Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399889.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3123.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3896
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.09, T:0.26
Warning! 1082 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1752 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1439--3451 Score: 2023
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 171
1429 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1439 ATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTT
* * * ***
1504 TGGTTAAGACAAACT-GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTNNN
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
******* * *
1568 NNNNNNNGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTC
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
1610 ATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATGC-CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * *** * * *
1674 TGGTTAAAACGGACTACAATTGAATGTCTACCACAAGAAACATAAAGAGAAAGGCTTTCATTGGC
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
*
1739 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
1781 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * ** ** *
1846 GGTTAAAAAATG-GTATAATTGAATGTCTGCCTT-ATGGAACGA-AAAGCAAAATCCAACCATTT
66 GGTTAAAACA-GACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAAC-ATAAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * * ** * *
1908 CCACA-TAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGACTT
128 GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
** * * *
1952 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
2017 GGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-GAGGAAAAAGTATTCA-TGGAC
66 GGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGG-C
* *
2080 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTT
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTT
*
2123 ATTACTCACTTT-AATCGG-TTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATT
1 ATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * ** * * * **
2185 TTTGGTTGAAATAGACTACAATTGAATGTCTACCTCAATAAACATAAAGTAAAAGGTGTTCATTG
63 TTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * * * *
2250 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTGAACCATTCCATCAAAAACATT
128 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
2294 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTT
* * * * * ** * * **
2359 TGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAAG-GTAAATTGGC
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * *
2422 CAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTC
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
2464 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTCAAATTTTTTTATATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
2529 TTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAATGAAAAAAGCATTCATAGGC
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
*
2594 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
2636 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTAAATTTCAATTCTGTGTACTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTT
* * * * *
2701 TAGTTAAAACAAACT-GAATCGACTGTCTACCTTGAGAAACATATAGAAAAAAGCATTCATTGGC
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* ** * * * *
2765 AAGAAAAGTTCATTTGCAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTC
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
2807 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTGTAAGTTGAATTGTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * ** *
2871 TAGTTAAAACGGACTATAATTGGATGT-TGACCTCAAGAAA-AGTAAAGAAAAAGGCATTCATTG
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACA-TAAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * *
2934 GCAAGAAAACTCCATTTATAGTCCCCCATTCCTTTAAAAGCCTT
128 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
2978 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT--ATGTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT-TT
* * *
3040 TT--TTAAAACAAACT-GAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
64 TTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* *
3102 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTG
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
3145 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
3209 TTGTTAAAACAGATTAGAATTG-ATGTCGACCTTGAGAAACGTAACA-AAAAAGGCATTCATTGG
65 TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAA-AGAAAAAAGCATTCATTGG
* *
3272 CAAGAAAGGTCCATATATAGTCACCCATTCC-TCAAAAAGCCTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTT
* * * * *
3315 CTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCGA-AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACGTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTT
* * *
3379 TTGGTTAAAACAAACT-GAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
64 TTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGG
3443 CAAGAAAAG
129 CAAGAAAAG
3452 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1507, Mismatches: 287, Indels: 96
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 106 0.07
168 34 0.02
169 9 0.01
170 397 0.26
171 731 0.49
172 227 0.15
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
Done.