Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397521.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_383.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1697 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:310 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 57--4091 Score: 2672
Period size: 172 Copynumber: 23.5 Consensus size: 170
47 TTAATTAGAC
* * * * *
57 TTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTTGAA-AAATATAAAGAAAA-AGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAGA-CATTCAT
* * * * * *
120 TGTCAAGAAAAGGCCATTTATAGTATCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGAT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * * *
185 TTTATAATGTCATAATTGATTTTAGATACAATTTTTTTTACCT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTCAATTTTTTTTACAT
* * * ** *
228 TTTTAGTTAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTATATTAAGAAACATGAAGAAAAGACATTCATTA
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGACATTCATTG
* * * * * * *
293 GTAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACCCACTTTAAATGGTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
* * *
358 TATTATCTAAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATAT
131 TATAATCT-CAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * ** * *
400 TTCTAGTTAAAACAGACTATAACTAAATGTTTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATCCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAAG-AAAAGACATTCAT
* ************
464 TGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTAAATGAT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * * *
529 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTAACTT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
572 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAGTATTTACATCAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCATT
* * * * * *
637 GGGAAAAAAAGTTCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGAT
* * * **
701 ATTATTATCCCAAAATTGCCTTTATGTTC-ATTTTTTTTACAT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * *
743 ATTT-GTTTAAAATAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
1 TTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGA-CATTCAT
* * *
807 TGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-A
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * *
870 GTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACAT
128 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAA-TTTTTTTTACAT
** * *
916 TTTTAGTTAAAGTAGACTATAATTGAATGTCTATCC-TGAGAAATGGATGAA-AAAAG-CATTCA
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAA--CATGAAGAAAAGACATTCA
* *
978 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-TCCATTGCTTC-AAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAAT
63 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT
* * * **********
1040 GGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNTACAT
126 GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTTACAT
* * *
1086 TTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCATT
* * * ** *
1151 -GCTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGTTTTAAATGGT
65 GGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * * *
1215 TATATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTCACAT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * *
1257 TTTTGGTGAAACCAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAAGAAACATGAAGGAAAA-AGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAGA-CATTCAT
* * * * * **********
1321 GGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * *
1386 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTAT-AATTTTTTTTACTT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GT-TCAATTTTTTTTACAT
********** * * * * * *
1429 TTTTAGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAAAAACAGGCATTCACT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AGACATTCATT
* * * * * * * *
1494 GACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAT-CTTTAGAAGCCTTATTACCCATTTTAAAT-AG
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-
* *
1557 TTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACAT
128 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * * * * * *
1601 TTCTAGTTAAAATAAACTATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATCCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGA-CATTCATT
* * * * * *
1666 GG-AAGGAAAAGTACATTTACAATCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTCAAAT-AG
65 GGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-
* * *
1729 TTTTATTATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTACAT
128 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * * * ** * *
1773 TTTTGGGTAAAATAGACTATAATTGAACGTCTACCCTAAGAAATATGGGGAAAAAAGTATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGA-CATTCATT
** * * * * *
1838 GATAAGGAAAGTCTATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * *
1902 TTAATAAT-TCCAAATTTGATTTTAAGTTTACA-TTTTTTTACAT
129 TTTATAATCT-CAAAATTGATTTT-AGTTCA-ATTTTTTTTACAT
* * * * * * ** * * *
1945 TTTTGGATAAATCATATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCATT
* * * * * * *
2010 GGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTA-TCCATTTTAAATAAT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGAT
* *
2074 TTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACAT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAA-TTTTTTTTACAT
* * ** * * *
2118 TTTTAGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-TTTCAAGAAATGTGACAAAAAATACAATT-T
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGA-AGAAAAGAC-ATTCA
* * * *
2181 TTGGCAAGAAAAGTCCATTCATTAATAGTATCTCATTCCTTTAAAAGTCTAATTACTCACTTTAA
63 TTGGCAAGAAAAGTCCA-T--TT-ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ************
2246 A-CAGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTACAT
124 ATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGAT-----TTTAGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * *
2298 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAG-AA-ATGGAAGAAAAAACCATT-AC
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT-GAAGAAAAGA-CATTCA-
* * ** * * * * *
2360 TTGGTAGGAAAAGTATATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACACTTAAATG
63 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATG
* ******** *
2425 ATTTTATTATCTCAAANNNNNNNNNNT-GTTTAATTTTTTTTACAT
127 ATTTTATAATCTCAAA--ATTGATTTTAGTTCAATTTTTTTTACAT
* *
2470 TTTT-GTTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATAT-ACAGGAAAA-AGCATTC
1 TTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-A-GAAAAGA-CATTC
* ********** *
2532 ATCGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTTTTCACTCACTTTAAAT
62 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAAT
*
2596 -AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA----AGA---TTTTT---T
126 GA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTCA-ATTTTTTTTACAT
* * * * *
2632 TTTTA-TTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGA-CATTCATT
* * *
2696 GGTAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-T
* *
2760 TTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-T
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * *** *** * *
2802 GTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTGTCGGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCAT
1 -TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCAT
* * * * * *
2867 TGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCATC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGG
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * *
2931 TTATATTAA-CCCAAAATTAATTTTATGTTC-ATTTTTTTTACAT
128 TTTTA-TAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * ** ** **
2974 TTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAATGTGAAGAAAATGATGTTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-GACATTCATT
* * * *
3039 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGAT
* * * *
3103 TTTATTATCCCAAAATTAATTTTATGTTC-ATTGTTTTTACAT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * * *
3145 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATA-GATGGAAAA-AGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAGA-CATTCAT
* * * * * *
3208 TGGTAA-AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCA-TCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTATAT-AG
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-
* *
3270 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACAT
128 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * * * * ** ** * * * *
3314 TTTTGGTAAAAATAAATTATAATTGAATGTTTAAGTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTTATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCATT
* * * **********
3379 GGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAC-CTATTTCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGAT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
*
3443 TTTATTATCTCAAACA-TGATTTTATGTTCAAATTTTTTTTTTTTACAT
129 TTTATAATCTCAAA-ATTGATTTTA-GTTC-AA----TTTTTTTTACAT
* * ******** *
3491 TTTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAANNNNNNNNNNAAAAG-CATTTAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA--ACATGAAGAAAAGACATTCAT
* * *
3555 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCA-TCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * * *
3619 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTACAATTTTTTTTACTT
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* *** ** *
3662 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGATAAGAAACATGAA-AAAAGGTATTCATTA
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGACATTCATTG
* * * *** * * *
3726 GTAAGAGAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTTGGAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGGTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
* *
3790 TTATTATCT-AAAATTGATTTTTGGTTCAATTTTTTTTACAT
130 TTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAGTTCAATTTTTTTTACAT
* * * ** * *
3831 TTCT-GATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATCCAT
1 TTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCAT
* * *
3895 T-GAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAAT-
64 TGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATG
* ** *
3957 AGTTTTATTATCTTGAAATTGATTTTATGTTCAA-TTGTTTTACAT
127 A-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTCAATTTTTTTTACAT
* * ** ** * *
4002 TTTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGA-CATTCATT
*
4067 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
4092 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2992, Mismatches: 713, Indels: 318
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 112 0.04
162 12 0.00
165 6 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 67 0.02
169 160 0.05
170 144 0.05
171 873 0.29
172 1038 0.35
173 244 0.08
174 20 0.01
175 36 0.01
176 67 0.02
177 126 0.04
178 18 0.01
179 18 0.01
180 42 0.01
181 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGACATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTCAATTTTTTTTACAT
Found at i:868 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 57--4090 Score: 2939
Period size: 343 Copynumber: 11.8 Consensus size: 343
47 TTAATTAGAC
* * * * *
57 TTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTTGAA-AAATATAAAG-AAAAAGCATTCAT
1 TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* ** * * *
120 TGTCAAGAAAAGGCCATTTATAGTATCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGA-
65 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAG
* * * * * * *
184 TTTTATAATGTCATAATTGATTTT-AGATACAATTTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAATAGATTAA
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
** * * * * *
248 AATTGAATGTCTATATTAAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCATTAGTAAGATAAGTCCATTTAT
193 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * *
312 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTAAAAAATTGAT
258 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCT-CAAAATTGAT
*
377 TTTATGTTCAATTTTTTTTATAT
322 TTTATGTTC-ATTTTTTTTACAT
* * * * * * *
400 TTCTAG-TTAAAACAGACTATAACTAAATGTTTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATCCA
1 TT-TTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA-TGAAGAAAAAAGCATTCA
* * ***********
463 TTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTAAATGA
64 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * *
528 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTAACTTTTTTGGTTAAAACAAATTAT
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
592 AATTGAGTATTTACATCAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAAAAAAGTTCATTTAT
193 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * **
657 TGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTATTATTATCCCAAAATTGCCT
258 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATT
722 TTATGTTCATTTTTTTTACAT
323 TTATGTTCATTTTTTTTACAT
* * * *
743 ATTTGTTTAAAATAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
1 TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* **
808 GGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-AG
66 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAG
* * * **
871 TTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTAGACTAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * *
936 AATTGAATGTCTATCCT-GAG-AA-ATGGATGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTAT
193 AATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAGA-CATTCATTGGGAAGAAAAGTTC-AT
** * * * * * *
996 TTATAGTCTTCCATTGCTTC-AAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATT
254 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATT
* *********
1060 GATTTTAAGTTNNNNNNNNNNTACAT
319 GATTTTATGTT-CATTTTTTTTACAT
* * * *
1086 TTTT-TGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCAT
1 TTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * *
1150 T-GCTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGTTTTAAATG-
65 TGGC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * *
1213 GTTATATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCACATTTTTGGTGAAACCAGACTATA
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
*
1278 ATTGAATGTCTACCTGAAGAAACATGAAGGAAAAAG-CATTCA-TGGGCAAGAAAAG-TCTATTT
194 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGACATTCATTGGG-AAGAAAAGTTC-ATTT
* * ** * ********** * * *
1340 ACAGTCTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTA
256 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCT-ACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG
* * *
1404 ATTTTAGGTATAATTTTTTTTACTT
320 ATTTTATGT-TCATTTTTTTTACAT
********** * ** ** *
1429 TTTTAG-TTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAA-AAAACAGGCATTCA
1 TTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAA-AAGCATTCA
* * * * * * * * * **
1492 CTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAT-CTTTAGAAGCCTTATTACCCATTTTAAAT-
64 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * *
1555 AGTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATAAACTA
128 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * ** * * *
1620 TAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAAGCATCCATT-GGAAGGAAAAGTACATT
192 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGGAA-GAAAAGTTCATT
* * *** * * * *
1683 TACAATCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTCAAATAGTTTTATTATCTTAAAATTG
255 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG
*
1748 ATTTTATGTTCAATTATTTTTACAT
320 ATTTTATGTTC-ATTTTTTTTACAT
** * * ** *
1773 TTTTGGGTAAAATAGACTATAATTGAACGTCTACC-CTAAGAAATATGGGGAAAAAAGTATTCAT
1 TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCAT
** * *
1837 TGATAAGGAAAG-TCTATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
65 TGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
1900 -GTTTAATAAT-TCCA-AATTTGATTTTAAGTTTACATTTTTTTACATTTTTGGATAAATCATAT
128 AGTTTTATAATCT-CATAA-TTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * * * *
1962 TATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAG-TCTAT
190 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTC-AT
* * ** *
2026 TTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTATCC-ATTTTAAATAATTTTATTATCTAAAAAT
254 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAAT
2090 TGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACAT
318 TGATTTTATGTTC-A-TTTTTTTTACAT
* ** *
2118 TTTTAG-TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATTTCAAGAAATGTGACA-AAAAATA-CAATT
1 TTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGA-AGAAAAA-AGC-ATT
* * * * * * *
2180 -TTTGGCAAGAAAAGTCCATTCATTAATAGTATCTCATTCCTTTAAAAGTCTAATTACTCACTTT
62 CATTGGCAAGAAAAG----TTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ************
2244 AAA-CAGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAA
123 AAATGAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-----TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* ** * *
2308 AACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAG-AA-ATGGAAGAAAAA-ACCATT-ACTTGGTAGGA
183 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAGA-CATTCA-TTGGGAAGA
* * * *
2369 AAAGTAT-ATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACACTTAAATGATTTTATT
245 AAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTAC-TTTAAATGGTTTTATT
********** *
2433 ATCTCAAANNNNNNNNNNTGTTTAATTTTTTTTACAT
308 ATCTCAAAATTGATTTTATG-TTCATTTTTTTTACAT
* * *
2470 TTTTGTTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATAT-ACAGGAAAAAGCATTCAT
1 TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGA-AGAAAAAAGCATTCAT
* ********** * *
2534 CGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTTTTCACTCACTTTAAAT-A
65 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGA
* * *
2597 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG----A--TTTTT---TTTTT-ATTAAAATAGGCTATA
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
2652 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAA-AGTATTCATTGGTAAGAAAAATTCATTTAT
194 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * *
2716 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCACTTTAAATAGTTTTA-TACTCTCAAAATTGA
258 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCT-ACTTTAAATGGTTTTATTA-TCTCAAAATTGA
* *
2779 TTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-T
321 TTTTATG-TTCATTTTTTTTACAT
* * * *** ** *
2802 GTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTGTCGGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCAT
1 -TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * *
2867 TGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCATC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATG-
65 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * * * * *
2930 GTTATATTAA-CCCAAAATTAATTTTATGTTCATTTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTAT
129 GTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* ** * ** * *
2994 AATTGAATGTCTACCCCAAGAAATGTGAAGAAAATGATGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
193 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * *
3059 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTAATT
258 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATT
*
3124 TTATGTTCATTGTTTTTACAT
323 TTATGTTCATTTTTTTTACAT
* ** * *
3145 TTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATA-GATGGAAAAAGCATTCAT
1 TTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * *
3208 TGGTAA-AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCA-TCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTATAT-AG
65 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAG
* * * *
3270 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAAATTATA
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* ** * * * * * * * *
3335 ATTGAATGTTTAAGTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATA
194 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * ********** *
3400 GTCACCTATTTCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGATTTTATTATCTCAAACA-TGATT
259 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAA-ATTGATT
3464 TTATGTTCAAATTTTTTTTTTTTACAT
323 TTATGTTC--A----TTTTTTTTACAT
** ** ********** *
3491 TTTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAANNNNNNNNNNAAAAGCATTTATT
1 TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATT
*
3556 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCA-TCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-T
66 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGT
* * * * * *
3619 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTACAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
** ** * * * *
3684 TTGAATGTCTATGAT-AAGAAACATG-A-AAAAAGGTATTCATTAGTAAGAGAAGTCCATTTATA
195 TTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATA
* *** * *
3746 GTTACCCATTCCTTTGGAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTATTATCT-AAAATTGATTT
259 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTT
3810 T-TGGTTCAATTTTTTTTACAT
324 TAT-GTTC-ATTTTTTTTACAT
* * * * * *
3831 TTCTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATCCATT
1 TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * *
3896 -GAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAAT-A
66 GGCAA-GAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGA
* * * * *
3958 GTTTTATTATCTTGA-AATTGATTTTATGTTCAATTGTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGACTAT
129 GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* ** * *
4022 AATTGAATGTCTACCCCAAGAAATGTAAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTT
193 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGGAAGAAAAGTTC-ATTT
4085 ATAGTC
256 ATAGTC
4091 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2892, Mismatches: 651, Indels: 297
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.00
333 173 0.06
334 76 0.03
335 3 0.00
337 5 0.00
338 3 0.00
339 59 0.02
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351 12 0.00
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354 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
TTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTA
TGTTCATTTTTTTTACAT
Found at i:2656 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 2486--3296 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 162
2476 TTAAAACAAA
* * * *******
2486 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATACAGGAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAANNNNNNN
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAATTCAT
*** * *
2551 NNNTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTTTTCACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
2615 TGATTTTAAGATT-TTTTTTTTATTAAAATAGG
130 TGATTTTAAGATTATTTTTTTTATTAAAATAGG
* * *
2647 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAATTCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAATTCAT
*
2712 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATACTCTCAAAATT
66 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
* * **
2777 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTGTTTTGGTTAAAACATA
131 GATTTTAAGATT-ATTTTTTTTA---------TTAAAATAGG
* *** *** * * * * * * *
2819 TTATAATTGAATGTCTGTGTCGGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAATTCAT
* * * * * * *
2884 ATATAGTCATC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTATATTAA-CCCAAAA
66 TTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCAAAA
* * * *
2947 TTAATTTTATG-TTCATTTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGA
129 TTGATTTTAAGATT-ATTTTTTTT--A----T--T-AAAATAGG
* ** ** * * * * *
2990 TTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAATGTGAAG-AAAATG-ATGTTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCA--TTCATCGGCAAGAAAAATTC
* * * * * *
3053 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAA
64 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
* * * * *
3117 ATTAATTTTATGTTCATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
128 ATTGATTTTAAG---A-T-TATTT---TTTTTA-TTAAAATAGG
* * * * * * *
3161 CTATAATTGAATGTATACCTTGAG-AA-ATAGATGGAAAAAGCATTCATTGGTAA-AAAAGTTCA
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATA-AAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAATTCA
* * * * *
3223 TTTATAGTCTCCCA-TCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAAT
65 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
3287 TGATTTTAAG
130 TGATTTTAAG
3297 TTCAAGTTTT
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 90, Indels: 67
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 116 0.22
162 5 0.01
163 9 0.02
168 51 0.10
169 24 0.05
170 24 0.05
171 158 0.30
172 119 0.23
173 5 0.01
174 1 0.00
176 4 0.01
177 2 0.00
179 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAATTCAT
TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAGATTATTTTTTTTATTAAAATAGG
Found at i:4857 original size:174 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4291--5144 Score: 524
Period size: 174 Copynumber: 4.9 Consensus size: 168
4281 NNNNNNNNNN
* * *
4291 ATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATG-TTCAAATTTTTTTTTACATTTTTG-TTAAAAAC
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATT--AA--TTTTTTTACATTTTTGATT-AAAAC
* * *
4354 AGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAACGTGAAGAAAAAA-CATTTATTGGTAA-AAAGAG
61 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAA--TAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAA-AG
* * * * ********** * *
4416 TACATTTATAGTTTTCTATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAA
122 T-TATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACCTTAA
* * * * * * *
4464 ATAGTTTTATAATCACAAAACTGATTTTACG-TTCAAGTTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAAA
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATT-AA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * **
4528 TTATAATTGAATGTTTACATCGATAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTAT
64 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA--TAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TAT
* * * * * * * * *
4593 TAATAGTATCTCAATCCTTTAAAAGTCTAATTACTCACTTTAA
126 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACCTTAA
* * ************ *
4636 ACAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGT----TTAAGATTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * *
4700 GACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATAGAAGAAAAAAGCATTAATTGGTAGGAAAAGTATA
62 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATA-AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TA
*
4765 TTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACACTTAA
125 TTTA-TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAC-CTTAA
* * * * * *
4810 AT-GATTTTATTATCTTAAAATTGAGTTTATGTTTAATTTCTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATA
1 ATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATTAA--T-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * *
4874 GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAGTTC
62 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTT-
* * * * * *
4939 ATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTTTTACTCACTTTAA
124 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACCTTAA
* * * *
4984 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTA-ATTCTTT-ATTAAAAGACAC
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATTAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAACAGAC
* * * *
5047 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAATCCATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TATT
5112 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
127 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
5145 TCGCTTNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 130, Indels: 51
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 97 0.18
171 63 0.12
172 68 0.13
173 87 0.17
174 148 0.28
175 61 0.12
176 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTATTTATA
GTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACCTTAA
Found at i:5104 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4677--5146 Score: 553
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 173
4667 NNNNNNNNNN
* *
4677 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAG-AAATAGAAGAAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATA-AAGAAAAAA
* * * *
4741 GCATTAATTGGTAGGAAAAGTAT-ATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAC
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTA-TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
4804 ACTTAAATGATTTTATTATCTTAAAATTGAGTTTATGTTTAATTTCT
128 ACTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATTAA-TTCT
* * *
4851 TTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATAAAGAAAAAA
* * * * * * *
4916 GCATTCATCGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTTTTACTCAC-T
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAC
* *
4980 TTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTAA-T-T
130 TTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATTAATTCT
* *
5022 TTTTTA-ATTCTTT-ATTAAAAGACACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTACATT-TTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATAAAGAAAAA
* * * *
5085 AGTATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
5147 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 36, Indels: 16
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 100 0.39
171 10 0.04
172 1 0.00
173 1 0.00
174 80 0.31
175 59 0.23
176 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATAAAGAAAAAAG
CATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACACT
TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTAAGATTAATTCT
Found at i:7114 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5912--7485 Score: 1157
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
5902 NNNNNNNNNN
* * * *
5912 AATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
** * ** * * *
5975 AAATAATTGAATGTCTACATAAAGAAACTTGAAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * *
6040 TTATAGTCTCTCAATTCTTCAAAAGCCTTATCGCTCTCATTA
131 TTATAGTCTC-CCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ********** * *
6082 AAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
6146 TTATAATTGAATCTCTACATCGAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
6211 TTATAGTCTCCCATCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTA
131 TTATAGTCTCCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
6252 AATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
6317 CTATAACTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGCCAAGAACAGTTCAT
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
6382 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGTTTTA
131 TTATAGTCTCCCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********** * * * *
6424 NNNNNNNNNNTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAA-TTTTTTCAAATCTTT-GTTTAAAACTA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC-A
* ** * * *
6487 G-CTATAATAGAATGTCTATATCGAGAAACGTAAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
64 GACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** *
6551 TTTTATAGTCTCCCAT-TTGTTCAAAA-CCTTTATTGTTTGCTTTA
129 ATTTATAGTCTCCCATCCT-TT-AAAAGCC-TTATTACTCGCTTTA
** ********** * * *
6595 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-ANNNNNNNNNNTTTTGCATTTTTTGTTCAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
6659 CAATAATTGAATGTATACGTCAAGAAACTTAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * *
6724 TTATAGTCTCTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCCTTA
131 TTATAGTCTCCCATCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
6766 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTC-ATGTGTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAGAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * *
6829 ATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACTTGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * *
6893 GTTAACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTA
129 ATTTATAGTCTCCCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
6937 AATGGTTTTATTATCTCAAAAATAATTTTATGTTCAATTGTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * *
7002 ACTATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCTTTGGTAAGAAAAGTTCA
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
7067 TTTATAGTCTCCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 TTTATAGTCTCCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
************** *
7109 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** **
7174 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-TAGAAGAAAAAAACATTTATTATCAAGAAAAGTTTA
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
7238 TTTATAGACTTTCATTCTCTTAAAGGCCTTATTACCCGCTTTA
130 TTTATAGTCTCCCATCCT-TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********** *
7281 AATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTCT-GTTAAAACAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAG
* * * * *
7345 ACTATAATTGAATGTCTACCAT-AAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAACG-AAAGTT
65 ACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTC
* * *
7408 CATTTATAGTCTCACATTCCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGTTTTA
128 CATTTATAGTCTCCCA-TCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
**
7453 AATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
7486 NNNNNNNNNN
Statistics
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174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCTCCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Found at i:8473 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7875--8511 Score: 514
Period size: 173 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
7865 NNNNNNNNNT
* * * **
7875 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACTTGAAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAAC-ACAAAAAAAA
* * * ** ** *
7940 A-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATT-CTTCAAAAGCCTTATCGCTTGCA
65 ATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CACT
** * * *
8003 TTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATG
128 TTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATG
* * * *** *
8045 -TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACATCGAGAAACTTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACACAAAAAAAAA
* ********** *
8109 TGCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTANNNNNNNNNNCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCAT
66 T--ATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CCAC
* * * *
8173 TTTAAATAATTTTATTATCTGAAAGTTGATTTTATGTTCAATTT
127 TTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TG
* ** * ** * *
8217 TTTTTTACATTTTTAGTAAAAATGGACTATAATTGAATATCTATTTAAAGAAATGTGACAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAA---CACAAAAAA
* * *
8282 TACAAT-TT--TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACAC
63 -A-AATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-C
* *
8344 ACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAAATGTTTTTATGTTCAACTG
125 ACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TG
* * * * **
8390 TTTTTTACATTTTTACTTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACGTTGAGAAACACAAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACACAAA-AAAAA
* *
8455 AGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTAT
65 A-TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
8512 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 91, Indels: 37
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACACAAAAAAAAA
TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCACTTTA
AATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATG
Found at i:9631 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 9391--9759 Score: 576
Period size: 168 Copynumber: 2.2 Consensus size: 167
9381 TCAAAGAACA
* * * * ** *
9391 TGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATCTATTCCTTCAAAACCCTT
1 TGAATAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAG---ATTTATACCAATTTATTCCTTCAAAACCCTT
* *
9456 ATTACCCACTTTAAGTGGTTTTGTAATCTTAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTGCTTTTTT
63 ATTACCCACTTTAAGTGATTTTGTAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTGC-TTTTT
*
9521 GCTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTAGTTCAAGAAACG
127 GCTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTAGTTCAAGAAACG
* *
9562 TGAATAAAAAGGTATTTATTGGGAAGAAAAGATTTATACCAATTTATTCCTTCAAAACCCTTATT
1 TGAATAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGATTTATACCAATTTATTCCTTCAAAACCCTTATT
9627 ACCCACTTTAAGTGATTTTGTAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTGCTTTTTGCTT
66 ACCCACTTTAAGTGATTTTGTAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTGCTTTTTGCTT
*
9692 AAAACAGATTATAGTTGAATGTCTAGTTCGAGAAACG
131 AAAACAGATTATAGTTGAATGTCTAGTTCAAGAAACG
*
9729 TGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG
1 TGAATAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAG
9760 TCCATTTATA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 16, Indels: 4
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 72 0.40
168 85 0.47
171 25 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TGAATAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGATTTATACCAATTTATTCCTTCAAAACCCTTATT
ACCCACTTTAAGTGATTTTGTAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTGCTTTTTGCTT
AAAACAGATTATAGTTGAATGTCTAGTTCAAGAAACG
Found at i:10293 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10024--10340 Score: 415
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
10014 TTTATACTCT
* * * *
10024 CAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTGTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
1 CAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTGTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
**** ** * * *
10089 GTGTCGGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCATCCATTC
66 ACCCCAAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATT-
10154 CTTT-AAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTATATTAACC
130 CTTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTATATTAACC
* *
10196 CAAAATTAATTTTATG-TTCATTTTTTTTACAT-TTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTC
1 CAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TGTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * ** *
10259 TACCCCAAGAAATGTGAAGAAAATGATGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
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10324 CTTTCAAAAGCCTTATT
130 CTTTCAAAAGCCTTATT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 104 0.85
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Consensus pattern (172 bp):
CAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTGTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCCCAAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATTC
TTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTATATTAACC
Done.