Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399918.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3150.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7962
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.10, T:0.34
Warning! 1106 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:658 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--3045 Score: 2305
Period size: 171 Copynumber: 17.9 Consensus size: 170
* * * *
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGAAGAAAACA-ATATTAAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA-AGATATTCAT
* * * *
65 TGGGAAG-AAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
129 TTTTACAATCTCATAATTGACTTT-AGGTTGATTTTTTTTTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGA-ATTTTTTTAT
** * * * * **
171 TTTTGGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTA-CTTTGAGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
** * * * **
235 TATTTAG-AAAAGTCTATTTATATTCATCC-ATGCCTTCAAAAGTCC-TATTACTTACTTT-AAT
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * *
296 TATCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTACA
128 GGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA-T
* * * *
341 TTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATAT-TCACCTTAAGAAACGTGCAG-AAAAGATATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * ** * * **
404 TGGCAAG-AAAAGTCCATTTACAGTCACTTATACTTTCGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAATTAT
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
468 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTATAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTT-TAT
*
511 ATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAATAAAAAGATATTCAT
1 -TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * * * **
575 TGGTACGAAAAAGTCAACTTATAGCCACCTATGCCTTTAAAAGCTTTATTTCTCTTTTTAAATGG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
** * *
640 CCTTATAATCTTATAATTGACTTGAAGTT---TTTTTTTCAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT-AT
* * * **
679 TTTTGATCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGCCACTCATTGGTG-AGAAAAG
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAA---A--C----GTGAAGAAAA-
* * * * ****
743 TCCATATATACTCACCTATGCCCT-CG--AAAG-CC--TTAT--T-A-CT-TG-CTT-TAATTTT
55 ---AGATAT--TCA--T-TG--GTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
795 TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTA-AGT-T-A-AATT--TTT----TT--A------TAT
110 TTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * *
838 TTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTACCTCT-TGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * * * *
902 TGGCAAG-AAAAGTTCATTTATAGTCACATATACTTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
966 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCT-AATGTTTTTTACAG
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTTT--AT
* * * *
1009 TTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACATAAAGAAAAA-ATTATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGA-TATTCAT
* * * *
1073 TGGCAACAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCGCTTTAAGTG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
1137 GTCTAATAATCTCATACTTGACTTT-AAGTTGAATTTCTTTTCAT
129 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTT-TTTT-AT
* * * * *
1181 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTTA
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCA
* ** * * * * *
1244 TTGGTGAG-AAAAGTCCATGAATACTCACCAATGCCTGT-AAAAGCTTTATTACTTGCTTTAATT
64 TTGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * *
1307 ATTTTTATAATCTCGTACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTAT
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA-AGTTGAATTTTTTTAT
* * * *
1350 ATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTATCTT--GATAAGCATGCAA-AAAAAGATAT
1 -TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AA-CGTG-AAGAAAAAGATAT
* **
1412 TCATT-GTCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTAGA
61 TCATTGGT-AAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
1475 AATGGTTTTACAACCTCATAATT-CTCTTTAAGTTGAATTATGTTTTCAT
125 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTGAAGTTGAATT-T-TTTT-AT
** *
1524 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGTT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCA
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCA
* * * * * ** * *
1587 TTGGCAAG-AAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCCTCAAAAGCCTTAAAAGTCACTTTAAATG
64 TTGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* **
1651 GTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTAAAATTATTTTTATAT
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-T-TTTTT-TAT
* * **
1696 TTTTTATTAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTTGT
1 TTTTTATTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * *
1760 TGGTAAG-AAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
1824 TTTTATAATTTCATAATTGACTTT-AAGTT-AATTTTTTTTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA-TTTTTTTAT
* * * * * *
1865 TTTTT-TTGAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAACAAG-CATTCAT
1 TTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * *
1928 TGGTAAGAAAAA-TCCATTTATAGTTA-CTGATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAAT
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAT
* * *
1990 GATTTTATAATCTCATAATTAAATTGAA-TTGAAATTTTTTTACAT
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG-AATTTTTTT--AT
* * * * * **
2035 TTTTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCATGGGAGACGTGAAGAAAACA-ATATTTGT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA-AGATATTCAT
* * * * * ***
2099 TCGAAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACATATGCCTTCAATAGACTTATTACGAACTTTAAATGG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
2163 TTTTATAATCTCGTTATTGACTTT-AAGTT-AATTTTTTTTTCAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA--TTTTTTT-AT
** * * * * ** **
2206 TTTTGGTCAAAACGGACTATAATTGAAT-TTTAACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTG
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCA
* * * * * * * *
2269 TTGTTGA-AAAAAGTTCATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTG
64 TTGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * **
2333 TTTTTATAATTTCATATTTGATTTTAACCTGAATTTTTTTATAT
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTT-TAT
* * * *
2377 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTATACCTCT-GGAAACGTGTAGAAAAATATATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * * * *
2441 TGGT-AGGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
2505 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTCTGTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTT-T-TAT
* * * * * * * *
2548 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAGGAAACATGAGGAAAAAGCTTTTTATT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* * *
2613 GGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGGCTTACTACTCGCTTTAAATGGT
66 GGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
2677 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTTTTCAT
131 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATT-TTTTT-AT
** * * * * *
2719 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-GTTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG-ATATTCAT
* * * * *
2783 TAGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
65 TGGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
2847 TTCTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA-T
* * * * ** *
2889 TTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAGTATCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
** * * * * *
2954 GACAAG-AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGT
66 GGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
3018 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
3046 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 2287, Mismatches: 431, Indels: 314
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
140 1 0.00
141 6 0.00
142 2 0.00
144 7 0.00
146 6 0.00
147 1 0.00
148 1 0.00
149 4 0.00
150 13 0.01
151 14 0.01
152 2 0.00
153 2 0.00
154 1 0.00
155 5 0.00
157 3 0.00
158 2 0.00
159 33 0.01
160 2 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
165 2 0.00
167 10 0.00
168 119 0.05
169 165 0.07
170 430 0.19
171 877 0.38
172 481 0.21
173 31 0.01
174 8 0.00
175 14 0.01
176 7 0.00
177 7 0.00
178 5 0.00
179 1 0.00
181 5 0.00
182 4 0.00
183 3 0.00
184 1 0.00
185 5 0.00
186 2 0.00
187 2 0.00
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
GGTAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAT
Found at i:2462 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--3042 Score: 2734
Period size: 342 Copynumber: 9.0 Consensus size: 340
* *
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAT-GAAATGTGAAGAAAACAATATTAAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-TGGAAACGTGAAGAAAA-AATATTCAT
* * *
65 TGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
64 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * ** *
130 TTTACAATCTCATAATTGACTTTAGGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAATCAGATTATAAT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * **
194 TAAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCATT-ATTTAGAAAAG-TCTATTTATA
193 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTC-ATTTATA
* * ** **
257 TTCATCCATGCCTTCAAAAGTCC-TATTACTTACTTT-AATTATCTTTATAATCTCATAATTGAT
257 CTCACCCATGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGAT
*
320 TTGAAGTTGAATTTGTTTACA-
320 TTGAA-TTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
341 TTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATAT-TCACCT-TAAGAAACGTGCAGAAAAGATATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCT-GGAAACGTGAAGAAAAAATATTCAT
* * * * * * * * **
404 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTTATACTTTCGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAATTATT
64 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
469 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATGTTTTTATATATTTTT-TTAAAACAGATTATA
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAACAGATTATA
* ** * *
532 ATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAATAAAAAGATATTCATTGGT-ACGAAAAAG-TCAACT
191 ATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAG-AAAAGTTC-ATT
* * * * ** ** *
594 TATAGC-CACCTATGCCTTTAAAAGCTTTATTTCTCTTTTTAAATGGCCTTATAATCTTATAATT
253 TATA-CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
658 GACTTGAAGTT---TTTTTTT-CAT
317 GATTTGAA-TTGAATTTTTTTACAT
* * * ** *
679 TTTTGATCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-T-GAAA----AAG-----CCACTCATTG
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTG
* * * * * * **
733 GTGAGAAAAGTCCATATATACTCACCTATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTTTTTT
66 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
798 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTG
130 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * *
863 AATGTTTACCTCT-TGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCATTGG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGT
195 AATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTATACT
** * * * * *
926 CACATATACTTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
259 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* *
991 AGCT-AATGTTTTTTACAG
324 A-TTGAAT-TTTTTTACAT
* * * *
1009 TTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTATCT-TAGGAAACATAAAGAAAAAATTATTCAT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-GGAAACGTGAAGAAAAAA-TATTCAT
* * * * *
1073 TGGCAACAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAACTCTTATTACTCGCTTTAAGTGG
64 TGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
1138 TCTAATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
127 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * **
1203 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGGTG-AGAAAAGTCCATGAATA
192 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * * * ** * *
1267 CTCACCAATGCCTGT-AAAAGCTTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCGTACTTGATT
257 CTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
1331 TTATATTGAATTTTTTTATAT
321 TGA-ATTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
1352 TTTTGATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTA--TCTTGATAAGCATGCAA-AAAAAGATATTC
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGA-AA-CGTG-AAGAAAAA-ATATTC
* **
1414 ATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAAT
62 ATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * *
1478 GGTTTTACAACCTCATAATTCTCTTTAAGTTGAATTATGTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTA
125 GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTA
** * * *
1543 TAATTGAATGTCTATGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-CAAGAAAAGTTCATTT
189 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTT
* * * ** * *
1607 ATAGTTACCCATGCCCTCAAAAGCCTTAAAAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
254 ATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** *
1672 ATTGAAGTAAAATTATTTTTATAT
319 TTTGAA-TTGAATT-TTTTTACAT
* * **
1696 TTTTTATTAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTTG
1 TTTTTATTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-GGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCA
* * * *
1759 TTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
63 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
1824 TTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTT-AA-TTTTTTTTATTTTTT-TTGAAAACAGATTATA
127 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATT-AAAACAGATTATA
* ** * * * *
1886 ATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAACAAG-CATTCATTGGT-AAGAAAAATCCATTTAT
191 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * ** * * * * *
1949 AGTTACTGATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAAA
256 ACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
2013 TTGAATTGAAATTTTTTTACAT
320 TTGAATTG-AATTTTTTTACAT
* * * * **
2035 TTTTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCAT-GGGAGACGTGAAGAAAACAATATTTGT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCTGGAAACGTGAAGAAAA-AATATTCAT
* * * * * ***
2099 TCGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACATATGCCTTCAATAGACTTATTACGAACTTTAAATGGT
64 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * ** * * *
2164 TTTATAATCTCGTTATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACGGACTATAA
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* ** *
2228 TTGAAT-TTTAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTGTTGTTGAA-AAAAGTTCATTTAT
192 TTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * * *
2291 ACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATTTCATATTTGATT
256 ACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
2356 TTAACCTGAATTTTTTTATAT
321 TGAA-TTGAATTTTTTTACAT
* * *
2377 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTATACCTCTGGAAACGTGTAGAAAAATATATTCATT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATT
* * * * *
2442 GGTAGGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTT
65 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
2507 TTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTCTGTATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
129 TTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * ** * *
2571 TGAATGTCTA-CATCAGGAAACATGAGGAAAAAGCTTTTTATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATA
193 TGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * * * *
2634 GTCACCTATACCTTCAAAAGGCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT
257 CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
2699 T-AAGTTGAATTGTTTTT-CAT
321 TGAA-TTGAATT-TTTTTACAT
** * ** * **
2719 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAGTTCATT
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACGTGAAGAAAAAATA-TTCATT
* * * * *
2784 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
65 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
2849 CTATAATTTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA--TTTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATTACAA
129 TTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * ** * * ** *
2911 TTGAGTATCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATA
192 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * *
2975 CTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
257 CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
3040 GAA
322 GAA
3043 GTTAAANNNN
Statistics
Matches: 2202, Mismatches: 406, Indels: 187
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 69 0.03
327 151 0.07
328 5 0.00
329 6 0.00
330 34 0.02
332 6 0.00
336 7 0.00
337 2 0.00
338 44 0.02
339 225 0.10
340 217 0.10
341 302 0.14
342 564 0.26
343 424 0.19
344 137 0.06
345 6 0.00
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTG
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAAGAAAAGTTCATTTATACTCA
CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAT
TGAATTTTTTTACAT
Found at i:3641 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3295--4036 Score: 626
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
3285 AAAAGTTAAC
* * * * * * * * * *
3295 TTATAGTCACATATGCCTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTGAAAATCTAATAATT
1 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
3360 GACTTGAA---ATAATTTTTTTTCATTTATGGT-C-AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCCT
66 GATTTGAAGTTAAAATTTTTTAT-ATTT-T-CTACTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCCC
* * ** * *
3420 TGAAAACTTGAAGAAAAAGA-TATTCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
128 AGGAAAGATGCAGAAAAA-ATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
3464 TTATAGTCACCTATGCCTTTAGAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATT
1 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
********** * *
3529 GATTTGANNNNNNNNNNTTTTATATTTTCTATTAAAACATATTACAATTGAATGT-TCACCCCGG
66 GATTTGAAGTTAAAATTTTTTATATTTTCTACTAAAACATATTACAATTGAATGTCT-ACCCCAG
*
3593 GAAAGATGTAGAAAAAATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
130 GAAAGATGCAGAAAAAATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
*
3635 TTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
3700 GATTTGAAGTTAAAATTTTTTATATTTTCTGCTAACACATATTACAATTGAATGTCTACCCTAGG
66 GATTTGAAGTTAAAATTTTTTATATTTTCTACTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCCCAGG
* * **
3765 AAAGATGCAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTAT
131 AAAGATGCAGAAAAAATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * *
3806 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
3871 CACTTT-AAGTT-AAATTTTTCTTTCTTTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA-CCT
66 GA-TTTGAAGTTAAAATTTTT-TATATTTTCTACT-AAAACATATTACAATTGAATGTCTACCCC
* * * ** ** *
3933 TGATAAACATATAGAAAAAACCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCAT
128 AG-GAAAGATGCAGAAAAAATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* ** **
3978 TTATACTCACAC-ATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATAGTTTTTATAATCTC
1 TTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTC
4037 GTTCTTNNNN
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 90, Indels: 25
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 61 0.13
170 11 0.02
171 290 0.62
172 106 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTGAAGTTAAAATTTTTTATATTTTCTACTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCCCAGG
AAAGATGCAGAAAAAATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
Found at i:5178 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 4876--5301 Score: 474
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 162
4866 NNNNNNNNNN
* *
4876 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAAATGCTTTAA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATACACGCTTTAA
* ** *
4941 ATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTGANNNNNNNNNNTTTTATATTTTCTATTAAAATAGATT
66 ATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTGA--------TTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATT
*
5006 ACAATTGAATGTCCACCTCAGGAAAGATGTAGAAAAAGTT
123 ACAATTGAATGTCCACCTCAGGAAAGATGCAGAAAAAGTT
* * * *
5046 ATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATGCCTTCAGAAGCCTTATTACACGCTTTT
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA-TACACGCTTTA
**
5111 AATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGAT
65 AATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTT--------GATTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGAT
* *
5176 TACAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAGATGCAGAAAAAGTT
122 TACAATTGAATGTCCACCTCAGGAAAGATGCAGAAAAAGTT
* * * * *
5217 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTCCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA-TACACGCTTTA
* * * *
5282 AGTAATTTTATAATCTCATA
65 AATAGTTTTGTATTCTCATA
5302 TTTCACTTTA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 29, Indels: 17
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 50 0.23
171 168 0.77
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATACACGCTTTAA
ATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTGATTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTACAATTGA
ATGTCCACCTCAGGAAAGATGCAGAAAAAGTT
Found at i:6035 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5680--6357 Score: 700
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 172
5670 AAAGATATTT
* * * ** * * **
5680 ATTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
5745 ATTTTATAACCTCATAATT-ATCTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGATTAAAACAGATTAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAT
* * * *
5808 AATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
130 AATTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTC
**
5850 ATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
5914 GGTTTTATAATCTTATAATTGAATTGAA-CTGAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-AATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATT
*
5978 ATAATTAAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAAAAAAAGTTATTC
128 ATAATTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTC
* * * * * ** * *
6022 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCACATTACTCGCTTTAACTA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
6087 GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTTTTAGTTTTGGTTAAAACAGATTAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAT
*
6152 AATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACAT-ACAGAAAAAA-CCATTC
130 AATTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGA-A-AAAAAAGTCATTC
* * * *
6194 ATTGGTGAA-AAAAGTCCATTTAT-GCTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAT
1 ATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
6257 TGTTTTTATAATCTTATACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGAT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTTTTT-TATATTTTTGATTAAAACAGAT
* * * *
6321 TATAACTGAATGTCCACCTT-G-GTAAACATGAAGAAAA
127 TATAATTAAATGTCTACCTTAGAG-AAACATGAAAAAAA
6358 GTTTATTTAT
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 70, Indels: 35
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 81 0.19
171 18 0.04
172 299 0.71
173 20 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATA
ATTAAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTC
Found at i:6309 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5668--6357 Score: 867
Period size: 344 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
5658 NNNTATGTAG
* * **
5668 AAAAAGATATTTATTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTTATTAC
1 AAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTACATTAC
* *
5733 TCATTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTATCTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAA
66 TCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTATCTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGTTTTGATTAA
* * **
5798 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATAAGCAAGAAAA
131 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATAAGCAAGAAAA
5863 GTCCATTTATAGATACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
196 GTCCATTTATAGATACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
* * *
5928 ATAATTGAATTGAACTGAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA
261 ATAATTGAATTGAACTGAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCCA
5993 CCTTAGAAAACATGAAA
326 CCTTAGAAAACATGAAA
* * **
6010 AAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTGTAGTCACCTATGCCTTCAAAAG-TCACATT
1 AAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCT-ATTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCT-ACATT
* * *
6073 ACTCGCTTTAACT-AGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTCTTTTTTTAGTTTT
64 ACTCACTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATT-ATCTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTTAGTTTT
* ** **
6136 GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAT-ACAGAAAAAACCATTCATTGGT
125 GATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAACCATTCATAAG-
* * * * * *
6200 GAA-AAAAGTCCATTTAT-GCTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTT
188 CAAGAAAAGTCCATTTATAGAT-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
6263 TATAATCTTATACTTGATTTTATATTG-AATTTTTTGTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAA
252 TATAATCTTATAATTGAATTGA-ACTGAAATTTTTT-TATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * *
6326 CTGAATGTCCACCTTGGTAAACATGAAG
315 CTAAATGTCCACCTTAGAAAACATGAAA
6354 AAAA
1 AAAA
6358 GTTTATTTAT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 39, Indels: 20
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.01
342 90 0.30
343 5 0.02
344 191 0.64
345 9 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTACATTAC
TCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTATCTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGTTTTGATTAA
AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATAAGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGATACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
ATAATTGAATTGAACTGAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCCA
CCTTAGAAAACATGAAA
Found at i:6509 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 6235--6507 Score: 374
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
6225 ATACCTTCAA
* * * * * * *
6235 AAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTTATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTGATATTGAATATTTTGT
*
6300 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCCACCTTGGTAAACATGAAGAAAAGTTTATT
66 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCCACCTTGATAAACATGAAGAAAAGTTTATT
6365 TATAGTCATCTATGCCTTCGG
131 TATAGTCATCTATGCCTTCGG
6386 AAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGA-AGTTGAATATTTT
1 AAGCCTTATTACTCGC-TTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTGATA-TTGAATATTTT
* * * * *
6449 -TATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTT-ATAAAACGTGAAGAAAA
64 GTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCCACCTTGAT-AAACATGAAGAAAA
6508 AGATATTCAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 13, Indels: 7
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
150 52 0.49
151 47 0.44
152 6 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (151 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTGATATTGAATATTTTGT
ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCCACCTTGATAAACATGAAGAAAAGTTTATT
TATAGTCATCTATGCCTTCGG
Found at i:6648 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6362--6681 Score: 430
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
6352 AGAAAAGTTT
* * ** * *
6362 ATTTATAGTCATCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGCTTCATAATCTCATAA
* * *
6427 TTGATTTGAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTA
66 TTGATTTGAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTA
6492 TA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGAATGAAAAAGTCC
131 -AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGAATGAAAAAGTCC
* * *
6534 ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTCATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGCTTCATAATCTCATAA
* * * * * *
6599 TTGACTTTG-CGTT-ATTCTTTTTTTCATTTTTTGTGAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT
66 TTGA-TTTGAAGTTGAATATTTTTAT-ATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
6662 TAAGAAACGTGAAGAAAAAG
129 TAAGAAACGTGAAGAAAAAG
6682 CCATTCNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 9 0.07
172 114 0.90
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGCTTCATAATCTCATAA
TTGATTTGAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTA
AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGAATGAAAAAGTCC
Found at i:7372 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6900--7522 Score: 499
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
6890 NTCACCTATA
* * ** * * ** * **
6900 CCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTT-GTGGTGGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAA
* * * * *
6964 TTTTTTTACATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTCAGGACACGTGAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGA-GAAACGTGAAGAAA
* * * **
7028 AAGTTAGTCATTG-GCAGCAAAAG-TCTATTTATAGTCACATATG
130 AAGATATTCATTGCG-AG-AAAAGTTC-ATTTATA-TTACCCATG
* * * * * ***
7071 TCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATTGACTTCAAGTTATTC
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAA
** * ** * * *
7136 TTTTTTT-CA-TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCATGAGAAACATGAAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
**
7199 AGCCATTCATTGCTGAGAAAAGTTCATTTATACTTACCCATG
131 AGATATTCATTGC-GAGAAAAGTTCATTTATA-TTACCCATG
* * * ** * *
7241 CCTTCGAAAGCCGTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTAAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAA
* *
7306 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTATCTTGAGAAACGTGCAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
7371 AGATATTCTTTGGCAAGAAAACTCCATTTA-ATGTCACCCATG
131 AGATATTCATT-GCGAGAAAAGTTCATTTATAT-T-ACCCATG
********** * * *
7413 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTGAACTT-GAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAA
*
7477 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
66 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
7523 CAAAAAACAT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 83, Indels: 21
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 168 0.47
171 61 0.17
172 128 0.36
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAA
TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
AGATATTCATTGCGAGAAAAGTTCATTTATATTACCCATG
Done.