTGCTTTTACCTCAT-GTTTTC
65 GATGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTTTC
* * * * * * * *
1494 TAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-TCAAAATGTAA
129 -AAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAA
* * * * * *
1537 AAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGTTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-AGGCGATC
* * * * **
1601 AATGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA
65 GATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTTTCA
*
1666 AGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATATAA
130 AGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATA-AA
* * * *
1708 AAAAAATTTAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTTAAGC--TTAATGAGGCGGTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-AGGCGATC
* *
1771 GATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAAGGCTTGTTCTTCATATTTCTT-
65 GATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTT-TTC
*
1835 AAGGCAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-TAAAAAAAAATAAA
129 AAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACT----AAAAATAAA
** *
1880 AAAAAA-TTAACTTAAAATCAAATACT-AGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATACGACGAT
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA-GGCGAT
* * *
1943 CGATGACATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCCTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTTTC
64 CGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTTTC
*
2007 AAGGCAAACATTCAATTATTATCTGCTTTAACCTAAAATATAAA
129 AAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CTAAAA-ATAAA
* * *
2051 AAAAAAGTTTAGCTTAAAAT-AAATTATGGGATTATAAAACTATGTAAAGCAAGTAATA
1 AAAAAA-TTTAACTTAAAATCAAA-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
2109 AGGCTTTTGA
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 101, Indels: 61
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 58 0.10
167 72 0.12
168 1 0.00
169 1 0.00
170 184 0.30
171 101 0.17
172 116 0.19
173 72 0.12
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGCGATCG
ATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATTTTTCAA
GGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATAAA
Done.