Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397517.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1645.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10512
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 2085 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:295 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5--323 Score: 417
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
1 TTTA
* * * * *
5 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAGCAGACTATAATTGA
1 TAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
70 ATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAATGGATCCATTGTGGAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
66 ATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAATCGATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
*
135 CCATTCTTTCAAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTC
131 CCATTCCTTCAAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTC
* * *
177 TAATCGCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACTGACTATAATTGA
1 TAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGACTATAATTGA
** * ** * *
240 ATATCTGTCTCAGGAAACGTGTAGAAAAATCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
66 ATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAATCGATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
*
305 CCATTCCTTCAAAAGCCTT
131 CCATTCCTTCAAAAACCTT
324 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 23, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 93 0.75
171 8 0.06
172 23 0.19
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGACTATAATTGA
ATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAATCGATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
CCATTCCTTCAAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTC
Found at i:2773 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2537--2909 Score: 425
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
2527 GAAATGCGAA
* * * * * *
2537 AAAAAGGCATTTATTGGT-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCTTTCAGAAGCGTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCACTTAGAGTCACGCATTCTTTCAAAAGCGTTATTA
* *
2601 CTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT-TGCAT-TATT
65 CT-ACTGTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTAT--ATCT-TT
* ** * *
2663 GGTTAAAAGAGATTATAATTAAATGCCTGTCTTGAGAAACACGTAG
126 GATTAAAAGAGACAATAATTAAATGCCTGCCTCGAGAAACACGTAG
* **
2709 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACGTATTCCTTT-AAAAGTTTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACGCATT-CTTTCAAAAGCGTTATTA
** * *
2773 CTTGTGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATCTTTGATT
65 CTACTGTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATCTTTGATT
* * * *
2838 ATAATAGACAATAATTAAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAG
130 AAAAGAGACAATAATTAAATGCCTGCCTCGAGAAACACGTAG
2880 AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCA
1 AAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCA
2910 TTTATNNNNN
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 24, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 70 0.41
172 94 0.55
173 7 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACGCATTCTTTCAAAAGCGTTATTAC
TACTGTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATCTTTGATTA
AAAGAGACAATAATTAAATGCCTGCCTCGAGAAACACGTAG
Found at i:3495 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1956--3785 Score: 912
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
1946 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
1956 TTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TCAGCTTGAGT
1 TTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTAAAGA
* * * * *
2020 AACATAAAGAAAATA-GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTGCTTCAAAA
64 AACGTGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
********** * *
2084 GCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGATTTTATAATCT-AATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAA-AATTGAT
* * * * * **
2128 TTTAAGTTTAATTTTTTTACA-T-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAGCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAA
* * * *
2191 CGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGGCACGAAAAGT-TCATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* ********** * *
2255 CTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * **
2297 TTTAAGTTGAATTTTTTT-CATT-TTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGAGAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTAAAGAA
* * *
2359 ACGTGTAA-AAAAAGTCGTTCATTGAG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAA
65 ACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAA
* ********** * * *
2421 AGTCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * * * * *
2466 TTTAAGTTGAATGTTGTAACATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
* * * * * * *
2530 ATGCGAA-AAAAAGGCATTTATTGG-TAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCTTTCAGAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * *
2593 CGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * * * * * ** **
2636 TTTAGGTTCAATTTTTTTTGCATTATTGGTTAAAAGAGATTATAATTAAATGCCTGTCTTGAGAA
1 TTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
** * * * * * * *
2701 ACACGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACGT-ATTCCTTTAAAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAG
** ** * * *
2765 TTTTATTACT-TGTGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
129 CCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * * * * **
2808 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATCT-TTGATTATAATAGACAATAATTAAATG-CTTGCCTCGAGA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTAAAGA
* * * * *****************
2871 AACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA
64 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
** ** * *
2935 GCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * * **
2979 TTTAAG-CAGAATTTTTATACATTTTTTTG-TTAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
1 TTTAAGTTA-AATTTTTTTACA--TTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAG
* * * *
3042 AAATGTG-ACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-ACTAATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAA
63 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
3105 AACCTAATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATCGAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * *
3150 TTTAAGTTAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAA
* * * * * *
3215 CGTAAAGAAACAA-GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTTC-TTCCTTTAATAG
66 CGTGAAGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAG
* **********
3278 CCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * * * * *
3321 TTTAGGTTCAATTTTTTTGACATTATTGCTTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
* ** * *
3386 ACGTGAAGAAAAAGGCTTTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * *
3451 CTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTATAAACTTAAAATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * ********** * **
3493 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTNNNNNNNNNNTATAATTGAATGTCTACTTGGAGAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
* * * * *
3557 ACATGAAGAAAAAGACACTCACTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAA
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * ** ***
3621 CCGTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTTTGTAATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
* * * * * * * * **
3664 TTTAAGTCAAATATTTTTATATT-TTCAGTTAAAACAAACTATAGTTGAATGCCTGCCTTGAGAA
1 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
* * * * * *
3728 ACATGTAGAAAAA-GCTATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
65 ACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCT
3786 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1274, Mismatches: 336, Indels: 96
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 259 0.20
170 134 0.11
171 574 0.45
172 295 0.23
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAA
CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGAT
Found at i:5465 original size:171 final size:174
Alignment explanation
Indices: 5263--5606 Score: 452
Period size: 176 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
5253 NNNNNNNNNN
* * *
5263 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTCAA-TGG-T-
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGTTAAATTGGTTA
* *
5324 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTA-AGTT-TAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATA
66 TTTAGAATCTCATAA---ATGTTACAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATA
*
5387 ATTGAAT-ACTTGCCTT-GAGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTATG
128 ATTGAATGACTT-CCTTAG-GAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTATG
* * *
5434 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTGTTAAATTTGGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGTTAAA-TTGG-T
* *
5499 TATTTATAATCTCATAAATGTTACAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
64 TATTTAGAATCTCATAAATGTTACAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAA
* *
5564 TTGAATGCCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT
129 TTGAATGACTTCCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATT
5607 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 13, Indels: 15
0.84 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 47 0.31
172 4 0.03
174 8 0.05
175 4 0.03
176 69 0.46
177 18 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (174 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTGTTAAATTGGTTA
TTTAGAATCTCATAAATGTTACAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATT
GAATGACTTCCTTAGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTATG
Found at i:5595 original size:176 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5263--5740 Score: 448
Period size: 176 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
5253 NNNNNNNNNN
* * *
5263 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
5328 GAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
66 GAATCTCATAA-T-ATGTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAA
*
5393 TACTTGCCTTGAGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTATG
129 TACTTGCCTTGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTATG
* * *
5434 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTGTTAAATTTGGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCT-TTAAA--TGG--
* *
5499 TATTTATAATCTCATAA-ATGTTACAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
61 T-TTTAGAATCTCATAATATGTTA-AGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATA
* *
5563 ATTGAATGCCTT-CCTT-AGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA-T-TG
123 ATTGAAT-ACTTGCCTTGA-GAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTATG
******** * * ** *
5608 ANNNNNNNNNNCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATTGTTT
1 A--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
5673 TATAGTTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTT-CATTTTCT-GTTCAAATAGACTATAAT
64 TAGAATCTCATAA-T-ATGTTAAGTTAAATTTTT-TTACATTTT-TAGCTAAAACAGACTATAAT
5736 TGAAT
125 TGAAT
5741 GTCTACCACA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 31, Indels: 34
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.05
171 83 0.32
172 11 0.04
173 7 0.03
174 11 0.04
175 11 0.04
176 106 0.41
177 17 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
GAATCTCATAATATGTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATA
CTTGCCTTGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTATG
Found at i:6139 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4958--6330 Score: 738
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
4948 NNNNNNNNNN
* * *
4958 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACA
1 GCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
5023 TTTTTGGTTGAAATAGGCTATAATTGAATATTTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CA-TCA
65 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTTGAGGAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA
* * ** *
5086 TAGGCAAGAAGAGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* ********** * * *
5128 GTGC-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTG
1 G-CCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTA
* * * * * * * ********
5192 CAGTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAANNNNNNNN
63 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTTGAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTC
******
5257 NNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT-ATTCCTTCAAAA
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAA
* * * *
5300 GCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * ** * *
5365 TTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATACTTGCCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAAGCCATTCA
65 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTTTACTTGAGGAACATGA-AGAAAAAGCCATTCA
* * *
5429 TTATG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAA
128 TT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* * *
5471 ACCTTATTACTTGCTGTTAAATTTGGTTTATTTATAATCTCATAA---ATGTTACAGTTAAAATT
1 GCCTTATTAC-TGCT-TTAAA--TAG--T-TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTT-AAATT
* * *
5533 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTCCTT-AGGAAACATGTAGAAAAA
57 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTACTTGAGG-AACATGAAGAAAAA
*********** *
5597 GCCATTCATTGANNNNNNNNNNCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
120 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* * * * *
5647 ACCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAGTTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTT-C
1 GCCTTATTAC-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTAC
* * * *** * ******** *
5711 ATTTTCT-GTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCACAAGAANNNNNNNNNNACAAG-CATT
64 ATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTGAGGAA--CATGAAGAAAAAGCCATT
*
5774 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-C-CTCATATTCCCTT-AAAA
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC--ATT-CCTTCAAAA
* * * * * *
5818 GCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAGGTTCAATTTTTCTTGC
1 GCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTAC
* * * * * ** ***************
5883 ATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAAAAACANNNNNNNNNNNNNNNTCA
64 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTACTTGAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* *
5948 TTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* * * *
5990 GCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACA
1 GCCTTATTAC-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
*
6055 TTGTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTGGAGGAACATGAAGAAAAAGACATGT-
65 TT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTT-GAGGAACATGAAGAAAAAGCCAT-TC
6118 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAA
127 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAA
********* * * *
6161 GCCTTATNNNNNNNNNNAAAGTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTCC
1 GCCTTAT-TACTGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * ** ** *
6225 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGGATGCCTGT-CTTAATAAATGTGTAGAAAAAGCCATTC
64 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG--TTTACTTGAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* *
6289 ATTGAG-AAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
127 ATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
6331 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 911, Mismatches: 237, Indels: 109
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 74 0.08
171 462 0.51
172 212 0.23
173 18 0.02
174 11 0.01
175 11 0.01
176 106 0.12
177 14 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GCCTTATTACTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTGAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
Found at i:7144 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6515--9436 Score: 2099
Period size: 171 Copynumber: 17.1 Consensus size: 170
6505 NNNNNNNNNN
* ** *
6515 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTACTTGGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAG-GAAAC
** ** * * *
6580 ATGTTGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTAAATTAATAGTGACCCATTCCTTCGAAAGCC
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * ** *
6644 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTGTCGCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
********** * * * * *
6686 TTAAGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGGCTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAG-GAAAC
* * * * ** * **
6751 ATGAAAAAAAAGGCA-TCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCTATTCCTTCAAAAGTGT
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
6815 TATTGCTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAAAATTGATT
130 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
6856 TTAGGTTCAATTTGTTTATGCATTATTGGTTAAAACATATTATAAGTGAATGTCTACCTTAGAAA
1 TTAAGTTGAATTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAA
* * * *
6921 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA-AAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAG
63 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
6985 CCTTATTACTCGCTATAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
7029 TTAAGTTGAATTTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAACTTTGGAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAA
* * * * * * * *
7094 CATGAA-AAAAAGGCACTCATTGGCAAGAACAGTCAATTTATAGCCACCCATCCCTGT-ACAAGC
64 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGC
* *********
7157 CTAATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNN
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * * *
7200 NGAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAGACAGACTATAACTGAATGTCTACTTAGAGAAAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAG-GAAAC
* * * * * ***
7265 GTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAAAAT
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
7330 TATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAACTAATT
130 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
7371 TTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTGTAATCGAATGCCTGCCTT--GAGA-
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAAC
* * * * *
7433 ATGTATAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AATAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCTTTCAAAAG
65 ATG-A-AGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
7497 -CTATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAGTCTCATAATCGATT
127 CCT-TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * *
7541 TTAAGATGAATTTTTTTACTTTTTTTTTTAAAACA-AGCTATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAA
* * * * * * * * *
7605 CGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCA
64 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
********** *
7670 TTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
7712 TTAGGTTCAATATTTTTTGCATTATTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAG
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAA-
* * * *
7777 CATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGAC
64 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* ** *
7842 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
7884 TTATA-TTGAATGTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTCCTTAAGAA
1 TTA-AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACTTAGGAA
* **********
7947 ACATGTAA-AAAAAGCCATTCATTAAG-AAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
63 ACATG-AAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
8010 GCCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAATTAATT
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
8055 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATAGGCTATAATTGAATTTCTACCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAAC
* * * * *
8120 GTGAAGAAAAAGGCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCGT
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * ****
8184 TGTTACTTGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATTNNNNN
130 TATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATT-GATT
***** * * * * *
8226 NNNNNTT-AATTTTTTTTGCATTATTGGTTAAAACAAATTTTAATTGAATGTCTACCTT-GAGAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAG-GAA
* * * * * *
8289 ACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGCTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
63 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
8354 CTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
8397 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGGCTACCTTAGGAAAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAAC
* * * * * *
8462 GTGTAGAAGAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCT
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* ** *
8526 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
8568 TTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAG-GAAA
* * *
8632 CAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGATAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
64 CATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * ** *
8696 CTTATTACACGCGTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
8739 TTAAGTTTAATATTTTTATACTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTGCCTTAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-ACTTAGGAAA
* * * * * * * *
8803 CATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAAAAAAAATAC-ATTTAGAGTCAACCATTCCTTTAAAAG
64 CATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** *
8867 TGTTATTACTCGCTTTAAA-TATTTTTACAATCTCATAATTGATT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
********** * *
8911 TNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTAG-GAAA
* * * * * *
8975 CATGTAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
64 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
**********
9040 TTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * ** * * *
9082 TTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTCGATTAAAAGAGACTATAATTGATTACCTGCCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAAC
********** * * * **
9147 AT-ATAGANNNNNNNNNNCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCATCCATTCCTTTGAAAGC
65 ATGA-AGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
**********
9210 CTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
9253 TTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTCAAACCAGACTATAATTGAATATCTGCCTT-GAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTAG-GAAA
* * * * * * * * *
9317 CGT-AAAAAAAAGACACTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGCCTCTCATTCCTTTAAAAGCC
64 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
9381 TAATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATCGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
*
9423 TTAAGTTAAATTTT
1 TTAAGTTGAATTTT
9437 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2126, Mismatches: 558, Indels: 135
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 15 0.01
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171 1152 0.54
172 450 0.21
173 90 0.04
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAACA
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:8213 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 6515--9436 Score: 2313
Period size: 514 Copynumber: 5.7 Consensus size: 513
6505 NNNNNNNNNN
* ** *
6515 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTA-CTTGGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAA
** ** * * *
6579 CATGTTGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTAAATTAATAGTGACCCATTCCTTCGAAAGC
65 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * ** * * ***
6643 CTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTGTCGCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TNNN
129 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATATTTTTATGCA
******* ** * * * * * *
6706 NNNNNNNTTAAAACAGGCTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAAGGCA-TCAC
193 TTATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * ** * ** *
6770 TAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCTATTCCTTCAAAAGTGTTATTGCTCGCTTTAAA-TGA
258 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTG-
* * * * * * * *
6834 TTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTATGCATTATTGGTTAAAACATATTAT
322 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
6899 AAGTGAATGTCTACCTT-AGAAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAAAAAAATTTCATT
384 AATTGAATGCCTGCCTTAAG-AAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATT
* *
6961 TATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
446 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
7026 ATT
511 ATT
* * * * **
7029 TTAAGTTGAATTTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAACTTTGGAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * * *
7094 CATGAA-AAAAAGGCACTCATTGGCAAGAACAGTCAATTTATAGCCACCCATCCCTGT-ACAAGC
65 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGC
* ***********
7157 CTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNGAAGTTGAATATTTTTAT--A
129 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATATTTTTATGCA
* * * * * **
7220 TTTTTGGTTAAGACAGACTATAACTGAATGTCTACTTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCAT
193 TTATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * * * * * *
7285 TGGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAAAATTATTACTTGCTTTAAATTGT
258 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* * * * * *
7350 TTTATATTCTCATAACTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTGTAAT
323 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * *
7415 CGAATGCCTGCCTT--GAGA-ATGTATAGAAAAAGTCATTCATTGAGAATAAAAGTCCATTTATA
387 TGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTA-A-AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
7477 CTCACCCATTCTTTCAAAAG-CTATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAGTCTCATAATCGATT
450 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * *
7541 TTAAGATGAATTTTTTTACTTTTTTTTTTAAAACA-AGCTATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * * * *
7605 CGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCA
65 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
********** *
7670 TTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTT-TGCAT
130 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATATTTTTATGCAT
*
7734 TATTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAAGCATGAAGAAAAAGACATTCAT
194 TATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAA-CATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * *
7798 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGT
258 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* *
7863 TTTATGATCTCATAATTGATTTTATATTGAATGTTTTTTA-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
323 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * **********
7927 TTGAATGCCTTCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAGNNNNNNNNNNTTATAG
386 TTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
7992 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATAGTCTCATAATTAATT
451 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
8055 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATAGGCTATAATTGAATTTCTACCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * *
8120 GTGAAGAAAAAGGCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCGT
66 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * ********* *
8184 TGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTNNNNNNNNNNTTAAT-TTTTTTTGCATT
131 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-GATTTTAAGTTAATATTTTTATGCATT
* * * * *
8248 ATTGGTTAAAACAAATTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATT-
195 ATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
* * * * * *
8312 GCTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTATT
260 GC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
* * * *
8377 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTATAATT
324 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * ** * *
8442 GAATGGCTACCTTAGGAAATGTGTAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
388 GAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** *
8507 ACGCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATT
453 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
8568 TTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAATC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * *
8633 AT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGATAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
66 ATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
8697 TTATTACACGCGTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTATAC-
130 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAG-TTAATATTTTTATGCA
* * * *
8760 TT-TTGATTAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTGCCTTA-AGAAACATGTAGAAAAAGCCATTC
193 TTATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTC
* * * * * * * **
8822 ATTAAGAAAAAAAAATAC-ATTTAGAGTCAACCATTCCTTTAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAA
256 ATT-GGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAA
* ********* *
8886 TAT-TTTTACAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACT
319 T-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * * *
8950 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTT
382 ATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTT
* * **********
9015 AGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGA
447 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
9080 TT
512 TT
* * * * * * ** * *
9082 TTGAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTCGATTAAAAGAGACTATAATTGATTACCTGCCTCAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
********** * * * **
9146 CAT-ATAGANNNNNNNNNNCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCATCCATTCCTTTGAAAG
65 CATGA-AGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
********** * *
9209 CCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAAT-TGTTTTA--
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATAT-TTTTATG
* * * * * * * * * * *
9271 CATTTTTAGTCAAACCAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGT-AAAAAAAAGACACTC
191 CATTATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTC
* * * * * * * *
9335 ATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGCCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATT
256 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATT
* * *
9400 ATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTT
321 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTT
9437 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1907, Mismatches: 447, Indels: 110
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 55 0.03
512 265 0.14
513 683 0.36
514 735 0.39
515 154 0.08
516 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTATGCATTA
TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:10247 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 10063--10371 Score: 336
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
10053 NNNNNNNNNN
* *
10063 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTATGCTTCAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAAGTTTTTTACATTTATGCTTCAAACAG
*
10128 ACTATAATTCAATGTCAACCTCA-AGAAACATAAAGAAACAAGCATTCATCCGT-AAGAAAAGTC
66 ACTATAATTCAATGTCAACCTCAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAT-CGTCAAGAAAA-TC
10191 CATTTATAGTCACTCATTTCTTTANNNNNNNNNNGACTCGCTT
129 CATTTATAGTCACTCATTTCTTTA----------GACTCGCTT
** * * *
10234 TAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAAGTTTTTTACATTTATGCTTCAAACAG
* **** * * * *
10298 ACTATAATTGAATGTCTTTTTTAGAGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATTGTCAAGAAAATCCA
66 ACTATAATTCAATGTCAACCTCAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATCGTCAAGAAAATCCA
10363 TTTATAGTC
131 TTTATAGTC
10372 GTCCATTTCT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 17, Indels: 5
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 82 0.69
171 37 0.31
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAAGTTTTTTACATTTATGCTTCAAACAG
ACTATAATTCAATGTCAACCTCAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATCGTCAAGAAAATCCA
TTTATAGTCACTCATTTCTTTAGACTCGCTT
Done.