Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399919.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3151.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Warning! 637 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1112 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 672--1275 Score: 953
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
662 NNNNNNNNNN
* * * *
672 AAAGAAAAAGTTATTCATTGG-TAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATATATTCGAAAGCCTT
1 AAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTCGAAAGCCCT
* * *
736 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTCTTACATTTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTT
801 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACA
131 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACA
* * *
841 TAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACATTCGAAAGCCCT
1 AAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTCGAAAGCCCT
* * *
906 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTGAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTT
**
971 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACA
131 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACA
*
1011 GAAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATACATTC-AGAAGCC
1 -AAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTCGA-AAGCC
1075 CTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACATTTT
64 CTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACATTTT
* *
1140 TTATTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGACACA
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACA
* * * *
1182 TAAAAAAAAAGTTATTCATTGGC-AAAAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTCGGAAGCCT
1 -AAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTCGAAAGCCC
*
1246 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
1276 TGTTGGTCCC
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 31, Indels: 7
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.05
170 203 0.51
171 178 0.44
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACATTCGAAAGCCCT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACA
Found at i:3381 original size:339 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2756--4304 Score: 1288
Period size: 339 Copynumber: 4.6 Consensus size: 336
2746 NNNNNNNNNN
* * **
2756 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TA-TTTTTAGTTAAATTAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
* ** * ** * *
2819 TAAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAG--AAAG-TACCATTCATT-GTTGAGAAAGGTCTATTTA
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA--A-TCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** ** *
2880 TACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCCATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGA
126 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
** ** *** *
2944 TTTCATGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATGGATTATAATTGAAT-T-TTTTTTCGAG
190 TTGAAT-TT---TTTTTTT-TCA-TTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAG
** * * * * * * *
3006 AAACGTGCAG-AAAAGATATTCATTGACAAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACTTATGCTTTCAGAA
248 AAATATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* *
3070 GCCTTATTACTCGCTTTAATTATTT
312 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * *
3095 TTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTTATTAAAACAGATAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * * *
3159 TGAATGTCTTCCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATAATCATTGGCATGAAAAAGTCAACTTATAG
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTAGCAAG-AAAAGTCCATTTATAG
* * * **
3224 TCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGATTATAATCTCATAATTGACTTG
129 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTG
* *
3289 AATTTTTTTTTTTCATTTTTGATCAAAATACATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAATATGAA
193 AATTTTTTTTTTTCATTTTT-ATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAA
* ** * * * * * *
3354 G-AAAAGTCATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTAATTA
257 GAAAAAGT-ATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * **
3418 CTTGCTTTAATTTTTT
321 CTCGCTTTAAATAGTT
* * * * * *
3434 TTCTAATTTCATAATTGATTTTACA-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAAC
1 TTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* *
3498 TGAATTTCTACCTCTAGAAACAT-ACAGAAAAA-A-AATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGATAA-TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
3560 GTCAGTTATGCCTTCAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTT
128 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* * * * * * * *
3625 GAAGTTGAATTGTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATATTTACCTTAGGAAAC
192 GAA-TT---TTTTTTTTTCA-TTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAT
* * * *
3689 GTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAACAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCT
252 ATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
*
3754 TATTACTCGTTTTAAATAGTT
316 TATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * *
3775 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAATCAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * * * ** * * * ** * *
3839 AAATGTCTATCTCGAGAAACTTAAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAGTCCATTTACACTC
66 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * * **
3904 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACCTTAATTATTTTTATAATATAATAATTGATTTTAT
131 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGAAT
* ** * * **
3969 GTTAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATATCCAG
196 -TT--TTTTTTTTCATTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAG
* * * * *
4034 AAAAAGATATTAATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCAAAAGCCGTGTTAC
258 AAAAAG-TATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
4099 TAGCTTTAAATGGTT
322 TCGCTTTAAATAGTT
* **
4114 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATGTTTTTT-CATTTATGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* *
4178 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAT-TTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-ATAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
4242 TCACACAT-TCTTCTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
4305 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 206, Indels: 73
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 80 0.08
338 45 0.05
339 324 0.34
340 261 0.27
341 241 0.25
342 14 0.01
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGAAT
TTTTTTTTTTCATTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAA
AAGTATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATAGTT
Found at i:3549 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2756--4305 Score: 1321
Period size: 170 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
2746 NNNNNNNNNN
* * **
2756 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TA-TTTTTAGTTAAATTAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
* * * *** * *
2819 TAAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAG--AAAGTACCATTCATTGTTGAGAAAGGTCTATTTATA
65 TGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAG-A-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * *
2882 CTCACCCATGCCTTCGAAAGCCCCATTACTTGCTTT-AATTGTTT
127 GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TT
* * **
2926 TTATAATCTCATAATTGATTTCATGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATGGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
*** * * * * * *
2991 GAAT-T-TTTTTTCGAGAAACGTGCAG-AAAAGATATTCATTGACAAAAAAAGTCCAGTTATAGT
66 GAATGTCTACCTT--AGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
3053 CACTTATGCTTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTATTT
129 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * ** *
3095 TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTTATTAAAACAGATAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* ** * * * *
3160 GAATGTCTTCCTTAAGAAATGTGAATAAAAAGATAA-TCATTGGCATGAAAAAGTCAACTTATAG
66 GAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGA-AATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAG
* * * * **
3224 TCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGA
128 TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * * * * *
3267 TTATAATCTCATAATTGACTTGAA-TT---TTTTTTTTTCATTTTTGATCAAAATACATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ** * ** *
3328 TGAATGTCCACCTTAAGAAATATGAAG-AAAAGTCATGCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACT
65 TGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * **
3392 CACCCATGCCCTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAATTTTTT
129 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * *
3434 TTCTAATTTCATAATTGATTTTACA-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAAC
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* *
3498 TGAATTTCTACCTCTAGAAACAT-ACAGAAAAA-AAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCT-TAGAAACATGA-AGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * *
3561 TCAGTTATGCCTTCAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
128 TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * * * *
3604 TTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * * ** * *
3669 AAATATTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAACAAAAGTTCATTTATAGTC
66 GAATGTCTACCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
3734 ACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTT
130 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * *
3775 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAATCAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * * * ** * ** * *
3839 AAATGTCTATCTCGAGAAACTTAAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAGTCCATTTACACTC
66 GAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * *
3904 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACCTTAATTATTT
130 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * *
3945 TTATAATATAATAATTGATTTTATGTT-AATTTTTTT-TCA-TTTTTATTAAAACAGGTTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * *
4007 TGAATGTCTAGCTTGAGAAATATCCAGAAAAAGATATTAATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAAT
65 TGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
4072 TACCTATGCCTTCAAAAGCCGTGTTACTAGCTTTAAATGGTT
129 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * **
4114 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATGTTTTTT-CATTTATGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
4178 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
4243 CACAC-AT-TCTTCTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTT
129 CAC-CTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
4285 TTATAATCTCATAATTGATTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTT
4306 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 244, Indels: 63
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 63 0.06
168 22 0.02
169 293 0.27
170 365 0.33
171 282 0.26
172 79 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
Found at i:4724 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4415--4807 Score: 409
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
4405 NNCACCCATG
* * *
4415 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGA-AACCTCATAATTGATTTGAAGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAAA
* * * ** *
4479 TTTTTTTTCATATTTTATTAAAAGATACTATAATTGAATATCTACTTTGAGAAACGTGAATAAAA
65 TTTTTTTTCATATTTGATCAAAAGATACTATAAGTGAATATCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAA
* *
4544 AAAATTCATTCGAAAGAAAAAGTTAACTAATAGTCACCTATG
130 AAAATTCATTCGAAAG-AAAAGTCAACTAATAGTCACCTATA
* * * * *
4586 CC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATAATAATTGACTTGAAGTT-AT
1 CCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAAA
* * * * * *
4649 TTTTTTTTCAT-TTGTGGTCAAAATATATTATTAGTGAATGTCTACCCCTGA-AAACGTGCAGAA
65 TTTTTTTTCATATT-TGATCAAAAGATACTATAAGTGAATATCTA-CCCTGAGAAACGTGAAGAA
* * * * * **
4712 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCTATA
128 AAA-AAATTCATTCGAAAGAAAAGTCAACTAATAGTCACCTATA
* * *
4756 CCTTCAGAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
4808 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 36, Indels: 13
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 111 0.62
171 67 0.37
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTAAAT
TTTTTTTCATATTTGATCAAAAGATACTATAAGTGAATATCTACCCTGAGAAACGTGAAGAAAAA
AAATTCATTCGAAAGAAAAGTCAACTAATAGTCACCTATA
Found at i:5224 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4894--6354 Score: 1158
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 169
4884 NNNNNNNCAT
* * * * * * ** *
4894 ATTACAATTGAATGTCTACC-CTAGGAAAGATGCAGAAAAAGTTATTCATTGACACGAAAAGTCC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * ********* *
4958 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTTACTTTAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
5023 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTGTTTATTTTTTGTTAAAAAAG
129 TTGATTTTATGTTGAATTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAG
* * * *
5065 GTTATAATTAAATGTCTACATCGAGAAACATGAATAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
** * * * **
5130 TTTATACTCACCCATGCCTTGGAAACCCTTATTACTTACTTTAATAGTTTTTATAATCACGTTCT
66 TTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* *
5195 TGATTTTATGTT-AATTTTTCTAATATTTTTTATTAAAATAA
130 TGATTTTATGTTGAATTTTT-T-ATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * * * *
5236 ATTATAACTGAATATCTACCAT-GAG-AACGTGCAGAAAAAGAT-ACTCTTTGGCAAGAAAAATC
1 ATTATAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
5298 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
64 CATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTT-AATAGTTTTATAATCTCAT
* *
5362 AATTG-TCTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACAG
127 AATTGAT-TTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAG
* * * * * * *
5405 ATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAAGTCT
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCC
* * ** **
5470 ATTTATAGAT-ACCCATGCCATCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAA-ATGATTTTATAATCTCAT
65 ATTTATA-CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAATA-G-TTTTATAATCTCAT
* * * ** *
5533 AATTGAATTAAAGTAAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAG
127 AATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * * ** *
5577 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAATTTATTCATTGGCAAGAATTGTTC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
5642 ATTTCTAGTCACCTATGGCTTCAAAAGTCGTATTACTCA-TTTCAACTGGTTTTATAATCTCATA
65 ATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT-AA-TAGTTTTATAATCTCATA
* ** * * **
5706 ATTGACTTTAAATTGAATTTTTTTTAGTTTTGGTTAAAACAG
128 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * *
5748 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGGAAAAAGTCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * *
5813 TTTATACTCACCTATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTTACTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAC
66 TTTATACTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAATAG-TTTTATAATCTCATAA
* *
5877 TTGATTTTATATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
129 TTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
5919 ATTATAACTGAATGTTTACCT-TAGTAAACATCAATAAAAAGAT-ATTTATTGGTAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * * **
5982 AAATTATAGTCACCAATGTCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATA
* * * ** **
6047 ATTGACTTTATGTTAAATATTTTCCATTTTTGGTTAAAACAG
128 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * *
6089 ATTTTAATTAAATGTCTTCCTTGAGAAACATAAAGAAAAACTCATTCATTGGTGAG-AAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * * *
6153 TTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCGTATTACTTGCTTTAATTGTTTTATAATCTCATACTT
66 TTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
6218 AATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTGAAATAG
131 GATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * ** * *
6258 ATTATAATCAAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGTAGAAATAGTTATTCATTGACAA-AATA-TCT
1 ATTATAATTAAATGTCTA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* *
6320 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
65 ATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
6355 GTCGCTTTAA
Statistics
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0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 72 0.07
169 129 0.13
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171 407 0.40
172 115 0.11
173 26 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
TTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
Found at i:5564 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 340
4892 ATATTACAAT
* * * *
4902 TGAATGTCTACCCT-AGGAAAGATGCAGAAAAAGTTATTCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAG
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********** *
4966 TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
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* * * *
5031 AAGTTGAATTTTTGTTTATTTTTTGTTAAAAAAGGTTATAATTAAATGTCTACATCGAGAAACAT
129 AAGTTGAATTTTT-TTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * ** *
5096 GAATAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTGGAAACCCTTA
193 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
5161 TTACTTACTTT-AATAGTTTTTATAATCACGTTCTTGATTTTATGTT-AATTTTTCTAATATTTT
258 TTACTTACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATACTTGAATTAAAGTTGAATTTTT-TTATATTTT
*
5224 TTATTAAAATAAATTATAAC
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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130 AGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
* ** * * * **
5438 AGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAAGTCTATTTATAGAT-ACCCATGCCATCAAAAGTTTTA
195 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAG-AAAAGTCCATTTATA-CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
** * * **
5502 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTAAAGTAAAATTTTTTTATATTTTTT
258 TTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATACTTGAATTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
*
5567 ATTAAAATAGATTATAAT
323 ATTAAAATAGATTATAAC
* * * ** * *
5585 TGAATGTCTACCTTGGGAAACATG-AAAAAAAAATTTATTCATTGGCAAGAATTGTTCATTTCTA
1 TGAATGTCTACC-TGAGAAACATGCAGAAAAAGA--TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
5649 GTCACCTATGGCTTCAAAAGTCGTATTACTC-ATTTCAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGACT
63 GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACT
* *
5713 TTAAATTGAATTTTTTTTAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACA
127 TTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACA
* * * * *
5778 TGAGGAAAAAGTCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTTGAAAA-CCT
192 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCT
* * * *
5842 TATTACTTACTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTACATTT
256 TATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATACTTGA-ATTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
*
5906 TTTATTAAAACAGATTATAAC
320 TTTATTAAAATAGATTATAAC
* * * * * * *
5927 TGAATGTTTACCTTAGTAAACAT-CAATAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCAAATTATAG
1 TGAATGTCTACCTGAG-AAACATGC-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
5991 TCACCAATGTCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
64 TCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * ** * * * *
6056 ATGTTAAATATTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTCTTCCTTGAGAAACATA
129 AAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* *
6121 AAGAAAAA-CTCATTCATTGGTGAG-AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCGTA
194 AAGAAAAAGC-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
6184 TTACTTGCTTTAATTG-TTTTATAATCTCATACTT-AATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTT
258 TTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATACTTGAA-TTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
*
6247 TATTGAAATAGATTATAA-
322 TATTAAAATAGATTATAAC
* * * * * * * *
6265 TCAAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGTAGAAATAGTTATTCATTGACAA-AATA-TCTATTTATA
1 T-GAATGTCTA-CCT-GAGAAACATGCAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
*
6327 GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATA
63 GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
6368 ATT
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 175, Indels: 55
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 44 0.05
338 7 0.01
339 86 0.09
340 111 0.12
341 365 0.40
342 141 0.15
343 170 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TGAATGTCTACCTGAGAAACATGCAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA
GTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
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CTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATACTTGAATTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
AAAATAGATTATAAC
Done.