Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399924.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3155.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8327
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.12, T:0.30
Warning! 1341 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2503 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2141--3526 Score: 1272
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
2131 ATTTAAAGTG
* * * *
2141 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-TTGTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTACCAATGAATGCCTTT
* * * * *
2205 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTACAGTTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATT
65 TTCTTCATGTTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
** * *
2270 CATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACA
* * * *
2312 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
* * * * * *
2377 TCTTTATGTTTCTCATGGTTGACA-TCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGC
66 TCTTCATGTTTCTCA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
*
2441 AACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
* * * *
2482 AGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATTGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
* * *
2546 TTCTTCATGTTTCTCGAGGTTA-ACACTT-AATTGTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAA
65 TTCTTCATGTTTCTC-AGG-TAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AA
* *
2609 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
* ** * * *
2654 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGGGTATAAATGGACTATTCTTACTAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
* * * * * *
2719 TCCTCATGTTTCTCGAGGTTGACATTCAATTATATTCTATTTTAACTACAAATAT-AAAACATTC
66 TCTTCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
2783 AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATTATTGAAAA-A
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
* * * * *
2823 AGGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTT-TTTCAAAATGAATGCCT
1 A-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTAC-CAATGAATGCCT
* * * * * *
2886 TTTT-TTCATGTTT-TTATGAGTAGACATCCAATTATTA-TCCGTTTGAACTAAAAACATAAAAG
63 TTTTCTTCATGTTTCTCA-G-GTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * * * * * *
2948 AATTGAACTTAAAATCAATTTTAAAATTATAAAGCCATTTAAAGCG
125 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
* * * *
2994 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
* * * * * *
3059 TCTTCACGTTT-TCCACGATAAACATTCAATTATAGCCT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
66 TCTTCATGTTTCT-CA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * ** * * *
3122 T-AACCTTAAAATTAATTATTACTTTATAAAACCATTTCAAGCA
128 TCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
* * ** * * * *
3165 AGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTACCAACGGATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGCCTTT
* * * * * * * *
3229 TGCTTCACGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTATAG-CTTTTTTTAACTAAAAACATAAAAAACT
65 TTCTTCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
3293 TCAACGTAAAATCATTTTTGAGATTATATAACCT-TTT-AAACTG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACTATTTAAAAC-A
* * *
3336 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGA-TCATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTT
* * * * * * *
3399 TTTCTAT-ATGTTTCTTAAGATAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTGAGAAAA
64 TTTCT-TCATGTTTC-TCAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * *
3463 TTCACCTTAAAACCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAA-A
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
3506 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 -AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
3527 GATGNNNNNN
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 183, Indels: 88
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 42 0.04
170 339 0.34
171 449 0.45
172 155 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
TCTTCATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACA
Found at i:3112 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 2129--3525 Score: 1292
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 512
2119 NNNNNNNNNN
* ** * * *
2129 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTGTTCTTGCCAA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTATTCTTACCAA
* * * *
2194 TGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTACAGTTTGTTTTAACTAAAAAT
66 TGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTTGACATTCAATTACAGTTTATTTTAACTAAAAAT
** * * **
2259 ATAAAAACATTCATTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCT
131 ATAAAAACATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAAAAGAGTAATAAAGCT
* * *
2324 TTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC
196 TTCGAAGAAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * **
2389 TCATGGTTGACATCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACATAAAATCAA
261 TCATGGTAGACATCAATTATTATCCGTTTGAACCAAAAACATAAAAAAATGCAACATAAAATCAA
* * * * * *
2454 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATTGATGACTATAAAT
326 TTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAAT
* * * * * * *
2519 AGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTAACACTTAATTGTAGTA
391 AGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGATAAACACTTAATTATAGCA
* *
2584 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
456 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATT-AACCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
* * ** * *
2642 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGGGTATAAATGGACTATTCTTACTAA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTATTCTTACCAA
* *
2707 TGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTTGACATTCAATTATA-TTCTATTTTAACTACAAA
66 TGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTTGACATTCAATTACAGTT-TATTTTAACTAAAAA
*
2771 TAT-AAAACATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATTATTGAAAAAAG-GTAAT-AAG
130 TATAAAAACATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATT-AAAAAAGAGTAATAAAG
* * *
2833 ACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTT-TTTCAAAATGAATGCCTTTTT-TTCAT
194 -CTTTCGAAGAAATGCGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTAC-AAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * * *
2895 GTTT-TTATGAGTAGACATCCAATTATTATCCGTTTGAACTAAAAACATAAAAGAATTG-AACTT
256 GTTTCTCATG-GTAGACAT-CAATTATTATCCGTTTGAACCAAAAACATAAAA-AAATGCAACAT
* * * * *
2958 AAAATCAATTTTAAAATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
318 AAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGA
* *
3023 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTT-TCCACGATAAACA-TT
383 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCCA-GATAAACACTT
* * * *
3085 CAATTATAGCCT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACCTTAAAATTAATTATTACTTTAT
446 -AATTATAGCATGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACCTTAAAATCAATTATGACATTAT
3149 AAAA
509 AAAA
* * * ** * * *
3153 CCATTTCAAGCAAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTTGTACCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTATTCT-TACCA
* * * * * * * * * ** *
3217 ACGGATGACTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCTTT-TTTTAACTAAAA
65 ATGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTTGACATTCAATTACAG-TTTATTTTAACTAAAA
* * * * * * * * * ** *
3281 ACATAAAAA-ACTTCAACGTAAAATCATTTTTGAGATTATATAACCTTTTAAACTGAGTAATAAG
129 ATATAAAAACA-TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAAAAGAGTAATAAA
* * * * * *
3345 GCTTTTGAA-AGAATGAGAGA-TCATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTAT-
193 GCTTTCGAAGA-AATGCGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTAC-AAATGAATGCCTTTTTCT-TC
* * * * ** * * ** * * * * *
3406 ATGTTTCTTAAGATAGATATTCAATTA-TAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTGAGAAAATTCACCT
254 ATGTTTCTCATGGTAGACA-TCAATTATTA-TCCGTTTGAACCAAAAACATAAAAAAATGCAACA
* * * * *
3470 TAAAACCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
317 TAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACA-AGTAATAAGGCTTTTGAAG
3526 GGATGNNNNN
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 131, Indels: 62
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 9 0.01
511 163 0.23
512 332 0.46
513 212 0.29
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTATTCTTACCAA
TGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAGGTTGACATTCAATTACAGTTTATTTTAACTAAAAAT
ATAAAAACATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAAAAGAGTAATAAAGCT
TTCGAAGAAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
TCATGGTAGACATCAATTATTATCCGTTTGAACCAAAAACATAAAAAAATGCAACATAAAATCAA
TTATAAAATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAAT
AGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGATAAACACTTAATTATAGCA
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
Found at i:4578 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4193--8288 Score: 3512
Period size: 171 Copynumber: 24.0 Consensus size: 169
4183 NNNNNNNNNN
* * * * **
4193 TTCTCGAGGTTGACATTTAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAACATTCAGTTTAAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
4257 TAAATTATGAGATTAT-AAA-TTTATTGAAAAG-GAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTGAC
65 TCAATTATGAGATTATAAAACCTT-TT--AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * *
4319 TATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTCTTCTTCATGT
127 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
4363 TTTTATGA-GCAGACA-TCTAATTATAATCCGTTCTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTGA
1 TTCT-CGAGGTAGACATTC-AATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
4426 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACT
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* * * * **
4491 ATAAATGAACTTCTCTTCTTAATGAATGGCTTTCTCAACATGT
128 ATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
** * * * *
4534 TTAC-CGAGACA-AGCAGTCAATTATTGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
1 TT-CTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*** * *
4597 AATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* * *
4662 ATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCATGT
128 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
4705 TTCTTGAGGTAGACATTTAAATATAATGTGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAAGTTAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
4770 AATCAATTATGGGATTATAAAACTTTTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGAGACT
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* * * *
4835 ATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATCGCTTTGTCTACACGT
128 ATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * *
4878 TTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATATG-TTTAATCTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTCA
1 TTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
4941 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGACA-GAATGGGTGAC
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGTGAC
* * * * *
5005 TATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGG
127 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
5049 TTCTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTACTACAAATGTAAACAAATTCAACTTGAAAT
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
5114 CATTTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-TAGACTAT
66 CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT-GACTAT
* * **
5178 AAATAGACTTTT-TTCCTAATGAATAGCTTTTTCGACATGT
130 AAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * ** * *
5218 TTAC-CGAGGTTGACATTTAATTATAGTCTGTTTTACCAAAAAGTGTAAAACAATTTAACTTAAA
1 TT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * ***
5282 ACCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTGCAAAGGAATG-GATGACT
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACT
* * * * *
5346 ATAAATGGACTTTTGTTACGAATGGATGTCTTTTTCTTCATAT
128 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
5389 TTCTCGAAGTAGACATT-AATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA
* * * * * *
5453 AGT-AATTTTTAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAGT
64 A-TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
** * **** *
5517 ATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAAAATATTTTTCTTCACAG-
128 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGT
* * * * * *
5560 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTTAAAGAATTTAACTTAAAT
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * * *
5625 TCAATTAGGAGATCATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGATTTT
65 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* * * *
5690 AAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTACATAT
130 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
5731 TTCTTGAGGTGGAGATTCAACTATAATATGTTTTAACCAATAATGTAAAACAAATTCTACTTAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * * * *
5796 ATTAATTTTTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GCT-AGC
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGA-C
* * * * *
5859 TATAGAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTATTAACGT
127 TATA-AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
5903 TTCTCGAGCTTGAAATGCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
5968 TCAAATATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGAGTGACTAT
65 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* * ** ***
6033 AAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGATTTTTTCTTTGCGT
130 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * ***
6074 TTTTCAAGGCACACATTCAATTATAGCCT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGCCTTAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * ** **
6138 GTTAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAATGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * *
6203 TAAATGGACTTTTCGTAT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
129 TAAATGGACTTTTC-T-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* *** * * * **
6245 TTC-CCAAAAAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACACAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
6308 ATCAATTCTGAGATTACAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGAGACTA
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* *
6373 TAAATGAACTTTTCTTCTCAATTAAT-GCTTTTCTCTAT-ATGT
129 TAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTTTT-TCT-TCATGT
* * * *
6415 TT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACT-AAAATGTGAAAAAATTCACCTTAAA
1 TTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* **
6478 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAATGG-ATG-G-GCAC
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGAGTG-A-
* *
6540 CTATAAATGGA-TATTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTACATGT
126 CTATAAATGGACT-TTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * *
6585 TTTTTGAGGCAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
6650 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTCTGAAGGAATG-GATGACT
65 TCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACT
* ** * * **
6714 ATAAATGAACTTTTCTTGTTAATAAAT-ACTTTTTTCTTCACAT
128 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
6757 TTCTTGAGGTTGACAATCTATTATAGTCTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAA
* * *
6822 AT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTA
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
** *
6886 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTTATGT
129 TAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
6928 TTGTCGAGGTTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCACAAATGTAAAAAAAAT-AAATATAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-T-AA
* * *
6992 AAT-AATTATGAAATTATAAAACCATTTT-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTG-GTGA
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGA
* * * *
7054 CTGTAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTAACGT
126 CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGT
* * * * *
7099 TTCT-GAAGGTTA-ACATTCAGTTGTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAATTTAACTTAA
1 TTCTCG-AGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * *
7162 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCAAAAGAATGAGTGAT
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * * *
7226 TATAAATAGACTTTTCATGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGT
127 TATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * *
7270 TTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAG-CTTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
7333 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* * *
7397 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATCT
128 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* *
7440 TTCTC-ATGGTTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAA
1 TTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
7504 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTG-GTGAC
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGAC
* ** *
7567 TACAAATAGG-CTTTTCTTTCCAATGAATACCTTTTGCTTCATGT
127 TATAAAT-GGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * *
7611 TTCT-GAAGGTTA-ACATTCAATTGTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAA
1 TTCTCG-AGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
7674 AATCAATTACGAGTTTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAT
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * *
7738 TATAAATGGATTTTTCATGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGT
127 TATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * *
7781 TTCTCAAGGTTGACATTCAATTATAG-CTTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
7844 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
* *
7908 GTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCATGT
128 ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGT
* * * * * *
7952 TTCTC-ATGGTTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATACAAAAATATAAAAAAATTTAACATCAA
1 TTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
** * *
8016 ATTGATTATGGGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGA-TGAC
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGAC
** * * * **
8079 TATAAATAAATTTTTCCTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT
127 TATAAATGGACTTTT-CTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * ** *
8123 TTATTGAGGTTGACATTCAATTATAGTAT-TTTTAACCAAAAATGTAAACTAATTTAACTTAAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
8187 TTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGGCTAT
65 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* *
8252 AAATGGACTTTTCGTGCCAATGAA-CGCATTTTTCTTC
130 AAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGC-TTTTTCTTC
8289 CCATTTCTAA
Statistics
Matches: 3218, Mismatches: 579, Indels: 258
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 171 0.05
170 814 0.25
171 1644 0.51
172 427 0.13
173 156 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
Done.