Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399920.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3152.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2543
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Found at i:363 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3--2543 Score: 2203
Period size: 171 Copynumber: 14.9 Consensus size: 168
1 GT
* * * *
3 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGCCAAT-AATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-AAATGAATGCTTTT
* * * * * * *
66 TGCTTCATGTTTCTCATGATACACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTT
65 T-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTC
** * * *
131 AACTTAAAATCAGCTATGAGATTAGAAAACTATTTAGAGC
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * *
171 GAGTAATAAGAAATGTTGAAGGAACGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATGAATGCTTT
1 GAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-AATGAATGCTTT
* * ** *
236 TTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAATAT
64 TT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AT
* *
301 TTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
343 GAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGCA-ATTATAAATAGACTTCTCTT-ATCAATGAATGACT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTGA--AATGAATG-CT
* * * ** * * * *
406 TTTT-TCACACGTTT-TGCAACGTAGGTACTCAAATATAGTCTATTTTAA-AGAAAAATATAAAA
62 TTTTCT-TCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA-AAAAATGT-AAA
* * * * *
468 AAAATAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
123 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
514 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATGCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTG-AAATGAATGC-TT
* * * * * * **
578 TTTCTTTATGTTTCTCGAGGTTGACAGTCAATTATTGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATAT
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AT
* ** * *
643 TGAGGTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGC
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
685 GAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATTGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTTG-AATAAACGTG-T
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC--TTGAAATGAA--TGCT
* * ** * * *
748 TTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAT
62 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAT
* *
813 TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGC
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** *
855 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GAAATGAAT-GCTTT
* * * *
920 TTCTACATGTTTCCCAAGGTAAGA-ATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAT
* * * *
984 TCAAATT-AAATACTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGT
127 TCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * *
1026 TACTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGG-GAACTATAAATAGATTTTTTTTAAAATAAATGAATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGAAATGAATG-CTTT
* ** *** * * * * *
1090 TTCTACACATTT-TGGGGGTACG-CATTTAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAACT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATT
* * * *
1153 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTGAAAGT
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
1194 GAGAAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-GCACGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTG-AAATGAATGCTT-
* * ** * *
1258 TTTCTTCATGTTTCTCTAGGTACACATTCAATTATAACCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAAT
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AA-
* **
1323 TTC-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGC
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
1365 -ACGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTCCTTTAAATTAATGAGTC
1 GA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT-CTTGAAATGAATG-CT-
* * * * *
1429 TTTT-TACATGTTTC-CTGAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
62 TTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
* * *
1491 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGT
125 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** *
1535 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCCATAAATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-AAATGAATGC-TTT
* * * * *
1600 TTCTTGACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAATAATT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AATT
* * * *
1665 CTACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGC
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * * *
1706 GAATAATAAGGCTTTCAAAAGAATGAGAGACTATAAATGGA-TGTTTTTTCGAAATAAAT-ATAT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT-TTTCTT-GAAATGAATGCT-T
* * * * * *
1769 TTTTTTAGATGTTT-TCCAAGGTA-AGCATTCAGTTATAGCCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAA
63 TTTCTT-CATGTTTCT-CAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAA
* * *
1832 AATTCAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
124 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
1877 GAGTAATAACGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATACTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GAAATGAATGC-TTT
** * *
1942 TTCTTCATGTTTCTCTTGGTACACATTCAATTATCA-TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAAT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAT
* * **
2006 TCTACTTAAAGAT-AATTATGAGGTTATAAAATTATTTAGAA-C
127 TCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGC
* * * * * * *
2048 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATTGATTTTTCTTTCAAATAAATGAGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTGAAATGAATG-CTTT
* * * * *
2113 TTCTATACAT-TTTCT-AAGGCAGGCAGTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAT
64 TTCT-T-CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAT
* * * * * *
2175 TTAATTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGT
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
2217 GAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGCCAATGAATGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTG-AAATGAATGC-TT
* * * * *
2281 TTTCTTTATGGTTCTCAAGATACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAAT
63 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAT
2346 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
2388 TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAAAAATAGATTTTTCTTCCAAATAAATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GAAATGAAT-GCTTT
* * * * * * *
2453 TTCTACATGTTTCTTAATGCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTC
* *
2518 AACTTAAAATGAATTTTGAGATTATA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
Statistics
Matches: 1913, Mismatches: 366, Indels: 186
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 99 0.05
169 202 0.11
170 407 0.21
171 1089 0.57
172 103 0.05
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGAAATGAATGCTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:626 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3--2543 Score: 2645
Period size: 341 Copynumber: 7.5 Consensus size: 338
1 GT
* * * * *
3 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGCCAAT-AATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTT-TCAATAAATGATTTT
* * * * * * * *
66 TGCTTCATGTTTCTCATGATACA-CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATT
65 TTCTACACGTTT-TGAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATT
* ** * * * * * ** *
130 TAACTTAAAATCAGCTATGAGATTAGAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGAAATGTTGAAGGAA
128 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAA
* * ** * *
195 CGGGA-GACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATGAATGCTTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAG
192 -TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAC
* * ** *
259 ACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTATGAGA
256 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGA
324 TTATAAAACCATTTAAAGC
320 TTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
343 GAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGCA-ATTATAAATAGACTTCTCTTATCAATGAATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATAGATTTTTCTT-TCAATAAATGA-TT
* * * * * *
407 TTTTC-ACACGTTTTGCAACGTAGGTACTCAAATATAGTCTATTTTAA-AGAAAAATATAAAAAA
63 TTTTCTACACGTTTTG-AAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA-AAAAATAT-AAAAA
* * * *
470 AATAAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
125 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
535 AATGGATGACTATAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTT
190 AATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * ** * **
600 GACAGTCAATTATTGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTGAGGTTAAAATTAATTATGAG
255 CACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATTAATTATGAG
*
665 ATTTTAAAACCATTTAAAGC
319 ATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
685 GAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATTGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTTGAATAAACG-TGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTC-TTTCAATAAATGAT-TT
* *
749 TTTCTACACGTTTCTTG-AGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAT
64 TTTCTACACG-TT-TTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAT
* * * * *
813 TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
127 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
878 TGAGA-GACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGTA
192 TG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * *
941 -AGAATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAATACT-ATTATG
255 CA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAA-ATTAATTATG
* *
1004 AGATTATAAAACCATTTAAGGT
317 AGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
1026 TACTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGG-GAACTATAAATAGATTTTT-TTTAAAATAAATGAATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAG-ACTATAAATAGATTTTTCTTT-CAATAAATGATTT
* ** * * * * * * *
1089 TTTCTACACATTTTGGGGGTACGCATTTAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAACTC
64 TTTCTACACGTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
* * * *
1154 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTGAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
129 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * *
1219 CACGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTACACA
194 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACA
** * * * *
1284 TTCAATTATAACCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTTCACTTAAAATCAATTATAAGATTA
259 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
**
1349 TAAAATTATTTAAAGC
323 TAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
1365 -ACGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTCCTTTAAATTAATGAGTC
1 GA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTT-CTTTCAATAAATGA-TT
* * *
1429 TTTT-TACATGTTTCCTG-AGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
63 TTTTCTACACGTTT--TGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
*
1492 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
126 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * * *
1557 ATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCCATAAATGCTTTTTTCTTGACGTTTCTCAAGGTAC
191 ATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAC
* *
1622 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTCT-ACTAAAAATTAATTATGAG
256 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATT-TAACTTAAAATTAATTATGAG
*
1686 ATTATAAAACGATTTAAAGC
319 ATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
1706 GAATAATAAGGCTTTCAAAAGAATGAGAGACTATAAATGGATGTTT-TTTCGAAATAAAT-ATAT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTC--AATAAATGAT-T
* * * * * * *
1769 TTTTTTAGATGTTTTCCAAGGTAAGCATTCAGTTATAGCCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
63 TTTTCTACACGTTTT-GAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAA
* * *
1834 TTCAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCCTTTGAAGGA
126 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * **
1899 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCTTGGTAC
191 ATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAC
1964 ACATTCAATTATCA-TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCT-ACTTAAAGA-TAATTATG
256 ACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATT-TAACTTAAA-ATTAATTATG
* **
2026 AGGTTATAAAATTATTTAGAA-C
317 AGATTATAAAACCATTTA-AAGC
* * * *
2048 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATTGATTTTTCTTTCAAATAAATGAGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTC-AATAAATGATTTT
* * * * * * * *
2113 TTCTATACATTTTCTAAGGCAGGCAGTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAA-ATAAAAAATTT
65 TTCTACACGTTTT-GAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
* * * *
2177 AATTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAAT-
129 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
2241 AAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGGTTCTCAAGATACA
194 GA-TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACA
* *
2305 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
257 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAT
2370 TATAAAACCATTTAAAGC
321 TATAAAACCATTTAAAGC
* * * **
2388 TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAAAAATAGATTTTTCTTCCAAATAAATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTC-AATAAATGATTTT
* * * * * *
2453 TTCTACATGTTTCTTAATGCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
65 TTCTACACGTTT-TGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTC
*
2518 AACTTAAAATGAATTTTGAGATTATA
129 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
Statistics
Matches: 1854, Mismatches: 288, Indels: 117
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 10 0.01
339 258 0.14
340 365 0.20
341 594 0.32
342 555 0.30
343 69 0.04
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTTCAATAAATGATTTTT
TCTACACGTTTTGAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGC
Done.